Nghiên cứu giá trị của phương pháp giải trìnhtự gen thế hệ mới phát hiện lệch bội nhiễm sắc thể thai bằng DNA thai tự do trong máu mẹ

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI BỘ Y TẾ HOÀNG HẢI YẾN CÁC PHƯƠNG PHÁP SÀNG LỌC LỆCH BỘI NHIỄM SẮC THỂ CHUYÊN ĐỀ TIẾN SĨ HÀ NỘI – 2017 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI BỘ Y TẾ HOÀNG HẢI YẾN CÁC PHƯƠNG PHÁP SÀNG LỌC LỆCH BỘI NHIỄM SẮC THỂ Người hướng dẫn khoa học: TS Trần Huy Thịnh Cho đề tài: Nghiên cứu giá trị phương pháp giải trình tự gen hệ phát lệch bội nhiễm sắc thể thai DNA thai tự máu mẹ Chuyên ngành : Hóa sinh Mã số : 62720112 CHUYÊN ĐỀ TIẾN SĨ HÀ NỘI - 2017 TỪ VIẾT TẮT AFP : Alpha fetoprotein CffDNA : cell free fetal DNA CFTS : Combined first trimester screening CPM : Confined Placental Mosaicism CNV : Copy number variant CRL : Crown–rump length DANSR : Digital Analysis of Selected Regions HCG : Human chorionic gonodotropin MPS : Massively parallel sequencing NGS : Next Generation Sequencing NIPS : Noninvasive prenatal screening NST : Nhiễm sắc thể NT : Nuchal Translucency PAPA-A : Prenancy Associated plasma protein – A PCR : Polymerase Chain Reaction SCAs : Sex chromosome abnormalities uE3 : Unconjugated estriol WGA : Whole-Genome Approach MỤC LỤC MỞ ĐẦU I Tổng quan phương pháp sàng lọc lệch bội NST truyền thống .2 1.1 Tính tốn nguy cho bệnh nhân 1.2 Tuổi mẹ tuổi thai 1.3 Ảnh hưởng lần có thai trước 1.4 Siêu âm hình thái 1.5 Sàng lọc trước sinh xét nghiệm hóa sinh 1.5.1 βhCG 1.5.2 PAPP-A .8 1.5.3 AFP 1.5.4 uE3 1.5.5 Inhibin A 1.6 Sàng lọc thai kỳ 10 1.7 Sàng lọc thai kỳ 11 II Sàng lọc trước sinh không xâm lấn .14 2.1 Sàng lọc trước sinh tế bào thai tự máu mẹ 14 2.2 Sàng lọc trước sinh DNA thai tự (cffDNA) máu mẹ 16 2.2.1 Lịch sử phát cffDNA .16 2.2.2 Các bước giải trình tự hệ sử dụng cffDNA phân tích lệch bội NST 18 2.2.3 Phương pháp sử dụng cffDNA để sàng lọc bất thường NST thai 20 2.2.4 Kết NIPS 28 KẾT LUẬN 33 TÀI LIỆU THAM KHẢO DANH MỤC BẢNG Bảng 1: Mô tả mối liên quan nguy trisomy theo tuổi mẹ Bảng 2: Ước tính nguy trisomy 21 (1/số đưa bảng) mối liên quan tuổi mẹ tuổi thai Bảng 3: Ước tính nguy trisomy 18, 13 (1/số đưa bảng) mối liên quan tuổi mẹ tuổi thai Bảng 4: Tỷ lệ phát tỷ lệ dương tính giả xét nghiệm sàng lọc trisomy 21 12 Bảng 5: Tỷ lệ phát tỷ lệ dương tính giả xét nghiệm sàng lọc trisomy 21 13 DANH MỤC HÌNH Hình 1: Nguồn gốc cffDNA .17 Hình 2: Sơ đồ tổng quát bước giải trình tự cffDNA NGS 18 Hình 3: Tóm tắt bước phát lệch bội NST NGS 19 Hình 4: Hai phương pháp sử dụng NIPS 22 MỞ ĐẦU Bất thường nhiễm sắc thể (NST) thai số nguyên nhân hàng đầu gây nên tỷ lệ tử vong bệnh tật cho trẻ sơ sinh toàn giới [1] Các bất thường NST sàng lọc chẩn đoán trước sinh phần lớn bất thường lệch bội NST trisomy 21, 18, 13 NST giới tính gây hội chứng Down, Edwards, Patau, Turner phần lại bất thường NST gặp khác [2] Đến nay, giới chưa có biện pháp phòng ngừa điều trị triệt để tình trạng thai nhi mắc hội chứng bất thường NST Biện pháp thực xét nghiệm sàng lọc chẩn đoán trước sinh giúp phát sớm tư vấn di truyền việc làm cần thiết Có nhiều phương pháp sàng lọc lệch bội NST áp dụng giới Hiệu phương pháp xác định thông số độ nhạy, độ đặc hiệu, giá trị tiên đoán âm tính dương tính Các chương trình sàng lọc nên dựa phương pháp đạt tiêu chuẩn tối thiểu: với độ nhạy > 75% độ đặc hiệu > 95% Lựa chọn phương pháp sàng lọc phù hợp với thai kỳ yếu tố quan trọng nhằm phát sớm thai lệch bội NST [3] Mỗi phương pháp sàng lọc có ưu điểm nhược điểm định, kết sàng lọc độ xác dao động khác Các phương pháp sàng lọc trước sinh bất thường lệch bội NST bao gồm siêu âm hình thái phân tích huyết từ máu mẹ thai kỳ Tuy nhiên, độ nhạy độ đặc hiệu không cao, tỷ lệ phát dao động 30-97% với tỷ lệ dương tính giả dao động khoảng 5% tùy thuộc vào phương pháp sàng lọc sử dụng [4] Việc phát DNA thai tự (cffDNA) có nguồn gốc từ rau thai lưu hành huyết tương mẹ vào năm 1997 kết hợp với ứng dụng cơng nghệ giải trình tự gen hệ (NGS - Next Generation Sequencing) mở khả thực xét nghiệm sàng lọc trước sinh không xâm lấn (Noninvasive prenatal screening - NIPS), giúp nhà nghiên cứu sàng lọc sớm thai nhi nhiều phương diện khác nhau, đặc biệt sàng lọc sớm lệch bội NST [5] Đây xem phát mang tính bước ngoặc, việc lấy mẫu phân tích cffDNA khơng đòi hỏi tính can thiệp sâu, giảm thiểu nguy biến chứng mẹ thai Hơn nữa, NIPS có tỷ lệ phát cho trisomy 21 99% với tỷ lệ dương tính giả thấp 1% [6] Điều quan trọng bác sỹ sản khoa chọn lựa phương pháp sàng lọc phù hợp thai kỳ giải thích lợi ích, rủi ro hạn chế phương pháp sàng lọc có, giúp phát sớm bất thường NST Chuyên đề sau giới thiệu phương pháp sàng lọc lệch bội NST giá trị phương pháp I Tổng quan phương pháp sàng lọc lệch bội NST truyền thống Bất thường NST nguyên nhân gây tử vong chu sinh tàn tật trẻ em Phát bất thường NST chủ yếu dựa chẩn đoán trước sinh thủ thuật xâm lấn Tuy nhiên, xét nghiệm xâm lấn chọc hút dịch ối, sinh thiết gai rau có nguy sảy thai khoảng 1%, xét nghiệm thực thai phụ có nguy cao bất thường NST Các phương pháp sàng lọc truyền thống nguy cao bất thường NST tuổi mẹ, siêu âm, xét nghiệm huyết máu mẹ thai kỳ double test triple test… 1.1 Tính toán nguy cho bệnh nhân Mỗi thai phụ có nguy thai nhi bị khuyết tật NST Trách nhiệm nhà lâm sàng đánh giá yếu tố ảnh hưởng đến nguy thai cách sử dụng phương pháp xác giúp cho gia đình thai phụ đưa định đắn thực xét nghiệm xâm lấn [7] Để tính tốn nguy cho thai phụ, cần phải tính nguy mắc bệnh (phụ thuộc vào tuổi mẹ tuổi thai) kết hợp với số kết siêu âm xét nghiệm hóa sinh huyết mẹ q trình mang thai, từ tính tốn nguy thực thai phụ, nguy trở thành nguy mắc bệnh cho lần xét nghiệm sàng lọc Quá trình gọi sàng lọc nối tiếp (sequential screening) [8] Trong tính tốn nguy cho thai phụ thường sử dụng phần mềm FMF (UK) sàng lọc thai kỳ phần mềm Prisca (Immulite), T21 (Gamma) Life cycle (Perkin Elmer) thai kỳ 1.2 Tuổi mẹ tuổi thai Nguy bất thường NST tăng theo tuổi mẹ (bảng 1), chủ yếu nguyên nhân biến cố khơng kết nối q trình giảm phân kết thai mắc trisomy Ngoài ra, thai có bất thường NST có nguy tử vong tử cung cao so với thai bình thường, nguy giảm theo tuần thai (bảng 2) Bảng 1: Mô tả mối liên quan nguy trisomy theo tuổi mẹ Tuổi mẹ Trisomy 21 Trisomy 18 Trisomy 13 15-19 1:1600 1:17000 1:33000 20-24 1:1400 1:14000 1:25000 25-29 1:1100 1:11000 1:20000 30-34 1:700 1:7100 1:14000 35-39 1:240 1:2400 1:4800 40-44 1:70 1:700 1:1600 45-49 1:20 1:650 1:1500 Ước tính rủi ro liên quan đến tuổi mẹ trisomy 21 sinh dựa vào nhiều khảo sát thai phụ mang thai trisomy 21 Dựa xét nghiệm hóa sinh từ huyết mẹ siêu âm hình thái thai nhi giai đoạn khác thai kỳ tính nguy bất thường NST cho thai nhi kết hợp với tuổi mẹ tuổi thai Ước tính so sánh với tần suất mắc trisomy 21 sinh với tần suất mắc trisomy 21 thai nhi từ xét nghiệm chẩn đoán chọc hút dịch ối sinh thiết gai rau thai kỳ thai kỳ (bảng 3) [9] Bảng 2: Ước tính nguy trisomy 21 (1/số đưa bảng) mối liên quan tuổi mẹ tuổi thai Tuổi thai (tuần) Tuổi mẹ (năm) 12 16 20 20 898 1053 1175 21 887 1040 1159 22 872 1022 1140 23 852 999 1114 24 827 969 1081 25 795 933 1040 26 756 887 989 27 710 832 928 28 655 768 856 29 593 695 776 30 526 617 688 31 457 536 597 32 388 455 507 33 322 378 421 34 262 307 343 35 210 246 274 36 165 193 216 37 128 150 168 38 98 115 129 39 75 88 98 40 57 67 74 41 43 50 56 42 32 38 42 Nguy trisomy 