Phân tích một số đặc điểm đa hình và mối quan hệ phát sinh loài của lợn rừng Việt Nam khu vực Tây Nguyên dựa trên trình tự gen Cytochrome B ty thể

Gen cytochrome b ty thể được sử dụng phổ biến trong việc đánh giá tính đa hình và mối quan hệ phát sinh loài của các cá thể lợn (Sus scrofa). Trong đề tài này, vùng trình tự gen cytochrome b dài 552bp được sử dụng để đa giá các điểm đột biến, điểm đa hình và mối quan hệ di truyền giữa các cá thể lợn rừng bản địa của Việt Nam, lợn rừng lai và các cá thể lợn rừng khác trên thế giới. Kết quả sắp xếp cho thấy có 9 vị trí đa hình trong các haplotype lợn rừng, trong đó đã xác định được 3 vị trí đa hình đặc trưng cho các haplotype lợn rừng bản địa của Việt Nam. Các vị trí đa hình 593, 621, 696, 843, 877 có thể tạo thành bộ trình tự đa hình đặc trưng cho lợn bản địa của Việt Nam và giúp phân biệt với các cá thể lợn rừng khác trên thế giới. Mối quan hệ di truyền giữa các cá thể lợn rừng được đánh giá bằng việc xây dựng cây NJ (Neighbour-joining). Dựa vào cấu trúc cấy phân loài, 11 cá thể lợn rừng bản địa Việt Nam tách thành một nhóm riêng với phần trăm bootstraping là 77%, trong khi đó, các cá thể lợn rừng lai lại nằm chung nhóm với các cá thể lợn rừng của Hàn Quốc và Tây Ban Nha. Trình tự vùng cytochrome b của lợn rừng bản địa Việt Nam và trình tự protein dịch mã từ vùng gen cytochrome b của lợn rừng bản địa Việt Nam được so sánh với một số loài động vật khác. Kết quả phân tích cho thấy, vùng gen cytochrome và trình tự các amino acid của protein được dịch mã từ vùng gen cytochrome b trên có tính bảo tồn cao.

TẠP CHÍ SINH HỌC, 2012, 34(3SE): 285-291 PHÂN TÍCH MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM ĐA HÌNH VÀ MỐI QUAN HỆ PHÁT SINH LOÀI CỦA LỢN RỪNG VIỆT NAM KHU VỰC TÂY NGUYÊN DỰA TRÊN TRÌNH TỰ GEN CYTOCHROME B TY THỂ Nguyễn Thị Phương Mai1, Lê Ngọc Châu2, Nguyễn Khắc Duy2, Lê Thành Long2*, Hoàng Nghĩa Sơn2 (1) Viện Sinh học Tây Nguyên, Viện Khoa học Công nghệ Việt Nam Viện Sinh học nhiệt đới, Viện Khoa học Công nghệ Việt Nam, (*)lelong2510@gmail.com (2) TÓM TẮT: Gen cytochrome b ty thể sử dụng phổ biến việc đánh giá tính đa hình mối quan hệ phát sinh loài cá thể lợn (Sus scrofa) Trong đề tài này, vùng trình tự gen cytochrome b dài 552bp sử dụng để đa giá điểm đột biến, điểm đa hình mối quan hệ di truyền cá thể lợn rừng địa Việt Nam, lợn rừng lai cá thể lợn rừng khác giới Kết xếp cho thấy có vị trí đa hình haplotype lợn rừng, xác định vị trí đa hình đặc trưng cho haplotype lợn rừng địa Việt Nam Các vị trí đa hình 593, 621, 696, 843, 877 tạo thành trình tự đa hình đặc trưng cho lợn địa Việt Nam giúp phân biệt với cá thể lợn rừng khác giới Mối quan hệ di truyền cá thể lợn rừng đánh giá việc xây dựng NJ (Neighbour-joining) Dựa vào cấu trúc cấy phân loài, 11 cá thể lợn rừng địa Việt Nam tách thành nhóm