Khóa luận tốt nghiệp Hóa học: Hướng dẫn sử dụng phần mềm Chemsketch 8.0

* Khi chọn chức nang này, một hộp thoại hiện ra, chọn img dụng cần chèn trong danh sách trên, img dụng sẽ được mở ra cho phép ta tạo đối tượng trong trình ứng dụng đó.. - Add Explicit Hy

Trang 1

BỘ GIÁO DỤC VÀ BAO TẠOTRUONG ĐẠI HỌC SU PHAM THÀNH PHO HỒ CHÍ MINH

she

KHOA LUAN TOT NGHIEP

Cử Nhân Hoa Hoc

Chuyên Ngừà+: Hoá Phân Tich

Sta

HUNT DAN SỬ DUNG PHAN MEDA

Reaction Coordinate

Người hướng din (hoa hoe: Thầy NGUYEN HIẾN HOANG

Người thực hiện: NGUYEN THÁNH LAM

THÀNH PHO HO CRAOWIEN

-Tháng Sưiă 298B44e‹ -S.r.¿ \: :-›

Trang 2

Khoá Luận Tốt Nghiệp GVHD: Thay NGUYEN HIEN HOANG

i 6606081069046 0(/0414,//020/712 490v 7/40/7200 4/ 0462090 0/4 2g 8,229.

Cong nhing ngày thya hign khod Íuận nay, ot ohusa quen

vd adng olga nén em da gap khong tt khá khan WNgoat :

những số gắng ala bản than va sự dong ottn ala gia dink, `

bom ba, am da when được cụ ott do Êuông dim lậu tink dle

Thy Nouytn Hite Hoang bong su quá tink ấục bie

Buda Áầu fam quen gới aðng ơifa nghien atu, J.

gian cà ÊÑÄ năng aòn han aÑf ntn khod Íuậm khong txánR `

KÑät nhang thits sót Em kink mong nẵận duga sự góp ý chan |

thank ala qui Thay Co oa ada ban.

Xm chan thank adm on

Tp Hd Cht Mink thing 5 năm 2006

—Fx+f Lee LESS ned Wl LI Pe

SVTH: NGUYEN THANH LAM |

Trang 3

Khoá Luận Tốt Nghiệp GVHD: Thầy NGUYEN HIEN HOÀNG

MỤC LUC

PHAN! MỜ ĐÀU

PHẢN? GIỚI THIỆU PHAN MEM CHEMSKETCH 8.0-————————7

L — Cải đặt ChemSketch 8.0 -— - + === nnn rene -7

Il Khởi động ChemSketch 8.0 -+++-0-00=- 7

HI Giới thiệu vẻ các công cụ và chức năng -« <=< -======-=====~~ —7

1.11 Thanh công cụ General - 18

1.12 Thanh công cụ Structure - 19

1.13 Thanh công cy Atoms -— -« <=sseeesseeeeee 24

1.14 Thanh công cụ References -« ~-~-~«======«=«<==~=~= 25

1.15 Thanh Color Palette

1 16 Thanh Status Bar -~< se====sss==r=eer==e======= 25

= ˆ

2 Chế độ Draw mode -~-—-~ -~====+e==ee====ese=eesrerse 26

2.1 Tools menu -~<-=«<~<<<<<<=s=====~~=~x=r=x==s======= —~ 27 2.2 Object menu -~ -~~ ~==-~~=~~~=~======~=======~ 2Ñ 2.3 Thanh công cy Editing -<-=«-=«««««-«=======s==see==se 29 2.4 Thanh công cu Drawing -— - 32

IV Thoát ChemSketch 8.0 -<~<~<~<===<~<~~>»==e=>=>=====~= 33

PHAN 3 NOIDUNG NGHIÊN CỨU ———————————————-34

I Vẽ cấu trúc đơn giản -~ -~-~~~~<es====e===e=s==========sr=er 34

1 Công cụ Draw Normal -— -~ —~-~-~=<~=+~e=~xe~e=======e=~x=erx~ 34

2 Liên kết bội -—-~— ~~-~~—~~~~~<===============>e 34

TC XOd NQUYEN UU nan 35

4 Mạch Polyme -<~-«-<<=<=<e<=<~xeseee=ee=etrrrrere=ereer=e=ee 35

SVTH: NGUYÊN THANH LÂM 2

Trang 4

Khoá Luận Tốt Nghiệp GVHD: Thầy NGUYEN HIEN HOANG

5 Công cụ Pscudo Atom «««e««-«-e««seeeeeeeessesseeeesesseseeexeeeee 35

6 Thay đổi nguyễn tử -~ -« -«===-======xee==r=srers===>=——~ 36

7, Công cụ Draw Continuous -< -=<~~====~=~e==~e=x=====ee~ 36

8 Chức năng kéo chuột -= =¬======«=s=s======== 37

9 “Clean” chs ae 37

10, Công cụ Edit Atom Label -~ «-<~-<=~ <~<<=<<<<<<========e===s 37

11, Công cy Draw Chains - 38

II Về cấu trúc phức tap -« -~-<<<<<<<<<+==<«eeee===eeeseeseeeeeeee 39

I Table of Radicals (các gốc hữu cơ) -~-=-~-=====~~=~=~= 39

2, Ring Structure (câu trúc vòng) - 39

3 Xoá nguyên tử và nhóm nguyên tử - 40

4 Thay thé nguyên từử -~-~=reerxrr~e~~+xrrrrr~r>r> 41

II Các dạng liên kết khác -«~<<<<<==e~=~sxe=eeee~~e===~ 49

12 Thay đổi các thuộc tính nguyên tử -~ = ~-~========== 54

Ill Cấu trúc 2D, 3D, SMILES Notation, sơ đồ phản ứng - 54

a Vẽ cấu tric Bicyclo[2.2.2]octan -~ -~ ~~ -~ §7

b Vẽ chu trúc Triptycen —————— ————-—~-c -=-~-===e======sem 58

3 Template Window -« =<<<<<<<=«-«e-see=sesse==e==e~x~ee~e~===e 68

V Xem thuộc tinh của phan tử -«-~ -«<-«~ <<<~<e-xe====sr=srsee=ee=e 7)

l Xem các thuộc tinh của axit benzoic - 7Í

2 Xác định khỏi lượng của phan thuộc cau trúc -~-~~-~- 72

VI Hiện tượng Ïautome -= =<«-<<<<<<<-e e~=serrssrssesessee 75

VII Chuyển cau trúc sang tên -~-~ ~ ~~-~-~~=~~~~======~==========z IG

SVTH: NGUYEN THANH LAM 3

Trang 5

Khoá Luận Tốt Nghiệp GVHD: Thay NGUYÊN HIẾN HOÀNG

VIL Obitan, diagram, table, dụng cụ thí nghiệm -<=-=«<=~~«===~= 77

1 Obitan -— -— - 77

2, Diagram = -= -==~~-~=======~~~-~=~==e=eeeeererer====erxe “

a Vẽ đường CONG -<«<-«<=~e=+~=+eeee=e=ee=ess=ee===========e 78 b Vẽ CAC trỤC ~ ~ -=-~«<«««========ssx=========srseeessees===ee 79 3 Table -— ~ ~-~ ~-~-~-====~===ee=e=ere==~=rer=r==z========= §I 4, Dụng cụ thí nghiệm -~ ====~-««-===~==~~=esee=eeeeeee+e*ee===e 86 IX Một số cấu trúc khác -— -~~~~-~<«====ee======xee=~=-====—~ 88 1 _ Vẽ cấu trúc -mantOZ0 -«««===«======r===~e~=~==~ 88

2 Cấu trúc của một số Vitamin -== ~-=¬-~>~==~=~=~======= 90 3 Cấu trúc của một đoạn DNA -— ~~ ~~~~-=~===~==>====~==== 92 4, Vẽ phân tử chất lỏng -« ==-===~s=======+==ee==~~== 95 5, Symbol -« -<-«=-<«<=««<=s«eee==seeer========rr===~===s=e=eee 98 GS Citing DD) eee 98 7, Công thức Fischer cla D-glucozơ và D-Íruct0z0 -~- 99

8 Nhựa phcnolfomanđchit -«~~===~~======~=~+~~======= 100

9 Một số phương trình phan ứng - 104

10 Câu trúc Naphtalen -=-<= <=~«=====~=========~===~======= 110 11 Công thức chiếu Newman của Etan - HI X Tạo User Template cho chương trình hoa hừu co lớp 11, 12 - 113

| Ankan - TT an nan nan 113 2, Anlken ss=sssssss=sssssee=s=sssssssssssss.ssesesssses=ee 113 3 Anksdien———————===——————————————————lIH4 4 Ankiniese=s=====esieeseseseseseeseekesassxemessnw<ems=mosivese 115 Š, Öenzen -« -« «<== -«eess=ee====sese=e====see======sssee=e 115 6 AnCOl -< -<<=====~=«<===========ssere=r======sr===x=>=sr=rr 115 7 Phenol -~ = ~<~====~=~=~=~x=e====>=~=~======~=~====== ~116 8 AnđChit -< <<<<==<<<=<<<<<s<=======se=e==e=e=s=srseerrxresseer=se 116 i | =r.=ee=seee========e==== ~117 XI Ứng dụng phan mềm ChemSketch 8.0 trong thiết kế giáo án - 118

| Giáo án phần tính chất hoá học bài Ankin -— - 118

2 Giáo án phan tính chat hoá học bai Phenol - 119

3 Giáo án phân tinh chất hoá học bai Axit Cacboxylic— - 119

XII Một số chức nang của chương trình 3D Viewer -~ 120

1 Khoi động chương trình 3D Viewer -— -— - 120

2 Một số chức năng -= -========e=e========eee===e 121 3 Save và Load những cài đặt -—- 128

a Save những cai dat - 128

b Load những cải đặt -~-~ ~ ===-~~~=~==~==~~~=~~==~= —~128

Kết luận và Đề xuất 129 Tài liệu tham khảo -~ ~~ -~~-~==~sseeeeeeeeeeeeeeeeeeeiemeee 130

