KP699121.1 thuộc loài Bacillus subtilis dựa trên phân tích trình tự 16S rRNA.>KP699121.1 Bacillus subtilis strain GnzIII 16S ribosomal RNA gene, partial sequenceCTATACATGCAGTCGAGCGGACAGA
XÁC ĐỊNH TRÌNH TỰ VÀ LOÀI
Các bước thực hiện
Bước 1: Nhập từ khoá tìm kiếm ncib trên google hoặc dán link web: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Bước 2: Chọn Nuleotide trên thanh công cụ tìm kiếm trong trang NCBI Nhập accession numbers, chọn tìm kiếm.
Bước 3: Trình tự của accession numbers hiện lên Nhấp vào FASTA sẽ hiện trình tự loài cần tìm.
Hình 1.2 Cài đặt tìm kiếm Nucleotide.
Bước 4: Trình tự hiện lên ta có thể kết luận accession numbers thuộc loài nào Copy trình tự paste vào file text để lưu trình tự nếu có vẽ cây di truyền.
Hình 1.4 Nhấp vào FASTA hiển thị trình tự loài.
Xác định loài của các accession numbers
Trình tự của các accession numbers được xác định như trên, kết quả hiển thị cùng lúc với loài của các accession numbers.
Kết quả
Thực hiện lặp lại của 18 accession numbers ta thu được trình tự và loài như sau:
1 KP699121.1 thuộc loài Bacillus subtilis dựa trên phân tích trình tự 16S rRNA.
>KP699121.1 Bacillus subtilis strain GnzIII 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
CTATACATGCAGTCGAGCGGACAGATGGGAGCTTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACG GGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGG CTAATACCGGATGGTTGTTTGAACCGCATGGTTCAAACATAAAAGGTGGCTTTGGCTA CCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAG GCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGC CCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACG GAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAA GAACAAGTACCGTTCGAATAGGGCGGTACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGG CTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTAT TGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAA CCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCC ACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCT CTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACC CTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTA GTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAAC TCAAGGAA
2 HF562894.1 thuộc loài Bacillus tequilensis dựa trên phân tích trình tự 16S rRNA.
>HF562894.1 Bacillus tequilensis partial 16S rRNA gene, isolate S42
TGCAAGTCGAGCGGACAGATGGGAGCTTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTTTGAACCGCATGGTTCAAACATAAAAGGTGGCTTTGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACCGTTCGAATAGGGCGGTACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTC
TGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTA GTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGC AGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGG AATTGACGGGGCCCGCACAGCGTGGAGCATGTGTTTATTCGAGCACGCGAGACTTACA GGTCT
3 KT273321.1 thuộc loài Bacillus pumilus dựa trên phân tích trình tự 16S rRNA.
>KT273321.1 Bacillus pumilus strain AZ-1 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
GGGAGCTTGCTCCCGGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCC TGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAGTTCCTTGAACCG CATGGTTCAAGGATGAAAGACGGTTTCGGCTGTCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCA TTAGCTAGTTGGTGGGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAG GGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTA GGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGG TTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCGAGAGTAACTGCTCGC ACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAA TACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTT CTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAA ACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGAT GTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCG AAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAG TGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCC GCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAA GCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACA TCCTCTGACAACCCTAGAAATAGGGCTTTCCCTTCGGGGACAGAGTGACAGGTGGTGC ATGGTTGTCCTCAGCTCGGGCCGGGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAACGCAAC CTTTGATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAA CCCGGAGGAAGGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACA CACGTGCTACAATGGACAGAACAAAGGGCTGCAAGACCGCAAGGTTTAGCCAATCCCA TAAATCTGTTCTCAGTTCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGCTGGAATCG CTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCG CCCGTCACACCACGAGAGTTGCAACACCCGAAGTCG
4 KT216619.1 thuộc loài Bacillus vallismortis dựa trên phân tích trình tự 16S rRNA.
>KT216619.1 Bacillus vallismortis strain DD007 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
TGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGACAGATGGGAGCTTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTTTGAACCGCATGGTTCAAACATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACCGTTCGAATAGGGCGGTACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGG
CTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGA ATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCG ACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAG ATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCC CTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTG AAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGA AGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAATCCTAGAGATAGGAC GTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGA GATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCAGCATTCAG TTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAA ATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAGAACAAAGGG CAGCGAAACCGCGAGGTTAAGCCAATCCCACAAATCTGTTCTCAGTTCGGATCGCAGT CTGCAACTCGACTGCGTGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGG TGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACAC CCGAAGTCGGTGAGGTAACCTTTTAGGAGCCAGCCGCCGAAGGTGGGACA
