Phát hiện gen mcr 1 và xác định độ nhạy cảm với colistin của các chủng e coli phân lập từ phân lợn tại ba vì – hà nội, năm 2016

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI *** NGUYỄN HỒNG HÀ PHÁT HIỆN GEN MCR-1 VÀ XÁC ĐỊNH ĐỘ NHẠY CẢM VỚI KHÁNG SINH COLISTIN CỦA CÁC CHỦNG E COLI PHÂN LẬP TỪ PHÂN LỢN TẠI BA VÌ – HÀ NỘI Chuyên ngành : Vi sinh Mã số : 62726801 LUẬN VĂN THẠC SĨ Y HỌC Người hướng dẫn khoa học: PGS.TS Nguyễn Vũ Trung HÀ NỘI - 2017 LỜI CẢM ƠN Tôi xin chân thành cảm ơn: Ban giám hiệu, Phịng Đào tạo sau đại học Bộ mơn Vi sinh – Trường Đại học Y Hà Nội tạo điều kiện thuận lợi cho suốt q trình học tập hồn thành luận văn Đặc biệt, tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới PGS TS Nguyễn Vu Trung trưởng Bộ môn Vi sinh - Trường Đại học Y Hà Nội, người thầy hết lịng dạy bảo, dìu dắt tơi suốt q trình học tập trực tiếp hướng dẫn tơi hồn thành luận văn này, người giúp tơi trưởng thành đường nghiên cứu khoa học Tôi xin chân thành cảm ơn thầy cô giáo cán Bộ môn Vi sinh – Trường Đại học Y Hà Nội, anh chị của Đơn vị Nghiên cứu lâm sàng Đại học Oxford - Hà Nội hết lịng dạy dỗ, bảo tơi q trình học tập thực luận văn Tôi xin cảm ơn động viên, giúp đỡ của bạn bè suốt q trình học tập hồn thành luận văn Cuối cùng, tơi xin bày tỏ lịng biết ơn chân thành tới gia đình dành cho tơi u thương, chăm sóc tận tình, động viên, giúp đỡ tạo điều kiện thuận lợi cho tơi suốt q trình học tập hồn thành luận văn Hà Nội, ngày 12 tháng năm 2017 Nguyễn Hồng Hà LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng tơi Các số liệu, kết nêu khóa luận trung thực chưa công bố nghiên cứu khác Hà Nội, ngày 12 tháng năm 2017 Tác giả Nguyễn Hồng Hà DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT DNA ESBL KPC mcr-1 MRSA VRSA ndm-1 MBL PCR MIC Deoxyribonucleic Acid Acid deoxyribonucleic Extended-spectrum beta-lactamases Enzym beta lactamase phổ mở rộng Klebsiella pneumoniae carbapenemase Klebsiella pneumonia sinh enzym carbapenemase Mediated colistin resistance – Gen kháng colistin trung gian plasmid - Methicillin - resistant Staphylococcus aureus Tụ cầu vàng kháng methicillin Vancomycin - resistant Staphylococcus aureus Tụ cầu vàng kháng vancomycin New Delhi Metallo - beta - lactamase -1 Gen quy đinh sinh enzym Metallo beta lactamase New Delhi - Metallo - beta – lactamase Enzym metallo - beta – lactamase Polymerase Chain Reaction Phản ứng khuếch đại chuỗi Minimal Inhibitory Concentration Nồng độ ức chế tối thiểu XDR Extreme Drug Resistance Kháng thuốc mở rộng BLAST Basic Local Aligment Search Tool Công cụ tìm kiếm trình tự ngân hàng gen CLSI Clinical and Laboratory Standard Institute Viện Tiêu chuẩn Lâm sàng Xét nghiệm MỤC LỤC DANH MỤC BẢNG DANH MỤC BIỂU ĐỒ DANH MỤC HÌNH ĐẶT VẤN ĐỀ Vi khuẩn kháng kháng sinh trở thành mối đe dọa với y tế toàn cầu Nhiều vi khuẩn gây bệnh kháng với nhiều loại kháng sinh hệ mới, phở rộng chí nhiều chủng vi kh̉n kháng lại với tất kháng sinh theo khuyến cáo điều trị Các vi khuẩn Gram âm vi khuẩn gây bệnh thường gặp kháng kháng sinh với tỉ lệ cao [1] Tại Việt Nam, số vi khuẩn gây bệnh phân lập, vi khuẩn Gram âm chiếm đa số với tỉ lệ phân lập 78,5%, đó, Escherichi coli đóng vai trò quan trọng nhiễm trùng đường tiết niệu, viêm màng não, nhiễm khuẩn huyết, nhiễm trùng đường mật E coli vi khuẩn tồn tại tự nhiên, đường tiêu hóa gia súc Đây nguồn lây truyền quan trọng nhiều nhiễm trùng ở người Nhiều chủng E coli kháng lại với cephalosporin hệ 3, 4, chí với kháng sinh nhóm carbapenem [2], làm cho việc lựa chọn kháng sinh điều trị gặp nhiều khó khăn Trên lâm sang nay, colistin kháng sinh cuối sử dụng trường hợp nhiễm khuẩn vi khuẩn Gram âm đa kháng kháng sinh gây Đã có nghiên cứu mối liên quan chặt chẽ việc sử dụng kháng sinh tính đề kháng kháng sinh chủng vi khuẩn đặc biệt chủng động vật Đáng ý gần tình trạng kháng colistin gia tăng cách báo động, với xuất chủng vi khuẩn Gram âm có E coli mang gen mcr-1 Báo cáo đầu tiên vi khuẩn mang gen Liu cộng đăng tạp chí Lancet năm 2015 Sau phát chủng vi khuẩn ở nhiều nơi giới Trung Quốc, Châu Phi, Mỹ, Brazil nhiều quốc gia khác [3][4][5] Ở Việt Nam, thiếu nghiên cứu xác định tỷ lệ mang gen mcr-1 xác định mức 10 độ nhạy cảm kháng sinh colistin ở chủng E coli, chủng tờn tại ở gia súc, lý trên, tiến hành nghiên cứu “Phát gen mcr-1 xác định độ nhạy cảm với colistin chủng E coli phân lập từ phân lợn Ba Vì – Hà Nội, năm 2016.” với hai mục tiêu: Xác định tỉ lệ mang gen mcr-1 ở chủng E coli phân lập từ phân lợn Ba Vì - Hà Nội, năm 2016 Xác định mức độ nhạy cảm với colistin của chủng E coli mang gen mcr-1 phân lập từ phân lợn Ba Vì - Hà Nội, năm 2016 51 45 38 78 79 81 82 102 104 105 113 114 115 116 117 118 119 120 121 123 135 144 145 155 156 199 160 48 (hộ) 57 (chủng) 22 27 30 Thái Hòa 31 33 35 Phú Sơn Phú Đông Tổng (11 xã) 37 4 3 3 3 3 3 3 3 3 Nhận xét: Các xã có nhiều hộ gia đình xuất chủng mang gen theo bảng 3.2 Đông Quang, Phú Châu, Tây Đằng, Thái Hịa có MIC E-test colistin với chủng phân lập cao Đáng ý có xã Đơng Quang Phú Châu có xuất chủng mà MIC lên đến mcg/ml 52 Chương BÀN LUẬN 4.1 Tỉ lệ mang gen mcr-1 chủng E coli phân lập từ phân lợn Ba Vì - Hà Nội, năm 2016 4.1.1.Đối tượng địa điểm nghiên cứu CHƯƠNG 23: 4.1.1.1 Đối tượng nghiên cứu: Chúng chọn đối tượng nghiên cứu chủng E coli phân lợn dựa nghiên cứu trước có chủng vi khuẩn xuất gen mcr-1 với tỉ lệ nói chung mẫu động vật từ 15% 20% [3] Đây tỉ lệ cao gấp nhiều lần so với bệnh nhân khoảng 0,3% - 1% [3] Đã có báo cáo lí giải cho tình trạng có đề kháng sau chủng vi khuẩn tiếp xúc với thuốc nhóm polymycin Nhóm thuốc hay sử dụng chăn nuôi đặc biệt ở nước châu Á Việt Nam [29] Mặt khác gen mcr-1 nằm plasmid nên chúng có khả truyền ngang chủng loài lồi thơng qua plasmid [30] Điều có ý nghĩa quan trọng thực tiễn tỉ lệ chủng E coli mang gen mcr-1 gia tăng khả dẫn đến tăng tỉ lệ chủng gây bệnh mang gen cao CHƯƠNG 24: 4.1.1.2 Địa điểm nghiên cứu: Ba Vì huyện thuộc vùng bán sơn địa, nằm phía Tây Bắc thủ Hà Nội Tồn huyện có 31 xã, thị trấn, có xã miền núi, xã sơng Hờng Phía đơng giáp thị xã Sơn Tây, phía nam giáp tỉnh Hịa