Hỗ trợ định danh nấm ký sinh côn trùng dựa trên phân tích phả hệ vùng gen TEF1

      TEF1 KHOA       MSSV : 1053010978  2014     ThS.    .             N TT NGHIP SVTH: PHXINH i   1 PH 1.1.  2 1.1.1.  2 1.1.2.  2 1.1.3.  3 1.1.4.  3 1.1.5.  4 1.2.  6 1.2.1.  6 1.2.2.  7 1.2.3.  Tef1 7 1.3.  9 1.4.  9 1.4.1.  9 1.4.2.  10 1.5.   15 1.5.1.  15 1.5.2.  15 1.5.3.  15 1.5.4.  16   U 17  17 in sillico 17  18 N TT NGHIP SVTH: PHXINH ii 2.3.  20 2.3.1. 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Jecorina 9  Tef1  29  Tef1  30  Tef1  31  35 Tef1 36  Chloroform 37  -mercaptoethanol 38  39  40 Tef1   40  41 - 42 - 42 - 43 - 43 - 44  44 N TT NGHIP SVTH: PHXINH vi - 44 - 45 - 45 Tef1  46  46  Tef1  49  Tef1  50  Tef1  51 N TT NGHIP SVTH: PHXINH vii  ATP : Adenosine triphosphate BLAST : Basic Local Alignment Search Tool bp : base-pair DNA : deoxyribonucleotide triphosphate ML : maximum likelihood MP : maximum parsimony NJ : neighbor-joining rDNA : ribosomal DNA RNA : ribosomal RNA TEF1 : The elongation factor 1 alpha N TT NGHIP SVTH: PHXINH 1   m  cao  ,  N  c . n c hay  (anamorph)      x Tef1 -1  cho      Tef1  au hay trong .  Cordyceps        Cordyceps    gen Tef1     . [...]... [30] danh n PH ] 6 N T T NGHI P [30], [32] Isaria siclairii Cordyceps sobolifera Beauveria sobolifera Cordyceps sobolifera [20 (anamorph) (teleomorph) 1.2.2 - PH 7 N T T NGHI P 1.2.3 Tef1 Gen Tef1 (translation elongation factor 1) -1 [25] EF40S, [24] -t ribosome di EF-1 [10] [25] Gen Tef1 c [6] [19] Buyck (C tenuithrix ng gen Tef1 C altipes) trong chi Cantharellus gen Tef1 Tef1 [8] Tef1 [25] , Tef1. .. 8.0 EDTA 0.5M Ethanol 70% Isopropanol Gel agarose 1.5 % Agarose 1.5g TBE 1X 100ml Ethidium bromide 2.2.2.3 Ti Tef1 SVTH: PH XINH 19 N T T NGHI P 2.3 2.3.1 K gen Tef1 , pubmed) SVTH: PH XINH 20 N T T NGHI P 2.3.2 in sillico 2.3.2.1 GenBank (NCBI, USA) v Tef1 (www.ncbi.nlm.nih.gov) 2.3.2.2 Thu Tef1 BLAST, Annhyb 2.3.3 2.3.3.1 : -mercaptoethanol 2.3.3.1.1 -mercaptoethanol 1,5g) -HCl ,5M ,5M, 266 2O,... Tef1 Tef1 [8] Tef1 [25] , Tef1 m 1200bp [26] [22] PH 8 N T T NGHI P 1.5 Tef1 H Jecorina [12] 1.3 Cordyceps sinensis, Cordyceps militaris Cordyceps sabrolifera [5 Cordyceps nutans Cordyceps gunnii [4] Cordyceps militaris (Isaria tenuipes PH Cordyceps nutans) [4] 9 N T T NGHI P 1.4 1.4.1 1.4.2 sinh sinh 1.4.2.1 PH 10 N T T NGHI P nhau gen hay 1.4.2.2 D 1.4.2.3 1.4.2.4 PH 11 N T T NGHI P u Jukes-Cantor,... OD260/OD280 XINH 22 N T T NGHI P 2.3.5 PCR 2.3.5.1 2.1 Master mix 7,5 l Primer Forward 10 M Primer reverse 10 M DNA Water free nuclease 5,5 15 2.3.5.2 2.1 F/ 2218R b tc SVTH: PH XINH khu Tef1 23 N T T NGHI P 2.3.6 agarose 1,5 5 2.3.7 Tef1 2.3.8 2.3.8.1 2.3.8.2 - ambigous nucleotide code) SVTH: PH XINH 24 N T T NGHI P 2.3.9 Blastn LAST 2.3.10 2.3.11 - 2.3.12 -Joining SVTH: PH XINH 25 ... 1.4.2 sinh sinh 1.4.2.1 PH 10 N T T NGHI P nhau gen hay 1.4.2.2 D 1.4.2.3 1.4.2.4 PH 11 N T T NGHI P u Jukes-Cantor, Kimura 2parameter (K2P), Tamura 3-parameter, Hasegawa-Kishino-Yano (HKY), Tamura Nei, General Time Reversible (GTR) 1.4.2.5 -and- -and-and- tt PH 12 N T T NGHI P 1.4.2.6 - P - ch P joining or- - PH 13 N T T NGHI P lnL 1.4.2.7 1.5 1.5.1 [35] PH 14 N T T NGHI P 1.5.2 ( =300nm) 1.5.3 (guanine), . Buyck ng gen Tef1      (C. tenuithrix  C. altipes) trong chi Cantharellus.    gen Tef1  .     N TT NGHIP PH 8  Tef1 1.2.3. Gen Tef1 (translation elongation factor 1) -1 [25]. EF- 40S,.  Tef1   47  Tef1   47  Tef1  Genbank