Trang 6

Khoá Luận Tốt Nghiệp GVHD: Thầy NGUYÊN HIẾN HOANG

PHAN 1

MỞ DAU

1 TEN DE TAI

“Huong dân sử dung phan mềm ChemSketch 8.0”

Il LÝ DO CHON DE TÀI

Hiện nay công nghệ thông tin ngày cảng phát triển, nó có mặt trong hầu

hết các ngảnh xà Dạy học cũng không phải là ngoại lệ Việc ứng dụng công

nghệ thong tin vào giảng đạy giúp giáo viên linh hoạt hơn trong việc soạn giáo

án va thiết kế bai fh ki sinh động hon, từ đó sẽ gây được hứng thú cho học sinh Hơn nữa sé tiết kiệm được nhiều thời gian Đặc biệt trong môn Hoá học.

việc vẽ công thức cầu tạo của các chất vả viết phương trình phản ứng là công

việc thường xuyên vả không thẻ thiểu.

Dé làm được việc nay cần sử dụng các phần mềm chuyên biệt, đồng thời

cũng phái biết cách sử dụng nó Trong khi đó, hiện nay có rat it tài liệu hướngdẫn cách sử dụng các phan mềm về Hoá học Một trong những phần mém đáp

ứng được các yêu cầu trên là phần mềm ChemSketch 8.0, So với những phần

mém khác như /S/S Draw, ChemWin, ChemDraw thi ChemSketch có những ưu

khuyết điểm riêng, lay ChemDraw dé làm một so sánh:

+ Uu điểm: trước hết đây là phần mềm miễn phi nên sẽ làm việc ổn định

hơn, trong khi ChemDraw được bán trên thị trường hiện nay sử dụng bản crack

(bẻ khoá phần mềm) nên trong quá trình làm việc sẽ xuất hiện lỗi phan mem,

và việc sử dụng bản crack là vi phạm bản quyên Thứ hai, ChemSketch có 2 chế

độ làm việc - một chế độ (Structure mode) cho phép về cấu trúc, phương trình

phản ứng chế độ còn lại (Draw mode) có chức năng như một ứng dụng về cho phép về các đối tượng như : đường tron, clip đường cong, tạo bảng, tạo

-ghi chú vẽ diagram trong khi ChemDraw chỉ có một chế độ về cấu trúc,

phương trình phản ứng Thứ ba, ChemSketch cho phép export (xuat) vả

import (nhập) nhiều kiểu file trong đó có ChemDraw, tức ChemSketch có thé

đọc được file ChemDraw và xuât ra file ChemDraw trong khí ChemDraw

không làm dược điều ngược lại - đọc và xuất file ChemSketch, Thứ tư, về trong

ChemSketch nhanh hon trong ChemDraw.

+ Khuyết điểm: ChemDraw cô thé chuyên từ tên sang cau trúc và từ cấu

trúc sang tên do đây là bản crack, trong khí ChemSketch chi có thể chuyển từ

cấu trúc sang tên vì là bản miễn phí nên dung lượng của phần mềm

ChemSketch cô hạn do đó không thé chứa kho thư viện chất phục vụ cho chứcnăng chuy¢ én tử tên sang cấu trúc Mudn vậy, người ding phải mua bản thương

mại Nêu dùng bản thương mại thì ChemSketch có thêm các chức năng mà

ChemDraw không có như: chuyên sang file pđ/, gửi câu trúc sang PDA

wn

SVTH: NGUYEN THANH LAM

Trang 7

Như vay, suy cho cùng thi phần mém ChemSketch tuy là bản miễn phí nhưng

khả hoản chỉnh thích hợp cho việc soạn giáo an,

Ill MỤC DICH NGHIÊN CỨU

Biểu diễn công thức hoá học của các chất và xem các thuộc tính liên quan

đến chat như tính chat vật lí, cau trúc không gian 3 chiều để phục vụ cho

việc thiết kế giáo án

IV NHIEM VỤ NGHIÊN CỨU

Tìm hiểu vả khai thác những tính năng của chương trình ChemSketch 8.0 dé

vẽ cấu trúc của các chất và những vấn dé liên quan đến cấu trúc Đồng thời ứng

dụng chương trình 3D Viewer được cài kèm theo khi cài ChemSkeich 8.0 để

xem cau trúc ở dang 3D, tính chiều dai liên kết, góc liên kết

V, DOL TƯỢNG VÀ KHACH THE NGHIÊN CỨU

- Doi tượng: phan mém ChemSketch 8.0 và 3D Viewer,

~ Khách thẻ: quá trình dạy và học Hoá học.

VỊ PHAM VI NGHIÊN CỨU

Phan mềm ChemSketch 8.0 có thé đáp ứng được nhu cầu vẽ cau trúc của cúc

chất nhưng do đây là bản miễn phí nên một số chức nang cao cắp hơn như tìm

cau trúc (Search for Structure), kho thư viện Dictionary, chuyên sang pdf chi

có trong bản thương mại va những chức năng đòi hỏi phải kết nói internet, dé

tài sẽ không xét ở đây.

VII GIÁ THIẾT KHOA HỌC

Nếu ứng dụng tốt phần mềm ChemSketch 8.0 sẽ giúp ích cho giáo viên

trong việc soạn giáo án - làm nhanh hơn, do đó tiết kiệm được nhiều thời gian

và thực hiện được những yêu câu khác như các thuộc tính liên quan đến chât,cầu trúc 3D, chiều dài liên kết, góc liên kết

VIII PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

Tir thực tế sử dung phan mềm, bên cạnh có sự hỗ trợ của công cụ “Help”

của các chương trình.

IX GIỚI HAN CUA DE TÀI

Do thời gian va kha nang còn han chế nên dé tài chưa thé nghiên cửu những

tính năng của 2 phan “CNMR Viewer” va “HNMR Viewer" cũng được cai kẻm

theo khi cài ChemSketch 8.0 Day là 2 phan dùng để xem phổ cộng hưởng tử

hạt nhắn.

Trang 8

Khoá Luận Tốt Nghiệp GVHD: Thầy NGUYÊN HIEN HOANG

PHAN 2

GIỚI THIỆU PHAN MEM CHEMSRETCH 8.0

1, Cài đặt ChemSketch 8.0

Dau tién bạn: tải phần mềm ChemSketch 8.0 tại địa chỉ: www.acdlabs.com

Sau khí tái về, double lên file che msk8_ dé cai dat.

- Bam Next.

End User License Agreement

Phase seed the lollowng kcense agreement careluly

41S END USER LICENSE AOREEMENT APPLIES TO ACDILABS phía dưới

CDICKEMSKETCH $ 0 FREEWARE (THE "SOFTWARE’) THIS IS A BINDING

AL AGREEMENT (THIS “AGREEMENT’) BETWEEN ADVANCED CHEMISTRY DEVELOPMENT INC (“ACD/LABS") AND YOU (“LICENSEE”) CAREFULLY READ @

~ Dùng trỏ chuột kéo thanh cuộn từ trên xuống phía dưới trong hộp thoại trên

Bam chọn vào nút “J accept the terms in the License Agreement” cũng trong

hop thoại trên.

~ Bam Next ba lần.

— Bắm Install

Bam Finish.

Il Khoi động ChemSketch 8.0

Dé bắt đầu ChemSketch 8.0: trỏ chuột vào Start/Programs/ACDLABS 8.0

(FREE)/ChemSketch.

- Dé vào ChemSketch nhanh hon ta có thé tao shortcut ngoài desktop.

Ill Giới thiệu về các công cụ va chức năng

Trong ChemSketch có 2 chế độ làm v lệC:

Structure mode: ở ché độ này có thể vẽ câu trúc va phương trinh phản ứng

Draw mode: ở chế độ này có thể ĐỒ Text, tạo Table và vẽ các vật thê khác.

Trang 9

Khoá Luận Tốt Nghiệp GVHD: Thầy NGUYÊN HIEN HOÀNG _

Khoá luận chỉ giới thiệu các công cụ và chức nang có trong bản free, một số

chức năng và công cụ khác chỉ có trong bản thương mại sẽ không xét ở đây.

~ Menu toolbar: chứa các chức năng ứng với mỗi chế độ Structure va Draw.

General toolbar: cho biết ban dang làm việc ở chế độ Structure hay Draw và

cho phép lưu, mở file, undo/redo, copy/paste

~ Structure toolbar thanh này chỉ có trong chế độ Structure mode, có thé vẽ

cau trúc các chat

Atoms toolbar: có thé thay đổi nguyên tử,

Color Palette: có thể thay đôi màu của đối tượng từ bảng mau này.

Reference toolbar: chửa bảng các gốc hữu co (Table of Radicals) dé về nhanh khi cẩn thiết va các gốc hữu co thường ding.

