Nghiên cứu mối quan hệ phát sinh loài của cá ngựa (hippocampus SPP) và đa dạng di truyền của cá ngựa đen (hippocampus kuda blleeker, 1852) tại khu vực nam trung bộ

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NHA TRANG  HOÀNG KIM QUỲNH NGHIÊN CỨU MỐI QUAN HỆ PHÁT SINH LOÀI CỦA CÁ NGỰA (HIPPOCAMPUS SPP.) VÀ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA CÁ NGỰA ĐEN (HIPPOCAMPUS KUDA BLEEKER, 1852) TẠI KHU VỰC NAM TRUNG BỘ LUẬN VĂN THẠC SĨ Nha Trang - 2011 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NHA TRANG  HOÀNG KIM QUỲNH NGHIÊN CỨU MỐI QUAN HỆ PHÁT SINH LOÀI CỦA CÁ NGỰA (HIPPOCAMPUS SPP.) VÀ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA CÁ NGỰA ĐEN (HIPPOCAMPUS KUDA BLEEKER, 1852) TẠI KHU VỰC NAM TRUNG BỘ LUẬN VĂN THẠC SĨ Chuyên ngành: NUÔI TRỒNG THỦY SẢN Mã số: 60.62.70 Người hướng dẫn khoa học: TS ĐẶNG THÚY BÌNH Nha Trang - 2011 i LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng Các kết số liệu luận văn trung thực chưa cơng bố cơng trình nghiên cứu Tác giả luận văn Hoàng Kim Quỳnh ii LỜI CẢM ƠN Tôi xin chân thành cảm ơn Ban Giám hiệu, Khoa Ni trồng Thủy sản, Phịng Đào tạo Đại học Sau đại học, Viện Công nghệ sinh học Môi trường, trường Đại học Nha Trang quan tâm giúp đỡ, tạo điều kiện thuận lợi cho tơi suốt q trình học tập nghiên cứu vừa qua Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc đến TS Đặng Thúy Bình, người tận tình hướng dẫn, động viên dìu dắt tơi suốt trình định hướng nghiên cứu, thực đề tài viết luận văn tốt nghiệp Xin chân thành cảm ơn động viên, khích lệ giúp đỡ Thầy, Cô Khoa Nuôi trồng Thủy sản, trường Đại học Nha Trang truyền đạt cho kiến thức quý báu, động viên, giúp đỡ đóng góp ý kiến hữu ích cho tơi q trình thực đề tài viết luận văn tốt nghiệp Tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành đến Chi cục Ni trồng thủy sản Khánh Hịa tạo điều kiện cho tơi hồn thành khóa học Tơi xin gửi lời cảm ơn đến tập thể lớp CHNT09NT, anh Dũng, bạn Tâm, em Hà Ngoan nhiệt tình giúp đỡ, đóng góp ý kiến hữu ích cho tơi q trình viết hồn thành luận văn tốt nghiệp Cuối cùng, xin gửi lời cảm ơn đặc biệt đến gia đình động viên giúp đỡ vật chất tinh thần suốt thời gian học tập, nghiên cứu hoàn thành luận văn iii MỤC LỤC Trang LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC iii DANH MỤC CÁC BẢNG v DANH MỤC CÁC HÌNH vi DANH MỤC CÁC TỪ VÀ THUẬT NGỮ VIẾT TẮT vii MỞ ĐẦU CHƯƠNG I TỔNG LUẬN .3 1.1 Một số đặc điểm sinh học cá ngựa .3 1.1.1 Đặc điểm hình thái 1.1.2 Đặc điểm phân bố môi trường sống 1.1.3 Đặc điểm dinh dưỡng 1.1.4 Đặc điểm sinh trưởng 1.1.5 Đặc điểm sinh sản .8 1.2 Hiện trạng nghề khai thác nuôi cá ngựa Việt Nam 11 1.2.1 Tình hình sản xuất giống nuôi cá ngựa 11 2.2.2 Tình hình đánh bắt mua bán cá ngựa 12 1.3 Đa dạng di truyền cá ngựa số loài thủy sinh vật 13 1.3.1 DNA ti thể nghiên cứu di truyền quần thể 13 1.3.2 Các phương pháp nghiên cứu di truyền quần thể .15 1.3.3 Nghiên cứu mối quan hệ phát sinh loài đa dạng di truyền cá ngựa số loài thủy sinh vật khác 18 1.3.4 Nghiên cứu di truyền vấn đề bảo tồn cá ngựa .21 CHƯƠNG II VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 23 2.1 Địa điểm, thời gian đối tượng nghiên cứu 23 2.2 Sơ đồ khối nội dung nghiên cứu 24 2.3 Phương pháp nghiên cứu 25 2.3.1 Nghiên cứu đặc điểm hình thái 25 2.3.1.1 Phương pháp xác định số tiêu hình thái 25 2.3.1.2 Phương pháp định danh 26 2.3.2 Phương pháp nghiên cứu di truyền 27 iv 2.3.2.1 Tách chiết DNA, khuếch đại giải trình tự .27 2.3.2.2 Phân tích đa dạng lồi cá ngựa Hippocampus kuda dựa haplotype 28 2.3.2.3 So sánh trình tự loài cá ngựa 28 2.3.2.4 Phân tích mối quan hệ lồi tiến hóa (phylogenetic analysis).28 2.3.2.5 Phân tích di truyền quần thể loài cá ngựa đen Hippocampus kuda 29 CHƯƠNG III KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 33 3.1 Đặc điểm hình thái lồi cá ngựa thuộc giống Hippocampus vùng biển Khánh Hòa Phú Yên 33 3.1.1 Cá ngựa đen (Hippocampus kuda Bleeker, 1852) 33 3.1.2 Cá ngựa ba chấm (Hippocampus trimaculatus Leach, 1814) .34 3.1.3 Cá ngựa gai (Hippocampus spinosissimus Weber, 1913) 35 3.1.4 Cá ngựa gai nhọn (Hippocampus histrix Kaup, 1856) .35 3.1.5 Cá ngựa thân trắng (Hippocampus keloggi Jordan & Snyder, 1902) .36 3.1.6 Cá ngựa vằn (Hippocampus comes Cantor, 1850) .37 3.2 Đặc điểm di truyền cá ngựa .38 3.2.1 Khuếch đại DNA cá ngựa 38 3.2.2 Mối quan hệ phát sinh loài loài cá ngựa (Hippocampus spp.) .39 3.2.2.1 Mối quan hệ phát sinh loài dựa gen CO1 mtDNA 39 