18, 13 tăng theo tuổi mẹ giảm theo tuổi 40 1527 1507 1482 1448 1406 1352 1286 1206 1113 1008 895 776 659 547 446 356 280 218 167 128 97 73 55 thai, tỷ lệ TÀI LIỆU THAM KHẢO A.Rosano, L.D Botto, B.Botting, P.Mastroiacovo (2000) Infant mortality and congenital anomalies from 1950 to 1994: an international perspective Journal of Epidemiology and Community Health, 54 (9), 660-666 Diana Wellesley, et al (2012) Rare chromosome abnormalities, prevalence and prenatal diagnosis rates from population-based congenital anomaly registers in Europe European Journal of Human Genetics, 20, 521–526 Lewis SM, Cullinane FM, Carlin JB, Halliday JL (2006) Women's and health professionals' preferences for prenatal testing for Down syndrome in Australia Aust N Z J Obstet Gynaecol 46(3):205-11 Nicolaides KH (2003) Screening for chromosomal defects, Ultrasound Obstet Gynecol, 21: 313-321 Gijs van Haaften (2013) Rapid prenatal testing using semiconductor sequencing? Clinical Chemistry, 59(5), 735-736 Gil MM, Quezada MS, Revello R, et al (2015) Analysis of cell-free DNA in maternal blood in screening for fetal aneuploidies: updated meta-analysis Ultrasound Obstet Gynecol, 45, 249-66 Nicolaides KH (1994) Screening for fetal chromosomal abnormalities: need to change the rules Ultrasound Obstet Gynecol, 4: 353–354 Snijders RJM, Nicolaides KH (1996) Assessment of risks In Ultrasound Markers for Fetal Chromosomal Defects Parthenon Publishing: Carnforth, 63–120 Snijders RJM, Sundberg K, Holzgreve W (1999) Maternal age and gestation-specific risk for trisomy 21 Ultrasound Obstet Gynecol, 13, 167–170 10 Snijders RJM, Sebire NJ, Cuckle H, (1995) Maternal age and gestational age-specific risks for chromosomal defects Fetal Diagn Ther, 10: 356–367 11 Snijders RJM, Noble P, Sebire N (1998) UK multicentre project on assessment of risk of trisomy 21 by maternal age and fetal nuchal translucency thickness at 10–14 weeks of gestation Lancet, 351: 343–346 12 Otano L, Aiello H, Igarzabal L, et al (2002) Association between first trimester absence of fetal nasal bone on ultrasound and Down's syndrome”, Prenat Diagn, 22, 930–932 13 Cicero S, Bindra R, Rembouskos G, et al (2003) Integrated ultrasound and biochemical screening for trisomy 21 using fetal nuchal translucency, absent fetal nasal bone, free β-hCG and PAPP-A at 11 to 14 weeks Prenat Diagn, 23: 306–310 14 Spencer K, Souter V, Tul N et al (1999) A screening program for trisomy 21 at 10–14 weeks using fetal nuchal translucency, maternal serum free β-human chorionic gonadotropin and pregnancy-associated plasma protein-A Ultrasound Obstet Gynecol, 13: 231–237 15 Wayda K, Kereszturi A, Orvos H et al (2001) Four years experience of first-trimester nuchal translucency screening for fetal aneuploidies with increasing regional availability Acta Obstet Gynecol Scand, 80: 1104– 1109 16 Spencer K, Spencer CE, Power M, et al (2003) Screening for chromosomal abnormalities in the first trimester using ultrasound and maternal serum biochemistry in a one stop clinic: a review of three years prospective experience Br J Obstet Gynaecol, (in press) 17 Sherrod C, Sebire NJ, Soares W, et al (1997) Prenatal diagnosis of trisomy 18 at the 10–14-week ultrasound scan Ultrasound Obstet Gynecol, 10: 387–390 18 Snijders RJM, Sebire NJ, Nayar R, et al (1999) Increased nuchal translucency in trisomy 13 fetuses at 10–14 weeks of gestation Am J Med Genet, 86: 205–207 19 Sebire NJ, Snijders RJ, Brown R, et al (1998), Detection of sex chromosome abnormalities by nuchal translucency screening at 10–14 weeks Prenat Diagn, 18: 581–584 20 Jauniaux E, Brown R, Snijders RJ, et al (1997) Early prenatal diagnosis