ĐÁNH GIÁ một số CHỈ số GIÁM sát CHẤT LƯỢNG kỹ THUẬT NUÔI cấy MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS môi TRƯỜNG LỎNG MGIT tại BỆNH VIỆN PHỔI hà nội năm 2019 2020

1 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI NGUYỄN THỊ HÀ ĐÁNH GIÁ MỘT SỐ CHỈ SỐ GIÁM SÁT CHẤT LƯỢNG KỸ THUẬT NUÔI CẤY MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS MÔI TRƯỜNG LỎNG MGIT TẠI BỆNH VIỆN PHỔI HÀ NỘI NĂM 2019-2020 ĐỀ CƯƠNG LUẬN VĂN THẠC SỸ Y HỌC HÀ NỘI - 2019 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI NGUYỄN THỊ HÀ ĐÁNH GIÁ MỘT SỐ CHỈ SỐ GIÁM SÁT CHẤT LƯỢNG KỸ THUẬT NUÔI CẤY MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS MÔI TRƯỜNG LỎNG MGIT TẠI BỆNH VIỆN PHỔI HÀ NỘI NĂM 2019-2020 Chuyên ngành : Vi sinh y học Mã số : 62726801 ĐỀ CƯƠNG LUẬN VĂN THẠC SỸ Y HỌC Người hướng dẫn khoa học: TS Trần Minh Châu HÀ NỘI - 2019 DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT AFB : (Acid fast bacillus) Trực khuẩn kháng axit BD : Becton Dickinson Diagnostic Systems, Sparks, MD DNA : (Deoxyribonucleic acid) ddNTP : (dideoxynucleotide) LJ : (Lowenstein- Jensen) Môi trường Lowenstein- Jensen MAC : (Mycobacterium avium complex): Phức hợp Mycobacterium avium MOTT : (Mycobacteria other than the turbecle bacillus): Mycobacteria khác trực khuẩn lao MTB : (Mycobacterium tuberculosis): Trực khuẩn lao MTBC : (Mycobacterium tuberculosis complex): Phức hợp Mycobacterium tuberculosis MGIT : (Mycobacterium Growth indicator Tube): Tuýp môi trường thị phát triển Mycobacterium NTM : (Non-tuberculous Mycobacteria): Mycobacteria khác trực khuẩn lao PANTA : Polymycin B, Amphotericin B, Nalidixic acid, Trimethoprim, Azlocillin PNB : Para- nitrobenzoic axit PXN : Phòng xét nghiệm RD : (region of difference): Vùng khác biệt RNA : (Ribonucleic acid) SNPs : (single- nucleotide polymorphisms): Đa hình đơn nucleotide TBcID : (TBc Identifications Test): Thử nghiệm sắc ký miễn dịch định danh vi khuẩn lao WHO : (World Health Organization): Tổ chức y tế giới ZN : (Ziehl- Neelsen) MỤC LỤC DANH MỤC BẢNG DANH MỤC BIỂU ĐỒ DANH MỤC HÌNH ĐẶT VẤN ĐỀ Lao bệnh truyền nhiễm nguy hiểm xuất từ lâu lịch sử loài người, cuối kỉ XIX, bệnh gây tử vong cho 20- 25% người trưởng thành châu Âu Bắc Mĩ Đến năm 1940, với đời thuốc kháng lao, tỉ lệ mắc chết bệnh giảm xuống nhanh chóng Tuy nhiên, từ năm 2000 đến nay, bệnh lao trở lại với số thống kê báo động Theo báo cáo WHO, năm 2017, lao gây chết cho 1,6 triệu người 1,3 triệu thuộc nhóm HIV âm tính, 300 000 người thuộc nhóm HIV dương tính, theo ước tính có khoảng 10 triệu ca mắc tương đương với 133 trường hợp 100 000 dân Đáng lo ngại nữa, có tỉ lệ khoảng 5- 10% 1,7 tỉ người nhiễm lao tiềm ẩn biểu thành bệnh lao đời Việt Nam đứng thứ 16 30 quốc gia có gánh nặng bệnh lao cao giới năm 2018 Mỗi năm nước phát đưa vào điều trị 100 nghìn trường hợp mắc lao [1] Phát định danh loài MTBC mục tiêu quan trọng phòng xét nghiệm, nhiên nghiên cứu gần cho thấy có đến hai phần ba chủng vi khuẩn phân lập NTM, nữa, số lượng loài NTM tìm tăng từ 30 lồi lên 150 lồi, nhiều lồi số ngun gây bệnh quan trọng