PHÁT HIӊN GEN MÃ HÓA CARBAPENEMASE
TRÊN CHӪNG ACINETOBACTER BAUMANNII
Trang 2Cán bӝ Kѭӟng dүn khoa hӑc: TS NguyӉQ6ƭ7Xҩn
PGS.TS NguyӉQ7K~\+ѭѫQJ Cán bӝ chҩm nhұn xét 1: TS NguyӉQ+RjQJ&KѭѫQJ
Cán bӝ chҩm nhұn xét 2: TS Hoàng Anh Hoàng
LuұQYăQWKҥFVƭÿѭӧc bҧo vӋ tҥL7UѭӡQJĈҥi hӑF%iFK.KRDĈ+4*7S+&0QJj\WKiQJ QăP (Online trên Google Meet)
Thành phҫn HӝLÿӗQJÿiQKJLiOXұQYăQWKҥFVƭJӗm:
1 PGS.TS.NguyӉn TiӃn Thҳng Chӫ tӏch
3 TS NguyӉQ+RjQJ&KѭѫQJ Phҧn biӋn 1
Xác nhұn cӫa Chӫ tӏch HӝLÿӗQJÿiQKJLi/9Yj7Uѭӣng Khoa quҧn lý chuyên ngành sau khi luұQYăQÿmÿѭӧc sӱa chӳa (nӃu có)
CHӪ TӎCH HӜ,ĈӖNG 75ѬӢNG KHOA
PGS.TS NguyӉn TiӃn Thҳng *6763KDQ7KDQK6ѫQ1DP
Trang 375ѬӠ1*ĈҤI HӐC BÁCH KHOA Ĉӝc lұp - Tӵ do - Hҥnh phúc
NHIӊM VӨ LUҰ19Ă17+Ҥ&6Ƭ
1Jj\WKiQJQăPVLQK 1ѫLVLQK .LrQ*LDQJ
7Ç1Ĉӄ TÀI: Phát hiӋn gen mã hóa carbapenemase trên chӫng Acinetobacter
baumannii bҵng kӻ thuұt LAMP
NHIӊM VӨ VÀ NӜI DUNG: ÿӅ WjL³3KiWKLӋn gen mã hóa carbapenemase trên
chӫng Acinetobacter baumannii bҵng kӻ thuұW/$03´Yӟi hai mөc tiêu
1 Áp dөQJTX\WUuQK/$03ÿmÿѭӧc công bӕ bӣi Norihisa Yamamoto và
cӝng sӵ ÿӇ phát hiӋn tӹ lӋ gen mã hóa carbapenemase blaOXA-23 trên
khuҭn lҥc Acinetobacter baumannii phân lұp tӯ mүu bӋnh phҭm lâm
sàng
2 ĈiQKJLiÿӝ nhҥ\ÿӝ ÿһc hiӋu cӫa kӻ thuұt LAMP trong viӋc phát hiӋn
gen mã hóa carbapenemase blaOXA-23 trên Acinetobacter baumannii
trong các mүu bӋnh phҭm lâm sàng
NGÀY GIAO NHIӊM VӨ: 22/02/2021
NGÀY HOÀN THÀNH NHIӊM VӨ: 13/06/2021
CÁN BӜ +ѬӞNG DҮN: TS NguyӉQ6ƭ7Xҩn ; PGS.TS NguyӉQ7K~\+ѭѫQJ
Tp HCM, ngày « tháng « QăP21
CÁN BӜ +ѬӞNG DҮN
TS NguyӉQ6ƭ7Xҩn PGS.TS NguyӉQ7K~\+ѭѫQJ CHӪ NHIӊM BӜ 0Ð1Ĉ¬27Ҥ275ѬӢNG KHOA
PGS.TS Lê Thӏ Thӫ\7LrQ*6763KDQ7KDQK6ѫQ1DP
Trang 4Tôi xin trân trӑng cҧPѫQ3*6761JX\ӉQ7K~\+ѭѫQJF{ÿmOX{Qӫng hӝ, tҥRÿLӅu kiӋQJL~Sÿӥ ÿӇ tôi hoàn thành luұQYăQWҥL7Uѭӡng
Tôi xin trân trӑng cҧPѫQ TS NguyӉQ6ƭ7Xҩn ± 7Uѭӣng khoa Vi Sinh , BӋnh viӋn Thӕng NhҩWĈӗQJ1DLÿmWҥRÿLӅu kiӋQKѭӟng dүn tôi thӵc nghiӋm nghiên cӭu tҥi BӋnh viӋn
Tôi xin trân trӑng cҧPѫQ3*676/r7Kӏ Thӫy Tiên ± Chӫ nhiӋm bӝ môn Công NghӋ Sinh Hӑc và các Thҫy Cô công tác tҥi bӝ P{QÿmKӛ trӧ, giҧng dҥy giúp tôi hoàn thành luұQYăQ
Tôi xin trân trӑng cҧPѫQ%DQ*LiPÿӕc bӋnh viӋn Gia An 115, Ban Giám ÿӕc bӋnh viӋn Thӕng NhҩWĈӗQJ1DL%DQ*LiPÿӕFF{QJW\1DP.KRDÿmKӛ trӧ, cung cҩSFiFÿLӅu kiӋn thӵc nghiӋPÿӇ giúp tôi hoàn thành tӕWÿӅ tài
Cuӕi cùng, tôi xin gӱi lӡi cҧPѫQÿӃn nhӳQJQJѭӡLWKkQWURQJJLDÿuQKQKӳng QJѭӡi bҥn và nhӳQJQJѭӡLÿӗng nghiӋSÿmOX{QJҳn bó cùng tôi, là nguӗQÿӝng lӵc cho tôi tiӃp tөc phҩQÿҩu trong hӑc tұp và công tác
7S+&0WKiQJ QăP2021
Hӑc viên
/kP7UXQJ7Uѭӣng
Trang 5TÓM TҲT LUҰ19Ă17+Ҥ&6Ƭ
3KѭѫQJSKiSÿһt vҩQÿӅ và chӑQKѭӟng nghiên cӭu xuҩt phát tӯ thӵc tiӉn vӅ hiӋn trҥng nhiӉm khuҭn bӋnh viӋQ ÿӅ tài áp dөng lҥi quy trình kӻ thuұt cӫa
Yamamoto, nhҵm phát hiӋn gen blaOXA-23 mã hóa carbapenemase trên A baumannii