of triploidy Am J Obstet Gynecol, 176: 550–554 21 Tul N, Spencer K, Noble P, et al (1999) Screening for trisomy 18 by fetal nuchal translucency and maternal serum free beta hCG and PAPPA at 10–14 weeks of gestation Prenat Diagn, 19: 1035–1042 22 Spencer K, Ong C, Skentou H, et al (2000) Screening for trisomy 13 by fetal nuchal translucency and maternal serum free beta hCG and PAPP-A at 10–14 weeks of gestation Prenat Diagn, 20: 411–416 23 Spencer K, Tul N, Nicolaides KH (2000) Maternal serum free beta hCG and PAPP-A in fetal sex chromosome defects in the first trimester Prenat Diagn, 20: 390–394 24 Merkatz IR, Nitowsky HM, Macri JN, et al (1984) An association betweenlow maternal serum alpha-fetoprotein and fetal chromosomal abnormalities Am J Obstet Gynecol, 148: 886–894 25 Macri JN, Kasturi RV, et al (1990) Maternal serum Down syndrome screening: free beta protein is a more effective marker than human chorionic gonadotrophin Am J Obstet Gynecol, 163: 1248–1253 26 Canick J, Knight GJ, Palomaki GE et al (1988) Low second trimester maternal serum unconjugated oestriol in pregnancies with Down’s syndrome Br J Obstet Gynaecol, 95: 330–333 27 Van Lith JM, Pratt JJ, Beekhuis JR, et al (1992) Second trimester maternal serum immuno-reactive inhibin as a marker for fetal Down’s syndrome Prenat Diagn, 12: 801–806 28 Cuckle H (2001) Integrating Down’s syndrome screening Curr Opin Obstet Gynecol, 13: 175-181 29 Practice Bulletin (2016) Screening for fetal aneuploidy, Clinical management guidelines for Obstetrician and Gynecologists, 163 30 Carmen Comas-Gabriel, et al (2013) Noninvasive prenatal testing for fetal aneuploidy, Donald school journal of ultrasound in Obstetrics and Gynecology, 7(4), 443–452 31 Schmorl G (1893) Pathologisch-anatomische Untersuchungen ueber Publereklampsie Leipzig, Vogel 32 Walknowska J, Conte F A, Grumbach M M (1969) Practical and theoretical implications of fetal-maternal lymphocyte transfer Lancet, 1:111922 33 Bianchi DW, Lo YM (2001) Fetomaternal cellular and plasma DNA trafficking: the Yin and the Yang Ann NY Acad Sci 945:119–131 34 Bianchi DW, Williams JM, Sullivan LM, et al (1997) PCR quantitation of fetal cells in maternal blood in normal and aneuploid pregnancies Am J Hum Genet 61:822–829 35 D.W Bianchi, G.K Zickwolf, et al (1996) Male fetal progenitor cells persist in maternal blood for as long as 27 years postpartum Proc Natl Acad Sci U.S.A 93, 705–708 36 Mandel P and Métais P (1948) Les acides nucléiques du plasma sanguin chez l'homme C R Acad Sci Paris, 142, 241–243 37 Lo, Y.M.D et al (1997) Presence of fetal DNA in maternal plasma and serum Lancet 350: 485–487 38 Lo, Y.M.D et al (1998) Quantitative analysis of fetal DNA in maternal plasma and serum: implications for noninvasive prenatal diagnosis Am J Hum Genet 62: 768– 775 39 Alberry M, et al (2007) Free fetal DNA in maternal plasma in an embryonic pregnancies: confirmation that the origin is the trophoblast Prenat Diagn, 27, 415–8 40 Lo YM, Zhang J, Leung TN, et al (1999) Rapid clearance of fetal DNA from maternal plasma Am J Hum Genet 64: 218–24 41 Faas B.H., Beuling E.A., et al (1998) Detection of fetal RHD-specific sequences in maternal plasma, Lancet 352, 1196 42 Chiu R.W., Chan K.C., Gao Y., et al (2008) Noninvasive prenatal diagnosis of fetal chromosomal aneuploidy by massively parallel genomic sequencing of DNA in maternal plasma, Proc Natl Acad Sci U.S.A 105: 20458–20463 43 Fan H.C., Blumenfeld Y.J., Chitkara U., et al (2008) Noninvasive diagnosis of fetal aneuploidy by shotgun sequencing DNA from maternal blood, Proc Natl Acad Sci U.S.A 105: 16266–16271 44 Norwitz E.R., Levy B., (2013) Noninvasive