Đánh giá hiệu quả của kỹ thuật macrodilution và microdilution trong xác định mức độ nhạy cảm với colistin của một số chủng vi khuẩn gram âm

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN - TỐNG THỊ KIM TUYẾN ĐÁNH GIÁ HIỆU QUẢ CỦA KỸ THUẬT MACRODILUTION VÀ MICRODILUTION TRONG XÁC ĐỊNH MỨC ĐỘ NHẠY CẢM VỚI COLISTIN CỦA MỘT SỐ CHỦNG VI KHUẨN GRAM ÂM LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Hà Nội - Năm 2019 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN - TỐNG THỊ KIM TUYẾN ĐÁNH GIÁ HIỆU QUẢ CỦA KỸ THUẬT MACRODILUTION VÀ MICRODILUTION TRONG XÁC ĐỊNH MỨC ĐỘ NHẠY CẢM VỚI COLISTIN CỦA MỘT SỐ CHỦNG VI KHUẨN GRAM ÂM Chuyên ngành: Vi sinh vật học Mã số: 8420101.07 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: PGS.TS Nguyễn Vũ Trung PGS.TS Bùi Thị Việt Hà Hà Nội - Năm 2019 LỜI CẢM ƠN Là Học viên Khoa Sinh học - Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, Đại học Quốc gia Hà Nội, với chương trình học Cao học năm, luận văn tốt nghiệp dấu mốc quan trọng, đánh dấu cho hồn thành chương trình học Thạc sỹ em trường Để thực hoàn thành đề tài nghiên cứu khoa học này, em nhận hỗ trợ, giúp đỡ quan tâm, động viên từ nhiều quan, tổ chức cá nhân Nghiên cứu khoa học hoàn thành dựa tham khảo, học tập kinh nghiệm từ kết nghiên cứu liên quan, sách, báo chuyên ngành nhiều tác giả trường Đại học, tổ chức nghiên cứu nước Trước hết, em xin gửi lời cảm ơn sâu sắc đến Thầy PGS.TS Nguyễn Vũ Trung, Cô PGS TS Bùi Thị Việt Hà – người trực tiếp hướng dẫn khoa học dành nhiều thời gian, công sức em suốt q trình thực nghiên cứu hồn thành đề tài nghiên cứu khoa học Em xin cảm ơn TS Nguyễn Thị Tâm, Trung tâm nghiên cứu lâm sàng Đại học Oxford giúp đỡ em nhiều trình nghiên cứu Trung tâm Em xin trân trọng cảm ơn Khoa Sinh học, Ban giám hiệu trường Đại học Khoa học tự nhiên, Đại học Quốc gia Hà Nội, tồn thể thầy giáo cơng tác trường tận tình truyền đạt kiến thức quý báu, giúp đỡ em trình học tập nghiên cứu Và với lòng biết ơn, em muốn gửi đến lời cảm ơn chân thành sâu sắc tới bà, bố mẹ, chồng, gái, người thân bạn bè yêu thương, động viên giúp đỡ em suốt trình học tập, nghiên cứu Tuy có nhiều cố gắng, đề tài nghiên cứu khoa học không tránh khỏi thiếu sót Em kính mong Q thầy cơ, chuyên gia, người quan tâm đến đề tài, đồng nghiệp, gia đình bạn bè tiếp tục có ý kiến đóng góp, giúp đỡ để đề tài hoàn thiện Một lần em xin chân thành cám ơn! Học viên Tống Thị Kim Tuyến BẢNG CÁC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Ý nghĩa ADN Acid Deoxyribonucleic ATCC American type culture collection CA Độ tin cậy CAMHB Canh thang Mueller Hinton có điều chỉnh nồng độ cation CFU Số lượng vi khuẩn tính đơn vị thể tích huyền dịch vi khuẩn CLSI Viện tiêu chuẩn lâm sàng xét nghiệm (Hoa Kỳ) CTĐTT Chưa thay đổi thể tích EA Độ chụm EUCAST Ủy ban thử nghiệm độ nhạy cảm châu Âu 10 I Trung gian 11 LPS Lipopolysaccharide 12 McF Nồng độ MacFarland 13 MDR Đa kháng kháng sinh 14 MIC Nồng độ ức chế tối thiểu 15 MHM Canh thang Muller Hinton 16 R Ức chế 17 S Nhạy cảm 18 TĐTT Thay đổi thể tích 19 VME Sai số STT MỤC LỤC ĐẶT VẤN ĐỀ CHƢƠNG 1: TỔNG QUAN VẤN ĐỀ NGHIÊN CỨU 1.1 Tổng quan kháng sinh, kháng kháng sinh 1.1.1 Tổng quan kháng sinh 1.1.2 Sự kháng kháng sinh 1.1.3 Tình hình kháng kháng sinh 1.1.4 Tính kháng kháng sinh số vi khuẩn Gram âm 1.2 Tổng quan kháng sinh colistin 11 1.2.1 Cấu trúc hóa học .11 1.2.2 Lịch sử đời sử dụng 12 1.2.3 Phổ tác dụng .13 1.2.4 Cơ chế tác dụng 14 1.2.5 Cơ chế đề kháng 15 1.2.6 Dược động học, liều