- Status Bar: chứa các thông tin như công thức phân tử đang làm việc, thuộc

tính của cấu trúc đang chon, số trang

1.1, File menu

Menu nay gồm các thành phan:

New: mở một file mới.

Open: mở một file đã lưu.

Trang 10

Dé mo một file ta làm như sau: trỏ File, chon Open, một hộp thoại hiện ra,

chọn đường dẫn chứa file can mớ trên dong Look in, double-click lên file cần

mỡ.

~ Close: đóng file đang làm việc.

~ Save: lưu file dang làm việc (Phim tắt: F2)

Để lưu một file, ta làm như sau: click File, chọn Save, hộp thoại Save

Document As hiện ra, chọn nơi lưu trữ file trên dòng Save in và đặt tên file trên

dong File name, click Save.

— Save as: lưu file dưới một tên khác, khi nay trang gốc vẫn còn Khi lưu lần

đầu tiên chức năng Save và Save As là một.

~ Save all: lưu tắt ca các file.

~ Export : xuất file đang làm việc sang các định dạng như: BMP, WMF,

PCX TIF, GIF, MOL, CDX (ChemDraw), CHM

Dé chọn kiểu file, ta chon trên dong Save as type, chon nơi lưu trữ file trên

dòng Save in và đặt tên file trên dòng File name, click Save.

Import : nhập các định dang file như: WMF, CHM (ChemDraw),

SKC vao ChemSketch.

~ Page Setup: thiệt lập các thông số cho trang in.

~ Print: in tài liệu.

— Print Preview: xem trước khi in.

~ Properties: cho phép tao các thuộc tinh của file như: title, subject,

author

— Send: cho phép gửi file hiện hành cho người khác thông qua mang hoặc

chuyên qua định dang pdf (chỉ có ớ ban thương mai).

~ File Associations: lựa chon này cho phép ta liên kết các định dạng file

khác với Chem.Sketch.

~ Exit: đóng file đang làm việc và thoát khỏi ChemSketch.

1.2 Edit menu

Menu này gồm các thành phan:

Undo: huy lệnh vừa thực hiện.

- Redo: lẫy lại lệnh vừa huỷ

- Cut: cit đối tượng Khi này đối tượng sẽ được lưu vào clipboard (vùng

nhớ tạm), ta có thể paste vào một ứng dụng khác như Microsoft Word chẳng

hạn (Phim tắt: CTRL + X)

Copy: sao chép đổi tượng, đối tượng sẽ được lưu vào clipboard, (Phím tit:

CTRL + C)

— Paste: co 5 tuy chon.

SVTH: NGUYEN THANH LAM

Trang 11

+ Paste/Default: dân đổi tượng đã lưu trong clipboard vào vùng lam việc

(Phim tắt: CTRL + V)

+ Paste/In Place: dan đối tượng vào vũng làm việc, trong đó đổi tượngnay được copy hoặc cut từ một ứng dụng khác không phải là ChemSkeich Khi

đó, đối tượng sé được dán ở góc trái phía trén của trang Dé dan đổi tượng vào

một vị tri bat kì ta dùng chức năng Paste/Default ở trên.

+ Paste/Special: dan đôi tượng từ clipboard, Khi chức năng nay đượcchọn một hộp thoại sẽ hiện ra với các định dạng sẵn có trong clipboard Chọn

một định dạng roi click OK.

Đề chỉnh sửa nội dung double-click vào đối tượng trên Nếu đổi tượng không

được tạo trong ChemSkerch mà từ một ứng dụng khác như Word chăng hạn, thi

cửa so Word sẽ được mở ra cho phép ta chỉnh sửa Khi đóng ứng dụng Word

lại nội dung của đôi tượng sẽ được cập nhật trong ChemSketch.

+ Paste/Structure: đán cau trúc từ clipboard, chức năng nảy đặc biệt hữu dụng khi cần chèn cấu trúc mà cấu trúc này không được tạo bởi ChemSketch (vidụ: /S/S/Draw, ChemDraw) Chức năng nay cho phép chính sứa cau trúc trongStructure mode, nếu trong clipboard không chứa cau trúc nao thì chức năng nay

sẽ ấn.

Lưu ý: chức năng nay trong một số trường hợp có thé sẽ dán không chính xác

+ Paste/Tabie: đán đôi tượng từ clipboard Chức nang này cho phép dan

các table được tạo từ ứng dụng khác (như Excel, Word) Nó cũng cho phép chỉnh sửa table trong Draw mode.

~ Delete: chức năng này sẽ xoá tất cả các đối tượng được chọn mà khônglưu lại trong clipboard (khác với chức nang Cut, xoá đối tượng nhưng cỏ lưu lại

trong clipboard va ta có thé Paste) Tuy nhiên ta có thé lấy lại đổi tượng bang

chức nang Undo.

~ Select All: chọn tat cả các đối tượng có trong vùng làm việc Sau khi chọn,nhân phim Delete sẽ xoá tat cả các đối tượng trên (Phím tắt: CTRL + A)

~ Insert Object; chèn hay tạo đối tượng từ một ứng dụng khác

* Khi chọn chức nang này, một hộp thoại hiện ra, chọn img dụng cần

chèn trong danh sách trên, img dụng sẽ được mở ra cho phép ta tạo đối tượng

trong trình ứng dụng đó Khi đóng ứng dụng lại, doi tượng sẽ xuât hiện trong

ChemSketch ở bên trái phía trên của trang.

- Để chỉnh sửa đối tượng chọn menu £đi/£dit Object hoặc có the

double-click lên doi tượng do :

Lưu ý: đối với mỗi ửng dụng khác nhau sẽ có một tuy chon riêng năm ngay bêndưới chức nang /nsert Object cùng trong menu Edit dùng để chỉnh sửa đối

tượng.

~ Edit Object: chỉnh sửa đổi tượng (đồi tượng này đã được chèn hay tạo từ

chức nang /nsert Object).

Trang 12

Khoá Luận Tốt Nghiệp GVHD: Thay NGUYÊN HIEN HOANG

1.3 Pages menu

- New: tao một trang mới.

- Insert: chèn một trang mới trước trang hiện thời.

- Change Order: thay đôi thứ tự các trang trong tải liệu

~ Delete: xoả trang đang làm việc và xoá luôn cả nội dung của trang.

C lemSketch sẽ không hỏi ta có chắc chắn xoá hay không nhưng ta vẫn có thé

lay lại trang vừa xoá bằng tuy chon Undo

- Rename: đôi tên trang dang làm việc.

- Color: thay đổi màu nền (background) của trang hiện hành

- Header and Footer: tao tiều đề đầu và cuỗi trang Có 7 tuỳ chọn:

+ Edit: có các lựa chọn chèn AutoText, số trang, giờ, ngày load, lưu

+ Load: tuỳ chọn nay cho phép load (tai) các header va footer đã được

lưu.

+ Save: tuy chọn nay cho phép lưu header va footer của tai liệu hiện thời

thành file có đuôi Afp để ta có thể dùng lại nó (bằng cách load) cho các lần sau Một hộp thoại hiện ra, gõ tên vào dong File name và nơi lưu trên dòng Save in.

+ Save As: lưu header và footer của tải liệu hiện thời dưới một tên khác.

+ Save as Default: tao header và footer hiện thời thành mặc định, những header và footer này sẽ tự động được chèn vào trong các tài liệu mới.

Dé tạo mặc định, bắm vào “Set Current as Default”, một hộp thoại hiện

ra yêu cầu lưu header và footer hiện thời (nếu chưa lưu) trước khi tạo mặc định

Đề huỷ bỏ header vả footer mặc định bam vào “Clear Default”

+ Clear: tuỳ chon này cho phép huỷ bỏ header va footer của tải liệu hiện

thời

+ Shove: tuỳ chọn nay sẽ trình bảy hoặc tắt header va footer trong tải liệu.

- Previous: chuyên lên trang trước của tài liệu (Phím tắt: PAGE UP)

~ Next: chuyên sang trang kế tiếp của tai liệu (Phim tat; PAGE DOWN)

- First: chuyên lên trang đầu tiên của tải liệu (Phím tắt: CTRL + HOME)

Last: chuyên xuống trang cuỗi cùng của tai liệu (Phim tắt: CTRL + END)

1.4 Tools menu

SVTH: NGUYEN THANH LAM H

Trang 13

Khoá Luận Tốt Nghiệp GVHD: Thầy NGUYÊN HIEN HOÀNG

- Structure Properties: trình bày tính chất của cấu trúc được chọn Bạn cóthé vào nhanh hộp thoại này bằng cách double-click lên cấu trúc cin xem thuộc

tỉnh.

O đây có 3 tab: Common, Atom, Bond

¥ Common tab: cho phép trình bay hay không trình bày nguyên tử C, ấn

hay ee an điện tích 0, thay đổi chiều dai liên kết, cỡ chữ, mau sắc của chữ

¥ Atom tab: cô thé thay đỗi nguyên tử được chon bằng một nguyên tử

khác, thay đổi cỡ chữ, font Có thé viết các điện tích, hoá trị, đồng vị

⁄_ Bond tab: có thé thay đôi khoảng cách giữa các liên kết đơn, liên kết

đôi liên kết ba, liên kết cho nhận

Clean Structure: thy chon nay ty dong điều chinh kích thước của cầu trúc

được chọn đẻ tiêu chuẩn hoá các liên kết vẻ chiều dải liên kết cũng như góchoá trị Nếu không có cau trúc nao duge chon thi tat ca cau tric sé được kiểm

tra.