5 KR709243.1 thuộc loài Bacillus cereus dựa trên phân tích trình tự 16S rRNA.
>KR709243.1 Bacillus cereus strain UBT4 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
CGGCCAGTAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGACAGAAGGGAGCTTGCTCCCGGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAGTTCCTTGAACCGCATGGTTCAAGGATGAAAGACGGTTTCGGCTGTCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGGGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCGAGAGTAACTGCTCGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAACCCTAGAGATAGGGCTTTCCCTTCGGGGACAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAGAACAAAGGGCTGCAAGACCGCAAGGTTTAGCCAATCCCATAAATCTGTTCTCAGTTCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGCAACACCCGAAGTCGGTGAGGTAACCTTTATGGAGCCAGCCGCCGAAGGTGGGGCAGATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTATCCGGTCATATCTGTTTCCTG
6 KP940383.1 thuộc loài Bacillus safensis dựa trên phân tích trình tự 16S rRNA.
>KP940383.1 Bacillus safensis strain CCH3X 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
CGCGGGCTATACATGCAAGTCGAGCGGACAGAAGGGAGCTTGCTCCCGGATGTTAGCG GCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAA ACCGGAGCTAATACCGGATAGTTCCTTGAACCGCATGGTTCAAGGATGAAAGACGGTT TCGGCTGTCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGGGGTAATGGCT CACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAG ACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAG TCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGT TAGGGAAGAACAAGTGCGAGAGTAACTGCTCGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAG CCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGG AATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCG GCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGG AATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGC GACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTA GATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCC CCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACT GAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCG AAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAACCCTAGAGATAGGG CTTTCCCTTCGGGGACAGAGTGACAGGTGGTGCATGATGTCGTCAGCTCGTGTCGTGA GATGTTGGGTAGTCCCGCACGAGCGCACCTTGATCTAGTGCCAGCATTCAGTGGCACT CTAGTGACTGCATGACAACCGAGAAGGGGGGGAATGAACGTCAATCATC
7 KT719573.1 thuộc loài Bacillus infantis dựa trên phân tích trình tự 16S rRNA.
>KT719573.1 Bacillus infantis strain MER_TA_169 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
GTCGAGCGGACGGATGGGAGCTTGCTCCCTGAAGTCAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGCAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATGCACAGCCTCTCATGAGGCTATGCTGAAAGATGGTTTCGGCTATCACTTACAGATGGGCCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGTCAGGGAAGAACAAGTGCCGGAGTAACTGCCGGCACCTTGACGGTACCTGACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCGGTCTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGCAGCAAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCTCCTGACAACCCTAGAGATAGGGCGTTCCCCTTCGGGGGACAGGATGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCAGCATTAGGTTGGGCACTCTAAGG
TGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTT ATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGATGGTACAAAGGGCTGCAAGACCGCGAG GTTAAGCGAATCCCATAAAACCATTCTCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGC ATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGG GCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGTGGGG TAACCTTTGGAGCCAGCCGC
8 HQ397586.1 thuộc loài Bacillus firmus dựa trên phân tích trình tự 16S rRNA.
>HQ397586.1 Bacillus firmus strain BSCS3 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
ACATGCAGTCGAGCGGACGGATGGGAGCTTGCTCCCTGAAGTCAGCGGCGGACGGGTG AGTAACACGTGGGCAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGGAGCTAA TACCGGATAATGCACAGCCTCTCATGAGGCTATGCTGAAAGATGGTTTCGGCTATCAC TTACAGATGGGCCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAA CGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCA GACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAG CAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGTCAGGGAAGAA CAAGTGCCGGAGTAACTGCCGGCACCTTGACGGTACCTGACCAGAAAGCCACGGCTAA CTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTGTCCGGAATTATTGGGC GTAAAGCGCGCGCAGGCGGTCTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTG GAGGGTCATTGGAAACTGGGGGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCACGTG TAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGT CTGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGT AGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTG CAGCAAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAG GAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGA AGAACCTTACCAGGTCTTGACATCTCCTGACAACCCTAGAGATAGGGCGTTCCCCTTC GGGGGACAGGATGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGG GTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCAC TCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCAT GCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGATGGTACAAAGGGCTGCAAGA CCGCGAGGTTAAGCGAATCCCATAAAACCATTCTCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACT CGCCTGCATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACG TTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTC GGTGGGGTAACCTTTGGAGCC