3.2.2.2 Mối quan hệ phát sinh loài dựa gen 16S mtDNA .42 3.2.3 Đa dạng di truyền cá ngựa đen Hippocampus kuda 47 3.2.4 So sánh mối quan hệ loài cá ngựa số nghiên cứu .50 3.3 Thảo luận 51 3.3.1 Phân loại cá ngựa dựa vào phương pháp hình thái 51 3.3.2 Mối quan hệ tiến hóa dựa thị phân tử .52 3.3.3 Sự đa dạng di truyền cá ngựa đen H kuda 54 CHƯƠNG IV KẾT LUẬN VÀ ĐỀ XUẤT Ý KIẾN 56 4.1 Kết luận 56 4.2 Đề xuất ý kiến 57 TÀI LIỆU THAM KHẢO 58 Tài liệu tiếng Việt: 58 Tài liệu tiếng Anh: 59 v DANH MỤC CÁC BẢNG Trang Bảng 1.1 Sinh trưởng cá ngựa đen nuôi Bảng 1.2 Độ dài mùa sinh sản số loài cá ngựa .9 Bảng 1.3 Sức sinh sản cá ngựa khả ấp cá ngựa đực (Trương Sĩ Kỳ, 1997, 2000) .10 Bảng 1.4 Danh mục số lồi cá ngựa ni giới .12 Bảng 2.1 Trình từ đoạn mồi sử dụng phản ứng PCR 27 Bảng 2.2 Các thơng số trình tự mơ hình tiến hóa phân tích đa dạng loài cá ngựa (Hippocampus spp.) (Modeltest 3.7, Akaike Information Criterion) 30 Bảng 2.3 Các thơng số trình tự mơ hình tiến hóa phân tích di truyền quần thể Hippocampus kuda (Modeltest 3.7, Akaike Information Criterion) 30 Bảng 2.4 Các trình tự gen 16S, CO1 mtDNA loài cá ngựa 31 Bảng 3.1 Kích thước, số lượng khối lượng cá ngựa (Hippocampus spp.) 38 Bảng 3.2 Sự tương đồng dựa gen CO1 mtDNA loài cá ngựa Việt Nam 41 Bảng 3.4 So sánh số kết nghiên cứu phát sinh loài cá ngựa 50 vi DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 1.1 Cá ngựa đen (Hippocampus kuda) Hình 1.2 Cá ngựa gai (Hippocampus spinosissimus) Hình 1.3 Cá ngựa vằn (Hippocampus comes); Hình 1.4 Cá ngựa ba chấm (Hippocampus trimaculatus) Hình 1.5 Cá ngựa gai nhọn (Hippocampus histrix); Hình 1.6 Cá ngựa thân trắng (Hippocampus kelloggi) .4 Hình 1.7 Các giai đoạn phát triển cá ngựa đen Hình 1.8 Cá ngựa chuyển trứng 10 Hình 1.9 DNA ti thể người 13 Hình 2.1 Sơ đồ khối nội dung nghiên cứu 24 Hình 2.2 Đặc điểm hình thái ngồi tiêu phân loại cá ngựa 25 Hình 2.3 Đặc điểm hình thái phân loại lồi cá ngựa Việt Nam .26 Hình 3.1 Cá ngựa đen (Hippocampus kuda) 33 Hình 3.3 Cá ngựa ba chấm (Hippocampus trimaculatus) 34 Hình 3.3 Cá ngựa gai (Hippocampus spinosissimus) .35 Hình 3.4 Cá ngựa gai nhọn (Hippocampus histrix) 36 Hình 3.5 Cá ngựa thân trắng (Hippocampus kelloggi) .36 Hình 3.6 Cá ngựa vằn (Hippocampus comes) 37 Hình 3.7 Kết điện di sản phẩm PCR mẫu cá ngựa .39 Hình 3.8 Cây phát sinh loài dựa gen CO1 mtDNA cá ngựa thu vùng biển Nam Trung Bộ 44 Hình 3.9 Cây phát sinh lồi dựa gen 16S mtDNA cá ngựa thu vùng biển Nam Trung Bộ 45 Hình 3.10 Cây đa dạng loài dựa gen CO1 mtDNA cá ngựa đen Hippocampus kuda thu vùng biển Nam Trung Bộ; 48 vii DANH MỤC CÁC TỪ VÀ THUẬT NGỮ VIẾT TẮT 18S rDNA Tiểu phần lớn DNA ribosome A,C,G,T Adenine, Cytocine, Guanine, Thymine AFLP Amplified Fragment Length Polymorphism BI Bayesain inference bp Base pair (cặp bazơ ) BT Giá trị bootstrap CO1 Cytochrome c oxidase subunit DNA, RNA Deoxyribonucleic acid, Ribonucleic acid dNTP Deoxynucleotide triphosphate EST Expressed Sequence Tag Haplotype Kiểu đơn HUFA Highly unsaturated fatty acids ITS2 rDNA Đoạn chèn số gen DNA ribosome Lineage Nhánh Marker Chỉ thị ML Maximum likelihood MP Maximum parsimony mtDNA Mitochondrial DNA (Hệ gen ti thể) PCR Polymerase Chain Reaction PP Posterior probability (giá trị tin cậy) RADP Random Amplified Polymorphic DNA RFLP Restriction fragment length polymorphism SNP Single Nucleotide Polymorphisms SSCP Single Strand Conformational Polymorphism MỞ ĐẦU Nước ta, với tiềm diện tích mặt biển lớn, có điều kiện lớn để phát triển nghề nuôi trồng khai thác thủy sản Trong năm qua, phát triển nghề nuôi thủy sản giữ vị trí quan trọng cấu GDP, góp phần giải việc làm, nâng cao thu nhập cải thiện đời sống nông ngư dân Bên cạnh đối tượng truyền thống cá tra, tôm sú, cá biển,…, cá ngựa gần đây, với ứng dụng bật y học sinh vật cảnh, trở thành đối tượng quan trọng thu hút quan tâm người nuôi nhà nghiên cứu Việt Nam năm quốc gia xuất cá ngựa nhiều giới Trung bình, Việt Nam bán khoảng 6,5 cá ngựa (tương ứng với khoảng 2,2 triệu con) năm, chủ yếu xuất sang Trung Quốc (Vincent, 1996; Giles ctv, 2005) Mặc dù số loài cá ngựa sản xuất giống nuôi thương phẩm thành công phần lớn sản lượng khai thác từ tự nhiên Những hạn chế công tác quản lý, quy hoạch bảo vệ nguồn lợi thủy sản nói chung cá ngựa nói riêng mà ngun nhân thiếu nghiên cứu làm sở cho việc xây dựng giải pháp bảo tồn dẫn đến việc khai thác mức cạn kiệt nguồn lợi cá ngựa nước ta Hậu nhiều loài bị suy giảm nghiêm trọng sản lượng kích