bài tập thực hành nhóm 9

Trang 1 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠOTRƯỜNG ĐẠI HỌC NƠNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINHKHOA KHOA HỌC SINH HỌCBÁO CÁO THỰC HÀNHTIN SINH HỌCTHIẾT KẾ PRIMERCHUN BIỆT CHO Serratia symbioticaNgành học: C

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÁO CÁO THỰC HÀNH TIN SINH HỌC

THIẾT KẾ PRIMER

CHUYÊN BIỆT CHO Serratia symbiotica

Ngành học : CÔNG NGHỆ SINH HỌC

Môn học : TIN SINH HỌC

GVHD : PGS TS NGUYỄN BẢO QUỐC

Mã môn học : 211117

Nhóm học : NHÓM 9 – CA 3 – THỨ 3

Niên khóa : 2020 – 2024

-Tp Thủ Đức,

06/2024-BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÁO CÁO THỰC HÀNH TIN SINH HỌC

Mã môn học : 211117

Nhóm học : NHÓM 9 – CA 3 – THỨ 3

Niên khóa : 2020 – 2024

DANH SÁCH THÀNH VIÊN NHÓM 2:

20126190 Nguyễn Tấn Bảo

20126180 Huỳnh Ngọc Anh

20126295 Trương Đại Lộc

-Tp Thủ Đức,

06/2024-MỤC LỤC

MỤC LỤC -i

PHỤ LỤC HÌNH ẢNH -ii

(I) TỔNG QUAN THIẾT KẾ PRIMER -1

(II) PHƯƠNG PHÁP TIẾN HÀNH -2

(III) KẾT QUẢ -8

(IV) KẾT LUẬN ĐÁNH GIÁ -10

PHỤ LỤC HÌNH ẢNH

Hình 1.1 Giao diện vào NCBI -2

Hình 1.2 Hiệu chỉnh tìm kiếm Serratia symbiotica -2

Hình 1.3 Giao diện kết quả tìm kiếm Serratia symbiotica -3

Hình 1.4 Kết quả BLAST trình tự -3

Hình 1.5 Kiểm tra độ trùng khớp -4

Hình 1.6 Giao diện sau click “Identical Proteins” -4

Hình 1.7 Giao diện Primer3 sau khi thêm trình tự nucleotide -5

Hình 1.8 Các Primers được đề xuất -5

Hình 1.9 Giao diện sau khi mở “in silico PCR amplification” -6

Hình 1.10 Các bước thiết lập hiệu chỉnh primer trên -6

“in silico PCR amplification” Hình 1.11 Kết quả cho thấy không xuất hiện band -7

(I) TỔNG QUANG THIẾT KẾ PRIMER Quy tắc chung để thiết kế các oligonucleotide

Với bốn khả năng (A, C, G, T) để lựa chọn các nucleotide ở mỗi vị trí của trình

tự, để thiết kế một oligonucleotide 18 nucleotide

Mồi PCR có chiều dài: 18 và 24 nt

Nhiệt độ nóng chảy (Tm): khoảng 60 °C (59±2°C) đối với qPCR nhưng có thể thay đổi (55±5 °C) đối với PCR thông thường

Chênh lệch Tm giữa các mồi: ≤ 5°C Để phù hợp với Tm của cả mồi xuôi và mồi ngược, chiều dài của mồi có hàm lượng GC cao cần phải nhỏ hơn so với mồi có ít

GC hơn Hàm lượng GC của cặp mồi: 40-60% GC

Chiều dài sản phẩm: khoảng 200 đến 1500 bp đối với PCR thông thường và <

200 bp đối với qPCR

Bộ điều chỉnh độ sáng tổng thể mạnh nhất sẽ không ổn định (AG 2-6,0 kcal)

(II) PHƯƠNG PHÁP TIẾN HÀNH Bước 1: Ta vào trang NBCI (link: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ )

Hình 1.1 Giao diện vào NCBI Bước 2: Sau đó tìm bảng tham chiếu All Databases và chọn mục Protein Nhập teenvi

khuẩn Serratia symbiotica Bấm SEARCH

Hình 1.2 Hiệu chỉnh tìm kiếm Serratia symbiotica

(A): Chọn cơ sở dữ liệu để tìm kiếm; (B): Nhập dữ liệu cần tìm.

