Tài liệu hạn chế xem trước, để xem đầy đủ mời bạn chọn Tải xuống
1
/ 34 trang
THÔNG TIN TÀI LIỆU
Thông tin cơ bản
Định dạng
Số trang
34
Dung lượng
20,39 MB
Nội dung
TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG NGHIỆP HÀ NỘI KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC Đa dạng di truyền của sea- island Cotton được phân tích bằng chỉ thị SSR Giáo viên hướng dẫn: PGS. TS Phan Hữu Tôn Sinh viên thực hiện: Hồ Thị Thương 3/2012 • • !"#$%&! '"()%(*+,-# ./012 ./012 3 A. Đặt vấn đề 4 5 !"#$%&!'"()*+,-# !"#$%&!'"()*+,-# 621$78$9$ 621$78$9$ 3/0:--#12 3/0:--#12 4/012 4/012 ; /9< /9< 3=>7? ,< ! 3=>7? ,< ! • @A<$1BB:BBB$B!C D"EF1$1' 8- <"#G!B"1BAHC1IJ#' K !LMN!O30P$+!GBM "EF1$1'1QH0$IGR9"EF1$1' !#O305S • .9"EF1$1'8-"$T+0) BB2U7F2 • .V7?$%+R"#BIM& "7#O1#I • "$T+0"#B#< !1V! P /9< /9< 3=>7? ,< ! 3=>7? ,< ! • 1IWX2F!"Q$-NYZ.<HQ [HQ1I2'9"EF1$1'8- \ !W9"EF1$1'8-I(7?2'>+7H0$ B#1I]9"EF !LI0W0$"<B".9"EF [WI9"EF1$1'G^'#Q$"<B"G!M 7?G_78F79ZL$"<B" • /-`$9&!E"!#>M,$%+7?GFG!W9<IW*]97?+a 9<!"WB"W97ZLIbcZ • Z-NW*:9RWd<>HQW<7?e!I#9 • 9H2(W$9f<1#GIg?$#QN+-hB • cI91#G"7>!!11B1B • i!"WB"h" =,< • j9"E0W0<hK><Y1#'<h"7#<Y1#G!E • 6]9:!J!9!11B1B9<!"WB"$%_1I"%WM • k'0G_9<lm1#G"#$%&1QW0"(IQN:[, 7? ,< /9< /9< 3=>7?,< ! 3=>7?,< ! n • *A#G($<G$$C1I<%("h ($G?O'>MM$ GR17?1G?QQ# 0 • .*+!#R<5;1#I17o+I; 1#IN+ • p"#;1#IN+MEM31#Iq 7?[M!M1Ik"G<c A (0$%+R)iBG#D<B"!I .!"++B!CI!"+!!GBcA (0 $%+R)!<iXI.!"++B!C r !"#$%&!'"()*+,-# • *+,-#!#$9",<'<^ J0191ITs!# • ,<70@17?G?#I-# #I"!>1#II(mM&"':! "s71IR1'>'>W9 +>W9*"fJ9I(K< "#+*f!#`G!# • *+,-#7e7?"h)p" jROr;5G!M7?"h)t!!> !]> S !"#$%&!'"()*+,-# [...]... (Ne) Chỉ số thông tin của Shannon (I) Kỳ vọng (He) 16 II.1.4 Phân tích dữ liệu • Phân tích sự thay đổi (AMOVA) được sử dụng để tính toán sự đa dạng phân tử ở các mức độ giữa và bên trong quần thể và phân tích sơ cấp (PCA) dựa vào khoảng cách di truyền Nei • Ma trận hệ số di truyền tương đương được thu nhận bởi SIMQUAL của NTSYS 2.1 (Rhohlf, 2000) dựa vào thuật toán Jaccard • Hệ số tương đương được. .. khoảng cách di truyền sử dụng SAHN dựa vào UPGMA- phương pháp phân tích nhóm- cặp 17 Kết quả và thảo luận II.2 Kết quả và thảo luận Sự khuếch đại hiệu quả của SSR Đánh giá số liệu thống kê đa dạng di truyền Các kết quả Phân tích AMOVA và UPGMA bằng PCA các SSR 19 II.2.1 Sự khuếch đại hiệu quả của SSR • 237 cặp mồi SSR mang lại 381 loci, trong số chúng, 218 cặp mồi (91,98%) mang lại 361 đa hình với... liệu phương pháp Vật liệu thực vật Phân tích SSR Phân tích dữ liệu 12 II.1.1 Vật liệu thực vật • 56 mẫu Bông biển đảo được sử dụng cho các nghiên cứu- được nghiên cứu bởi Li et al (2008), bao gồm các giống được trồng ở các vùng khác nhau của Trung Quốc và một số từ nước ngoài • DNA được sử dụng cho nghiên cứu là từ Li và cs.