...Nguyễn Thành Luân.pdf tài liệu, giáo án, bài giảng , luận văn, luận án, đồ án, bài tập lớn về tất cả các lĩnh vực kin...
Chương I: PHƯƠNG TR̀NH LƯỢNG GIÁC A. CƠ SỞ LƯ THUYẾT 1. Cung liên kết a) Cung đối: ( ) ( ) cos cos ; sin sin ; x x x x− = − = − b) Cung bù: ( ) ( ) cos cos ; sin sin ; x x x x π π − = − − = c) Cung phụ: cos sin ; sin cos ; tan( ) cot ; cot tan 2 2 2 2 x x x x x x x x π π π π − = − = − = − = ÷ ÷ ÷ d) Cung hơn kém π : ( ) ( ) cos cos ; sin sin ; x x x x π π + = − + = − e) Cung hơn kém 2 π : cos sin ; sin cos ; 2 2 x x x x π π + = − + = ÷ ÷ 2. Công thức lượng giác a) Công thức cộng: b) Công thức nhân đôi ( ) cos cos cos sin sin sin( ) sin cos cos sin tan tan tan( ) 1 tan tan cota cot 1 cot( ) cota cot a b a b a b a b a b a b a b a b a b b a b b + = − + = + + + = − − + = + 2 2 2 2 2 sin 2 2sin .cos cos2 cos sin 2cos 1 1 2sin 2tan tan 2 1 tan a a a a a a a a a a a = = − = − = − = − c) Công thức nhân ba d) Công thức hạ bậc 3 3 sin3 3sin 4sin cos3 4cos 3cos a a a a a a = − = − 2 2 3 3 1 cos2 1 cos2 sin ; cos 2 2 3sin sin3 3cos cos3 sin ; cos 4 4 a a a a a a a a a a − + = = − + = = e) Công thức tích thành tổng f) Công thức tổng thành tích [ ] [ ] [ ] 1 cos cos cos( ) cos( ) 2 1 sin sin cos( ) cos( ) 2 1 sin cos sin( ) sin( ) 2 a b a b a b a b a b a b a b a b a b = + + − − = + − − = + + − cos cos 2cos cos 2 2 cos cos 2sin sin 2 2 sin sin 2sin cos 2 2 sin sin 2cos sin 2 2 a b a b a b a b a b a b a b a b a b a b a b a b + − + = + − − = − + − + = + − − = 3. Hằng đẳng thức thường dùng ( ) 2 2 4 4 2 6 6 2 2 2 2 2 2 1 3 sin cos 1 sin cos 1 sin 2a sin cos 1 sin 2 2 4 1 1 1 tan 1+cot 1 sin 2 sin cos cos sin a a a a a a a a a a a a a a + = + = − + = − + = = ± = ± 4. Phương tŕnh lượng giác cơ bản khi 1 2 sin ( ) ; sin sin ( ) arcsin 2 2 khi 1 ( ) arcsin 2 VN m x k f x m x f x m k x k m f x m k α π α π π α π π π > = + = ⇔ = ⇔ = + = − + ≤ = − + khi 1 2 cos ( ) ; cos cos ( ) arccos 2 2 khi 1 ( ) arccos 2 VN m x k f x m x f x m k x k m f x m k α π α π α π π > = + = ⇔ = ⇔ = + = − + ≤ = − + tan ( ) ( ) arctan ; tan tanf x m f x m k x x k π α α π = ⇔ = + = ⇔ = + cot ( ) ( ) arccot ; cot cotf x m f x m k x x k π α α π = ⇔ = + = ⇔ = + 5. Phương tŕnh thường gặp a. Phương tŕnh bậc 2 2 2 2 2 2 2 2 2 .sin ( ) .cos ( ) 0 sin ( ) 1 cos ( ) .cos ( ) .sin ( ) 0 ( ) 1 sin ( ) cos2 ( ) cos ( ) 0 cos2 ( ) 2cos ( ) 1 cos2 ( ) sin ( ) 0 cos2 ( ) 