Bình, phía tây giáp tỉnh Phú Thọ phía Bắc giáp tỉnh Vĩnh Phúc Địa hình kinh tế chủ yếu nơng nghiệp mạnh chăn nuôi Đây nơi cung cấp nguồn thịt gia súc cho thành phố Hà Nội tỉnh thành lân cận mà chủ yếu thịt lợn Tuy nhiên q trình chăm sóc giết mở chưa thực 53 kiểm sốt chặt chẽ Vì tình trạng nhiễm bẩn thực phẩm từ phân gia súc điều không thể tránh khỏi Đặc biệt nay, xu hướng chung chăn ni mơ hình tập trung hóa trang trại để đem lại hiệu kinh tế cao, nhiên mang nguy cao lan truyền gen kháng kháng sinh cách nhanh chóng Việc đánh giá tình trạng mang gen kháng thuốc ở chủng vi khuẩn phân gia súc điều vô quan trọng nên thực sớm để có biện pháp khắc phục sớm Trong nghiên cứu tiến hành lấy mẫu 11 xã thị trấn thuộc huyện Ba Vì là: Chu Minh, Đơng Quang, Đờng Thái, Thụy An, Vật Lại, Tây Đằng, Phú Châu, Chi Lai, Thái Hịa, Phú Sơn, Phú Đơng Đây xã phát triển huyện Ba Vì với tỉ lệ hộ chăn nuôi cao 4.1.2 Tỉ lệ mang gen mcr-1 chủng E coli mẫu phân lợn CHƯƠNG 25: 4.1.2.1 Tỉ lệ nuôi cấy Chúng tiến hành nuôi cấy môi trường thạch MAC môi trường chọn lọc với vi khuẩn Gram âm Do đối tượng nghiên cứu hướng tới chủ yếu vi khuẩn Gram âm tại đường ruột Các mẫu phân sau ni cấy có vi kh̉n mọc Dựa tính chất khuẩn lạc lựa chọn bắt khuẩn lạc theo hình thái tính chất lên men đường môi trường MAC Hầu hết đĩa cấy khuẩn lạc có lên men đường lactose, điều phù hợp vi hệ đường ruột động vật chủ yếu vi khuẩn E coli vi khuẩn có lên men đường glucose đường lactose [25] CHƯƠNG 26: 4.1.2.2 Tỷ lệ phân lập Sau ủ qua đêm, khuẩn lạc đĩa cấy chuyển tiến hành định danh máy MALDI-TOF Với nguyên lý định danh thông qua khối phổ protein vi khuẩn sau khị bị bắn phá tia laser, phương pháp có tính đặc hiệu cao FDA thông qua đánh giá phương pháp có độ đặc hiệu cao [29] 54 Kết phân lập chủng đĩa cấy chủ yếu chủng E coli chiếm 97% có 3% chủng K pneumonia điều phù hợp với vi hệ đường ruột bình thường ở động vật theo số nghiên cứu trước [3][27] Các nghiên cứu xác định tỉ lệ chủng mang gen mcr-1 mẫu phân hay mẫu ruột động vật chủ yếu đối tượng nghiên cứu E coli tương đồng với nghiên cứu thực [3][27][30] Ngồi cịn có số chủng vi khuẩn khác có thể nghiên cứu tới Salmonella, Klebsiella, Enterobacter spp, ….[31] Tuy nhiên tỉ lệ chủng mang gen cịn vẫn chủ yếu E coli Vì kết ni cấy phân lập thuận lợi cho việc phân tích kết CHƯƠNG 27: 4.1.2.3 Tỉ lệ chủng E coli mang gen mcr-1 Đầu tiên, tiến hành kiểm tra trình tự mồi từ báo Liu công cơng bố tạp trí Lancet [3] ngân hàng gen Kết cho thấy cặp mồi đặc hiệu để phát đoạn gen mcr-1 sau BLAST mồi xuôi mồi ngược ngân hàng gen Mặt khác cặp mồi đảm bảo số tiêu chuẩn để đảm bảo hiệu xuất phản ứng tránh trường hợp bắt cặp nhầm tiêu chí: tránh bắt cặp bổ sung mồi xuôi mồi ngược, tránh cấu trúc kẹp tóc ở mỡi mời, thành phần nucleotide ở mỗi mồi phải cân bằng, tránh GC lặp lại nhiều lần (40 - 60%) Trong cặp mồi tỉ lệ GC khoảng 50% phù hợp [32] Hơn sau chạy phản ứng PCR, sản phẩm tiến hành giải trình tự gen theo phương pháp Sanger Chúng tơi lựa chọn phương pháp đoạn gen đích có độ dài tương đối ngắn Kết