GIÁ TRỊ của PHƯƠNG PHÁP GIẢI TRÌNH tự GEN THẾ hệ mới PHÁT HIỆN LỆCH bội NHIỄM sắc THỂ THAI BẰNG DNA THAI tự DO TRONG máu mẹ

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI BỘ Y TẾ HOÀNG HẢI YẾN GIÁ TRỊ CỦA PHƯƠNG PHÁP GIẢI TRÌNH TỰ GEN THẾ HỆ MỚI PHÁT HIỆN LỆCH BỘI NHIỄM SẮC THỂ THAI BẰNG DNA THAI TỰ DO TRONG MÁU MẸ TIỂU LUẬN TỔNG QUAN HÀ NỘI - 2017 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI HỒNG HẢI YẾN GIÁ TRỊ CỦA PHƯƠNG PHÁP GIẢI TRÌNH TỰ GEN THẾ HỆ MỚI PHÁT HIỆN LỆCH BỘI NHIỄM SẮC THỂ THAI BẰNG DNA THAI TỰ DO TRONG MÁU MẸ Người hướng dẫn khoa học: TS Trần Huy Thịnh Cho đề tài: Nghiên cứu giá trị phương pháp giải trình tự gen hệ phát lệch bội nhiễm sắc thể thai DNA thai tự máu mẹ Chuyên ngành : Hóa sinh Mã số : 62720112 TIỂU LUẬN TỔNG QUAN HÀ NỘI - 2017 CHỮ VIẾT TẮT 3 AFP : Alpha fetoprotein CffDNA : cell free fetal DNA CFTS : Combined first trimester screening CPM : Confined Placental Mosaicism CRL : Crown–rump length DNA : Deoxyribonucleic acid DS : Down Syndrome HCG : Human chorionic gonodotropin KS : Klinefelter Syndrome MPS : Massively parallel sequencing NGS : Next Generation Sequencing NIPS : Noninvasive prenatal screening NST : Nhiễm sắc thể NT : Nuchal Translucency PAPA-A : Prenancy Associated plasma protein – A PCR : Polymerase Chain Reaction TS : Turner Syndrome uE3 : Unconjugated estriol MỤC LỤC DANH MỤC BẢNG DANH MỤC HÌNH MỞ ĐẦU Dị tật bẩm sinh rối loạn di truyền chiếm khoảng – 5% tổng số phụ nữ mang thai toàn giới [1] Bất thường nhiễm sắc thể (NST) chiếm tỷ lệ 1:150 trẻ sinh sống [2], nguyên nhân hàng đầu gây tử vong bệnh tật cho trẻ sơ sinh [3] Chiếm khoảng 85% bất thường lệch bội NST 21, 18, 13 NST giới tính gây hội chứng Down, Edwards, Patau, Turner , lại số bất thường cấu trúc vi đoạn NST gặp khác [4] Cho đến nay, giới chưa có biện pháp phòng ngừa tình trạng thai mắc hội chứng bất thường NST Chính vậy, việc phát sớm bất thường NST sàng lọc, chẩn đoán trước sinh tư vấn di truyền việc làm cần thiết nhằm giảm tỷ lệ sinh bất thường NST Các phương pháp sàng lọc trước sinh không xâm lấn cho bất thường lệch bội NST bao gồm siêu âm hình thái phân tích huyết từ máu mẹ thai kỳ thai kỳ Tuy nhiên, tỷ lệ phát lệch bội dao động từ 30-94% tùy thuộc vào phương pháp sàng lọc sử dụng [5] Để chẩn đoán xác định thai phụ có nguy cao thực thủ thuật xâm lấn sinh thiết gai rau chọc hút dịch ối để khảo sát số lượng NST kỹ thuật Karyotype, QF-PCR, FISH, MLPA Prenatal BoBs Các thủ thuật xâm lấn gây thai với tỷ lệ 0.11% thủ thuật chọc hút dịch ối 0.22% sinh thiết rau thai [6] Do đó, cần có phương pháp sàng lọc với tỷ lệ dương tính giả thấp đồng thời tỷ lệ phát cao hơn, thai phụ không cần chịu thủ thuật xâm lấn, tránh nguy ảnh hưởng đến thai phụ thai nhi [7] Việc phát DNA thai tự (cffDNA) có nguồn gốc từ rau thai lưu hành máu mẹ vào năm 1997 [8],[9] mở khả thực xét nghiệm sàng lọc trước sinh không xâm lấn (Noninvasive prenatal screening NIPS) phương pháp giải trình tự hệ (Next Generation Sequencing - NGS) [10], giúp nhà nghiên cứu sàng lọc sớm thai nhiều phương diện khác nhau, điển hình như: xác định sớm giới tính thai giúp tiên lượng khả mắc bệnh NST liên kết với giới tính; nguy mắc bệnh di truyền thai gia đình có nguy cao, khảo sát yếu tố RhesusD, xác định nguy tiền sản giật, bật ứng dụng phân tích cffDNA sàng lọc sớm lệch bội NST [11],[12] Đây xem phát mang tính bước ngoặt, việc lấy mẫu phân tích cffDNA khơng đòi hỏi tính can thiệp sâu, giảm thiểu nguy biến chứng thai phụ thai nhi Hơn nữa, sàng lọc trước sinh khơng xâm lấn có tỷ lệ phát trisomy 21 gây hội chứng Down 99% với tỷ lệ dương tính giả thấp 1% [13] Trong phần tổng quan này, chúng tơi trình bày phương pháp sàng lọc lệch bội NST truyền thống giá trị cffDNA sàng lọc trước sinh không xâm lấn phương pháp giải trình tự hệ TỔNG QUAN Nhiễm sắc thể 1.1 Khái niệm: NST thành phần nằm bên tế bào quan sát kỳ hoạt động nguyên phân, cấu trúc NST chứa DNA, DNA mang gen quy định đặc điểm cấu tạo thể Ở người bình thường, tế bào lưỡng bội (2n) mang 46 NST chia thành 23 cặp giống gọi cặp NST tương đồng với cặp có