Nghiên cứu chế tạo bộ sinh phẩm phát hiện nhanh Listeria monocytogenes và phân tích đặc điểm dịch tễ học phân tử của chủng phân lập được

MỞ ĐẦU Listeria monocytogenes là loài vi khuẩn truyền bệnh qua thực phẩm rất nguy hiểm, đặc biệt với tỷ lệ tử vong lên đến 30%. Bệnh do L. monocytogenes gây ra đƣợc gọi chung là listeriosis. Đối tƣợng có nguy cơ bị nhiễm bệnh này thƣờng là những ngƣời có hệ thống miễn dịch bị suy yếu nhƣ trẻ sơ sinh, phụ nữ mang thai, ngƣời lớn tuổi. Nếu không đƣợc điều trị kịp thời bằng kháng sinh, bệnh nhân có thể bị nhiễm trùng máu, viêm màng não, sẩy thai và tử vong. Vi khuẩn L. monocytogenes rất phổ biến trong môi sinh. Chúng đƣợc tìm thấy ở nhiều nơi nhƣ đất, nƣớc, thực vật, thực phẩm, thức ăn gia súc, trong phân ngƣời hoặc phân động vật. Chúng có thể sống và tăng trƣởng chậm ở các điều kiện khắc nghiệt về nhiệt độ, hàm lƣợng khí oxy, pH và hoạt độ nƣớc. Đặc biệt loài vi khuẩn này có khả năng sinh trƣởng ở nhiệt độ lạnh (0-10 o C). Chính vì những lý do đó mà khả năng nhiễm L. monocytogenes trên thực phẩm là khá cao, đặc biệt các sản phẩm đƣợc bảo quản lạnh trong thời gian dài. Nhiều loại thực phẩm đƣợc bày bán trong siêu thị hiện nay là các thực phẩm ăn sẵn. Thêm nữa càng ngày ngƣời ta lại càng muốn sử dụng các loại thực phẩm không có chất bảo quản hoặc không bị gia nhiệt để giữ đƣợc nguyên vẹn hƣơng vị, cấu trúc nguyên liệu ban đầu. Những sản phẩm nhƣ vậy thƣờng đƣợc bảo quản lạnh trƣớc khi sử dụng. Vì vậy, các sản phẩm thực phẩm loại này có thể có nguy cơ nhiễm L. monocytogenes cao. Rất nhiều các vụ ngộ độc và triệu hồi sản phẩm do thực phẩm nhiễm L. monocytogenes trên khắp thế giới đã đƣợc thông báo. Các nghiên cứu về dịch tễ học phân tử các chủng L. monocytogenes phân lập đƣợc từ các vụ dịch lớn trên thế giới cho thấy, có những chủng L. monocytogenes có khả năng gây bệnh và gây bùng phát dịch rất lớn, bên cạnh đó cũng có những kiểu huyết thanh hầu nhƣ không có khả năng gây bệnh và gây dịch. Cho đến thời điểm này chƣa có công bố nào về dịch tễ học phân tử các chủng L. monocytogenes phân lập từ thực phẩm tại Việt Nam. Khả năng gây bệnh và gây dịch của L. monocytogenes nhiễm trong các thực phẩm tại Việt Nam vẫn là một ẩn số. Phƣơng pháp ISO 11290-1:1996 phát hiện L. monocytogenes là phƣơng pháp nuôi cấy. Một số các phƣơng pháp sinh học phân tử nhƣ PCR, real-time PCR hoặc các phƣơng pháp miễn dịch (ELISA) cũng đã đƣợc tiêu chuẩn hóa. Mấy năm trở lại đây, cùng với sự ra đời của một số kỹ thuật khuếch đại đẳng nhiệt axit nucleic, việc phát hiện nhanh các vi sinh vật gây bệnh đã đƣợc đơn giản hóa thêm một bƣớc. LAMP là kỹ thuật khuếch đại đẳng nhiệt đƣợc sử dụng phổ biến hơn cả. Ngoài ra, khả năng phát hiện trực tiếp sản phẩm của phản ứng LAMP không cần điện di là một trong các ƣu điểm nổi trội của phƣơng pháp này, giúp đơn giản hóa và rút ngắn thời gian phân tích. Kỹ thuật này đã nhanh chóng đƣợc ứng dụng để phát hiện L. monocytogenes trong thực phẩm ở nhiều nghiên cứu trên thế giới. Ở Việt Nam, phƣơng pháp tiêu chuẩn TCVN: 7700-1:2007 phát hiện L. monocytogenes là phƣơng pháp nuôi cấy, sau đó khuẩn lạc đặc trƣng đƣợc khẳng định bằng các phản ứng sinh hóa. Đã có một số nghiên cứu về phƣơng pháp PCR và que thử sắc ký miễn dịch nhằm phát hiện vi khuẩn này, tuy nhiên thời gian phân tích còn dài hoặc yêu cầu cao về trang thiết bị hóa chất nên chƣa đáp ứng đƣợc nhu cầu phân tích phát hiện trong thực tế sản xuất. Trong khuôn khổ của luận án này, chúng tôi nghiên cứu đề tài có tên là “Nghiên cứu chế tạo bộ sinh phẩm phát hiện nhanh Listeria monocytogenes và phân tích đặc điểm dịch tễ học phân tử của chủng phân lập được trong một số thực phẩm có nguy cơ cao trên thị trường Việt Nam”. Luận án này tập trung vào hai mục tiêu chính sau:  Phân tích đƣợc đặc điểm dịch tễ học phân tử của các chủng L. monocytogenes phân lập đƣợc từ các loại thực phẩm có nguy cơ cao tại Việt Nam.  Xây dựng đƣợc một bộ sinh phẩm phát hiện nhanh L. monocytogenes trong các loại thực phẩm ăn liền dựa trên kỹ thuật LAMP. Trong nghiên cứu này đối tƣợng nghiên cứu là L. monocytogenes. Phạm vi nghiên cứu tập trung phát triển phƣơng pháp phân tích phát hiện nhanh L. monocytogenes trong thực phẩm dựa trên kỹ thuật LAMP. Qui trình phân tích cần tối ƣu sao cho đơn giản, chính xác, tiện lợi và nhanh nhất, góp phần kiểm soát chất lƣợng an toàn vệ sinh thực phẩm. Bên cạnh đó việc nghiên cứu dịch tễ học các chủng L. monocytogenes phân lập đƣợc từ thực phẩm cũng giúp chúng ta thấy đƣợc hiện trạng mức độ nguy hiểm của các dòng L. monocytogenes hiện đang nhiễm trên một số nhóm thực phẩm tại Việt Nam. Từ đó có thể giúp các nhà quản lý, sản xuất, phân phối và tiêu dùng có các biện pháp thích hợp nhằm nâng cao chất lƣợng vệ sinh an toàn thực phẩm đối với đối tƣợng vi khuẩn nguy hiểm này. Tính mới của luận án  Lần đầu tiên công bố các kết qủa nghiên cứu về dịch tễ học phân tử của L. monocytogenes phân lập từ thực phẩm Việt Nam  Là công trình đầu tiên sử dụng gen inlJ làm gen đích trong phát triển kỹ thuật LAMP cho phát hiện L. monocytogenes, giúp nâng cao tính đặc hiệu của phép phân tích

MỤC LỤC MỤC LỤC MỞ ĐẦU……………………………………………………………………………………………………………14 CHƢƠNG I TỔNG QUAN 16 1.1 1.1.1 Listeria monocytogenes ……16 Đặc điểm L monocytogenes 16 1.1.2 Vai trò internalin J (inlJ) trình gây bệnh L monocytogenes……20 1.1.3 Tình hình nhiễm tạp thực phẩm gây bệnh L monocytogenes 23 1.1.4 Quy định kiểm soát L monocytogenes 24 1.2 Dịch tễ học phân tử L monocytogenes 25 1.2.1 Đặc điểm dịch tễ dòng giống (lineage) L monocytogenes 25 1.2.2 Đặc điểm dịch tễ dòng phức hợp (clones complex) L monocytogenes 25 1.2.3 Đặc điểm dịch tễ kiểu huyết L monocytogenes 26 1.2.4 Các phƣơng pháp phân loại sử dụng nghiên cứu dịch tễ học phân tử 27 1.2.4.1 Phương pháp điện di xung trường (PFGE) .27 1.2.4.2 Phương pháp ribotyping .28 1.2.4.3 Phương pháp đa hình đoạn DNA khuếch đại ngẫu nhiên (RAPD) .28 1.2.4.4 Phương pháp đa hình chiều dài đoạn DNA khuếch đại chọn lọc (AFLP)…………………………………………………………………………………………………….29 1.2.4.5 Phương pháp đa hình chiều dài đoạn sản phẩm PCR cắt enzyme giới hạn (PCR-RFLP) 29 1.2.4.6 Phương pháp khuếch đại trình tự lặp (REP-PCR) 29 1.2.4.7 Phương pháp phân tích vùng lặp đối xứng nhiều locus (MLVA) 30 1.2.5 Phƣơng pháp phân loại dựa trình tự nhiều locus (MLST)…….………….30 1.2.5.1 Phương pháp phân loại dựa trình tự nhiều locus gen độc (MVLST) 31 1.2.5.1 Phương pháp phân loại dựa trình tự gen giữ nhà 31 1.2.6 Cơ sở liệu phƣơng pháp phân loại dựa trình tự nhiều locus (MLST)…………………………………………………………………………….34 1.3 1.3.1 Một số phƣơng pháp phân tích phát L monocytogenes 34 Phƣơng pháp nuôi cấy 34 1.3.1.1 Ảnh hưởng thành phần môi trường đến trình tăng sinh 35 1.3.1.2 Ảnh hưởng nhiệt độ đến trình tăng sinh 37 1.3.1.3 Ảnh hưởng mẫu thực phẩm đến trình tăng sinh 37 1.3.1.4 Ảnh hưởng thành phần vi sinh vật đồng nhiễm mẫu 38 1.3.2 Phƣơng pháp miễn dịch 40 1.3.3 Phƣơng pháp khuếch đại DNA (PCR, real-time PCR) 41 1.4 Kỹ thuật nhân gen đẳng điện tạo cấu trúc vòm (LAMP)……………………… 43 1.4.1 Nguyên tắc kỹ thuật LAMP 43 1.4.2 Thiết kế mồi cho phản ứng LAMP 45 1.4.3 Phát sản phẩm LAMP 46 1.4.4 Một số yếu tố ảnh hƣởng đến hiệu phản ứng LAMP………………… 47 1.4.5 Các nghiên cứu sử dụng phƣơng pháp LAMP để phát L monocytogenes giới……………………………………………………………………………… 48 1.5 Một số kỹ thuật tách chiết thu nhận nhanh DNA cho phản ứng khuếch đại DNA………………………………………………………………………………………50 1.5.1 Các yêu cầu DNA sử dụng cho kỹ thuật nhân gen………………….50 1.5.2 Tách chiết tinh DNA…………………………………………………….51 1.5.3 Kiểm tra hiệu suất thu hồi chất lƣợng DNA .54 CHƢƠNG II NGUYÊN VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 56 2.1 Địa điểm nghiên cứu 56 2.2 Đối tƣợng nghiên cứu 56 2.3 Phƣơng pháp nghiên cứu 57 2.3.1 Phân lập L monocytogenes từ mẫu thực phẩm 57 2.3.2 Phản ứng Real-time PCR………………………………………………………… 56 2.3.3 Phản ứng PCR …………………………………………………………………… 57 2.3.4 Tinh sản phẩm PCR cho giải trình tự gen…………………………………….58 2.3.5 Phân loại kiểu trình tự ST……………………………………………………….59 2.3.6 So sánh trình tự đoạn gen chủng phân lập đƣợc với số chủng ngân hàng liệu……………………………………………………………………………… 59 2.3.7 Thiết kế mồi cho phản ứng LAMP………………………………….