Các sӕ liӋu công bӕ WURQJÿӅ WjLÿѭӧc hӑc viӋn cùng nhóm nghiên cӭu thӵc hiӋn trӵc tiӃp trên các mүu bӋnh phҭm cӫDQJѭӡi bӋnh tҥi BӋnh viӋn Gia An 115 và BӋnh viӋn Thӕng NhҩWĈӗQJ1DLÿk\OjFiFVӕ liӋu có tính thӵc tӃ và bám sát vào thӵc trҥng nhiӉm khuҭn tҥi bӋnh viӋQĈӅ WjLÿm khҷQJÿӏQKÿѭӧFSKѭѫQJSKiS/$03OjPӝt SKѭѫQJSKiSFKҭQÿRiQSKkQWӱ Fyÿӝ chính xác cao vӟLÿӝ ÿһc hiӋu là 100% và giӟi
hҥn phát hiӋn là 10 CFU/mL cho viӋc phát hiӋn gen blaOXA-23 KӃt quҧ cӫDÿӅ WjLÿѭD
ra mӭFÿӝ kháng Carbapemem trên A baumannii là 7ÿk\OjPӝt tӹ lӋ khá
cao, vì vұy cҫn có mӝt giҧi pháp nhanh chóng nhҵm kӏp thӡi phát hiӋQYjQJăQFKһn các nhóm vi sinh vұWÿDNKiQJWKXӕFĈk\FNJQJFKtQKOjPөFWLrXYjêQJKƭDFӫa viӋc thӵc hiӋn luұQYăQ
The method of questioning and choosing a research direction comes from the reality of hospital infections, the subject is applying Yamamoto's technical process
to detect the gene blaOXA-23 encoding carbapenemase on A baumannii The data
published in the topic, performed by the institute and the research team directly on patient samples at Gia An 115 Hospital and Thong Nhat Dong Nai Hospital, these are real data, and closely follow the infection situation at the hospital The study confirmed that the LAMP method is a molecular diagnostic method with high accuracy with a specificity of 100% and a detection limit of 10 CFU/mL for the
detection of the blaOXA-23 gene The results of the study show that the level of
resistance to Carbapemem on A baumannii is 77.41%, this is a rather high rate, so a
quick solution is needed to promptly detect and prevent groups of microorganisms drug resistance This is also the aim and meaning of the thesis
Trang 6LӠ,&$0Ĉ2$1
7{L[LQFDPÿRDQOXұQYăQlà công trình nghiên cӭu cӫa hӑc viên cùng nhóm nghiên cӭu, không sao chép cӫa ai do tôi tӵ nghiên cӭXÿӑc, dӏch tài liӋu, tәng hӧp và thӵc hiӋn Nӝi dung lý thuyӃt trong luұQYăQKӑc viên có sӱ dөng mӝt sӕ tài liӋu tham khҧo và các công trình nghiên cӭu ÿm ÿѭӧc công bӕ WUѭӟF ÿk\ &iF Vӕ liӋu, FKѭѫQJWUuQKSKҫn mӅm và nhӳng kӃt quҧ trong luұQYăQOjWUXQJWKӵFYjÿѭӧc thӵc hiӋQÿӝc lұp bӣi hӑc viên và nhóm nghiên cӭu
Tác giҧ luұQYăQ
/kP7UXQJ7Uѭӣng
Trang 7Protein màng ngoài (Porin) 6
Y͇u t͙ phong t͗a t͇ bào (LPS, Capsule) 7
1.1.4 Nhi͍m khu̱QOLrQTXDQYjWiFÿ͡ng lâm sàng cͯa A baumannii 13
Nhi͍m khu̱Qÿ˱ͥng hô h̭p 13
Nhi͍m khu̱n máu 13
Nhi͍m khu̱Qÿ˱ͥng ti͇t ni͏u 14
Viêm màng não 14
1.2 Kháng sinh Carbapenem 15
C̭u t̩o hóa h͕c 15
Trang 8Ph͝ tác dͭng 16
1.2.1 S ÿ͉ kháng Carbapenem ͧ Acinetobacter baumannii 16
&˯FK͇ phi enzym 17
1.3.2 &˯FK͇ cͯa LAMP 23
1.3.3 Phát hi͏n s̫n pẖm cͯa LAMP 27
Trang 92.5.5 3K˱˯QJSKiSÿL͏n di trên gel 37
2.5.6 Thi͇t l̵p ph̫n ͱng và phát hi͏n s̫n pẖm cͯa LAMP 38
2.5.7 Thi͇t l̵p ph̫n ͱng và phát hi͏n s̫n pẖm PCR 39
&+ѬѪ1* .ӂT QUҦ NGHIÊN CӬU 41
3.1 KӃt quҧ khҧo sát mүu bӋnh phҭm lâm sàng 41
3.2 KӃt quҧ ÿӏQKGDQKYLVLQKYjNKiQJVLQKÿӗ 42
3.3 KӃt quҧ phát hiӋn gen mã hóa blaOXA-23 cӫa LAMP trên khuҭn lҥc 44