1 2sin ( ) .t a f x b f x c Thay f x f x a f x b f x c Thay f x f x a f x b f x c Thay f x f x a f x b f x c Thay f x f x a + + = ⇒ = − + + = ⇒ = − + + = ⇒ = − + + = ⇒ = − cos 1 an ( ) cot ( ) 0 cot ( ) tan ( ) f x b f x c Thay f x f x + + = ⇒ = b. Phương tŕnh dạng sin ( ) cos ( )a f x b f x c+ = 1 Điều kiện có nghiệm: 2 2 2 a b c+ ≥ 2 Chia 2 vế cho 2 2 a b+ , dùng công thức cộng chuyển về dạng cơ bản theo sin hoặc cos. c. Phương tŕnh đẳng cấp 1 Dạng 2 2 .sin .sin cos .cosa x b x x c x d+ + = 2 Xét cosx = 0 có thỏa măn phương tŕnh hay không. 3 Xét cosx ≠ 0, chia 2 vế cho cos 2 x để được phương tŕnh bậc 2 theo tanx. 4 Có thể thay v́ xét cosx, ta có thể thay bằng việc xét sinx. 5 Dạng 3 2 2 3 .sin .sin cos .sin .cos .cos 0a x b x x c x x d x+ + + = 6 Xét cosx = 0 có thỏa măn phương tŕnh hay không. 7 Xét cosx ≠ 0, chia 2 vế cho cos 3 x để được phương tŕnh bậc 3 theo tanx. 8 Có thể thay v́ xét cosx, ta có thể thay bằng việc xét sinx. d. Phương tŕnh đối xứng loại 1: (sin cos ) .sin cosa x x b x x c± + = 1 Đặt t = sinx ± cosx, điều kiện 2t ≤ 2 Thay vào phương tŕnh ta được phương tŕnh bậc 2 theo t. e. Phương tŕnh đối xứng loại 2 : ( ) tan cot ) (tan cot TRƯỜNG ĐẠI HỌ HỌC TÀI NGUYÊN VÀ MÔI TRƯỜNG NG H HÀ NỘI KHOA TRẮC ĐỊA – BẢN ĐỒ ============= NGUYỄN NGUY THÀNH LUÂN NGHIÊN CỨU ỨU CẤU C TRÚC BÊN ÊN TRONG CƠNG TRÌNH BẰNG NG MÁY QT LAZER MẶT M ĐẤT T SCANSTATION LEICA P20 HÀ NỘI, 2016 TRƯỜNG ĐẠI HỌC TÀI NGUYÊN VÀ MÔI TRƯỜNG HÀ NỘI KHOA TRẮC ĐỊA – BẢN ĐỒ ============= NGUYỄN THÀNH LUÂN ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP NGHIÊN CỨU CẤU TRÚC BÊN TRONG CƠNG TRÌNH BẰNG MÁY QT LAZER MẶT ĐẤT SCANSTATION LEICA P20 Ngành : Trắc địa - Bản đồ Mã ngành : D520503 NGƯỜI HƯỚNG DẪN: THS TRẦN QUỐC VINH TS PHẠM THỊ HOA HÀ NỘI, 2016 LỜI CẢM ƠN Trước tiên em xin gửi lời cảm ơn chân thành sâu sắc tới thầy cô giáo Khoa Trắc địa - Bản đồ, Trường Đại học Tài nguyên Môi trường Hà Nội, Phòng Trắc địa - Địa hình/Cục Bản đồ tận tình giảng dạy, truyền đạt cho em kiến thức, kinh nghiệm quý báu suốt thời gian qua Đặc biệt em xin gửi lời cảm ơn đến Thạc Sỹ Trần Quốc Vinh, thầy tận tình giúp đỡ, trực tiếp bảo, hướng dẫn em suốt trình làm đồ án tốt nghiệp Trong thời gian làm việc với thầy, em không ngừng tiếp thu thêm nhiều kiến thức bổ ích mà học tập tinh thần làm việc, thái độ nghiên cứu khoa học nghiêm túc, hiệu quả, điều cần thiết cho em trình học