9 KJ000207.1 thuộc loài Bacillus thuringiensis dựa trên phân tích trình tự 16S rRNA.
>KJ000207.1 Bacillus thuringiensis strain VKK-GA1 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
CGGACGGGTGAGTAACACGTGGGCAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATGCACAGCCTCTCATGAGGCTATGCTGAAAGATGGTTTCGGCTATCACTTACAGATGGGCCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGTCAGGGAAGAACAAGTGCCGGAGTAACTGCCGGCACCTTGACGGTACCTGACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGA
ATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCGGTCTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGG CTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGA ATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCG ACTTTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAG ATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCC TTTAGTGCTGCAGCAAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTG AAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGA AGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCTCCTGACAACCCTAGAGATAGGGC GTTCCCCTTCGGGGGACAGGATGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGT GAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCAGCATTA GGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTC AAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGATGGTACAAAG GGCTGCAAGACCGCGAGGTTAAGCGAATCCCATAAAACCATTCTCAGTTCGGATTGCA GGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGC GGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTA
10 KM041133.1 thuộc loài Bacillus drentensis dựa trên phân tích trình tự 16S rRNA.
>KM041133.1 Bacillus drentensis strain G5C_0m_04 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
TGCAGTCGAGCGGACGGATGGGAGCTTGCTCCCTGAAGTCAGCGGCGGACGGGTGAGT AACACGTGGGCAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGGAGCTAATAC CGGATAATGCATAACCTCTCATGAGGTTATGCTGAAAGATGGTTTCGGCTATCACTTA CAGATGGGCCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGA TGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACT CCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAAC GCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGTCAGGGAAGAACAAG TGCCGGAGTAACTGCCGGCACCTTGACGGTACCTGACCAGAAAGCCACGGCTAACTAC GTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTA AAGCGCGCGCAGGCGGTCTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAG GGTCATTGGAAACTGGGGGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCACGTGTAG CGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTG TAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGT CCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGCAG CAAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAA TTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGA ACCTTACCAGGTCTTGACATCTCCTGACAACCCTAGAGATAGGGCTTTCCCCTTCGGG GGACAGGATGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTT AAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCT AAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCC CCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGATGGTACAAAGGGCTGCAAGACCG CGAGGTTAAGCGAATCCCATAAAACCATTCTCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACTCGC CTGCATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTC CCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGT GGGGTAACCTTTGGAGCCA
11 KT274776.1 thuộc loài Bacillus licheniformis dựa trên phân tích trình tự 16S rRNA.
>KT274776.1 Bacillus licheniformis strain DMB31 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
GGATGCTTGATTGAACCGCATGGTTCAATTATAAAAGGTGGCTTTTAGCTACCACTTA CAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGA TGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACT CCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAAC GCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAG TACCGTTCGAATAGGGCGGTACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTA CGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGT AAAGCGCGCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGA GGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTA GCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCT GTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAG TCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGCA GCAAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGA ATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAG AACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAACCCTAGAGATAGGGCTTCCCCTTCGGG GGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTA AGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTA AGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCC CTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGGCAGAACAAAGGGCAGCGAAGCCGC GAGGCTAAGCCAATCCCACAAATCTGTTCTCAGTTCGGATCGCAGTCTGCAACTCGAC TGCGTGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCC CGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGTG AGGTAACCTTTTGGAGCCAGCCGCCGAAAGGTGGGACAGATGAT
12 KP296232.1 thuộc loài Bacillus sonorensis dựa trên phân tích trình tự 16S rRNA.
>KP296232.1 Bacillus sonorensis strain Na5RB-2 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
ATGGGAGCTTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGCTTGATTGAACCGCATGGTTCAATTATAAAAGGTGGCTTTTAGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACCGTTCGAATAGGGCGGTACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGCAGCAAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTT
GACATCCTCTGACAACCCTAGAGATAGGGCTTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTG GTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCG CAACCCTTGATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGA CAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTA CACACGTGCTACAATGGGCAGAACAAAGGGCAGCGAAGCCGCGAGGCTAAGCCAATCC CACAAATCTGTTCTCAGTTCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGCTGGAAT CGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACAC CGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGTGAGGTAACCTTTG
13 EU833948.1 thuộc loài Pseudomonas putida dựa trên phân tích trình tự 16S rRNA.
>EU833948.1 Pseudomonas putida strain FWC30 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
GAGCTTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTG TAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTTTGAACCGCA TGGTTCAAACATAAAAGGTGGCTTYGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATT AGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGG TGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGG GAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTT TTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACCGTTCGAATAGGGCGGTA CCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAAT ACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTC TTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAA CTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATG TGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGA AAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGT GCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCAT
14 KR010178.1 thuộc loài Bacillus amyloliquefaciens dựa trên phân tích trình tự 16S rRNA.
>KR010178.1 Bacillus amyloliquefaciens strain NSB-1 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
GTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGACAGATGGGAGCTTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTCTGAACCGCATGGTTCAGACATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCCGTTCAAATAGGGCGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCT
AAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCT GGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGG TGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCT CTGACAATCCTAGAGATAGGACGTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGG TTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTT GATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGG AGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTG CTACAATGGACAGAACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTTAAGCCAATCCCACAAATC TGTTCTCAGTTCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGCTGGAATCGCTAGTA ATCGCGGATCACATGCCGGGGGGGAAAAAAACTTTCCCCGGGCCTTTGTACACACCGG CCCGTCACACCACGAAGAGTTTGTAACACCCCGAAGTCCGGTGAGGTAACCTTTTATG GAGCCAGCCGCCCGAAGGTGGGACAGATGATTGGGGTGATAG
15 KT216570.1 thuộc loài Bacillus methylotrophicus dựa trên phân tích trình tự 16S rRNA.
>KT216570.1 Bacillus methylotrophicus strain SHP2-20 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
TCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGACAGATGGGAGC TTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAG ACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTCTGAACCGCATGGT TCAGACATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCT AGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGAT CGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAAT CTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCG GATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCCGTTCAAATAGGGCGGCACCTT GACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGT AGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAA GTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTG AGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGA GGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGC GTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTA AGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTG GGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGT GGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTC TGACAATCCTAGAGATAGGACGTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGT TGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTG ATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGA GGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGC TACAATGGACAGAACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTTAAGCCAATCCCACAAATCT GTTCTCAGTTCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGCTGGAATCGCTAGTAA TCGCGGATCAGCATGCCCGGGGGAATACCGTTCCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGT CACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGTGAGGTAACCTTTTTAGGAGCCAGC CGCCGAAGGTGGGACAGATGATTGGGGTGA
16 LN890068.1 thuộc loài Bacillus pseudomycoides dựa trên phân tích trình tự 16S rRNA.
>LN890068.1 Bacillus pseudomycoides partial 16S rRNA gene, strain L72
TCGAGCGAACCGATTAAGAGCTTGCTCTTATGAAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAAC ACGTGGGTAACCTGCCCATAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGG ATAACATTTTGCACCGCATGGTGCGAAATTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACTTATGG ATGGACCCGCGTCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGC GTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCT ACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCC GCGTGAGTGATGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGC TAGTTGAATAAGCTGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGT GCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAA GCGCGCGCAGGTGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGG TCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCG GTGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTA ACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCC ACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGAAGTT AACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATT GACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAAC CTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAACCCTAGAGATAGGGCTTCCCCTTCGGGGGC AGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGT CCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAAGG TGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTT ATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACGGTACAAAGAGCTGCAAGACCGCGAG GTGGAGCTAATCTCATAAAACCGTTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTAC ATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGG GCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGTGGGG TAACCTTTT
17 KF419123.1 thuộc loài Bacillus megaterium dựa trên phân tích trình tự 16S rRNA.
>KF419123.1 Bacillus megaterium strain QAP17 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
CGTGCGCGCTATAATGCAAGTCGAGCGAACTGATTAGAAGCTTGCTTCTATGACGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGCAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGAAGCTAATACCGGATAGGATCTTCTCCTTCATGGGAGATGATTGAAAGATGGTTTCGGCTATCACTTACAGATGGGCCCGCGGTGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACGAGAGTAACTGCTCGTACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGAAAAGCGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTTTTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAAT
TCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAACTCTAGAGATA GAGCGTTCCCCTTCGGGGGGACAGAGTTGACAGGTGGGTGCATGGGTTGTCGTCAGCT CGTGTCGTGAGATGTTGGGGCTTAAGTTCCGCCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGT TGCCAGCATTTAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTG GGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGG ATGGTACAAAGGGCTGCAAGACCGCGAGGTCAAGCCAATCCCATAAAACCATTCTCAG TTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGAT CAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGA GAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGTGGAGTAACCGTAAGGAGCTAGCCGCCTAAGGTGG GACAGATGATTGGGGGAAGTCGAACAAGTGCG