Check Tautomeric Forms: tùy chọn này sẽ ẽ kiểm tra va đưa ra các dạng

tautome của các cau trúc hữu cơ.

Vi du: Sau khi vẽ câu trúc sau:

Vào Tools/Check Tautomeric Forms, sẽ hiện ra hộp thoại sau:

Trang 14

Theo đó thi cỏ đến 15 cấu trúc được dé nghị, để xem các cấu trúc nay, bắm vào

Next>>.

~ 3D Structure Optimization: tuỳ chọn này sé tạo ra cấu trúc 3D từ cầu trúc

2D, Nó chỉ làm một lúc được một cấu trúc Sau khi đã chuyển qua công thức

3D, ta có thé quay cấu trúc nay theo các góc tuỳ ý.

- MassSpec Scissors: tuỳ chọn này cho phép tính và trình bày công thức

cũng như khối lượng cúa các phan bị đứt của một cấu trúc

Ví dụ: Vẽ cau trúc của vòng benzen và chọn một số liên kết cần xác định khối

lượng, chọn công cụ MassSpec Scissors, kết quả sẽ hiện ở mỗi phần riêng lẻ:

- Show Aromaticity: tuỳ chọn sẽ trình bay dang vòng thom của chat hữu cơ

Hide Aromaticity: tuỳ chọn sẽ làm an dạng vòng thơm của chất hữu cơ.

~ Expand Shorthand Formulae: dùng dé giãn công thức dang tên viết tay

thành cau trúc Điều nay chỉ thực hiện được khi cau trúc viết tay phải được việt

hoa chữ cải dầu tiên Dé viết công thức viết tay, ta dùng công cụ Edit Atom

Label trên thanh công cụ Afoms (cách làm sẽ nói ở phan thanh công cụ Atoms):

LÍ dụ: Ban đầu ta vẽ cau trúc của etan.

Hạ ————CHy ——» HạC—————Ac

Sau đó ta thay một nhóm CH¡ thành nhóm Acetyl kí hiệu là Ac Dé giần chữ

Ac thành cau trúc ta chọn Expand Shorthand Formulae ở trên:

lð

HạC

CHạ

Nếu không có cấu trúc nào được chọn thì khi dùng tuỳ chọn trên, tất cả các cầu

trúc viết tay đều sẽ chuyén thành cấu trúc

- Add Explicit Hydrogens: trình bày các nguyên tử H một cách rõ rằng, nếu

cầu trúc không được chọn thì chương trình sẽ trình bày các nguyên tử H vào tat

cả các câu trúc có trong vùng làm việc.

Ví dụ: Vẽ công thức của metan, sau khi chọn tuỳ chọn trên, ta sẽ được như sau:

H

¬ H

Trang 15

- Remove Explicit Hydrogens: lựa chon này ngược với lựa chon Add Explicit Hydrogens.

- Bring Bond(s) to Front: đưa liên kết ra phía trước.

- Send Bond(s) to Back: đưa liên kết ra phía sau.

~ Auto Renumbering: tu dong danh số các nguyên tử của cấu trúc được chọn, nếu không có cầu trúc nảo được chọn thỉ chương trình sẽ đánh sé tat cả

các nguyên tử của các cau trúc có trong vùng làm việc.

~ Clean Numbering: xoâ việc đánh số các nguyên tử,

— Generate: có 6 tuỳ chọn và có ở cả 2 mode Structure và Draw.

%* Generate>Name for Structure; tuỳ chọn này cho phép đọc tên từ cầu

trúc đã chọn, nêu không có cấu trúc nào được chọn thi chương trình sẽ

đọc tên của tit cả các cấu trúc có trong vùng làm việc Lưu ý: chương

trình chi đọc tên không qua 50 nguyên tử (H, C, N, P, O, S, F, Cl, Br, 1,

Li, Na, K) vả không quá 3 vòng.

* Generate>Stereo Descriptors: tuy chọn này sẽ đọc cấu trúc R,S và E,Z.

Các chữ r, s là cho các tâm giả bắt đôi.

% Generate>SMILES Notation: tuỳ chọn nay sẽ sinh ra một chuỗi kí tự từ

cấu trúc ban đầu

Vi du: Từ công thức propilen, sau khi chọn tuỷ chọn này sẽ được chuỗi kí tự

Sau:

H,c—=CH——CH, —> C=CC

% Generate>Structure from SMILES: tuỳ chon này sẽ giãn chuỗi kí tự trên

(C=CC) thành cấu trúc ban đầu (CH;=CH-CH;)

% InChl for Structure: chuyên cấu trúc sang một chuỗi kí tự ASCH

% InChl Options : các tuỳ chọn để hiển thị InChl.

— Search for Structure: chỉ có trong bản thương mai.

~ Send Structure to PDA : chỉ có trong bản thương mại.

~ Calewlate: lựa chọn này sẽ trình bay các thuộc tính của phân tử như: công

thức hoa hoc, khối lượng phân tử, thành phần % của nguyễn tế trong phân tử,mật độ

1,5, Templates menu

Menu nay gồm các thành phân:

- Template Window: cửa sô này cho phép dat một số cấu trúc, công cụ

sẵn có của chương trình vào vùng làm việc

Trang 16

Khoá Luận Tốt Nghiệp GVHD: Thay NGUYEN HIẾN HOANG

%

„?

on c."

Oo“

On

°-D.Allose D-Altrose DOIoroœ D-Me«es D-Gulose D.ldom DO -Gdectose D-Tuem

Dây là các công thức sẵn có về Cacbonhydrat

Dé chèn đối tượng từ Te.mplate Window, chon đổi tượng cin chèn sau đó click

vào vùng làm việc nơi muôn đặt đôi tượng.

Template Organizer: tuỳ chọn cho phép sắp xếp các đối tượng Templates

theo yêu cầu người dùng Những templates mà ta chon sẽ xuất hiện trong

Template Window C hương trình sẽ mặc định 10 templates được xuất hiện

trong Template Window, Nếu muốn thay đổi các template phải bỏ bớt rồi sau

dé mới chọn template can thêm.

- Save User Template : tuỳ chọn nay cho phép người dùng có thẻ lưu tảiliệu hiện hành thành một template, template nay sẽ xuất hiện trong Template

Trang 17

C-Groups Miscellaneous ¬

(œGx,|Ñ2%|c=cw| CH | Mo; | NCO | OAc | so#t|Pozz]

tạ | tạ |gt£r)j| CPhg| || œoạ| NCS | MAAC] so [Otel |

|| yen) CũPh|otJ|t008MjL mo | OCH | ach | 0,4, OPO3Hy

‘CHO |C00H,|comt,| coct | | _owo | scw |wHeHO| so,Ø| Ome |

Li | Be| Oxidation stetes: +2,+3,4,+6 B| C| N} 0] F/Ne

Rb} Sr | Y | Z| Nb|Mo| Te Ru| Rh| Pal Ag| Cal mm | Sn|Sb| Te| 1 | Xe

|) Tow elon eae] | to ma

e/a) Db umn Home|

1) Ae|Th|Fa] U |Np|Pu|Am)Cm 8k] Cr] Es| Ba|Ma| Ne| Le) Fz

Discoverer: known since ancient time:

Name Origin : from ‘ken’ (Anglo-Saxon)

Ators: Radius A: 1.27 lonization Potential k.J /moi : 759

Electron Alfirày, kJ/mol 187

Trang 18

Bảng nay có chứa các thông tin tổng quát của mỗi nguyên tổ như người khám

phá, năm khám pha, ban kính nguyên tử, nhiệt độ nóng chảy, nhiệt độ sôi, các

chất đồng vị, thành phần phan trăm của chúng, khối lượng các trạng thái oxi

hoá, cau hình electron (trên hình là nguyên tô Fe).

~ Dictionary : chỉ có trong bản thương mại.

1.6 Options menu

Preferences: ở tuỳ chọn nay, ta sẽ thiết lập các thông số mặc định cho 3

tab: General, Structure va Reaction.

- Show Grid: tuy chọn nay cho phép trình bay hay an đường kẻ 6 trong

ving làm việc.

- Snap on Grid: nêu tùy chọn nay được bật lên thì khi di chuyển hoặc tạo

đổi tượng chương trình sẽ sắp thăng hàng các đôi tượng.

~ Show Palette: trình bày hay ân bảng mau.

_ — Set Structure Drawing Style: tuy chon nay sẽ tạo những “style cấu tric’

sẵn có thanh mặc định.

~ Apply Structure Drawing Style: tuỳ chọn này sẽ ứng dụng các “style cấu

trúc” mặc định cho các cấu trúc được chọn.

- Add-On Organizer : tuỳ chọn này cho phép add những phan khác vào

ChemSketch dé thuận tiện hơn cho người dùng Các phần này có đuôi ađdon.

1.7 Documents menu

~ Next: chuyên đến tai liệu kế tiếp

~ Previous: chuyên đến tài liệu trước tai liệu hiện hảnh

~ Close All: đông tat cả các tải liệu

1.8 I-Lạb menu

Menu nay chi làm việc được khi có kết nỗi với internet.