…………… 59 2.3.8 Lựa chọn mồi LAMP………………………………………………………………59 2.3.9 Tối ƣu hóa phản ứng LAMP ………………………………………………… … 59 2.3.10 Điện di DNA………………………………………………………………………60 2.3.11 Xác định độ đặc hiệu, độ bao trùm phản ứng LAMP……………………….60 2.3.12 Xác định độ nhạy phản ứng LAMP………………………………………….60 2.3.13 Xây dựng quy trình tăng sinh L monocytogenes nhanh…………………………60 2.3.14 Xây dựng quy trình tách chiết nhanh DNA L monocytogenes……………….62 2.3.15 Xây dựng quy trình phân tích L monocytogenes mẫu thực phẩm………….63 2.3.16 Kiểm định sinh phẩm………………………………………………………… 64 2.3.17 Ứng dụng thử nghiệm sinh phẩm………………………………………………64 CHƢƠNG III KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 66 3.1 Phân lập nghiên cứu dịch tễ học phân tử chủng L monocytogenes phân lập từ số thực phẩm Việt Nam 66 3.1.1 Phân lập L monocytogenes từ mẫu thực phẩm 66 3.1.2 Nghiên cứu dịch tễ học phân tử chủng L monocytogenes phân lập 709 3.1.2.1 Giải trình tự gen abcZ, bglA, cat, dapE, dat, ldh lhkA chủng L monocytogenes phân lập………………………………………………………………….70 3.1.2.2 Phân tích tính đa hình trình tự nucleotid gen abcZ, bglA, cat, dapE, dat, ldh lhkA từ chủng L monocytogenes phân lập đƣợc………………………….70 3.1.2.3 Phân loại chủng L monocytogenes phân lập đƣợc .72 3.1.2.4 So sánh chủng L monocytogenes phân lập đƣợc với chủng gây bệnh dịch giới……………………………………….…………………………………77 3.2 Xây dựng quy trình phân tích nhanh L monocytogenes thực phẩm dựa kỹ thuật LAMP 80 3.2.1 Xây dựng phản ứng LAMP 82 3.2.1.1 Thiết kế mồi LAMP khuếch đại gen inlJ 81 3.2.1.2 Lựa chọn mồi LAMP cho độ nhạy khuếch đại cao nh t 83 3.2.1.3 Tối ưu phản ứng LAMP 86 3.2.2 Xây dựng quy trình tăng sinh 93 3.2.2.1 Ảnh hưởng loại môi trường đến sinh trưởng L monocytogenes…94 3.2.2.2 Ảnh hưởng số thành phần môi trường đến sinh trưởng L monocytogenes .95 3.2.2.3 Ảnh hưởng acriflavin acid nalidixic đến sinh trưởng số loài vi khuẩn khác 97 3.2.2.4 Thử nghiệm tăng sinh mẫu thực phẩm .98 3.2.3 Tối ƣu hóa qui trình tách chiết DNA 100 3.2.3.1 Khả tách chiết DNA thể gen L monocytogenes sử dụng Triton X100 kết hợp siêu âm gia nhiệt 95 oC 99 3.2.3.2 Khả tách chiết DNA thể gen L monocytogenes sử dụng NaOH kết hợp siêu âm gia nhiệt 95 oC .101 3.2.3.3 So sánh phương pháp tách chiết nghiên cứu canh trường L monocytogenes .103 3.2.3.4 Đánh giá hiệu tách chiết DNA phương pháp mẫu thực phẩm tăng sinh .104 3.2.3.5 Ảnh hưởng lượng mẫu l y tách chiết DNA cho phản ứng LAMP 106 3.2.3.6 Thử nghiệm phản ứng LAMP mẫu khác 107 3.2.4 Đề xuất quy trình phân tích 110 3.2.5 Xác định độ nhạy toàn quy trình 111 3.2.6 Thiết kế, sản xuất thử nghiệm sinh phẩm LAMP phát L monocytogenes…………………………………………………………………………… 112 3.2.6.1 Thiết kế sinh phẩm 112 3.2.6.2 Sản xu t thử nghiệm sinh phẩm LAMP-L’MONO .114 3.2.7 Kiểm định sinh phẩm LAMP-L’MONO………………………………………116 3.2.8 Ứng dụng thử nghiệm sinh phẩm LAMP-L’MONO………………………….118 CHƢƠNG IV KẾT LUẬN 123 KIẾN NGHỊ 124 DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH ĐÃ CÔNG BỐ CỦA LUẬN ÁN………… 124 TÀI LIỆU THAM KHẢO…………………………….……………………… ……… 125 PHỤ LỤC Error! Bookmark not defined DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Ký hiệu AFLP ALOA UVM Tên đầy đủ tiếng anh Tên tiếng Việt Amplified Fragment Length Polymorphism Chromogenic Listeria Agar according to Ottaviani and Agosti Đa hình chiều dài đoạn DNA University of Enrichment Broths Vermont Môi trƣờng chọn lọc Listeria có thị màu đƣợc phát triển Ottaviani Agosti Môi trƣờng tăng sinh UVM Môi trƣờng tăng sinh BLEB BLEB Buffered Broth Listeria Enrichment HF Half Fraser Broth Môi trƣờng Half Fraser aw Water activity Hoạt độ nƣớc bp Base pair Cặp bazơ CAMP Christie, Atkins, Munch-Petersen Phản ứng CAMP CDC CFU Center for Disease Control and Prevention Colony forming unit Trung tâm phòng chống kiểm soát dịch bệnh Đơn vị hình thành khuẩn lạc DNA Deoxyribonucleic acid Axit Deoxyribonucleic dNTP Deoxynucleotide Deoxynucleotide EDTA Ethylen Diamine Tetraacetic Acid Axit Ethylen Diamine Tetraacetic EtBr Ethidium Bromide Ethidium Bromide ISO Tổ chức quốc tế tiêu chuẩn hóa Bộ Nông nghiệp dịch vụ kiểm soát an toàn thực phẩm Mỹ kDa International Organization for Standardization United States Department of Agriculture-Food Safety Inspection Service U.S Food and Drug Administration Association of Official Analytical Chemists Kilo Dalton LAMP Loop-Mediated Khuếch đại đẳng nhiệt tạo cấu USDA-FSIS FDA AOAC Isothermal Cục quản lý dƣợc phẩm thực phẩm Mỹ Hiệp hội nhà hoá phân tích thống Kilo Dalton Amplification trúc vòm MLST Multi-virulence-locus sequence typing Multi-locus sequence typing PBS Phosphate Buffered Saline Phân loại dựa trình tự nhiều locus gen gây độc Phân loại dựa trình tự nhiều locus Đệm muối phosphate PCPLC PCR Phosphatidylcholine phospholipase C Polymerase Chain Reaction Phosphatidylcholine phospholipase C Phản ứng tổng hợp chuỗi ADN PEG Polyethylene glycol Polyethylene glycol PFGE Pulsed-field gel electrophoresis Kỹ thuật điện di xung trƣờng RAPD TAE Randomly amplified polymorphic DNA Tris - Acetate - EDTA Đa hình dựa khuếch đại ngẫu nhiên đoạn DNA Tris - Acetate - EDTA TE Tris - EDTA Tris - EDTA PA Positive agreement Tƣơng đồng mẫu dƣơng tính NA Negative agreement Tƣơng đồng mẫu âm tính ND Negative deviation Sai khác mẫu âm tính PD Positive deviation Sai khác mẫu dƣơng tính AC Relative accuracy Độ xác tƣơng đối SP Relative specificity Độ đặc hiệu tƣơng đối SE Relative sensitivity Độ nhạy tƣơng đối PCR-RFLP PCR-restriction fragment length polymorphism rep-PCR Repetitive element PCR Đa hình chiều dài đoạn sản phẩm PCR đƣợc cắt enzyme giới hạn Khuếch đại trình tự lặp MOX Modified Oxford Agar Môi trƣờng Oxford Agar cải biến MLVA Multiple-locus variable number of tandem repeat analysis Pulsed-field gel electrophoresis Phân tích vùng lặp đối xứng nhiều locus Điện di xung trƣờng MVLST PFGE MLEE Multilocus electrophoresis typing CC Clones complex enzyme Phân loại theo phổ điện di nhiều enzyme Dòng phức hợp EC Epidemic clones Dòng gây bệnh DI Simpson's Diversity Index Chỉ số phân loại Simpson VNTRs Variable repeats ST Sequence type Kiểu trình tự TSBYE Tryptic Soy Broth Yeast Extract Môi trƣờng dịch chiết nấm men trypton từ đậu tƣơng numbers of tandem Đa hình đoạn DNA chứa vùng lặp đối xứng DANH MỤC HÌNH Hình 1-1 Hình thái vi khuẩn L monocytogenes 16 Hình 1-2 Cơ chế xâm nhiễm L monocytogenes vào tế bào