Trang 1 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠOTRƯỜNG ĐẠI HỌC NƠNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINHKHOA KHOA HỌC SINH HỌCBÁO CÁO THỰC HÀNHTIN SINH HỌCTHIẾT KẾ PRIMERCHUN BIỆT CHO Serratia symbioticaNgành học: C
Trang 1BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO
TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINHKHOA KHOA HỌC SINH HỌC
BÁO CÁO THỰC HÀNHTIN SINH HỌC
THIẾT KẾ PRIMER
CHUYÊN BIỆT CHO Serratia symbiotica
Ngành học: CÔNG NGHỆ SINH HỌCMôn học: TIN SINH HỌC
GVHD: PGS TS NGUYỄN BẢO QUỐCMã môn học: 211117
Nhóm học: NHÓM 9 – CA 3 – THỨ 3Niên khóa: 2020 – 2024
-Tp Thủ Đức,
Trang 206/2024-BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO
TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINHKHOA KHOA HỌC SINH HỌC
BÁO CÁO THỰC HÀNHTIN SINH HỌC
Mã môn học: 211117
Nhóm học: NHÓM 9 – CA 3 – THỨ 3Niên khóa: 2020 – 2024
DANH SÁCH THÀNH VIÊN NHÓM 2:
20126190 Nguyễn Tấn Bảo20126180 Huỳnh Ngọc Anh20126295 Trương Đại Lộc
-Tp Thủ Đức,
Trang 306/2024-MỤC LỤC
MỤC LỤC -i
PHỤ LỤC HÌNH ẢNH -ii
(I) TỔNG QUAN THIẾT KẾ PRIMER -1
(II) PHƯƠNG PHÁP TIẾN HÀNH -2
(III) KẾT QUẢ -8
(IV) KẾT LUẬN ĐÁNH GIÁ -10
Trang 4PHỤ LỤC HÌNH ẢNH
Hình 1.1 Giao diện vào NCBI -2
Hình 1.2 Hiệu chỉnh tìm kiếm Serratia symbiotica -2
Hình 1.3 Giao diện kết quả tìm kiếm Serratia symbiotica -3
Hình 1.4 Kết quả BLAST trình tự -3
Hình 1.5 Kiểm tra độ trùng khớp -4
Hình 1.6 Giao diện sau click “Identical Proteins” -4
Hình 1.7 Giao diện Primer3 sau khi thêm trình tự nucleotide -5
Hình 1.8 Các Primers được đề xuất -5
Hình 1.9 Giao diện sau khi mở “in silico PCR amplification” -6
Hình 1.10 Các bước thiết lập hiệu chỉnh primer trên -6
“in silico PCR amplification”Hình 1.11 Kết quả cho thấy không xuất hiện band -7
Trang 5(I) TỔNG QUANG THIẾT KẾ PRIMERQuy tắc chung để thiết kế các oligonucleotide
Với bốn khả năng (A, C, G, T) để lựa chọn các nucleotide ở mỗi vị trí của trìnhtự, để thiết kế một oligonucleotide 18 nucleotide.
Mồi PCR có chiều dài: 18 và 24 nt
Nhiệt độ nóng chảy (Tm): khoảng 60 °C (59±2°C) đối với qPCR nhưng có thểthay đổi (55±5 °C) đối với PCR thông thường
Chênh lệch Tm giữa các mồi: ≤ 5°C Để phù hợp với Tm của cả mồi xuôi vàmồi ngược, chiều dài của mồi có hàm lượng GC cao cần phải nhỏ hơn so với mồi có ítGC hơn Hàm lượng GC của cặp mồi: 40-60% GC
Chiều dài sản phẩm: khoảng 200 đến 1500 bp đối với PCR thông thường và <200 bp đối với qPCR
Bộ điều chỉnh độ sáng tổng thể mạnh nhất sẽ không ổn định (AG 2-6,0 kcal)
Trang 6(II) PHƯƠNG PHÁP TIẾN HÀNHBước 1: Ta vào trang NBCI (link: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ).
Hình 1.1 Giao diện vào NCBI
Bước 2: Sau đó tìm bảng tham chiếu All Databases và chọn mục Protein Nhập teenvi
khuẩn Serratia symbiotica Bấm SEARCH
Hình 1.2 Hiệu chỉnh tìm kiếm Serratia symbiotica
(A): Chọn cơ sở dữ liệu để tìm kiếm; (B): Nhập dữ liệu cần tìm.
Trang 7Hình 1.3 Giao diện kết quả tìm kiếm Serratia symbiotica
Bước 3: Vào Sequence length, thiết lập hiển thị các Protein có số lượng acid amin từ
90 – 200 Chon những tên protein có đầu là “ hypothetical…”
Bước 4: Click chọn 1 trình tự “hypothetical protein SYMBAF_17215 (plasmid)[Serratia symbiotica]” → Chọn Run BLAST → BLAST
Hình 1.4 Kết quả BLAST trình tựBước 5: Kiểm tra độ trùng khớp “Graphic Summary”
Trang 8Hình 1.5 Kiểm tra độ trùng khớp
Bước 6: Click chọn “Accession” có “Alignment Scores” đỏ → “Identical Proteins”
Hình 1.6 Giao diện sau click “Identical Proteins”
Bước 7: Ưu tiên click “CDS Region in Nucleotide” âm (-) Sau đó chọn FASTA.
Copy trình tự nucleotide.
Bước 8: Mở Primer3 (https://www.primer3plus.com/) Paste trình tự vừa sao chépvào.
Trang 9Hình 1.7 Giao diện Primer3 sau khi thêm trình tự nucleotideBước 9: Click chọn “Pick Primers”.
Hình 1.8 Các Primers được đề xuấtBước 10: Mở “in silico PCR amplification”
Trang 10Hình 1.9 Giao diện sau khi mở “in silico PCR amplification”
Bước 11: Chọn chi Serratia trong danh mục → “Next step”
Bước 12: Chọn 1 cặp Primer đề xuất tại Primer3 Nhập vào khung primer trên “in
silico PCR amplification” Tại “Migroorganism” Chọn “APPLY TO ALL Serratia”bấm “Amplify”
Hình 1.10 Các bước thiết lập hiệu chỉnh primer trên “in silico PCR amplification”Bước 13: Kết quả hiện ra để xét tính chuyên biệt trên loài của cặp primer được chọn.
Trang 11Hình 1.11 Kết quả cho thấy không xuất hiện band
(chứng tỏ Primer không chuyên biệt cho loài.)
Bước 14: Lập lại các bước như trên để tìm primer ưng ý nhất.
Trang 12(III) KẾT QUẢ
2 cặp primer được xác định bao gồm:
Từ protein: WP_040264641.1 → , sau đó click vào Identical Proteins chọn
NZ_JAIFZP010000001.1 3289651-3293679(+) và sau đó chọn FASTA → Primer3F: 5’-TGGTAAGCGTCCACAAGTTC-3’
Kết quả BLAST:
Trang 14(IV) KẾT LUẬN ĐÁNH GIÁ
Hai cặp Primer tìm được mang tính tương đối đặc hiệu cho loài Serratia
symbiotica Đối với loài vi khuẩn Serratia symbiotica , việc tìm kiếm các thông tin liên
quan đến loài này còn nhiều hạn chế, gặp khó khăn trong nghiên cứu ngắn hạn.
Vì vậy, để có thể hoàn thiện cũng như tìm được đa dạng các cặp primer loài
Serratia symbiotica cần thiết phải thêm thời gian nghiên cứu kỹ lưỡng các thông tin
liên quan.