dùng 16 1.2.7 Chống định tác dụng không mong muốn 18 1.3 Các kỹ thuật xét nghiệm định danh xác định nồng độ ức chế tối thiểu vi khuẩn 18 1.3.1 Các kỹ thuật định danh vi khuẩn 18 1.3.2 Các kỹ thuật kháng sinh đồ xác định nồng độ ức chế tối thiểu .20 CHƢƠNG 2: ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 28 2.1 Đối tượng nghiên cứu .28 2.1.1 Tiêu chuẩn lựa chọn mẫu bệnh phẩm .28 2.1.2 Tiêu chuẩn loại trừ 28 2.2 Địa điểm thời gian nghiên cứu 28 2.2.1 Địa điểm nghiên cứu 28 2.2.2 Thời gian nghiên cứu 28 2.3 Vật liệu nghiên cứu 28 2.3.1 Trang thiết bị, dụng cụ .28 2.3.2 Hóa chất 29 2.3.3 Môi trường 30 2.4 Phương pháp nghiên cứu 30 2.4.1 Thiết kế nghiên cứu 30 2.4.2 Cỡ mẫu .30 2.4.3 Các kỹ thuật nghiên cứu 30 2.5 Các tiêu nghiên cứu 42 2.6 Đạo đức nghiên cứu 43 CHƢƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN 44 KẾT LUẬN 64 KIẾN NGHỊ 65 TÀI LIỆU THAM KHẢO DANH MỤC BẢNG Bảng 1.1 Các thông số dược động học Bảng 1.2 Phân loại kháng sinh theo cấu trúc hóa học Bảng 3.1 Kết MIC colistin P aeruginosa kỹ thuật macrodilution (có thay đổi thể tích khơng thay đổi thể tích) kỹ thuật microdilution 44 Bảng 3.2 Kết MIC colistin A baumannii kỹ thuật macrodilution (có thay đổi thể tích khơng thay đổi thể tích) kỹ thuật microdilution 46 Bảng 3.3 Kết MIC colistin Enterobacteriaceae kỹ thuật macrodilution (có thay đổi thể tích khơng thay đổi thể tích) kỹ thuật microdilution 49 Bảng 3.4 Tổng hợp EA CA kỹ thuật macrodilution kỹ thuật microdilution 53 DANH MỤC HÌNH Hình 1.1 Sự lan truyền vi khuẩn đề kháng Hình 1.2 Cấu trúc hóa học colistin bao gồm ba phần 11 Hình 1.3 B polymyxa 12 Hình 1.4 Cơ chế tác động colistin lên tế bào vi khuẩn .14 Hình 1.5 Cơ chế đề kháng colistin vi khuẩn 15 Hình 1.6 Một số dạng bào chế colistin 16 Hình 1.7 API 19 Hình 1.8 Hệ thống định danh VITEK2 .19 Hình 1.9 Quy trình thực kháng sinh đồ xác định MIC phương pháp sử dụng E-test 21 Hình 1.10 E-test xác định MIC E-test .22 Hình 1.11 Hệ thống định danh VITEK 22 Hình 1.12 Quy trình xác định MIC kỹ thuật microdilution .24 Hình 1.13 Quy trình xác định MIC kỹ thuật macrodilution .24 Hình 2.1: Hóa chất định danh MALDI-TOF .34 Hình 2.2: Hóa chất chuẩn - BTS 35 Hình 2.3: Hệ thống máy định danh MALDI-TOF 35 Hình 2.4: Sơ đồ định danh máy MALDI-TOF 36 Hình 2.5 Kỹ thuật microdilution 41 Hình 3.1: Một số lưu ý cho mẫu vào giếng nhựa pipet đa kênh 59 Hình 3.2: Khay 96 giếng với 12 chủng vi khuẩn thử nghiệm nồng độ khác kháng sinh colistin .60 Hình 3.3 Bản nhựa đơn giếng 0,2 ml có nắp 61 Hình 3.4: Kỹ thuật macrodilution tiến hành chủng với nồng độ kháng sinh khác .62 Hình 3.5: Chuẩn bị dung dịch kháng sinh colistin với nồng độ khác 63 ĐẶT VẤN ĐỀ Trong năm gần đây, nhiễm khuẩn vi khuẩn Gram âm đa kháng kháng sinh, đặc biệt Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii Klebsiella pneumoniae gia tăng mạnh mẽ Khi mà kháng sinh nhóm beta-lactam, aminoglycoside quinolone khơng hiệu kháng sinh nhóm polymyxin đặc biệt colistin thường xem lựa chọn thích hợp Kháng sinh colistin kết hợp với vài kháng sinh khác làm tăng hiệu điều trị Tuy nhiên, điều trị colistin cho bệnh nhân, thuốc gây độc thận, độc tính tăng tăng liều colistin tích lũy Chính vậy, để sử dụng colistin an toàn hiệu quả, cần định liều lượng thuốc dựa dược động học kết nồng độ ức chế tối thiểu xét nghiệm kháng sinh đồ để đảm bảo hoạt tính kháng khuẩn tối đa độc tính tối thiểu Có nhiều phương pháp giúp xác định nồng độ ức chế tối thiểu colistin, phương pháp sử dụng phổ biến vi sinh lâm sàng nước