prenatal testing: the future is now, Rev Obstet Gynecol 6: 48–62 45 Benn P., Borell A., Chiu R., et al (2012) Aneuploidy screening: a position statement from a Committee on behalf of the Board of the International Society for Prenatal Diagnosis, Prenat Diagn 33 (7): 622–629 46 The Noninvasive Prenatal Screening Work Group of the American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG statement on noninvasive prenatal screening for fetal aneuploidy, Genet Med 15 (2013) 395–398 47 Norton M.E., Jacobsson B., et al (2015) Cell-free DNA analysis for noninvasive examination of trisomy, N Engl J Med 372: 1589–1597 48 Langlois S., Brock J.A., (2013) Current status in non-invasive prenatal detection of Down Syndrome, trisomy 18, and trisomy 13 using cellfree DNA in maternal plasma, J Obstet Gynaecol Can 35: 177-181 49 Allyse M., Minear M.A., Berson E., et al (2015) Non-invasive prenatal testing: a review of international implementation and challenges, Int J Womens Health 7: 113–126 50 Baffero G.M., Somigliana E., et al (2012) Confined placental mosaicism at chorionic villous sampling: risk factors and pregnancy outcome, Prenat Diagn 32: 1102–1108 51 Liao, G J.; Chan, K C.; Jiang, P.; et al (2012) Noninvasive Prenatal Diagnosis of Fetal Trisomy 21 by Allelic Ratio Analysis Using Targeted Massively Parallel Sequencing of Maternal Plasma DNA PLoS One, 7, e38154 52 Lo YM., Lau TK., Zhang J., et al (1999) Increased fetal DNA concentrations in the plasma of pregnant women carrying fetuses with trisomy 21 Clin Chem, 45:1747–51 53 Tong YK., Ding C., Chiu RW., et al (2006) Noninvasive prenatal detection of fetal trisomy 18 by epigenetic allelic ratio analysis in maternal plasma: theoretical and empirical considerations Clin Chem, 52, 2194–202 54 Dhallan R., Guo X., Emche S., et al (2007) A non-invasive test for prenatal diagnosis based on fetal DNA present in maternal blood: a preliminary study Lancet, 369:474–81 55 Lo YM., Lun FM., Chan KC., et al (2007) Digital PCR for the molecular detection of fetal chromosomal aneuploidy Proc Natl Acad Sci U S A, 104:13116–21 56 Fan HC., Quake SR., (2007) Detection of aneuploidy with digital polymerase chain reaction Anal Chem, 79:7576–9 57 Lun FM., Chiu RW., Chan KC., et al (2008) Microfluidics digital PCR reveals a higher than expected fraction of fetal DNA in maternal plasma Clin Chem, 54:1664–72 58 Chiu RW., Cantor CR., Lo YM., (2009) Non-invasive prenatal diagnosis by single molecule counting technologies Trends Genet, 25:324–31 59 Ashoor G., Syngelaki A., Wagner M., et al (2012) Chromosomeselective sequencing of maternal plasma cell-free DNA for firsttrimester detection of trisomy 21 and trisomy 18 Am J Obstet Gynecol, 206:322.e1–5 60 Sparks AB., Wang ET., Struble CA., et al (2012) Selective analysis of cell-free DNA in maternal blood for evaluation of fetal trisomy Prenat Diagn, 32:3–9 61 Sparks AB., Struble CA., Wang ET., et al (2012) Noninvasive prenatal detection and selective analysis of cell-free DNA obtained from maternal blood: evaluation for trisomy 21 and trisomy 18 Am J Obstet Gynecol, 206:319.e1–9 62 Boon E.M., Faas B.H., (2013) Benefits and limitations of whole genome versus targeted approaches for noninvasive prenatal testing for fetal aneuploidies, Prenat Diagn 33: 563–568 63 Chiu RW., Akolekar R., Zheng YW., et al (2011) Non-invasive prenatal assessment of trisomy 21 by multiplexed maternal plasma DNA sequencing: large scale validity study BMJ, 342:c7401 64 Ehrich M., Deciu C., Zwiefelhofer T., et al (2011) Noninvasive detection of fetal trisomy 21 by sequencing of DNA in maternal blood: a study in a clinical setting Am J Obstet