NST nhận từ bố NST nhận từ mẹ, gồm 22 cặp NST thường có mặt người nam người nữ, cặp NST giới tính khác hai giới, người nam cặp NST giới tính gồm khác ký hiệu XY người nữ gồm giống ký hiệu XX Tinh trùng trứng hình thành qua trình giảm phân có NST đơn bội (n) với 23 NST cặp NST tương đồng lại Các bất thường số lượng cấu trúc NST thường gây hậu nghiêm trọng sảy thai, dị tật bẩm sinh, ung thư… 1.2 Các bất thường NST thường gặp Các NST bị bất thường số lượng cấu trúc Các biến đổi thấy sinh sau mắc phải trình ác tính hố tế bào u kết biến cố xảy phân bào giảm nhiễm phân bào nguyên nhiễm Sự bất thường xảy hay nhiều NST Các bất thường gọi đồng tất tế bào quan sát mang nó, gọi bất thường khảm số tế bào có bất thường Các thuật ngữ mô tả bất thường NST: - Karyotype (NST đồ): 46 NST NST người kỳ nguyên phân (giai đoạn NST co ngắn lại tối đa) chụp ảnh xếp lại Căn theo kích thước băng NST, 22 cặp NST thường theo thứ tự từ lớn tới nhỏ đánh số từ 1đến 22 Cặp NST giới tính xếp riêng Karyotype dùng để mô tả đặc điểm NST cá thể (Hình 1) Hình 1: Karyotype người nam bình thường (nhuộm băng G) - Lưỡng bội (2n): Bộ NST có tế bào sinh dưỡng sinh dục chưa - giảm phân, người 2n = 46 Đơn bội (n): Bộ NST có giao tử sau giảm phân, người n = 23 Thể tam nhiễm (trisomy, thể tam nhiễm): Tăng thêm NST cặp NST đó, thay có NST tương đồng có tới NST tương đồng Ví dụ - trường hợp thể tam nhiễm 21 gây hội chứng Down Thể đơn nhiễm (monosomy, thể đơn nhiễm): Thiếu NST cặp NST đó, thay có NST tương đồng lại NST Ví dụ trường hợp thể đơn nhiễm X gây hội chứng Turner Hậu bất thường NST - Các bất thường NST gây sảy thai ngẫu nhiên: Ước tính khoảng 50% trường hợp sảy thai ngẫu nhiên nguyên nhân bất thường NST 10 - Gây dị tật bẩm sinh: Mặc dầu loại bất thường NST đa dạng tất trường hợp bất thường NST có biểu chung sau: Tình trạng phát triển chậm tâm thần vận động Có biểu bất thường đặc thù khn mặt Lùn kèm theo nhẹ cân Gia tăng tần số dị tật bẩm sinh, đặc biệt dị tật bẩm sinh tim - Trong số trường hợp bất thường NST xảy tế bào sinh dưỡng nguyên nhân số loại ung thư người: Đến có 100 trường hợp tái xếp NST thấy 40 loại bệnh ung thư khác nhau, trường hợp chuyển đoạn NST số 22 số gây bệnh bạch cầu thể tủy mạn tính (CML: chronic myelogenous leukemia), dạng ung thư máu 1.3 Các loại lệch bội NST thường gặp sàng lọc trước sinh Các bất thường NST nguyên nhân 50% trường hợp sảy thai tự nhiên tháng đầu thai kỳ nguyên nhân 7% tử vong sơ sinh khoảng 0,6% trẻ lúc sinh phát có bất thường NST Tuy nhiên, chiếm đến 85% trường hợp bất thường NST lệch bội NST 21, 18, 13, X Y gây hội chứng Down, Edwards, Patau, Turner, Klinefelter… Ngồi gặp số hội chứng đoạn nhỏ NST hội chứng Digeorge, Cri du Chat, Prader-Willi/ Angelman, Williams- Beuren, 1p36 [4] Trong nghiên cứu phân tích tỷ lệ bất thường NST Châu Âu 10.323 thai phụ từ năm 2000-2006 cho thấy: Hội chứng Down chiếm tỷ lệ cao 53%, tiếp đến hội chứng Edwards 13%, hội chứng Patau chiếm 5%, hội chứng Turner 8%, bất thường NST giới tính XXX, XXY, XYY chiếm 4%, lại bất thường gặp khác (Hình 2) [4] 10 67 NIPS nên khuyến khích sử dụng cho phụ nữ có nguy cao, ví dụ người mẹ 35 tuổi, siêu âm cho thấy bất thường thai nhi, sàng lọc huyết truyền thống cho kết bất thường, xét nghiệm sàng lọc di truyền cho thấy dấu hiệu liên quan đến bệnh, trường hợp lần mang thai trước có bị mắc bệnh di truyền [133] Nên lưu ý khơng có xét nghiệm trước sinh cho dù sàng lọc hay chẩn đoán chọc hút dịch ối sinh thiết gai rau có độ xác 100%, tất có lợi ích giới hạn riêng “Tư vấn di truyền” nên trở thành thủ tục cần thiết cho thai phụ Nếu NIPS cung cấp cho bệnh nhân, thai phụ cần tư vấn di truyền trước sau thực xét nghiệm, giải thích rõ ràng kiến thức lâm sàng, để đảm bảo hiểu hồn tồn tình trạng đưa định đắn cho thai kỳ [132] 5.2 Nghiên cứu NIPS Việt Nam NIPS giới thiệu vào Việt Nam từ vài năm gần số công ty tư nhân, thai phụ lấy mẫu tư vấn phòng khám tư nhân, mẫu máu vận chuyển gửi phân tích nước ngồi Cho đến tháng 5/2016, NIPS thức triển khai Trung tâm chẩn đoán trước sinh, Bệnh viện Phụ sản Hà Nội hệ thống máy giải trình