bài tập thực hành sinh tin học

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH KHOA KHOA HỌC SINH HỌC BÀI TẬP THỰC HÀNH SINH TIN HỌC Ngành học : CÔNG NGHỆ SINH HỌC Nhóm thực hiện : NHÓM 6_THỨ 4 CA

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÀI TẬP THỰC HÀNH

SINH TIN HỌC

Ngành học : CÔNG NGHỆ SINH HỌC Nhóm thực hiện : NHÓM 6_THỨ 4 CA 3

1 Trần Ngọc Bảo Châu – 21126288 – DH21SHD

2 Trần Thị Thu Hà – 21126321 – DH21SHD

3 Võ Văn Thông – 21126516 – DH21SHD

Niên khóa : 2021 – 2025

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÀI TẬP THỰC HÀNH

SINH TIN HỌC

Hướng dẫn khoa học Sinh viên thực hiện

PGS.TS NGUYỄN BẢO QUỐC TRẦN NGỌC BẢO CHÂU – 21126288

TRẦN THỊ THU HÀ – 21126321

VÕ VĂN THÔNG – 21126516

TP Thủ Đức, 05/2024

MỤC LỤC

Trang

MỤC LỤC i

DANH SÁCH CÁC HÌNH ii

CHƯƠNG 1 GIỚI THIỆU CHUNG VỀ SERRATIA PROTEAMACULANS 1

CHƯƠNG 2 THIẾT KẾ CẶP PRIMER ĐẶC HIỆU CHO LOÀI 2

2.1 Quy trình thực hiện 2

2.2 Kết quả 4

2.2.1 Cặp primer 1 4

2.2.2 Cặp primer 2 5

2.2.3 Cặp primer 3 7

DANH SÁCH CÁC HÌNH

Trang

CHƯƠNG 1 GIỚI THIỆU CHUNG VỀ

SERRATIA PROTEAMACULANS

Serratia proteamaculans là một loài vi khuẩn Gram âm thuộc họ

Enterobacteriaceae, hình que, thường được tìm thấy phổ biến trong môi trường tự nhiên, chẳng hạn như đất, nước, thực phẩm và thậm chí cả đường tiêu hóa của con người và động vật Đây là loài có khả năng gây bệnh ở người và động vật khi có hệ miễn dịch suy yếu hoặc ở những điều kiện môi trường phù hợp cho sự phát triển của vi khuẩn, chẳng hạn như nhiễm trùng da, đường hô hấp, tiểu đường, máu và tiêu hóa và

có khả năng kháng kháng sinh làm cho việc điều trị nhiễm trùng trở nên khóa khăn Đối với thực vật, trong điều kiện môi trường ẩm ướt và khi có sự tổn thương trên cây thì vi khuẩn có thể xâm nhập vào hệ thống và gây ra sự phân hủy các mô dẫn đến suy yếu hoặc chết cây

Hình 1.1 Serratia proteamaculans.

CHƯƠNG 2 THIẾT KẾ CẶP PRIMER ĐẶC HIỆU

CHO LOÀI SERRATIA PROTEAMACULANS

2.1 Quy trình thực hiện

Bước 1: Truy cập NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) → Vào thanh tìm kiếm gõ

“Hypothetical protein Serratia proteamaculans” → Bấm Search.

Bước 2: Khi cửa sổ mới hiện lên, ở bảng Proteins chọn Protein

Bước 4: Tại tùy chọn Sequence length → Chọn Custom range → Gõ chọn độ dài amino acid từ 90 đến 200 → Bấm Search

Bước 5: Chọn 1 đoạn protein trong khoảng cho phép, BLAST để xác định xem có trình tự thuộc loài cần tìm hay không, copy trình tự FASTA từ các protein tương đồng

có trình tự nucleotide Tìm cặp primer đặc hiệu bằng phần mềm Primer3plus hoặc Primer3

Bước 6: Kiểm tra cặp primer bằng in silico PCR amplification.