giải trình tự gen cho thấy nucleotide bắt cặp đặc hiệu cao thể ở tín hiệu điểm nucleotid A, T, G, C cao, mức 25% tín hiệu nền, tín hiệu nhiễu Sau BLAST đoạn gen giải trình tự lên ngân hàng gen với kết tương đồng 99% so với gen mcr-1 nhiều chủng E coli công bố ngân 55 hàng gen Gen mã hóa protein photphoethanolamine lipid A transferase protein tham gia trình biểu tính kháng colistin chủng vi khuẩn mang gen mcr-1 Điều khẳng định tính đặc hiệu cặp mời đoạn gen đích mà chúng tơi xác định xác Sau kiểm tra tính đặc hiệu cặp mồi để phát đoạn gen, chúng tơi tiến hành tối ưu hóa phản ứng PCR Do có nhiều yếu tố tác động đến phản ứng PCR dẫn đến kết sai lệch, việc tối ưu hóa cơng việc cần thiết thực thực phương pháp Dựa sở số chu kỳ trung bình cho thực phản ứng PCR 25 - 30 chu kỳ nhiệt độ biến tính 950C, nhiệt độ kéo dài mạch 720C chúng tối lần lượt thay đổi nhiệt độ bắt cặp nồng độ MgCl2 để thu điều kiện tối ưu làm thí nghiệm Đây hai yếu tố quan trọng chúng làm thay đởi cách đáng kể kết phản ứng PCR cần kiểm tra trước thực PCR với cặp mồi [32] Tiến hành PCR 220 chủng phân lập, kết cho thấy có 57 chủng mang gen mcr-1 chiểm tỉ lệ 25,9% Tỉ lệ tương đờng với nghiên cứu trước đó, nghiên cứu Liu cộng tại Trung Quốc đăng tạp chí Lancet năm 2016 tỉ lệ dao động từ khoảng 20% đến 30% tùy thuộc vào năm phân lập [3], nghiên cứu khác tại Nhật Bản Masahiro Kusumoto tiến hành có 28,1% chủng E coli mang gen mẫu phân lập ở lợn từ năm 2007 đến 2014 [33] Cũng theo báo nghiên cứu tại Nhật Bản so sánh tỉ lệ chủng mang gen theo năm đưa kết luận tỉ lệ chủng phân lập mang gen tăng dần theo năm giai đoạn từ năm 2004 đến năm 2014 [33] Điều lí giải phần qua nghiên cứu liên quan thức ăn chăn nuôi tỉ lệ gia tăng lan tràn gen mcr-1 [34] 56 Bên cạnh chúng tơi tiến hành đánh giá mẫu mang gen theo hộ gia đình, để từ tìm liên quan hộ gia đình lan tràn gen cá thể hộ gia đình phân chia theo xã Nghiên cứu 48 hộ gia đình thuộc 11 xã có 19 hộ thuộc xã có chủng phân lập mang gen mcr-1 có xã Thụy An Chi Lai hộ nghiên cứu chưa phát chủng mang gen Hầu hết mỗi hộ gia đình có từ hai chủng E coli phân lập phân lợn trở lên mang gen Đặc biệt tại xã Đơng Quang có hộ gia định phát có chủng mang gen tất chủng phân lập mang gen Điều có thể lí giải theo nhiều ngun nhân ngun nhân đầu tiên hay nhắc đến nghiên cứu trước việc sử dụng kháng sinh chăn nuôi làm gia tăng tỉ lệ chủng mang gen kháng áp lực chọn lọc gen thể [27] Tuy nhiên, R Grani có nghiên cứu rằng, việc gia tăng tỉ lệ mang gen thức ăn động vật bị nhiễm bẩn, động vật ăn phải thức ăn có chứa vi khuẩn mang gen Ông theo dõi ba trang trại riêng lẻ kiểm tra thức ăn đầu vào động vật đánh giá tỉ lệ mang gen mcr1 mẫu động vật [34] Theo báo trước đây, gen mcr-1 phổ biến chủng động vật chăn nuôi gia súc gia cầm, đặc biệt mẫu ở lợn [3][30] Hơn nữa, chủng phân lập từ lợn gen mcr-1 thường ở chủng E coli ở loài khác [27] Theo nghiên cứu đầu tiên Liu cộng phân tích gen plasmid vi khuẩn E coli Điều hoàn toàn phù hợp với kết nghiên cứu chúng tôi, mà tất chủng mang gen E coli Tuy nhiên