ghi nhận [2], [3] Thời kì 1880- 1980, người ta chủ yếu định danh Mycobacteria dựa phân tích kiểu hình, từ cuối kỉ XX đến nay, có chuyển hướng sang nghiên cứu kiểu gen [4] Mặc dù vậy, khơng xét nghiệm giá trị mà nuôi cấy sinh học phân tử song hành hỗ trợ lẫn Một số loài muốn định danh bắt buộc phải sử dụng đến phương pháp sinh học phân tử, nuôi cấy đặc biệt mơi trường lỏng lại có lợi đáng tin cậy rẻ tiền hơn, áp dụng cho nước có thu nhập trung bình thấp Việt Nam Mục tiêu quan trọng cuối chẩn đốn xác nhanh chóng nguyên vi sinh gây bệnh, định hướng cho nhà lâm sàng điều trị kiểm soát bệnh lao nói riêng bệnh Mycobacteria nói chung Quản lí đảm bảo chất lượng thiết yếu để phòng xét nghiệm giữ vững vai trò quan trọng, giúp cho bác sĩ lâm sàng chẩn đoán điều trị phác đồ bối cảnh phân loại Mycobacteria vô đa dạng phức tạp Nhằm mục đích nâng cao chất lượng xét nghiệm ni cấy MTB mơi trường lỏng MGIT nói riêng phát triển kỹ thuật phịng xét nghiệm chẩn đốn lao nói chung, chúng tơi tiến hành nghiên cứu: “Đánh giá số giám sát chất lượng xét nghiệm Mycobacterium tuberculosis nuôi cấy môi trường lỏng Bệnh viện Phổi Hà Nội năm 2019-2020” Với mục tiêu sau: Đánh giá chất lượng xét nghiệm MTB nuôi cấy môi trường lỏng theo số đưa quy trình thực hành chuẩn xét nghiệm vi khuẩn lao Định danh số loài NTM kỹ thuật giải trình tự gen Sanger mẫu ni cấy lỏng MGIT dương tính TBcID âm tính CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Dịch tễ bệnh lao bệnh NTM 1.1.1 Trên giới Trên giới, lao nằm top 10 nguyên nhân gây tử vong, đứng đầu nhóm tác nhân truyền nhiễm (xếp HIV) Hàng triệu người nhiễm phải bệnh năm Trong năm 2017, bênh lao gây khoảng 1,6 triệu ca tử vong 1,3 triệu người có HIV âm tính thêm 300 000 nghìn người có HIV dương tính Có khoảng 10 triệu trường hợp mắc lao tương đương 133 ca 100 000 dân Lao có mặt tất quốc gia bệnh nhân mắc lứa tuổi, nhìn chung 90% người trưởng thành (>15 tuổi), 64% nam giới, 9% người nhiễm HIV (72% số châu Phi) Hai phần ba số bệnh nhân lao có mặt tám quốc gia: Ấn Độ (27%), Trung Quốc (9%), Indonesia (8%), Philippin (6%), Pakistan (5%), Nigeria (4%), Bangladesh (4%), Nam Phi (3%), có khoảng 6% bệnh nhân châu Âu Mỹ Mức độ nghiêm trọng bệnh quốc gia khác nhau, năm 2017 có 10 trường hợp/ 100 000 dân quốc gia có mức sống cao, 150- 400/ 100 000 dân quốc gia có gánh nặng bệnh lao cao, 500/ 100 000 dân vài nước Mozambique, Philippin Nam Phi Trong năm 2017, có khoảng 558 000 ca lao kháng rifampicin (RRTB), gần nửa ba quốc gia: Ấn Độ (24%), Trung Quốc (13%), Liên bang Nga (10%) Trong số trường hợp RR-TB, có khoảng 82% lao đa kháng (MDR- TB) Số người sống chung với HIV mắc lao 10 khoảng 9%, tỉ lệ đồng nhiễm lao HIV cao nước thuộc châu Phi với 50% số vùng thuộc phía nam châu Phi [1] NTM phân bố rộng rãi ngồi mơi trường phân lập vùng giới, vi khuẩn chủ yếu đất nước, xuất nước tự nhiên nước qua xử lí Bệnh NTM gây xuất hầu công nghiệp, với tỉ lệ mắc vào khoảng 1- 1,8 trường hợp/ 100 000 dân Biểu lâm sàng phổ biến NTM biểu phổi, bệnh hạch bạch huyết, da, mô mềm nhiễm trùng lan tỏa có ý nghĩa quan trọng