riêng với phần trăm bootstraping 77%, đó, cá thể lợn rừng lai lại nằm chung nhóm với cá thể lợn rừng Hàn Quốc Tây Ban Nha Trình tự vùng cytochrome b lợn rừng địa Việt Nam trình tự protein dịch mã từ vùng gen cytochrome b lợn rừng địa Việt Nam so sánh với số loài động vật khác Kết phân tích cho thấy, vùng gen cytochrome trình tự amino acid protein dịch mã từ vùng gen cytochrome b có tính bảo tồn cao Từ khóa: phát sinh, cytochrome b, haplotype, lợn rừng, tính đa hình nucleotide đơn MỞ ĐẦU DNA ty thể sử dụng rộng rãi nghiên cứu quan hệ phát sinh loài cá thể khác hay quần thể khác Kích thước DNA ty thể khoảng 16 kb bao gồm 13 gen mã hóa protein, 22 tRNA gen mã hố cho trình tự 12S 16S [6, 11] Đối với lợn (Sus scrofa), trình tự gen cytochrome b sử dụng công cụ để đánh giá mối quan hệ di truyền quần thể lợn [1] Cytochrome b sử dụng đánh giá đa dạng ty thể cá thể lợn châu Âu Trung Quốc q trình địa hóa [3], lịch sử tiến hoá giống lợn Sus [7] mức độ đa dạng di truyền phát sinh loài, cấu trúc quần thể lai tạo giống lợn rừng châu Âu [9] Hơn nữa, haplotype cytochrome b lợn châu Á dùng để xác định tần suất xuất cá thể lợn châu Âu lợn địa Tây Ban Nha [1] Ngoài ra, việc mơ tả đặc tính di truyền mối quan hệ phát sinh loài lai tạo dựa việc giao phối cá thể lợn địa cá thể lợn du nhập dựa trình tự cytochrome b [2] Việt Nam nước có đa dạng phong phú loài lợn rừng, phân bố rộng nhiều vùng khác Móng Cái, Mường Khương, Kontum, Lạc Dương, Tánh Linh [8] Tuy nhiên, việc đánh giá mối quan hệ di truyền cá thể lợn rừng Việt Nam dựa trình tự cytochrome b chưa nghiên cứu mối quan hệ phát sinh loài cá thể lợn rừng quần thể lợn rừng Việt Nam chưa xác định Do đó, nghiên cứu này, gen cytochrome b ty thể giải trình tự sử dụng để phân tích mối quan hệ phát sinh loài đánh giá tần suất xuất haplotype cytochrome b lợn rừng Việt Nam PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU Mẫu lợn rừng Các cá thể lợn rừng sử dụng nghiên cứu từ rừng địa Việt Nam bắt vườn quốc gia Bidoup - Núi Bà (tỉnh Lâm Đồng) rừng Tánh Linh (tỉnh Bình Thuận), mẫu cá thể lợn rừng lai thu nhận Bảo Lộc (tỉnh Lâm Đồng) Mẫu mô da tai lợn thu nhận, rửa sạch, bảo quản 4oC chuyển phòng thí nghiệm Trong đề tài này, trình tự gen 285 Nguyen Thi Phuong Mai, Le Ngoc Chau, Nguyen Khac Duy, Le Thanh Long, Hoang Nghia Son cytochrome b cá thể lợn rừng Việt Nam số cá thể lợn rừng địa số nước khác sử dụng cho việc phân tích, đánh Bảng Sự phân bố cá thể lợn rừng Kí hiệu cá thể STT Vị trí phân bố lợn rừng Lạc Dương VN8-VN11 Tánh Linh VN1-VN7 Bảo Lộc VT12-VT20 Hàn Quốc HQ1-HQ7 Tây Ban Nha TB1-TB14 Uruguay U1-U14 Tách chiết DNA khuếch đại PCR Mẫu mô da tai lợn ủ với dung dịch ly giải protinase K mg/ml (Invitrogen) qua đêm 55oC DNA tổng tách chiết PureLink Genomic DNA Kits (Invitrogen) DNA bảo quản dung Dịch TrisEDTA 0,1 mM (Invitrogen) -20oC