tự hệ Ion Torrent Do vậy, thời điểm chưa có nghiên cứu úng dụng NIPS Việt Nam KẾT LUẬN 67 68 Lệch bội NST bất thường NST hay gặp nguyên nhân chủ yếu gây sảy thai, tử vong bệnh tật cho trẻ sơ sinh Lệch bội NST 21, 18, 13 NST giới tính gây hội chứng Down, Edwards, Patau, Turner chiếm khoảng 85% Sàng lọc phát sớm thai nhi có nguy cao bất thường NST việc làm cần thiết khoa học việc theo dõi thai kỳ, giúp phát chẩn đoán sớm bất thường thai nhi tư vấn di truyền cho thai phụ gia đình Những nỗ lực việc sàng lọc trước sinh chắn góp phần ngày nâng cao chất lượng dân số làm giảm tỷ lệ mắc bệnh tử vong cộng đồng Những thập kỷ gần chứng kiến phát triển phương pháp sàng lọc cách sử dụng siêu âm huyết mẹ, đặc biệt đời sàng lọc trước sinh khơng xâm lấn (NIPS) phân tích trình tự cffDNA máu mẹ sử dụng cơng nghệ giải trình tự hệ (NGS) NIPS thể tiến lớn lĩnh vực sàng lọc trước sinh, khơng có độ nhạy độ đặc hiệu cao hẳn với xét nghiệm combined test sàng lọc hội chứng Down thai kỳ 1, mà có khả sàng lọc lệch bội NST 18,13, X, Y với tỷ lệ phát cao, tỷ lệ dương tính giả thấp giúp làm giảm tỷ lệ thai phụ phải thực thủ thuật xâm lấn gây thai, góp phần làm giảm gánh nặng tâm lý, kinh tế cho gia đình xã hội Tuy nhiên, điều quan trọng cần hiểu thấu đáo hạn chế ưu điểm NIPS để bác sĩ lâm sàng đưa tư vấn định phù hợp với đối tượng bệnh nhân 68 TÀI LIỆU THAM KHẢO Centers for Disease Control and Prevention – CDC (2008), “Update on overall prevalence of major birth defects–Atlanta, Georgia, 1978– 2005”, MMWR Morb Mortal Wkly Rep, 57(1), 1-5 Nussbaum, RL., McInnes, RR., Willard, HF., et al (2007), “Thompson & Thompson genetics in medicine 7th.”, Philadelphia: Saunders/Elsevier Kochanek KD, Kirmeyer SE, Martin JA, et al (2012), “Annual summary of vital statistics: 2009”, Pediatrics, 129(2), 338–48 Diana Wellesley, et al (2012), “Rare chromosome abnormalities, prevalence and prenatal diagnosis rates from population-based congenital anomaly registers in Europe”, European Journal of Human Genetics, 20, 521-526 Nicolaides KH (2003), “Screening for chromosomal defects”, Ultrasound Obstet Gynecol, 21, 313-321 Akolekar R, Beta J, Picciarelli G, Ogilvie C, D’Antonio F (2015), “Procedure-related risk of miscarriage following amnio-centesis and chorionic villus sampling: a systematic review and meta-analysis”, Ultrasound Obstet Gynecol, 45, 16-26 Carmen Comas-Gabriel, et al (2013), “Noninvasive prenatal testing for fetal aneuploidy”, Donald school journal of ultrasound in Obstetrics and Gynecology, 7(4), 443-452 Y M Dennis Lo (2000), “Fetal DNA in maternal plasma: Biology and diagnosis applications”, Clinical Chemistry, 46(12), 1903-1906 Lo YMD, Corbetta N, Chamberlain PF, et al (1997), “Presence of fetal 10 DNA in maternal plasma and serum”, Lancet, 350, 485-487 Fan HC, Blumenfeld YJ, Chitkara U, Hudgins L, Quake SR (2008), “Noninvasive diagnosis of fetal aneuploidy by shotgun sequencing DNA from maternal blood”, Proc Natl Acad Sci, 105, 16266-71 69 11 Gijs van Haaften (2013), “Rapid prenatal testing using semiconductor 12 sequencing ?”, Clinical Chemistry, 59(5), 735-736 Sihune Hahn, et al (2002), “Fetal cells and cell-free fetal DNA in maternal blood: new insights into pre-eclampsia”, Human reproduction 13 update, 8(6), 501-508 Gil MM, Quezada MS, Revello R, Akolekar R, Nicolaides KH (2015), “Analysis of cell-free DNA in maternal blood in screening for fetal aneuploidies: updated meta-analysis”, Ultrasound Obstet Gynecol, 45, 14 249-66 Nussbaum RL, McInnes RR, Willard HF (2007), “Thompson & Thompson genetics in medicine 7th edition”, Philadelphia: 15 Saunders/Elsevier Patterson, D (2009), "Molecular genetic analysis of Down syndrome", 16 Human Genetics, 126 (1), 195–214 Howard Reisner (2013), “Essentials of Rubin's Pathology”, Lippincott 17 Williams & Wilkins, 129–131 A.K David (2013), “Family Medicine: Principles and Practice”, New 18 York, NY: Springer New York, 142 Sachs ES, Jahoda MG, Los FJ, Pijpers L, Reuss A, Wladimiroff JW (1990), “Interpretation of chromosome mosaicism and discrepancies in chorionic 19 