thước khai thác, ngày nhiều loài liệt vào sách đỏ Việt Nam quan trọng suy giảm mức độ đa dạng di truyền nhiều quần thể cá ngựa nước ta Trong đó, cá ngựa vốn có khả sinh sản thấp, di chuyển, hình thức giao phối đặc biệt khiến chúng dễ dàng đối tượng hình thức khai thác mức (Lourie ctv, 1999) Nghiên cứu sinh sản nhân tạo cá ngựa nước ta đề cập nhiều nghiên cứu Tuy nhiên, nghiên cứu chuyên sâu liên quan đến điều tra nguồn lợi đa dạng di truyền cá ngựa nước ta hạn chế, ngoại trừ cơng trình nghiên cứu Lourie ctv (1999) nghiên cứu gần Ngô Đăng Nghĩa Đặng Thúy Bình (2009) Các nghiên cứu mối quan hệ phát sinh loài cá ngựa đa dạng di truyền cá ngựa đen khu vực Nam Trung Bộ nước ta – vùng có nhiều lồi cá ngựa phân bố tự nhiên chưa đề cập Trong tổng số 106 lồi cá ngựa cơng bố (McAllister, 1990), nhiều lồi số bị định danh nhầm (McAllister, 1990; Eschmeyer, 1996) thiếu tính đa 56 CHƯƠNG IV KẾT LUẬN VÀ ĐỀ XUẤT Ý KIẾN 4.1 Kết luận Nghiên cứu thành phần loài cá ngựa khu vực Khánh Hòa Phú Yên ghi nhận loài bao gồm cá ngựa đen Hippocampus kuda, cá ngựa thân trắng H kelloggi, cá ngựa ba chấm H trimaculatus, cá ngựa gai nhọn H histrix, cá ngựa gai H spinosissimus cá ngựa vằn H comes Trong đó, lồi đầu có tên sách đỏ Việt Nam Cá ngựa có đặc điểm hình thái đặc trưng khác biệt so với hầu hết loài cá khác, chúng phân biệt thơng qua đặc điểm hình thái như: màu sắc, số lượng đốt xương vòng, đặc điểm chùm gai đỉnh đầu, số lượng tia vây Tuy nhiên, việc định danh xác lồi cá ngựa cần có kết hợp phương pháp phân loại theo hình thái di truyền Kết phân tích gen CO1 mtDNA cho thấy cá ngựa thân trắng cá ngựa gai có mối quan hệ gần gũi Các cặp cá ngựa đen cá ngựa thân trắng; cá ngựa đen cá ngựa gai; cá ngựa vằn cá ngựa gai nhọn có mối quan hệ di truyền gần gũi Hai loài cá ngựa ba chấm cá ngựa vằn có quan hệ gần gũi mặt di truyền với lồi cịn lại Kết phân tích gen 16S mtDNA cho thấy mức độ tương đồng trình tự gen loài cá ngựa Việt Nam cao (trên 90%) Cá ngựa đen cá ngựa thân trắng có mức độ gần gũi mặt di truyền (0,952) Cá ngựa vằn gần với cá ngựa gai Ba loài cá ngựa đen, cá ngựa thân trắng cá ngựa gai có quan hệ gần gũi với Cá ngựa ba chấm khơng có quan hệ gần với lồi có mức độ gần gũi mặt di truyền với cá ngựa vằn Xét gen CO1 mtDNA 16S mtDNA, lồi cá ngựa nghiên cứu có mối quan hệ gần gũi với loài cá ngựa giới Cá ngựa đen (H kuda) gần gũi mặt di truyền loài H reidi, H algiricus, H ingens, H capensis, H fuscus, H fisheri, H borboniensis, H kuda, H guttulatus Cá ngựa gai (H spinosissimus) cá ngựa thân trắng (H kelloggi) gần gũi với gần với lồi H queenslandicus Cá ngựa ba chấm (H trimaculatus) có mối quan hệ gần gũi với loài H mohnikei H 57 coronatus Cá ngựa vằn (H comes) cá ngựa gai nhọn (H histrix) khơng có mối quan hệ cụ thể phát sinh loài cá ngựa dựa gen CO1 mtDNA chúng có quan hệ gần với loài H subelongatus, H barbouri H whitei dựa gen 16S mtDNA Sự đa dạng cá ngựa đen khu vực Khánh Hòa Phú Yên mức độ vừa phải (7 haplotype 25 cá thể) Các haplotype cá ngựa đen Việt Nam có vị trí gần gũi với haplotype cá ngựa đen vùng biển Ấn Độ - Thái Bình dương (Ấn Độ, Đài Loan, Papua New Guinea) cho thấy tương đồng mặt địa lý 4.2 Đề xuất ý kiến Cần có biện pháp bảo tồn nguồn gen loài cá ngựa, đặc biệt loài sách đỏ Tránh nguy khai thác mức, giảm đa dạng di truyền thối hóa giống Cần có nghiên cứu sâu với thời gian dài hơn, nhiều loài cá ngựa vùng địa lý để đánh giá xác mức độ đa dạng loài, cấu trúc quần thể suy giảm nguồn lợi cá ngựa nước ta Cần có nghiên cứu sâu gen khác cytochrome b mtDNA, 18S rDNA, ITS2 rDNA, để có thêm đánh giá xác mối quan hệ phát sinh loài đa dạng di truyền loài cá ngựa nước ta 58 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng Việt: Hồ Thị Hoa, 2006 Thử nghiệm nuôi lồng cá ngựa đen (Hippocampus kuda) vịnh Nha Trang – Khánh Hòa, Tuyển tập nghiên cứu biển XV, tr 254 – 260 Trương Sĩ Kỳ, Nguyễn Cho, Đào Xuân Lộc, Nguyễn Thanh Tùng Dương Thị Thơm, 1993 Đặc điểm sinh học khả nuôi trồng loài cá ngựa đen Hippocampus kuda vùng biển Khánh Hịa, Hội nghị sinh học biển tồn quốc lần thứ III, tr 156 – 163 Trương Sĩ Kỳ Đoàn Thị Kim Loan, 1994, Đặc điểm sinh sản loài cá ngựa đen Hippocampus kuda sống vùng cửa sông cửa bé Nha Trang, Tuyển tập nghiên cứu biển V, tr 111 – 120 Trương Sĩ Kỳ, 1997 Đặc điểm sinh sản cá ngựa gai (Hippocampus histrix) cá ngựa ba chấm (H trimaculatus) sống vùng biển Bình Thuận, Tuyển tập báo cáo khoa học hội nghị sinh học biển toàn quốc lần thức nhất, tr 