18 KP706808.1 thuộc loài Bacillus aryabhattai dựa trên phân tích trình tự 16S rRNA.
>KP706808.1 Bacillus aryabhattai strain SO4H51 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
CTTCTATGACGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGCAACCTGCCTGTAAGAC TGGGATAACTTCGGGAAACCGAAGCTAATACCGGATAGGATCTTCTCCTTCATGGGAG ATGATTGAAAGATGGTTTCGGCTATCACTTACAGATGGGCCCGCGGTGCATTAGCTAG TTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCG GCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCT TCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGCTTTCGGG TCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACGAGAGTAACTGCTCGTACCTTGAC GGTACCTTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAG GTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCGGTTTCTTAAGT CTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAG TGCAGAAGAGAAAAGCGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGG AACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTTTTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGT GGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAG TGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGG GAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGG AGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTG ACAACTCTAGAGATAGAGCGTTCCCCTTCGGGGGGACAGAGTGACAGGTGGTGCATGG TTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCCGCAACGAGCGCAACCCT TGATCTTAGTTGCCAGCATTTAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCG GAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGT GCTACAATGGATGGTACAAAGGGCTGCAAGACCGCGAGGTCAAGCCAATCCCATAAAA CCATTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGCTGGAATCGCTAGT AATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGT CACACCACGAGAGTTTGTAAC
Lưu tất cả trình tự vào chung file text để vẽ cây di truyền.
BLAST VÀ XÁC ĐỊNH TÊN LOÀI CỦA MẪU QN4.2
Các bước thực hiện
Bước 1: Tải phần mềm Chromas về máy tính bằng cách tìm kiếm trên google tên phần mên chromas hoặc truy cập vào link: https://technelysium.com.au/wp/chromas/.
Hình 2.1 Nhấp vào trang Chromas.
Bước 2: Sau khi tải phần mềm mở tệp QN4.2 Xác định vùng trình tự bị nhiễu hoặc bị đè để loại bỏ vùng trình tự đó Nguyên nhân bị nhiễu thường xảy ra ở phần đầu của giai đoạn phản ứng do mới đặt sản phẩm vào máy nên máy giải trình tự chưa hoạt động tốt thành phần phản ứng chưa phản ứng sẽ gặp tình trạng này Bị đè do ở cuối giai đoạn phản ứng đã sử dụng hết các thành phần của phản ứng khiến cho máy đọc bị nhầm lẫn.
Hình 2.3 Vùng đầu của trình tự mẫu QN4.2.
Hình 2.4 Vùng cuối của trình tự mẫu QN4.2.
Bước 3: Xuất tệp dưới dạng file text bằng cách chọn File\Export (Ctrl + E)
Hình 2.5 Trình tự mẫu QN4.2 được hiển thị bởi phần mềm Chromas.
Bước 4: Mở file text vừa lưu Loại bỏ vùng trình tự bị lỗi không chọn 30 nucleotide đầu và 30 nucleotide cuối Chọn vùng giữa trình tự
Hình 2.7 Chọn tệp dưới dạng fomatted Text.
Hình 2.8 Chọn vùng trình tự.
Vùng nucleotide được chọn có trình tự như sau:
GCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAA ACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTCTGAACCGCATGGTTCAGACATAAAAGGTGGCT TCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCT CACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAG ACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAG TCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGT TAGGGAAGAACAAGTGCCGTTCAAATAGGGCGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAA GCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCG GAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCC GGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTG GAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGG CGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATT AGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGC CCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGAC TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTC GAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAATCCTAGAGATAGG ACGTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGT GAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCAGCATTC AGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAAGAAAGGTGGGGATGACGT CAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGGAAGAAACAA AGGGCAGCGAAACCCCCGAGGTTAAGCCAATCCCCCAAAATCTGTTTCTCAATTCGGA ATCCGAAGTCGGCAACTCCACTGGCTGGAAACTGGGAATCCCTTGAAAATCCCGGAAT AACCATGGCCCCCGGGAATATCATTTCCCGG
Bước 5: Nhập từ khoá tìm kiếm BLAST NCBI trên google hoặc dán link web: https:// blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi Chọn Nucleotide BLAST
Hình 2.9 Trang chủ BLAST NCBI.
Bước 6: Dán trình tự vào khung tìm kiếm, di chuyển đến cuối trang bấm BLAST Đợi kết quả
Bước 7: Phân tích kết quả.
Hình 2.10 Dán trình tự vào ô FASTA sequence (s).
Kết quả
Kết quả trên cho thấy khi BLAST vùng trình tự mẫu QN4.2 có rất nhiều chủng vi khuẩn Bacillus sp có vùng trình tự tương tự và không xuất hiện loài khác, được biểu hiện ở Gaphic Summary Vì thế vẫn chưa xác định cụ thể mẫu QN4.2 thuộc loài nào
Chỉ có thể biết được mẫu QN4.2 thuộc Bacillus sp.
Hình 2.12 Kết quả sau khi BLAST mẫu.
Hình 2.13 Gaphic Sumary Để có thể kết luận cụ thể, tiếp theo tiến hành xác định trình tự của 1 loài Bacillus trong bảng kết quả trên và xây dựng cây di truyền
Lấy trình tự của 2 loài điển hình là Bacillus amyloliquefaciens Chọn Accession của các loài cần lấy trình tự\FASTA\Copy trình tự
>KX379740.1:54-1356 Bacillus amyloliquefaciens strain SS104 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
CGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGG AAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTTTGAACCGCATGGTTCAGACATAAAAGGTGG CTTCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGG CTCACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTG AGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAA AGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTT GTTAGGGAAGAACAAGTGCCGTTCAAATAGGGCGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGA AAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTC CGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCC CCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAG TGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAA GGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGA TTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCC GCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAG ACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAAT TCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAATCCTAGAGATA GGACGTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTC GTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCAGCAT TCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAAGAAGGTGGGGGATGAC GTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGGCAAGAAC AAAGGGCAGCGAAACCCGCGAGGTTAAGCCAATCCCACAAATCTGTTTCCAGTTCGGA TCCGAGTCTGCAACTCCACTGCGGGAAACTGGGAACCCCTAGGAAATCCGGGATACTA TTGGCCGCGGTGAATACCTTTTCCGGG
Bổ sung trình tự accession number HG999491.1 khác loài để chuẩn bị vẽ cây di truyền.
>HG999491.1 Vibrio parahaemolyticus partial 16S rRNA gene, isolate BP89
TAGCTTGCTATTTGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCTTAGGAATTTGCCCAGTTGAGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATACGCCCTACGGGGGAAAGGAGGGGACCTTCGGGCCTTCCGCGATTGGATAAGCCTAAGTGAGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCTCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTG
TAAAGTACTTTCAGTCGTGAGGAAGGTGTTGTACTTAATACGTGCAACATTTGACGTT AGCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTG CGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGTGGTTTGTTAAGTCAGA TGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCCCGGAAGGTCATTTGAAACTGGCAAACTAGAGTACT GTAGAGGGGGGTAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATA CCAGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGATACTGACACTCAGATGCGAAAGCGTGGGG AGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTGGAGGT TGCGGTCTTGAACTGTGGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTA CGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCAT GTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCTCAGAAGAG AAAAGAGATTTTCTTGTGCCTTCGGGAACTGAGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTC AGCTC
Việc đưa khác loài có thể phân tích đặc điểm di truyền: giúp phát hiện ra các đặc điểm di truyền nào được bảo tồn qua các loài và những đặc điểm nào đã thay đổi. Điều này cung cấp thông tin về cách các đặc điểm này ảnh hưởng đến sự thích nghi và sinh tồn của các loài Tăng tính toàn diện và độ chính xác: Một cây di truyền bao gồm nhiều loài khác nhau thường sẽ chính xác và toàn diện hơn, bởi nó phản ánh nhiều dữ liệu hơn và do đó giảm thiểu khả năng sai sót hoặc thiên vị trong việc xác định mối quan hệ di truyền.
XÂY DỰNG CÂY DI TRUYỀN
Xây dựng cây phát sinh loài
Cây phát sinh loài (Phylogenetic tree) hay còn gọi là cây phả hệ hay cây phân loài được sử dụng để mô hình hóa lịch sử tiến hóa của một nhóm các trình tự hay các sinh vật Theo thuyết tiến hóa của Darwin, nhóm các loài với những đặc tính khác nhau đều tiến hóa và hình thành từ một tổ tiên chung trong quá khứ Đối tượng nghiên cứu truyền thống của cây phân loài là biểu diễn mối quan hệ giữa các loài Để xây dựng cây phát sinh loài, có một số phương pháp sau:
3.1.1 Phương pháp ma trận khoảng cách – Distance Matrix
Ma trận khoảng cách được tính toán dựa trên khoảng cách di truyền giữa các chuỗi được phân loại bao gồm một nhóm các thuật toán Trên cơ sở khoảng cách giữa từng cặp trình tự (số nucleotide khác nhau giữa các trình tự), biểu diễn thành dạng ma trận khoảng cách Trong đó, thuật toán lập nhóm không có trọng số dùng trung bình số học (UPGMA - Unweighted PairGroup with Method using arthmetic Averages) phân tích tất cả các dấu hiệu qua đó xác định khoảng cách di truyền giữa tất cả các cặp trình tự, biểu diễn thành dạng ma trận khoảng cách (dạng đối xứng) rồi gộp từng cặp mẫu có khoảng cách di truyền giữa chúng là nhỏ nhất.