villi studies”, American Journal of Medical Genetics, 37, 268-71 Weijerman ME, de Winter JP (2010), "Clinical practice The care of children with Down syndrome", European journal of pediatrics, 169 20 (12), 1445–52 Nicolaides KH (2003), “Screening for chromosomal defects”, 21 Ultrasound Obstet Gynecol, 21, 313-321 Hickey F, Hickey E, Summar KL (2012), "Medical update for children with Down syndrome for the pediatrician and family practitioner", 22 Advances in Pediatrics, 59 (1), 137–57 Evans Martin F (2009), “Down syndrome”, New York: Chelsea House, 12 70 23 Malt EA, Dahl RC, Haugsand TM, et al (2013), "Health and disease in adults with Down syndrome", Tidsskrift for den Norske laegeforening : 24 tidsskrift for praktisk medicin, ny raekke, 133 (3), 290-4 Hammer, edited by Stephen J McPhee, Gary D (2010), "Pathophysiology of Selected Genetic Diseases", Pathophysiology of disease : an introduction to clinical medicine (6th ed.), New York: 25 McGraw-Hill Medical Chapter Reilly, C (2012), "Behavioural phenotypes and special educational needs: is aetiology important in the classroom ?", Journal of 26 intellectual disability research : JIDR, 56 (10), 929–46 Crider KS, Olney RS, Cragan JD (2008), “Trisomies 13 and 18: population prevalences, characteristics, and prenatal diagnosis, 27 metropolitan Atlanta, 1994-2003”, Am J Med Genet A, 146A(7), 820-6 Graham EM, Bradley SM, Shirali GS, Hills CB, Atz AM (2004), “Pediatric Cardiac Care Consortium Effectiveness of cardiac surgery in trisomies 13 and 18 (from the Pediatric Cardiac Care Consortium)", Am 28 J Cardiol, 93(6), 801-3 Hall HE, Chan ER, Collins A, Judis L, et al (2007), “The origin of 29 trisomy 13”, Am J Med Genet A, 143A(19), 2242-8 Iliopoulos D, Sekerli E, Vassiliou G, et al (2006), “Patau syndrome with a long survival (146 months): a clinical report and review of literature”, 30 Am J Med Genet A, 140(1), 92-3 Pont SJ, Robbins JM, Bird TM, Gibson JB, et al (2006), “Congenital malformations among liveborn infants with trisomies 18 and 13”, Am J 31 Med Genet A, 140(16), 1749-56 Rasmussen SA, Wong LY, Yang Q, May KM, Friedman JM (2003), “Population-based analyses of mortality in trisomy 13 and trisomy 18”, 32 Pediatrics, 111(4 Pt 1), 777-84 Sybert VP, McCauley E, McCauley (2004), "Turner's syndrome", N Engl J Med, 351 (12), 1227-38 71 33 Bondy CA (2005), “New issues in the diagnosis and management of 34 Turner syndrome”, Rev Endocr Metab Disord, 6(4), 269-80 Ho VB, Bakalov VK, Cooley M, et al (2004), “Major vascular anomalies in Turner syndrome: prevalence and magnetic resonance 35 angiographic features”, Circulation, 110(12), 1694-700 Lanfraco F, Kamischke A, Zitzman M, Nieschlag E (2004), 36 “Klinefelter’s Syndrome”, The Lacet, 364(9430), 273-283 Simpson J.L, Graham J.M, Samango C, et al (2005), “Klinefelter syndrome”, Management of genetic syndromes 2nd, Hoboken N J, 37 Wiley & Sons, 323-333 Krausz C, Forti G (2000), “Clinical Aspects of Male Infertility”, The 38 Genetic Basis of Male Infertility, 28, 1-21 Trịnh Văn Bảo, Phan Thị Hoan, Nguyễn Viết Nhân cộng (2004), 39 “Dị dạng bẩm sinh”, Nhà xuất Y học Benet J, Martin R (1988), “Sperm chromosome complements in a 40 47,XYY man”, Hum Genet, 78, 313-315 Gonzalez-Merino E, Hans C, Abramowicz M et al (2007), “Aneuploidy study in sperm and preimplantation embryos from nonmosaic 47,XYY 41 men”, Fertil Steril, 88, 600-606 Otter M, Schrander CT, Curfs LM (2010), “Triple X syndrome: a 42 review of the literature”, Eur J Hum Genet, 18(3), 265-71 Tartaglia NR, Howell S, Sutherland A, Wilson R, Wilson L (2010), “A 43 review of trisomy X (47,XXX)”, Orphanet J Rare Dis, 11(5), Snijders RJM, Nicolaides KH (1996), “Assessment of risks In Ultrasound Markers for Fetal Chromosomal Defects”, Parthenon 44 Publishing: Carnforth, 63-120 Dey M, Sharma S, Aggarwal S (2013), “Prenatal Screening Methods 45 for Aneuploidies”, North Am J Med Sci., 5, 182-190 Snijders RJM, Sundberg K, Holzgreve W (1999), “Maternal age and gestation-specific risk for trisomy 21”, Ultrasound Obstet Gynecol, 13, 167-170 