3.4 ;iFÿӏnh giӟi hҥn phát hiӋn cӫa phҧn ӭng LAMP 47
3.5 KӃt quҧ LAMP phát hiӋn gen blaOXA-23 trên mүu bӋnh phҭm lâm sàng 49
3.6 ĈiQKJLiWtQKKLӋu quҧ cӫa LAMP 50
3.7 Bàn luұn 52
&+ѬѪ1* .ӂT LUҰN, KIӂN NGHӎ 56
4.1 KӃt luұn 56
4.2 KiӃn nghӏKѭӟng phát triӇn cӫDÿӅ tài 57
TÀI LIӊU THAM KHҦO 59
Trang 10TӮ VIӂT TҲT
A.Baumannii Acinetobacter baumannii
ABC Acinetobacter baumannii - calcoaceticus
CHDL Carbapenem-K\GURO\]LQJFODVV'ȕ-lactamases CRAB Carbapenem resistance Acintobacter baumannii CRAB Carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii
LAMP Loop mediated isothermal amplification
PBP Penicillin-binding proteins
VAP ventilator associated pneumonia
Trang 11DANH MЌC HÌNH VÀ BϪNG
Hình 1.1 Hình ҧnh A baumannii Gѭӟi kính hiӇn vi
Hình 1.2 Minh hӑa các yӃu tӕ quyӃWÿӏQKÿӝc lӵc cӫa A baumannii
Hình 1.3 Minh hӑDFѫFKӃ kháng kháng sinh cӫa A baumannii
Hình 1.4 Các nhóm kháng sinh Carbapenem
Hình 1.5 &iFFѫFKӃ kháng Carbapenem ӣ A baumannii
Hình 1.6 &iFFDUEDSHQHPDVHÿѭӧc phát hiӋn ӣ A baumannii
Hình 1.7 Tәng hӧp chuӛi bә sung tӯ mӗi FIP trong LAMP Hình 1.8 Thay thӃ chuӛi bә sung tӯ mӗi F3 trong LAMP Hình 1.9 Tәng hӧp sӧLÿѫQWӯ mӗi FIP trong LAMP
Hình 1.10 Tәng hӧp chuӛi DNA tӯ mӗi B3 và BIP trong LAMP Hình 1.11 &ѫFKӃ tҥo cҩu trúc dҥng vòng trong LAMP
Hình 1.12 Phҧn ӭng LAMP khi sӱ dөng thêm Loop primer Hình 3.1 KӃt quҧ ÿLӇn hình nhuӝm Gram trên mүXÿjP
Hình 3.2 KӃt quҧ ÿLӇn hình khuҭn lҥc mӑFWUrQP{LWUѭӡng BA, MC, CAHI Hình 3.3 KӃt quҧ ÿLӇQKuQKÿӏnh danh A baumannii
Hình 3.4 KӃt quҧ ÿLӇQKuQKNKiQJVLQKÿӗ cӫa A baumanni
Hình 3.5 Sӵ WKD\ÿәi màu sҳc trong tube phҧn ӭng LAMP Hình 3.6 Hình ҧQKÿLӋn di LAMP trên gel agarose 2% Hình 3.7 Giӟi hҥn phát hiӋn cӫa LAMP
Hình 3.8 KӃt quҧ WUrQJHOÿLӋn di sҧn phҭm phҧn ӭng LAMP Hình 3.9 KӃt quҧ WUrQJHOÿLӋn di sҧn phҭm phҧn ӭng PCR Bҧng 2.1 Trình tӵ mӗi cho phҧn ӭng LAMP
Bҧng 2.2 Trình tӵ mӗi cho phҧn ӭng PCR Bҧng 3.1 Tóm tҳt kӃt quҧ giӳa LAMP và PCR Bҧng 3.2 6RViQKÿһc tính cӫa LAMP và PCR
Trang 12ĈҺT VҨ1Ĉӄ
.KiQJNKiQJVLQKOjFѫFKӃ tiӃQKyDEuQKWKѭӡng cӫa vi sinh vұt (vi khuҭn, nҩPYLUXVYjNêVLQKWUQJ ÿѭӧFWK~Fÿҭy bҵng áp lӵc chӑn lӑc gây ra bӣi viӋc sӱ dөng và lҥm dөng kháng sinh Sӵ liên quan giӳa viӋc sӱ dөQJNKiQJVLQKYjFѫFKӃ ÿӅ kháng cӫa vi khuҭQÿmÿѭӧc ghi nhұn tҥLFiFFѫVӣ FKăPVyFVӭc khӓe và trong cӝQJÿӗQJ&iFFѫFKӃ kháng kháng sinh mӟi nәi lên trên toàn cҫXOjPÿHGӑDÿӃn viӋFÿLӅu trӏ các bӋnh nhiӉm khuҭn, dүQÿӃQOjPWăQJWKӡi gian nҵm viӋQWăQJWӹ lӋ tӱ YRQJYjWăQJFKtSKtÿLӅu trӏ cӫDQJѭӡi bӋnh [1]+ѫQQӳa, vi khuҭn sinh sӕng ӣ WUrQQJѭӡLÿӝng vұt và hӋ sinh thái xung quanh, vì vұy chúng có thӇ WUDRÿәi gen NKiQJNKiQJVLQKFKRQKDXĈLӅu cҫn thiӃt là phҧi hiӇXÿѭӧFFѫFKӃ kháng kháng sinh cӫa vi khuҭQWURQJFiFP{LWUѭӡQJNKiFQKDXÿӇ giҧm thiӇXWiFÿӝng cӫa chúng ÿӃn sӭc khӓHFRQQJѭӡLYjÿѭDUDELӋQSKiSQKDQKFKyQJÿӇ kiӇm soát sӵ lây lan cӫa chúng
Tӯ nhӳQJ QăP Wҫm quan trӑng vӅ mһt lâm sàng cӫa vi khuҭn