Phương pháp này tương tự phương pháp gom cụm Tuy nhiên, hai trình tự được coi là hàng xóm trong một cây nếu như giữa chúng chỉ có duy nhất một nút Phương pháp NJ tương đối nhanh nhưng nó chỉ tạo ra một cây và bỏ qua các cây khác có thể tốt hơn Hơn nữa, vì các lỗi ước tính khoảng cách theo cấp số nhân, trong một số điều kiện, phương pháp này sẽ tạo ra một cây thiên vị.
3.1.3 Phương pháp tiết kiệm tối đa – Maximum Parsimony
Phương pháp này sẽ lựa chọn cây tiến hóa thỏa mãn điều kiện là số lượng đặc tính bị biến đổi phải thấp nhất để giải thích những dữ liệu đã quan sát được Maximum Parsimony giả định rằng cây tiến hóa tốt nhất mô tả quá trình tiến hóa tốt nhất là cây mô tả được các loài ít thay đổi nhất (ít đột biến nhất) nên cây có điểm thấp nhất.
3.1.4 Phương pháp khả năng xác suất: Hợp lý tối đa – Maximum Likelihood và phương pháp Bayes
Phương pháp này dựa trên một hàm toán học tính xác suất khả năng một cây tiến hóa được tạo thành từ dữ liệu có sẵn Hàm này cho phép tích hợp qua trình tiến hóa các đặc tính dưới dạng mô hình xác suất Cây phát sinh được xây dựng bởi phương pháp hợp lý tối đa là cây tiến hóa có khả năng xảy ra cao nhất (xác suất tạo thành lớn nhất) Khác với Maximum Likelihood thì phương pháp Bayes không tìm đỉnh cao nhất (xác suất tối đa) mà tích hợp các thông số trong không gian dữ liệu.
3.1.5 Contruct/Text Minimum – Evolution Tree
Phương pháp tiến hóa tối thiểu (ME) là phương pháp dựa trên khoảng cách và đủ đơn giản để tránh phương pháp bình phương nhỏ nhất nhằm xác định cây tối ưu có chiều dài nhánh tối thiểu Phương pháp ME được mô tả ở đây khác với phương pháp phân tích tối đa (MP) trong cách tiếp cận của nó ME xác định số lượng vị trí khác nhau giữa các chuỗi đầu vào để tạo ra ma trận khoảng cách và ME tạo ra một cây không có gốc từ tập hợp các chuỗi đã cho.
Xây dựng cây phát sinh chủng loại bằng phương pháp ME từ một tập hợp các trình tự nucleotide nhất định là một quá trình nhanh chóng và tiết kiệm Nó thích hợp cho các tập hợp trình tự có nguồn gốc từ các sinh vật có quan hệ gần gũi.
Kết quả không đáng tin cậy đối với các trình tự có nguồn gốc từ các loài có quan hệ họ hàng xa, do tạo ra nhiều khác biệt trong trình tự, làm tăng khoảng cách
3.1.6 Đánh giá cây phát sinh loài
Sau khi xây dựng cây phát sinh loài, cần đánh giá cây và phương pháp đánh giá phổ biến nhất hiện nay là Bootstrapping Phân tích bootstrap được thực hiện nhằm kiểm tra độ chính xác và độ tin cậy cho từng nhánh trong cây tiến hóa Đầu tiên, các vị trí từ các chuỗi trình tự đã sắp xếp thẳng hàng sẽ được đảo chỗ một cách ngẫu nhiên và được xây dựng cây Quá trình này được lặp lại một số lần nhất định (gọi là sự lặp lại bootstrap) để tính toán giá trị ủng hộ cho một nhánh Do giá trị ủng hộ được biểu diễn bằng tỷ lệ % nên ít nhất phải có 100 lần lặp lại (thông thường 1000 lần lặp lại) Đối với mỗi nhánh được chỉ định một tỷ lệ xuất hiện trong các cây và một nhánh có ý nghĩa nếu nó xuất hiện hơn 50% hoặc 70%.
