phân lập vi khuẩn nội sinh trong cây diệp hạ châu (phyllanthus amarus l.) mọc hoang tại tỉnh sóc trăng

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ VIỆN NGHIÊN CỨU VÀ PHÁT TRIỂN CÔNG NGHỆ SINH HỌC - - -   - - - LUẬN VĂN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC CHUYÊN NGÀNH VI SINH VẬT HỌC PHÂN LẬP VI KHUẨN NỘI SINH TRONG CÂY DIỆP HẠ CHÂU (Phyllanthus amarus L.) MỌC HOANG TẠI TỈNH SÓC TRĂNG CÁN BỘ HƯỚNG DẪN: PGS.TS NGUYỄN HỮU HIỆP SINH VIÊN THỰC HIỆN: TRẦN THỊ DIỆU NGUYÊN MSSV: 3113738 LỚP: Vi Sinh Vật Học K37 Cần Thơ – Tháng 12/2014 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ VIỆN NGHIÊN CỨU VÀ PHÁT TRIỂN CÔNG NGHỆ SINH HỌC - - -   - - - LUẬN VĂN TỐT NGHIỆP CHUYÊN NGÀNH VI SINH VẬT HỌC PHÂN LẬP VI KHUẨN NỘI SINH TRONG CÂY DIỆP HẠ CHÂU (Phyllanthus amarus L.) MỌC HOANG TẠI TỈNH SÓC TRĂNG CÁN BỘ HƯỚNG DẪN: PGS.TS NGUYỄN HỮU HIỆP SINH VIÊN THỰC HIỆN: TRẦN THỊ DIỆU NGUYÊN MSSV: 3113738 LỚP: Vi Sinh Vật Học K37 Cần Thơ – Tháng 12/2014 PHẦN KÝ DUYỆT CÁN BỘ HƯỚNG DẪN (ký tên) SINH VIÊN THỰC HIỆN (ký tên) PGS.TS Nguyễn Hữu Hiệp Trần Thị Diệu Nguyên DUYỆT CỦA HỘI ĐỒNG BẢO VỆ LUẬN VĂN ………………………………………………………………………………………… ………………………………………………………………………………………… ………………………………………………………………………………………… ………………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………… Cần Thơ, ngày tháng năm 2014 CHỦ TỊCH HỘI ĐỒNG (ký tên) LỜI CẢM TẠ Trong thời gian thực luận văn tốt nghiệp trường Đại học Cần Thơ, nhận nhiều quan tâm động viên từ gia đình, hướng dẫn dạy tận tình quý Thầy, Cô giúp đỡ nhiệt tình bạn Để hoàn thành luận văn tốt nghiệp này, xin chân thành gửi lời cảm ơn đến: Quý Thầy Cô Viện Nghiên cứu Phát triển Công nghệ Sinh học, Trường Đại học Cần Thơ truyền đạt kiến thức, giúp đỡ tạo điều kiện thuận lợi cho thực luận văn PGS.TS Nguyễn Hữu Hiệp, Phó Trưởng Bộ môn Công nghệ Sinh học Vi sinh vật, Viện Nghiên cứu Phát triển Công nghệ Sinh học, Trường Đại học Cần Thơ người Thầy tận tình hướng dẫn, giúp đỡ, tạo điều kiện thuận lợi cho suốt trình học tập, xây dựng đề cương nghiên cứu, thực thí nghiệm hoàn thành luận văn Cán quản lý phòng thí nghiệm vi sinh vật bạn bè giúp đỡ, động viên chia sẻ khó khăn giúp hoàn thành tốt luận văn Cuối cùng, xin bày tỏ biết ơn sâu sắc đến cha, mẹ ủng hộ phương diện, sức mạnh tinh thần giúp vươn lên sống Xin kính chúc quý Thầy, Cô bạn sinh viên dồi sức khỏe thành công Cần Thơ, ngày tháng năm 2014 Trần Thị Diệu Nguyên Đề cương Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 37-2014 Trường Đại học Cần Thơ TÓM TẮT Diệp hạ châu (Phyllanthus amarus L.) biết đến loại dược liệu quý có tính kháng khuẩn mạnh sử dụng y học, nghiên cứu trước sử dụng dịch trích mà chưa quan tâm nhiều đến vi khuẩn nội sinh có Vì vậy, việc phân lập dòng vi khuẩn nội sinh có đặc tính tốt Diệp hạ châu thực Hai mươi dòng vi khuẩn nội sinh phân lập từ rễ, thân, trái Diệp hạ châu mọc hoang huyện Long Phú, tỉnh Sóc Trăng Phần lớn vi khuẩn có khuẩn lạc dạng tròn, bìa nguyên, độ mô, màu trắng, dạng hình que, gram âm có khả chuyển động Kết khảo sát cho thấy, tất dòng vi khuẩn có khả cố định đạm, sinh tổng hợp IAA Nổi bật hai dòng SR1 SR5 có khả tổng hợp lượng NH4+ cao (0,92 µg/mL 0,91 µg/mL) vào ngày thứ tổng hợp lượng IAA cao (7,60 µg/mL 7,44 µg/mL) vào ngày thứ Bên cạnh khả cố định đạm tổng hợp IAA, đặc biệt dòng SR8 có khả hòa tan lân cao Kết khảo sát khả kháng khuẩn cho thấy, 11 dòng có khả kháng Escherichia coli, dòng ST3, SL2, SL5, SQ2 SQ3 có khả kháng Aeromonas hydrophila Dòng SR5 SL5 có khả kháng mạnh với vi khuẩn E coli, dòng SL2 kháng mạnh với A hydrophila Kết giải trình tự gen 16S−rRNA, dòng SR5, SL2 SL5 nhận diện theo thứ tự Klebsiella terrigena dòng NBRC 14941; Bacillus amyloliquefaciens dòng NRRL B−14393 Bacillus amyloliquefaciens subsp plantarum dòng FZB42 với tỷ lệ đồng hình 97%; 96%; 97% Từ khóa: Ammonium, Diệp Hạ Châu, Hòa tan lân, IAA, Kháng khuẩn, Vi khuẩn nội sinh Chuyên ngành Vi sinh vật học i Viện NC & PT Công nghệ Sinh học Đề cương Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 37-2014 Trường Đại học Cần Thơ MỤC LỤC Trang PHẦN KÝ DUYỆT LỜI CẢM TẠ TÓM TẮT i MỤC LỤC ii DANH SÁCH BẢNG vi DANH SÁCH HÌNH vii TỪ VIẾT TẮT viii CHƯƠNG I GIỚI THIỆU 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Mục tiêu đề tài CHƯƠNG II LƯỢC KHẢO TÀI LIỆU 2.1 Điều kiện tự nhiên tỉnh Sóc Trăng 2.1.1 Vị trí địa lý 2.1.2 Đặc điểm địa hình 2.1.3 Khí hậu 2.2 Sơ lược Diệp hạ châu 2.2.1 Mô tả 2.2.2 Phân bố 2.2.3 Thành phần hoá học 2.2.4 Tính kháng khuẩn Diệp hạ châu 2.3 Sơ lược vi khuẩn nội sinh 10 