người 19 Hình 1-3 C u tạo nhóm internalin từ L monocytogenes EGDe 21 Hình 1-4 Trình tự axit amin inlJ 23 Hình 1-5 Tốc độ sinh trưởng chủng L monocytogenes 1340 chủng L innocua11288 canh trường hỗn hợp canh trường riêng biệt, môi trường sử dụng TSBYE 39 Hình 1-6 Mô hình phương pháp sắc ký miễn dịch phát nhanh L monocytogenes 40 Hình 1-7 Nguyên tắc kỹ thuật LAMP 44 Hình 1-8 Các phương pháp phát sản phẩm LAMP 46 Hình 1-9 Ảnh hưởng nồng độ ion Mg2+đến phổ h p thụ HNB dung dịch phản ứng LAMP 47 Hình 3-1 Kết phân lập L monocytogenes sử dụng môi trường RAPID’L.mono 66 Hình 3-2 Kết khẳng định PCR khuẩn lạc L monocytogenes giả định phân lập môi trường RAPID’L.mono 67 Hình 3-3 Mối liên hệ mặt di truyền L monocytogenes phân lập từ thực phẩm 79 Hình 3-4 Kết sàng lọc mồi LAMP dựa khả khuếch đại DNA L monocytogenes 84 Hình 3-5 Ảnh hưởng nhiệt độ ủ nồng độ betain đến hiệu khuếch đại phản ứng LAMP 87 Hình 3-6 Ảnh hưởng thời gian ủ đến hiệu khuếch đại phản ứng LAMP 89 Hình 3-7 Độ bao trùm phản ứng LAMP với chủng L monocytogenes 89 Hình 3-8 Độ chọn lọc phản ứng LAMP với loài Listeria khác vi khuẩn thường nhiễm tạp thực phẩm 90 10 Hình 3-10 Phát sản phẩm LAMP phản ứng màu với HNB 91 Hình 3-11 So sánh độ nhạy phản ứng LAMP phát triển nghiên cứu với phương pháp LAMP phát L monocytogenes công bố 93 Hình 3-12 Ảnh hưởng nồng độ cao n m men đến sinh trưởng L monocytogenes môi trường BLEB (canh trường thuần) 97 Hình 3-13 Ảnh hưởng nồng độ pyruvat đến đến sinh trưởng L monocytogenes môi trường BLEB (canh trường thuần) 97 Hình 3-14 Ảnh hưởng nồng độ acriflavin axít nalidixic đến sinh trưởng L monocytogenes môi trường BLEB (canh trường thuần) 98 Hình 3-15 So sánh hiệu tách chiết DNA thể gen L monocytogenes từ canh trường quy trình sử dụng NaOH, Triton X100 sinh phẩm thương mại GeneJET Genomic DNA Purification Kit 104 Hình 3-16 So sánh hiệu tách chiết DNA thể gen L monocytogenes từ canh trường tăng sinh mẫu xúc xích sử dụng quy trình tách chiết NaOH, Triton X100, sinh phẩm thương mại GeneJET Genomic DNA Purification Kit quy trình tách chiết thông thường 105 Hình 3-17 So sánh hiệu tách chiết DNA thể gen L monocytogenes từ canh trường tăng sinh mẫu xúc xích sử dụng quy trình tách chiết đệm Glycine-Tris pH 8,3 Triton X 100 107 Hình 3-18 Ảnh hưởng thể tích mẫu canh trường tăng sinh sử dụng đến khả khuếch đại đoạn gen inlJ phản ứng LAMP 108 Hình 3-19 Ảnh hưởng thời gian tăng sinh mẫu đến khả phát L monocytogenes dựa kỹ thuật LAMP khuếch đại gen inlJ 110 Hình 3-20 Sơ đồ quy trình phát nhanh L monocytogenes phát triển nghiên cứu 111 Hình 3-21 Kết thử nghiệm quy trình phát nhanh L monocytogenes dựa kỹ thuật LAMP 113 Hình 3-22 Hình ảnh sinh phẩm LAMP-L’MONO 114 Hình 3-23 Sơ đồ qui trình sản xu t sinh phẩm LAMP-L’MONO phát nhanh L monocytogenes thực phẩm 116 11 DANH MỤC BẢNG Bảng 1-1 Đặc tính sinh hóa loài thuộc chi Listeria 17 Bảng 1-2 Các tổ hợp kháng nguyên bề mặt (O H) kiểu huyết Listeria 18 Bảng 1-3 Thống kê số vụ dịch listeriosis Mỹ khoảng thời gian từ 2011 đến 2015 23 Bảng 1-4 Ảnh hưởng số ch t nhiễm tạp đến phản ứng LAMP PCR 52 Bảng 1-5 Các ch t ức chế phản ứng PCR thường gặp số loại thực phẩm biện pháp loại bỏ 53 Bảng 2-1 Trình tự cặp mồi sử dụng phản ứng PCR khẳng định L monocytogenes 58 Bảng 2-2 Trình tự cặp mồi sử dụng phản ứng PCR khuếch đại đoạn gen giữ nhà 59 Bảng 3-1 Tổng hợp kết phát L monocytogenes mẫu thực phẩm Việt Nam khoảng thời gian từ 2011 đến 2015 67 Bảng 3-2 Tổng hợp kết phát L monocytogenes theo loại thực phẩm Việt Nam khoảng thời gian từ 2011 đến 2015 68 Bảng 3-3 Tính đa hình trình tự nucleotide gen gen abcZ, bglA, cat, dapE, dat, ldh lhkA từ chủng L monocytogenes phân lập 72 Bảng 3-4 Tổng hợp kiểu trình tự (ST), dòng phức hợp (CC) dòng giống (lineage) 48 chủng L monocytogenes phân lập từ thực phẩm 73 Bảng 3-5 Phân loại chủng L monocytogenes phân lập theo kiểu trình tự 76 Bảng 3-6 Kết so sánh trình tự gen inlJ chủng L monocytogenes EGD-e với trình tự gen L monocytogenes 82 Bảng 3-7 Trình tự mồi LAMP thiết kế để khuếch đại gen inlJ 83 Bảng 3-8 Kết kiểm tra điểm sai khác mồi LAMP với trình tự gen inlJ ngân hàng gen NCBI 86 12 33] Busch S V., Donnelly, C W (1992), "Development of a repair-enrichment broth for resuscitation of heat-injured Listeria monocytogenes and Listeria innocua", Appl Environ Microbiol 58 (1), pp 14-20 34] Cabedo L., Picart i Barrot, L., Teixido i Canelles, A (2008), "Prevalence of Listeria monocytogenes and Salmonella in ready-to-eat food in Catalonia, Spain", J Food Prot 71 (4), pp 855-859 35] Cai S., Kabuki, D.Y., Kuaye, A.Y., Cargioli, T.G., Chung, M.S., Nielsen, R., Wiedmann, M (2002), "Rational Design of DNA Sequence-Based Strategies for Subtyping Listeria monocytogenes", J Clin Microbiol 40 (9), pp 3319-3325 36] Cantinelli T., Chenal-Francisque, V., Diancourt, L., Frezal, L., Leclercq, A., Wirth, T., Le uit, M., Brisse, S (2 13), "Epidemi Clones” of Listeria monocytogenes Are Widespread and Ancient Clonal Groups", J Clin Microbiol 51 (11), pp 3770-3779 37] Carvalheira A E., C.; Silva, J.; Gibbs, P.; Teixeira, P (2010), "Influence of Listeria innocua on the growth of Listeria monocytogenes", Food Control 21 (11), pp 1492-1496 38] CDC (1998), Update: Multistate Outbreak of Listeriosis United States, 19981999, http://www.cdc.gov/mmwr/preview/mmwrhtml/00056169.htm 39] CDC (2013), "http://www.cdc.gov/pulsenet/pathogens/pfge.html" 40] CDC (2014), "CDC Foodborne Diseases Active Surveillance Network (FoodNet): FoodNet Surveillance Report for 2012 (Final Report).", Department of Health and Human Services 41] CDC (2015), 15/index.html http://www.cdc.gov/listeria/outbreaks/ice-cream-03- 42] Chandler D P., Brown, J., Bruckner-Lea ,C.J., Olson, L., Posakony, G.J., et al (2001), "Continuous spore disruption using radially focused, high-frequency ultrasound", Anal Chem 73, pp 3784-3789 43] Chau T T H., Campbell, J.I., Schultsz, C., Chau, N.V., Diep, T.S., Baker, S., Chinh, N.T., Farrar, J.J., van Doorn H.R (2010), "Three Adult Cases of Listeria monocytogenes Meningitis in Vietnam", PLoS Med (7), pp e1000306 44] Chen S., Wang, F., Beaulieu, J C., Stein, R E., Ge, B (2011), "Rapid detection of viable salmonellae in produce by coupling propidium monoazide with loopmediated isothermal amplification", Appl Environ Microbiol 77 (12), pp 40084016 45] Chen Y., Zhang, W and Knabel, S J (2007), "Multi-Virulence-Locus Sequence Typing Identifies Single Nucleotide Polymorphisms Which Differentiate 129 Epidemic Clones and Outbreak Strains of Listeria monocytogenes", J Clin Microbiol 25 (3), pp 835-846 46] Chenal-Francisque V., Lopez, J., Cantinelli, T., Caro, V., Tran, C., Leclercq, A., Lecuit, M., Brisse, S (2011), "Worldwide distribution of major clones of Listeria monocytogenes", Emerg Infect Dis 17 (6), pp 1110-1112 47] Cho A R., Dong, H.J., Seo, K.H and Cho, S (2014), "Development of a LoopMediated Isothermal Amplification Assay for Detecting Listeria monocytogenes prfA in Milk", Food Sci Biotechnol 23, pp 467-474 48] Choi W S., Hong, C.H (2003), " Rapid enumeration of Listeria monocytogenes in milk using competitive PCR", Int J Food Microbiol 84 (1), pp 79 – 85 49] Churchill RL L H., Hall JC (2006), "Detection of Listeria monocytogenes and the toxin listeriolysin