Thành phần PCR bao gồm µl 10X PCR buffer (Sigma), 2,5 mM MgCl2 (Sigma), 200 µM dNTP (Sigma), 0,05 đơn vị/µl Taq polymerase (Sigma), tổng phản ứng 50 µl Trình tự gen cytochrome b khuếch đại mồi xuôi (5’-TCTTCGCCTTCCACTTTATCCTG-3’) mồi ngược (5’-TGGCCCTCCTTTTCTGGTT TA-3’) Điều kiện phản ứng bao gồm: 94oC/5 phút, 35 chu kì: 94oC/30 giây, 55o C/45 giây, 72oC/45 giây, 72oC/10 phút Sản phẩm PCR điện di 1% agarose gel (Biorad) giá mối quan hệ phát sinh loài tần suất haplotype cytochrome b (bảng 1) Giống lợn Bản địa Việt Nam Bản địa Việt Nam Lợn lai Việt Nam Thái Lan Bản địa Hàn Quốc Bản địa Tây Ban Nha Bản địa Uruguay Số lượng lợn rừng 14 14 Phân tích quan hệ phát sinh lồi Phương pháp xây dựng phân loài NJ (neighbour-joining) sử dụng để xác định mối quan hệ phát sinh loài trình tự, mơ hình khoảng cách di truyền sử dụng Tamura-Nei Phương pháp lặp mẫu sử dụng Bootstrap với số lần lặp lại 100 ngưỡng củng cố 50% KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN Giải trình tự Sản phẩm PCR gen cytochrome b tinh ExoSAP-IT PCR Clean up kit (USB Corporation, USA) giải trình tự hệ thống 3730XL DNA Analyzers (Macrogen, Hàn Quốc) Sự đa dạng gen cytochrome b ty thể Các trình tự xếp chương trình Genious 5.6.1 Các vị trí đa hình theo chiều 5’ DNA ty thể dựa vùng trình tự gen cytochrome b cá thể lợn rừng mô tả bảng Các điểm đa hình nucleotide đơn vị trí 877 (T/C), 879 (G/A), 882 (C/T), 886 (G/A) từ trình tự sử dụng để đánh giá mức độ khác biệt mặt di truyền quần thể lợn rừng Sự phân bố haplotype vị trí dùng để đánh giá mối quan hệ phát sinh cá thể, quần thể lợn nhà [1, 3] mối quan hệ di truyền cá thể lợn rừng Phân tích liệu tính đa hình DNA Các trình tự phân tích chương trình Genious 5.6.1 Quá trình xếp trình tự thực Clustal W theo thuật toán Smith-Waterman [10] Trình tự gen cytochcrome b lợn rừng địa Việt Nam lợn lai so sánh với trình tự cytochrome b lợn rừng Hàn Quốc, Tây Ban Nha Uruguay (bảng 2) Trong nghiên cứu này, cá thể lợn rừng Uruguay có phân bố haplotype vị trí giống haplotype E1 (TGCG) lợn châu Âu cá thể lợn rừng Hàn Quốc có phân bố haplotype vị trí giống haplotype A2 (CATG) lợn châu Á Tuy nhiên, điều đặc biệt phần lớn cá thể lợn rừng Tây Ban Nha có phân bố haplotype giống haplotype A2 số lại có phân bố giống haplotype A1 lợn châu Á (CATA) 286 TẠP CHÍ SINH HỌC, 2012, 34(3SE): 285-291 Các cá thể lợn rừng địa Việt Nam có phân bố haplotype vị trí TATG Tuy nhiên, cá thể lợn rừng lai có phân bố haplotype vị trí (TATG) giống lợn địa Việt Nam Do sử dụng phân bố haplotype vị trí để phân biệt quẩn thể lợn rừng địa Việt Nam mặt di truyền khơng hiệu Phân tích cytochrome b cho thấy điểm đa hình (696, 843, 877,879, 882, 943, 1040, 1077, 1137) từ trình tự trên, số đó, có điểm đa hình vị trí (593, 621, 804) xuất 11 cá thể lợn địa Việt Nam Trong đó, cá thể lợn rừng