1.9 ACD/Labs menu

Gém các chương trình như: 3D Viewer, CNMR Viewer, ChemSketch Freeware,

HNMR Viewer Có the chuyên qua lại giữa các chương trình bang chức nang Next Loaded có trong menu Chức năng “Close Al” sẽ đóng tat cả các chương trình.

1.10 Help menu

Trang 19

Khoá Luận Tốt Nghiệp GVHD: Thầy NGUYÊN HIẾN HOÀNG

Menu nảy giúp người dùng có được những thông tin cần thiết trong quá trình

sử dụng phân mém.

1.11 Thanh công cụ General

Công cụ này gồm các thành phan:

- Structure Mode Button *TM® - dùng nút này sẽ chuyển qua modeStructure, cho phép vẽ cấu trúc của các chất và xem các thuộc tinh của

ching

~ Draw Mode Button es dùng nút nay sẽ chuyển qua mode Draw, cho

phép gõ text, vẽ đô thi

New Page a : tạo trang mới.

~ Qpen File có : mở một file.

- Save File @ : lưu file hiện hành.

~ Print © : in tài liệu hiện hành.

~ Export io Paf TẾ: chỉ có trong bản thương mại.

- Undo Draw “®: huỷ lệnh vừa thực hiện.

_ Redo @ : lây lại lệnh vừa huỷ.

~ Delete Button ŠÊ: xoá đối tượng Để xoá đối tượng: click lên nút này sau

đó click lên đối tượng muốn xoá.

~ Cut Button x cắt đối tượng.

- Copy Button 6Ì: sạo chép đối tượng.

- Paste Button @: dan đổi tượng vào vùng lam việc.

- Zoom In Button & : nút phóng to tài liệu.

~ Zoom Out Button & : nút thu nhỏ tài liệu.

~ Zoom Box | om : hộp thoại cho phép đánh độ lớn hay nhỏ tai liệu.

~ Actual Size Button “f2: đưa vùng làm việc về 100%.

~ Full Page Button Bì : nút này cho phép xem toàn bộ tải liệu.

SVTH: NGUYEN THANH LAM : 18

Trang 20

Fit All Button sọ : dùng nút nay sẽ trình bay tất cả các đối tượng có trong

vùng lam việc (đối tượng tir đầu trang cho đến cuối trang sẽ được thấy cùng lúc) ra trước man hình.

~ Fit Selected Button 9 : dùng nút này sẽ trình bay những đối tượng được

chọn ra trước man hình.

Qpen Template Window 298 - mi cửa sé Template, cửa số này cho phép

đặt một số cầu trúc, công cụ sẵn có của chương trình vào vùng làm việc.

~ Search for Structure Button a : chi có trong ban thương mai.

~ Generate Name for Structure Button & : chuyển cấu trúc sang tên.

3D Viewer Button % xem dạng 3D.

— Send Structure to PDA 3 : chỉ có trong bản thương mai.

Close Document Button E: đóng tai liệu.

1.12 Thanh công cu Structure

~ Select/Move Button @ : nút nay cho phép chọn, di chuyển các nguyễn tử,

liên kết, cấu trúc

* Dé chon, bạn click lên đối tượng cẳn chọn Nếu muốn chọn nhiều đôi

tượng cùng lúc thì giữ phim SHIFT khi chọn Dé chọn toàn bộ cau trúc, bạn có

thể kéo chọn bằng tay hay nhanh hon, bạn click lên vùng trống gan cấu trúc tamuốn chọn (không click lên cấu trúc) Chọn toàn bộ cấu trúc có trong vùng làm

việc, nhắn tô hợp phim C7RL + A

* Dé di chuyển đối tượng, trước hết phải chọn đổi tượng sau đó ta kéo

đối tượng đến nơi cần Nếu trong khi di chuyến ta giữ phím C7#¿ thì cấu trúc

dang di chuyển sẽ là bản copy của đối tượng ban dầu, nếu giữ phim SHIFT thi

đối tượng sẽ chi được di chuyển theo chiều ngang hoặc thăng đứng.

Select/Rotate/Resize Button @ : chức năng này cho phép chọn, quay, điều

chỉnh kích cỡ đôi tượng.

* Chức nang chọn tương tự như “Select/Move Button”.

* Để quay đối tượng, ta kéo đối tượng theo góc cần quay, khi đó đối

tượng sẽ quay xung ung tâm © ta có thé di chuyển tâm này theo ý muốn.

N ra khi đi chuyên trỏ chuột đến đổi tượng sẽ xuất hiện biéu tượng Cc

thé dùng biểu tượng này để quay Khi quay nếu giữ phim SHIFT thi đối betes

sẽ được quay góc 15”

— — TWW — THU NÊN „

SVTH: NGUYÊN THANH + 4" 3 19

Trang 21

+ Dé điều chinh kích cỡ đối tượng, ta chọn đối tượng va điều chính bằng

các mũi tên Ÿ “% * & các góc xung quanh đối tượng.

~ 3D Rotaion Button a : nút này cho phép quay cau trúc hoặc một phan củacau trúc thành dang 3D

- Lasso On/Off Button QR: nat nay dùng dé chọn đối tượng Có 2 kiểu

chọn: thứ nhất kéo theo hình chữ nhật, thứ hai theo đường bắt ki.

~ Draw Normal Button © : nút này cho phép vẽ các liên kết của các chất ở

chế độ binh thường Công cụ này sẽ được bật mặc định khi khởi động

ChemSketch.

Draw Continuous Button £ : nút nay cho phép vẽ các liên kết liên tiếp

nhau.

+ Điểm khác biệt giữa nút này và nút “Draw Normal” là ở nút này các

liên kết mới chỉ được vẽ ở một vị trí đặc biệt (vị trí của nguyên tử có ô vuông

màu đen) Ta có thé click ở vị trí bat kì trong vùng làm việc, khi đó liên kết sẽ

tự động được nối giữa nguyên tử có ô vuông màu đen và nguyên tử ta vừa

click.

* Dé chuyển đổi giữa hai chế độ Draw Normal và Draw Continuous \a

click phải chuột.

- Draw Chains Button wf cho phép vẽ một chuỗi các nguyên tir Dé vẽ,

click vào nút trên, sau đó kéo vào vùng làm việc với số lượng nguyên tử mong

muôn.

* Khi click và kéo vao vùng làm việc, các liên kết sẽ hợp nhau góc 120°,

* Khi click, giữ phím C7RL và kéo vào vùng làm việc, các liên kết sẽ

~ Coordinating Bonds Buttons; chứa bộ các liên kết ak la ;

- Special Bonds Buttons: chứa bộ các liên kết đặc biệt ° ° “ Ø Ó,

OS

~ Solid/Dotted Delocalization Curve Buttons: chứa bộ công cụ | cho

phép vé các đường cong va xác định tâm của câu trúc.

Vi dụ: sau khi vẽ cấu trúc của benzen, bắm vào nút trên ta được như sau:

SVTH: NGUYÊN THANH LAM 20

Trang 22

Khoá Luận Tốt Nghiệp GVHD: Thầy NGUYEN HIẾN HOÀNG

Markush Bond Buttons: chứa bộ công cụ - œ °

Ví dụ: để về nhóm thể = đại diện cho cả ba vị gr o-, m-, p- ta dùng nút trên.

~ Reaction Plus Button * : nút dùng dé vẽ dấu *+" của phản ứng.

- Reaction Arrow Buttons: chứa bộ các mũi tên phản ứng

^~Đ => oO SS

—=~ = + T=

Atom-Atom Map Button a8 - cho phép tạo sơ đỗ phản ứng bảng tay hoặc

tự động Click lên nút nảy, một hộp thoại hiện ra.

+ Manual Mapping 859, tạo sơ dé phản ứng bang tay Click lên nguyên

hạ của chất phản ứng roi kéo sang nguyên tử đó của sản phẩm

Vi dụ: già sử ta có sơ dé sau:

ữ

H-:cH: ——s Ha

Ta thấy dưới nguyên tử C của sh phan img va san xảo có hiện số *'1"'.

+ Select Reaction #2): nút này có chức năng tương tự như công cụ

Select/Move @ với ngoại trừ là không cho phép di chuyển đối tượng.

+ Automatic Mapping ata tạo sơ đô phản ứng một cách tự động Một

lúc chi tạo sơ đồ được một phản ứng nếu trong vùng làm việc có hơn hai phanứng bạn phải chọn một phan ứng trong các phản ứng trên.

+ Delete Mapping ®: xoá sơ đồ phản ứng, nút này sẽ xoá bat kì phản

ứng nảo trong trang hiện hành Muốn xoá chắc chin một sơ dé phản ứng trước

hết ta can chọn phản ứng đó sau đó bam nút trên.

Reaction Arrow Labeling Button Tà : cho phép chèn điều kiện của phản

img Dé chèn, bam vào nút trên, sau đó click lên mũi tên phan ứng, một hộp

thoại hiện ra.

SVFH: NGUYÊN THANH LÂM 21

Trang 23

Đánh các điều kiện vào các 6, Bên phải của hộp thoại có sẵn một số biểu tượngthẻ hiện điều kiện của phan ứng, dé sử dụng ta click vào biểu tượng đó Ngoài

ra, ta có thé chọn font, kích cỡ chữ in đậm, nghiêng, gạch dưới chỉ số trên, chỉ

số đưới, canh trái, canh giữa, canh phải cho chữ.