(2008) 13 II.1.2 Phân tích SSR • Chỉ thị SSR được sử dụng từ 7 bản đồ liên kết... Xinjiang 26 Phân tích UPGMA bằng các SSR Để mô tả đặc tính đa dạng của các giống từ Xinjiang ( bao gồm 37 và 56), các mồi đa hình giữa các mẫu Xinjiang được chọn để tính toán tỷ lệ đa hình của 26 NST (hình 3) Sự thay đổi của các mẫu từ Xinjiang là nhiều hơn trên các NST 21,10,8,1 với trên 60% đa hình và ít hơn trên NST 2 và 17 27 II.3 Kết luận • 237 SSR được đánh dấu được lựa chọn dựa trên sự phân bố trên... quy định cho mỗi mồi • Các sản phẩm khuếch đại được phân tách dựa vào polyacrylamide (1:19 =bis: accylamide) và nhuộm bạc 15 II.1.4 Phân tích dữ liệu • SSR được mã hóa là ‘1’ cho sự có mặt, ‘0’ cho sự vắng mặt và’9’ cho lỗi dữ liệu PIC được tính toán thông qua Zang và cs (2007) • Số liệu thống kê đa dạng di truyền của Bông biển đảo được phân tích sử dụng phân mềm GenAIEx6.2 (Cruz và cs, 2007) bao gồm:... cao và quan trọng nhất của Bông (Rong và ca, 2004, Nguyen và cs, 2004; Frelicho; Yu và cs, 2007; Zhang và cs, 2008) wski và cs, 2006; He và cs, 2007; Gu và cs,2007) • Việc lựa chọn các chỉ thị SSR được đánh dấu trong ít nhất 3 bản đồ và 1 locus đơn được xác định bởi mồi SSR • Trong tổng số 237 cặp mồi SSR được chọn từ 25 NST với 4 đến 17 chỉ thị từ mỗi NST Không có chỉ thị nào được chọn từ NST22 bởi... liệu thống kê đa dạng di truyền Pop type Polymorpic (%) Na Ne I He Pop1 42.78 0.86 1.16 0.16 0.10 Pop2 32.27 0.76 1.15 0.15 0.09 Pop3 86.61 1.73 1.71 0.21 0.12 Table 2: So sánh đa dạng di truyền của 3 giống 23 Các kết quả AMOVA và PCA • AMOVA thể hiện 8% của phương sai phân tử tổng số đóng góp cho sự khác nhau của quần thể và 92% cho sự khác biệt cá thể • Trong PCA graph , chủ yếu coordinate 1,2 và... của phương sai • Hơn nữa, khoảng cách di truyền (GD) của Pop3 là lớn hơn nhiều so với Pop1 và Pop2 • Ở một mức độ nào đó, Pop 3 là một nhóm độc lập, tuy nhiên, hiện tượng trôi dạt gene là hiển nhiên giữa Pop 1 và Pop 2 24 Các kết quả AMOVA và PCA 25 Phân tích UPGMA bằng các SSR • Lấy 0.22 như là một giá trị gốc, 56 mẫu Bông biển đảo được chia thành 3 nhóm • Nhóm 1 được định vị tại vùng trung tâm, chỉ. .. Dinucleotide 179 92.18 1.66 0.035-0.855 0.342 Trinucleotide 9 77.78 1.71 0.035-0.0.762 0.369 Pentanucleotide 1 100.000 1.00 0.035 0.035 Hexanucleotide 1 100.000 1.00 0.035 0.035 Compound 10 90.000 1.67 0.035-0.7770 0.402 Nterrupted 37 94.59 1.63 0.035-0.862 0.373 Table 1: Amplification of different SSR repeat motifs 21 Đánh giá số liệu thống kê đa dạng di truyền • Với mục đích đánh giá đa dạng di truyền. .. NST 10 rất đa hình Điều này liên quan tới việc phát hiện các gene liên quan chặt chẽ tới các tính trạng của Bông biển đảo • So với dendrogram UPGMA của SRAPs (Liw và cs, 2008), 37 (Xinhai5) cũng được phân nhóm độc lập; tuy nhiên, 56 (Xinhai25) có thể được nhóm với các giống mới dựa vào SSR Cả SRAPs vad SSR thể hiện các giống mới từ Xinjiang được nhóm với nhau, giống cơ bản nhất từ Xinjiang được nhóm