lai lại có vị trí điểm đa hình giống với cá thể lợn rừng Hàn Quốc, Tây Ban Nha Uruguay Như vậy, dựa vào vị trí đa hình 593, 621, 804 tạo thành trình tự đa hình đặc trưng cho lợn địa Việt Nam, giúp phân biệt với cá thể lợn rừng khác Hàn Quốc, Tây Ban Nha hay Uruguay Mối quan hệ phát sinh lồi Trình tự gen cytochrome b cá thể lợn rừng địa Việt Nam, lợn rừng lai so sánh với trình tự cytochrome b lợn rừng Hàn Quốc, Tây Ban Nha Uruguay lấy từ GenBank với số truy cập bảng Cây NJ (neighbor-joining) sử dụng để đánh giá khoảng cách di truyền haplotye [3] Kết phân tích phát sinh lồi cho thấy có nhóm DNA ty thể phân biệt dựa trình tự cytochrome b (hình 1) Nhóm bao gồm cá thể lợn rừng Uruguay (khoảng cách di truyền nhóm 0,0032) Nhóm bao gồm cá thể lợn rừng Tây Ban Nha, Hàn Quốc lợn rừng lai (khoảng cách di truyền nhóm 0,0054) Trong nhóm 2, hầu hết cá thể lợn rừng Hàn Quốc nằm nhóm nhỏ khi, lợn rừng lai phân thành nhóm nhỏ khác Kết cho thấy, cá thể lợn rừng lai Bảo Lộc (Lâm Đồng) có mối quan hệ di truyền gần với cá thể lợn rừng Hàn Quốc Tây Ban Nha so với nhóm lợn rừng địa Việt Nam Nhóm bao gồm cá thể lợn rừng địa Việt Nam phân bố Lạc Dương (tỉnh Lâm Đồng) Tánh Linh (tỉnh Bình Thuận) khu vực Nam Trung (khoảng cách di truyền nhóm 0,0078) Tuy nhiên, khơng có tách biệt hồn tồn mặt di truyền cá thể lợn rừng địa Lạc Dương Tánh Linh Cá thể lợn rừng địa VN11 (Lạc Dương) với cá thể lợn VN1, VN3 VN7 (Tánh Linh) tạo thành nhóm cá thể lợn rừng VN8, VN9, VN10 (Lạc Dương) với cá thể lợn VN2, VN4, VN5, VN6 (Tánh Linh) tạo thành nhóm khác Phương pháp lặp mẫu Bootstrap sử dụng để xây dựng phát sinh lồi từ trình tự [4] Các giá trị bootstrap với ngưỡng 50% sau lặp lại 100 lần mơ tả nhóm phát sinh lồi hình Tỷ lệ phần trăm giá trị bootstrap nhóm (80%), nhóm (85%) nhóm (77%) cao 70% [5], đó, phân biệt thành cụm nhóm phân loại hồn tồn đáng tin cậy Mức độ tương đồng trình tự gen cytochrome b Trình tự cytochrome b cá thể lợn địa Việt Nam so sánh đánh giá tỷ lệ tương đồng với trình tự cytochrome b số loài động vật khác Cá thể lợn địa Việt Nam VN1 chọn làm đại diện để so sánh với cá thể khác dựa trình tự cytochrome b chương trình Blastn 2.2.26 (NCBI) cho thấy tỷ lệ tương đồng trình tự lợn địa Việt Nam trình tự bò (NC_006853) chó (NC_002008) cao (bảng 4) Bảng Số truy cập trình tự từ Genbank STT Giống lợn Bản địa Hàn Quốc Bản địa Tây Ban Nha Bản địa Uruguay Số truy cập (Accession number) AY830162, AY830164, AY830166, AY830168, AY830170, AY830172, AY830174 HM010461- HM010474 GU937806 - GU937819 287 Nguyen Thi Phuong Mai, Le Ngoc Chau, Nguyen Khac Duy, Le Thanh Long, Hoang Nghia Son Bảng Vị trí đột biến đa hình vùng gen cytochrome b (552 bp) cá thể lợn rừng Haplotype Trình tự tương đồng Lợn rừng Uruguay Lợn rừng Hàn Quốc Lợn rừng Tây Ban Nha Lợn rừng địa Việt Nam Lợn rừng lai 6 8 Vị trí Nucleotide * * * * 8 8 7 8 9 4 7 1 T A A C G T C T C A T G C A C A A T C G U1 U2 U3 U4 U5 U6 U7 U8 U9 U10 U11 U12 U13 U14 N N N G A A A A A A A A A A A A T T T T T T T T T T T T T T T T T T T T T T T T G G G G G G G G G G G C C C C C C C C N C C C A G G G G G G G G G G G G A A A A G C C C C G G G G G G G G G G G C C C C C C C C C C C T T T T T A A A A A A A A A A A A HQ1 HQ2 HQ3 HQ4 HQ5 HQ6 HQ7 G G C C C C A T T T T TB1 TB2 TB3 TB4 TB5 TB6 TB7 TB8 TB9 TB10 TB11 TB12 TB13 TB14 A A A A A VN1 VN2 VN3 VN4 VN5 VN6 VN7 VN8 VN9 VN10 VN11 C C C C C C C C C G G T T T T T T T T T T T A A A A A A A A A A A C C C C C C C C C C C T T T T T T T T T T T T T T T T T T T T T T VT12 VT13 VT14 VT15 VT16 VT17 VT18 VT19 VT20 C C C C G C C C C C C C C C C C G G G G G G G G G T T T T T T T T T C C C C C C C C C C C C C C C C C C A A A A Các vị trí nucleotide giống mơ tả dấu chấm in đậm Cột thứ tự haplotype lợn rừng Dòng trình tự tương đồng tạo sau trình tự cytochrome xếp Clustal W Vị trí nucleotide gạch chân vị trí đa hình Nucleotide đơn Vị trí nucleotide đánh dấu vị trí sử dụng để phân biệt haplotype lợn châu Âu lợn châu Á 288 TẠP CHÍ SINH HỌC, 2012, 34(3SE): 285-291 Hình Mối quan hệ cá thể lợn rừng địa Việt Nam, lợn rừng lai, Hàn Quốc, Tây Ban Nha Uruguay mô tả NJ (Neighbour-joining) dựa trình tự 552 bp gen cytochrome b Giá trị Bootstrap (ngưỡng 50% lặp lại 100 lần) mô tả node NJ Trong nhóm động vật có vú, mức độ tương đồng cá thể VN1 giảm dần theo thứ tự bò, chó, ngựa, chuột, người (bảng 4) Tỷ lệ tiếp tục giảm so sánh với động vật không thuộc nhóm có vú (gà, ếch) Điều cho thấy, lợn rừng địa Việt Nam có mối quan hệ di truyền dựa trình tự cytochrome b gần với bò chó so với ngựa, chuột người Trình tự amino acid phần cytochrome b dài 184 amino acid (hình 2) dịch mã từ trình tự gen cytochomre b dài 552 bp so sánh với trình tự amino acid cytochrome b động vật khác từ GenBank với mã số truy cập mô tả bảng Bảng Tỷ lệ tương đồng nucleotide amino acid cytochrome b lồi động vật khác Lồi Accession number Bò (Bos taurus) Chó (Canis caballus) Ngựa (Equus caballus) Chuột (Mus musculus) Gà (Gallus gallus) Người (Homo sapiens) Ếch (Xenopus laevis) NC_006853 NC_002008 NC_001640 NC_005089 NC_001323 NC_012920 NC_001573 Kết phân tích Clustal W cho thấy, tỷ lệ tương đồng trình tự amino acid cytochrome b lợn địa Việt Nam so với động vật có vú khác cao tỷ lệ tương đồng trình tự nucleotide gen cytochrome b Tỷ lệ tương đồng nulceotide (%) 80 80 78 75 74 73 72 Tỷ lệ tương đồng protein (%) 82,1 82,6 80,4 77,7 69,6 72,3 66,8 Trong đó, tỷ lệ tương đồng trình tự amino acid cytochrome b lợn địa Việt Nam so với động vật khơng thuộc nhóm có vú lại thấp so với tỷ lệ tương đồng trình tự nucleotide gen cytochrome b Tỷ lệ tương 289 Nguyen Thi Phuong Mai, Le Ngoc Chau, Nguyen Khac Duy, Le Thanh Long, Hoang Nghia Son