bài tập thực hành sinh tin học

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINHKHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÀI TẬP THỰC HÀNH

SINH TIN HỌC

Ngành học: CÔNG NGHỆ SINH HỌCNhóm thực hiện: NHÓM 6_THỨ 4 CA 3

1 Trần Ngọc Bảo Châu – 21126288 – DH21SHD2 Trần Thị Thu Hà – 21126321 – DH21SHD 3 Võ Văn Thông – 21126516 – DH21SHD

Niên khóa: 2021 – 2025

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINHKHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÀI TẬP THỰC HÀNH

SINH TIN HỌC

Hướng dẫn khoa họcSinh viên thực hiện

PGS.TS NGUYỄN BẢO QUỐC TRẦN NGỌC BẢO CHÂU – 21126288TRẦN THỊ THU HÀ – 21126321

VÕ VĂN THÔNG – 21126516

TP Thủ Đức, 05/2024

MỤC LỤC

MỤC LỤC i

DANH SÁCH CÁC HÌNH ii

CHƯƠNG 1 GIỚI THIỆU CHUNG VỀ SERRATIA PROTEAMACULANS 1

CHƯƠNG 2 THIẾT KẾ CẶP PRIMER ĐẶC HIỆU CHO LOÀI 2

DANH SÁCH CÁC HÌNH

Trang

CHƯƠNG 1 GIỚI THIỆU CHUNG VỀ

SERRATIA PROTEAMACULANS

Serratia proteamaculans là một loài vi khuẩn Gram âm thuộc họ

Enterobacteriaceae, hình que, thường được tìm thấy phổ biến trong môi trường tựnhiên, chẳng hạn như đất, nước, thực phẩm và thậm chí cả đường tiêu hóa của conngười và động vật Đây là loài có khả năng gây bệnh ở người và động vật khi có hệmiễn dịch suy yếu hoặc ở những điều kiện môi trường phù hợp cho sự phát triển của vikhuẩn, chẳng hạn như nhiễm trùng da, đường hô hấp, tiểu đường, máu và tiêu hóa vàcó khả năng kháng kháng sinh làm cho việc điều trị nhiễm trùng trở nên khóa khăn.Đối với thực vật, trong điều kiện môi trường ẩm ướt và khi có sự tổn thương trên câythì vi khuẩn có thể xâm nhập vào hệ thống và gây ra sự phân hủy các mô dẫn đến suyyếu hoặc chết cây.

Hình 1.1 Serratia proteamaculans.

CHƯƠNG 2 THIẾT KẾ CẶP PRIMER ĐẶC HIỆU

CHO LOÀI SERRATIA PROTEAMACULANS

2.1 Quy trình thực hiện

Bước 1: Truy cập NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) → Vào thanh tìm kiếm gõ

“Hypothetical protein Serratia proteamaculans” → Bấm Search.

Bước 2: Khi cửa sổ mới hiện lên, ở bảng Proteins chọn Protein.

Bước 4: Tại tùy chọn Sequence length → Chọn Custom range → Gõ chọn độ dài amino acid từ 90 đến 200 → Bấm Search.

Bước 5: Chọn 1 đoạn protein trong khoảng cho phép, BLAST để xác định xem cótrình tự thuộc loài cần tìm hay không, copy trình tự FASTA từ các protein tương đồngcó trình tự nucleotide Tìm cặp primer đặc hiệu bằng phần mềm Primer3plus hoặcPrimer3.

Bước 6: Kiểm tra cặp primer bằng in silico PCR amplification.

Bước 7: Nếu xuất hiện band trên 200 bp, truy cập Primer BLAST

(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/) → Copy 2 primer để kiểm tra độ đặc hiệu.

