GIÁ TRỊ của PHƯƠNG PHÁP GIẢI TRÌNH tự GEN THẾ hệ mới PHÁT HIỆN LỆCH bội NHIỄM sắc THỂ THAI BẰNG DNA THAI tự DO TRONG máu mẹ

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI BỘ Y TẾ HOÀNG HẢI YẾN GIÁ TRỊ CỦA PHƯƠNG PHÁP GIẢI TRÌNH TỰ GEN THẾ HỆ MỚI PHÁT HIỆN LỆCH BỘI NHIỄM SẮC THỂ THAI BẰNG DNA THAI TỰ DO TRONG MÁU MẸ TIỂU LUẬN TỔNG QUAN HÀ NỘI - 2017 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI BỘ Y TẾ HOÀNG HẢI YẾN GIÁ TRỊ CỦA PHƯƠNG PHÁP GIẢI TRÌNH TỰ GEN THẾ HỆ MỚI PHÁT HIỆN LỆCH BỘI NHIỄM SẮC THỂ THAI BẰNG DNA THAI TỰ DO TRONG MÁU MẸ Người hướng dẫn khoa học: TS Trần Huy Thịnh Cho đề tài: Nghiên cứu giá trị phương pháp giải trình tự gen hệ phát lệch bội nhiễm sắc thể thai DNA thai tự máu mẹ Chuyên ngành : Hóa sinh Mã số : 62720112 TIỂU LUẬN TỔNG QUAN HÀ NỘI - 2017 CHỮ VIẾT TẮT AFP : Alpha fetoprotein CffDNA : cell free fetal DNA CFTS : Combined first trimester screening CPM : Confined Placental Mosaicism CRL : Crown–rump length DNA : Deoxyribonucleic acid DS : Down Syndrome HCG : Human chorionic gonodotropin KS : Klinefelter Syndrome MPS : Massively parallel sequencing NGS : Next Generation Sequencing NIPS : Noninvasive prenatal screening NST : Nhiễm sắc thể NT : Nuchal Translucency PAPA-A : Prenancy Associated plasma protein – A PCR : Polymerase Chain Reaction TS : Turner Syndrome uE3 : Unconjugated estriol MỤC LỤC MỞ ĐẦU TỔNG QUAN Nhiễm sắc thể 1.1 Khái niệm: 1.2 Các bất thường NST thường gặp .3 1.3 Các loại lệch bội NST thường gặp sàng lọc trước sinh 1.3.1 Hội chứng Down 1.3.2 Hội chứng Patau 1.3.3 Hội chứng Edwards 1.3.4 Hội chứng Turner 11 1.3.5 Hội chứng Klinefelter 12 1.3.6 Hội chứng Jacobs .14 1.3.7 Hội chứng trisomy X 15 Các phương pháp sàng lọc trước sinh truyền thống lệch bội NST 16 2.1 Sàng lọc trước sinh lệch bội NST 16 2.2 Các phương pháp sàng lọc trước sinh truyền thống 16 2.2.1 Tính tốn nguy cho bệnh nhân 16 2.2.2 Tuổi mẹ tuổi thai 17 2.2.3 Ảnh hưởng lần có thai trước 20 2.2.4 Siêu âm hình thái .20 2.2.5 Sàng lọc trước sinh xét nghiệm hóa sinh 21 2.3 Các phương pháp chẩn đoán trước sinh phát bất thường NST 28 2.3.1 NST đồ - Karyotype 28 2.3.2 Kỹ thuật lai chỗ phát huỳnh quang .29 2.3.3 Kỹ thuật MLPA 29 2.3.4 Kỹ thuật CGH 29 2.3.5 Kỹ thuật Array CGH 29 2.3.6 Kỹ thuật QF-PCR .29 2.3.7 Kỹ thuật Prenatal-BoBs .30 Giải trình tự hệ 30 3.1 Các cơng nghệ giải trình tự NGS 32 3.2 Cơng nghệ giải trình tự hệ phát lệch bội NST thai .36 Sàng lọc trước sinh DNA thai tự 39 4.1 Lịch sử phát DNA thai tự máu mẹ .39 4.2 Đặc điểm cffDNA máu mẹ .40 4.3 Các yếu tố ảnh hưởng đến nồng độ cffDNA 41 4.3.1 Các yếu tố từ thai nhi 41 4.3.2 Các yếu tố từ mẹ 41 4.4 Các phương pháp tiếp cận tin sinh học để ước tính tỷ lệ cffDNA 42 4.4.1 Phương pháp dựa NST Y 43 4.4.2 Phương pháp dựa kiểu gen cha mẹ liệu giải trình tự huyết tương mẹ 44 4.4.3 Phương pháp dựa liệu giải trình tự high-depth DNA huyết tương mẹ 44 4.4.4 Phương pháp dựa liệu giải trình tự shallow-depth DNA huyết tương mẹ kết hợp với kiểu gen mẹ 45 4.4.5 Phương pháp dựa liệu giải trình tự shallow-depth DNA huyết tương mẹ 46 4.4.6 Phương pháp dựa kích thước cfDNA 46 4.5 Sàng lọc trước sinh lệch bội NST sử dụng cffDNA 47 4.5.1 Điểm z-score lý xác định lệch bội NST thai 49 4.5.2 NIPS tiếp cận toàn hệ gen .50 4.5.3 NIPS tiếp cận số NST mục tiêu 51 4.5.4 Sàng lọc lệch bội NST .52 Các nghiên cứu NIPS giới Việt Nam 54 5.1 Các nghiên cứu NIPS giới 54 5.2 Nghiên cứu NIPS Việt Nam 63 KẾT LUẬN 64 TÀI LIỆU THAM KHẢO DANH MỤC BẢNG Bảng 1: Tỷ lệ lệch bội NST thường gặp Bảng 2: Mô tả mối liên quan nguy trisomy theo tuổi mẹ .17 Bảng 3: Ước tính nguy trisomy 21 (1/số đưa bảng) mối liên quan tuổi mẹ tuổi thai 18 Bảng 4: Ước tính nguy trisomy 18, 13 (1/số đưa bảng) mối liên quan tuổi mẹ tuổi thai 19 Bảng Các marker sử dụng sàng lọc huyết mẹ .24 Bảng 6: Tỷ lệ phát tỷ lệ dương tính giả sàng lọc trước sinh trisomy 21 .26 Bảng 7: Tỷ lệ phát tỷ lệ dương tính giả sàng lọc trước sinh trisomy 21 .27 Bảng 8: Tỷ lệ phát tỷ lệ dương tính giả lệch bội NST thai sử dụng cffDNA 53 DANH MỤC HÌNH Hình 1: Karyotype người nam bình thường (nhuộm băng G) .4 Hình 2: Tỉ lệ bất thường NST chẩn đốn trẻ