điều đáng nói có nhiều plasmid có thể mang gen mcr-1 khơng loại plasmid có thể nằm nhiều loại vi khuẩn khác không E coli [30] Sau giải trình tự đoạn gen sau PCR, tiến hành BLAST ngân hàng gen nhận thấy 57 có nhiều lồi vi kh̉n mang plasmid chứa gen mcr-1, lồi vi kh̉n với mỡi chủng khác có plasmid mang khác Điều vơ có ý nghĩa có nhiều plasmid có thể mang gen nguy gen lan tràn ở nhiều loài vi khuẩn điều dễ dàng xảy Khơng có chủn gen plasmid lồi mà plasmid khác lồi có thể nhận gen đặc biệt vi khuẩn có khả gây bệnh có khả đề kháng thuốc cao K pneumoniae Trong kết ghi nhận số plasmid vi khuẩn Salmonella spp K pneumoniae có loại plasmid khác chứa gen mcr-1 gen mã hóa protein phosphoethanolamine lipid-A transferase tham gia vào q trình vơ hiệu hóa kháng sinh colistin 4.2 Mức độ nhạy cảm với colistin của chủng E coli mang gen mcr-1 phân lập từ phân lợn Hiện chưa có thử nghiệm kháng sinh đồ với colistin cho tiêu chuẩn Tuy nhiên để hỗ trợ điều trị lâm sàng số phương pháp sử dụng để xác định độ nhạy cảm kháng sinh colistin với số chủng vi khuẩn Gram âm Trong hai phương pháp: kháng sinh đờ pha loãng, giấy E-test hay sử dụng Cũng có nghiên cứu so sánh độ tin cậy phương pháp để nhằm tìm phương pháp tối ưu dễ thực thực tế Theo báo công bố tạp chí ASM tác giả Jerome R công bố năm 2007 nghiên cứu so sánh giá trị phương pháp VITEK2, kháng sinh đồ khoanh giấy, E-test kháng sinh đờ pha lỗng canh thang thạch để xác định độ nhạy cảm kháng sinh colistin, Jerome R kết luận rằng: phương pháp khoanh giấy khuếch tán khơng xác, phương pháp VITEK2 có thể dùng khơng thể có chủng đột biến Trong 58 ba phương pháp cịn lại có giá trị tin cậy cao, đặc biệt kháng sinh đồ thực hiện theo phương pháp E-test hay pha lỗng thạch có thể quan sát chủng đột biến dễ dàng [35] Cũng theo báo cúa tác giả Phạm Hồng Nhung cộng năm 2015 đánh giá phương pháp Etest xác định độ nhạy cảm kháng sinh colistin chủng Gram âm đa kháng phân lập tại Việt Nam, E-test phương pháp đáng tin cậy dễ thực tại phịng thí nghiệm lâm sàng [36] Môi trường dùng làm kháng sinh đồ thạch Mueller Hinton thường Chính việc kiểm tra pH trước sử dụng kháng sinh colistin điều cần thiết không thể thiếu [9] Sau dùng giấy quỳ có chất thị cắm vào mơi trường thạch để nguội so sánh với bảng đổi màu giấy quỳ xác định pH môi trường 7,3 mơi trường thích hợp làm kháng sinh đờ với kháng sinh colistin Tiếp theo, đánh giá kĩ thuật pha canh khuẩn cách lấy chủng chuẩn E coli ATCC 25922 pha độ đục 0,5 Mc.Falan theo hướng dẫn CLSI sau pha lỗng từ canh kh̉n xuống nờng độ để có thể cấy đếm khoảng 100 khuẩn lạc đĩa cấy 90 mm Kết thu đánh giá kĩ thuật pha canh khuẩn ổn định qua lần thực đĩa thạch Kiểm tra chất lượng kháng sinh E-test sử dụng chủng chuẩn E coli ATCC 25922 Kết kháng sinh đồ với chủng chuẩn nằm giới hạn cho phép theo CLSI M100 (2016) Chúng thu kết với mức độ nhạy cảm colistin khác chủng mang gen mcr-1 Trong hầu hết chủng có tình trạng giảm nhạy cảm với colistin, MIC chủng đa số (55/57 chủng) chiếm 96,9% lớn 2mcg/ml Các chủng có MIC chủ yếu ở mức 3-6 