tập công tác sau Em xin chân thành cảm ơn! Hà Nội, ngày….tháng….năm 2016 Sinh viên thực Nguyễn Thành Luân MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN MỤC LỤC DANH MỤC CÁC HÌNH DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT LỜI MỞ ĐẦU CHƯƠNG 1: CÁC GIẢI PHÁP THỂ HIỆN CẤU TRÚC BÊN TRONG CÁC CƠNG TRÌNH XÂY DỰNG 1.1 Giới thiệu phền mềm thiết kế đối tượng 3D 1.1.1 Phần mềm Multigen 1.1.2 SketchUp 1.1.3.Phần mềm 3D studio max 1.2 Nghiên cứu công cụ hỗ trợ việc khảo sát bên đối tượng 3D 1.3 Nghiên cứu công nghệ laser mặt đất hãng Leica 11 1.3.1.Phần mềm Leica HDS: Cyclone, CloudWorx TruView 12 1.3.2.Phần mềm Leica Cyclone 12 1.3.3.Phần mềm Leica CloudWorx 13 1.3.4.Phần mềm Leica TruView 13 CHƯƠNG 2: TỔNG QUAN CÔNG NGHỆ QUÉT LAZER 3D 14 2.1 Nguyên lý hoạt động công nghệ quét lazer mặt đất 14 2.2 Đặc tính ưu việt máy quét lazer mặt đất 18 2.3 Giới thiệu máy quét Scantation leica P20 21 2.4 Giới thiệu số phần mếm xử lý số liệu quét lazer mặt đất 24 CHƯƠNG 3: QUY TRÌNH CƠNG NGHỆ XÂY DỰNG MƠ HÌNH 3D CÁC ĐỐI TƯỢNG BÊN TRONG TÒA NHÀ BẰNG MÁY P20 34 3.1 Công tác khảo sát 34 3.1.1 Công tác chuẩn bị 34 3.2 Công tác quét lazer 3D 35 3.3 Sử lý số liệu quét 36 3.3.1 Nhập số liệu vào phần mềm Cyclone 36 3.3.2 Nắn ghép trạm quét 36 3.3.3 Tăng cường chất lượng tối ưu hóa liệu 37 3.3.4 Khai báo tọa độ 37 3.3.5 Màu hóa liệu 41 3.3.6 Tạo liệu mô phần mềm 3D Cyclone 9.0 42 3.4 Xây dựng mơ hình đối tượng 43 CHƯƠNG : THỰC NGHIỆM THỂ HIỆN CẤU TRÚC BÊN TRONG TÒA NHÀ CỤC BẢN ĐỒ BẰNG MÁY QUÉT P20 44 4.1 Chuẩn bị để thể cấu trúc bên cơng trình máy P20 44 4.1.1 Khảo sát thực địa 44 4.1.2 Đối tượng quét 44 4.1.3 Lập sơ đồ khu vực quét 3D 44 4.2 Quét cấu trúc bên ngồi bên tòa nhà Cục Bản đồ 45 4.3 Xử lý, đánh giá kết 52 KẾT LUẬN - KIẾN NGHỊ 58 TÀI LIỆU THAM KHẢO 59 DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 1.1 Mơ hình đối tượng 3D phần mềm Multigen Hình 2.1 Nguyên lý hoạt động máy quét Leica P20 16 Hình 2.2 Nguyên lý hoạt động máy quét Leica P20 17 Hình 2.3 Đám mây điểm sau quét 3D đám mây điểm 18 Hình 2.4 Mơ hình 3D tuyến đường giao thơng tái dựng đám mây điểm thu từ máy quét laser 3D 27 Hình 2.5 Mơ 3D lắp ráp hợp phần vào hợp phần có nhà máy với kích thước thực thu máy quét laser 3D 28 Hình 2.6 Thiết kế bổ sung thiết bị cho sở hạ tầng dầu khí, thực 29 Hình 3.1 Bộ thiết bị máy quét Laser 3D mặt đất 34 Hình 3.2 Hình ảnh máy quét (trạm số 31) phòng hội đồng 35 Hình 3.3 Nhập liệu quét máy vào phần mềm Cyclone 9.0 36 Hình 3.4 Nắn tự động trạm 21 22 37 Hình 3.5 Nhập độ cao cho tiêu đo 100, 101, 102 theo đường dẫn Create object/ Fit to cloud/ Black and white target 37 Hình 3.6 Nhập độ cao tiêu đo 100 38 Hình 3.7 Nhập độ cao tiêu đo 101 38 Hình 3.8 Nhập độ cao tiêu đo 102 39 Hình 3.9 Tọa độ tiêu 100, 101, 102 ModelSpace View 39 Hình 3.10 Nhập tọa độ tiêu đo 100, 101, 102 40 Hình 3.11 Mở Registration kết để gán tọa độ VN 2000 cho tiêu đo 100, 101, 102 40 Hình 3.12 Cửa sổ thị hộp thoại nhập tọa độ 41 Hình 3.13 Hình ảnh phòng khách Cục Bản đồ sau nắn 41 Hình 3.14 Màu hóa liệu 42 Hình 3.15 Hình ảnh bên thư viện ghép từ trạm 61,62,63 42 Hình 3.16 Hình ảnh mơ hình hành lang cầu thang tầng 43 Hình 4.1 Bố trí trạm máy, tiêu đo bên ngồi Cục Bản đồ 45 Hình 4.2 Bố trí trạm máy, tiêu đo tầng G 46 Hình 4.3 Bố trí trạm máy, tiêu đo tầng 46 Hình 4.4 Bố trí trạm máy, tiêu đo tầng 47 Hình 4.5 Bố trí trạm máy, tiêu đo tầng 47 Hình 4.6 Bố trí trạm máy, tiêu đo tầng 48 Hình 4.7 Bố trí trạm máy, tiêu đo tầng 48 Hình 4.8 Bố trí trạm máy, tiêu đo tầng 49 Hình 4.9 Bố trí trạm máy, tiêu đo ... 129 C. HỆ PHƯƠNG TRÌNH - HỆ BẤT PHƯƠNG TRÌNH CHỨA TRỊ TUYỆT ĐỐI. Ví dụ 1: Giải hệ phương trình : 22 x2xy3y0 (1) xx yy 2 (2) ⎧ +−= ⎪ ⎨ +=− ⎪ ⎩ Giải (1) Xem như phương trình bậc 2 ẩn x: 22 2 xy 'y 3y 4y x3y = ⎡ ∆= + = ⇔ ⎢ = − ⎣ Hệ xy xy yy yy 2 yy 1 x3y 8y y 2 3y 3y y y 2 x3y ⎡⎡ == ⎧⎧ ⎪⎪ ⎢⎢ ⎨⎨ +=− =− ⎪⎪ ⎢⎢ ⎩⎩ ⇔⇔ ⎢⎢ =− ⎧⎧ = ⎪⎪ ⎢⎢ ⎨⎨ ⎢⎢ −−+ =− =− ⎪⎪ ⎢⎢ ⎩⎩ ⎣⎣ xy 1 3 x 2 1 y 2 = =− ⎡ ⎢ ⎧ ⎢ =− ⎪ ⇔ ⎢ ⎪ ⎨ ⎢ ⎪ ⎢ = ⎪ ⎢ ⎩ ⎣ Ví dụ 2: Cho hệ bất phương trình: 2 y x x 1 0 (1) y2 x110 (2) ⎧ −−−≥ ⎪ ⎨ −++−≤ ⎪ ⎩ a. Giải hệ khi y = 2 b. Tìm nghiệm nguyên của hệ. Giải a. Khi y = 2: Hệ 2 2 xx1 1x x1 1x11 x11 ⎧ −≤ ⎧ −≤ − ≤ ⎪⎪ ⇔⇔ ⎨⎨ −≤ +≤ ⎪ +≤ ⎪ ⎩ ⎩ 2 2 xx10 15 x 0 xx10 2 2x0 ⎧ ⎧ −−≤ ⎪ ⎪ − ⎨ ⎪ ⇔⇔≤≤ ⎨ −+≥ ⎪ ⎩ ⎪ −≤ ≤ ⎪ ⎩ b. Ta có: 2 (1) y 1 x x 1⇔≥+ −≥ (2) y 2 1 x 1 1⇔−≤−+≤ 130 y1 y1 1y3 y21 1y21 ≥ ⎧ ≥ ⎧ ⎪ ⇒⇔ ⇔≤≤ ⎨⎨ −≤ −≤ − ≤ ⎪ ⎩ ⎩ . y = 1 thì hệ VN . y = 2 thì 15 x0 2 − ≤≤ . y = 3 thì x = - 1 Vậy nghiệm nguyên của hệ: (0, 2), (-1, 3) BÀI TẬP ĐỀ NGHỊ. Đònh m để hệ phương trình sau có nghiệm: 2 32 x 3x 4 0 (1) x 3x x m 15m 0 (2) ⎧ −−≤ ⎪ ⎨ −−−≥ ⎪ ⎩ 131 HƯỚNG DẪN VÀ GIẢI TÓM TẮT 32 (1) 1 x 4 (2) x 3x x m 15m ⇔− ≤ ≤ ⇔− ≥ + Đặt 32 3 32 x3x,với1x0 f(x) x 3x x x3x,với 0x4 ⎧ +−≤< ⎪ =− = ⎨ −≤≤ ⎪ ⎩ [ ) [] 2 2 3x 6x, x 1,0 f'(x) 