Ở Mỹ, theo báo cáo CDC có khoảng 75% trường hợp bệnh phổi, 5% nhiễm khuẩn huyết, 2% da, mô mềm 0,4% hạch bạch huyết (nghiên cứu giai đoạn 1994-1996), phổ biến loài MAC, M kansasii M fortuitum [3] Ở Canada, tỉ lệ mắc NTM 41,3/ 100 000 dân (giai đoạn 2006-2010) [5] Ở Anh, tỉ lệ mắc 2,9/ 100 000 dân, hay gặp nhiễm trùng MAC, M kansasii M malmoense (năm 2006) [6] Năm 2009, Nhật Bản tỉ lệ mắc 10,1/ 100 000 dân, phân lập chủ yếu MAC [7] 1.1.2 Tại Việt Nam Việt Nam nằm nhóm 30 nước có gánh nặng bệnh lao cao giới, đồng thời nằm nhóm 30 nước có gánh nặng lao đa kháng (MDR- TB) lớn giới Năm 2017, Việt Nam có 12 nghìn người chết lao thuộc nhóm HIV âm tính 840 người chết thuộc nhóm HIV dương tính, tỉ lệ mắc 129 ca/ 100 000 dân Số trường hợp chẩn đoán lao phổi MDR/ RR- TB 900 người [1] Một nghiên cứu khu vực Đông Á bao gồm Việt Nam cho thấy tỉ lệ phân lập NTM từ bệnh phẩm đường hô hấp 31%, MAC vi khuẩn 39 Bước 2: Thực chu trình giải trình tự (cycle sequencing) - Trang thiết bị chính: ABI PRISM 3130 hãng Applied Biosystems - Sinh phẩm, hóa chất: BigDyeTerminator v3.1 Cycle Sequencing Kit Bảng 2.4: Thành phẩn phản ứng Thành phần BigDye Terminator Ready Reaction Mix Mồi xuôi Mồi ngược Mẫu (200- 500bp) H2O Số lượng 8µl 3,2pmol 3,2pmol 3- 10ng Thêm đến 20µl Bảng 2.5: Chu trình nhiệt cycle sequencing Ủ Nhiệt độ Thời gian o 96 C phút Biến tính 96oC 10 giây Bước 25 chu kì Gắn mồi 50oC giây Bảo quản Kéo dài 60oC phút 4oC Bước 3: Tinh Sử dụng kit BigDye X Terminator Purification để tinh sạch, cho vào giếng phản ứng 90µl SAM Solution 20µl Big Dye X Vortex 30 phút li tâm 1000xg phút Bước 4: Điện di mao quản Đưa giếng phản ứng vào máy ABI PRISM 3130 Pha loãng 1:20 Matrix Standard với Hi-Di Formamide để làm chất chuẩn Kết giải trình tự phân tích phần mềm BioEdit so sánh với trình tự chuẩn NCBI để định danh Mycobacteria 2.6 Quy trình thực nghiên cứu Tất mẫu ni cấy MGIT dương tính Tính tốn số giám sát 5, 40 Mẫu MGIT dương tính TBcID âm tính Mẫu bệnh nhân tái phát Tính tốn số 1, 2, 3, PCR giải trình tự phương pháp Sanger Hình 2.3: Sơ đồ quy trình nghiên cứu 2.7 Biến số, số nghiên cứu - Mục tiêu 1: Thông tin chung bệnh nhân bao gồm: • Tuổi • Giới • Chẩn đoán lâm sàng • Bệnh nền: suy giảm miễn dịch, dùng thuốc ức chế miễn dịch, COPD, giãn phế quản, tâm phế mạn, HIV… Phân loại nhóm bệnh nhân tái phát để tính tốn số giám sát Loại bệnh phẩm: • Bệnh phẩm từ đường hơ hấp: đờm, dịch rửa phế quản, dịch màng phổi, mảnh sinh thiết phổi… • Bệnh phẩm ngồi đường hơ hấp: dịch màng não, dịch màng bụng, nước tiểu, da mô mềm… 41 Kết nhuộm ZN trực tiếp từ bệnh phẩm ly tâm lấy cặn Kết nuôi cấy MGIT, đọc dương tính hay âm tính, nhóm dương tính chia dương tính với MTBc dương tính với NTM Kết thử nghiệm TBcID Từ biến số có số: • Tỉ lệ cấy dương (MTB+NTM) • Tỉ lệ cấy dương MTB • Tỉ lệ soi dương cấy dương MTB • Tỉ lệ soi âm cấy dương MTB • Tỉ lệ ngoại nhiễm • Thời gian trả kết (từ nhận mẫu đến trả kết quả) Bảng 2.6: Các số chất lượng nuôi cấy theo WHO ST T Chỉ số Giải thích Mục tiêu Tỉ lệ cấy dương (MTB+NTM) Tỉ lệ cấy dương MTB Tỉ lệ soi dương cấy dương