Hình 1.3 Giao diện kết quả tìm kiếm Serratia symbiotica

Bước 3: Vào Sequence length, thiết lập hiển thị các Protein có số lượng acid amin từ

90 – 200 Chon những tên protein có đầu là “ hypothetical…”

Bước 4: Click chọn 1 trình tự “hypothetical protein SYMBAF_17215 (plasmid) [Serratia symbiotica]” → Chọn Run BLAST → BLAST

Hình 1.4 Kết quả BLAST trình tự Bước 5: Kiểm tra độ trùng khớp “Graphic Summary”

Hình 1.5 Kiểm tra độ trùng khớp Bước 6: Click chọn “Accession” có “Alignment Scores” đỏ → “Identical Proteins”

Hình 1.6 Giao diện sau click “Identical Proteins”

Bước 7: Ưu tiên click “CDS Region in Nucleotide” âm (-) Sau đó chọn FASTA.

Copy trình tự nucleotide

Bước 8: Mở Primer3 (https://www.primer3plus.com/) Paste trình tự vừa sao chép vào

Hình 1.7 Giao diện Primer3 sau khi thêm trình tự nucleotide Bước 9: Click chọn “Pick Primers”.

Hình 1.8 Các Primers được đề xuất Bước 10: Mở “in silico PCR amplification”

Hình 1.9 Giao diện sau khi mở “in silico PCR amplification”

Bước 11: Chọn chi Serratia trong danh mục → “Next step”

Bước 12: Chọn 1 cặp Primer đề xuất tại Primer3 Nhập vào khung primer trên “in

silico PCR amplification” Tại “Migroorganism” Chọn “APPLY TO ALL Serratia” bấm “Amplify”

Hình 1.10 Các bước thiết lập hiệu chỉnh primer trên “in silico PCR amplification” Bước 13: Kết quả hiện ra để xét tính chuyên biệt trên loài của cặp primer được chọn.

Hình 1.11 Kết quả cho thấy không xuất hiện band

(chứng tỏ Primer không chuyên biệt cho loài.)

Bước 14: Lập lại các bước như trên để tìm primer ưng ý nhất.

(III) KẾT QUẢ

2 cặp primer được xác định bao gồm:

Từ protein: WP_040264641.1 → , sau đó click vào Identical Proteins chọn

NZ_JAIFZP010000001.1 3289651-3293679(+) và sau đó chọn FASTA → Primer3

F: 5’-TGGTAAGCGTCCACAAGTTC-3’

R: 5’-ACGGATCTGGCACTCTTTGA-3’

Kết quả BLAST:

Từ Protein WP_182823907.1 → sau đó click vào Identical Proteins chọn

JACJFQ010000018.1 53042-54427 (+) và sau đó chọn FASTA → Primer3

F-Primer: 5’ GTTATGCGGCAAGAACAGCT 3’

R-Primer: 5’ TCGGTAGAGGGAGGGGTTAA 3’

Kết quả BLAST:

(IV) KẾT LUẬN ĐÁNH GIÁ

Hai cặp Primer tìm được mang tính tương đối đặc hiệu cho loài Serratia

symbiotica Đối với loài vi khuẩn Serratia symbiotica , việc tìm kiếm các thông tin liên

quan đến loài này còn nhiều hạn chế, gặp khó khăn trong nghiên cứu ngắn hạn

Vì vậy, để có thể hoàn thiện cũng như tìm được đa dạng các cặp primer loài

Serratia symbiotica cần thiết phải thêm thời gian nghiên cứu kỹ lưỡng các thông tin

liên quan