329 – 337 Ngô Đăng Nghĩa, Đặng Thúy Bình, 2009 Nghiên cứu biến dộng di truyền quần thể cá ngựa gai (Hippocampus spinosissimus) vùng biển Phú Quốc Tạp chí Khoa học-Cơng nghệ Thủy sản, số đặc biệt 2009: trang 105-112 Trần Sương Ngọc, Nguyễn Hồng Lộc Vũ Đỗ Quỳnh, 1997 Theo dõi số tập tính dinh dưỡng cá ngựa đen (Hippocampus kuda) Tuyển tập báo cáo khoa học hội nghị sinh học biển toàn quốc lần thứ I, tr 320 – 328 Trương Sĩ Kỳ, 2000 Kỹ thuật nuôi cá ngựa biển Việt Nam Nxb Nông nghiệp, TPHCM, 58 tr Trương Sĩ Kỳ, Hồng Đức Lư, Ngơ Đăng Nghĩa, Đặng Thúy Bình, Bùi Văn Khánh, 2006a Cải tiến qui trình sản xuất giống cá ngựa đen (Hippocampus kuda) vùng biển Khánh Hòa, Tuyển tập nghiên cứu biển XV, tr 248 – 253 Trương Sĩ Kỳ, 2006b Kinh doanh nuôi cá ngựa giới http://www.thanhnien.com.vn 59 Tài liệu tiếng Anh: 10 Avise JC., 1995 Mitochondrial DNA polymorphism and a connection between genetics and demography of relevance to conservation Conservation Biology 9(3): 686–690 11 Avise, J.C., 1989 A role for molecular genetics in the recognition and conservation of endangered species Trends in Ecology & Evolution 4, 279–281 12 Avise, J.C., 2009 Phylogeography: retrospect and prospect Journal of Biogeography 36, 3–15 13 Ballard, J.W.O., Whitlock, M.I.C., 2004 The incomplete natural history of mitochondria Molecular Ecology 13:729-744 14 Bartlett S.E., Davidson WS., 1991 Identification of Thunnus species by the polymerase chain reaction and direct sequence analysis of their mitochondrial cytochrome b genes Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 48: 309–317 15 Bell, E.M., Lockyear, J.F., McPherson, J.M., Marsden, A.D & Vincent, A.C.J., 2003 The first field studies of an endangered South African seahorse, Hippocampus capensis Environmental Biology of Fishes 67, 35–46 16 Boisseau, J., 1967 Les regulations hormonal esdel’ incubationchezun Vertebremale: ´recherches surla reproductiondel ’Hippocampe PhD thesis, l’Universite de Bordeaux, France 17 Brown W.M., George M Jr and Wilson AC., 1979 Rapid evolution of animal mitochondrial DNA Proc Natl Acad Sci 18 Cabo, F.L., 1979 Ictiologiadel Mar Menor (Murcia): losfisostomos Murcia, Argentina: Secretariadode Publicaciones, Universidadde Murcia 19 Cai, N., Xu, Q., Yu, F., Wu, X & Sun, G., 1984a Development of embryo of Hippocampus trimaculatus Studia Marina Sinica 23, 95–104 20 Cai N., Xu Q., Yu F., Wu X and Sun G., 1984b Study on the reproduction of the seahorse Hippocampus trimaculatus, Studia Marina Sinica 23, pp 83-93 60 21 Casey, S.P., 1999 Conservation genetics of seahorse (Hippocampus species) PhD thesis, University of London, Queen Mary and Westfield College, London, U.K 22 Casey, S.P., Hall, H.J., Stanley, H.F & Vincent, A.C.J., 2004 The origin and evolution Of seahorses (genus Hippocampus): a phylogenetic study using the cytochrome b gene of mitochondrial DNA Molecular Phylogenetics and Evolution 30, 261–272 23 Choo, C.K & Liew, H.C., 2003 Spatial distribution, substrate assemble ages and size composition of seahorses (Family Syngnathidae) in the coastal waters of Penninsular Malaysia Journal of Marine Biology Association U.K 83, 271–276 24 Cunningham, C.O., McGillivray, D.M., MacKenzie, K., Melvin, W.T., 1995 Discrimination between Gyrodactylus salaris, G derjavini and G truttae (Platyhelminthes: Monogenea) using restriction fragment length polymorphisms and an oligonucleotide probe within the small subunit ribosomal RNA gene Parasitology 111 (Part 1):87-94 25 Cunningham, C.O., Mo, T.A., Collins, C.M., Buchmann, K., Thiery, R., Blanc, G., Lautraite, A., 2001 Redescription of Gyrodactylus teuchis Lautraite, Blanc, Thiery, Daniel & Vigneulle, 1999 (Monogenea: Gyrodactylidae), a species identified by ribosomal RNA sequence Systematic Parasitology 48:141-150 26 Darwin, Charles, 1859 On the Origin of Species (1st ed.) London: John Murray pp 27 Duellman WE, Hillis DM., 1987 Marsupial frogs (Anura: Hylidae: Gastrotheca) of the Ecuadorian Andes: Resolution of taxonomic problems and phylogenetic relationships Herpetologica 43: 135–167 28 Eschmeyer, W N., Ferraris, CJ Jr., Mysi Dang Hoang, Long, D J., 1996 A catalogue of the species of fishes San Francisco: California Academy of Sciences 29 Foster, S.J.