Đề tài: Tìm và phân loại các ncRNA có trong vi khuẩn bacillus subtilis

Từ những năm 60, khái niệm ncRNA (non coding RNA) đã lần đầu tiên được biết đến. Trong những năm năm gần đây, với sự phát triển vượt bậc của công nghệ sinh học, việc nghiên cứu ncRNA đã đạt được nhiều thành tựu đáng kể. Hơn thế nữa, sự ra đời của tin sinh học đã trở thành công cụ đắc lực để hỗ trợ. Tuy nhiên, lĩnh vực này còn khá mới mẻ, cần được đầu tư nghiên cứu. Do đó tôi chọn đề tài:” Tìm và phân loại các ncRNA có trong vi khuẩn Bacillus Subtilis”.

 Bacillus Subtilis.  !"  !"# #$%&'()*+,%-( !"./01*2 (34 !56+-$78#0*+%09/0 *2%:61;<+-=%!$'>(+6'?) @ ! 3$AB1256CDE(6,&4B %(FBacillus Subtilis”$ G%H0H%IJ%H*H%HKKK$K%I%H0H%$LM7C %0N #$$ O7 PQRSCTRUJMVWIOWAXROYWRMXZ7J[ \ S$S$ Z (5IB%(FC \ S$S$S$ ZC \ S$S$N$ ]^*_3C \ S$S$`$ O3 C  S$N$ a b*c4I  -E(63 * 2C d S$N$S$ ]IC d S$N$S$S$ ZC d S$N$S$N$ O3 C d S$N$N$ L0H%eH%C S S$N$N$S$ Z (6f%E*g!,C S S$N$N$N$ Oh%i(6 8 #4 b/0*C SS S$N$N$`$ O3 C SS S$N$`$ L0C SN S$N$`$S$ Z C SN S$N$`$N$ ab*c4*0(63  /0iC SN O7 PQRNCj7k ]W lXO7mO nRLX77 oOOpOqOOY WRMXZ7J[ BACILLUS SUBTILIS Sr %&'& ( )*+ Bacillus Subtilis  Sr N$S$S$ ]^*_,%-C Sr N$S$N$ st-,&4C Sr G%H0H%IJ%H*H%HKKK$K%I%H0H%$LM7C %0` N$S$`$ st-,&"cC Sr N$S$u$ st-EC Sv N$S$\$ st-*B0C Sv N$S$$ M0%?/0(Fw$L"* Sd %&%& ,       -   .   /+  0  12  1+         3+1&451 N N$N$S$ LC NS N$N$S$S$ "*%C NN N$N$S$N$ "*%wC N` N$N$N$ **%C N\ N$N$`$ #"6h*0',0*0C Nv N$N$u$   5?0C Nd N$N$u$S$ x*%C Nd N$N$u$N$ 0C `N N$N$u$`$ *%SC `` N$N$\$ O*0  0% y3 C `\ %&6& ,78 9 `r N$`$S$ j  8,, +C `r N$`$N$ j  8,,* 2C `v zX]X{J7aZ7|WC `d O7 PQR`CZ }]J~MzZX}R7• u `$S$ EE,%-C u `$S$S$ %#)C u `$S$N$ €M0C u G%H0H%IJ%H*H%HKKK$K%I%H0H%$LM7C %0u `$S$ 7  )3%  80C u :;<=>'?>@ABCDE:DFG>:H D>BGI;AJ $S Z(5IB%(FC $S$ ZC I6,&_36B1B0,%H$ B? !261B0,%HI,%HI, IH**HH%3e0Ie$R)4 *0** 9 !*_;</0(F$%E+A 6Bb !, 9 !26bH$ II"0•B‚,g"#0(6%hf0%2 61%"*H%ƒ ** ,(6"0•(‚; 6H„*„I0(H*,He%0*%,I H„"h4,t"(670%$LcB0%H/0 96  0 !"#%y$'3&'%>(+%0*%,(6 *2h'*+•4/066$Z-5)  !,'(… 0 !-3(53(6ƒB-1 B3$ $N$ ]^*_3C  !,":x%H%aH*H%(6Svv(6# Sd`d !6Bf0#g!,,%H$70.,†*0Bx%0* O%,%066,%0^$‡0‚.%ˆ ‚!,8t,"0*H(),b86b,',H,H#$ O !1‰6b00H !Eh'%hH" G%H0H%IJ%H*H%HKKK$K%I%H0H%$LM7C %0\ Eh%i/0B   !1"c(6Sd\$s-*‰Šhb…# 00H"H%G$7H'*_;Su/0hH"E 84- h,S#-,&‚$ I#,HB%"*H !,#,HB6J% Sdv$#,HB6*+,%0)()**„*OXLj (650$"g*&'i‹"0•%"*KH*(6$M ,%08#0,Bf0#i,O%0O$aH(6%HKx%H (5*06 !