O in food", J Microbiol Methods 64 (2), pp 141 – 170 50] Cooray K J., Nishibori, T., Xiong, H., Matsuyama, T., Fujita, M., Mitsuyama, M (1994), "Detection of multiple virulence-associated genes of Listeria monocytogenes by PCR in artificially contaminated milk samples", Appl Environ Microbiol 60 (8), pp 3023-3026 51] Corry J E L., Curtis, G.D.W., Baird, R.M ( 2003), Handbook of Culture Media for Food Microbiology, Vol 34, Progr Ind Microbiol 52] Crim S M., Iwamoto, M., Huang, J.Y., Griffin, P.M., Gilliss, D., et al (2014), "CDC Incidence and Trends of Infection with Pathogens Transmitted Commonly Through Food — Foodborne Diseases Active Surveillance Network, 10 U.S Sites, 2006–2013", Morbidity and Mortality Weekly Report 63 (15), pp 328-332 53] Curiale M S a L., C (1994), "Detection of Listeria monocytogenes in samples containing Listeria innocua", J Food Prot 57, pp 1048–1051 54] Darbouche A., Zechel, S., Chakraborty, T., Domann, E (2012), "Identification of a Beta-Glucosidase in Listeria monocytogenes EGD and Characterization of its Gene Product", J Acad (2), pp 77-98 55] Davidson A L., Dassa, E., Orelle, C., Chen, J (2008), "Structure, function, and evolution of bacterial ATP-binding cassette systems", Microbiol Mol Biol Rev 72 (2), pp 317-364 56] Denny J., McLauchlin, J (2008), "Surveillance and outbreak reports human Listeria monocytogenes infections in europe - an opportunity for improved european surveillance", Eurosurveillance 13 (13) 57] Di Pinto A., Novello, L., Montemurro, F., Bonerba, E., Tantillo, G (2010), "Occurrence of Listeria monocytogenes in ready-to-eat foods from supermarkets in Southern Italy", New Microbiol 33 (3), pp 249-252 130 58] Dissing J., Rudbeck, L and Marcher, H (1995), Five minutes procedure for extracttion of genomic DNA from whole blood, semen and forensic stains for PCR, 16 congress of the International society for forensic Haemogenetics, Springer - Verlag Berlin Heidelberg, Copenhagen, pp 269-270 59] Due Y a (1993), "Modelling the effect of temperature on the growth rate and lag time of Listeria innocua and Listeria monocytogenes", J Food Protect 56, pp 205-210 60] Dykes G A a W., K M (1999), "Sub-lethal damage of Listeria monocytogenes after long-term chilled storage at °C", Lett Appl Microbiol 28 (1), pp 45–48 61] Eckhart L., Bach, J., Ban, J., Tschachler, E (2000), "Melanin binds reversibly to thermostable DNA polymerase and inhibits its activity", Biochem Biophys Res Commun 271 (3), pp 726-730 62] EFSA (2012), "Scientific Opinion on a review on the EU Summary Reports on trends and sources zoonoses, zoonotic agents and food-borne outbreaks in 2009-2010 – specifically for the data on Salmonella, Campylobacter, E coli, L monocytogenes and foodborn outbreaks", EFSA Journal 10 (6) 63] Enright M C., Spratt, B G (1999), "Multilocus sequence typing", Trends Microbiol (12), pp 482-487 64] Eric B Fugett D S.-B., Nellie B Dumas, Joseph Corby, and Martin Wiedmann ( 2007), "Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) Analysis of Temporally Matched Listeria monocytogenes Isolates from Human Clinical Cases, Foods, Ruminant Farms, and Urban and Natural Environments Reveals SourceAssociated as Well as Widely Distributed PFGE Types", J Clin Microbiol 45 (3), pp 865–873 65] Ericsson H., Stålhandske, P., Danielsson-Tham, M.-L., Bannerman, E., Bille, J., Jacquet, C., Rocourt, J., Ursing, J., Tham, W (1996), " Division into five groups by REA of the most frequently isolated phagovar of Listeria monocytogenes in Sweden 1976-1985", Med Microbiol Lett 5, pp 145-155 66] Farber J M., Peterkin, P.I (1991), " Listeria monocytogenes, a food-borne pathogen", Microbiol Rev 55 (3), pp 476-511 67] Fratamico P M., Strobaugh, T.P (1998), "Simultaneous detection of Salmonella spp and Escherichia coli O157:H7 by multiplex PCR", J Ind Microbiol 21, pp 92 – 98 68] Furrer B., Candrian, U, Hoefelein, C & Luethy, J (1991), " Detection and identification of Listeria monocytogenes in cooked sausage products and in milk by in vitro amplification of haemolysin gene fragments", J Appl Bacteriol 70 (5), pp 372-379 131 69] Gahlawat S K., Ellis, A.E., Collet, B (2009), "A sensitive loop-mediated isothermal amplification (LAMP) method for detection of Renibacterium salmoninarum, causative agent of bacterial kidney disease in salmonids.", J Fish Dis 32 (6), pp 491-497 70] Gaillard J., Berche, P., Frehel, C., Gouin, E & Cossart, P (1991), "Entry of L monocytogenes into cells is mediated by internalin, a repeat protein reminiscent of surface antigens from Gram-positivecocci", Cell 65, pp 1127– 1141 71] Garvie E I (1980), "Bacterial lactate dehydrogenases", Microbiol Rev 44 (1), pp 106-139 72] Gasanov U., Hughes, D., Hansbro, P.M (2005), "Methods for the isolation and identification of Listeria spp.", FEMS Microbiology Reviews 29 (5), pp 851–875 73] Gaya P., Sanchez, J., Medina, M., Nuñez, M (1998), " Incidence of Listeria monocytogenes sand other Listeria species in raw milk produced in Spain", Food Microbiol 15, pp 551-555 74] Geissler M I., S.; Voisin, B.; Fauvel, C.; Boissinot, M.; Bergeron, M G.; Veres, T (2012), "Modular Ultrasonic Lysis System for Rapid Nucleic Acid Extraction and Sample Transfer of Bacillus Spores", J Bioterr Biodef (3), pp 119 75] George S M., Lund, B.M (1992), "The effect of culture medium and aeration on growth of Listeria monocytogenes at pH 4.5", Lett Appl Microbiol 15, pp 49– 52 76] Gerner-Smidt P., Weischer, M., Jensen, A., Fredriksen, W (1995), " Listeriosis in Denmark - results of a 10-year survey In XII International Symposium on Problems of Listeriosis", Promaco Conventions Pty Ltd., pp 472 77] Gillner D., Armoush, N., Holz, R C., Becker, D P (2009), "Inhibitors of bacterial N-succinyl-L,L-diaminopimelic acid desuccinylase (DapE) and demonstration of in vitro antimicrobial activity", Bioorg Med Chem Lett 19 (22), pp 63506352 78] Goldman E., Green, L H (2008), Practical Handbook of Microbiology, Second Edition, CRC Press 79] Goto M., Honda, E., Ogura, A., Nomoto, A., Hanaki, K (2009), "Colorimetric detection of loopmediated mediated isothermal amplification reaction by using hydroxy naphthol blue", BioTechniques 46 (3), pp 167-172 80] Graves L M., Swaminathan, B., Reeves, M W., Hunter, S B., Weaver, R E., Plikaytis, B D., Schuchat, A (1994), "Comparison of ribotyping and multilocus enzyme electrophoresis for subtyping of Listeria monocytogenes isolates", J Clin Microbiol 32 (12), pp 2936-2943 132 81] Guerra M M., Mclauchlin, J.M., Bernardo, F.A (2001), " Listeria in ready to eat unprocessed foods produced in Portugal", Food Microbiol 18, pp 423-429 82] Henke W., Herdel, K., Jung, K., Schnorr, D., Loening, S.A (1997), "Betaine improves the PCR amplification of GC-rich DNA sequences", Nucleic Acids Res 25 (19), pp 3957–3958 83] http://bigsdb.web.pasteur.fr/listeria/listeria.html 84] http://www.fda.gov/downloads/Food/GuidanceRegulation/UCM252447.pdf 85] https://microbewiki.kenyon.edu/index.php/Listeria_Monocytogenes:_ A_Pathological_Perspective 86] https://www.cspinet.org/foodsafety/listeria.html 87] Hunter P R., Gaston, M A (1988), "Numerical index of the discriminatory ability of typing systems: an application of Simpson's