MTB Tỉ lệ soi âm cấy dương MTB Tỉ lệ ngoại nhiễm Số mẫu cấy dương (MTB+NTM)/ Tổng số mẫu cấy Số mẫu cấy dương MTB/ Tổng số mẫu cấy Số mẫu soi dương cấy dương/ Số mẫu soi dương cấy Số ống soi âm cấy dương/ Số mẫu soi âm cấy Số ống ngoại nhiễm/ Tổng số ống cấy Số mẫu soi dương trả kết cấy 810 ngày/ số mẫu soi dương cấy Số mẫu soi âm trả kết cấy 2-6 tuần/số mẫu soi âm cấy 15- 20% Thời gian trả kết (từ nhận mẫu đến trả kết quả) 10- 15% 95- 98% 20- 30% 8- 10% ≥ 90% Lưu ý: Chỉ số 1, 2, 3, có ý nghĩa với bệnh nhân tái phát (u cầu phịng xét nghiệm phải có thông tin phân loại bệnh nhân) [44] 42 - Mục tiêu 2: Tỉ lệ loài MTBc NTM sau PCR Sequencing sản phẩm PCR MTBc gồm: • M.bovis BCG • M africanum • M canettii • M pinnipedi NTM gồm: • M avium complex • M kansasii • M genavense • M haemophilum • M malmoense • M marinum • M simiae • M szulgai • M ulcerans • M xenopi 2.8 Xử lí phân tích số liệu Công cụ thu thập số liệu: phiếu thu thập số liệu Xử lí phân tích số liệu phần mềm SPSS 16.0 2.9 Vấn đề đạo đức nghiên cứu - Nghiên cứu cho phép Ban lãnh đạo Bệnh viện Khoa Vi sinh – Bệnh viện Phổi Hà Nội - Đảm bảo thơng tin cá nhân bệnh nhân giữ bí mật, thông tin hồ sơ phục vụ mục đích nghiên cứu 43 2.10 Kế hoạch nghiên cứu Bảng 2.7: Kế hoạch nghiên cứu ST T Công việc Thiết kế nghiên cứu Viết đề cương nghiên cứu Thu thập mẫu số liệu (tại Bệnh viện Phổi Hà Nội) Tiến hành nghiên cứu (tại Bộ mơn Vi sinh) Xử lý phân tích số liệu Viết báo cáo bảo vệ luận văn Nội dung Xây dựng ý tưởng, đê xuất nghiên cứu Phác thảo hoàn thiện đề cương nghiên cứu Bảo vệ đề cương nghiên cứu Thu thập số liệu vào cuối tháng Lựa chọn mẫu MGIT dương tính TBcID âm tính tách DNA vi khuẩn Thực PCR Sequencing mẫu lựa chọn Phân tích số giám sát Nhập số liệu xác định tỉ lệ loài sau Sequencing Soạn thảo báo cáo, làm slide trình chiếu báo cáo Bảo vệ luận văn Thời gian Tháng 5/ 2019 Tháng 6/ 2019 Tháng 7/2019 Cuối tháng từ tháng 8/2019 đến tháng 8/2020 Cuối tháng từ tháng 8/2019 đến thngs 8/2020 Tháng 8/2020 Tháng 9/2020 44 CHƯƠNG DỰ KIẾN KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 3.1 Mục tiêu 1: Bảng 3.1: Các số giám sát chất lượng nuôi cấy STT Chỉ số Tỉ lệ cấy dương (MTB+NTM) Tỉ lệ cấy dương MTB Tỉ lệ soi dương cấy dương MTB Tỉ lệ soi âm cấy dương MTB Tỉ lệ ngoại nhiễm Thời gian trả kết Kết Có đạt mục tiêu Tạo 13 bảng cho 13 tháng từ tháng 8/2019 đến tháng 8/2020 Đánh giá riêng tháng 3.2 Mục tiêu 2: Bảng 3.2: Bảng kết Sequencing MTBc STT Loài M bovis BCG M canettii M pinnipedii M africanum Số lượng Tỉ lệ Biểu đồ 3.1: Biểu đồ kết Sequencing MTBC Bảng 3.3: Bảng kết Sequencing MTBc STT Loài Phức hợp M avium M kansasii Số lượng Tỉ lệ 45 10 11 12 13 M genavense M haemophilus M malmoense M marinum M simiae M szulgai M ulcerans M xenopi Nhóm M chelonae/ M abscessus Nhóm M fortuitum Nhóm M smegmatis Biểu đồ 3.2: Biểu đồ kết Sequencing NTM Nhận xét: 46 CHƯƠNG DỰ KIẾN BÀN LUẬN (Theo kết nghiên cứu) 47 DỰ KIẾN KẾT LUẬN (Theo mục tiêu nghiên cứu) DỰ KIẾN KHUYẾN NGHỊ TÀI LIỆU THAM KHẢO WHO WHO global tuberculosis report 2018, Good R.C (1980) From the Center