ta Etest Tuy nhiên, trọng lượng phân tử colistin lớn, chúng lại có xu hướng bị hấp thụ bề mặt môi trường thử nghiệm, dẫn đến ảnh hưởng kết thử nghiệm Theo khuyến cáo CLSI EUCAST, không nên sử dụng E-test xét nghiệm dẫn đến sai số lớn, khơng thể chấp nhận Có nhiều nghiên cứu tác giả nước phương pháp E-test khơng đủ độ xác tin cậy để sử dụng lâm sàng việc xác định nồng độ ức chế tối thiểu colistin với vi khuẩn Gram âm EUCAST khuyến cáo, có kỹ thuật vi pha lỗng (microdilution) sử dụng với vai trò phương pháp tham chiếu xác định nồng độ ức chế tối thiểu colistin vi khuẩn Mặc dù, kỹ thuật microdilution kỹ thuật cổ điển xác định nồng độ ức chế tối thiểu kháng sinh vi khuẩn thực tế, phòng xét nghiệm vi sinh sử dụng kỹ thuật microdilution quy trình xét nghiệm thường quy yêu cầu thao tác kỹ thuật tỉ mỉ, xác Như vậy, việc tìm phương pháp xác phù hợp để áp dụng thực tế lâm sàng vơ cần thiết Đã có nghiên cứu nước tiến hành so sánh tương đồng hiệu phương pháp macrodilution (pha loãng ống nghiệm) microdilution (xem khái niệm phương pháp mục 1.3.2) xác định mức độ nhạy cảm vi khuẩn Gram âm đa kháng với kháng sinh colistin Phương pháp macrodilution microdilution chưa đưa vào sử dụng phòng xét nghiệm chưa có nghiên cứu vấn đề so sánh hai kỹ thuật công bố Việt Nam Do vậy, nghiên cứu phù hợp hai phương pháp xác định mức độ nhạy cảm vi khuẩn với kháng sinh colistin vô cần thiết Khi có kết nghiên cứu này, có sở để khuyến cáo triển khai lâm sàng kỹ thuật microdilution macrodilution xác định nồng độ ức chế tối thiểu vi khuẩn với colistin, hạn chế tối đa sai sót kết MIC colistin Chính vậy, tiến hành nghiên cứu “Đánh giá hiệu kỹ thuật macrodilution microdilution xác định mức độ nhạy cảm với colistin số chủng vi khuẩn Gram âm” với mục tiêu: So sánh kỹ thuật macrodilution microdilution xác định mức độ nhạy cảm với colistin số chủng vi khuẩn Gram âm kiểm sốt chất lượng nhằm giám sát tồn trình thử nghiệm kháng sinh đồ để chắn tính xác tính đắn thử nghiệm Độ xác thử nghiệm kiểm soát việc sử dụng chủng chuẩn thử nghiệm với kháng sinh có độ nhạy cảm biết trước Các chủng chuẩn dùng kiểm soát chất lượng phải tiến hành thử nghiệm với quy trình giống thử nghiệm cho chủng vi khuẩn phân lập từ bệnh nhân nghiên cứu Kết MIC chủng chuẩn phải nằm giới hạn cho phép (CLSI M100) Các chủng chuẩn sử dụng kiểm soát chất lượng nên lấy từ nguồn đăng ký từ ngân hàng chủng ATCC Các chủng chuẩn CLSI khuyến cáo sử dụng để làm QC có MIC cung cấp đầy đủ tài liệu CLSI M100 Ta thấy, nguyên lý kỹ thuật macrodilution microdilution giống nhau, khác cách thức tiến hành thể tích canh thang ni cấy Kỹ thuật macrodilution microdilution nhằm mục đích xác định nồng độ ức chế tối thiểu thông qua việc vi khuẩn phát triển môi trưởng dinh dưỡng lỏng, có chứa nồng độ kháng sinh giảm dần theo nồng độ pha lỗng bậc hai Thể tích macrodilution tối thiểu từ 2-5ml, đó, microdilution, thể tích tối đa 100µl Một số ưu nhược điểm kỹ thuật macrodilution microdilution [73, 74] Đối với kỹ thuật microdilution, ưu điểm kỹ thuật độ xác cao, tiết kiệm thể tích mơi trường canh thang ni cấy, hóa chất sử dụng diện tích khơng gian cần cho thử nghiệm, khay 96 giếng sử dụng lần nên làm làm giảm khối lượng công việc cho người làm xét nghiệm, không cần hấp rửa lại sau thực Hơn nữa, thử nghiệm giới hóa cách sử dụng pipet đa kênh, tiến hành đồng thời nhiều thử nghiệm lúc, tiết kiệm thời gian Ở Hoa Kỳ, người ta thiết kế khay 96 giếng mà có tích hợp giếng thử nghiệm tính chất sinh vật hóa học vi sinh