Acinetobacter baumannii ÿm ÿѭӧc báo cáo, A baumannii NKiQJ NKiQJ VLQK FNJQJ
ÿѭӧc nhҳFÿӃn lҫQÿҫXYjRQăP [2] A baumannii là mӝt tác nhân gây bӋQKFѫhӝLÿDVӕ các chӫng A baumanni ÿӅu là chӫng kháng thuӕc, gây trӣ ngҥLYjWăQJFKLphí cho viӋFÿLӅu trӏ, HiӋp hӝi bӋnh truyӅn nhiӉm Hoa KǤ ÿm[Ӄp A baumannii là
mӝt trong nhӳQJ QJX\rQ QKkQ KjQJ ÿҫu gây nhiӉm khuҭn bӋnh viӋn [3] Các chi
Acinetobacter thuӝc hӑ Moraxellaceae và bao gӗm ít nhҩWORjLÿѭӧc mô tҧ, vӟi A baumannii là có liên quan nhiӅu nhҩW ÿӃn lâm sàng [4] A baumannii gây nhiӉm
khuҭn trên các bӋnh lý: nhiӉm khuҭQÿѭӡng hô hҩp, nhiӉm khuҭn huyӃt, nhiӉm khuҭn niӋu, nhiӉm khuҭQÿѭӡng tiêu hóa, nhiӉm khuҭn da và các mô mӅP«FKLӃm tӹ lӋ 2% - 10% cӫa nhóm vi khuҭn Gram âm gây nhiӉm khuҭn bӋnh viӋn, chӫ yӃu xuҩt hiӋn trên nhóm QJѭӡi bӋnh có tình trҥng bӋnh nһQJÿһc biӋWOjWURQJFiFÿѫQYӏ hӗi
sӭFÿһc biӋt (ICU) [2]+ѫQQӳa, nhiӉm A baumannii WURQJFiFFѫVӣ y tӃ có thӇ làm
WăQJWӹ lӋ tӱ vong tӯ 8% - 40% (theo WHO, 2017)
Trang 13&DUEDSHQHPÿѭӧF[HPOjÿyQJYDLWUzWKLӃt yӃu trong liӋu pháp kháng khuҭn trên toàn thӃ giӟi, chúng có phә kháng khuҭn rӝng nhҩt cӫa nhóm kháng sinh beta-ODFWDP&DUEDSHQHPWKѭӡQJÿѭӧc xem là kháng sinh cuӕLFQJGjQKFKRQKyPQJѭӡi bӋnh bӏ các vҩQÿӅ vӅ nhiӉm khuҭn nһng GҫQÿk\WKӵc trҥng vi khuҭn kháng lҥi &DUEDSHQHPÿm[Xҩt hiӋQYjJLDWăQJQKDQKFKyQJ7ә chӭc y tӃ thӃ giӟi :+2 ÿmÿѭD UD QKyP YL NKXҭn có mӭF ÿӝ kháng Carbapenem cao nhҩt là:
Enterobacteriaceae, Pseudomonas aeugrinosa, Acinetobacter baumannii [5]
Acinetobacter baumannii kháng lҥi Carbapenem bҵng cách sҧn xuҩt enzym
carbapenemase có khҧ QăQJWKӫy phân Carbapenem [6], các gen kháng Carbapenem WKѭӡQJÿѭӧc sinh ra trên plasmid, cho phép chúng lây lan nhanh chóng tӟi các nhóm
vi khuҭn và khu vӵc khác nhau [7] Các gen blaOXA-23, blaOXA-51, blaOXA-58 thuӝc
nhóm D ȕ-lactamases và gen blaNDM-1 thuӝFQKyP%ȕ-lactamases là các gen kháng
&DUEDSHQHPÿmÿѭӧc sàng lӑc tӯ A baumannii, gen blaOXA-23 chiӃm tӹ lӋ 97.7%
trong các chӫng A baumannii kháng Carbapenem [8]. Vì vұy, cҫn xây dӵng mӝt SKѭѫQJSKiSWӕLѭXFKRYLӋc sàng lӑc nhanh gen có tӹ lӋ cao kháng Carbapenem trên QJѭӡi bӋQKYjQJѭӡLOjQKPDQJJHQÿLӅu này sӁ giúp tiӃt kiӋm chi phí và hӛ trӧ tӕt cho viӋFÿLӅu trӏ lâm sàng
Có rҩt nhiӅXSKѭѫQJSKiSFKҭQÿRiQWiFQKkQJk\EӋnh khác QKDXWURQJÿyÿDSKҫn là các kӻ thuұt nuôi cҩ\[iFÿӏnh hình thái hӑc vүQÿѭӧc sӱ dөng nhiӅu, tuy nhiên nhӳng kӻ thuұWQj\WKѭӡng mҩt nhiӅu thӡi gian, phӭc tҥSÿӝ chính xác không cao Kӻ thuұt LAMP khҳc phөFÿѭӧc hҫu hӃt nhӳQJQKѭӧFÿLӇm cӫDFiFSKѭѫQJSKiSWUѭӟFÿk\WUrQWKӃ giӟLÿmFyKjQJWUăPEӝ NLWÿѭӧc xây dӵng dӵa trên kӻ thuұt Qj\Ĉӕi vӟi ViӋW1DPÿk\OjPӝWKѭӟQJÿLPӟi nhҵm xây dӵng mӝWSKѭѫQJSKiSchҭQÿRiQQKDQKYjFKtQK[iFFiFWiFQKkQJk\EӋnh, góp phҫn làm giҧm thiӇu bӋnh, nâng cao sӭc khoҿ cӝQJÿӗng
Tӯ nhӳng thӵc trҥng trên, chúng tôi thӵc hiӋQÿӅ WjL³3hát hiӋn gen mã hóa
carbapenemase trên chӫng Acinetobacter baumannii bҵng kӻ thuұW/$03´Yӟi hai
mөc tiêu:
Trang 141 Áp dөQJTX\WUuQK/$03ÿmÿѭӧc công bӕ bӣi Norihisa Yamamoto và
cӝng sӵ [9] ÿӇ phát hiӋn tӹ lӋ gen mã hóa carbapenemase blaOXA-23 trên
khuҭn lҥc Acinetobacter baumannii phân lұp tӯ mүu bӋnh phҭm lâm
sàng
2 ĈiQKJLiÿӝ nhҥ\ÿӝ ÿһc hiӋu cӫa kӻ thuұt LAMP trong viӋc phát hiӋn
gen mã hóa carbapenemase blaOXA-23 trên Acinetobacter baumannii
trong các mүu bӋnh phҭm lâm sàng
KӃt quҧ nghiên cӭu cӫDÿӅ WjLGQJOjPFѫVӣ ÿӇ xây dӵng kӻ thuұt LAMP cho viӋc phát hiӋn gen kháng kháng sinh trên nhiӅu chӫng vi khuҭn khác nhau Tӯ ÿyFyWKӇ ӭng dөng kӻ thuұt LAMP QKѭPӝt công cө cho viӋc giám sát các chӫng vi khuҭn kháng thuӕc tҥi cáFFѫVӣ y tӃ
Trang 15&+ѬѪ1*,7ӘNG QUAN
1.1 Vi khuҭn Acinetobacter baumannii
1.1.1 Ĉ̿FÿL͋m sinh lý
Acinetobacter baumannii là vi khuҭn Gram âm, hiӃX NKt NK{QJ GL ÿӝng,
không lên men, oxidase (- FDWDODVH KjPOѭӧng Guanin - Cytosine (G-C) trong trình tӵ DNA tӯ 39% - 47% [10] và là mӝt mҫm bӋnh FѫKӝi quan trӑng vӅ nhiӉm
khuҭn bӋnh viӋn A baumannii có thӇ tӗn tҥi trên bӅ mһt rҳQYjNK{ÿӃn 5 tháng, khҧ
QăQJSKiWWULӇn trong phҥm vi rӝng cӫa nhiӋWÿӝ và pH, có mӭFÿӝ NKiQJFDRÿӕi vӟi kháng sinh và chҩt khӱ khuҭn, có khҧ QăQJWҥo màng sinh hӑc giúp bám dính tӕt trên
các thiӃt bӏ y tӃ [5] NhiӉm khuҭn A baumannii WKѭӡng là mҳc phҧi sau khi tiӃp xúc
vӟLP{LWUѭӡng y tӃ bӏ ô nhiӉm, hoһc tiӃp xúc trӵc tiӃp vӟi các dӏch vө FKăPVyFVӭc khӓHNK{QJÿҧm bҧo và nhân viên y tӃ ÿmPDQJPҫm bӋnh tӯ WUѭӟc [11] Các nguyên
QKkQNKiFOLrQTXDQÿӃn nhiӉm khuҭn lâm sàng cӫa A baumannii là: khҧ QăQJÿӅ
kháng tӵ nhiên cao, sӵ ÿLӅu chӍnh bҧn thân kháng lҥi các yӃu tӕ bҩt lӧi tӯ P{LWUѭӡng bên ngoài [12]
Hình 1.1: Hình ̫QK$EDXPDQQLLG˱ͣi kính hi͋n vi (ngu͛n Wikimedia)
ViӋc sӱ dөQJFiFSKѭѫQJSKiSSKkQWӱÿһc biӋt là lai DNA-'1$ÿmÿѭӧc
sӱ dөQJÿӇ thiӃt lұp danh tính cӫa ít nhҩt 33 loài khác nhau cӫa Acinetobacter [13] Trong sӕ các loài này, Acinetobacter calcoaceticus (genospecies 1), Acinetobacter
baumannii (genospecies 2), Acinetobacter genomic species 3 (genospecies 3) và Acinetobacter genospecies 13TU, chia sҿ ÿһF ÿLӇm kiӇu hình giӕng nhau, khiӃn
ch~QJ NKy ÿѭӧc phân biӋt trên lâm sàng Phӭc hӧp Acinetobacter baumannii -
Trang 16calcoaceticus (ABC) dӉ bӏ nhҫm lүn khi nhұn dҥQJJk\NKyNKăQFKRYLӋFÿLӅu trӏ,
YuFiFORjLQj\FyÿһFÿLӇm kiӇu hình gҫQWѭѫQJÿӗQJQKѭQJNKiFQKDXYӅ ÿһc tính
sinh hӑc, bӋnh lý A baumannii JHQRVSHFLHV ÿҥi diӋQFKRêQJKƭDOkPVjQJQKLӅu nhҩt cӫa phӭc hӧp, trong khi A calcoaceticus (genospecies 1) là mӝt mҫm bӋnh tӯ
P{LWUѭӡng hiӃPNKLÿѭӧc xem là nguyên nhân gây ra bӋnh nһng [14]
A baumannii, A pittii và A nosocomialis vүQFzQNKy[iFÿӏnh trong hҫu hӃt
các phòng thí nghiӋPFK~QJÿҥi diӋn cho 3 loài Acinetobacter FyOLrQTXDQÿӃn lâm sàng nhiӅu nhҩt [15] Mӝt dҩu hiӋu sinh hӑFÿiQJWLQFұ\ÿӇ [iFÿӏnh A baumannii là gen blaOXA-51 nҵm trên nhiӉm sҳc thӇ và thӇ hiӋn sӵ thӫy phân yӃX ÿӕi vӟi Carbapenem [16]
trình sinh bӋnh [17] Các nghiên cӭu có hӋ thӕQJÿmNK{QJ[iFÿӏQKÿѭӧc mӝt yӃu