2.3.1 Một số đặc tính vi khuẩn nội sinh 10 2.3.1.1 Khả cố định đạm 11 2.3.1.2 Khả hòa tan lân khó tan 11 2.3.1.3 Khả tổng hợp Auxin Indole-3-acetic acid (IAA) 13 2.3.1.4 Đối kháng sinh học 13 2.3.2 Một số vi khuẩn nội sinh 13 2.3.2.1 Vi khuẩn Klebsiella 13 2.3.2.2 Vi khuẩn Bacillus 14 Chuyên ngành Vi sinh vật học ii Viện NC & PT Công nghệ Sinh học Đề cương Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 37-2014 Trường Đại học Cần Thơ a Bacillus amyloliquefacien 15 b Bacillus cereus 15 c Bacillus subtilis 16 2.3.2.3 Vi khuẩn Azospirillum 17 2.3.2.4 Vi khuẩn Pseudomonas 18 2.4 Một số đặc tính vi khuẩn thử nghiệm 18 2.4.1 Escherichia coli 18 2.4.2 Aeromonas hydrophila 20 2.5 Tình hình nghiên cứu nước giới 21 2.5.1 Tình hình nghiên cứu nước 21 2.5.2 Tình hình nghiên cứu giới 21 2.6 Kỹ thuật PCR (Polymerase Chain Reaction) 22 2.7 Điện di gel agarose 24 2.8 Phương pháp giải trình tự DNA 25 CHƯƠNG III PHƯƠNG TIỆN VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 27 3.1 Địa điểm thời gian 27 3.2 Vật liệu thí nghiệm 27 3.3 Phương tiện thiết bị 27 3.4 Hóa chất 28 3.5 Phương pháp nghiên cứu 33 3.5.1 Thu thập xử lý mẫu 33 3.5.2 Phân lập vi khuẩn nội sinh 33 3.5.3 Quan sát hình dạng khả chuyển động vi khuẩn 34 3.5.4 Đo kích thước tế bào vi khuẩn 34 3.5.5 Nhuộm Gram vi khuẩn 35 3.5.6 Thí nghiệm khảo sát khả tổng hợp NH4+ 36 3.5.7 Thí nghiệm khảo sát khả tổng hợp IAA 38 3.5.8 Đánh giá khả hòa tan lân khó tan 40 3.5.9 Thử nghiệm khả kháng khuẩn 40 3.5.10 Nhận diện số dòng vi khuẩn nội sinh 41 3.5.11 Phương pháp xử lý số liệu 43 Chuyên ngành Vi sinh vật học iii Viện NC & PT Công nghệ Sinh học Đề cương Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 37-2014 Trường Đại học Cần Thơ CHƯƠNG IV KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 44 4.1 Kết phân lập vi khuẩn 44 4.1.1 Đặc điểm khuẩn lạc 46 4.1.2 Đặc điểm tế bào vi khuẩn 48 4.2 Kết khảo sát khả cố định đạm dòng vi khuẩn phân lập dựa lượng NH4+ (ammonium) tổng hợp 50 4.2.1 So sánh khả tạo ammonium dòng vi khuẩn phân lập từ rễ Diệp hạ châu (Nhóm 1) 52 4.2.2 So sánh khả tạo ammonium dòng vi khuẩn phân lập từ Diệp hạ châu (Nhóm 2) 553 4.2.3 So sánh khả tạo ammonium dòng vi khuẩn phân lập từ thân trái Diệp hạ châu (Nhóm 3) 55 4.2.4.So sánh khả tạo ammonium dòng vi khuẩn triển vọng nội sinh Diệp hạ châu 56 4.3 Kết khảo sát khả tổng hợp indol−3−acetic acid (IAA) dòng vi khuẩn nội sinh phân lập từ Diệp hạ châu 57 4.3.1 So sánh khả tổng hợp IAA dòng vi khuẩn phân lập từ rễ Diệp hạ châu (Nhóm 1) 59 4.3.2 So sánh khả tổng hợp IAA dòng vi khuẩn phân lập từ Diệp hạ châu (Nhóm 2) 60 4.3.3 So sánh khả tổng hợp IAA dòng vi khuẩn phân lập từ thân trái Diệp hạ châu (Nhóm 3) 61 4.3.4 .So sánh khả tổng hợp IAA dòng vi khuẩn triển vọng nội sinh Diệp hạ châu 63 4.4 Kết khảo sát khả hòa tan lân dòng vi khuẩn phân lập môi trường PDA 64 4.5 Kết khả kháng khuẩn dòng vi khuẩn 65 4.5.1 Khả kháng khuẩn với vi khuẩn gây bệnh đường ruột (E coli) 65 4.5.2 Khả kháng khuẩn với vi khuẩn gây bệnh A hydrophila 68 4.6 Kết nhận diện số dòng vi khuẩn kỹ thuật PCR 71 Chuyên ngành Vi sinh vật học iv Viện NC & PT Công nghệ Sinh học Đề cương Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 37-2014 Trường Đại học Cần Thơ CHƯƠNG V KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 74 5.1 Kết luận 74 5.2 Đề nghị 74 TÀI LIỆU THAM KHẢO 75 PHỤ LỤC Phụ lục 1: Kết thí nghiệm Phụ lục 2: Hình biểu đồ đường chuẩn NH4+ IAA Phụ lục 3: Kết thống kê Phụ lục Kết giải trình tự Chuyên ngành Vi sinh vật học v Viện NC & PT Công nghệ Sinh học Đề cương Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 37-2014 Trường Đại học Cần Thơ DANH SÁCH BẢNG Tên Bảng Trang Bảng 1: Thành phần chất phản ứng PCR 30 Bảng 2: Môi trường PDA 30 Bảng 3: Môi trường NFb (Krieg Dobereiner, 1984) 31 Bảng 4: Thành phần dung dịch vi lượng 31 Bảng 5: Thành phần dung dịch Vitamin 32 Bảng 6: Môi trường NBRIP đặc (Nautiyal, 1999) 32 Bảng 7: Chu kỳ phản ứng PCR khuếch đại đoạn gen vi khuẩn nội sinh 42 Bảng Vị trí phân lập địa điểm thu mẫu 45 Bảng Đặc điểm khuẩn lạc dòng vi khuẩn phân lập môi trường PDA 48 Bảng 10 Đặc điểm tế bào dòng vi khuẩn phân lập môi trường PDA 49 Bảng 11: Khả cố định đạm dòng vi khuẩn 51 Bảng 12: Lượng IAA dòng vi khuẩn tạo 58 Bảng 13: Lượng IAA dòng vi khuẩn phân lập từ 60 Bảng 14: Lượng IAA dòng vi khuẩn phân lập từ thân trái 62 Bảng 15 Hiệu hòa tan lân dòng vi khuẩn 65 Bảng 16 Khả đối kháng dòng vi khuẩn với vi khuẩn E coli 66 Bảng 17 Khả kháng khuẩn dòng vi khuẩn với vi khuẩn A hydrophila 69 Bảng 18 