vật, khay thử nghiệm, vừa định danh vi khuẩn, vừa xác định MIC vi khuẩn với loại kháng sinh 58 Nhược điểm kỹ thuật microdilution liên quan đến độ tái lặp, thử nghiệm thường thực đồng thời lúc nhiều nguyên nhiều loại kháng sinh, dẫn đến sai số hệ thống Thao tác pipet người làm xét nghiệm ảnh hưởng lớn đến kết quả, thể tích mơi trường ni cấy tối đa 100 μl, thế, chênh lệch thể tích nhỏ làm ảnh hưởng lớn tới kết thử nghiệm Trong nghiên cứu chúng tơi, có thử nghiệm phải tiến hành thao tác lại nhiễm chéo chủng từ hàng sang hàng bên cạnh Nguyên nhân do, thao tác hút nhả pipet, pipet cao thành giếng, dẫn đến giọt bắn phát tán xung quanh Trong trình tiến hành nghiên cứu, chúng tơi có sử dụng pipet đa kênh để rút ngắn thời gian thử nghiệm, thao tác pipet đa kênh cần ý đặc biệt để khơng ảnh hưởng đến lượng thể tích môi trường/ canh thang/ dung dịch kháng sinh thêm vào giếng Hình 3.1: Một số lưu ý cho mẫu vào giếng nhựa pipet đa kênh 59 Do khay 96 giếng đồng thời tiến hành thử nghiệm với 12 mẫu bệnh phẩm khác nhau, cần viết kí hiệu cho hàng rõ ràng để tránh nhầm lẫn trình thao tác đọc kết Hình 3.2: Khay 96 giếng với 12 chủng vi khuẩn thử nghiệm nồng độ khác kháng sinh colistin Các khay 96 giếng khay dùng lần nên làm nâng cao chi phí cho thử nghiệm Trong thực tế, số lượng xét nghiệm q (dưới mẫu/ ngày) cần cân nhắc việc sử dụng khay 96 giếng hay chuyển sang sử dụng nhựa đơn giếng có nắp (như hình) để tiết kiệm chi phí 60 Hình 3.3 Bản nhựa đơn giếng 0,2 ml có nắp Kỹ thuật macrodilution xác định MIC dựa thử nghiệm với số lượng lớn tế bào vi khuẩn lượng môi trường canh thang dùng thử nghiệm lớn hạn chế sai số chêch lệch nhỏ thể tích mơi trường nuôi cấy Phương pháp tiến hành với thao tác kỹ thuật đơn giản, khơng đòi hỏi trang thiết bị, sinh phẩm hóa chất phức tạp, ống thủy tinh thử nghiệm vơ trùng sau thử nghiệm để tái sử dụng nên giảm chi phí vật tư tiêu hao Tuy nhiên, kỹ thuật này, thao tác chủ yếu thực thủ công nên thời gian thao tác, thêm vào đó, lượng mơi trường canh thang, hóa chất sử dụng thử nghiệm lớn nhiều lần so với kỹ thuật microdilution Kỹ thuật sử dụng nhiều ống nghiệm thủy tinh cho thử nghiệm nên yêu cầu diện tích lớn tủ ấm 61 Hình 3.4: Kỹ thuật macrodilution tiến hành chủng với nồng độ kháng sinh khác Trong nghiên cứu này, tiến hành đồng thời thử nghiệm macrodilution theo hướng dẫn CLSI M100 kỹ thuật macrodilution có cải tiến cách thay đổi thể tích mơi trường canh thang ni cấy Mục đích cải tiến giúp tiết kiệm môi trường canh thang nuôi cấy, đồng thời tiết kiệm diện tích lưu trữ cho thử nghiệm tiến hành Kết thu là: Khơng có khác kết so sánh kỹ thuật macrodilution cải tiến kỹ thuật macrodilution theo khuyến cáo CLSI với kỹ thuật microdilution Như vậy, hồn tồn sử dụng kỹ thuật macrodilution cải tiến thực tế Thêm nhược điểm kỹ thuật macrodilution: Hầu hết thực cách thủ công nên thời gian cho xét nghiệm nhiều tốn thời gian cần thực chạy nhiều mẫu đồng thời với loạt loại kháng sinh cần thử nghiệm 62 Hình 3.5: Chuẩn bị dung dịch kháng sinh colistin với nồng độ khác Tùy thuộc vào điều kiện phòng xét nghiệm, trang thiết bị có, mục đích thử nghiệm, số lượng thử nghiệm cần thực mà định việc lựa chọn sử dụng kỹ thuật Bên cạnh nghiên cứu so sánh hai phương pháp trên, nhóm nghiên cứu chúng tơi tiếp tục nghiên cứu kiểu gen kháng kháng sinh colistin vi khuẩn có thử nghiệm Các gen mà nghiên cứu bao gồm gen nằm nhiễm sắc thể plasmid Tính đến thời điểm tại, tỉ lệ vi khuẩn thử nghiệm (với chủng có kết kháng colistin kiểu hình) có