tӕ ÿӝc lӵc cө thӇ cӫa A baumannii WUrQOkPVjQJTXDQÿLӇm này làm nәi bұt lên tính thích ӭng mҥnh mӁ cӫa A baumannii ÿӕi vӟLFѫWKӇ vұt chӫ YjWiFQKkQP{LWUѭӡng
[18]
Trang 17Hình 1.2: Minh h͕a các y͇u t͙ quy͇W ÿ͓QK ÿ͡c lc cͯa A baumannii: AceI:
Acinetobacter chlorhexidine efflux protein; CpaA: glycan-specific adamalysin-like protease; Csu: chaperon/usher pilus system; LPS: lipopolysaccharide; Omp: outer membrane protein; PNAG: poly-ȕ-1,6-N-acetylglucosamine; T2SS: type II secretion system; T6SS: type VI secretion system (ngu͛n Antibiotics 2020, 9, 119)
Protein màng ngoài (Porin)
Các protein màng ngoài cӫa vi khuҭn Gram âm nói chung có vai trò quan trӑQJWURQJWѭѫQJWiFYjWKtFKQJKLYӟLP{LWUѭӡng, là nhӳng nhân tӕ FKtQKJk\ÿӝc
lӵc [19] Protein màng ngoài chính OmpA cӫa A baumannii tham gia vào quá trình
xâm nhұp tӃ bào và quá trình apoptosis, protein 38 kDa này rҩt quan trӑQJÿӕi vӟi sӵ xâm nhұp cӫa chҩt tan nhӓ, nó liên kӃt vӟi bӅ mһt tӃ bào chӫ, khu trú trong cҧ ty thӇ và nhân, gây chӃt tӃ bào [20]
Mӝt loҥi protein màng ngoài khác cӫa A baumannii là protein Omp 33 - 36
kDa hoҥWÿӝQJQKѭPӝt kênh dүQQѭӟc và biӇu hiӋn cӫDFK~QJOLrQTXDQÿӃn khҧ
QăQJ NKiQJ Oҥi Carbapenem [21] Trong mӝt nghiên cӭu cho thҩy các chӫng A
baumannii bӏ thiӃu Omp 33 - 36 kDa có tӕFÿӝ phát triӇn kém, giҧm khҧ QăQJEiP
dính, xâm nhұSYjJk\ÿӝc cho tӃ EjRĈLӅu này cho thҩy Omp 33 - 36 kDa có vai
trò quan trӑQJÿӕi vӟi thӇ trҥQJYjÿӝc lӵc cӫa A baumannii [21]
Trang 18GiӕQJQKѭ2PS- N'D&DU2FNJQJÿyQJPӝt vai trò trong viӋc kháng
Carbapenem ӣ A baumannii Sӵ biӇu hiӋQWăQJOrQFӫa CarO làm chұm sӵ xâm nhұp
cӫa bҥch cҫu trung tính ӣ phәi thông qua sӵ suy giҧm các phҧn ӭng tiӅn viêm trong khí quҧn và phәi, cho phép vi khuҭn sinh sôi và dүQÿӃn viêm phәi nһng [22]
Y͇u t͙ phong t͗a t͇ bào (LPS, Capsule)
Trong các mҫm bӋnh Gram âm ӣ QJѭӡi, polysaccharide cӫa thành tӃ bào (LPS) là mӝt trong nhӳng yӃu tӕ ÿӝc lӵc LPS rҩt quan trӑQJÿӇ kháng huyӃt thanh QJѭӡLEuQKWKѭӡng và mang lҥi lӧi thӃ cҥQKWUDQKÿӇ sӕQJ[yWWURQJFѫWKӇ sӕng, LPS FNJQg có thӇ tҥo ra phҧn ӭng tiӅn viêm ӣ FiFP{ÿӝng vұt [23]
Mӝt yӃu tӕ quyӃWÿӏQKÿӃn cҩu trúc tӃ EjRÿӕi vӟLÿӝc lӵc cӫa A baumannii
là sӵ hiӋn diӋn cӫa Capsule bao quanh bӅ mһt vi khuҭQ&iFÿѫQYӏ glucose lһSÿLlһp lҥLÿyQJJyLFKһt chӁ cӫa Capsule tҥo ra mӝt rào cҧn chӕng lҥLFiFÿLӅu kiӋn bҩt lӧi cӫDP{LWUѭӡng, cӫa hӋ thӕng miӉn dӏch và mӝt sӕ chҩt kháng khuҭn [24], [25]
Enzym
3KRVSKROLSDVHÿѭӧc biӃWÿӃn là các yӃu tӕ ÿӝc lӵc bә sung cӫa A baumannii,
ÿk\OjQKӳng enzym thӫy phân quan trӑng và có hoҥt tính phân giҧi mӥ chӕng lҥi các
phospholipid cӫa màng tӃ EjR QJѭӡi Trong khi enzym phospholipase D giúp A
baumannii tӗn tҥi trong huyӃWWKDQKQJѭӡi, thì mӝt enzym khác là phospholipase C
lҥLJk\ÿӝc cho tӃ bào biӇu mô [26]
GҫQÿk\HQ]\P&SD$Pӝt protease giӕQJDGDPDO\VLQÿһc hiӋu vӟi glycan, ÿѭӧF[iFÿӏnh là mӝt yӃu tӕ ÿӝc lӵc có tác dөng ӭc chӃ ÿ{QJPiXWK{QJTXDYLӋc bҩt hoҥt yӃu tӕ ;,,'Rÿy&SaA làm giҧm sӵ hình thành huyӃt khӕi trong các vӏ trí nӝi