mcg/ml kết tương đồng với kết nghiên cứu trước Liu cộng [3] với ngưỡng kháng sinh từ 4-8 mcg/ml Trong đó, 59 nghiên cứu tại Nhật Bản lại đưa số liệu cao hẳn, với chủng có mcr-1 dương tính MIC colistin ở mức từ đến 64 mcg/ml ở chủng phân lập từ lợn [30] Đáng ý là, quan sát chủng theo vùng địa lí chúng tơi thấy có liên quan xã với mức độ xuất chủng mang gen MIC chủng Đặc biệt xã Đơng Quang Phú Châu với tần suất xuất chủng mang gen cao MIC ở mức cao Điều tương đồng với báo cáo Grami ông tiến hành nghiên cứu ở trang trại khác cách xa nhận thấy có khác số chủng mang gen mcr-1 [34] Bên cạnh theo nghiên cứu Nguyễn Thị Khánh Như cộng cảm ứng chủng A baumannii với colistin, sau tiếp xúc với colistin chủng tăng mức MIC theo thời gian Nghiên cứu kết luận có liên quan việc dùng kháng sinh xuất gen MIC colistin tăng có tiếp xúc với kháng sinh kéo dài [37] Đó thể nguyên nhân dẫn đến tình trạng xuất nhiều chủng mang gen kháng MIC cao nơi khác xã Mặt khác, có chủng mang gen mcr-1 khơng có biểu kháng colistin kiểu hình, với MIC 0,19 mcg/ml Điều có thể lí giải có nhiều gen tác động lên chế kháng kháng sinh vi khuẩn, có thể có xuất nhiều gen ức chế biểu tính kháng kháng sinh gen mcr-1 Tuy nhiên giả thiết đặt cần có thêm nghiên cứu để giải thích 60 KẾT LUẬN Tỉ lệ mang gen mcr-1 ở chủng E coli ở động vật ở 25,9% 96,9% chủng mang gen mcr-1 có biểu giảm nhạy cảm với colistin (MIC > (mcg/ml) TÀI LIỆU THAM KHẢO Talbot GH, Bradley J, Edwards JE Jr, Gilbert D, Scheld M, Bartlett JG (2006) Bad bugs need drugs: an update on the development pipeline from the antimicrobial availability task force of the Infectious Diseases Society of America Clin Infect Dis; 42:657–68 Báo cáo sử dụng kháng sinh kháng kháng sinh tại 15 bệnh viện Việt Nam năm 2008-2009 Liu, Y.Y., et al (2016), Emergence of plasmid-mediated colistin resistance mechanism mcr-1 in animals and human beings in China: a microbiological and molecular biological study Lancet Infect Dis, 16(2): 161-8 Patrick McGann, Erik Snesrud, Rosslyn Maybank, Brendan Corey, Ana C Ong, Robert Clifford, Mary Hinkle, Timothy Whitman, Emil Lesho and Kurt E Schaecher (2016) Escherichia coli Harboring mcr-1 and blaCTX-M on a Novel IncF Plasmid: First report of mcr-1 in the USA Antimicrobial Agents and Chemotherapy Miriam R Fernandes, John A McCulloch, Marco A Vianello (2016) First Report of the Globally Disseminated IncX4 Plasmid Carrying the mcr-1 Gene in a Colistin-Resistant Escherichia coli ST101 isolated from a Human Infection in Brazil Antimicrobial Agents and Chemotherapy Lê Văn Phủng Vi khuẩn học NXB Giáo dục Việt Nam 2009 Li J, Nation RL, Milne RW, Turnidge JD, Coulthard K (2005) Evaluation of colistin as an agent against multi-resistant gram-negative bacteria Int J Antimicrob Agents;25:11–25 Falagas ME, Kasiakou SK, Tsiodras S, Michalopoulos A (2006) The use of intravenous and aerosolized polymyxins for the treatment of infections in critically ill patients: a review of the recent literature Clin Med Res;4:138–46 Falagas ME, Kasiakou SK (2005) Colistin: the revival of polymyxins for the management of multidrug-resistant gram-negative bacterial infections Clin Infect Dis; 40: 1333–41 10 Li J, Nation RL, Turnidge JD, et al (2006) Colistin: the re-emerging antibiotic for multidrug-resistant gram-negative bacterial infections Lancet Infect Dis; 6: 589–601 11 Li J, Coulthard K, Milne R, et al (2003) Steady-state pharmacokinetics of intravenous colistin methanesulphonate in patients with cystic fibrosis J Antimicrob Chemother; 52: 987–92 12 Li J, Milne RW, Nation RL, Turnidge JD, Coulthard K (2003) Stability of colistin and colistin methanesulfonate in aqueous mediated and plasma as determined by high-performance liquid chromatography Antimicrob Agents Chemother; 47: 1364–70 13 Bergen PJ, Li J, Rayner CR, Nation RL (2006) Colistin methanesulfonate is an inactive prodrug of colistin against Pseudomonas aeruginosa Antimicrob Agents Chemother; 50: 1953–8 14 Rodriguez CH, Pautaso J, Bombicino K, Vay C, Famiglietti A (2004) Sensitivity to colistin: evaluation of cut-off points available in disk diffusion test [in Spanish] Rev Argent Microbiol; 36: 125–9 15 Li J, Milne RW, Nation RL, Turnidge JD, Smeaton TC, Coulthard K (2003) Use of high-performance liquid chromatography to study the pharmacokinetics of colistin sulfate in rats following intravenous administration Antimicrob Agents Chemother; 47: 1766–70 16 Storm DR, Rosenthal KS, Swanson PE (1977) Polymyxin and related peptide antibiotics Annu Rev Biochem; 46: 723–63 17 Dixon RA, Chopra I (1986) Leakage of periplasmic proteins from Escherichia coli mediated by polymyxin B nonapeptide Antimicrob Agents Chemother; 29: 781–8 18 Peterson AA, Hancock RE, McGroarty EJ (1985) Binding of polycationic antibiotics and polyamines to lipopolysaccharides of Pseudomonas aeruginosa J Bacteriol;164: 1256–61 19 Nation, R L and J Li (2009) Colistin in the 21st century Curr Opin Infect Dis 22(6): 535-543 20 Soon RL, Nation RL, Hartley PG, Larson I, Li J (2009) Atomic force microscopy investigation of the morphology and topography of colistinheteroresistant Acinetobacter baumannii strains as a function of growth phase and in response to colistin treatment Antimicrobial Agents Chemother; 53: 4979–86 21 Antoniadou A, Kontopidou F, Poulakou G, et al (2007) Colistin-resistant isolates of Klebsiella pneumoniae emerging in intensive care unit patients: first report of a multiclonal cluster J Antimicrob Chemother;59: 786–90 22 Linda Falgenhauer, Said-Elias Waezsada, Yancheng Yao (2016) Colistin resistance gene mcr-1 in extended-spectrum β-lactamase-producing and carbapenemase-producing Gram-negative bacteria in Germany The Lancet Infectious Disease Volume 16, No 3, p282–283 23 G Samonis, S Maraki, D E Karageorgopoulos, E K Vouloumanou, M E Falagas (2015) Synergy of fosfomycin with carbapenems, colistin, netilmicin, and tigecycline against multidrug-resistant Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, and Pseudomonas aeruginosa clinical isolates 24 Rapid risk assessment outlines