~ Polymers Button th, : nút ding để vẽ các ngoặc của polyme Dé vẽ, bam

vào nút trên, một hộp thoại hiện ra cho phép biên tap, sau đó click và kéo lên

cầu trúc cần thêm ngoặc

+ Index: gd vào số hay kí tự bất kì (thông thường ta dùng chữ “n”) Số

hay kí tự nay sẽ nằm ở góc dưới bên phải của dau ngoặc phải.

+ Connectivity: các dạng kết nổi Có ba dang: head-to-tail, head-to-head,

eitherunknown Mặc định là dạng head-to-tail, do đó góc trên bên phải của

ngoặc phải được để trong, trong khi hai dạng còn lại sẽ xuat hiện các chữ tương

ứng là “hh” và “eu”.

+ Stvle: các dạng ngoặc Có ba dạng ngoặc: 0 „ OO.

_ © Apply: sau khi biên tập xong click nút này sẽ thực hiện những thay đôi.

~ Change Position Button & : cho phép thay đổi sự sắp xếp liên kết đôi.

hoặc vị trí nguyên tử H va một số chức năng khác.

* Khi bam vào nút nay va click vào nổi đôi sẽ có sự chuyển đối giữa ba

loại liên kết đôi như ví dụ dưới đây:

' ' HạC CHạ ' '

HạC CH, HạC CH, HạC CHạ

* Khi bim vào nút này va click vào nhóm nguyên tử (NH;) sẽ có sự

chuyền đổi giữa bổn vị tri của nguyền tử H như ví dụ đưới đây:

CH;

c CHy CH,

HN Hạ N NH,

* Khi hai liên kết chéo nhau một cái sẽ nằm ở phía trước, cái kia sé nằm

ở phía sau, Dé đưa liên kết phía sau ra phía trước bắm vảo nut Change

Position, giữ phim SHIFT và click lên liên kết muốn đưa ra phia trước.

* Khi nhãn nguyên tử được chén với công cụ Edit Atom Label B jién

kết có thể nổi với nhăn với bat kì nguyễn tử nào của nhăn Như vi dụ đưới đây,

khi chén nhãn CH¡ liên kết được nôi với C, bam vào nút Change Position đồng

thời giữ phim SHIFT, bam vào nhãn CH, liên kết được nối với H.

_ §VTH: NGUYÊN THANH LAM 22

Trang 24

HạC———€H; HzC———CH;

& @

- Set Bond Horizontally Button nan này cho phép quay cấu trúc dé liên

kết được chọn trở thanh nằm ngang Click vào nút trên, sau đó click lên bat ki

liên kết nảo, khi đó liên kết đó sẽ được nằm ngang và cấu trúc sẽ được quay

~ Instant Template Button & : nút này cho phép tạo nhanh một đối tượng

mẫu tử bat kì cấu trúc hay đối tượng nao, từ đó bạn có thể chèn nó vào bat cứ

nơi nào trong vùng làm việc hoặc có thể gắn nó vào một cấu trúc khác.

Đẻ tạo một đối tượng mẫu (dưới đây nói riêng trường hợp tạo cấu trúc mẫu):

+ Chọn nguyên tử, liên kết hay bat kì phần nào của cấu trúc ma bạn muốn

H,0-@-0H,

lam mau Vi dụ ta làm câu trúc mẫu của ctan

Trang 25

§

* Click nút /nstant Template Biéu tượng của trỏ chuột

+ Trỏ và click lên cau trúc mẫu Khi đó, trỏ chuột sẽ có biểu tượng của

§

cấu trúc mẫu ( ®@ ) Có thé di chuyển biểu tượng trên trỏ chuột bằng cách

nhắn phím 7⁄48

+ Click vào nơi muốn chèn cấu trúc mẫu.

Clean Structure © tùy chon nảy tự động điều chỉnh kích thước của cấutrúc được chọn đề tiêu chuân hoá các liên kết ve chiều đài liên kết cũng như

ee hoá trị Nêu không có câu trúc nao được chọn thi tat ca câu trúc sé được kiêm tra.

Check for Tautomeric Forms Button b có trong menu TJools/Check

Tautomeric Forms.

3D Optimization Button ty có trong menu Tools/3D Structure

Optimization,

— MassSpec Scissors Button 3 ; có trong menu Tools/MassSpec Scissors.

1.13 Thanh công cụ Atoms

~ Atom Buttons: gồm các nguyên tử có sẵn trên thanh công cụ hoặc có thé

lấy từ bảng tuần hoàn ig đối với những nguyên tử nào không có sẵn.

— Edit Atom Label Button @&: cho phép chèn một nhãn dé thay thé bat ki

nguyên tử hay nhóm nguyên tử nào trong câu trúc Dé chèn, click vào nút trên,

sau đó eliek lên nguyên tử cần thay thế (có thể giãn tên của nhãn thành côngthức cấu tạo bằng cách click lên 6 Expand) hoặc vùng trống (khi này hộp thoạihiện ra sẽ không có 6 Expand) Trong hộp thoại hiện ra, click lên nhãn cần

chèn, click /nsert.

Radical Label and Pseudo Atom Buttons i re nNw®, bộ

công cụ nay cho phép thay thê những nguyên tử bởi các géc.

~ Charge/Radical Particles Buttons * ~ * ** ~: cho phép thay đổi

điện tích của các nguyên tử hoặc tao các gốc từ những nguyên tử tổn tại

:

— Atom Chemical Properties Button ẹ : cho phép tạo những thuộc tính mới

cho nguyên tử Click lên nút nảy, sau đó click lên nguyên tử muốn biên tập các

thuộc tính, một hộp thoại hiện ra Sau khi biên tập, click OK.

~ Manual Numbering Button # ; cho phép đánh số các nguyên tử trong

vùng làm việc băng tay Dé đánh số click vào nút trên, một hộp thoại hiện ra,

sau khi hoàn tắt click OK

Trang 26

Khoá Luận Tốt Nghiệp GVHD: Thay NGUYÊN HIẾN HOÀNG

Query Atom Buttons AGM Lm, : đây là bộ công cụ dé định rõ

những nguyên tử nào được trình bay trong cau trúc.

+ A: bắt ki nguyên tử nao trừ H.

+ @ : bắt ki nguyên tử nao trừ € và H.

+ HE - nguyên tử H không thé gắn với nguyên tứ này.

+ #; tạo một list các nguyên tử được cho phép

+ Mb, tạo một list các nguyên tử ngoại lẻ.

- Query Bond Buttons W ®* Yo Bn : đây là bộ công cụ để định rõ

những liên kết được trình bảy trong câu trúc.

+ TM7 > bắt ki liên kết nào (đơn, đôi, ba hoặc vòng thom).

+ #: chỉ liên kết vòng thơm

+ ŸP: chị liên kết đơn và đôi (không thể liên kết ba va vòng thom).

RP - liên kết phải là một phan của vỏng.

+ ©: liên kết phải là một phần của mạch.

1.14 Thanh công cụ References

Gồm các thành phan:

— ACD/Dictionary ad : chỉ có trong bản thương mai.

=

- Table of Radicals #4 : mở bảng chứa các gốc hữu cơ.

~ Ngoài ra khi đã chọn bat ki một gốc nao từ Table of Radicals it nhất mộtlan thì gốc đó sẽ hiện diện ngay bên dưới như là một shortcut

1.15 Thanh Color Palette

Thanh nay được trình bay năm ngang bên đưới dùng để thay đổi mau của đối

tượng Dé thay đổi mau, chọn đổi tượng cần đổi và click lên mau can đổi

~-AZMã i:

Dé trình bảy thêm các mau khác, bam vào nút “More” góc bên phải

1.16 Thanh Status Bar

Thanh này được trình bày ngay bên dudi thanh Color Palette, chứa các thông

tin liên quan đến đối tượng đang làm việc.

Vi dụ: ta đang chọn công thức của etan, thanh Status Bar hiến thị như sau:

Trang 27

Khoá Luận Tốt Nghiệp GVHD: Thầy NGUYEN HIẾN HOANG

eee bLabLogn NONAMEO1 SK2 | Modified 4/j Pegetn (+ Fragments: 1 ‘Cato FW : 30.06904

®*®®- biểu tượng của Lab

Hap tomn + cho phép login /—Lab.

NONAMEO1 SK2 - tên file hiện hành khi file nay chưa được lưu nó mặc định là

Pag12 : trình bay thứ tự của trang hiện hành trên tổng số trang trong tải liệu

bb sai : SỐ lượng cấu trúc khác nhau cỏ trong tải liệu, trong file hiện hànhchi vẽ có một cầu trúc của etan, nếu vẽ thêm cấu trúc của metan nữa chăng hạn

thì nó sẽ hiển thị là “2” Khi số lượng cầu trúc lớn hơn 2 2 , nếu te ta chi chọn một

cầu trúc “hoặc một phan của cau trúc, biểu tượng sé la "Set Frogmerts: ! cho biết số

lượng cau trúc đang chọn.

CzHe : công thức phân tử của đối tượng đang được chọn.

Fry 9008904» Lhội lượng nguyên tử của đối tượng đang được chọn.

Nhin vào góc phải có chữ f@MeWSWẲ cho biết chương trình dang hiển thi khói lượng phân tử, bắm vảo đó để xem thêm các thông tin khác.