Kết giải trình tự số dòng vi khuẩn triển vọng 71 Chuyên ngành Vi sinh vật học vi Viện NC & PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 37-2014 Dòng st1 sr1 sq4 sl4 st2 sr4 sr3 sr5 sl3 sl1 sr8 sq1 sq2 sr6 sl5 sr2 sq3 sr7 sl2 st3 N Trường Đại học Cần Thơ Mean Grouping 4,3814 A 2,8694 B 2,8351 B C 2,7491 B C D 2,7148 C D 2,6117 D 2,4227 E 2,4055 E F 2,3540 E F G 2,2680 F G H 2,2337 G H 2,1649 H I 2,0275 I 1,7526 J 1,6667 J 1,6323 J 1,1856 K 1,0653 K L 1,0481 K L 1,0137 L 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 Means that not share a letter are significantly different CV= 4,06% b Kết khảo sát lượng IAA dòng vi khuẩn phân lập từ rễ tạo (Nhóm 1) Ngày ANOVA Table for IAA by dong Source D?ng Error Total DF 16 23 S = 0,3336 Level sr1 sr2 sr3 sr4 sr5 sr6 sr7 sr8 N 3 3 3 3 SS 106,609 1,780 108,389 MS 15,230 0,111 R−Sq = 98,36% Mean 7,5979 3,3651 3,3122 3,7884 7,4392 2,4656 1,2487 3,7884 StDev 0,3666 0,0000 0,4849 0,4582 0,3304 0,3666 0,2425 0,0916 F 136,86 P 0,000 R−Sq(adj) = 97,64% Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev −−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−− (−*−) (−*−) (−*−) (−*−) (−*−) (−*−) (−*−) (−*−) −−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−− 2,0 4,0 6,0 8,0 Pooled StDev = 0,3336 Grouping Information Using Fisher Method Dòng sr1 sr5 sr4 sr8 sr2 sr3 N 3 3 3 Mean Grouping 7,5979 A 7,4392 A 3,7884 B 3,7884 B 3,3651 B 3,3122 B Chuyên ngành Vi sinh vật học Viện NC & PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 37-2014 sr6 sr7 3 2,4656 1,2487 Trường Đại học Cần Thơ C D CV= 8,09% Ngày ANOVA Table for IAA by dong Source D?ng Error Total DF 16 23 SS 5,2600 0,2410 5,5010 S = 0,1227 Level sr1 sr2 sr3 sr4 sr5 sr6 sr7 sr8 MS 0,7514 0,0151 F 49,88 R−Sq = 95,62% N Mean 2,6989 2,2254 2,4148 1,9034 1,4678 1,5625 1,2595 2,1496 3 3 3 3 StDev 0,1705 0,0656 0,2273 0,1136 0,0656 0,1136 0,0328 0,0656 P 0,000 R−Sq(adj) = 93,70% Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev −−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+− (−−*−−) (−−*−−) (−−*−−) (−−*−−) (−−*−−) (−−*−−) (−−*−−) (−−*−−) −−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+− 1,50 2,00 2,50 3,00 Pooled StDev = 0,1227 Grouping Information Using Fisher Method Dòng sr1 sr3 sr2 sr8 sr4 sr6 sr5 sr7 N Mean Grouping 2,6989 A 2,4148 B 2,2254 B C 2,1496 C 1,9034 D 1,5625 E 1,4678 E F 1,2595 F 3 3 3 3 CV= 6,26% Ngày ANOVA Table for IAA by dong Source D?ng Error Total DF 16 23 SS 7,42363 0,10097 7,52460 S = 0,07944 Level sr1 sr2 sr3 N 3 MS 1,06052 0,00631 R−Sq = 98,66% Mean 2,8694 1,6323 2,4227 StDev 0,0298 0,0595 0,1031 Chuyên ngành Vi sinh vật học F 168,06 P 0,000 R−Sq(adj) = 98,07% Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev −+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−− (−*−) (−*−) (*−) Viện NC & PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 37-2014 sr4 sr5 sr6 sr7 sr8 3 3 2,6117 2,4055 1,7526 1,0653 2,2337 0,1297 0,0787 0,0515 0,0595 0,0787 Trường Đại học Cần Thơ (−*−) (−*−) (−*−) (−*−) (−*−) −+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−− 1,00 1,50 2,00 2,50 Pooled StDev = 0,0794 Grouping Information Using Fisher Method Dòng sr1 sr4 sr3 sr5 sr8 sr6 sr2 sr7 N 3 3 3 3 Mean 2,8694 2,6117 2,4227 2,4055 2,2337 1,7526 1,6323 1,0653 Grouping A B C C D E E F CV= 3,74% c Kết khảo sát lượng IAA dòng vi khuẩn phân lập từ tạo (Nhóm 2) Ngày ANOVA Table for IAA by dong Source D?ng Error Total DF 10 14 SS 15,1407 0,3023 15,4430 S = 0,1739 Level sl1 sl2 sl3 sl4 sl5 MS 3,7852 0,0302 R−Sq = 98,04% N 3 3 Mean 3,3122 2,9418 2,4127 4,3175 5,2169 StDev 0,3304 0,1833 0,0000 0,0000 0,0916 F 125,19 P 0,000 R−Sq(adj) = 97,26% Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev −−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+− (−*−) (−*−−) (−*−) (−*−) (−*−) −−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+− 3,0 4,0 5,0 6,0 Pooled StDev = 0,1739 Grouping Information Using Fisher Method Dòng sl5 sl4 sl1 sl2 sl3 N 3 3 Mean 5,2169 4,3175 3,3122 2,9418 2,4127 Grouping A B C D E CV= 4,78% Ngày ANOVA Table for IAA by dong Chuyên ngành Vi sinh vật học Viện NC & PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 37-2014 Source D?ng Error Total DF 10 14 SS 7,2779 0,1851 7,4630 S = 0,1360 Level sl1 sl2 sl3 sl4 sl5 MS 1,8195 0,0185 F 98,30 R−Sq = 97,52% N 3 3 Mean 3,5511 1,6572 1,9034 1,7330 2,2254 StDev 0,1705 0,0328 0,1705 0,1136 0,1430 Trường Đại học Cần Thơ P 0,000 R−Sq(adj) = 96,53% Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev −−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−− (−−*−−) (−−*−−) (−−*−−) (−−*−−) (−−*−−) −−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−− 1,80 2,40 3,00 3,60 Pooled StDev = 0,1360 Grouping Information Using Fisher Method Dòng sl1 sl5 sl3 sl4 sl2 N 3 3 Mean 3,5511 2,2254 1,9034 1,7330 1,6572 Grouping A B C C C CV= 6,14% Ngày ANOVA Table for IAA by dong Source D?ng Error Total DF 10 14 S = 0,1039 Level sl1 sl2 sl3 sl4 sl5 N 3 3 SS 5,3222 0,1081 5,4303 MS 1,3306 0,0108 R−Sq = 98,01% Mean 2,2680 1,0481 2,3540 2,7491 1,6667 StDev 0,0515 0,0595 0,0298 0,1575 0,1488 F 123,14 P 0,000 R−Sq(adj) = 97,21% Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev −−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−− (−*−−) (−−*−−) (−−*−−) (−−*−−) (−*−−) −−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−− 1,00 1,50 2,00 2,50 Pooled StDev = 0,1039 Grouping Information Using Fisher Method Dòng sl4 sl3 sl1 sl5 N 3 3 Mean 2,7491 2,3540 2,2680 1,6667 Grouping A B B C Chuyên ngành Vi sinh vật học Viện NC & PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 37-2014 sl2 1,0481 Trường Đại học Cần Thơ D CV= 5,15% d Kết khảo sát lượng IAA dòng vi khuẩn phân lập từ than trái tạo (Nhóm 3) Ngày ANOVA Table for IAA by dong Source D?ng Error Total DF 14 20 SS 11,4339 0,7391 12,1729 S = 0,2298 Level sq1 sq2 sq3 sq4 st1 st2 st3 MS 1,9056 0,0528 R−Sq = 93,93% N Mean 2,7302 4,8995 4,7407 3,3651 3,7884 3,4709 3,2593 3 3 3 StDev 0,3175 0,1833 0,2425 0,0000 0,2425 0,2425 0,2425 F 36,10 P 0,000 R−Sq(adj) = 91,33% Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev −−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−− (−−−*−−−) (−−−*−−−) (−−−*−−−) (−−−*−−−) (−−−*−−−) (−−−*−−−) (−−−−*−−−) −−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−− 2,80 3,50 4,20 4,90 Pooled StDev = 0,2298 Grouping Information Using Fisher Method Dòng sq2 sq3 st1 st2 sq4 st3 sq1 N 3 3 3 Mean 4,8995 4,7407 3,7884 3,4709 3,3651 3,2593 2,7302 Grouping A A B B C C C D CV= 6,13% Ngày ANOVA Table for IAA by dong Source D?ng Error Total DF 14 20 S = 0,1227 Level sq1 sq2 sq3 N 3 SS 2,1107 0,2109 2,3216 MS 0,3518 0,0151 R−Sq = 90,92% Mean 2,4148 2,3769 1,9602 Chuyên ngành Vi sinh vật học StDev 0,1136 0,0656 0,0984 F 23,35 P 0,000 R−Sq(adj) = 87,02% Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev −−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−− (−−−−*−−−−−) (−−−−*−−−−) (−−−−*−−−−) Viện NC & PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 37-2014 sq4 st1 st2 st3 3 3 1,7330 1,5625 1,6572 1,7898 0,1503 0,0984 0,0656 0,2049 Trường Đại học Cần Thơ (−−−−*−−−−) (−−−−*−−−−) (−−−−*−−−−) (−−−−*−−−−) −−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−− 1,50 1,80 2,10 2,40 Pooled StDev = 0,1227 Grouping Information Using Fisher Method Dòng sq1 sq2 sq3 st3 sq4 st2 st1 N 3 3 3 Mean 2,4148 2,3769 1,9602 1,7898 1,7330 1,6572 1,5625 Grouping A A B B C C D C D D CV= 6,36% Ngày ANOVA Table for IAA by dong Source D?ng Error Total DF 14 20 SS 23,31759 0,10097 23,41856 S = 0,08492 Level sq1 sq2 sq3 sq4 st1 st2 st3 N 3 3 3 MS 3,88627 0,00721 R−Sq = 99,57% Mean 2,1649 2,0275 1,1856 2,8351 4,3814 2,7148 1,0137 StDev 0,1031 0,0298 0,0515 0,1031 0,1546 0,0298 0,0298 F 538,87 P 0,000 R−Sq(adj) = 99,38% Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev −+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−− (*) (*) (*) (*) (*) (*) (*) −+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−− 1,0 2,0 3,0 4,0 Pooled StDev = 0,0849 Grouping Information Using Fisher Method Dòng st1 sq4 st2 sq1 sq2 sq3 st3 N 3 3 3 Mean 4,3814 2,8351 2,7148 2,1649 2,0275 1,1856 1,0137 Grouping A B B C C D E CV= 3,64% Chuyên ngành Vi sinh vật học Viện NC & PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 37-2014 Trường Đại học Cần Thơ e Kết khảo sát lượng IAA dòng vi khuẩn triển vọng Ngày ANOVA Table for IAA by dong Source C2 Error Total DF 10 14 S = 0,2624 Level sl5 sq2 sq3 sr1 sr5 N 3 3 SS 24,0967 0,6887 24,7854 MS 6,0242 0,0689 R−Sq = 97,22% Mean 5,2169 4,8995 4,7407 7,5979 7,4392 StDev 0,0916 0,1833 0,2425 0,3666 0,3304 F 87,48 P 0,000 R−Sq(adj) = 96,11% Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev −−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−− (−−*−−−) (−−*−−) (−−*−−−) (−−*−−) (−−*−−−) −−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−− 5,0 6,0 7,0 8,0 Pooled StDev = 0,2624 Grouping Information Using Fisher Method C2 sr1 sr5 sl5 sq2 sq3 N 3 3 Mean 7,5979 7,4392 5,2169 4,8995 4,7407 Grouping A A B B B Means that not