3x 6x, x 0,4 ⎧ +∈− ⎪ = ⎨ −∈ ⎪ ⎩ Bảng biến thiên: Hệ có nghiệm 2 m 15m 16 1 m 16⇔+ ≤⇔−≤≤. Phân tích truyện ngắn Lặng lẽ Sa Pa của Nguyễn Thành Long Đề bài: Phân tích truyện ngắn Lặng lẽ Sa Pa của nhà văn Nguyễn Thành Long. Bài làm Nguyễn Thanh Long là một cây bút truyện ngắn nhưng vẻ đẹp nghệ thuật không nằm ở những phát hiện sắc sảo - táo bạo xung đột mạnh mẽ mà nghiêng về tạo dựng chất thơ nhẹ nhàng trong trẻo lặng thầm, kín đáo nhưng vẫn có sức ngân vang sâu rộng lâu bền. Lặng lẽ Sa Pa tiêu biểu cho phong cách dó của Nguyễn Thành Long. Truyện ra đời sau một chuyến đi thực tế kiểm nghiệm. Nguyễn Thành Long đã giới thiệu với chúng ta một vùng đất lặng thầm nhưng ở đó vẫn có những con người đang ngày đêm làm việc cống hiến quên mình cho quê hương đất nước. "Lặng lẽ Sa Pa" khi mới đọc cái tên ta có cảm giác Nguyễn Thành Long đang viết về một nơi yên ắng, lạnh giá, hiu hắt hoặc nghĩ về một vùng đất nghỉ ngơi tham quan du lịch nhiều hơn. Nhưng điều kì diệu và bất ngờ là trong cái lặng lẽ của Sa Pa vẫn vang lên những nhịp sống sôi động trong sáng, tuổi trẻ, vẫn lung linh những sắc màu và lan toả ấm áp lòng người. Nơi ấy đang bừng dậy sức sống của những con người, những tấm lòng đang sống, cống hiến làm việc âm thầm lặng lẽ cho quê hương đất nước. Đó là những con người sống đẹp, có ích cho đời, có lý tưởng ước mơ, niềm tin yêu vững bền vào nghề nghiệp, kiến thức, trình độ, khoa học mà nhân vật anh thanh niên là hiện thân vẻ đẹp đó. Nhân vật anh thanh niên, ở tuổi đời hai mươi bảy vừa rời phồn hoa, đô thị đông đúc, anh lên công tác ở đỉnh núi Yên Sơn (Sa Pa) ở độ cao hai nhìn sáu trăm mét, quanh năm mây mù tuyết phủ, suốt ngày làm bạn với núi đá rừng cây. Cái yên ắng, yên lặng tĩnh mịch đến ghê sợ để khiến cho người ta thoái thác nhiệm vụ rời bỏ vị trí nhưng theo tiếng gọi nghề nghiệp và tình yêu cuộc sống, công việc, anh đã tự nguyện gắn bó mình với nghề nghiệp khí tượng kiêm vật lí địa cầu. Công việc là như vậy nhưng điều kiện làm việc là ngoài trời, kỹ thuật máy móc lại thiếu thốn đơn giản, thô sơ. Cả ngày nắng cũng như ngày mưa hay lúc giá rét lạnh buốt xương, anh vẫn phải lên “ốp” đúng giờ, ghi chép đầy đủ chính xác để bảo vệ cơ quan cấp bộ. Thế nhưng tất cả những sự vất vả, khó nhọc, thiếu thốn với anh nào có kể gì, thấm tháp gì đâu so vói sự lạnh lẽo buồn cô đơn đến “thèm người”. Ở chốn rừng sâu hoang vu vắng lặng, anh chỉ biết làm bạn với chim kêu vượn hót. Xuất phát từ lòng yêu nghề, tinh thần trách nhiệm tự giác, ý thức được nhiệm vụ của tuổi trẻ: “Đâu cần thanh niên có, đâu khó có thanh niên”. Ở anh còn có một tấm lòng nhiệt tình say mê nghề nghiệp, nghiên cứu, sáng tạo và luôn tìm thấy niềm vui từ công việc. Anh từng tâm sự: “khi ta làm việc, ta với công việc là đôi”. Ngoài là người có học thức, có trình độ, anh thanh niên lại còn có một tâm hồn trong sáng, cao đẹp, yêu đời, yêu cuộc sống, yêu nơi mình gắn bó, làm việc bằng cách tự tạo ra niềm vui từ công việc hiện thực - đẩy lùi buồn tẻ cô đơn như đọc sáng – nghiên cứu - 4/9/2013 1 Phép phân tích hệ thống cây phát sinh loài (Phylogeny Analysis) TRƢỜNG ĐẠI HỌC CN THỰC PHẨM TPHCM KHOA CNSH & KTMT HỆ ĐẠI HỌC Chƣơng 4 ThS. Nguyễn Thành Luân luannt@cntp.edu.vn Bioinformatics Các ứng dụng thực tiễn Bioinformatics 4/9/2013 2 Bioinformatics Bioinformatics Câu hỏi Tại sao ngày nay vẫn còn tồn tại những động vật có cấu tạo phức tạp như động vật có xương sống bên cạnh động vật nguyên sinh có cấu tạo rất đơn giản? Bioinformatics Tìm hiểu các quan hệ loài 4/9/2013 3 Bioinformatics CÂY PHÁT SINH LOÀI LÀ GÌ? Miêu hóa nhóm loài tính khác nhau có cùng quan hàng nhau và cùng hình thành tiên trong quá PHYLOGENETIC TREE Bioinformatics Cây phát sinh loài (Phylogeny) Cây phát sinh loài „kể lại‟các thời điểm „lâu đời nhất‟ trong mối quan hệ loài từ 1 tổ tiên chung. tiên chung cho các loài/gene trong cây phát sinh Bioinformatics Ý nghĩa cây phát sinh loài Phản ánh quan các nhóm loài sinh Quá trình hoá các nhóm sinh cao, . các nhóm 4/9/2013 4 Bioinformatics 10 Tác phẩm “Nguồn gốc các loài” Tác : Charles Darwin 1859 các loài hóa là quá trình nhiên sách gây tranh cãi vì mâu tin tôn giáo Bioinformatics 11 Charles Darwin (1809 1882) HMS Beagle Bioinformatics 12 Hành trình trên tàu Beagle 1831 - 1836 4/9/2013 5 Bioinformatics 13 Cây phát sinh loài tiên Bioinformatics 14 Bioinformatics 15 hành trình 4/9/2013 6 Bioinformatics 16 Nhóm 1: 6 loài (1, 3, cây Nhóm 2: 6 loài (7, 8, Nhóm 3: 1 loài (9) Nhóm 4: 1 loài (2) Bioinformatics 17 Darwin‟s tree of life Bioinformatics 18 Quan Darwin hóa loài 4/9/2013 7 Bioinformatics 19 Darwin vs Tôn giáo Bioinformatics 20 Hình thái Gen Bioinformatics 21 Xây dựng cây phát sinh loài hiện đại Hình thái Hóa Di Gen 4/9/2013 8 Bioinformatics 22 Trình tự bảo tồn Là trình mã hóa không mã hóa protein