&Vincent, A.C.J., 2004 Life history and ecology of sea horses: implications for conservation and management Journal of Fish Biology 65, 1–61 61 30 Francis, M., 1988 Coastal Fishes of NewZealand Auckland, New Zealand: Heinemann Reid 31 Frankham, R., 2010 Challenges and opportunities of genetic approaches to biological conservation Biological Conservation 143, 1919–1927 32 Galbusera, P H A., Gillemot, S., P, Jouk, P R Teske, B Hellemans, F A M J Volckaert., 2007 Isolation of microsatellite markers for the endangered Knysna seahorse Hippocampus capensis and their use in the detection of a genetic bottleneck Molecular Ecology Notes, 7(4), 638 – 640 33 Gavrilets S., 2003 "Perspective: models of speciation: what have we learned in 40 years?" Evolution; international journal of organic evolution 57 (10): 2197–215 34 Giles BG., Truong SK., Hoang DH., Vincent ACJ., 2006 The catch and trade of seahorses in Vietnam Biodivers Conserv 15(8):2497–2513 35 Gomon, M.F., 1997 Aremarkable new pygmy sea horse (Syngnathidae: Hippocampus) from Southeastern Australia, with a redescriptionof H bargibanti Whitley from New Caledonia Memoirs of the Museum of Victoria 56, 245–253 36 Goswami, M., Thangaraj, K., Chaudhary, B.K., Bhaskar, L.V.S.K., Gopalakrishnan, A., Joshi, M.B., Singh, L & Lakra, W.S., 2009 Genetic heterogeneity in the Indian stocks of seahorse (Hippocampus kuda and Hippocampus trimaculatus) inferred from mtDNA cytochrome b gene Hydrobiologia 621, 213–221 37 Grange, N & Cretchley, R., 1995 A preliminary investigation of the reproductive behaviour of the Knysna seahorse Hippocampus capensis Boulanger, 1900 South African Journal of Aquatic Sciences 21, 103–104 38 Griffiths, William M.; Miller, Jeffrey H.; Suzuki, David T et al., 2000 "Bacterial conjugation" An Introduction to Genetic Analysis (7th ed.) New York: W H Freeman 62 39 Hall, T A., 1999 BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT Nuclelic Acid Symposium Series, 41, 95-98 40 Heather H., (2005) Syngathyd husbandry in Public aquariums, ZSL 137p 41 Hebert, P.D.N., Cywinska, A., Ball, S.L., De Waard, J.R., 2003 Biological identifications through DNA barcodes Proc.R.Soc.B 270:313-321 42 Hebert, P.D.N., Penton, E.H., Burns, J.M., Janzen, D H., Hallwachs, W., 2004 Ten species in one: DNA barcoding reveals cryptic species in the neotropical skipper butterfly Astraptes fulgerator Proc Natl Acad Sci USA 101:14 81214 817 43 Herald, E.S & Rakowicz, M., 1951 Stable requirements for raising seahorses Aquarium Journal 22, 234–242 44 Hiendleder, S., Thomsen, H., Reinsch, N., Bennewitz, J., Leyhe-Horn, B., Looft, C., Xu, N., Medjugorac, I., Russ, I., Kühn, C., Brockmann, G.A., Blümel, J., Brenig, B., Reinhardt, F., Reents, R., Averdunk, G., Schwerin, M., Förster, M., Kalm, E., and Erhardt, G., 2003 Mapping of QTL for body conformation and behaviour in cattle J of Heredity 94, 496-506 45 Hughes, A.R., Williams, S.L., Duarte, C.M., Heck, K.L & Waycott, M., 2009 Associations of concern: declining seagrasses and threatened dependent species Frontiersin Ecology and the Environment 7, 242–246 46 Hung, P.H., Nguyen, T.T.T, Supawadee, P., Na-Nakorn, U., 2009 Microsatellites revealed no genetic differentiation between hatchery and contemporary wild populations of striped catfish, Pangasianodon hypophthalmus (Sauvage 1878) in Vietnam Aquaculture 291: 154–160 47 Huelsenbeck JP., Ronquist F., 2001 MRBAYES: Bayesian inference of phylogenetic tres Bioinformatic, 17: 754-755 48 IUCN, 2010 IUCN Red List of Threatened Species Available at www.iucnredlist.org (April 2010version) 63 49 Job S D., Do H.H., Meeuwig J J., Hall H J., 2002 Culturing the oceanic seahorse, Hippicampus kuda Aquaculture 214, pp 333– 341 50 Jones, A G., Moore, G I., Kvarnemo, C., Walker, D & Avise, J.C., 2003 Sympatric speciation as aconsequence of male pregnancy in seahorses 51 Kendrick, A J and Hyndes, G A., 2005 Variations in the dietary compositions of morphologically diverse syngnathid fishes Environ Biol Fishes 72, 415427 52 Kitsos, M.