gen mcr-1 nhỏ (chưa tới 5%) Hiện tại, nhóm nghiên cứu chúng tơi tiếp tục thu thập mẫu nghiên cứu sâu tính kháng colistin đồng thời kiểu gen kiểu hình 63 KẾT LUẬN Từ kết thu trình nghiên cứu rút kết luận sau: Kết xác định nồng độ ức chế tối thiểu colistin vi khuẩn Gram âm đa kháng kháng sinh tiến hành kỹ thuật macrodilution có thay đổi khơng thay đổi thể tích canh thang CAMHB giống Tỉ lệ EA CA kỹ thuật macrodilution microdilution việc xác định MIC colistin 30 chủng P aeruginosa đa kháng 100% 100%, tỷ lệ 30 chủng A baumannii 100% 100%, đó, 69 chủng Enterobacteriaceae 91,3% 100% Tính chung nghiên cứu, EA CA kỹ thuật macrodilution micodilution xác định MIC colistin với tổng cộng 129 chủng vi khuẩn Gram âm 95,3% 100% Theo hướng dẫn Cumitech 31A, giá trị EA CA phương pháp thử nghiệm với phương pháp tham chiếu 90% đủ để ứng dụng phương pháp thử nghiệm lâm sàng 64 KIẾN NGHỊ Kỹ thuật macrodilution kỹ thuật microdilution hai kỹ thuật đưa vào áp dụng thay kỹ thuật việc xác định MIC colistin vi khuẩn Gram âm đa kháng để loại bỏ sai số kết quả, nhờ mà bác sỹ lâm sàng định phác đồ điều trị sử dụng colistin cho bệnh nhân có nhiễm trùng vi khuẩn Gram âm đa kháng với hiệu diệt khuẩn tối đa tác dụng phụ tối thiểu Tùy thuộc vào điều kiện phòng xét nghiệm, trang thiết bị có, mục đích thử nghiệm, số lượng thử nghiệm cần thực mà định việc lựa chọn sử dụng kỹ thuật macrodilution hay microdilution 65 TÀI LIỆU THAM KHẢO TIẾNG VIỆT Phạm Thị Hoài An (2014), Khảo sát kháng kháng sinh Klebsiella pneumoniae viện pasteur Hồ Chí Minh, Luận văn thạc sỹ, Trường Đại học sư phạm thành phố Hồ Chí Minh Bộ Y tế (2015), Hướng dẫn sử dụng kháng sinh, Nhà xuất Y học, Hà Nội Bộ Y tế (2018), Dược thư quốc gia Việt Nam, Nhà xuất Y học, Hà Nội, 2018 Lý Ngọc Kính, Ngơ Thị Bích Hà (2011), “Tình hình kháng thuốc kháng sinh nhiễm khuẩn bệnh viện số đơn vị điều trị tích cực số sở khám, chữa bệnh”, Tạp chí Dược học, số 5, T 51 Trần Diệu Linh, Nghiên cứu mức độ phân tử khả kháng carbapenem số vi khuẩn Gram âm phân lập từ bệnh nhân bệnh viện Việt Đức bệnh viện Quân Y 108, Luận án tiến sỹ, Hà Nội, 2017 Trường Đại học Y Hà Nội (2014), Vi sinh – Ký sinh trùng lâm sàng, Nhà xuất Y học Chăn Phon Phôn Ha Vông*; Nguyễn Thái Sơn (2018), “Nghiên cứu đặc điểm phân bố mức độ kháng kháng sinh vi khuẩn gây bệnh nổi, tái bệnh viện Quân Y (1-2015 đến 12-2017)”, Tạp chí Y – Dược học quân số 5-2018 TIẾNG ANH A Espinel-Ingroff, “Modified Disk Diffusion Assay with Two Broth Microdilution Reference Assays for Testing Zygomycetes, Aspergillus spp, Candida spp, and Cryptococcus neoformans with Posaconazole and Amphotericin B”, Journal of Clinical Microbiology, pp 35-41 “Antimicrobial susceptibility tests”, National Veterinary institute 10 Balaji Veeraraghavan (2017), “Challenges, Issues and Warnings from CLSI and EUCAST Working Group on Polymyxin Susceptibility Testing”, Journal of Clinical and Diagnostic Research, pp 45-48 11 BioMerieux VITEK Compact Analyzer, www.equipnet.com 12 Chew KL et al (2017), “Colistin and Polymyxin B Susceptibility Testing for Carbapenem-Resistant and mcr-Positive Enterobacteriaceae: Comparison of Sensititre, MicroScan, VITEK 2, and E-test with Broth Microdilution”, J Clin Microbiol, 55(9):2609-2616 13 Christian G Giske et al (2017), “Colistin antimicrobial susceptibility testing – can the slow and challenging be replaced by the rapid and convenient?”, Clinical Microbiology and Infection, pp 112-118 14 Christopher Walsh (2003), "Antibiotics: actions, origins, resistance" 15 CLSI (2017), "Performance standards for Antimicrobial Susceptibility Testing; Twenty-first informational supplement” M100-S26 27th edition, 2017", Washington, D.C, pp 119-221 16 D R Lonsway et al (2007), "Evaluation of methods to identify the Klebsiella pneumoniae carbapenemase in Enterobacteriaceae", Journal of clinical microbiology, 45 (8), pp 2723-2725 17 D.Yahav, L.Farbman et al (2012), “Colistin: new lessons on an old antibiotic”, Clinical Microbiology and Infection, Volume 18, Issue 1, pp 18-29 18 Daya Choudhary (2017), “Polymyxin B: Uses, Dosage, Side Effects, Interactions, & Contraindications” 19 Dietmar Puchberger (2015), “Supplemental Information: Hydrogel-based microfluidic incubator for microorganism cultivation and analyses”, ResearchGate DoctorAlert, pp 54-57 20 “Efforts to Combat Antibiotic-Resistant Bacteria Through Science” 21 Erika Matuscheck et al (2018), “Can agar dilution be used for colistin MIC determination?”, ECCMID 28th 22 Erika Matuschek et al (2017), “Evaluation of five commercial MIC methods for colistin antimicrobial susceptibility testing for Gram-negative bacteria, Eucast Development Laboratory”; Clinical Microbiology, pp 43-49 23 “E-TEST (Epsilometer test): Principle, purpose, procedure, results and interpretations”, Microbe Online 24 E-test®, Bringing On-scale MIC Determination to all Microbiology Labs (2009), bioMérieux (Clinical Diagnostics) 25 European Medicines Agency (2017), “Antimicrobial resistance” 26 Feßler AT et al, “Development and evaluation of a broth macrodilution method to determine the biocide susceptibility of bacteria”, Vet Microbiol 2018 Sep; 223:59-64.doi: 10.1016/j.vetmic.2018.07.006 Epub 2018 Jul 11 27 Haeili M, Kafshdouz et al, “Comparison of susceptibility testing methods for determining the activity of colistin against Gram-negative bacilli of clinical origin”, J Med Microbiol 2019 Jan;68(1):60-66 28 Herbert Spapen et al (2011), “Renal and neurological side effects of colistin in critically ill patients”, US National Library of Medicine National Institutes of Health, pp 34-43 29 Herbert Spapen et al (2011), “Renal and neurological side effects of colistin in critically ill patients”, Ann Intensive Care, 1, pp 124-127 30 Jamie Kisgen (2015), “Lippincott Illustrated Reviews: Pharmacology - Sixth Edition”, Medicine & Health Science Books, pp 114-117 31 Janet A Hindler and Romney M Humphries (2013), “Colistin MIC Variability by Method for Contemporary Clinical Isolates of Multidrug-Resistant GramNegative Bacilli”, J Clin Microbiol; 51(6), pp 1678–1684 32 Janet A Hindler et al (2013), “Colistin MIC Variability by Method for Contemporary Clinical Isolates of Multidrug-Resistant Gram-Negative Bacilli”, J Clin Microbiol, 51(6): 1678–1684 33 JM Conly et al (2016), “Colistin: The Phoenix Arises”, National Library of Medicine National Institutes of Health, 17(5): 267–269 34 Jorgensen JH, “Susceptibility test methods which may be able to predict the emergence of resistance to newer beta- lactam antibiotics”, Chemioterapia 1985 Feb; (1):7-13 35 Laura J Rojas et al (2016), “Colistin Resistance in Carbapenem-Resistant Klebsiella pneumoniae: Laboratory Detection and Impact on Mortality”, Clin Infect Dis 2017 Mar 15; 64(6): 711–718 36 Laurent Dortet et al (2012), "Carbapenem resistance in Enterobacteriaceae: here is the storm!", Trends in molecular medicine, 18 (5), pp 263-272 37 Lo-Ten-Foe JR et al (2007) , “Comparative evaluation of the