index of diversity", J Clin Microbiol 26 (11), pp 2465-2466 88] Huong D T T R., Sudip K (2007), "Immobilization with metal hydroxides as a mean to concentrate food pathogens for increasing sensitivity of PCR based detection method", Tạp chí Công nghệ Sinh học (4), pp 437-445 89] "ISO 11290-1:1996 Microbiology of food and animal feeding stuffs -Horizontal method for the detection and enumeration of Listeria monocytogenes Part 1: Detection method" 90] Janzten M M., Navas, J., Corujo, A., Moreno, R., López, V and Martínez-Suárez, J V (2006), "Review Specific detection of Listeria monocytogenes in foods using commercial methods: from chromogenic media to real-time PCR", Span J Agric Res (3), pp 235-247 91] Kaneko H., Kawana, T., Fukushima, E., Suzutani, T (2007), "Tolerance of loopmediated isothermal amplification to a culture medium and biological substances", J Biochem Biophys Methods, pp 499–501 92] K rpíškov| T G R (2 9), "O urren e nd Ch r teristi s of Listeria monocytogenes in Ready-to-eat Food from Retail Market in the Czech Republic", Czech J Food Sci 27 (2), pp S2-3–S2-7 93] Katcher H L a S., I (1994), " A distinctive property of Tth DNA polymerase: enzym ti mplifi tion in the presen e of phenol", BioTechniques 16, pp 84– 92 94] Kathariou S (2002), "Listeria monocytogenes virulence and pathogenicity, a food safety perspective", J Food Prot 65 (11), pp 1811-1829 133 95] Kathariou S (2003), "Foodborne outbreaks of listeriosis and epidemicassociated lineages of Listeria monocytogenes", Microbial food safety in animal agriculture, Iowa State University Press, Ames, IA 96] Keto-Timonen R O., Autio, T J & Korkeala, H J (2003), "An improved mplified fr gment length polymorphism ( FLP) proto ol for dis rimin tion of Listeria isolates", Syst Appl Microbiol 26, pp pp 236–244 97] Kim S.-H., Park, M.-K., Kim, J.-Y., Chuong, P.D., Lee, Y.-S., Yoon, B.-S., Hwang, K.K., Lim, Y.-K (2005), "Development of a sandwich ELISA for the detection of Listeria spp using specific flagella antibodies", J Vet Sci 6, pp 41 - 46 98] Kobayashi H., Miyamoto, T., Hashimoto, Y., Kiriki, M., Motomatsu, A., Honjoh, K., Iio, M (2005), "Identification of factors involved in recovery of heat-injured Salmonella Enteritidis", J Food Prot 68 (5), pp 932-941 99] Köhler S., Leimeister-Wächter, M., Chakraborty, T., Lottspeich, F., Goebel, W (1990), " The gene coding for protein p60 of Listeria monocytogenes and its use as a specific probe for Listeria monocytogenes ", Infect Immun 58, pp 1943– 1950 100] Kuboki N., Inoue, N., Sakurai, T., Di Cello, F., Grab, D.J., Suzuki, H., Sugimoto, C., Igarashi, I (2003), "Loop-mediated isothermal amplification for detection of African trypanosomes", J Clin Microbiol 41 (12), pp 5517-5524 101] Laksanalamai P., Joseph, L A., Silk, B J., Burall, L S., L Tarr C, Gerner-Smidt, P., Datta, A R (2012), "Genomic characterization of Listeria monocytogenes strains involved in a multistate listeriosis outbreak associated with cantaloupe in US", Plos one (7), pp e42448 102] Lampidis R G R., Sokolovic Z., Goebel W., Kreft J (1994), "The virulence regulator protein of Listeria ivanovii is highly homologous to PrfA from Listeria monocytogenes and both belong to the CrpFnr family of transcription regulators", Mol Microbiol 13, pp 141-151 103] Le Quang Hoa P T T., Hoang Lan Phuong, Nguyen Le Thu Ha, To Kim Anh and Nguyen Thi Khanh Tram (2011), Rapid and on-site detection of hepatitis A virus in bivalve molluscs by combining immunomagnetic separation and RTLAMP, 3rd SEEDNet conference on Biotechnology “Towards to the Biotechnology industry in the region”, Hanoi 104] Lefimil C., Lozano, C., Morales-Bozo, I., Plaza, A., Maturana, C., Urzua, B (2013), "DNA from oral bacteria by sodium hydroxide-paper method suitable for polymerase chain reaction", Anal Biochem 433 (2), pp 129-131 105] Lei Shi F W., Yiming Wen, Fang Zhao, Junjian Xiang, Lan Ma (2015), "A novel method to detect Listeria monocytogenes via superparamagnetic lateral flow immunoassay", Anal Bioanal Chem 407 (2), pp pp 529-535 134 106] Liamkaew R., Kosonpisita, S., Supanivatina, P., Saeteawa, N., Thipayarat, A (2012), "Effect of selective enrichment media on selectivity and isolation of Listeria from non-Listeria strains in suspended cell culture", Procedia Engineering 32, pp 119 – 125 107] Little C L., Sagoo, S K., Gillespie, I A., Grant, K., McLauchlin, J (2009), "Prevalence and level of Listeria monocytogenes and other Listeria species in selected retail ready-to-eat foods in the United Kingdom", J Food Prot 72 (9), pp 1869-1877 108] Liu D (2006), "Identification, subtyping and virulence determination of Listeria monocytogenes, an important foodborne pathogen", J Med Microbiol 55 (Pt 6), pp 645-659 109] Liu D (2008), Handbook of Listeria monocytogenes, CRC Press 110] Liu S., Graham, J E., Bigelow, L., Morse, P D., & Wilkinson, B J (2002), "Identification of Listeria monocytogenes Genes Expressed in Response to Growth at Low Temperature", Appl Environ Microbiol 68 (4), pp 1697–1705 111] Liu Y., Ceruso, M., Gunther, N W., Pepe, T., Cortesi, M L and Fratamico, P (2012), "Construction of Listeria monocytogenes Mutants with In-Frame Deletions in Putative ATP-Binding Cassette (ABC) Transporters and Analysis of Their Growth under Stress Conditions", J Food Sci (7), pp 141-146 112] Lomonaco S V B., Gerner-Smidt P, Tarr C, Gladney L, Joseph L, et al (2013), "Novel Epidemic Clones of Listeria monocytogenes, United States, 2011", Emerg Infect Dis 19 (1), pp 147-150 113] Loncarevic S et al (1995), "Occurrence of Listeria monocytogenes in soft and semi-soft cheeses in retail outlets in Sweden", Int J Food Microbiol 26 (2), pp 245-250 114] Loncarevic S., Tham, W., Danielsson-Tham, M.-L (1998), "Changes in serogroup distribution among Listeria monocytogenes human isolates in Sweden In XIII International Symposium on Problems of Listeriosis", p 20 Halifax, Nova Scotia, Canada 115] Low J C., Donachie, W (1997), "A review of Listeria monocytogenes and Listeriosis", Vet J 153 (1), pp 9-29 116] Lucas Stelling C R et al (2010), "Complementation of Listeria monocytogenes Null Mutants with Selected Listeria seeligeri Virulence Genes Suggests Functional Adaptation of Hly and PrfA and Considerable Diversification of prfA Regulation in L seeligeri", Appl Environ Microbiol 76 (15), pp 5124-5139 117] Maiden M C., Bygraves, J.A., Feil, E., Morelli G., Russell, J.E., Urwin, R., et al (1998), " Multilocus sequence typing: a portable approach to the identification 135 of clones within populations of pathogenic microorganisms", Proc Natl Acad Sci U S A 95 (6), pp 3140-3145 118] Marentis T C., Kusler, B., Yaralioglu, G G., Liu, S., Haeggstrom, E O., KhuriYakub, B T (2005), "Microfluidic sonicator for real-time disruption of eukaryotic cells and bacterial spores for DNA analysis", Ultrasound Med Biol 31 (9), pp 1265-1277 119] Marie-Laure Sorin S F., Sandrine Poumerol and Patrice Arbault (2000.), Listeria monocytogenes detection in food using an ELISA-based method, Atlanta, USA 120] Marie Ragon T W., Florian Hollandt, Rachel Lavenir, Marc Lecuit, Alban Le Monnier , Sylvain Brisse (2008), "A New Perspective on Listeria monocytogenes Evolution", PLoS