-S., Tzomos, T., Anagnostopoulou, L and Koukouras, A., 2008 Diet composition of the seahorses, Hippocampus guttulatus Cuvier, 1829 and Hippocampus hippocampus (L., 1758) (Teleostei, Syngnathidae) in the Aegean Sea J Fish Biol 72, 1259-1267 53 Knowlton, N., 1993 Sibling species in the sea Annu Rev Ecol Syst 24, 189–216 54 Kochzius M, Nuryanto A., 2008 Strong genetic population structure in the boring giant clam, Tridacna crocea, across the Indo-Malay Archipelago: implications related to evolutionary processes and connectivity Molecular Ecology 17: 3775–3787 55 Kornienko, E., 2001 Reproduction and development in some genera of pipefish and seahorses of the family Syngnathidae Russian Journal of Marine Biology 27, 15–26 56 Kühn, C., Bennewitz, J., Reinsch, N., Xu, N., Thomsen, H., Looft, C., Brockmann, C A., Schwerin, M., Weimann, C., Hiendleder, S., Erhardt, G., Medjugorac, I., Förster, M., Brenig, B., Reinhardt, F., Reents, R., Russ, I., Averdunk, G, Blümel, J., and Kalm, E., 2003 Quantitative trait loci mapping of functional traits in the German Holstein cattle population J Dairy Sci 86, 360–368 57 Kuiter, R H., 2000 Sea horses, Pipe fishes and their Relatives: A Comprehensive Guide to Syngnathiformes Chorleywood, U.K.: TMC Publishing 64 58 Kuiter, R H., 2001 Revision of the Australian seahorses of the genus Hippocampus (Sygnathioformes: Syngnathidae) with a description of nine newspecies Records of the Australian Museum 53, 293–340 59 Lopez, A., Vera, M., Otero-Ferrer, F., Pardo, B.G., Martínez, P., Molina, L & Bouza, C., 2010 Species identification and genetic structure of threatened seahorses in Gran Canaria Island (Spain) using mitochondrial and microsatellite markers Conservation Genetics 11, 2431–2436 60 Lourie, S A., Pritchard, J.C., Casey, S.P., Truong, S.K., Hall, H.J & Vincent, A.C.J., 1999 The taxonomy of Vietnam’s exploited seahorses (family Syngnathidae) Bio-logical Journal of the Linnean Society 66, 231–256 61 Lourie, S A., 2001 Seahorses (Genus Hippocampus) of Indonesia Field survey report McGill University, Montreal, Canada 62 Lourie, S A & Vincent, A.C.J., 2004 Amarine fish follows Wallace’s Line: the phylogeography of the three-spot seahorse (Hippocampus trimaculatus, Syngnathidae, Teleostei) in Southeast Asia Journal of Biogeography 31, 1975–1985 63 Lourie S A., DM Green, ACJ Vincent., 2005 Dispersal, habitat differences, and comparative phylogeography of Southeast Asian seahorses (Syngnathidae: Hippocampus) Mol Ecol 14: 1073-1094 64 Lythgoe, J & Lythgoe, G., 1971 Fishes of the Sea London, U.K.: Blandford Press 65 McAllister D E., 1990 Linnean Systems Taxonomic Dictionary Listing In Working list of the fishes of the world, 23–37 66 Meyer A., 1994 Shortcomings of the cytochrome b gene a samolecular marker Trends in Ecology and Evolution 9(8): 278–280 67 Mi, P.T., Kornienko, E.S & Drozdov, A L., 1998 Embryonic and larval development of the seahorse Hippocampus kuda Russian Journal of Marine Biology 24, 325–329 68 Mobley, K.B., Small, C.M., Jue, N.K & Jones, A.G., 2010 Population structure of the dusky pipefish (Syngnathusfloridae) from the Atlantic and Gulf 65 of Mexico, as revealed by mitochondrial DNA and microsatellite analyses Journal of Biogeography 37, 1363–1377 69 Mobley, K.B., Small, C.M., and Jones, A.G., 2011 The genetics and genomics of Syngnathidae: pipefishes, seahorses and seadragons Journal of Fish Biology 70 Moritz C 1994 Applications of mitochondrial DNA analysis in conservation: acritical review Molecular Ecology 3: 401–411 71 Munro, I.S.R., 1967 The Fishes of New Guinea Port Moresby, New Guinea: Department of Agriculture, Stock and Fisheries Whitfield, A.K (1995) Threatened fishes of the world: Hippocampus capensis Boulenger, 1990 (Syngnathidae) Environmental Biology of Fishes 44, 362 72 Nickel E J., 2009 The diversity of Hippocampus abdominalis in New Zealand Master thesis of science, The university of Waikato 73 Nylander, J A., 2004 Mr Modeltest v2 Program distributed by the author Evolutionary Biology Centre Uppsala University, Uppsala, Sweden 74 Olivotto, I., Avella, A.M., Sampaolesi, G., Piccinetti, C.C., Ruiz Navarro, P., Carnevali, O., 2008 Breeding and rearing the longsnout seahorse Hippocampus reidi: rearing and feeding studies Aquaculture 283, 92–96 75 Otero-Ferrer, F., Molina, L., Socorro, J., Herrera, R., Fernández-Palacios, H., Izquierdo, M.S., 2010 Live prey first feeding regimes for short-snouted seahorse Hippocampus hippocampus (Linnaeus, 1758) juveniles Aquaculture Research, 41 (9): 8–19 76 Page, R D M., 1996 TREEVIEW: An application to display phylogenetic trees on personal computers Computer Appl Biol Sci 12, 357-358 77 Panithanarak, T., Karuwancharoen, R., Na-Nakorn,U & Nguyen, T.T.T., 2010 Population genetics of the spotted seahorse (Hippocampus kuda) in Thai waters: implications for conservation Zoological Studies 49, 564–576 66 78 Pardo, B G., A López, P Martínez, C Bouza., 2007 Novel microsatellite loci in the threatened European long-snouted seahorse (Hippocampus guttulatus) for