VITEK 2, disk diffusion, E-test, broth microdilution, and agar dilution susceptibility testing methods for colistin in clinical isolates, including heteroresistant Enterobacter cloacae and Acinetobacter baumannii strains”, pp 128-131 38 Lucie Bardet et al (2018), “Development of New Tools to Detect ColistinResistance among Enterobacteriaceae Strains”, Canadian Journal of Infectious Diseases and Medical Microbiology, pp 142-146 39 Mark A Toleman Dongeun Yong et al (2009), "Characterization of a New Metallo-β-Lactamase Gene, blaNDM-1, and a Novel Erythromycin Esterase Gene Carried on a Unique Genetic Structure in Klebsiella pneumoniae Sequence Type 14 from India", Antimicrobial agents and chemotherapy, 53 (12), pp 5046-5054 40 Mark ATolemanet al (2010), "Emergence of a new antibiotic resistance mechanism in India, Pakistan, and the UK: a molecular, biological, and epidemiological study", The Lancet infectious diseases, 10 (9), pp 597-602 41 MarketaHoudkova et al (2017), “Evaluation of antibacterial potential and toxicity of plant volatile compounds using new broth microdilution volatilization method and modified MTT assay”, Fitorapia, 118, 56-62 (36) 42 Matuschek E et al (2017), “Antimicrobial susceptibility testing of colistin evaluation of seven commercial MIC products against standard broth microdilution for Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, and Acinetobacter spp”, Clin Microbiol Infect;24(8):865-870 43 Matuschek E et al (2018), “Antimicrobial susceptibility testing of colistin evaluation of seven commercial MIC products against standard broth microdilution for Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, and Acinetobacter spp”, Clin Microbiol Infect, 24(8):865-870 44 Michael T Madigan (2014), “Brock Biology of Microorganisms 14th Edition” 45 Microbiology in Pictures.com 46 “Minimum Inhibitory concentration (MIC): Broth dilution method-procedure and interpretation”, Microbeonline (2013) 47 Mounyr Balouiri et al (2015), “Methods for in vitro evaluating antimicrobial activity: A review”, Journal of Pharmaceutical Analysis, 6(2), pp 18-23 48 Mushtak T S Al-Ouqaili et al (2013), “Detection of Genes Encoding for Metallo-β-lactamases produced by Resistant Acinetobacter baumannii and Pseudomonas spp isolated from Clinical Specimens in Ramadi”, ResearchGate, pp 27-32 49 National Center for Biotechnology Information, “Colistin (2019)” 50 Parijat Daset al (2017), “Colistin: Pharmacology, drug resistance and clinical applications”, Journal of the academy of clinical microbioligists, 19 (2), pp 77-85 51 Patel R, “MALDI-TOF mass spectrometry: transformative proteomics for clinical microbiology”, Clin Chem 2013; 59: 340–2 52 Pavlovic M et al, “A dual approach employing MALDI-TOF MS and real-time PCR for fast species identification within the Enterobacter cloacae complex”, FEMS Microbiol, Lett 2012; 328: 46–53 53 "Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing”, 29th Edition 54 Pokharel K et al, “Resistance Pattern of Carbapenem on Enterobacteriaceae”, JNMA J Nepal Med Assoc 2018 Nov-Dec; 56 (214): 931-935 55 Poornima Ramanan et al, “Colistin Susceptibility Testing of Enterobacteriaceae by Agar Dilution (AD), Broth Microdilution (BMD) and Polymyxin NP”, Open Forum Infectious Diseases, Volume (1), pp 596 56 Raquel Girardello et al (2016), “Colistin susceptibility testing and VITEK2™: is it really useless?”, Diagnostic Microbiology and Infectious Disease 91 57 Richard B Clark et