share a letter are significantly different CV= 4,39% Ngày ANOVA Table for IAA by dong Source C2 Error Total DF 10 14 S = 0,1164 Level sl5 sq2 sq3 sr1 sr5 N 3 3 SS 2,5792 0,1356 2,7148 MS 0,6448 0,0136 R−Sq = 95,01% Mean 2,2254 2,3769 1,9602 2,6989 1,4678 Chuyên ngành Vi sinh vật học StDev 0,1430 0,0656 0,0984 0,1705 0,0656 F 47,56 P 0,000 R−Sq(adj) = 93,01% Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev −−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−− (−−−*−−) (−−*−−−) (−−−*−−−) (−−*−−−) (−−−*−−) −−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−− 1,60 2,00 2,40 2,80 Viện NC & PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 37-2014 Trường Đại học Cần Thơ Pooled StDev = 0,1164 Grouping Information Using Fisher Method C2 sr1 sq2 sl5 sq3 sr5 N 3 3 Mean 2,6989 2,3769 2,2254 1,9602 1,4678 Grouping A B B C D Means that not share a letter are significantly different CV = 5,42 % Ngày ANOVA Table for IAA by dong Source C2 Error Total DF 10 14 SS 5,07209 0,06554 5,13763 S = 0,08096 Level sl5 sq2 sq3 sr1 sr5 N 3 3 MS 1,26802 0,00655 R−Sq = 98,72% Mean 1,6667 2,0275 1,1856 2,8694 2,4055 StDev 0,1488 0,0298 0,0515 0,0298 0,0787 F 193,47 P 0,000 R−Sq(adj) = 98,21% Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev −−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+− (−*−) (−−*−) (−*−) (−*−) (−*−) −−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+− 1,50 2,00 2,50 3,00 Pooled StDev = 0,0810 Grouping Information Using Fisher Method C2 sr1 sr5 sq2 sl5 sq3 N 3 3 Mean 2,8694 2,4055 2,0275 1,6667 1,1856 Grouping A B C D E Means that not share a letter are significantly different CV = 3,99% Chuyên ngành Vi sinh vật học Viện NC & PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 37-2014 3.3 Trường Đại học Cần Thơ Kết khảo sát khả đối kháng với vi sinh vật gây bệnh số dòng vi khuẩn phân lập a) Khả kháng E coli Ngày ANOVA Table for kháng E.coli by dong Source C10 Error Total DF 10 22 32 S = 0,8165 Level sl2 sl5 sq2 sq3 sr1 sr3 sr5 sr7 st1 st2 st3 N 3 3 3 3 3 SS 10,076 14,667 24,742 MS 1,008 0,667 R−Sq = 40,72% Mean 1,1667 2,6667 1,8333 2,5000 2,0000 1,3333 2,6667 2,5000 1,3333 2,3333 1,5000 StDev 0,2887 0,2887 0,7638 1,8028 0,0000 0,2887 0,2887 1,3229 0,2887 1,0408 0,5000 F 1,51 P 0,201 R−Sq(adj) = 13,78% Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev −−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+− (−−−−−−−−−*−−−−−−−−) (−−−−−−−−−*−−−−−−−−) (−−−−−−−−*−−−−−−−−−) (−−−−−−−−−*−−−−−−−−−) (−−−−−−−−−*−−−−−−−−−) (−−−−−−−−*−−−−−−−−−) (−−−−−−−−−*−−−−−−−−) (−−−−−−−−−*−−−−−−−−−) (−−−−−−−−*−−−−−−−−−) (−−−−−−−−*−−−−−−−−−) (−−−−−−−−−*−−−−−−−−−) −−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+− 1,0 2,0 3,0 4,0 Pooled StDev = 0,8165 Grouping Information Using Fisher Method C10 sr5 sl5 sr7 sq3 st2 sr1 sq2 st3 st1 sr3 sl2 N 3 3 3 3 3 Mean 2,6667 2,6667 2,5000 2,5000 2,3333 2,0000 1,8333 1,5000 1,3333 1,3333 1,1667 Grouping A A A B A B A B A B A B A B A B A B B Means that not share a letter are significantly different CV=41,14% Chuyên ngành Vi sinh vật học Viện NC & PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 37-2014 Trường Đại học Cần Thơ Ngày ANOVA Table for kháng E.coli by dong Source C10 Error Total DF 10 22 32 S = 0,3989 Level sl2 sl5 sq2 sq3 sr1 sr3 sr5 sr7 st1 st2 st3 N 3 3 3 3 3 SS 24,333 3,500 27,833 MS 2,433 0,159 R−Sq = 87,43% Mean 0,0000 2,0000 1,3333 0,0000 0,0000 1,6667 2,1667 1,6667 1,5000 2,1667 2,1667 StDev 0,0000 0,0000 0,2887 0,0000 0,0000 0,5774 0,2887 0,2887 0,0000 0,7638 0,7638 F 15,30 P 0,000 R−Sq(adj) = 81,71% Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev −−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−− (−−−−−*−−−−−) (−−−−−*−−−−−) (−−−−−*−−−−−) (−−−−−*−−−−−) (−−−−−*−−−−−) (−−−−−*−−−−−) (−−−−−*−−−−−) (−−−−−*−−−−−) (−−−−−*−−−−−) (−−−−−*−−−−−) (−−−−−*−−−−−) −−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−− 0,00 0,80 1,60 2,40 Pooled StDev = 0,3989 Grouping Information Using Fisher Method C10 st3 st2 sr5 sl5 sr7 sr3 st1 sq2 sr1 sq3 sl2 N 3 3 3 3 3 Mean 2,1667 2,1667 2,1667 2,0000 1,6667 1,6667 1,5000 1,3333 0,0000 0,0000 0,0000 Grouping A A A A B A B A B A B B C C C Means that not share a letter are significantly different CV=29,92% Ngày ANOVA Table for kháng E.coli by dong Source C10 Error Total DF 10 22 32 S = 0,4438 SS 22,182 4,333 26,515 MS 2,218 0,197 R−Sq = 83,66% Chuyên ngành Vi sinh vật học F 11,26 P 0,000 R−Sq(adj) = 76,23% Viện NC & PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 37-2014 Level sl2 