72 46 Snijders RJM, Sebire NJ, Cuckle H, (1995), “Maternal age and gestational age-specific risks for chromosomal defects”, Fetal Diagn 47 Ther, 10, 356–367 Driscoll DA, Gross SJ (2008), “First Trimester Diagnosis and 48 Screening for Fetal Aneuploidy”, Genet Med., 10, 73-75 Maymon R, Jauniaux E, Cohen O, et al (2000), “Pregnancy Outcome and Infant Follow-up of Fetuses with Abnormally Increased First 49 Trimester Nuchal Translucency”, Hum Reprod., 15, 2023-2027 Haak MC, Van Vugt JM (2003), “Pathophysiology of Increased Nuchal 50 Translucency: A Review of the Literature”, Hum Reprod., 9, 175-184 Wilson, K L.; Czerwinski, J L.; Hoskovec, J M.; et al (2013), “NSGC Practice Guideline: Prenatal Screening and Diagnostic Testing Options 51 for Chromosome Aneuploidy”, J Genet Counsel, 22, 4-15 Saltvedt S, Almström H, Kublickas M, et al (2005), “Screening for Down syndrome based on maternal age or fetal nuchal translucency: a randomized controlled trial in 39.572 pregnancies”, Ultrasound Obstet 52 Gynecol, 25(6), 537-545 Otano L, Aiello H, Igarzabal L, et al (2002), “Association between first trimester absence of fetal nasal bone on ultrasound and Down's 53 syndrome”, Prenat Diagn, 22, 930–932 Cicero S, Bindra R, Rembouskos G, et al (2003), “Integrated ultrasound and biochemical screening for trisomy 21 using fetal nuchal translucency, absent fetal nasal bone, free β-hCG and PAPP-A at 11 to 54 14 weeks”, Prenat Diagn, 23, 306–310 Currier R, Wu N, Van Meter K, et al (2012), “Integrated and First Trimester Prenatal Screening in California: Program Implementation and 55 Patient Choice for Follow-up Services”, Prenat Diagn., 32, 1077–1083 Gagnon A, Wilson RD, Audibert F, et al (2008), “Society of Obstetricians and Gynaecologists of Canada Genetics Committee 73 Obstetrical Complications Associated with Abnormal Maternal Serum 56 Markers Analytes”, J Obstet Gynaecol Can., 30, 918–949 Driscoll DA, Gross SJ (2009), “Professional Practice Guidelines C Screening for Fetal Aneuploidy and Neural Tube Defects”, Genet 57 Med., 11, 818–821 Canick, J (2012), “Prenatal Screening for Trisomy 21: Recent 58 Advances and Guidelines”, Clin Chem Lab Med., 50, 1003–1008 Spencer K, Souter V, Tul N, et al (1999), “A screening program for trisomy 21 at 10–14 weeks using fetal nuchal translucency, maternal serum free β-human chorionic gonadotropin and pregnancy-associated 59 plasma protein-A”, Ultrasound Obstet Gynecol, 13, 231–237 Spencer K, Spencer CE, Power M, et al (2003), “Screening for chromosomal abnormalities in the first trimester using ultrasound and maternal serum biochemistry in a one stop clinic: a review of three 60 years prospective experience”, Br J Obstet Gynaecol, (in press) Sherrod C, Sebire NJ, Soares W, et al (1997, “Prenatal diagnosis of trisomy 18 at the 10–14-week ultrasound scan”, Ultrasound Obstet 61 Gynecol, 10: 387–390 Snijders RJM, Sebire NJ, Nayar R, et al (1999), “Increased nuchal translucency in trisomy 13 fetuses at 10–14 weeks of gestation”, Am J 62 Med Genet, 86, 205–207 Sebire NJ, Snijders RJ, Brown R, et al (1998), “Detection of sex chromosome abnormalities by nuchal translucency screening at 10–14 63 weeks”, Prenat Diagn, 18, 581–584 Jauniaux E, Brown R, Snijders RJ, et al (1997), “Early prenatal 64 diagnosis of triploidy”, Am J Obstet Gynecol, 176, 550–554 Merkatz IR, Nitowsky HM, Macri JN, et al (1984), “An association between low maternal serum alpha-fetoprotein and fetal chromosomal 65 abnormalities”, Am J Obstet Gynecol, 148, 886–894 Macri JN, Kasturi RV, et al (1990), “Maternal serum Down syndrome screening: free beta protein is a more effective marker than human chorionic gonadotrophin”, Am J Obstet Gynecol, 163, 1248–1253 74 66 Canick J, Knight GJ, Palomaki GE, et al (1988), “Low second trimester maternal serum unconjugated oestriol in pregnancies with Down’s 67 syndrome”, Br J Obstet Gynaecol, 95, 330–333 Van Lith JM, Pratt JJ, Beekhuis JR, et al (1992), “Second trimester maternal serum immuno-reactive inhibin as a marker for fetal Down’s 68 syndrome”, Prenat