Bai 5 tin sinh hoc

PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ DNA VÀ PROTEIN BẰNG ORF-DNA CLUB MỤC TIÊU CỦA MÔN HỌC  Xác định một trình tự những nucleotide mã hóa cho protein  Xác định được vị trí bắt đầu và vị trí kết thúc của đoạn gen  Phân tích đoạn antisene theo chiều ngược lại của DNA bổ sung Quá trình phiên mã RNA từ DNA Protein RNA DNA transcription translation CCTGAGCCAACTATTG ATGAA CCUGAGCC A ACUAUUG AUGAA PEP T ID E Sự sao chép sinh vật prokaryotic và eukaryotic Quá trình phiên mã RNA từ DNA Dịch mã theo quy tắc một gene một protein Dịch mã trong Prokaryotes Promoter Gene1 Gene2 Gene N Terminator Transcription RNA Polymerase mRNA 5’ 3’ Translation Ribosome, tRNAs, Protein Factors 1 2 N Polypeptides N C N C N C 1 2 3 Dịch mã protein Khung đọc mở là gì?  Đoạn trình tự nằm giữa một bộ ba khởi đầu và một bộ ba kết thúc tương ứng cùng khung đọc được gọi là khung đọc mở (ORF = open reading frame).  Đặc điểm này được dùng để xác định các trình tự ADN mã hoá protein trong các dự án giải mã hệ gen. UAA,UAG UGA (TAA, TAG, TGA) Initiation codon Initiation codon Stop codon Stop codon Promoter region Promoter region • Shine-Dalgarno box (AGGAGG) Shine-Dalgarno box (AGGAGG) • Pribnow box (TATAAT) Pribnow box (TATAAT) • -35 site (TTGACA) -35 site (TTGACA) Prokaryote Prokaryote 5’ 5’ Mở đầu: AUG (ATG, GTG, CTG, TTG) 3’ 3’ ORF Terminator Terminator ORF - Khung đọc mở  Trong Di truyền phân tử, một ORF là một bộ phận của gene của sinh vật mà bao gồm một chuỗi trình tự các base có khả năng mã hóa cho một protein.  Trong một gene, các ORF nằm giữa trình tự khởi đầu (codon bắt đầu) và trình tự kết thúc (codon kết thúc). [...]... (ORF) F3 F2 F1 Trình tự DNA có thể được đọc trong 6 khung đọc ở các sinh vật có DNA mạch đôi; 3 khung đọc trên mỗi mạch    * * *  * * * Forward DNA strand Reverse DNA strand * *  Start signal * Stop signal   * *   * *   F4 F5 F6 Total ORFs in F1: 3 Total ORFs in F2: 2 Total ORFs in F3: 1 Total ORFs in F4: 1 Total ORFs in F5: 3 Total ORFs in F6: 2 Total ORFs: 12 Chiều dịch mã trong sáu khuôn... ORFs in F5: 3 Total ORFs in F6: 2 Total ORFs: 12 Chiều dịch mã trong sáu khuôn đọc ORF +1 AATGGCAATCCGCGTAGACTAGGCA +2 AATGGCAATCCGCGTAGACTAGGCA +3 AATGGCAATCCGCGTAGACTAGGCA 5 3’ AATGGCAATCCGCGTAGACTAGGCA 3’ TTACCGTTAGGCGCATCTGTATCGT 5 -1 TTACCGTTAGGCGCATCTGTATCGT TTACCGTTAGGCGCATCTGTATCGT -2 TTACCGTTAGGCGCATCTGTATCGT -3 Six reading frames +1 AATGGCAATCCGCGTAGACTAGGC N G N P R R L G +2 AATGGCAATCCGCGTAGACTAGGC...• Các ORF luôn luôn được bắt gặp khi di chuyển vị trí ngang qua các mẩu DNA trong lúc cố gắng xác định vị trí một gene • Bởi vì các sai khác tồn tại trong trình tự khởi đầu của các sinh vật với mã di truyền khác nhau, ORF sẽ được xác định khác nhau Ví dụ, nếu một phần của bộ gene đã được giải trình tự • Các ORF có thể được xác định vị trí bằng cách khảo sát mỗi một trong số 3 ORF . box (AGGAGG) • Pribnow box (TATAAT) Pribnow box (TATAAT) • - 35 site (TTGACA) - 35 site (TTGACA) Prokaryote Prokaryote 5 5 Mở đầu: AUG (ATG, GTG, CTG, TTG) 3’ 3’ ORF Terminator Terminator ORF. protein Dịch mã trong Prokaryotes Promoter Gene1 Gene2 Gene N Terminator Transcription RNA Polymerase mRNA 5 3’ Translation Ribosome, tRNAs, Protein Factors 1 2 N Polypeptides N C N C N C 1 2 3 Dịch mã. DNA Protein RNA DNA transcription translation CCTGAGCCAACTATTG ATGAA CCUGAGCC A ACUAUUG AUGAA PEP T ID E Sự sao chép sinh vật prokaryotic và eukaryotic Quá trình phiên mã RNA từ DNA Dịch mã theo quy tắc một gene