genetic diversity and parentage analysis Conservation Genetics 8(5), 1243-1245 79 Payne, M.F & Rippingale, R.J., 2000 Rearing West Australian seahorse, Hippocampus subelongatus, juveniles oncopepod nauplii andenriched Artemia Aquaculture 188, 353–361 80 Perante, N.C., Vincent, A.C.J & Pajaro, M.G., 1998 Demographics of the seahorse Hippocampus comes in the central Philippines In Proceedings of the 3rd International Conference on the Marine Biology of the South China Sea, pp 439–448 HongKong, China: HongKong University Press 81 Perante N C, Pajaro M G, Meeuwing J J., 2002 Biology of a seahorse species Hippocampus comes in the central Philippines Journal of Fish Biology 60, pp 821 – 837 82 Pihl, L., Baden, S., Kautsky, N., Ronnback, P., Soderqvist, T., Troell, M & Wennhage, H., 2006 Shift in fish assembl ages tructure due to loss of seagrass Zosteramarina habitats in Sweden Estuarine Coastal and Shelf Science 67, 123–132 83 Planas M., P Quintas, A Chamorro and J.L Balcázar, 2009 Hushbandry and rearing of the seahorse Hippocampus guttulatus (Project Hippocampus) World Aquaculture 2009, Veracruz (México), 25-29 Sept 2009 84 Posada, D., and K A Crandall., 1998 Modeltest: testing the model of DNA substitution Bioinformatics 14: 817-818 85 Powers DA.1991 Evolutionary genetics of fish Advances in Genetics 29: 120–228 86 Rosa, I.L., Dias, T.L & Baum, J.K., 2002 Threatened fishes of the world: Hippocampus reidi Ginsburg, 1933 (Syngnathidae) Environmental Biology of Fishes 64, 738 87 Saarman, N.P., Louie, K.D & Hamilton, H., 2010 Genetic differentiation across eastern Pacific oceanographic barriers in the threatened seahorse Hippocampus ingens Conservation Genetics 11, 1989–2000 67 88 Scales, H., 2010 Advances in the ecology, biogeography and conservation of seahorses (genus Hippocampus) Progress in Physical Geography 34, 443–458 89 Schander, C., and E.Willassen, 2005.What can biological barcoding for marine biology Mar Biol Res 1:79–83 90 Sheng, J., Lin, Q., Chen, Q., Gao, Y., Shen, L., Lu, J., 2006 Effects of food, temperature and light intensity on the feeding behavior of three-spot juvenile seahorses, Hippocampus trimaculatus Leach Aquaculture 256, 596–607 91 Shokri, M.R., Gladstone, W & Jelbart, J., 2009 The effectiveness of seahorses and pipefish (Pisces: Syngnathidae) as a flagship group to evaluate the conservation value of estuarine seagrass beds Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems 19, 588–595 92 Song, C.B., Near, T.J., Page, L.M., 1998 Phylogenetic relations among Percid fishes as inferred from mitochondrial cytochrome b sequence data Mol Phylogenet Evol 10, 343–353 93 Strawn, K., 1958 Life history of the pigmyseahorse, Hippocampus zosterae Jordanand Gilbert, at CedarKey, Florida Copeia 1958, 16–22 94 Sturmbauer C, Verheyen E, Meyer A., 1994 Mitochondrial phylogeny of the Lamprologini, the Major substrate spawning lineage of cichlidfishes from Lake Tanganyika in Eastern Africa Molecular Biology and Evolution 11(4): 691–703 95 Swofford, D L., G J Olsen, P J Waddell, and D M Hillis., 1996 Phylogenetic inference 407–514 2nd edition Pp in Molecular systematics eds D.M Hillis, C Moritz, B.K Mable Sunderland, MA: Sinauer 96 Swofford, D L., 2001 PAUP: Phylogenetic analysis using parsimony (and other methods) Sinauer Associates, Sunderland MA 97 Tautz, D., P Arctander, A Minelli, R.H Thomas, and A P Vogler., 2003 A plea for DNA taxonomy Trends Ecol Evol 18:71–74 68 98 Teixeira, R.L & Musick, J.A., 2001 Reproduction and food habits of the lined seahorse, Hippocampus erectus (Teleostei: Syngnathidae) of Chesapeake Bay, Virginia Review Brazilian Biology 61, 79–90 99 Teske, P.R., Cherry, M.I & Matthee, C.A., 2003 Population genetics of the endangered Knysna seahorse, Hippocampus capensis Molecular Ecology 12, 1703–1715 100 Teske, P.R., Cherry, M.I & Matthee, C.A., 2004 The evolutionary history of seahorses (Syngnathidae: Hippocampus): molecular data suggest a West Pacific origin and two invasions of the Atlantic Ocean Molecular Phylogenetics and Evolution 2004, 273–286 101 Teske, P.R., Hamilton, H., Palsboll, P.J., Choo, C.K., Gabr, H., Lourie, S.A., Santos, M., Sreepada, A., Cherry, M.I & Matthee, C.A., 2005 Molecular evidence for long distance colonization in an Indo-Pacific seahorse lineage Marine Ecology Progress Series 286, 249–260 102 Teske, P R., Papadopoulos, I., Zardi, G I., McQuaid, C D., Edkins, M T., GriYths, C L., Barker, N