Các bước thực hiện
Bước 1: Tải phẩn mềm MegaX về máy ở link sau: https://www.megasoftware.net/
Lựa chọn phiên bản thích hợp theo máy.
Bước 2: Khởi động phần mềm Cài đặt ALIGN\Edit\Build Alignment hộp thoại Alignment Editor chọn Create a new alignment.
Hình 3.1 Trang chủ phần mềm MEGAX.
Bước 3: Hộp thoại Data Type for Alignment xuất hiện chọn DNA.
Hình 3.2 Hộp thoại Alignment Editor.
Bước 4: Chọn Edit\Insert Sequence From File chọn tệp của các accession numbers đã lưu trước đó Ngoài ra đưa vào accession number khác loài là Vibrio parahaemolvticus.
Bước 5: Xoá trình tự trống, chọn biểu tượng W chọn Align\DNA Hộp thoại ClustalW Option xuất hiện Chọn mục Matrix\Use Negative Matrix\ClustalW bấm OK.
Hình 3.4 Đưa File text đã lưu vào MEGAX.
Bước 6: Chọn Data/Export Alignment/MEGA Format Lưu, tắt mục vừa cài đặt
Bước 7: Đóng các hộp thoại về trang chủ MEGA Chọn PHYLOGENY chọn kiểu cây di truyền mong muốn Cài đặt PHYLOGENY TEST là Boostrap method, No of…
Hình 3.6 Chọn biểu tượng W\Align DNA
Hình 3.7 Kết quả sau khi ClustalW.
Hình 3.8 Xuất dưới dạng tệp mas.
Bước 8: Xem và phân tích cây di truyền.
Hình 3.10 Các kiểu cây phân loại.
Kết quả
Hình 3.12 Cây phát sinh chủng loại xây dựng bằng phương pháp Contruct/
Hình 3.14 Cây phát sinh chủng loại xây dựng bằng phương pháp Contruct/
THẢO LUẬN VÀ KẾT LUẬN
Thảo luận
Sử dụng phần mềm MEGA để xây dựng cây di truyền bằng phương pháp UPGMA Thực hiện phân tích bootstrap để đánh giá độ tin cậy của các nhánh cây.
Từ cây phân loài theo phương pháp UPGMA cho thấy với các nhóm nội, có hai nhánh chính ở các loài chi Bacillus
Nhánh chính thứ nhất (1) gồm 2 nhánh phụ.
Nhánh phụ thứ nhất (1.1) gồm 2 nhánh phụ (1.1.1 và 1.1.2) Nhánh phụ (1.1.1) gổm 2 nhánh phụ nữa (1.1.1.1; 1.1.1.2) Nhánh thứ nhất cho thấy QN4.2 có mối quan hệ gần gũi với với chỉ số bootstrap 98%, thứ nhất gồm: Pseudomonas putida, Bacillus subtilis, Bacillus tequilensis, Bacillus vallismortis, Bacillus amyloliquefaciens, Bacillus methylotrophicus, Bacillus velezensis, Bacillus licheniformis, Bacillus sonorensis, Bacillus amyloliquefaciens strain SS104 16S ribosomal RNA gene partial sequence (QN4.2), Bacillus safensis, Bacillus pumilus, Bacillus cereus.
Hình 3.16 Cây phát sinh chủng loại xây dựng bằng phương pháp UPGMA
Nhánh chính thứ hai (2) gồm: Bacillus megaterium, Bacillus aryabhattai, Bacillus thuringiensis, Bacillus drentensis, Bacillus infantis, Bacillus firmus, Bacillus pseudomycoides với chỉ số bootstrap 98%
Bacillus amyloliquefaciens có quan hệ gần với Bacillus sonorensis với độ tin cậy 86%.
Kết luận
Mẫu QN4.2 thuộc loài Bacillus sp Cần các phân tích di truyền sâu hơn, chẳng hạn như phân tích toàn bộ bộ gen, giúp phân biệt chính xác giữa các loài thuộc chiBacillus mới có thể đưa ra kết luận Chúng có nhiều đặc điểm chung do cùng thuộc một chi và có mối quan hệ tiến hóa gần gũi, nhưng cũng có các đặc điểm riêng biệt giúp chúng thích nghi với các môi trường và ứng dụng khác nhau Việc hiểu rõ mối quan hệ này không chỉ có ý nghĩa trong nghiên cứu khoa học mà còn có nhiều ứng dụng thực tiễn trong công nghiệp và nông nghiệp.