Diagn, 1, 801–806 Practice Bulletin (2016), “Screening for fetal aneuploidy”, Clinical 69 management guidelines for Obstetrician and Gynecologists, 163 Ogilvie CM, Lashwood A, Chitty L, et al (2005), “The future of prenatal diagnosis: rapid testing or full karyotype? An audit of chromosome abnormalities and pregnancy outcomes for women referred for Down's Syndrome testing”, BJOG: An International 70 Journal of Obstetrics & Gynaecology, 112(10), 1369-1375 Joe Leigh Simpson, Otano, L (2007), “Prenatal Genetic Diagnosis 71 Churchill Livingstone”, An Imprint of Elsevier L Rickman HF, C Shaw Smith, R Nash, V Cirigliano, et al (2006), “Prenatal detection of unbalanced chromosomal rearrangements by 72 array CGH”, J Med Genet, 43, 353 - 361 Lee MH, Ryu HM, Kim DJ, Lee BY (2004), “Rapid prenatal diagnosis of Down syndrome using quantitative fluorescent PCR in uncultured 73 amniocytes”, Journal Korean Medical Science, 19, 341-344 Hulten M, Dhanjal S, Pertl B (2003), “Rapid and simple prenatal diagnosis of common chromosome disorders: advantages and disadvantages of the molecular methods FISH and QF-PCR”, 74 Reproduction, 126(3), 279-297 Mann K, Fox SP, Abbs SJ, Yau SC, Scriven PN (2001), “Development and implementation of a new rapid aneuploidy diagnosis service within the UK National Health Service and implications for the future of prenatal diagnosis”, Lancet, 358, 1057-1061 75 75 Vialard F, Simoni G, Gomes DM, et al (2012), “Prenatal BACs-onBeads: the prospective experience of five prenatal diagnosis 76 laboratories”, Prenatal Diagnosis, 32 (4), 329-335 Chial, H.; Drovdlic, C.; Koopman, M (2009), “The Order of Nucleotides in a Gene Is Revealed by DNA Sequencing”, Essentials 77 Genet., 4, Sanger, F.; Coulson, A R (1977), “DNA Sequencing with Chain 78 Terminating Inhibitors”, Proc Nat Acad Sci U S A., 74, 5463–5467 Smith, L M.; Sanders, J Z.; Kaiser, R J.; et al (1986), “Fluorescence 79 Detection in Automated DNA sequence analysis”, Nature, 321, 674–679 Prober, J M.; Trainor, G L.; Hobbs, F W.; et al (1987), “A System for Rapid DNA Sequencing with Fluorescent Chain-Terminating 80 Dideoxynucleotides”, Science, 238, 336–341 Glenn, T C (2011), “Field Guide to Next-Generation DNA 81 Sequencers”, Mol Ecol Resources, 11, 759–769 Margulies, M.; Egholm, M.; Altman, W E.; et al (2005), “Genome Sequencing in Microfabricated High-Density Picoliter Reactors”, 82 Nature, 437, 376–380 Saeks, J (2012), “DNA Sequencing and Equipment Markets 3rd ed”, 83 Kalorama Information, New York, U.S.A Liao, G J.; Chan, K C.; Jiang, P.; et al (2012), “Noninvasive Prenatal Diagnosis of Fetal Trisomy 21 by Allelic Ratio Analysis Using Targeted Massively Parallel Sequencing of Maternal Plasma DNA”, PLoS One, 84 7, e38154 Chiu, R W.; Akolekar, R.; Zheng, Y W.; et al (2011), “Non-Invasive Prenatal Assessment of Trisomy 21 by Multiplexed Maternal Plasma 85 DNA Sequencing: Large Scale Validity Study”, BMJ, 342, c7401 Schmorl G (1893), “Pathologisch-anatomische Untersuchungen ueber 86 Publereklampsie”, Leipzig, Vogel Mandel P, Métais P (1948), “Les acides nucléiques du plasma sanguin chez l'homme”, C R Acad Sci Paris, 142, 241-243 76 87 Walknowska J, Conte FA, Grumbach MM (1969), “Practical and theoretical implications of fetal-maternal lymphocyte transfer”, Lancet, 88 1(7606),1119-22 Bianchi DW, Lo YM (2001), “Fetomaternal cellular and plasma DNA 89 trafficking: the Yin and the Yan”, Ann NY Acad Sci, 945, 119-131 D.W Bianchi, G.K Zickwolf, et al (1996), “Male fetal progenitor cells persist in maternal blood for as long as 27 years postpartum”, Proc 90 Natl Acad Sci USA, 93, 705-708 LO, Y.M.D, et al (1998), “Quantitative analysis of fetal DNA in maternal plasma and serum: implications for noninvasive prenatal 91 diagnosis”, Am J Hum Genet., 62, 768-775 Lo YM, Lau TK, Zhang J, et al (1999), “Increased fetal DNA concentrations in the plasma of pregnant women carrying fetuses with 92 trisomy 21”, Clin Chem, 45, 1747-51 Lo Y, Chan K, Sun H, et al (2010), “Maternal plasma DNA sequencing reveals the genome-wide genetic