Gynecol, 204:205.e1–11 65 Sehnert AJ., Rhees B., Comstock D., et al (2011) Optimal detection of fetal chromosomal abnormalities by massively parallel DNA sequencing of cell-free fetal DNA from maternal blood Clin Chem, 57:1042–9 66 Palomaki GE., Kloza EM., Lambert-Messerlian GM., et al (2011) DNA sequencing of maternal plasma to detect Down syndrome: an international clinical validation study Genet Med, 13:913-20 67 Palomaki GE., Deciu C., Kloza EM., et al (2012), DNA sequencing of maternal plasma reliably identifies trisomy 18 and trisomy 13 as well as Down syndrome: an international collaborative study Genet Med 14:296–305 68 Bianchi DW., Platt LD., Goldberg JD., et al (2012) MatErnal BLood IS Source to Accurately diagnose fetal aneuploidy (MELISSA) Study Group Genome-wide fetal aneuploidy detection by maternal plasma DNA sequencing Obstet Gynecol, 119:890–901 69 Bianchi D.W., Chudova D., Sehnert A.J., et al (2015) Noninvasive prenatal testing and incidental detection of occult maternal malignancies, JAMA 314: 162–169 70 Jiang F., Ren J., Chen F., et al (2012) Noninvasive Fetal Trisomy (NIFTY) test: an advanced noninvasive prenatal diagnosis methodology for fetal autosomal and sex chromosomal aneuploidies, BMC Med Genomics 5: 57 71 Zhang H., Gao Y., Jiang F., et al (2015) Non-invasive pre natal testing for trisomies 21, 18 and 13: clinical experience from 146958 pregnancies, Ultrasound Obstet Gynecol 45: 530–538 72 Liao GJ., Chan KC., Jiang P., et al (2012) Noninvasive prenatal diagnosis of fetal trisomy 21 by allelic ratio analysis using targeted massively parallel sequencing of maternal plasma DNA PLoS One, 7:e38154 73 Zimmermann B., Hill M., Gemelos G., et al (2012) Noninvasive prenatal aneuploidy testing of chromosomes 13, 18, 21, X, and Y, using targeted sequencing of polymorphic loci Prenat Diagn 2012;32:1233–41 74 Juneau K., Bogard P.E., Huang S., et al (2014) Microarray-based cellfree DNA analysis improves noninvasive prenatal testing, Fetal Diagn Ther 36: 282–286 75 Norton M.E., Jacobsson B., Swamy G.K., et al (2015) Cell-free DNA analysis for noninvasive examination of trisomy, N Engl J Med 372: 1589–1597 76 Dar P., Curnow K.J., Gross S.J., et al (2014) Clinical experience and follow-up with large scale single-nucleotide polymorphism-based noninvasive prenatal aneuploidy testing, Am J Obstet Gynecol 211: 527 77 Papageorgiou E.A., Koumbaris G., Kypri E., et al (2014) The epigenome view: an effort towards non-invasive prenatal diagnosis, Genes (Basel) 5: 310–329 78 Palomaki G.E., Kloza E.M., Lambert-Messerlian G.M., et al (2011) DNA sequencing of maternal plasma to detect Down syndrome: an inter national clinical validation study, Genet Med 13: 913–920 79 Song Y., Huang S., Zhou X., et al (2015) Non-invasive prenatal testing for fetal aneuploidies in the first trimester of preg nancy, Ultrasound Obstet Gynecol 45: 55–60 80 Wisecondor (WIthin-SamplE Copy Number aberration DetectOR): detect fetal trisomies and smaller CNV’s in a maternal plasma sample using whole-genome data, 2015 (29-9-2015) 81 Chan K.C., Zhang J., Hui A.B., et al (2004) Size distributions of maternal and fetal DNA in maternal plasma, Clin Chem 50: 88–92 82 Gil M.M., Quezada M.S., Revello R., et al (2015) Analysis of cell- free DNA in maternal blood in screening for fetal aneuploidies: updated meta-analysis, Ultrasound Obstet Gynecol 45: 249–266 83 Benn P., Borrell A., Chiu R.W.K., et al (2015) Position statement from the Chromosome Abnormality Screening Com mittee on behalf of the Board of the International Society for Prenatal Diagnosis, Prenat Diagn 35 (8): 725–734 84 Benn P., Cuckle H., (2014) Theoretical