đồng gen cytochrome b lợn rừng địa Việt nam so với người thấp so với gà tỷ lệ tương đồng trình tự amino acid cytochrome b lợn rừng địa Việt Nam so với người lại cao so với gà Điều cho thấy trình tự amino acid cytochrome b động vật có vú có tính bảo tồn cao Hình Trình tự amino acid cytochrome b (184 amino acid) dịch mã từ trình tự gen cytochrome b (552 bp) KẾT LUẬN Như vậy, so sánh trình tự cytochrome b ty thể đánh giá mối quan hệ phát sinh loài cho thấy lợn rừng địa Việt Nam (ở Lạc Dương, tỉnh Lâm Đồng Tánh Linh, tỉnh Bình Thuận) nhóm phân biệt với quần thể lợn rừng khác giới Hàn Quốc, Tây Ban Nha hay Uruguay thông qua việc haplotype lợn rừng địa Việt Nam chứa đa hình nucleotide đơn đặc trưng vị trí 593 Lời cảm ơn: Chúng tơi chân thành cảm ơn Chương trình Tây Ngun hỗ trợ kinh phí cho đề tài nghiên cứu TÀI LIỆU THAM KHẢO Clop A., Amills M., Noguera J.L., Fernandez A., Capote J., Ramon M.M., Kelly L., Kljas J.M.H., Andersson L., Sanchez A., 2004 Estimating the frequency of Asian Cytochrome B haplotypes in standard European and local Spanish pig breeds Genet Sel Evol., 36: 97-104 Garcia G., Vergara J., Lombardi R., 2011 Genetic characterization and phylogeography of the wild boar Sus scrofa introduced into Uruguay Genetics and Molecular Biology, 34(2): 329-337 Fang M., Andersson L., 2006 Mitochondrial diversity in European and Chinese pigs is consistent with population expansions that occurred prior to dosmetication Pros R Soc B, 273: 1803-1810 Felsenstein J., 1985 Confidence limits on 290 phylogenies: An approach using the bootstrap Evolution, 39(4): 783791 Higgs P.G and Attwood T.K., 2005 Bioinformatics and Molecular Evolution, Blackwell Publishing Company, 170 Kim K I., Lee J H., Li K., Zhang Y P., Lee S S., Gongora J., Moran C., 2002 Phylogenetic relationships of Asian and European pig breeds determined by mitochondrial DNA D-loop sequence polymorphism Anim Genet., 33: 19-25 Mona S., Randi E., Ponzetta M T., 2007 Evolutionary history of the genus Sus inffered from cytochrome b sequences Molecular Phylogenetics and Evolution, 45: 757-762 Nguyen T D T., E Melchinger-Wild, Kuss A.W., Nguyen V.C., Bartenschlager H and Geldermann H., 2006 Comparison of Vietnamese and European pig breeds using microsatellites, J Anim Sci., 84: 2601-2608 Scandura M., Iacolina L., Apollonio M., 2011 Genetic diversity in the European wild boar Sus scrofa: phylogeography, population structure and wild x dosmetic hybridization Mammal Rev., 41(2): 125-137 10 Smith T F., Waterman M.S., 1981 Identification of common molecular subsequences, Journal of Molecular Biology 147: 195-197 11 Toro M A., Rodriganez J., Silio L., Rodrıguez M C., 2000 Genealogical analysis of a closed herd of black hairless Iberian pigs Cons Biol 14: 1843-1851 TẠP CHÍ SINH HỌC, 2012, 34(3SE): 285-291 AN