‰"H*‹20''2N$ $`$ O3C Ib(5b(6B(6Bf0#5f%E/0# "6$B(0%?f0%2%& !"‰•%h‰t #*+*c/0#"6#t"8(5btb(66B f0tŒ()0$5 !"‰• !6B04,&_ t‚†]0t#)$ O(0%?‚/0C M0%?/0%f%E^C + 5%*c  !"‰•%h#(6B f0,34,#f%E^$ + "*H  B    4  %"H,%H  6    %    #  () ,%H ? 2  65 %"*H$ U0  f %E % :  6  %"H,%H6''-&%0#"6h(646 %"*H:B68•%0^%#"6$ + "*H"0•8Ž6%$%*(.&*8i  !46`?%*(.&+6u$ O%B(0%?6hŠif%E^$ G%H0H%IJ%H*H%HKKK$K%I%H0H%$LM7C %0 + ab.,!,/0,&_%00 (6,%H$*b,7•O(6b,O•A6  !Eh':%(Fg(6*(.&+$ + •‘'H0*Haj6H‘'H4B0%"H,%H()N(0%? 0:*(.&+"^4#%*(.&+$O‰ NB/05f0#*+,%-/0%$ + €  (  F  I(.  '-I1    %0*eH%IH**HH%I 6bjBf0#‰3%"*H"^%E% %H**0H%"*H* %(<%(6cHŠ*,C †Š‰'%0:* (.&+$ %(5?0HCL+"-/066H !5?0": *$L+5?06'B-Š‰'%0:%*t:6%0*C + b4*%0*I0C • €*(.&+C3b5?0"-H08$ ab%B-6‰3b"-/06% H$O8#6,&_% :64b6 1f0b,"g*bt5,&_$ O3‚/06‰ 5?0"-H$ 0*Hjƒ !36‰ :#*+ "-H$ • %8- 90*Hj6#*+*0’,"E  9(6f‰*0":,'H%0*HXXX$ Oi  "0• H   % \L  Lj  (6 J *$ G%H0H%IJ%H*H%HKKK$K%I%H0H%$LM7C %0r • *  :  (  F    L    # t  "  ()   ,'H%0*H  H‘'H  30  '#  c t  %   *0r$  L+  86'3#*+"-b,%H%,;b(6 *0r%,0>$ • ab*:(FWŠ'L5"ˆ #()=LHIA00%$WŠ'L  !4%0 - ,3()*%H**Š'B0%•*H%0$ • ab3&'h'%ˆ†B4b, /0%E+B-B‰ :#"-H$ •‘'H^,'H%0*HXX/06#- 4•*<h%L‘*00%'H*,"Hh$ + bb**I0C • ab*c   !  <(6 \“J* /0 H B0 ,%H,%HH(6‰ :)*+"-/0 i  H      9    0$  O”  4    b %"*KH*B-%6"b%+#,b,&_; •*+%6"b/0;‰ :#*+4b/0 H$ • %E+…H0H% !Eh':• /0H/0,H%**g!,00$ 'c6' !E6b%0h%i B-B%(–B0=,H,H%h<66 00I*‰,Fc–/0,H%$abh%i# iH%0%E6B*+ 000 5 ?0(6*+'-/0%"*H*+… , 1"^‰%:$ZBb*+#;/00%H/0 G%H0H%IJ%H*H%HKKK$K%I%H0H%$LM7C %0v 005?0%"*H%0*0,H,H…(6 h%i0H%0E6$s56',’, ,'H%0*H*0’,4%0*%"H,H%$O…   !"# #6,H%*H,H%]HH,H% %HH(6,H%%',,0$ (6h%;•*<-C†B:*(.&+$ (6H,?/HeH*HCOXLjO*H%HH0%'XH%*,0H L%j0%H,H0* !t,4Eh'%A/05(F(6( Fg$L+t,t,4 !":#*,0H%*B56  8+$B !3%ˆ#6'B- !"<• -+F(6*0Bi,"‰(#"6•"^•%–$ $N ab*c4I-E(63*2C $S$ ]IC $S$ ZC ]I6B%b)"0•1B0,%HB ‚ ))8NHH$ G%H0H%IJ%H*H%HKKK$K%I%H0H%$LM7C %0d O3/0I 6,&_ *0ee 5?0*_0 g *H(6‰ :# 8%E4%'5H,HH%*‰,F /0f%E,%0*%,H$w-%c45?0'*%H0H/0 Ih'6Bf0#b4'#.HeH %*+,%-(6"*H0*H*$ 31E"-/0I*Œ6b, 8,, %hf0%2%*+-"#(0%?/0i%55c1 E$•,HH !-60'gB‚!,(6B-%'5 !(5 t-Ef%E1f0#0'g%E+A$ $N$ O3C O 0B1;-%(F$ L+5?0*0%L$cerevisiae(F(6+(.ƒ !+": 0*H*H$ #hH(F+(.(6 9–b 8#5-*0":1,;b*$ 6'0'53/0I !Eh' 6%'5 ‚*0,;(; •_,&_H0%H'*t… ) ,3!,%"H,%H#(–•*<t"(6ƒ00 6*0ee*%(4e%0,3!,$ %'5‚C*+,/0b(6h^%h0(6%b ‰90;-$L+"-/0iB-B%,‰3()‚ ‚*”4 ”#"6(6b$ME(.'B-–   ‚  ,& _  (6  B - 4 b   6 ,& _   h  0%H%*  e e0'*e0"0H(H*$ O4•,&_4b*Œ•%0;- !