and mutational profile of the fetus”, 93 Science Translational Medicine, 2(61), 61-91 Lo YM, Zhang J, Leung TN, et al (1999), “Rapid clearance of fetal 94 DNA from maternal plasma”, Am J Hum Genet, 64, 218-24 Botezatu I, Serdyuk O, Potapova G, et al (2000), “Genetic analysis of DNA excreted in urine: a new approach for detecting specific genomic DNA 95 sequences from cells dying in an organism”, Clin Chem, 46,1078-84 Yi Zhou, MD, Zhongyi Zhu, et al (2015), “Effects of Maternal and Fetal Characteristic on Cell-Free Fetal DNA Fraction in Maternal 96 Plasma”, Reproductive Scient, 1429-1435 Errol R Norwitz, MD, PhD, Louis E (2013), “Noninvasive Prenatal 97 Testing: The Future is Now”, Rev Obstet Gynecol, 6(2), 48-62 Nicolaides KH, Syngelaki A, Ashoor G, et al (2012), “Noninvasive prenatal testing for fetal trisomies in a routinely screened first- trimester population”, Am J Obstet Gynecol, 207(374), 371-376 77 98 Chu T, Bunce K, Hogge WA, Peters DG (2009), “Statistical model for whole genome sequencing and its application to minimally invasive 99 diagnosis of fetal genetic disease”, Bioinformatics, 25, 1244-1250 Hill M, Taffinder S, Chitty LS, et al (2010), “Incremental cost of noninvasive prenatal diagnosis versus invasive prenatal diagnosis of fetal 100 sex in England”, Prenatal Diagnosis, 31(3), 267 Hudecova I, Sahota D, Heung MM, et al (2014), “Maternal plasma fetal DNA fractions in pregnancies with low and high risks for fetal 101 chromosomal aneuploidies”, PLoS ONE, 9, e88484 Sekizawa A, Sugito Y, Iwasaki M, et al (2001), “Cell-free fetal DNA is increased in plasma of women with hyperemesis gravidarum”, Clin 102 Chem 47, 2164-2165 Bellis, M.A.; Hughes, K.; Hughes, S.; Ashton, J.R (2005), “Measuring paternal discrepancy and its public health consequences”, J Epidemiol 103 Community Health, 59, 749-754 Jiang, P.; Chan, K.C.A.; Liao, G.J.; et al (2012), “Fetalquant: Deducing fractional fetal DNA concentration from massively parallel sequencing of 104 DNA in maternal plasma”, Bioinformatics, 28, 2883–2890 Jiang, P.; Peng, X.; Su, X.; et al (2016), “FetalQuantSD: Accurate quantification of fetal DNA fraction by shallow-depth sequencing of 105 maternal plasma DNA”, NPJ Genom Med., 1, 16013 Kim, S.K.; Hannum, G.; Geis, J.; et al (2015), “Determination of fetal DNA fraction from the plasma of pregnant women using sequence read 106 counts”, Prenat Diagn, 35, 810–815 Chan, K.C.A.; Zhang, J.; Hui, A.B.; et al (2004), “Size distributions of 107 maternal and fetal DNA in maternal plasma”, Clin Chem, 50, 88–92 Yu, S.C.; Chan, K.C.A.; Zheng, Y.W.; et al (2014), “Size-based molecular diagnostics using plasma DNA for noninvasive prenatal 108 testing”, Proc Natl Acad Sci USA, 111, 8583–8588 R.W Chiu, K.C Chan, Y Gao, et al (2008), “Noninvasive prenatal diagnosis of fetal chromosomal aneuploidy by massively parallel 78 genomic sequencing of DNA in maternal plasma”, Proc Natl Acad 109 Sci U.S.A, 105, 20458–20463 Joris Robert Vermeesch, Thierry Voet and Koenraad Devriendt (2016), “Prenatal and pre-implantation genetic diagnosis”, Nat Rev Genet, 110 17(10), 643-56 B.H Faas, E.A Beuling, G.C Christiaens, et al (1998), “Detection of 111 fetal RHD-specific sequences in maternal plasma”, Lancet, 352, 1196 Dar P, Shani H, Evans MI (2016), “Cell-free DNA: comparison of 112 technologies”, Clin Lab Med., 36(2), 199–211 E.Z Chen, R.W Chiu, H Sun, et al (2011), “Noninvasive prenatal diagnosis of fetal trisomy 18 and trisomy 13 by maternal plasma DNA 113 sequencing”, PLoS One, 6, e21791 P Benn, A Borell, R Chiu, H Cuckle, et al (2012), “Aneuploidy screening: a position statement from a Committee on behalf of the Board of the International Society for Prenatal Diagnosis”, Prenat 114 Diagn, 33 (7), 622–629 The Noninvasive Prenatal Screening Work Group of the American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG statement on noninvasive prenatal screening for fetal aneuploidy, Genet Med 15 115 (2013) 395–398 Shan Dan, Wei Wang, et al (2012), “Clinical application of massively parallel