P., 2007 Implications of life history for genetic structure and migration rates of southern African coastal invertebrates: planktonic, abbreviated and direct development 103 Teske, P.R & Beheregaray, L.B., 2009 Evolution of seahorses’ upright posture was liked to oligocene expansion of seagrass habitats Biology Letters 5, 521– 523 104 Thangaraj, M., Lipton, A P., 2010 Genetic identity of three Indian populations of the three spotted seahorse, Hippocampus trimaculatus Advan Biol Res., (1): 37-41 105 Vincent A C J & Sadler L M., 1995, Faithful pair bonds in wild seahorse, Hippocampus whitei, Animal Behaviour 50, pp 1557-1569 106 Vincent, A.C.J., 1996 The International Trade in Seahorses Cambridge, U.K.: Traffic International 69 107 Waycott, M., Duarte, C.M., Carruthers, T.J.B., Orth, R.J., Dennison, W.C., Olyarnik, S., Calladine, A., Fourqurean, J.W., Heck, K.L., Hughes, A.R., Kendrick, G.A., Kenworthy, W.J., Short, F.T & Williams, S.L., 2009 Accelerating loss of seagrasses across the globe threatens coastal ecosystems Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 106, 12377–12381 108 Weiss T., 2004, Seahorse food and feeding: A brief overview of what and how to feed your seahorse Http://www.seahorse.org/library/SeahorseFoods.php 109 Wilson, M.J & Vincent, A.C.J., 1998 Preliminary success in closing the lifecycle of exploited seahorse species, Hippocampus spp., in captivity Aquarium Sciences and Conservation 2, 179196 110 Wilson, A B., Vincent, A., Ahnesjă o, I & Meyer, A., 2001 Male pregnancy in seahorses and pipefishes (family Syngnathidae): rapid diversification of paternal brood pouch morphology inferred from a molecular phylogeny Journal of Heredity 92, 159–166 111 Wilson, A B., Ahnesj ă O., I., Vincent, A C J & Meyer, A., 2003 The dynamics of male brooding, mating patterns, and sex roles in pipefishes and seahorses (family Syngnathidae) Evolution 57, 1374–1386 112 Wolf, YI.; Rogozin, IB.; Grishin, NV.; Koonin, EV., 2002 "Genome trees and the tree of life." Trends in genetics 18 (9): 472–9 113 Wong, J M & Benzie, J A H., 2003 The effects of temperature, Artemia enrichments, stocking density and light on the growth of juvenile seahorse, Hippocampus whitei (Bleeker, 1855) from Australia Aquaculture 228, 107–121 114 Woodall, L C., Koldewey, H J., Santos, S.V & Shaw, P W., 2009 First occurrence of the lined seahorse Hippocampus erectus in the eastern Atlantic Ocean 115 Woods, C.M.C., 2000 Preliminary observations on breeding and rearing the seahorse Hippocampus abdominalis (Teleostei: Syngnathidae) incaptivity New Zealand Journal of Marine and Freshwater Research 34, 475–485 70 116 Woods, C.M.C., 2002 Natural diet of the seahorse Hippocampus abdominalis The New Zealand Journal of Marine and Fresh water Research 36, 655–660 117 Woods C M C & Valentino F., 2003a Frozen mysids as an alternative to live Artemia in culturing seahorse Hippocampus abdominalis, Aquaculture Research 34, pp 757– 763 118 Woods C M C., 2003b Growth and survival of juvenile seahorse Hippocampus abdominalis reared on live, frozen and artificial foods, Aquaculture 220, pp 287 – 298 119 Woods, C.M.C., 2003c Growth and survival of juvenile seahorse Hippocampus abdominalis reared on live, frozen and artificial foods Aquaculture 220(2): 287–298 120 Woodwin N B., Dulvy N K., & Reynolds J D., 2002 Life-history correlates of the evolution of live bearing in fishes Philisiphical Transactions of the Royal Society of London B 357, pp 259-267 121 Wu, X.Y., Chilton, N.B., Zhu, X.Q., Xie, M.Q., Li, A.X., 2005 Molecular and morphological evidence indicates that Pseudorhabosynochus lantauensis (Monogenea: Diplectanidae) represents two species Parasitology 130:669-677 122 Xu, G., 1985 Fish Mariculture Studies in China ICLARM Newsletter 8, 5–6 ... ? ?Nghiên cứu mối quan hệ phát sinh loài cá ngựa (Hippocampus spp.) đa dạng di truyền cá ngựa đen (Hippocampus kuda Bleeker, 1852) khu vực Nam Trung Bộ? ?? thực nhằm bước đầu xây dựng mối quan hệ loài. .. trình nghiên cứu Lourie ctv (1999) nghiên cứu gần Ngơ Đăng Nghĩa Đặng Thúy Bình (2009) Các nghiên cứu mối quan hệ phát sinh loài cá ngựa đa dạng di truyền cá ngựa đen khu vực Nam Trung Bộ nước...BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NHA TRANG  HOÀNG KIM QUỲNH NGHIÊN CỨU MỐI QUAN HỆ PHÁT SINH LOÀI CỦA CÁ NGỰA (HIPPOCAMPUS SPP.) VÀ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA CÁ NGỰA ĐEN (HIPPOCAMPUS KUDA