*0’, *0B<(6'#c,%H$a•_B-6'#c,%H—*,HD 6'#c,(6"b5†eH%*•*<h$s56'…# G%H0H%IJ%H*H%HKKK$K%I%H0H%$LM7C %0S [...]... thể bằng cách tạo ra (Producing), phóng thích (Releasing) và dò tìm (Detecting) các phân tử tín hiệu; là tiến trình các tế bào vi khuẩn thông tin liên lạc với nhau bằng các phân tử tín hiệu Nhờ Quorum Sensing, vi khuẩn có thể kích hoạt sự hoạt động của các gen mã hóa các tiến trình như: tạo màng sinh học, tạo bào tử, phát sáng, sản xuất kháng sinh, tiết ra các độc tố v.v… + Ở các loài vi khuẩn Vibrio,... main_group=genomics&sub1=long_non-coding_rna_%28lncrna%29 ( Word Reader - Unregistered ) www.word-reader.comSVTH: Trang 18 CHƯƠNG 2: PHÂN LOẠI, CHỨC NĂNG SINH HỌC CỦA CÁC ncRNA CÓ TRONG VI KHUẨN BACILLUS SUBTILIS ( Word Reader - Unregistered ) www.word-reader.comSVTH: Trang 19 .1 Tổng quan về vi khuẩn Bacillus Subtilis: 1 Lịch sử phát triển: Bacillus subtilis được phát hiện đầu tiên trong phân ngựa năm 1941 bởi tổ chức... học, chăn nuôi, thực phẩm .2 Đặc điểm phân loại: Theo khóa phân loại của Bergey, vi khuẩn Bacillus Subtilis thuộc: − Bộ: Eubacteriales − Họ: Bacillaceae − Giống: Bacillus − Loài: Bacillus Subtilis .3 Đặc điểm phân bố: Vi khuẩn Bacillus subtilis thuộc nhóm vi sinh vật bắt buộc, chúng được phân bố hầu hết trong tự nhiên Phần lớn chúng cư trú trong đất, thông thường đất trồng trọt chứa khoảng 10 - 100... cho các binh sĩ Đức chiến đấu ở Bắc Phi Vi c điều trị phải đợi đến những năm 1949 -1957, khi Henrry và các cộng sự tách được ch subtilis Từ đó subtilis therapy” có nghĩa là "thuốc subtilis" ra đời trị các chứng vi m ruột, vi m đại tràng, chống tiêu chảy trong rối loạn tiêu hoá Ngày nay, vi khuẩn này đã trở nên rất phổ biến, được sử dụng rộng rãi trong y học, chăn nuôi, thực phẩm .2 Đặc điểm phân loại: ... các độc tố vào tế bào vi khuẩn, và đóng một vai trò quan trọng trong sự tồn tại của tế bào vi khuẩn trong môi trường đa dạng các protein màng bên ngoài (OMPs) bao gồm Porins và adhesins Nhiều sRNAs điều hoà biểu hiện của OMPs OmpC Porins và OmpF là chịu trách nhiệm cho vi c vận chuyển các chất chuyển hóa và các chất độc Các biểu hiện của OmpC và OmpF được điều hòa bởi MicC sRNAs và MicF để đáp ứng với... uống vào dạ dày nó không bị acid cũng như các men tiêu hóa ở dịch vị phá hủy Ở ruột, bào tử nảy mầm và phát triển thành thể hoạt động giúp cân bằng hệ vi sinh vật có ích trong đường ruột, cải thiện hệ thống tiêu hóa, nhất là sau khi sử dụng kháng