Pathogens (9) 121] Mark C Enright B G S., Awdhesh Kalia, John H Cross, and Debra E Bessen ( 2001), "Multilocus Sequence Typing of Streptococcus pyogenes and the Relationships between emm Type and Clone", Infect Immun 69 (4), pp 2416– 2427 122] Martin B., Perich, A., Gomez, D., Yanguela, J., Rodriguez, A., Garriga, M., Aymerich, T (2014), "Diversity and distribution of Listeria monocytogenes in meat processing plants", Food Microbiol 44, pp 119-127 123] McDonald F a (1994 ), " Important diferences between generation times of Listeria monocytogenes and Listeria innocua.", J Dairy Res 61, pp 433-463 124] McKellar R C., Moir, R., Kalab, M (1994 ), "Factors influencing the survival and growth of Listeria monocytogenes on the surface of Canadian retail wieners", J Food Prot 57, pp 387–392 125] McLauchlin J (1990), "Distribution of serovars of Listeria monocytogenes isolated from different categories of patients with listeriosis European ", J Eur J Clin Microbiol Infect 9, pp 210-213 126] McLauchlin J., Newton, L (1995), " Human listeriosis in England, Wales and Northern Ireland: a changing pattern of infection In XII International Symposium on Problems of Listeriosis", Promaco Conventions Pty Ltd., Perth, Western Australia, Australia., pp 177-181 127] Mongkolsuk S., Helmann, J.D (2002), "Regulation of inducible peroxide stress responses.", Mol Microbiol 45 (1), pp 9-15 128] Morono Y., Terada, T., Hoshino, T., Inagaki, F (2014), "Hot-Alkaline DNA Extraction Method for Deep-Subseafloor Archaeal Communities", Appl Environ Microbiol 80 (6), pp 1985-1994 129] Newell T M W a D G (2000), "Genotyping of Campylobacter spp.", Appl Environ Microbiol 66 (1), pp 1-9 136 130] Nishibori T., Cooray, K., Xiong, H., Kawamura, I., Fujita, M., Mitsuyama, M (1995), "Correlation between the presence of virulence-associated genes as determined by PCR and actual virulence to mice in various strains of Listeria spp.", Microbiol Immunol 39 (5), pp 343-349 131] Notomi T., Okayama, H., Masubuchi, H., Yonekawa, T., Watanabe, K., Amino, N., Hase, T (2000), "Loop-mediated isothermal amplification of DNA", Nucleic Acids Res 28 (12), pp E63 132] O'Grady J., Ruttledge, M., Sedano-Balbas, S., Smith, T J., Barry, T., & Maher, M (2009), "Rapid detection of Listeria monocytogenes in food using culture enrichment combined with real-time PCR", Food Microbiol 26 (1), pp 4-7 133] O’Connor L (2 3), "Dete tion of Listeria monocytogenes using a PCR/DNA probe assay", Methods Mol Biol 216, pp 185 – 192 134] Opel K L., Chung, D and McCord, B.R (2010), "A study of PCR inhibition mechanisms using real time PCR", J Forensic Sci 55, pp 25–33 135] Oravcova K., Kuchta, T., & Kaclikova, E (2007), "A novel real-time PCR-based method for the detection of Listeria monocytogenes in food", Lett Appl Microbiol 45 (5), pp 568-573 136] Oravcova K., Trncikova, T., Kuchta, T., Kaclikova, E (2008), "Limitation in the detection of Listeria monocytogenes in food in the presence of competing Listeria innocua", J Appl Microbiol 104 (2), pp 429-437 137] Palumbo J D., Borucki, M K., Mandrell, R E., Gorski, L (2003), "Serotyping of Listeria monocytogenes by enzyme-linked immunosorbent assay and identification of mixed-serotype cultures by colony immunoblotting", J Clin Microbiol 41 (2), pp 564-571 138] Paoli G., Kleina, L.G., Brewster, J.D ( 2007), "Development of Listeria monocytogenes-specific immunomagnetic beads using a single-chain antibody fragment", Foodborne Pathog Dis 4, pp 74-83 139] Parisi A., Latorre, L., Normanno, G., Miccolupo, A., Fraccalvieri, R., Lorusso, V., Santagada, G (2010), "Amplified Fragment Length Polymorphism and MultiLocus Sequence Typing for high-resolution genotyping of Listeria monocytogenes from foods and the environment", Food Microbiol 27 (1), pp 101-108 140] Patel A., Robinson, P D., Batt, R K (2000), Encyclopedia of Food Microbiology, Academic Press, San Diego CA 141] Paterson G K., Cone, D.B., Peters, S.E., Maskell, D.J (2009 ), "The enzyme phosphoglucomutase (Pgm) is required by Salmonella enterica serovar Typhimurium for O-antigen production, resistance to antimicrobial peptides and in vivo fitness", Microbiology 155 (10), pp 3403-3410 137 142] Peisach D., Chipman, D M., Van Ophem, P W., Manning, J M., Ringe, D (1998), "Crystallographic study of steps along the reaction pathway of D-amino acid aminotransferase", Biochemistry 37 (14), pp 4958-4967 143] Peist R H (2001), " PCR inhibitors in plant DNA preparations", QIAGEN News 3, pp 7-9 144] Petran R a (1993), "Simultaneous growth of Listeria monocytogenes and Listeria innocua", J Food Protect 56, pp 616-618 145] Piffaretti J C., Kressebuch, H., Aeschbacher, M., Bille, J., Bannerman, E., Musser, J M., Selander, R K., Rocourt, J (1989), "Genetic characterization of clones of the bacterium Listeria monocytogenes causing epidemic disease", Proc Natl Acad Sci U S A 86 (10), pp 3818-3822 146] Ponniah J R., T.; Paie, M S.; Radu, S.; Farinazleen Mohammad Ghazali; Kqueen, C Y.; Nishibuchi, M.; Nakaguchi, Y.; Malakar, P K (2010 ), "Listeria monocytogenes in raw salad vegetables sold at retail level in Malaysia", Food Control 21 (5), pp 774–778 147] Powell H A., Gooding, C.M., Garrett, S.D., Lund, B.M and McKee, R.A (1994), " Protease inhibition of the detection of Listeria monocytogenes in milk using the polymerase chain reaction", Lett Appl Microbiol 18, pp 59–61 148] Pusztahelyi T., Szabó, J., Dombrádi, Z., Kovács, S., Pócsi, I (2016), "Foodborne Listeria monocytogenes: A Real Challenge in Quality Control", Scientifica (Cairo) 149] Radstrom P., Knutsson, R., Wolffs, P., Lovenklev, M and Lofstrom, C (2004), "Pre-PCR processing: strategies to generate PCR-compatible samples", Mol Biotechnol 26 (2), pp 133-146 150] Ranjbar R., Karami, A., Farshad, S., Giammanco, G.M., Mammina, C (2014), "Typing methods used in the molecular epidemiology of microbial pathogens: a how-to guide.", New Microbiol 37 (1), pp 1-15 151] Rantakokko-Jalava K., Jalava, J (2002), "Optimal DNA isolation method for detection of bacteria in clinical specimens by broad-range PCR", J Clin Microbiol 40 (11), pp 4211-4217 152] Rattanachaikunsopon P., & Phumkhachorn, P (2012), "Identification of viable Listeria species based on reverse transcription-multiplex PCR (RT-MPCR) and restriction digestion", Biosci Biotechnol Biochem 76 (6), pp 1189-1194 153] Rawool D B., Malik, S V S., Barbuddhe, S B., Shakuntala, I and Aurora, R (2007), "A Multiplex PCR for Detection of Virulence Associated Genes in Listeria monocytogenes", Int J Food Safety 9, pp 56-62 138 154] Rees W A., Yager, T.D., Korte, J., von Hippel, P.H (1993), "Betaine can eliminate the base pair composition dependence of DNA melting", Biochemistry 32, pp 137– 144 155] Rip D., & Gouws, P.A (2009), "Development of an internal amplification control using multiplex PCR for the detection of Listeria monocytogenes in food products.", Food Anal Methods (3), pp 190-196 156] Rip belli G., M L u hin, J & Threlf ll, E J (2 ), " mplified fr gment length polymorphism (AFLP) analysis of L monocytogenes", Syst Appl Microbiol 23, pp pp 132–136 157] Robinson R K (2000), Encyclopedia of Food Microbiology, Academic Press, San Diego, CA 158] Rossen