for Disease Control Isolation of nontuberculous mycobacteria in the United States, 1979 J Infect Dis, 142(5), 779–783 O’Brien R.J., Geiter L.J., and Snider D.E (1987) The epidemiology of nontuberculous mycobacterial diseases in the United States Results from a national survey Am Rev Respir Dis, 135(5), 1007–1014 Murray PR and Baron EJ (2007), Manual of Clinical Microbiology 9th edition, Marras T.K., Mendelson D., Marchand-Austin A et al (2013) Pulmonary nontuberculous mycobacterial disease, Ontario, Canada, 1998-2010 Emerg Infect Dis, 19(11), 1889–1891 Moore J.E., Kruijshaar M.E., Ormerod L.P et al (2010) Increasing reports of non-tuberculous mycobacteria in England, Wales and Northern Ireland, 1995-2006 BMC Public Health, 10, 612 Ide S., Nakamura S., Yamamoto Y et al (2015) Epidemiology and clinical features of pulmonary nontuberculous mycobacteriosis in Nagasaki, Japan PloS One, 10(5), e0128304 Simons S., van Ingen J., Hsueh P.-R et al (2011) Nontuberculous mycobacteria in respiratory tract infections, eastern Asia Emerg Infect Dis, 17(3), 343–349 Connie R Mahon (2015), Textbook of Diagnostic Microbiology 5th edition, 10 Amy L Leder (2016), Clinical Microbiology Procedures Handbook 4th edition, 11 Brosch R., Gordon S.V., Marmiesse M et al (2002) A new evolutionary scenario for the Mycobacterium tuberculosis complex Proc Natl Acad Sci U S A, 99(6), 3684–3689 12 Cole S.T., Brosch R., Parkhill J et al (1998) Deciphering the biology of Mycobacterium tuberculosis from the complete genome sequence Nature, 393(6685), 537–544 13 Gutierrez M.C., Brisse S., Brosch R et al (2005) Ancient origin and gene mosaicism of the progenitor of Mycobacterium tuberculosis PLoS Pathog, 1(1), e5 14 Garnier T., Eiglmeier K., Camus J.-C et al (2003) The complete genome sequence of Mycobacterium bovis Proc Natl Acad Sci U S A, 100(13), 7877–7882 15 Brosch R., Gordon S.V., Garnier T et al (2007) Genome plasticity of BCG and impact on vaccine efficacy Proc Natl Acad Sci U S A, 104(13), 5596–5601 16 Joshi D., Harris N.B., Waters R et al (2012) Single nucleotide polymorphisms in the Mycobacterium bovis genome resolve phylogenetic relationships J Clin Microbiol, 50(12), 3853–3861 17 de Jong B.C., Antonio M., and Gagneux S (2010) Mycobacterium africanum review of an important cause of human tuberculosis in West Africa PLoS Negl Trop Dis, 4(9), e744 18 Desmond E., Ahmed A.T., Probert W.S et al (2004) Mycobacterium africanum cases, California Emerg Infect Dis, 10(5), 921–923 19 Oevermann A., Pfyffer G.E., Zanolari P et al (2004) Generalized tuberculosis in llamas (Lama glama) due to Mycobacterium microti J Clin Microbiol, 42(4), 1818–1821 20 Rüfenacht S., Bögli-Stuber K., Bodmer T et al (2011) Mycobacterium microti infection in the cat: a case report, literature review and recent clinical experience J Feline Med Surg, 13(3), 195–204 21 de Jong E., Rentenaar R.J., van Pelt R et al (2009) Two cases of Mycobacterium microti-induced culture-negative tuberculosis J Clin Microbiol, 47(9), 3038–3040 22 Frota C.C., Hunt D.M., Buxton R.S et al (2004) Genome structure in the vole bacillus, Mycobacterium microti, a member of the Mycobacterium tuberculosis complex with a low virulence for humans Microbiol Read Engl, 150(Pt 5), 1519–1527 23 Pfyffer G.E., Auckenthaler R., van Embden J.D et al (1998) Mycobacterium canettii, the smooth variant of M tuberculosis, isolated from a Swiss patient exposed in Africa Emerg Infect Dis, 4(4), 631–634 24 Fabre M., Koeck J.