Gia sứ bam vào Composition, chương trình sẽ cho biết % về khối lượng của C

và H trong công thức đã chọn | 07989) 20.19%) ,

2 Chế độ Draw mode

Giao diện & chê độ Draw mode:

_SVTH: NGUYEN THANH LAM 26

Trang 28

Ở chế độ này: File Menu, Edit Menu, Pages Menu, Templates Menu, Options

Menu, Documents Menu, Lab Menu, ACD/Labs Menu, Help Menu, thanh

công cụ General tương tự như trong Structure mode.

Dưới day sẽ nói rõ những thành phan khác so với trong Structure mode.

2.1 Tools Menu

_ ~ Pen Style Panel; cho phép thiết lập mặc định các kiểu line, độ day, màu

sắc.

+ Apply: áp dụng những cai đặt hiện thời cho đối tượng được chọn.

+ Update From: cho phép copy những cai đặt của đối tượng được vẽ vào

panel Khi click vào nút nảy, con trỏ chuột sẽ biến thành hình a , click lên

doi tượng dé update vào panel Điêu này hữu ích khi ta không biết những cai

đặt của đối tượng đã có, mà ta lại muốn thiết lập những cài đặt cho những đối

tượng ta sắp về giống đối tượng trên, khi đó ta dùng chức năng nay, Dé để hiểu,

có thẻ hình dung như sau: ta copy những cai đặt của đổi tượng A vào panel

(dùng nút Update From), sau đó áp dụng những cài đặt đó cho đối tượng B

(dùng nút Apply).

+ Save : lưu những cải đặt hiện thời, khi bam Save, một hộp thoại hiện

ra, đảnh tên vào 6 Style Name.

+ Load : cho phép tải (load) lên những cải đặt của những file có sẵncủa chương trình hoặc người dùng đã lưu Khi bắm vào Load, sẽ xuất hiện một

list các style, chọn một trong các style Dé trở vẻ mặc định, click vào nút Load,

chon Normal.

Ghi chú: các nút Apply, Update From, Save , Load có mặt trong tat cả các

panel trong menu Jools vả có chức năng tương tự nhau nên sẽ không nói dén ở các panel sau.

— Fill Soyle Panel: cho phép thiết lập các cài đặt mặc định như màu nên, các

kiểu nên cho các hình chữ nhật, hình tròn, elip, callout (ghi chú)

Arrow Style Panel: cho phép thiết lập các cài dat mặc định cho các mũi

tên và đường line.

~ Font Panel: cho phép thiết lập các cai đặt mặc định cho Text

~ Paragraph Panel: cho phép thiết lập các cài đặt mặc định cho Paragraph

~ Table Panel: cho phép thiết lập các cai đặt mặc định cho Table

Update Object Style Panel: cho phép thay đổi các cài dat của đối tượng

được chọn mà không ảnh hưởng đến các cài đặt mặc định

- Dé sử dung chức năng nay, trước hết chọn đối tượng sau đó chọn

Update Object Style Panel hoặc double-click lên đối tượng đó.

* Các đối tượng khác nhau Objects Panel sẽ hiên thị khác nhau Dưới đây

là Objects Panel của Lines & Arrows.

Trang 29

Style Organizer Panel: tuỳ chon này cho phép quan lí các style của Pen,

Arrow, Fill, Font, Paragraph, Table Hop thoại phía dưới hiển thị những style

đã được lưu, Dùng panel này có thé ứng dụng bat kì style đã lưu nao cho đối

tượng được chọn Với các style, ta có thê tạo mặc định, đôi tên, xoá hoặc lưu

- Generate: các chức nang tương tự như trong Structure mode,

~ Search for Structure: chỉ có trong bản thương mai.

~ Send Structure to PDA: chỉ có trong ban thương mai.

2.2 Object Menu

Gồm các thành phan:

- Group/Ungroup: chuyển các nhóm được chọn thành một nhóm, tuỳ chọn

Ungroup ngược lại với Group.

~ Bring to Front: gửi đỗi tượng được chọn ra phía trước

~ Send to Back: gửi đỗi tượng được chọn ra phía sau.

- Flip Left to Right: quay các đối tượng được chọn từ trái sang phải

~ Flip Top to Bottom: quay các đỗi tượng được chon từ trên xuống đưới

~ Rotate 90”: quay 90°

~ Align Horizontally; canh theo hướng ngang.

+ Left: canh trai.

+ Center: canh giữa.

+ Right: canh phai.

* Nếu một đối tượng được chọn: nó sẽ được canh trái, canh giữa, canh

phải so với lề của trang

* Nếu một nhóm các đối tượng được chọn; nó sẽ được canh trái, canh

giữa canh phải so với lề của nhóm

~ Align Vertically: canh theo hướng doc.

+ Top: canh lên đầu.

+ Center: canh giữa.

+ Bottom: canh xuống cuỗi

- Nếu một đỗi tượng được chọn: nó sẽ được canh lên đầu, canh giữa.

canh xuống cuỗi so với lề của trang.

+ Nếu một nhóm các đối tượng được chọn; nó sẻ được canh lên đầu,

canh giữa, canh xuống cuối so với lễ của nhóm

Trang 30

Fit Horizontally: tay chon nay se kéo căng đối tượng được chon theo

hướng ngang từ trái sang phải so với lẻ của trang.

~ Fit Vertically: tuỳ chon nay sẽ kẻo căng đối tượng được chon theo hưởng

đọc từ đầu đến cuối so với lẻ của trang.

Convert to Polyline: tuỳ chọn này sẽ chuyến đổi các đổi tượng được vẽ

với các công cu Rectangle L], Rounded Rectangle C, Are Cc va Ellipse O

thành dang Polyline `V' dùng công cụ Edit Nodes fŠ.

- Connect Lines: tuỳ chọn này sẽ liên kết các đôi tượng được vẽ với các

công cụ Line N , Curve $ , Arrow = Polyline "w với nhau.

Ghi chú: đẻ liên kết các doi tượng được vẽ với công cụ Arc CC, trước hết hãy

chuyên đổi đối tượng đó thành dạng Polyline k dùng chức năng Convert to

Polyline.

- Select/Move/Resize Button Ề : cho phép chon/di chuyén/thay đổi kích cỡ

đối tượng

Select/Move/Rotate Button 2 : cho phép chon/di chuyén/quay đối tượng.

_ Edit Nodes Button ÍÊ: cho phép thay đổi hình dang của đối tượng Khi

click vao nút này, Node toolbar sẽ thay thé phần bên phải của Editing toolbar.

+ Connect Vertices th : liên kết các đỉnh lại với nhau.

i /—f

+ Disconnect Vertices TT : xoá liên kết các đính.

+ Add Node 4 thêm một nút giữa hai nút.

“——«/ — —=—a/

+ Delete Nodes A xoá các nút được chọn.

ae

Trang 31

Khoá Luận Tốt Nghiệp GVHD: Thay NGUYÊN HIẾN HOANG

+ Convert to Curve a) : chuyên đổi đường thing thành duéng cong.

oo i ——=# ret —

nut

Dé thay được các điểm điều khiến, click vào một trong hai nút trên Dùng các

diém nay để chuyển đổi thành đường cong.

‡ ae click vào nút này nêu muốn nút vả các điểm điều khiển xung

quanh nút đó năm thăng hàng với nhau ;

V +— diém

_{ —

].= foe

+ ST click vào nút nay nếu muốn khoảng cách giữa nút và các điểm

điều khiển xung quanh nút đó bằng nhau

+ 2 : viết theo hệ thống chữ cái Hy Lạp.

Một số chữ thông dụng: nếu muốn có chữ @ thì ta đánh chữ a, tương tự chữ j

ta đánh chit b, chữ y ta đánh g, chữ ö ta đánh d, chữ « ta đánh e, chữ x ta

đánh p chữ ụ ta đánh m chữ w ta đánh v, chữ 6 ta đánh gq

Trang 32

Khoá Luận Tết Nghiệp GVHD: Thay NGUYEN HIEN HOANG

_& ; canh trai.

+ © canh giữa.

; canh phải,

+ © cạnh đều,

' phục hôi style (font va paragraph) mặc định.

` : tạo style (font va paragraph) mặc định.

- Bring to Front Tại, gửi đối tượng được chọn ra phía trước.

Send to Back % : gửi đổi tượng được chọn ra phía sau.

~ Group/Ungroup = chuyển các nhóm được chọn thành một nhóm tuỳ

chọn Ungroup ngược lại với Group.

- Flip Left to Right ẨŸ: quay các đổi tượng được chọn từ trái sang phải.

Flip Top to Bottom ÝÊ: quay các đỗi tượng được chọn từ trên xuống dưới.

- Rotate 90! 4 : quay 907.

Align Left E : canh trái theo hướng ngang.

- Align Center 8 ; canh giữa theo hướng ngang.

- Align Right a ; canh phải theo hướng ngang.

+ Nếu một đối tượng được chọn; nó sẽ được canh trai, canh giữa, canh

phải so với lê của trang.

* Nếu một nhỏm các đối tượng được chọn; nó sẽ được canh trái, canhgiữa canh phải so với lê của nhóm.

Align Bottom Qo : canh lên đầu theo hướng đọc.

Align Center th, canh giữa theo hưởng dọc.

- Align Top TP; cạnh xuống cuối theo hướng dọc.