sl5 sq2 sq3 sr1 sr3 sr5 sr7 st1 st2 st3 N 3 3 3 3 3 Mean 0,0000 1,8333 1,5000 0,0000 0,0000 0,8333 2,1667 0,6667 0,6667 2,0000 0,0000 StDev 0,0000 1,0408 0,5000 0,0000 0,0000 0,2887 0,7638 0,2887 0,2887 0,0000 0,0000 Trường Đại học Cần Thơ Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev −−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−− (−−−−*−−−−) (−−−−*−−−−−) (−−−−*−−−−) (−−−−*−−−−) (−−−−*−−−−) (−−−−*−−−−−) (−−−−−*−−−−) (−−−−−*−−−−) (−−−−−*−−−−) (−−−−*−−−−) (−−−−*−−−−) −−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−− 0,0 1,0 2,0 3,0 Pooled StDev = 0,4438 Grouping Information Using Fisher Method C10 sr5 st2 sl5 sq2 sr3 st1 sr7 st3 sr1 sq3 sl2 N 3 3 3 3 3 Mean 2,1667 2,0000 1,8333 1,5000 0,8333 0,6667 0,6667 0,0000 0,0000 0,0000 0,0000 Grouping A A A A B B C C D C D D D D D Means that not share a letter are significantly different CV=50,5% b) Khả kháng Aeromonas hydrophila dòng vi khuẩn phân lập Ngày ANOVA Table for by dong Source C16 Error Total DF S = 3,701 Level sl2 sl5 sq2 sq3 st3 N 2 2 SS 324,4 68,5 392,9 MS 81,1 13,7 R−Sq = 82,57% Mean 12,500 0,000 0,000 10,000 12,000 Chuyên ngành Vi sinh vật học StDev 7,778 0,000 0,000 2,828 0,000 F 5,92 P 0,039 R−Sq(adj) = 68,62% Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev +−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−− (−−−−−−−−−*−−−−−−−−) (−−−−−−−−−*−−−−−−−−−) (−−−−−−−−−*−−−−−−−−−) (−−−−−−−−*−−−−−−−−−) (−−−−−−−−*−−−−−−−−−) +−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−− −7,0 0,0 7,0 14,0 Viện NC & PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 37-2014 Trường Đại học Cần Thơ Pooled StDev = 3,701 Grouping Information Using Fisher Method C16 sl2 st3 sq3 sq2 sl5 N 2 2 Mean 12,500 12,000 10,000 0,000 0,000 Grouping A A A B B Means that not share a letter are significantly different CV=53,64% Ngày ANOVA Table for by dong Source C16 Error Total DF S = 3,821 Level sl2 sl5 sq2 sq3 st3 SS 251,4 73,0 324,4 MS 62,8 14,6 R−Sq = 77,50% N 2 2 Mean 13,000 3,000 4,500 0,000 11,500 StDev 5,657 0,000 0,707 0,000 6,364 F 4,30 P 0,071 R−Sq(adj) = 59,49% Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev +−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−− (−−−−−−−−−*−−−−−−−−) (−−−−−−−−−*−−−−−−−−−) (−−−−−−−−*−−−−−−−−−) (−−−−−−−−−*−−−−−−−−−) (−−−−−−−−*−−−−−−−−−) +−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−− −7,0 0,0 7,0 14,0 Pooled StDev = 3,821 Grouping Information Using Fisher Method C16 sl2 st3 sq2 sl5 sq3 N 2 2 Mean 13,000 11,500 4,500 3,000 0,000 Grouping A A B A B C B C C Means that not share a letter are significantly different CV=59,7% Ngày ANOVA Table for by dong Source C16 Error Total DF SS 251,4 57,0 308,4 Chuyên ngành Vi sinh vật học MS 62,8 11,4 F 5,51 P 0,045 Viện NC & PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 37-2014 S = 3,376 Level sl2 sl5 sq2 sq3 st3 R−Sq = 81,52% N 2 2 Mean 13,000 3,000 4,500 0,000 11,500 StDev 5,657 0,000 0,707 0,000 4,950 Trường Đại học Cần Thơ R−Sq(adj) = 66,73% Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev −−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+ (−−−−−−−−*−−−−−−−) (−−−−−−−*−−−−−−−−) (−−−−−−−*−−−−−−−−) (−−−−−−−−*−−−−−−−−) (−−−−−−−*−−−−−−−−) −−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+−−−−−−−−−+ 0,0 7,0 14,0 21,0 Pooled StDev = 3,376 Grouping Information Using Fisher Method C16 sl2 st3 sq2 sl5 sq3 N 2 2 Mean 13,000 11,500 4,500 3,000 0,000 Grouping A A B A B C B C C Means that not share a letter are significantly different CV=52,75% Chuyên ngành Vi sinh vật học Viện NC & PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 37-2014 Trường Đại học Cần Thơ Phụ lục Kết giải trình tự 4.1 Trình tự gene mã hóa 16S−rRNA dòng SR5 AGCATGGCGCAGACTACACATGCAGTCGAGCGGTAGCACAGAAGAGCTTGCTCTTTGGGT GACGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAACTA CTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAGTGGGGGACCTTCGGGC CTCATGCCATCAGATGTGCCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGTGAGGTAATGGCTCACCTA GGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGT CCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGC AGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTTTCAGCGAGGAGGA AGGCGTTAAGGTTAATAACCTTGACGATTGACGTTACTCGCAGAAGAAGCACCGGCTAAC TCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGT AAAGCGCACGCAGGCGGTCTGTCAAGTCGGATGTGAAATCCCCGGGCTCAACCTGGGAA CTGCATCCGAAACTGGCAGGCTAGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGC GGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAAAG ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCA CGCTGTAAACGATGTCGACTTGGAGGTTGTTCCCTTGAGGAGTGGCTTCCGGAGCTAACG CGTTAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGG GGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCT ACTCTTGACATCCAGAGAACTTAGCAGAGATGCTTTGGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACA GGTGCTGCATGGCTGTCGTCACCTCCTGTTGTGAAAAGTTGGGGTTAATTCCCCCACCAA GGGCAACCCTTATTCTTTTGTTGCCCCGGGTTTTGCCGGGAATCACAAGAGAATGCCCTTG TTAAATTGAGGGAAGAGGGGGGGTGAAGATCAAATTATCTTTGGGCCTCTCCAAAAAGG GGGCACACCCTGTGCCAAAGGGGTGTTTCCAAAAGAAGAGACCCCCCCCGGAGGAAGCG ACCCTCCAAAAAATGTTTGTATACCCGGACGGGAAGTTGGAACCCCCCTCCCTCCAAATC GGAAAAACCTTTTTAATCTCGGGTCCAAAAGGCACCGGGAAAAAAATTTCCCCGGCCTGT GTCGACTCCCGCGTCCCCACTGGGGGATCGGGTTGGAAAAAAGAGAAAGAGTAACCTTC GGAGGCGTCACTTTGATCGGGTGGGGGGGGGTTGTTTTGTGGTGGATGGACAACAGGGA AAAAAAGGGGAAAGAAAAGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAA AAAAAAAAAAAAAGGGGGGGAGGGGGGGGGGGGGGGAGAGGGGGGGGGGGGGGGGGG GGTGGGGAAGGGGGGGGGGGGGAAGGGGGGGGAGGGGGGGGGGGGGGG 4.2 Trình tự gene mã hóa 16S−rRNA dòng SL2 TGGCATTGCACGAGCTATACATGCAGTCGAGCGAACAGATAAGGAGCTTGCTCCTTTGAC GTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTC GGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAACATTTGGAACCGCATGGTTCTAAAGTGAAAGAT GGTTTTGCTATCACTTATAGATGGACCCGCGCCGTATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGC TTACCAAGGCGACGATACGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGAACTGAG ACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGGCGAAAGC CTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGGTTTCGGCTCGTAAAACTCTGTTATTAG GGAAGAACAAACGTGTAAGTAACTGTGCACGTCTTGACGGTACCTAATCAGAAAGCCAC GGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTAT TGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACC GTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATG TGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGG TCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTA GTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCA GCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAA TTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAA CCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGAAAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGGA CGAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCACCTCCTGTCAAAAGATGTTGGGTTAAGTC CCCCACCTCCGCAACCCTTAGCTTATTTCCCTCTTTAGTTTGGCAACCTAGGGTAACTCCC Chuyên ngành Vi sinh vật học Viện NC & PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 37-2014 Trường Đại học Cần Thơ GTGGCCACCCCAGAAAAAAGGGGAGGAGGGGGGATTACATCCCCGTCGAGACTGCCCTT AGAGGGGGGGGCAACCCACGCCGCAGGAGGGGAAACCACCGAGGAACCAAAAAGGGGA GGGGGTGGCCTCTTTATTGGTGTGCTCCGCTCCGCCTCCCTACTCCGACCCGCCGGGTTGT GAAGGAATCTTTGTGAGTCCATAGTCCGAGCTGAGATATAACGTGG 4.3 Trình tự gen mã hóa 16S−rRNA dòng SL5 GGCATGGCGCGTGCTATACATGCAAGTCGAGCGGACAGATGCAGAGCTTGCTCCCTGATG TTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCC GGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTCTGAACCGCATGGTTCAGACATAAAAGGT GGCTTCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGG CTCACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGA GACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAG TCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTA GGGAAGAACAAGTGCCGTTCAAATAGGGCGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCC ACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATT ATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAA CCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCA CGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAATGGCGAAGGGGACTCTCT GGACTGTAACTGACCCTGAGGAGCGTAACCGTGGGGAGCGACCACGATGAAAAAGGCTG TTGGTCCACTTCCGTAAACAATTAATCGCTACCAGGTGGGAAGGGCGCCTCCCCCCTTCT GGATGCAAGGTTCCCCAAGTATTCAAAACGACCCCTCCCGGGGAAAAACCCGGGGGCTTT ACCCATACAAAATTAGAAAAACCGGCCGGGCCACCCCTTTCCCGGCGAAAAATTTGGGG ATAATTCTCGGCCCACTAAAAAAAAACCCGGGCCGGGGGGGGGACATACCTTCCGCCAG GGCTTTTTAAGGTAAGGCTCCCCCCTAAGGGGGGCCCCCATTTTTGAAGGGGGGCTTTTT GTTTTCCCCAAAAAAAAAGGGTTTGGGAAATGAGGGGAATCCCTTCCCCACCCCCGGGGG GGTTTTTTTGGCATAAAAAATTTCCCCCCTTTTGGGAGAGAAACCTCCCGGGGGGGCCCC CCCCAAGAAAAAAAGGGGGGGGGATGGGGGGGCAAAAATTGGGGAAAAATCCCCCACC CCCTTTAAGGGCCGGGGGCCACCCCCCCTTGTGGGAAAAGGGGCAAAACCCCCAAAACC GGAAAAAACAGGCCGCGGGGGGTCCCGTCCCCATTTTGAATTTGGGGGTACCCCCATTAT AATGTAGTGTATTGACCGCGGGGGGGAAGGAGGGGGGAAGTAAAAAAAAACTTAATTCT CTTTTGGTATTAGCCGGGTTAAAAGTGGAGGAGCGCTTTCGAAACAGGGTCTCCCCCGCG GGGGTGCCCCCGCCCCTCCCCCCGACCCCCCCAAAAAACAGGGAGAGAAAGAAGCCAAA AAAACAGAAATAGTAGCGTTATTTGGAGAAATTTGTCCCCAGTATATATTAGGGAGCCCT GGAAGGGGTGGAGAAAAAAAAAGGAAGGTAGAAGAAAGGGGGGTGTGTATAACAATGA CCAAAAAAGGCAAATAATACTGCTATGTCCCTCAAAAAATAAACCCCCAAATATTTACCG GGGGGAGAAGGGAAATTTTAAACTTTCATTTGTGCAAAAACCTTTGCAAACCTTTTATTTC CCCCCCTTTCCCTCCCCCCTTTTAAATAAAAAAAAGTAGGAATCGGCCCCACCGGCCCCC CAAAAAAACGGGCCCCCCCCCCAACCCCCGGGGGGGGAACCCCCCCCCCGGGGGAGCAA CCCCCAGGGGCCCAAAACCCCCCCAACCCCCCCCCCCCCCCAAATTTCGCCCGGGGCCCA AAAACTTTAAAACCCCCCGGAA Chuyên ngành Vi sinh vật học Viện NC & PT Công nghệ Sinh học [...]