-L., Le Flèche P et al (2004) High genetic diversity revealed by variable-number tandem repeat genotyping and analysis of hsp65 gene polymorphism in a large collection of “Mycobacterium canettii” strains indicates that the M tuberculosis complex is a recently emerged clone of “M canettii” J Clin Microbiol, 42(7), 3248–3255 25 Miltgen J (2002) Two cases of pulmonary tuberculosis caused by Mycobacterium turberculosis subsp canettii Emerging Infect Dis 26 Somoskovi A., Dormandy J., Mayrer A.R et al (2009) “Mycobacterium canettii” isolated from a human immunodeficiency virus-positive patient: first case recognized in the United States J Clin Microbiol, 47(1), 255– 257 27 Cousins D.V., Bastida R., Cataldi A et al (2003) Tuberculosis in seals caused by a novel member of the Mycobacterium tuberculosis complex: Mycobacterium pinnipedii sp nov Int J Syst Evol Microbiol, 53(Pt 5), 1305–1314 28 Jurczynski K., Lyashchenko K.P., Gomis D et al (2011) Pinniped tuberculosis in Malayan tapirs (Tapirus indicus) and its transmission to other terrestrial mammals J Zoo Wildl Med Off Publ Am Assoc Zoo Vet, 42(2), 222–227 29 Kiers A., Klarenbeek A., Mendelts B et al (2008) Transmission of Mycobacterium pinnipedii to humans in a zoo with marine mammals Int J Tuberc Lung Dis Off J Int Union Tuberc Lung Dis, 12(12), 1469–1473 30 Inderlied C.B., Kemper C.A., and Bermudez L.E (1993) The Mycobacterium avium complex Clin Microbiol Rev, 6(3), 266–310 31 Cho J.-H., Yu C.-H., Jin M.-K et al (2012) Mycobacterium kansasii pericarditis in a kidney transplant recipient: a case report and comprehensive review of the literature Transpl Infect Dis Off J Transplant Soc, 14(5), E50-55 32 Tortoli E., Simonetti M.T., Dionisio D et al (1994) Cultural studies on two isolates of “Mycobacterium genavense” from patients with acquired immunodeficiency syndrome Diagn Microbiol Infect Dis, 18(1), 7–12 33 Tortoli E., Brunello F., Cagni A.E et al (1998) Mycobacterium genavense in AIDS patients, report of 24 cases in Italy and review of the literature Eur J Epidemiol, 14(3), 219–224 34 Saubolle M.A., Kiehn T.E., White M.H et al (1996) Mycobacterium haemophilum: microbiology and expanding clinical and geographic spectra of disease in humans Clin Microbiol Rev, 9(4), 435–447 35 Brereton A.S and El Teraifi H (2012) Mycobacterium malmoense: dissemination causes a popliteal aneurysm in a 74-year-old man BMJ Case Rep, 2012 36 Stinear T.P., Seemann T., Harrison P.F et al (2008) Insights from the complete genome sequence of Mycobacterium marinum on the evolution of Mycobacterium tuberculosis Genome Res, 18(5), 729–741 37 Braun E., Sprecher