sinh kéo dài .2 Phân loại và chức năng của một số small RNA trong vi khuẩn Bacillus. Subtilis: Những nghiên cứu có hệ thống đã được thực hiện ở một số vi khuẩn. .. học, trong thực phẩm, đồ uống, khử trùng: + B .Subtilis có khả năng sinh nhiều enzyme, trong đó, quan trọng nhất là amylase và protease – 2 loại enzyme thuộc hệ thống men tiêu hóa + B .Subtilis có khả năng sinh tổng hợp một số chất kháng sinh có tác dụng ức chế sinh trưởng hoặc tiêu diệt một số vi sinh vật khác, tác dụng lên cả vi khuẩn Gram(+) và cả Gram(-) và nấm gây bệnh + B .Subtilis thường tồn tại trong. .. hoang thì vi khuẩn Bacillus subtilis rất hiếm Nước và bùn cửa sông cũng như ở nước biển cũng có mặt bào tử và tế bào Bacillus ( Word Reader - Unregistered ) www.word-reader.comSVTH: Trang 20 subtilis (Vũ Thị Thứ, 1996) .4 Đặc điểm hình thái: Bacillus subtilis là trực khuẩn nhỏ, hai đầu tròn, G+,kích thước 0,5 - 0,8m x 1,5 – 3 m, đứng đơn lẻ hoặc thành chuỗi ngắn Vi khuẩn có khả năng di động ,có 8 -... nghiệm hướng vào phát hiện các tính chất cơ bản và đặc điểm của vi khuẩn Gram dương hình thành bào tử Trong đó, các nguyên tắc và cơ chế cơ bản hình thành endospore bền (durable endospore) đã được suy luận từ các nghiên cứu hình thành bào tử trong B .Subtilis Tính ổn định cao của B .Subtilis trong điều kiện khắc nghiệt của môi trường làm cho nó trở thành một trong những đại diện hoàn hảo cho các ứng dụng... www.word-reader.comSVTH: Trang 11 các promoter của E-cadhehin, yếu tố tăng trưởng mạch nội mô (VEFG) và p21 làm tăng mức độ mRNA và protein của các gen này .Trong cơ thể, con đường siRNA đóng vai trò quan trọng trong vi c hạn chế lây nhiễm virus vì nó làm bất ổn các RNA được tạo ra trong chu kỳ sống Ở vi khuẩn: Chưa rõ 2 Cấu trúc và cơ chế hoạt động của siRNA: siRNA có một cấu trúc được xác định rõ ràng, . lXO7mO nRLX77 oOOpOqOOY WRMXZ7J[ BACILLUS SUBTILIS Sr %&'& ( )*+ Bacillus Subtilis  Sr N$S$S$ ]^*_,%-C Sr N$S$N$ st-,&4C. O•¡jZwwaa,XeWwj¢WXU SN$,C••("*$0$(•,%$,,•,*žu S`$,C••(H*HH*$e%HH$e%•0•'H0•,00Š00S$ Su$,C••H$K,H0$%•K•Lœ•œL*%Lœ S$,C••KKK$"$$$(•,•0%H*•jaONuNNvu`• S$,C••H$K,H0$%•K•O0H%'CIœ Sr$,C••KKK$"0$•"•,0H•*"S$,• 0œ%,žH*Ÿ*"SžœIœ%0œŽNv%0ŽNd G%H0H%IJ%H*H%HKKK$K%I%H0H%$LM7C %0Sv :;<=>%,;NDOGP:;Q:R>4G;;S: :T:U::HD>BGI;AJ BACILLUS SUBTILIS G%H0H%IJ%H*H%HKKK$K%I%H0H%$LM7C %0Sd $S$ ()*+ Bacillus Subtilis $S$ ]^*_,%-C w0*.   Bacillus Subtilis.  !" 