+ Nếu một đôi tượng được chọn; nó sẽ được canh lên đầu, canh giữa,

canh xuống cuối so với lề của trang

Trang 33

Khoá Luận Tốt Nghiệp GVHD: Thầy NGUYÊN HIẾN HOANG

» Nếu một nhóm các đối tượng được chon; nó sẽ được canh lên đầu, canh giữa, canh xuống cuối so với lẻ của nhóm.

2.4 Thanh công cụ Drawing

~ ‘Line Button `: công cụ về đường thang Giữ phim SHIFT khi vẽ sẽ tao

góc 15”, giữ phim CTRL khi vẽ sé tao tâm tại vị trí bat dau vẽ.

Are Buttons CCN : bộ công cụ về hình cung.

~ Curve Button S : vẽ đường cong.

Polyline Button TM cho phép vẽ các đường cong tự do như

JN và các đường gap khúc như /\// :

— Draw Arrow Button 2 : về mũi tên.

Rectangle Button L1: vẽ hình chữ nhật.

— Rounded Rectangle Button D: về hình chữ nhật — tron.

Ellipse Button O : vẽ elip.

~ Polygon Button œ: về đa giác và các hình cong.

~ Insert Bitmap Button & : chèn các file có định dang bmp, dib.

~ Text Button T : công cụ gd text Gồm có hai loại Formatted Text il,

va Artistic Text T Dang Artistic Text có thé kéo căng ra hoặc nén lại.

- Table Button i tao bang Khi bam vào nút nay và kéo vao vùng làm

việc, một hộp thoại hiện ra đánh số hàng va số cột vào các ô tương ứng

Khi này Table toolbar sẽ xuất hiện trên thanh Editing toolbar

Trang 34

+ *Ê: thêm | hàng.

+ Ÿ: thêm 1 cột.

+ “E: xoá 1 hàng.

+ @: xoá 1 cột,

+ F: xuất hiện hộp thoại cho phép gõ vao độ rộng của cột được chọn.

+ Š: xuất hiện hộp thoại cho phép gd vào chiều cao của hàng được chọn + Add Table Box Button ® : thêm một box mới trong bảng được chọn.

+ Swap Box Order Button cho phép trao đổi nội dung giữa các box

trong cùng một bảng.

+ Delete Table Button ® : xoá bang duge chon.

~ Brackets Buttons [ 1) click lên nút tam giác góc dưới bên phải là bộ công

900

cụ [¢ 4 : cho phép vẽ các dau ngoặc.

~ Callout Buttons Po, click lên nút tam giác sẽ cho bộ công cụ e0v :

dùng dé tạo ghi chú.

Dé tạo ghi chú: chon callout cần vẽ và kéo vao vùng làm việc theo độ rộng tuỳ

¥ hoặc chỉ lên bắt ky đối tượng nào sau đó click khi callout xuất hiện

Vi dụ:

Callout xuất hiện khi

Đenzen : đưa trỏ vào chữ

Benzen, lúc đó ta click lên nó sẽ được như hình bên.

~ Report Template Button l8 : cho phép tạo bản tưởng trình.

IV Thoát ChemSketch 8.0

Đề thoát ChemSketch, có 2 cách:

~ Tro vào File/Exit.

~ Bam tô hợp phim Alt + #4.

Trang 35

Khoá Luận Tết Nghiệp GVHD: Thầy NGUYÊN HIEN HOANG

PHAN 3

NOI DUNG NGHEN CỨU

I Vẽ cấu trúc đơn giản

~ Bật công cụ Draw Normal J trên Structure toolbar và chon nguyên tứ

Click vào vùng làm việc để vẽ CHy

Click lên CH, để thêm nhóm CHỊ, tạo thành CH:-CH; với chiều đải liên

kết chuẩn, Click thêm 2 lần nữa trên củng nguyên tử cacbon để tạo

lên bat kì liên kết nào dé quay cấu trúc thành dang

Click công cụ Draw Normal J

~ Click lên nguyên tử cacbon bên phải dé vẽ

Lập lại các bước trên để về các cấu trúc:

| |

CHạ CH, CHy

2 Liên kết bội

Trong cau trúc cudi cùng đã vẽ ở trên, click thêm một lần nữa lên liên kết

cudi củng, ta sẽ được liên kết đôi ở đó

on | einen Sẽ se

CHạ

- Click lên liên kết đó một lần nữa ta sẽ được liên kết ba

CHạ

- Click thêm lan nữa sẽ trở vẻ liên kết đơn

Trang 36

~ Click Undo > để lấy lại những thay đổi và nhắn CTRL + Delete thì

nguyên tử bị xoá sẽ được giữ lại như hình sau:

~ Click Pseudo Atom B; trên Atoms toolbar:

~ Click lên hai nhóm CH, dau và cuối dé có cấu trúc:

Trang 37

Khoá Luận Tốt Nghiệp GVHD: Thầy NGUYEN HIẾN HOANG

Trở lại cau trúc:

HạC bà đưa

CH;

trên Atoms toolbar dé mở bang tuần hoàn

Click Periodic Table ug

Click Fluorine ¥ trong bang tuần hoàn và click OK Chủ ý, Fluorine

bay giờ xuat hiện trên Atoms toolbar va đang được chọn.

Click lên nguyên tử cacbon bên trái dé thay thẻ bởi fo:

PR uh

cn

Ghi chú: khi một nguyên tế mới được chọn từ bảng tuần hoàn, nó sé tự động

được thêm vào Atoms toolbar Dé xoá bỏ những nguyên tô nảy trên Afoms toolbar, double-click lên Atoms toolbar và chon Yes trong hộp thoại hiện ra,

khi đó nó sẽ xoá bỏ tat cả các nguyên tử ngoại trừ những nguyên tử mặc định

của chương trình.

Trở lại cấu trúc :

F Spee

CHy

~ Click Draw Continuous ad trên Structure toolbar hoặc nhân phải chuột

dé chuyển tử chế độ Draw Normal ⁄ sang Draw Continuous.

~ Click Fluorine trên Atoms toolbar.

- Click lên nguyên tử cacbon bên phái trong cấu trúc trên dé chọn nó:

Trang 38

~ Click thêm hai lin liên tiếp trên cùng nguyên tứ cacbon cho cấu trúc trên

~ Kéo chuột từ nguyên tử cacbon của nhóm CH, đến nguyên tử cacbon cuôi

cùng sẽ cho cau trúc sau:

PC 9% 2226 >>>

9 “Clean” cầu trúc

~ Trở lại cấu trúc:

— Click Clean Structare @ trên Structure toolbar dé chuan hoá các chiêu

dài liên kết và các góc liên kết, tạo thành cấu trúc trên bên phải

10 Công cụ Edit Atom Label

~ Trở lại cấu trúc:

F

- Click Edit Atom Label & trên Atoms toolbar và click lên nguyên tử flo

bên phải.

~ Trong hộp thoại hiện ra, gõ vào "'(CH2)3Ph'" va click /nsert:

Trang 39

—ờ

F (CH;)aPh

~ Click lên nhãn “(CH2)3Ph”, hộp thoại Edit Label xuất hiện chon Expand,

được cầu trúc trên bên phải.

11 Công cụ Draw Chains

Trở lại cấu trúc:

Click Draw Chains có trên Structure toolbar và trò chuột đến nguyên tử

được chi bởi mũi tên dưới đây:

~ - CH,

F F

———>

- Nhân chuột trái và kéo vẻ phía phải, kéo đến khi tạo mạch 8 cacbon rồi

tha chuột, ngay khi thả chuột mạch cacbon được tạo thành (hình trên bên phải).

- Click lên Fluorine Ÿ trên Atoms toolbar và click ba lần liên tiếp lên

cấu trúc sau:

Trang 40

Khoá Luận Tốt Nghiệp GVHD: Thay NGUYÊN HIẾN HOANG

F

Ghi chú: khi kéo tạo thành mạch cacbon bởi công cụ Draw Chains, các liên kết

sẽ hợp nhau góc 120°, nêu trong khi kéo giữ phím CTRL sẽ tạo góc 180°.

Il Vẽ cấu trúc phức tạp

| Table of Radicals (các gốc hữu cơ)

- Click Table of Radicals 224 trên References toolbar, một hộp thoại hiện

ra.

~ Click Cyclohexane trong hộp thoại trên.

~ Lập lại các bước trên cho Cyclopentane.

Ghi chú: khi một gốc mới được lay từ Table of Radicals, nó sẽ tự động xuất

hiện trên References toolbar De xoá những gốc nay, double-click lên

References toolbar và chon Yes trong hộp thoại hiện ra.

2 Ring Structure (cầu trúc vòng)

~ Click Cyclopentane trèn References toolbar.

Click lên vùng trắng trong vùng làm việc để có vòng 5 cạnh

- Click Cyclohexane trên References toolbar Trò chuột vào liên kết (được

chỉ bởi mũi tên) như hình: CO va click để tạo cấu trúc

- Lập lại các bước trên dé tạo cau trúc:

Tiêu đề	Hướng Dẫn Sử Dụng Phần Mềm Chemsketch 8.0
Tác giả	Nguyen Thanh Lam
Người hướng dẫn	Thầy Nguyen Hien Hoang
Trường học	Truong Dai Hoc Su Pham Thanh Pho Ho Chi Minh
Chuyên ngành	Cử Nhân Hóa Học
Thể loại	khóa luận tốt nghiệp
Năm xuất bản	2006
Thành phố	Hồ Chí Minh

Định dạng
Số trang	131
Dung lượng	31,94 MB