... kháng khuẩn tự nhiên (Strobel et al., 2003) Tuy nhiên, vi c nghiên cứu tập đoàn vi sinh vật sống nội sinh trong cây dược liệu chưa được quan tâm nhiều Đề tài: Phân lập vi khuẩn nội sinh trong cây Diệp hạ châu (Phyllanthus amarus L.) mọc hoang tại tỉnh Sóc Trăng được thực hiện để tuyển chọn các dòng vi khuẩn nội sinh có ích cho sự phát triển của cây trồng, đặc biệt là đặc tính kháng khuẩn ứng dụng trong. .. màu xanh nhạt, ngắn và mỏng hơn Diệp hạ châu thân đỏ Khi nhai có vị đắng nên trong đông y được gọi là cây Diệp hạ châu đắng  Cây Diệp hạ châu đỏ (Diệp hạ châu ngọt) Phyllanthus urinaria: thân có màu hanh đỏ và thường đậm nơi gốc cành, phân nhánh rất nhiều, phiến lá có màu xanh hơi đậm, dài và dày hơn cây Diệp hạ châu thân xanh Khi nhai có vị ngọt nên trong đông y được gọi là cây Diệp hạ châu ngọt... ngành Vi sinh vật học 1 Vi n NC & PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 37-2014 Trường Đại học Cần Thơ 1.2 Mục tiêu đề tài Phân lập và tuyển chọn được các dòng vi khuẩn nội sinh sống trong cây Diệp hạ châu (Phyllanthus amarus L.) mọc hoang ở huyện Long Phú − Sóc Trăng có các đặc tính tốt như: tính kháng khuẩn, khả năng cố định đạm, hòa tan lân và tổng hợp IAA Chuyên ngành Vi sinh vật... (Phạm Hoàng Hộ, 1999) Hình 2 Cây Diệp Hạ Châu (Phyllanthus amarus L.) (Hình chụp, ngày 17/10/2014) Chuyên ngành Vi sinh vật học 5 Vi n NC & PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 37-2014 Trường Đại học Cần Thơ Có 3 loại Diệp hạ châu:  Cây Diệp hạ châu thân xanh (Diệp hạ châu đắng) Phyllanthus niruri (tên dồng nghĩa Phyllanthus amarus) : Toàn thân có màu xanh tươi, cành ngắn, rất ít phân. .. vòng pellicle sau khi chủng vi khuẩn (b) 44 Hình 9: Một số khuẩn lạc của vi khuẩn phân lập được trên môi trường PDA 47 Hình 10 .Vi khuẩn Gram âm (dòng SR6) và vi khuẩn Gram dương (dòng SL2) 49 Hình 11 Lượng ammonium của các dòng vi khuẩn phân lập từ rễ 53 Hình 12 Lượng ammonium của các dòng vi khuẩn phân lập từ lá 54 Hình 13 Lượng ammonium của các dòng vi khuẩn phân lập từ thân và trái 55... 2.2.4 Tính kháng khuẩn của cây Diệp hạ châu Diệp hạ châu ức chế DNA polymerase ở virus vi m gan B và virus vi m gan khác, có hoạt tính in vitro và in vivo kháng virus vi m gan B và các virus có liên quan, có hoạt tính in vitro đối kháng với enzyme transcriptase ngược với retrovirus, và có thể có hoạt tính kháng lại retrovirus Trong các nghiên cứu lâm sàng sơ bộ, những người mang virus vi m gan B được... dụng của Diệp hạ châu trong vi c điều trị những người mang virus vi m gan B không rõ ràng, có cả những trường hợp thành công và thất bại được báo cáo Cây cũng có tính kháng khuẩn và kháng nấm (Ðỗ Huy Bích et al., 2004) Một số công trình nghiên cứu sử dụng cây Diệp hạ châu kháng lại virus vi m gan B:  Năm 1961, phòng Đông Y Vi n Vi trùng Vi t Nam, nghiên cứu tác dụng kháng sinh của cây Diệp hạ châu đắng... nghiệp Vi t Nam trong xuất khẩu Phát hiện khả năng kháng các vi khuẩn gây bệnh trên cá của cây Diệp hạ Chuyên ngành Vi sinh vật học 9 Vi n NC & PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 37-2014 Trường Đại học Cần Thơ châu đắng sẽ góp phần không nhỏ trong lĩnh vực nuôi trồng thủy sản (Huỳnh Kim Diệu và Lê Thị Loan Em, 2011) 2.3 Sơ lược về vi khuẩn nội sinh Vi khuẩn nội sinh là vi khuẩn sống... tiên phân lập từ phân trẻ em bị tiêu chảy năm 1885 và đặt tên theo bác sĩ nhi khoa người Đức Vi khuẩn E coli thuộc họ Enterobacteriaceae, vi khuẩn thường trực ở trong ruột, chiếm tới 80% vi khuẩn hiếu khí vừa là vi khuẩn cộng sinh thường trực đường tiêu hóa, vừa là vi khuẩn gây nhiều bệnh đường ruột và các cơ quan khác (Lê Văn Tạo, 1997) Chuyên ngành Vi sinh vật học 18 Vi n NC & PT Công nghệ Sinh học... VKNS: Vi Khuẩn Nội Sinh Chuyên ngành Vi sinh vật học viii Vi n NC & PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 37-2014 Trường Đại học Cần Thơ CHƯƠNG I GIỚI THIỆU 1.1 Đặt vấn đề Trong thiên nhiên, có rất nhiều cây cỏ có chất kháng khuẩn và Vi t Nam có nguồn dược liệu vô cùng phong phú Chúng thường là những cây cỏ rất quen thuộc, mọc hoang dại hoặc được trồng ngay trong vườn nhà Nhiều cây thuốc