mҥFKWK~Fÿҭy khҧ QăQJSKә biӃn cӫa A baumannii [27]
S̫n xṷt màng sinh h͕c
Trong sӕ tҩt cҧ các yӃu tӕ quyӃWÿӏQKÿӝc lӵc, sӵ hình thành màng sinh hӑFÿm
trӣ thành mӝWÿһFÿLӇm sinh bӋnh chính cӫa A baumannii, làm cho sinh vұt này có
khҧ QăQJNKiQJÿDWKXӕc Màng sinh hӑc giúp vi sinh vұt có khҧ QăQJFKӕng lҥi các
Trang 19WiFQKkQErQQJRjLQKѭ FKҩt khӱ khuҭn, thanh thҧi hӋ thӕng miӉn dӏch và kháng sinh
[28], màng sinh hӑFFzQOjPWUXQJJLDQFKRFiFWѭѫQJWiFJLӳa mҫm bӋnh và vұt chӫ Màng sinh hӑc cӫa A baumannii FzQÿѭӧFÿһFWUѭQJEӣi sҧn xuҩt các protein liên kӃW %DS$E WѭѫQJWӵ QKѭSURWHLQ%DSFӫa Staphylococcus aureus, và có khҧ QăQJ
tұp hӧSÿӇ xây dӵng ma trұn màng sinh hӑc nhҵPÿiSӭng vӟLFiFÿLӅu kiӋn môi WUѭӡQJFăQJWKҷng [29]
Mһc dù hҫu hӃt các chӫng A baumannii ÿѭӧc giҧi trình tӵ ÿӅu mang gen Bap,
QKѭQJQKLӅu chӫQJGѭӡQJQKѭÿmOjPELӃQÿәi trình tӵ Bap Tuy nhiên, các protein
giӕQJ%DSQKѭ%/3%/3FyWKӇ ÿѭӧc mã hóa bӣi mӝt sӕ chӫng A baumannii, và giúp hình thành màng sinh hӑFQKѭ%DS$E[30] Mӝt yӃu tӕ ÿiQJFK~êNKiFJL~SA
baumannii tҥo ra màng sinh hӑc là sҧn xuҩt exopolysaccharide
poly-ȕ-1,6-N-DFHW\OJOXFRVDPLQH 31$* ÿӇ duy trì tính toàn vҽn cӫa màng sinh hӑc A baumannii
Gѭӟi giӟi hҥn chҩWGLQKGѭӥQJYjP{LWUѭӡQJFăQJWKҷng [31]
1.1.3 &˯FK͇ kháng kháng sinh
A baumannii ÿѭӧFÿһFWUѭQJEӣi tính kháng nӝi tҥi vӟi nhiӅu nhóm kháng
sinh (glycopeptides, macrolides, lincosamides, streptogramins) [32], A baumannii
có thӇ phát triӇQÿӇ kháng lҥi tҩt cҧ các nhóm kháng vi khuҭQÿѭӧc sӱ dөng trong ÿLӅu trӏ4XiWUuQKQj\FyOLrQTXDQÿӃQFiFWKD\ÿәi vӅ di truyӅn, dүQÿӃn biӃQÿәi màng tӃ bào, biӇu hiӋn quá mӭc cӫDFѫFKӃ Efflux pump, biӇu hiӋn quá mӭc cӫDFѫ
chӃ kháng nӝi tҥLWKD\ÿәi các vӏ WUtÿtFKFӫa tác nhân kháng khuҭn A baumannii
WăQJFѭӡng áp lӵc chӑn lӑc bӣLP{LWUѭӡng nhiӉm khuҭn trong bӋnh viӋQÿLӅu này có thӇ WăQJWtQKNKiQJWK{QJTXDQKӳQJWKD\ÿәLÿӝt biӃQFNJQJQKѭFKX\Ӈn gen ngang vӟi các thành viên khác trong loài
Trang 20Hình 1.3: Minh h͕DF˯FK͇ kháng kháng sinh cͯa A baumannii: AME: Aminoglycoside
modifying enzymes; AmpC: Ambler class C cephalosporinases; ESBL: Extended VSHFWUXPȕ-la ctamases; MBL: Metallo-ȕ-lactamases; LPS: Lipopolysaccharide; PBP: Penicillin binding protein (ngu͛n Antibiotics 2020, 9, 119)
Aminoglycoside
Aminoglycoside liên kӃt vӟi RNA 16S cӫa tiӇXÿѫQYӏ 30S trong ribosome,
FѫFKӃ ÿӅ kháng vӟi loҥLNKiQJVLQKQj\ÿѭӧc nghiên cӭu nhiӅu nhҩt ӣ các chӫng A
baumannii là sҧn xuҩWFiFHQ]\PÿLӅu chӍnh aminoglycoside Ba nhóm chӭFQăQJ
khác nhau cӫD FiF HQ]\P ÿLӅu chӍQK ÿm ÿѭӧc biӃW ÿӃn: aminoglycoside acetyltransferase [33], aminoglycoside phosphotransferase [34] và aminoglycoside adenililtransferase [35] ViӋc sҧn xuҩt RNA 16S ribosome methyltransIHUDVH ÿһc biӋt là ArmA, loҥL51$ÿҫXWLrQÿѭӧc phát hiӋn trong mӝt chӫng phân lұp lâm sàng,