H., Davidson S et al (2013) Epidemiology and clinical significance of non-tuberculous mycobacteria isolated from pulmonary specimens Int J Tuberc Lung Dis Off J Int Union Tuberc Lung Dis, 17(1), 96–99 38 Portaels F., Silva M.T., and Meyers W.M (2009) Buruli ulcer Clin Dermatol, 27(3), 291–305 39 Portaels F., Chemlal K., Elsen P et al (2001) Mycobacterium ulcerans in wild animals Rev Sci Tech Int Off Epizoot, 20(1), 252–264 40 Brown-Elliott B.A and Wallace R.J (2002) Clinical and taxonomic status of pathogenic nonpigmented or late-pigmenting rapidly growing mycobacteria Clin Microbiol Rev, 15(4), 716–746 41 Sampaio J.L.M., Chimara E., Ferrazoli L et al (2006) Application of four molecular typing methods for analysis of Mycobacterium fortuitum group strains causing post-mammaplasty infections Clin Microbiol Infect Off Publ Eur Soc Clin Microbiol Infect Dis, 12(2), 142–149 42 Brown B.A., Springer B., Steingrube V.A et al (1999) Mycobacterium wolinskyi sp nov and Mycobacterium goodii sp nov., two new rapidly growing species related to Mycobacterium smegmatis and associated with human wound infections: a cooperative study from the International Working Group on Mycobacterial Taxonomy Int J Syst Bacteriol, 49 Pt 4, 1493–1511 43 Nguyễn Văn Hưng (2018), Quy trình thực hành chuẩn xét nghiệm vi khuẩn lao, 44 FIND (2006), MGIT procudure manual, 45 Hirano K., Aono A., Takahashi M et al (2004) Mutations including IS6110 insertion in the gene encoding the MPB64 protein of Capilia TBnegative Mycobacterium tuberculosis isolates J Clin Microbiol, 42(1), 390–392 46 Basu I., Bower J.E., Henderson G.K et al (2015) False-negative BD MGITTM TBc Identification Test results in routine tuberculosis diagnosis: a New Zealand perspective Int J Tuberc Lung Dis Off J Int Union Tuberc Lung Dis, 19(9), 1073–1075 47 Sanoussi C.N., de Jong B.C., Odoun M et al (2018) Low sensitivity of the MPT64 identification test to detect lineage of the Mycobacterium tuberculosis complex J Med Microbiol, 67(12), 1718–1727 48 Kazumi Y and Mitarai S (2012) The evaluation of an identification algorithm for Mycobacterium species using the 16S rRNA coding gene and rpoB Int J Mycobacteriology, 1(1), 21–28 49 Kim B.-J., Hong S.-K., Lee K.-H et al (2004) Differential identification of Mycobacterium tuberculosis complex and nontuberculous mycobacteria by duplex PCR assay using the RNA polymerase gene (rpoB) J Clin Microbiol, 42(3), 1308–1312 ... BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI NGUYỄN THỊ HÀ ĐÁNH GIÁ MỘT SỐ CHỈ SỐ GIÁM SÁT CHẤT LƯỢNG KỸ THUẬT NUÔI CẤY MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS MÔI TRƯỜNG LỎNG MGIT TẠI BỆNH VIỆN PHỔI... xét nghiệm Mycobacterium tuberculosis nuôi cấy môi trường lỏng Bệnh viện Phổi Hà Nội năm 2019-2020? ?? Với mục tiêu sau: Đánh giá chất lượng xét nghiệm MTB nuôi cấy môi trường lỏng theo số đưa quy... cao chất lượng xét nghiệm ni cấy MTB mơi trường lỏng MGIT nói riêng phát triển kỹ thuật phịng xét nghiệm chẩn đốn lao nói chung, chúng tơi tiến hành nghiên cứu: ? ?Đánh giá số giám sát chất lượng