performance of non-invasive prenatal testing for chromosome imbalances using counting of cell-free DNA fragments in maternal plasma, Prenat Diagn 34: 778–783 85 Cuckle H., Benn P., Pergament E., (2015) Cell-free DNA screening for fetal aneuploidy as a clinical service, Clin Biochem 48: 932–941 86 Canick J.A., Palomaki G.E., Kloza E.M., et al (2013) The impact of maternal plasma DNA fetal fraction on next generation sequencing tests for common fetal aneuploidies, Prenat Diagn 33: 667–674 87 Chiu R.W.K., Akolekar R., Zheng Y.W.L., et al (2011) Non-invasive prenatal assessment of trisomy 21 by mul tiplexed maternal plasma DNA sequencing: large scale validity study, BMJ 342: c7401 88 Nygren A.O., Dean J., Jensen T.J., et al (2010) Quantification of fetal DNA by use of methylation-based DNA discrim ination, Clin Chem 56: 1627–1635 89 Taglauer E.S., Wilkins-Haug L., Bianchi D.W., (2014) Review: cellfree fetal DNA in the maternal circulation as an indication of placental health and disease, Placenta 35 (Suppl.) S64–S68 90 Wang E., Batey A., Struble C., et al (2013) Gestational age and maternal weight effects on fetal cell-free DNA in maternal plasma, Prenat Diagn 33: 662–666 91 Ashoor G., Syngelaki A., Poon L.C., et al (2013) Fetal fraction in maternal plasma cell-free DNA at 11-13 weeks’ gestation: relation to maternal and fetal characteristics, Ultrasound Obstet Gynecol 41: 26–32 92 Haghiac M., Vora N.L., Basu S., et al (2012) Increased death of adipose cells, a path to release cell-free DNA into systemic circulation of obese women, Obesity 20: 2213–2219 93 Zhou Y., Zhu Z., Gao Y., Yuan Y., et al (2015) Effects of maternal and fetal characteristics on cell-free fetal DNA fraction in maternal plasma, Reprod Sci 22: 1429–1435 94 Srinivasan A., Bianchi D.W., Liao W., et al (2013) Maternal plasma DNA sequencing: effects of multiple gestation on aneuploidy detection and the relative cell-free fetal DNA (cff DNA) per fetus, Am J Obstet Gynecol 208: S31 95 Canick J.A., Kloza E.M., Lambert-Messerlian G.M., et al (2012) DNA sequencing of maternal plasma to identify Down syndrome and other trisomies in multiple gestations, Prenat Diagn 32: 730–734 96 Gromminger S., Yagmur E., Erkan S., et al (2014) Fetal aneuploidy detection by cell-free DNA sequencing for multiple pregnancies and quality issues with vanishing twins, J Clin Med 3: 679–692 97 Rava R.P., Srinivasan A., Sehnert A.J., et al (2014), Circulating fetal cell-free DNA fractions differ in autosomal aneuploidies and monosomy X, Clin Chem 60: 243–250 98 Palomaki G.E., Kloza E.M., Lambert-Messerlian G.M., et al (2015) Circulating cell free DNA testing: are some test failures informative? Prenat Diagn 35: 289–293 99 Ashoor G., Poon L., Syngelaki A., et al (2012) Fetal fraction in maternal plasma cell-free DNA at 11-13 weeks’ gestation: effect of maternal and fetal factors, Fetal Diagn Ther 31: 237–243 100 Gerovassili A., Garner C., Nicolaides K.H., et al (2007) Free fetal DNA in maternal circulation: a potential prognostic marker for chromosomal abnormalities? Prenat Diagn 27: 104–110 101 Taylor T.H., Gitlin S.A., Patrick J.L., et al (2014) The origin, mechanisms, incidence and clinical consequences of chromosomal mosaicism in humans, Hum Reprod Update 20: 571–581 102 Bianchi D.W., Platt L.D., Goldberg J.D., et al (2012) Genome-wide fetal aneuploidy detection by maternal plasma DNA sequencing, Obstet Gynecol 119: 890–901 103 Guibert J., Benachi A., Grebille A.G., et al (2003) Kinetics of SRY gene appearance in maternal serum: detection by real time PCR in early pregnancy after assisted reproductive technique, Hum Reprod 18: 1733–1736 104 