vai trò quan sinh Bioinformatics 23 Ví dụ: promoter - tách nhau. - Bioinformatics 24 4/9/2013 9 Bioinformatics 25 các trình gian Xây cây phát sinh loài Bioinformatics 26 Các phần mềm hỗ trợ trình BLAST NCBI trình ClustalX, ClustalW cây phát sinh loài TreeView MEGA Bioinformatics Các thuật ngữ trong cây phát sinh loài Phylogeny phylogenetic phylo Bootstrap Distance Parsimony Likelihood Rooted tree Unrooted tree 4/9/2013 10 Bioinformatics Các đột biến có thể xảy ra Transition (Sự chuyển đoạn) ra các nhóm purine (A <-> G) hay pyrimidine (C <->T) Transversion 3/26/2013 1 Chƣơng 3 SẮP XẾP THẲNG HÀNG TRÌNH TỰ (SEQUENCE ALIGNMENT) TRƢỜNG ĐH CÔNG NGHIỆP THỰC PHẨM TPHCM KHOA CNSH & KTMT ThS. Nguyễn Thành Luân Email: luannt@cntp.edu.vn BÀI GIẢNG TIN SINH HỌC HỆ ĐẠI HỌC NỘI DUNG BÀI HỌC • Khái niệm về sắp xếp trình tự • Tại sao phải nghiên cứu sắp xếp trình tự? • Phân loại PP sắp xếp trình tự • Các biểu hiện của phương pháp sắp xếp trình tự • Các phương pháp so sánh trình tự thông dụng • Ứng dụng của sắp xếp trình tự thẳng hàng 3/26/2013 2 KHÁI NIỆM • Theo tin sinh học, sắp xếp thẳng hàng trình tự là 1 cách sắp xếp các trình tự của DNA, RNA hay protein để xác định hay so sánh các vùng tương đồng của các mối quan hệ chức năng, cấu trúc hay tiến hóa của trình tự cần nhận biết. • Sắp xếp thẳng hàng trình tự là phương pháp sắp xếp hai hoặc nhiều trình tự nhằm đạt được sự giống nhau tối đa. KHÁI NIỆM Các trình tự sắp xếp thường là các nucleotide hay amino acid được diễn tả theo các hàng với một thuật ngữ nhất định. Các khoảng trắng (gaps) được diễn ra như là các ký tự tương đồng hoặc xác định (thêm vào hoặc mất đi) được sắp xếp theo dạng cột Ý nghĩa của sắp xếp thẳng hàng trình tự • Quá trình tạo ra sự sắp xếp nhằm tìm ra các cách sắp xếp tốt nhất trong CSDL gồm các trình tự riêng biệt. • Nhằm nêu bật sự giống nhau giữa các trình tự 3/26/2013 3 Ý nghĩa của sắp xếp thẳng hàng trình tự • Được dùng để nghiên cứu & giải thích sự tiến hóa của các trình tự từ một tổ tiên chung • Tính toán các bắt cặp không chính xác trong trình tự tương ứng với các đột biến. VÌ SAO PHẢI SẮP XẾP TRÌNH TỰ “Tôi tin rằng, sẽ có một ngày, mặc dù tôi sẽ không còn sống để chứng kiến điều đó, chúng ta sẽ có những cây tiến hóa chính xác về các loài sinh giới trong tự nhiên này” -Charles Darwin- VÌ SAO PHẢI SẮP XẾP TRÌNH TỰ • Nhu cầu tìm hiểu mối quan hệ tiến hóa của các