2.2 Kết quả

2.2.1 Cặp primer 1 (Thu được từ trình tự tham chiếu NCBI: RYM64624.1)

L – ATTGCTGTGACAACCGGGATR – TTGGGTTTCTCATTGCGTGC

>MQMU01000004.1:133383-133877 Serratia proteamaculans strain B-59510 NRRL_B59510_CGGCATTA_contig_4, whole genome shotgun sequence

ATGAACGTTATTTTTGCCATTGCTGTGACAACCGGGATCCTCTCCGGCGTTTGGGGCTGGGTGGCCGTCAGCCTGGGGTTGATTAGCTGGGCCGGTTTCCTCGGCTGCACGGCCTACTTTGCTTGCCCGCAGGGTGGGCTGAAAGGCTTGTTGATAAGCTTGCTAACCTGTGGCAGCGGGGTATTTTGGGCAATGGTGATTATTCACGGCAGCGAATTGGCCCCAGGCTTGAGCATCATCGGCTACCTGCTGACCGGCGCCGTGGCTTTCCTGATGTGTATCCAGGCAAAACAGCAGTGGTTGGGGTTTGTGCCCGGCACCTTTATTGGCGCCTGTGCCACCTTCGCCGGTGGCGG

CGACTGGCCGCTGGTGACCCTCTCCCTACTGGTGGGATTGGTGTTCGGCTACGCGATGAAAAACAGCGGTCTTTGGCTGGCGGCACGCAATGAGAAACCCAAACAAGCTGGCGCTGTTACCGAGCATGTTAACCGCTGA

Kết luận: Kết quả kiểm tra độ đặc hiệu bằng Primer-Blast cho biết cặp primer có nhiệtđộ nóng chảy lần lượt là là 60 – 60°C, tỷ lệ GC lần lượt là 50 – 50 %vừa đủ để phản

ứng PCR và đặc trưng cho 3 loài thuộc chi Serratia, trong đó có loài Serratia

2.2.2 Cặp primer 2 (Thu được từ trình tự tham chiếu NCBI: RYM64577.1)

L – AAGTTATTCGGTGGCAGGGAR – GACCGAGCGATTATTGGCAG

FASTA:

>MQMU01000004.1:78581-78901 Serratia proteamaculans strain B-59510 NRRL_B59510_CGGCATTA_contig_4, whole genome shotgun sequence

ATGTTTTCATTAGGGAAGTTATTCGGTGGCAGGGACAGCAATAAAGTTAAATCTATCAAGATGTTGCCGTCGGCGTACGCCGACATTTATGGCGATGAAGGTGAGTGCCGGCTGAAACGTCTGCGCCCGGAGCTCGGCGTTTTTGAGCTGCATTTCGCCGATCCCAAAGGCGATAAATACGTTTGCCATATGACTGCCTGTATTACCGGCATTGATATTGTTTTTGCTGCCAATAATCGCTCGGTCTTGGTTTCCCCTCCGTTCACGCCAGCCAAATTGCAGCCGGTGTTGGATATCGCCCTGGCCGATAGAAAAAAATAA

FASTA:

>NZ_CAMIRZ010000001.1:c435853-435314 Serratia quinivorans isolate a76c-11e8-a962-3c4a9275d6c8 ERS2676991SCcontig000001, whole genome shotgunsequence

691db642-ATGACAAAACTAACATTACAAGAGCAGATGCTTAAAGCCGGATTGGTCAACAGTAAGAAACTGGCGAAAGTGCAAAAAACCGCTAAAAAATCACGCGTTCAGGCTCGTGAGGCCAGAGAGGCGGTGGAAGTCAATAAAAAGGCACAAATCGAACGTGATAAACAGCTGAGTGAGCAACAAAAGCAAGCTGCCCTGTCTAAAGAGTATAAGGCTCAGGTAAAACAGTTAATTGAAATGAACAGGATCGTTATTTCAAAGGGAAATATCAGCTATAACTTCACAGACAATAATTTAATTAAAAATATCAATGTGGATAAAACGACTCAAACTCAGCTAATTAATGGCCGTCTCGCCATTGCGCGTCTGCTTGCGGAGAATGGCGTTGATAGCGAATACGCAATTATACCCGCGATCGTGGCCGATAAAATTGCGCAACGTGATGCGAGCAGTATTGTGTTAAATGCAGCGCTTAGCCAGGAAGCACAGGACGAAGAAGATCCTTATGCCGACTTTGTTGTTCCTGATGATTTGATGTGGTAG

Kết luận: Kết quả kiểm tra độ đặc hiệu bằng Primer-Blast cho biết cặp primer có nhiệt