Hahnemann J.M., Vejerslev L.O., (1997), Accuracy of cytogenetic findings on chorionic villus sampling (CVS)-diagnostic consequences of CVS mosaicism and non-mosaic discrepancy in centres contributing to EUCROMIC 1986-1992, Prenat Diagn 17: 801–820 105 Grati F.R., (2014) Chromosomal mosaicism in human feto-placental development: implica tions for prenatal diagnosis, J Clin Med 3: 809– 837 106 Eggermann T., Soellner L., Buiting K., et al (2015) Mosaicism and uniparental disomy in prenatal diagnosis, Trends Mol Med 21: 77–87 107 Robinson W.P., Penaherrera M.S., Jiang R., et al (2010) Assessing the role of placental trisomy in preeclampsia and intrauterine growth restriction, Prenat Diagn 30: 1–8 108 Miura K., Yoshiura K., Miura S., et al (2006) Clinical outcome of infants with confined placental mosaicism and intra uterine growth restriction of unknown cause, Am J Med Genet 140: 1827–1833 109 Wang Y., Chen Y., Tian F., et al (2014) Maternal mosaicism is a significant contributor to discordant sex chromosomal aneuploidies associated with noninvasive prenatal testing, Clin Chem 60: 251–259 110 Yao H., Zhang L., Zhang H., et al (2012) Noninvasive prenatal genetic testing for fetal aneuploidy detects maternal trisomy X, Prenat Diagn 32: 1114–1116 111 Song Y., Liu C., Qi H., et al (2013) Noninvasive prenatal testing of fetal aneuploidies by massively parallel sequencing in a prospective Chinese population, Prenat Diagn 33: 700–706 112 Lau T.K., Jiang F.M., Stevenson R.J., et al (2013) Secondary findings from non-invasive prenatal testing for common fetal aneuploidies by whole genome sequencing as a clin ical service, Prenat Diagn 33: 602–608 113 Snyder M.W., Simmons L.E., Kitzman J.O., et al (2015) Copynumber variation and false positive prenatal aneuploidy screening results, N Engl J Med 372: 1639–1645 114 Straver R., Sistermans E.A., Holstege H., et al (2014) WISECONDOR: detection of fetal aberrations from shallow sequencing maternal plasma based on a within-sample comparison scheme, Nucleic Acids Res 42 (2014) 31 115 Bayindir B., Dehaspe L., Brison N., et al (2015) Noninvasive prenatal testing using a novel analysis pipeline to screen for all autosomal fetal aneuploidies improves pregnancy management, Eur J Hum Genet 23: 1286–1293 116 Pavlidis N.A., (2002) Coexistence of pregnancy and malignancy, Oncologist 7: 279–287 117 Osborne C.M., Hardisty E., Devers P., et al (2013) Discordant noninvasive prenatal testing results in a patient subsequently diagnosed with metastatic disease, Prenat Diagn 33: 609–611 118 Vandenberghe P., Wlodarska I., Tousseyn T., et al (2015) Non-invasive detection of geno mic imbalances in Hodgkin/Reed-Sternberg cells in early and advanced stage Hodgkin’s lymphoma by sequencing of circulating cell-free DNA: a technical proof-of-principle study, Lancet Haematol (2015) 55–65 119 Curnow K.J., Wilkins-Haug L., Ryan A., et al (2015) Detection of triploid, molar, and vanishing twin pregnancies by a single-nucleotide polymorphism-based noninva sive prenatal test, Am J Obstet Gynecol 212: 79 ... pháp giải trình tự gen hệ phát lệch bội nhiễm sắc thể thai DNA thai tự máu mẹ Chuyên ngành : Hóa sinh Mã số : 62720112 CHUYÊN ĐỀ TIẾN SĨ HÀ NỘI - 2017 TỪ VIẾT TẮT AFP : Alpha fetoprotein CffDNA... nghệ tương ứng 19 Hình 2: Sơ đồ tổng quát bước giải trình tự cffDNA NGS Máu mẹ DNA tự mẹ thai Giải trình tự cfDNA MPS Gióng hàng Đếm Hình 3: Tóm tắt bước phát lệch bội NST NGS Các kỹ thuật giải. .. ro hạn chế phương pháp sàng lọc có, giúp phát sớm bất thường NST Chuyên đề sau giới thiệu phương pháp sàng lọc lệch bội NST giá trị phương pháp I Tổng quan phương pháp sàng lọc lệch bội NST truyền