sequencing-based prenatal noninvasive fetal trisomy test for trisomies 21 and 18 in 11105 pregnancies with mixed risk factors”, 116 Prenatal Diagnosis, 32(13), 1225–32 Hongyun Zhang, Ya Gao, et al (2015), “Noninvasive Prenatal Testing for Trisomy 21, 18 and 13 - Clinical Experience from 146,958 Pregnancie”, 117 Ultrasound in Obstetrics and Gynecology, 45(5), 530-538 Chiu R.W.K, Cantor C.R, Lo Y.M.D (2009), “Non-invasive prenatal diagnosis by single molecule counting technologies”, Trends in Genetics, 25(7), 324–331 79 118 Ashoor G, Syngelaki A, et al (2012), “Chromosome-selective sequencing of maternal plasma cell-free DNA for first trimester detection of trisomy 21 and trisomy 18”, Am J Obstet Gynecol., 206, 119 e321–e325 Sehnert A.J, Rhees B, Comstock D, el at (2011), “Optimal detection of fetal chromosomal abnormalities by massively parallel DNA sequencing of cell- 120 free fetal DNA from maternal blood”, Clin Chem., 57, 1042–1049 Avent N.D (2012), “Refining noninvasive prenatal diagnosis with single- 121 molecular next-generation sequencing”, Clin Chem., 58, 657–658 Ehrich M, Deciu C, Zwiefelhofer T, Tynan J.A, et al (2011), “Nonivasive detection of fetal trisomy 21 by sequencing of DNA in maternal blood: A study in a clinical setting”, Am J Obstet Gynecol., 122 204, 201–211 Chiu, R.W, Akolekar, R, et al (2011), “Non-invasive prenatal assessment of trisomy 21 by multiplexed maternal plasma DNA 123 sequencing: Large scale validity study”, BMJ, 11 Sparks A.B, Struble, C.A, et al (2012), “Nonivasive prenatal detection and selective analysis of cell-free DNA obtained from maternal blood: Evaluation for trisomy 21 and trisomy 18” Am J Obstet Gynecol, 124 206, e311–e319 GenomeWeb (2013), “Aria Kicks off Clinical Trial for Non-Invasive 125 Down Syndrome Test” M.E Norton, et al (2015), “Cell-free DNA analysis for noninvasive 126 examination of trisomy”, N Engl J Med, 372 (17), 1589–1597 Nicolaides KH, Syngelaki A, Ashoor G, Birdir C, Touzet G (2012), “Noninvasive prenatal testing for fetal trisomies in a routinely screened 127 first-trimester population”, Am J Obstet Gynecol, 207, 374, 1–6 Song Y, Liu C, et al (2013), “Noninvasive prenatal testing of fetal aneuploidies by massively parallel sequencing in a prospective Chinese population”, Prenat Diagn, 33, 700–706 80 128 H Cuckle, R Maymon (2016), “Development of prenatal screening – a 129 historical overview”, Semin Perinatol, 40 (1), 12–22 Sian Taylor-Phillips, Karoline Freeman, Julia Geppert, et al (2016), “Accuracy of non-invasive prenatal testing using cell-free DNA for detection of Down, Edwards and Patau syndromes: a systematic review 130 and meta-analysis”, BMJ Open, Whiting PF, Rutjes AW, Westwood ME, et al (2011), “QUADAS-2: a revised tool for the quality assessment of diagnostic accuracy studies”, 131 Ann Intern Med, 155, 529–36 FL Mackie, K Hemming, S Allen, RK Morris, MD Kilbya (2016), “The accuracy of cell-free fetal DNA-based non-invasive prenatal testing in singleton pregnancies: a systematic review and bivariate metaanalysis”, BJOG an international journal of Obstetrics and 132 Gynaecology, 124(1), 32-46 Pareek CS, Smoczynski R, Trefyn A (2011), “Sequencing technologies 133 and genome sequencing”, J Appl Genet, 52, 413–435 Committee on Genetics Society for Maternal–Fetal Medicine (2015), “Cell-free DNA Screening for Fetal Aneuploidy”, The American College of Obstetricians and Gynecologists, 640 81 ... TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI HOÀNG HẢI YẾN GIÁ TRỊ CỦA PHƯƠNG PHÁP GIẢI TRÌNH TỰ GEN THẾ HỆ MỚI PHÁT HIỆN LỆCH BỘI NHIỄM SẮC THỂ THAI BẰNG DNA THAI TỰ DO TRONG MÁU MẸ Người hướng dẫn khoa học: TS Trần... khoa học: TS Trần Huy Thịnh Cho đề tài: Nghiên cứu giá trị phương pháp giải trình tự gen hệ phát lệch bội nhiễm sắc thể thai DNA thai tự máu mẹ Chuyên ngành : Hóa sinh Mã số : 62720112 TIỂU LUẬN... [13] Trong phần tổng quan này, trình bày phương pháp sàng lọc lệch bội NST truyền thống giá trị cffDNA sàng lọc trước sinh không xâm lấn phương pháp giải trình tự hệ TỔNG QUAN Nhiễm sắc thể 1.1