ANALYSIS OF POLYMORPHISM AND A PHYLOGENETIC TREE USING MITOCHONDRIAL CYTOCHROME B OF WILD BOAR IN THE CENTRAL VIETNAM HIGHLANDS Nguyen Thi Phuong Mai1 , Le Ngoc Chau2, Nguyen Khac Duy2, Le Thanh Long2, Hoang Nghia Son2 (1) Tay Nguyen Institute of Biology, VAST (2 Institute of Tropical Biology, VAST SUMMARY Mitochondrial DNA have been used to study phylogenetic relationships in pigs (Sus scrofa) In this study, mitochondrial cytochrome b sequences was used to assess variable and polymorphism positions and genetic relationships in Vietnamese native wild boar, Vietnamese hybrid wild boar (Thailand wild boar and Vietnamese wild boar) and various other wild boars (Korean wild boar, Spain wild boar and Uruguay wild boar) DNA samples were collected from wild boar ears and mitochondrial cytochrome b sequences were amplified with specific primers, then sequenced with 3730 DNA Analyzer 552 bp of cytochrome b sequence were used for alignment Results showed that polymorphism positions were found in haplotypes and new polymorphism positions specifically appeared in 11 Vietnamese native wild boars An NJ (Neighbourjoining) tree was constructed to assess genetic relationships of different wild boars Bootstrap values (threshhold of 50% after 100 replicates) were used to assess the confidence in branching order The phylogenetic analysis of mitochondrial cytochrome b displayed three distinct mtDNA clades, one of Uruguay wild boar, one of Korean wild boar, Spain wild boar, Vietnamese hybrid wild boar and one of Vietnamese native wild boar Genetic distances for mitochondrial cytochrome b sequences showed that Uruguay mtDNA haplotypes (0.0032) and a group of Korean, Spain and Vietnam hybrid haplotypes (0.0054) and Vietnam native haplotypes (0.0078) formed three clusters that are well separated from each other The bootstrap percentages of three clades are higher than 70%, hence assignments of haplotypes into three clades are very reliable and indicating that the Vietnamese native wild boar group is genetically independent from other wild boar groups Keywords: haplotype, mitochondrial cytochrome b, phylogenetic tree, single nucleotide polymorphism, wild boar Ngày nhận bài: 21-6-2012 291 ... trình tự đa hình đặc trưng cho lợn địa Việt Nam, giúp phân biệt với cá thể lợn rừng khác Hàn Quốc, Tây Ban Nha hay Uruguay Mối quan hệ phát sinh lồi Trình tự gen cytochrome b cá thể lợn rừng địa Việt. .. Son B ng Vị trí đột biến đa hình vùng gen cytochrome b (552 bp) cá thể lợn rừng Haplotype Trình tự tương đồng Lợn rừng Uruguay Lợn rừng Hàn Quốc Lợn rừng Tây Ban Nha Lợn rừng địa Việt Nam Lợn rừng. .. gel (Biorad) giá mối quan hệ phát sinh loài tần suất haplotype cytochrome b (b ng 1) Giống lợn B n địa Việt Nam B n địa Việt Nam Lợn lai Việt Nam Thái Lan B n địa Hàn Quốc B n địa Tây Ban Nha B n