al, “Cumitech 31 a: Verification and Validation of Procedures in the Clinical Microbiology Laboratory”, American Society for Microbiology, 30 Jan 2009, pp 143-148 58 Sarah Kuenzel et al (2012), “Paenibacillus polymyxa”, Michigan State University, Microbe Wiki 59 Shamina OV et al, “The comparison of methods for determination of colistin susceptibility in carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae”, Klin Lab Diagn, 2018; 63(10):646-650 60 Shelby Sima et al (2017), “Colistin and Polymyxin B Minimal Inhibitory Concentrations Determined by E-test Found Unreliable for Gram-Negative Bacilli”, Ochsner Journal, 17(3):239-242 61 Tan TY et al (2007), “Comparison of E-test, VITEK and agar dilution for susceptibility testing of colistin”, Clin Microbiol Infect, 13(5):541-4 62 V Balaji et al (2011), “Polymyxins: Antimicrobial susceptibility concerns and therapeutic options”, Indian Association of Medical Microbiologists, 29(3), pp 230-242 63 VITEK 2, ProHealth Laboratory 64 World Health Organization (2017), WHO publishes list of bacteria for which new antibiotics are urgently needed 65 Yamuna Devi Bakthavatchalam (2018), “Evaluation of colistin and polymyxin B susceptibility testing methods in Klebsiella pneumoniae and Acinetobacter baumannii”, J Infect Dev Ctries, 12(6): 504-507 66 Yi-Hsiang Cheng et al, “Colistin Resistance Mechanisms in Klebsiella pneumoniae Strains from Taiwan”, American Society for Microbiology 67 Phạm Hùng Vân, Phạm Thái Bình, “Kháng sinh – Đề kháng kháng sinh Kỹ thuật kháng sinh đồ Các vấn đề thường gặp”, Nhà xuất Y học, 2013 68 Jame H Jorgensen et al, “Antimicrobial Susceptibility Testing: General Principles and Contemporary Practices”, Clinical Infectious Diseases 1998;26:973–80 69 Sewell et al, “Comparison of broth macrodilution, broth microdilution, and E test antifungal susceptibility tests for fluconazole”, PubMed Central 70 Francesco Barchiesi et al, “Comparative Study of Broth Macrodilution and Microdilution Techniques for In Vitro Antifungal Susceptibility Testing of Yeasts by Using the National Committee for Clinical Laboratory Standards Proposed Standard”, Journal of clinical microbiology, Oct 1994, pp 24942500 71 I Pujol et al, “Comparison study of broth macrodilution and microdilution antifungal susceptibility tests for the filamentous fungi”, Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 40(9):2106-10 72 Korean J Clin, “Comparison of Broth Macrodilution and Microdilution in Testing of Minimal Inhibitory” 73 L Barth Reller et al, “Antimicrobial Susceptibility Testing: A Review of General Principles and Contemporary Practices”, Clinical Infectious Diseases, Volume 49, Issue 11, December 2009, pp 1749–1755 74 Sachidevi Puttaswamy et al, “A Comprehensive Review of the Present and Future Antibiotic Susceptibility Testing (AST) Systems”, Archives of Clinical Microbiology, 2018 ... KIM TUYẾN ĐÁNH GIÁ HIỆU QUẢ CỦA KỸ THUẬT MACRODILUTION VÀ MICRODILUTION TRONG XÁC ĐỊNH MỨC ĐỘ NHẠY CẢM VỚI COLISTIN CỦA MỘT SỐ CHỦNG VI KHUẨN GRAM ÂM Chuyên ngành: Vi sinh vật học Mã số: 8420101.07... nhạy cảm với colistin số chủng vi khuẩn Gram âm với mục tiêu: So sánh kỹ thuật macrodilution microdilution xác định mức độ nhạy cảm với colistin số chủng vi khuẩn Gram âm CHƢƠNG TỔNG QUAN VẤN... thiểu vi khuẩn với colistin, hạn chế tối đa sai sót kết MIC colistin Chính vậy, chúng tơi tiến hành nghiên cứu Đánh giá hiệu kỹ thuật macrodilution microdilution xác định mức độ nhạy cảm với colistin