Bước 7: Nếu xuất hiện band trên 200 bp, truy cập Primer BLAST

(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/) → Copy 2 primer để kiểm tra độ đặc hiệu

2.2 Kết quả

2.2.1 Cặp primer 1 (Thu được từ trình tự tham chiếu NCBI: RYM64624.1)

L – ATTGCTGTGACAACCGGGAT

R – TTGGGTTTCTCATTGCGTGC

FASTA:

>MQMU01000004.1:133383-133877 Serratia proteamaculans strain B-59510

NRRL_B59510_CGGCATTA_contig_4, whole genome shotgun sequence

ATGAACGTTATTTTTGCCATTGCTGTGACAACCGGGATCCTCTCCGGCGTTT GGGGCTGGGTGGCCGTCAGCCTGGGGTTGATTAGCTGGGCCGGTTTCCTCG GCTGCACGGCCTACTTTGCTTGCCCGCAGGGTGGGCTGAAAGGCTTGTTGA TAAGCTTGCTAACCTGTGGCAGCGGGGTATTTTGGGCAATGGTGATTATTC ACGGCAGCGAATTGGCCCCAGGCTTGAGCATCATCGGCTACCTGCTGACC GGCGCCGTGGCTTTCCTGATGTGTATCCAGGCAAAACAGCAGTGGTTGGG GTTTGTGCCCGGCACCTTTATTGGCGCCTGTGCCACCTTCGCCGGTGGCGG

CGACTGGCCGCTGGTGACCCTCTCCCTACTGGTGGGATTGGTGTTCGGCTA CGCGATGAAAAACAGCGGTCTTTGGCTGGCGGCACGCAATGAGAAACCCA AACAAGCTGGCGCTGTTACCGAGCATGTTAACCGCTGA

Kết luận: Kết quả kiểm tra độ đặc hiệu bằng Primer-Blast cho biết cặp primer có nhiệt

độ nóng chảy lần lượt là là 60 – 60°C, tỷ lệ GC lần lượt là 50 – 50 %vừa đủ để phản

ứng PCR và đặc trưng cho 3 loài thuộc chi Serratia, trong đó có loài Serratia

proteamaculans.

2.2.2 Cặp primer 2 (Thu được từ trình tự tham chiếu NCBI: RYM64577.1)

L – AAGTTATTCGGTGGCAGGGA

R – GACCGAGCGATTATTGGCAG

FASTA:

>MQMU01000004.1:78581-78901 Serratia proteamaculans strain B-59510

NRRL_B59510_CGGCATTA_contig_4, whole genome shotgun sequence

ATGTTTTCATTAGGGAAGTTATTCGGTGGCAGGGACAGCAATAAAGTTAA ATCTATCAAGATGTTGCCGTCGGCGTACGCCGACATTTATGGCGATGAAGG TGAGTGCCGGCTGAAACGTCTGCGCCCGGAGCTCGGCGTTTTTGAGCTGCA TTTCGCCGATCCCAAAGGCGATAAATACGTTTGCCATATGACTGCCTGTAT TACCGGCATTGATATTGTTTTTGCTGCCAATAATCGCTCGGTCTTGGTTTCC CCTCCGTTCACGCCAGCCAAATTGCAGCCGGTGTTGGATATCGCCCTGGCC GATAGAAAAAAATAA

FASTA:

>NZ_CAMIRZ010000001.1:c435853-435314 Serratia quinivorans isolate 691db642-a76c-11e8-a962-3c4a9275d6c8 ERS2676991SCcontig000001, whole genome shotgun sequence

ATGACAAAACTAACATTACAAGAGCAGATGCTTAAAGCCGGATTGGTCAA CAGTAAGAAACTGGCGAAAGTGCAAAAAACCGCTAAAAAATCACGCGTTC AGGCTCGTGAGGCCAGAGAGGCGGTGGAAGTCAATAAAAAGGCACAAAT CGAACGTGATAAACAGCTGAGTGAGCAACAAAAGCAAGCTGCCCTGTCTA AAGAGTATAAGGCTCAGGTAAAACAGTTAATTGAAATGAACAGGATCGTT ATTTCAAAGGGAAATATCAGCTATAACTTCACAGACAATAATTTAATTAAA AATATCAATGTGGATAAAACGACTCAAACTCAGCTAATTAATGGCCGTCTC GCCATTGCGCGTCTGCTTGCGGAGAATGGCGTTGATAGCGAATACGCAATT ATACCCGCGATCGTGGCCGATAAAATTGCGCAACGTGATGCGAGCAGTAT TGTGTTAAATGCAGCGCTTAGCCAGGAAGCACAGGACGAAGAAGATCCTT ATGCCGACTTTGTTGTTCCTGATGATTTGATGTGGTAG

Kết luận: Kết quả kiểm tra độ đặc hiệu bằng Primer-Blast cho biết cặp primer có nhiệt