L., Norskov, P., Holmstrom, K., Rasmussen, O F (1992), "Inhibition of PCR by components of food samples, microbial diagnostic assays and DNAextraction solutions", Int J Food Microbiol 17 (1), pp 37-45 159] Rossmanith P., Krassnig, M., Wagner, M., & Hein, I (2006), "Detection of Listeria monocytogenes in food 838 using a combined enrichment/real-time PCR method targeting the prfA gene", Res Microbiol 157 (8), pp 763-771 160] Roussel S., Michelon, D , Lombard, B., Lailler, R (2014), "Molecular typing of Listeria monocytogenes strains isolated from food, feed and animals: state of play and standard operating procedures for pulsed field gel electrophoresis (PFGE) typing, profile interpretation and curation", pp http://www.efsa.europa.eu/sites/default/files/scientific_output/files/main_d ocuments/702e.pdf 161] Ruiz-Rueda O et al (2011), "Multiplex Real-time PCR for the Simultaneous Detection of Salmonella spp and Listeria monocytogenes in Food Samples", Food Anal Methods (2), pp 131-138 162] Rutherford S T., Bassler, B.L (2012), "Bacterial Quorum Sensing: Its Role in Virulence and Possibilities for Its Control", Cold Spring Harb Perspect Med (11) 163] Ryser E T., Marth, E.H (1999), Listeria, Listeriosis, and Food Safety, Marcel Dekker, New York 164] Sabat A J., Budimir, A., Nashev, D., Sa-Leao, R., van Dijl, Jm, Laurent, F., Grundmann, H., Friedrich, A W (2013), "Overview of molecular typing methods for outbreak detection and epidemiological surveillance", Euro Surveill 18 (4), pp 20380 165] Sabet C., Lecuit, M., Cabanes, D., Cossart, P., Bierne, H (2005), "LPXTG Protein InlJ, a newly Identified Internalin Involved in Listeria monocytogenes Virulence", Infect Immun 73 (10), pp 6912–6922 139 166] Sabet C., Toledo-Arana, A., Personnic, N., Lecuit, M., Dubrac, S., et al (2008 ), "The Listeria monocytogenes Virulence Factor InlJ Is Specifically Expressed In Vivo and Behaves as an Adhesin", Infect Immun 76 (4), pp 1368-1378 167] Saiki R K., Gelfand, D.H., Stoffel, S., Scharf, S.J., Higuchi, R., Horn, G.T., Mullis, K.B., Erlich, H.A (1998), "Primer-directed enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA polymerase ", Science 239 (4839), pp 487–491 168] Salcedo C., Arreaza, L., Alcala, B., de la Fuente, L., Vazquez, J A (2003), "Development of a multilocus sequence typing method for analysis of Listeria monocytogenes clones", J Clin Microbiol 41 (2), pp 757-762 169] Saulnier P., Andremont, A (1992), "Detection of genes in feces by booster polymerase chain reaction", J Clin Microbiol 30 (8), pp 2080-2083 170] Scallan E., Griffin, P M., Angulo, F J., Tauxe, R V., Hoekstra, R M (2011), "Foodborne illness acquired in the United States unspecified agents", Emerg Infect Dis 17 (1), pp 16-22 171] Scheu P., Gasch, A., Berghof, K (1999), "Rapid detection of Listeria monocytogenes by PCR-ELISA", Lett Appl Microbiol 29 (6), pp 416-420 172] Schmidt U (1995), "Sliced, vacuum-packed frankfurter-type sausage — technological measures to inhibit the growth of listeriae", Fleischwirtsch 75, pp 804–807 173] Schmitz-Esser S et al (2015), "Genomes of sequence type 121 Listeria monocytogenes strains harbor highly conserved plasmids and prophages", Front Microbiol 6, pp 380 174] Schuchat A., Swaminathan, B., Broome, C V (1991), "Epidemiology of human listeriosis", Clin Microbiol Rev (2), pp 169-183 175] Schwartz B., Hexter, D., Broome, C V., Hightower, A W., Hirschhorn, R B et al (1989), "Investigation of an outbreak of listeriosis: new hypotheses for the etiology of epidemic Listeria monocytogenes infections", J Infect Dis 159 (4), pp 680-685 176] Shakuntala I., Malik, S V., Barbuddhe, S B., Rawool, D B (2006), "Isolation of Listeria monocytogenes from buffaloes with reproductive disorders and its confirmation by polymerase chain reaction", Vet Microbiol 117 (2-4), pp 229234 177] Shamloo E., Jalali, M., Mirlohi, M., Madani, G., Metcalf, D., Merasi, M.R (2015), "Prevalence of Listeria species in raw milk and traditional dairy products in Isfahan, Iran", Int J Env Health Eng (1) 178] Shan X., Zhang, Y., Zhang, Z., Chen, M., Su, Y et al (2012), "Rapid detection of food-borne Listeria monocytogenes by real-time quantitative loop-mediated isothermal amplification", Food Sci Biotechnol 21 (1), pp 101-106 140 179] Sleator R D F., G A., O'Beirne, D., Gahan, C G., Hill, C (2003), "Betaine and carnitine uptake systems in Listeria monocytogenes affect growth and survival in foods and during infection", J Appl Microbiol 95 (4), pp 839-846 180] Sullivan C., Diggle, MA, Clarke, SC (2005), "Multilocus sequence typing", Mol Biotechnol 29 (3), pp 245-254 181] Sutlovic D., Gamulin, S., Definis-Gojanovic, M., Gugic, D., Andjelinovic, S (2008), "Interaction of humic acids with human DNA: proposed mechanisms and kinetics", Electrophoresis 29 (7), pp 1467-1472 182] Taner N., "http://www.neb-online.de/wpcontent/uploads/2015/04/NEB_isothermal_amp.pdf" 183] Tang M J., Zhou, S., Zhang, X Y., Pu, J H., Ge, Q L et al (2011), "Rapid and sensitive detection of Listeria monocytogenes by loop-mediated isothermal amplification", Curr Microbiol 63 (6), pp 511-516 184] Tanizawa K., Masu, Y., Asano, S., Tanaka, H., Soda, K (1989), "Thermostable Damino acid aminotransferase from a thermophilic Bacillus species Purification, characterization, and active site sequence determination", J Biol Chem 264 (5), pp 2445-2449 185] Teare J M., Islam, R , Flanagan, R , Gallagher, S , Davies, M.G and Grabau, C (1997), "Measurement of Nucleic Acid Concentrations Using the DyNA Quant and the GeneQuant", BioTechniques 22, pp 1170-1174 186] Thekisoe O M., Bazie, R.S., Coronel-Servian, A.M., Sugimoto, C., Kawazu, S., Inoue, N (2009), "Stability of Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP) Reagents and its Amplification Efficiency on Crude Trypanosome DNA Templates", J Vet Med Sci 71 (4), pp 471-475 187] Tomita N., Mori, Y., Kanda, H., Notomi, T (2008), "Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) of gene sequences and simple visual detection of products", Nat Protoc (5), pp 877-882 188] Van Tongeren S P., Degener, J.E., Harmsen, H.J (2011), "Comparison of three rapid and easy bacterial DNA extraction methods for use with quantitative real-time PCR", Eur J Clin Microbiol Infect Dis 30 (9), pp 1053–1061 189] Vasconcelos J A., Deneer, H G (1994), "Expression of Superoxide Dismutase in Listeria monocytogenes", Appl Environ Microbiol 60 (7), pp 2360–2366 190] Vergnaud G., Pourcel, C (2006), Molecular Identification, Systematics, and Population Structure of Prokaryotes, Springer Berlin Heidelberg, Berlin 191] Vingataramin L., Frost, E H (2015), "A single protocol for extraction of gDNA from bacteria and yeast", BioTechniques 58 (3), pp pp 120–125 141 192] Wang D., Huo, Guicheng, Ren, Daxi, Li, Yonggang (2010), "Development and Evaluation of a Loop-Mediated Isothermal Amplification (Lamp) Method for Detecting Listeria monocytogenes in Raw Milk", J Food Safety 30 (2), pp 251262 193] Wang D G., Brewster, J D., Paul, M., Tomasula, P M (2015), "Two methods for increased specificity and sensitivity in loop-mediated isothermal amplification", Molecules 20 (4), pp 6048-6059 194] Wang L., Li, Y., Chu, J., Xu, Z., Zhong, Q (2012), "Development and application of a simple loop-mediated isothermal amplification method on rapid detection of Listeria monocytogenes strains", Mol Biol Rep 39 (1), pp 445-449 195] Wang X L., Geng, F Z., Zhang, X Z., Wang, Y., Ma, X Y., Su, X D., Tan, J X And Zhang, W (2011), "A loop mediated isothermal amplification assay for rapid detection of Listeria monocytogenes", J Food Safety 31, pp 546–552 196] Wang Y., Jiao, Y., Lan, R., Xu, X., Liu, G., et al (2015), "Characterization of Listeria monocytogenes isolated from human Listeriosis cases in China", Emerg Microbes Infect (8) 197] Wang Y., Zhao, A., Zhu, R., Lan, R., Jin, D., et al (2012), "Genetic diversity and molecular typing of Listeria monocytogenes in China", BMC Microbiology 12 (119) 198] Ward T J., Usgaard, T., Evans, P (2010), "A targeted multilocus genotyping assay for lineage, serogroup, and epidemic clone typing of Listeria monocytogenes", Appl Environ Microbiol 76 (19), pp 6680-6684 199] Wei T., Lu, G., Clover, G (2008), "Novel approaches to mitigate primer interaction and eliminate inhibitors in multiplex PCR, demonstrated using an assay for detection of three strawberry viruses", J Virol Methods 151 (1), pp 132-139 200] Wiedmann M., Bruce, J L., Knorr, R., Bodis, M., Cole, E M.,McDowell, C I., McDonough, P L & Batt, C A (1996), "Ribotype diversity of Listeria monocytogenes strains associated with outbreaks of listeriosis in ruminants", J Clin Microbiol 34 (5), pp 1086-1090 201] Wilson I G (1997), "Inhibition and facilitation of nucleic acid amplification", Appl Environ Microbiol 63 (10), pp 3741-3751 202] Wu R., Liu, X., Guo, B., Chen, F., Wang, X et al (2014), "Development of double loop-mediated isothermal amplification to detect Listeria monocytogenes in food", Curr Microbiol 69 (6), pp 839-845 203] Wu S., Wu, Q., Zhang, J., Chen, M., Yan, Z.A., Hu, H (2015), "Listeria monocytogenes Prevalence and Characteristics in Retail Raw Foods in China", Plos one 10 (8) 142 204] Yang B Y., Liu, X L., Wei, Y M., Wang, J Q., He, X Q., Jin, Y., Wang, Z J (2014), "Rapid and sensitive detection of human astrovirus in water samples by loopmediated isothermal amplification with hydroxynaphthol blue dye", BMC Microbiol 14, pp 38 205] Yde M., Naranjo, M., Mattheus, W., Stragier, P., Pochet, B et al (2012), "Usefulness of the European Epidemic Intelligence Information System in the management of an outbreak of listeriosis, Belgium, 2011", Euro Surveill 17 (38) 206] Yeh H Y., Shoemaker, C.A., Klesius, P.H (2005), " Evaluation of a loop-mediated isothemal amplification method for rapid detection of chanel catfish Ictalurus punctatus important bacterial pathogen Edwardsiella ictaluri", J Microbiol Methods 63 (1), pp 36-44 207] Zhang W et al (2004), "Multi-virulence-locus sequence typing of Listeria monocytogenes", Appl Environ Microbiol 70 (2), pp 913-920 208] Zhu X., Long, F., Chen, Y., Knochel, S., She, Q., Shi, X (2008), "A putative ABC transporter is involved in negative regulation of biofilm formation by Listeria monocytogenes", Appl Environ Microbiol 74 (24), pp 7675-7683 143 [...]... g, ml) 1.2 Dịch tễ học phân tử của L monocytogenes Dịch tễ học phân tử là lĩnh vực nghiên cứu có sự kết hợp giữa sinh học phân tử, thống kê và dịch tễ Dịch tễ học phân tử xác định đặc điểm của các gen ở mức độ phân tử và xác định phân bố của các kiểu gen trong quần thể Từ đó mô tả mối tƣơng quan giữa các kiểu gen và khả năng gây bệnh, gây dịch của các chủng nghiên cứu Dịch tễ học phân tử L monocytogenes. .. đặc điểm dịch tễ học phân tử của chủng phân lập được trong một số thực phẩm có nguy cơ cao trên thị trường Việt Nam” Luận án này tập trung vào hai mục tiêu chính sau:   Phân tích đƣợc đặc điểm dịch tễ học phân tử của các chủng L monocytogenes phân lập đƣợc từ các loại thực phẩm có nguy cơ cao tại Việt Nam Xây dựng đƣợc một bộ sinh phẩm phát hiện nhanh L monocytogenes trong các loại thực phẩm ăn liền... cứu về phƣơng pháp PCR và que thử sắc ký miễn dịch nhằm phát hiện vi khuẩn này, tuy nhiên thời gian phân tích còn dài hoặc yêu cầu cao về trang thiết bị hóa chất nên chƣa đáp ứng đƣợc nhu cầu phân tích phát hiện trong thực tế sản xuất Trong khuôn khổ của luận án này, chúng tôi nghiên cứu đề tài có tên là Nghiên cứu chế tạo bộ sinh phẩm phát hiện nhanh Listeria monocytogenes và phân tích đặc điểm dịch. .. Trong nghiên cứu này đối tƣợng nghiên cứu là L monocytogenes Phạm vi nghiên cứu tập trung phát triển phƣơng pháp phân tích phát hiện nhanh L monocytogenes trong thực phẩm dựa trên kỹ thuật LAMP Qui trình phân tích cần tối ƣu sao cho đơn giản, chính xác, tiện lợi và nhanh nhất, góp phần kiểm soát chất lƣợng an toàn vệ sinh thực phẩm Bên cạnh đó việc nghiên cứu dịch tễ học các chủng L monocytogenes phân lập. .. về dịch tễ học phân tử của L monocytogenes phân lập từ thực phẩm Việt Nam Là công trình đầu tiên sử dụng gen inlJ làm gen đích trong phát triển kỹ thuật LAMP cho phát hiện L monocytogenes, giúp nâng cao tính đặc hiệu của phép phân tích 15 1 CHƯƠNG I TỔNG QUAN 1.1 Listeria monocytogenes Vi khuẩn L monocytogenes đƣợc Murray mô tả lần đầu tiên vào năm 1926 sau khi phân lập từ những con thỏ non bị chết... bệnh và gây bùng phát dịch rất lớn, bên cạnh đó cũng có những kiểu huyết thanh hầu nhƣ không có khả năng gây bệnh và gây dịch Cho đến thời điểm này chƣa có công bố nào về dịch tễ học phân tử các chủng L monocytogenes phân lập từ thực phẩm tại Việt Nam Khả năng gây bệnh và gây dịch của L monocytogenes nhiễm trong các thực phẩm tại Việt Nam vẫn là một ẩn số Phƣơng pháp ISO 11290-1:1996 phát hiện L monocytogenes. .. thanh 1/2a và 1/2b [101] 1.2.4 Các phƣơng pháp phân loại sử dụng trong nghiên cứu dịch tễ học phân tử Để nghiên cứu dịch tễ học, cần sử dụng các phƣơng pháp phân loại dƣới loài vi sinh vật Phƣơng pháp phân loại hữu dụng là phƣơng pháp có khả năng phân biệt các dòng gây bệnh, gây dịch, các dòng có khả năng gây bệnh, gây dịch kém hơn hoặc không có khả năng gây bệnh, gây dịch Ngoài độ phân biệt của phƣơng... phẩm, nhà máy thực phẩm, môi trƣờng và nông trại Trong khi đó dòng giống III và dòng giống IV thƣờng bao gồm kiểu huyết thanh 4a và 4c [80]; [30] Đây là những dòng rất ít khi gặp trên ngƣời hoặc thực phẩm mà chủ yếu phân lập đƣợc từ động vật và ít đƣợc nghiên cứu [198]; [17] 1.2.2 Đặc điểm dịch tễ các dòng phức hợp (CC) L monocytogenes Để nghiên cứu dịch tễ học, L monocytogenes đƣợc phân loại chi tiết... sản phẩm nhƣ vậy thƣờng đƣợc bảo quản lạnh trƣớc khi sử dụng Vì vậy, các sản phẩm thực phẩm loại này có thể có nguy cơ nhiễm L monocytogenes cao Rất nhiều các vụ ngộ độc và triệu hồi sản phẩm do thực phẩm nhiễm L monocytogenes trên khắp thế giới đã đƣợc thông báo Các nghiên cứu về dịch tễ học phân tử các chủng L monocytogenes phân lập đƣợc từ các vụ dịch lớn trên thế giới cho thấy, có những chủng L monocytogenes. .. định sự liên quan của chủng nghiên cứu với các chủng đã công bố trên đó [164] Nhƣợc điểm lớn nhất của MLST là giá thành phƣơng pháp tƣơng đối cao Tuy nhiên với chi phí dịch vụ giải trình tự đang giảm dần thì phƣơng pháp này hứa hẹn là phƣơng pháp hữu hiệu và thích hợp cho nghiên cứu dịch tễ học phân tử L monocytogenes Nghiên cứu của Wei Zhang và cộng sự cho thấy độ phân loại của MVLST cao hơn so với