Bai giang tin sinh hoc 2

TÌM KIẾM TRÌNH TỰ SINH HỌC VÀ ĐĂNG KÝ TRÌNH TỰ TRÊN CƠ SỞ DỮ LIỆU Mục tiêu của bài học  Có khả tìm kiếm được những trình tự sinh học như DNA, RNA, Protein.  Đăng ký những trình tự đã nghiên cứu được lên Cơ sở dữ liệu sinh học bằng phần mềm Sequin. Tìm ki m trình t sinh h cế ự ọ 2 Nguyên tắc trong giải trình tự  Phương pháp Sanger: là phương pháp dựa trên sự tổng hợp gián đoạn DNA.  Dựa theo phương pháp này chúng ta có thể xác định được trình tự nucleotide của DNA hay RNA (ATGC… TTT) 3 Tìm ki m trình t sinh h cế ự ọ Nhiễm sắc thể, DNA, Gene, Nucleotide Gi i thi u môn h cớ ệ ọ 4 Gửi trình tự lên Genebank của NCBI Trình tự đã giải Gi i thi u môn h cớ ệ ọ 5 Đưa vào cơ sở dữ liệu sinh học: -NCBI - Các cơ sở dữ liệu khác Sequin Nguyên tắc tìm kiếm trình tự sau khi đã giải trình tự 1.Tìm bằng từ khóa: 2.Công cụ tìm kiếm -Mã số truy cập -Tên (gene hay Protein) -GI -Độ dài trình tự -Trọng lượng phân tử -Tên tác giả giải trình tự 3. Lọc trình tự 6 Tìm ki m trình t sinh h cế ự ọ Kết quả cần tìm Kết quả cần tìm Tìm ki m trình t sinh h cế ự ọ 7 Tìm kiếm trình tự sinh học qua NCBI Click Tìm ki m trình t sinh h cế ự ọ 8 Tìm kiếm trình tự DNA Tìm kiếm trình tự qua mã số truy cập Tìm ki m trình t sinh h cế ự ọ 9 Mã số truy cập của một trình tự là mã số do các nhà quản trị CSDLSH đặt cho một trình tự, thường có dạng :  8 ký tự : 2 chữ và 6 số ví dụ như AY690640  6 ký tự : 1 chữ và 5 dố ví dụ như U20068 TÌM KIẾM TRÌNH TỰ SINH HỌC QUA MÃ SỐ TRUY CẬP Tìm ki m trình t sinh h cế ự ọ 10 [...]... trình tự sinh học 15 Một số mã số truy cập của RefSeq database 1 mRNAs and Proteins  NM_ 123 456  NP_ 123 456  NR_ 123 456  XM_ 123 456  XP_ 123 456  XR_ 123 456 2 Chromosome NC_ 123 455 4 Assemblies NT_ 123 456 Curated mRNA Curated Protein Curated non-coding RNA Predicted mRNA Predicted Protein Predicted non-coding RNA Microbial replicons, organelle genomes, human chromosomes Contig Tìm kiếm trình tự sinh học... trình tự amino acid Giới thiệu môn học 26 Tìm kiếm trình tự sinh học 27 Phần mềm Sequin Tìm kiếm trình tự sinh học 28 Giới thiệu môn học 29 Các download phần mềm sequin trong NCBI Giới thiệu môn học 30 Cách đăng ký trình tự đã được giải mã qua phần mềm sequin Chọn Genebank (NCBI) Giới thiệu môn học 31 Bước 1: Điền thông tin Giới thiệu môn học 32 Tìm kiếm trình tự sinh học 33 Giới thiệu môn học 34 Giới... dài bao nhiêu ? Nó mã hoá cho gen gì? Công trình này được đăng tải bởi tạp chí nào? Tác giả là ai? Trả lời 2: Giới thiệu môn học 21 Tìm kiếm trình tự protein Tìm kiếm trình tự sinh học 22 Tìm kiếm trình tự qua tên sinh vật Giới thiệu môn học 23 Định dạng trình tự dạng FASTA Giới thiệu môn học 24 Thẻ giới hạn phạm vi tìm kiếm trình tự protein           [ALL] : Tất cả các trường tìm kiếm [ACCN]... Tìm kiếm trình tự qua tên gene Tìm kiếm trình tự sinh học 12 Tìm kiếm trình tự sinh học 13 Cách lấy trình tự theo định dang FASTA Giới thiệu môn học 14 Định dạng FASTA FASTA là một giải thuật bắt cặp trình tự được David J Lipman và William R Pearson miêu tả lần đầu tiên vào năm 1985 (Rapid and sensitive protein similarity searches)  Nhiều phần mềm tin sinh học cần dữ liệu trình tự gene hoặc protein... Predicted mRNA Predicted Protein Predicted non-coding RNA Microbial replicons, organelle genomes, human chromosomes Contig Tìm kiếm trình tự sinh học 16 Ví dụ 1: NM_ 123 456Curated mRNA NM_ 123 456 Tìm kiếm trình s sinh học 17 V í dụ 2: NC_ 123 45 Giới thiệu môn học 18 Kết quả tìm kiếm bộ gene Giới thiệu môn học 19 Thẻ giới hạn phạm vi tìm kiếm DNA          [ALL] : Tất cả các trường tìm kiếm [ACCN]:... publication date [ORGN] : Sinh vật chứa trình tự đó - organism [TITL] :Định nghĩa trình tự trong mẫu tin – title [SLEN] :Chiều dài của trình tự - Sequence length [GENE] : Tên gene Tìm kiếm trình tự môn học 20 BÀI TẬP Chúng ta thực tập tìm kiếm trình tự gen có tên là ST GENE và lấy đoạn nucleotide theo định dạng FASTA Câu hỏi 1: Kết quả có bao nhiêu mục tìm thấy ? Trả lời 1: Câu hỏi 2: Trình tự DNA này dài... tự được chỉnh sửa hay ngày trình tự được cập nhật (update) – publication date [ORGN] : Sinh vật chứa trình tự đó - organism [TITL] : Định nghĩa trình tự trong mẫu tin – title [SLEN] : Chiều dài của trình tự - Sequence length [PROT] : Tên protein – Protein name [MOLWT] : Trọng lượng phân tử protein Giới thiệu môn học 25 Bài tập Chúng ta thực tập tìm kiếm trình tự protein là độc tố bền nhiệt có tên là . Assemblies NT_ 123 456 Contig Tìm ki m trình t sinh h cế ự ọ 16 Ví dụ 1: NM_ 123 456Curated mRNA Tìm ki m trình s sinh h cế ọ 17 NM_ 123 456 V í dụ 2: NC_ 123 45 Gi i thi u môn h cớ ệ ọ 18 Kết quả tìm. Predicted mRNA  XP_ 123 456 Predicted Protein  XR_ 123 456 Predicted non-coding RNA 2. Chromosome NC_ 123 455 Microbial replicons, organelle genomes, human chromosomes 4. Assemblies NT_ 123 456 Contig. trình t sinh h cế ự ọ 15 Một số mã số truy cập của RefSeq database 1. mRNAs and Proteins  NM_ 123 456 Curated mRNA  NP_ 123 456 Curated Protein  NR_ 123 456 Curated non-coding RNA  XM_ 123 456 Predicted