actions to reduce the spread of the mcr-1 gene: Recently recognized global distribution of the mcr-1 gene poses a substantial public health risk to the EU/EEA, 7/2016 25 Lynne S Garcia (2007) Clinical Microbiology Procedures Handbook Third Edition 26 Elizabeth van Pelt-Verkuil, Alex van Belkum, John P.Hays (2008) Principles and Technical Aspects of PCR Amplification 27 Isabelle Kempf, Eric Jouy, Claire Chauvin (2016) Colistin use and colistin resistance in bacteria from animals, International Journal of Antimicrobial Agents 28 Rongsui Gao, Yongfei Hu, Zhencui Li (2016) Dissemination and Mechanism for the MCR-1 Colistin Resistance PLOS Pathogens 29 Yvonne Shea (2014) Successful validation and clearanceof MALDI-ToF MS for Microorganism Identification Proteomics in the Clinic Public Workshop 30 Masahiro Kusumoto, Yoshitoshi Ogura, Yasuhiro Gotoh, Taketoshi Iwata, Tetsuya Hayashi, Masato Akiba (2016) Colistin-Resistant mcr-1 Positive Pathogenic Escherichia coli in Swine, Japan, 2007–2014, Emerging Infectious Diseases, Volume 22, no 7, p1315-1317 31 RL Skov, DL Monnet (2016) Plasmid-mediated colistin resistance (mcr1 gene): three months later, the story unfolds www.eurosurveilance.org 32 Elizabeth van Pelt-Verkuil, Alex van Belkum, John P.Hays (2007) Principles and Technical Aspects of PCR Amplification 33 Emerging Infectious Diseases www.cdc.gov/eid Vol 22, No 7/2016 34 R Grami, W Mansou, W Mehri, O Bouallègue (2016) Impact of food animal trade on the spread of mcr-1 mediated colistin resistance, Tunisia Eurosurveillance, Volume 21(8) 35 Lo-Ten-Foe JR, de Smet AM, Diederen BM, Kluytmans JA, van Keulen PH (2007) Comparative evaluation of the VITEK 2, disk diffusion, etest, broth microdilution, and agar dilution susceptibility testing methods for colistin in clinical isolates, including heteroresistant Enterobacter cloacae and Acinetobacter baumannii strains Antimicrob Agents Chemother 51(10): 3726-30 36 Nhung PH, Miyoshi-Akiyama T, Phuong DM (2015) Evaluation of the Etest method for detecting colistin susceptibility of multidrugresistant Gram-negative isolates in Vietnam Journal of Infect Chemother 21(8): 617-9 37 Nguyen Thi Khanh Nhu, David W Riordan, Tran Do Hoang Nhu (2016) The induction and identifcation of novel Colistin resistance mutations in Acinetobacter baumannii and their implications Science Report 11,19,31-33,35,36,39,40,41 2-10,12-18,20-30,34,37,38,42- ... cảm với colistin chủng E coli phân lập từ phân lợn Ba Vì – Hà Nội, năm 2 016 .” với hai mục tiêu: Xác định tỉ lệ mang gen mcr- 1 ở chủng E coli phân lập từ phân lợn Ba Vì - Hà Nội, năm 2 016 Xác. .. độ nhạy cảm với colistin của chủng E coli mang gen mcr- 1 phân lập từ phân lợn Ba Vì - Hà Nội, năm 2 016 11 Chương TỔNG QUAN TÀI LIỆU CHƯƠNG 1: Escherichia coli Escherichia coli (E coli) Theodore... 77 E- test (mcg/ml) 3 4 4 4 0 ,19 4 3 3 3 4 4 6 4 51 45 38 78 79 81 82 10 2 10 4 10 5 11 3 11 4 11 5 11 6 11 7 11 8 11 9 12 0 12 1 12 3 13 5 14 4 14 5 15 5 15 6 19 9 16 0 48 (hộ) 57 (chủng) 22 27 30 Thái Hịa 31 33