loài sinh giới • Làm sáng tỏ các lý giải sinh học về các protein: dựa trên các vùng bảo toàn sinh học quan trọng (proteomics) • Xây dựng giả thiết về cấu trúc 3-D của protein • Xây dựng giả thiết về chức năng của protein 3/26/2013 4 Phƣơng pháp nhận diện • Làm thế nào để các biểu hiện về loài khác nhau trong sinh giới được phân tích? SẮP XẾP TRÌNH TỰ – So sánh trình tự toàn bộ (Global) vs khu vực (Local Alignment) – So sánh cặp (Pairwise) vs so sánh đa trình tự (Multiple Alignment) Phân loại sắp xếp trình tự • Được chia thành 2 dạng: – Sắp xếp theo trình tự cặp (PAIRWISE ALIGNMENT) – Sắp xếp theo nhiều trình tự (MULTIPLE ALIGNMENT) Sắp xếp trình tự theo cặp (Pairwise alignment) • Sắp xếp trình tự theo cặp là phương pháp so sánh & tìm kiếm cách khả dĩ nhất của một trình tự của gen (protein hay nucleotide) chưa biết trùng khớp nhất của 1 chuỗi protein (amino acid) hay DNA (nucleic acid) đã biết. • Mục đích: Tìm ra mối quan hệ đồng đẳng của một gene hay một sản phẩm-gen trong một cơ sở dữ liệu các thông tin mẫu đã có sẵn. 3/26/2013 5 So sánh trình tự theo cặp Khám phá các thông tin về: -Chức năng -Cấu trúc chuỗi -Quan hệ tiến hóa Bắt cặp trình tự • Các trình tự này có thể được xen bằng các khoảng trống (gạch ngang) tại các vị trí có thể để biểu diễn các cột xác định (identical) hoặc tương tự nhau (similar). TCCTCTGCCTCTGCCATCAT CAACCCCAAAGT | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | CCTGTGCATCTGCAATCATGGGCAACCCCAAAGT Sắp xếp trình tự toàn bộ (Global Alignment) • Tìm ra các trình tự toàn phần tốt nhất (total sequence) 3/26/2013 6 Sắp xếp trình tự cục bộ (Local Alignment) • Tìm ra đoạn trình tự ngắn có giá trị bảo tồn cao (optimize the sequence) Ứng dụng sắp ... quả, điều cần thiết cho em trình học tập công tác sau Em xin chân thành cảm ơn! Hà Nội, ngày….tháng….năm 2016 Sinh viên thực Nguyễn Thành Luân MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN MỤC LỤC DANH MỤC CÁC HÌNH DANH MỤC... THS TRẦN QUỐC VINH TS PHẠM THỊ HOA HÀ NỘI, 2016 LỜI CẢM ƠN Trước tiên em xin gửi lời cảm ơn chân thành sâu sắc tới thầy cô giáo Khoa Trắc địa - Bản đồ, Trường Đại học Tài nguyên Môi trường Hà Nội,...TRƯỜNG ĐẠI HỌC TÀI NGUYÊN VÀ MÔI TRƯỜNG HÀ NỘI KHOA TRẮC ĐỊA – BẢN ĐỒ ============= NGUYỄN THÀNH LUÂN ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP NGHIÊN CỨU CẤU TRÚC BÊN TRONG CƠNG TRÌNH BẰNG MÁY QT LAZER MẶT ĐẤT SCANSTATION