là mӝWFѫFKӃ ÿӅ kháng vӟi các aminoglycoside mӟi xuҩt hiӋn [36] Các chӫng A
baumannii tҥo ra ArmA có khҧ QăQJ ÿӅ kháng cao vӟi Gentamicin, Amikacin và
Tobramycin [37]
Carbapenem
Carbapenem có phә rӝng nhҩt trong sӕ tҩt cҧ FiFȕ-lactam và chӫ yӃXÿѭӧc sӱ dөQJÿӇ ÿLӅu trӏ các bӋnh nhiӉm khuҭn do vi khuҭn Gram âm gây ra [38] Sӵ biӇu
Trang 21hiӋn quá mӭc cӫa Carbapenem-hydrolyzing oxacillinase lactammase [39] và ArmA RNA 16S methyltransferase ӣ ribosome là mӝt trong
OXA-51-like-ȕ-nhӳQJFѫFKӃ tҥo ra khҧ QăQJNKiQJ&DUEDSHQHPJLӳa các chӫng A baumannii [40]
Tình trҥQJNKiQJ&DUEDSHQHPQJj\FjQJJLDWăQJGRQJX\rQQKkQVҧn xuҩt
ȕ-lactam loҥi D (OXA) cӫa Ambler ӣ A baumannii là mӝt mӕi quan tâm chính [41],
A baumannii kháng Carbapenem bҵng viӋc biӇu hiӋn nhiӉm sҳc thӇ nӝi tҥi OXA-51,
và bӕn nhóm bә sung OXA cӫa carbapenemase bao gӗm 23, 24, 58 và OXA-123 [42]7URQJÿy2;$-23 là nhóm kháng Carbapenem phә biӃn và WKѭӡng gһp trên lâm sàng [43], OXA-24 có hoҥt tính thӫy phân vӯa phҧi chӕng lҥi các Carbapenem [44]
OXA-A baumannii tҥo ra nhóm carbapenemase OXA-ÿѭӧc mã hóa trên nhiӉm
sҳc thӇ theo cách thӭc cѫEҧn, vì vұy bҧn thân nó không phҧi là nguyên nhân gây ra sӵ ÿӅ kháng Tuy nhiên, nӃu sӵ chuyӇn vӏ cӫa ISAba1 hoһc ISAba9 xҧ\UDQJѭӧc dòng gen cӫa nhóm OXA-51, thì sӵ biӇu hiӋn quá mӭc sӁ dүQÿӃn viӋc kháng mҥnh vӟi Carbapenem [45], [46]
CҫQ OѭX ê Uҵng nhóm OXA cӫD FDUEDSHQHPDVH ÿӅ kháng vӟi Oxacillin và &DUEDSHQHPQKѭQJNK{QJNKiQJÿӕi vӟi Cephalosporin Tuy nhiên, trong hҫu hӃt FiFWUѭӡng hӧp phân lұp lâm sàng, sӵ kháng Carbapenem mҳc phҧi là do sӵ hiӋn diӋn
cӫa các gen blaOXA, viӋc kháng vӟi Cephalosporin là do gen blaAmpC gây nên [47]
Các carbapenemase không phҧL2;$FNJQJÿmÿѭӧc báo cáo ӣ A baumannii, mһc dù FK~QJ WKѭӡng gһS KѫQ WURQJ Kӑ Enterobacteriaceae, ÿLӇn hình là các metallo-ȕ-
lactamase lӟp B cӫa Ambler Trong phân nhóm này, các enzym NDM (New Delhi metallo-ȕ-lactamase) bao gӗm: IMP (imipenemases), VIM (Verona imipenemase),
SIM (Seoul imipenemase) là các loҥi metallo-ȕ-lactamase phә biӃn ӣ A baumannii
[48]
Fluoroquinolone
&ѫFKӃ kháng Fluoroquinolone cӫa A baumannii bao gӗm sӵ thay thӃ trong
FiFYQJ[iFÿӏnh khҧ QăQJNKiQJTXLQRORQH 45'5 Fӫa DNA gyrase và DNA
Trang 22topoisomerase IV, nhӳng chҩt này cҧn trӣ sӵ kӃt hӧp cӫa fluoroquinolone vӟi protein mөc tiêu cӫa chúng [40] Sӵ biӇu hiӋn quá mӭc cӫDFѫFKӃ (IIOX[SXPSFNJQJFyWKӇ OjPWăQJVӵ kháng ӣ các chӫng có QRDR [49]
Cephalosporin
NhiӅu chӫng A baumannii ÿѭӧc phân lұp lâm sàng kháng lҥi Cephalosporin
MӝWȕ-lactamase loҥi C mӟi cӫD$PEOHUÿmÿѭӧc tìm thҩy trong mӝt mүu phân lұp
lâm sàng tҥi Hoa KǤHQ]\PQj\FNJQJÿѭӧc biӇu hiӋn trong Escherichia coli DH10B,
cho thҩy khҧ QăQJFKӕng lҥLFHIWD]LGLPHYjFHIRWD[LPHFDRKѫQFHIHSLPH(Q]\P
mӟL ÿѭӧF ÿһt tên là ADC- ȕ-lactamase (ADC: Acinetobacter derived
FHSKDORVSRULQDVH YuViXFHSKDORVSRULQDVHOLrQTXDQÿmÿѭӧc mô tҧ WUѭӟFÿk\[50]
Sulbactam
PBP2 (protein liên kӃt vӟLSHQLFLOLQ