nhóm 16 thứ 3 ca 3 bcmh

Trình tự các Accession number và trình tự mẫu 9.1.... Accession number từ một trình tự 16S rRNA Bước 1: Vào trang NCBI National Center for Biotechnology Information Hình 1.1.. Bước 2:Tì

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÁO CÁO MÔN HỌC

SINH TIN HỌC ỨNG DỤNG

TP Thủ Đức, tháng 06 năm 2024

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÁO CÁO MÔN HỌC

SINH TIN HỌC ỨNG DỤNG

Hướng dẫn khoa học Sinh viên thực hiện

PGS.TS.NGUYỄN BẢO QUỐC NGUYỄN LƯU VĨNH HẢO – 21126333

TRẦN THỊ KIM NGÂN – 21126419

LÊ THỊ BẢO NGÂN – 21126414

TP Thủ Đức, tháng 06 năm 2024

MỤC LỤC

MỤC LỤC i

DANH SÁCH CÁC HÌNH ii

DANH SÁCH CÁC BẢNG iii

1 PHƯƠNG PHÁP THỰC HIỆN 1

1.1 Accession number từ một trình tự 16S rRNA 1

1.2 Blast và xác định tên loài của mẫu 9.1 1

1.3 Xây dựng cây di truyền 4

2 KẾT QUẢ 6

2.1 Accession number từ một trình tự 16S rRNA 6

2.2 Blast và xác định tên loài của mẫu 9.1 6

2.2.1 Trình tự FASTA của mẫu 9.1 6

2.2.2 Kết quả sau khi Blast trên NCBI 7

2.3 Xây dựng cây di truyền 9

3 KẾT LUẬN 12

3.1 Blast và xác định tên loài của mẫu 9.1 12

3.2 Xây dựng cây di truyền 12

DANH SÁCH CÁC HÌNH

Trang

Hình 1.1 Giao diện tìm kiếm accession number 1

Hình 1.2 Nơi lấy accession number 1

Hình 1.3 Mẫu 9.1 2

Hình 1.4 Export mẫu dưới dạng txt 2

Hình 1.5 Trình tự mẫu 9.1 3

Hình 1.6 Dán đoạn trình tự FASTA 3

Hình 1.7 Chọn Somewhat similar sequences (blastn) 4

Hình 1.8 Trình tự các Accession number và trình tự mẫu 9.1 4

Hình 1.9 Các trình tự sau khi Alignment 5

Hình 1.10 Hiệu chỉnh thông số và phương pháp vẽ cây di truyền 5

Hình 2.1 Kết quả nhận được sau khi BLAST 7

Hình 2.2 Kết quả nhận ở mục Descriptions 7

Hình 2.3 Kết quả nhận ở mục Graphic Summary 8

Hình 2.4 Kết quả nhận ở mục Alignments 9

Hình 2.5 Cây di truyền số 1 9

Hình 2.6 Cây di truyền số 2 10

Hình 2.7 Cây di truyền số 3 10

Hình 2.8 Cây di truyền số 4 11

Hình 2.9 Cây di truyền số 5 11

DANH SÁCH CÁC BẢNG

Trang

Bảng 2.1 Tên từng loài tương ứng với từng accession number 6

1 PHƯƠNG PHÁP THỰC HIỆN

1.1 Accession number từ một trình tự 16S rRNA

Bước 1: Vào trang NCBI (National Center for Biotechnology Information)

Hình 1.1 Giao diện tìm kiếm accession number.

Bước 2:Tìm kiếm lần lượt trình tự 16S rRNA Vibrio parahaemolyticus, Vibrio

Azureus, Vibrio Natriegens, Vibrio Alginolyticus, Vibrio Rotiferianus, Vibrio Harveyi, Vibrio Campbelli, Vibrio Neocaledonicus, Photobacterium Phosphoreum, Vibrio Xuii, Vibrio Gallicus và bấm search.

Hình 1.2 Nơi lấy accession number.

1.2 Blast và xác định tên loài của mẫu 9.1.

Bước 1: Tải file mẫu 9.1

Bước 2: Mở file trên phần mềm Chromas

Hình 1.3 Mẫu 9.1.

Bước 3: Export mẫu và lưu dạng Fomatted Text

Hình 1.4.Export mẫu dưới dạng txt

Bước 4: Mở file vừa lưu và sao chép đoạn trình tự.

Hình 1.5 Trình tự mẫu 9.1.

Bước 5: Mở BLAST và chọn kiểu Nucleotide BLAST

Bước 6: Dán đoạn trình tự của mẫu 9.1 vào mục Enter accession number or FASTA sequence; ở mục Program selection chọn Somewhat similar sequences (blastn)

Hình 1.6 Dán đoạn trình tự FASTA.

Hình 1.7 Chọn Somewhat similar sequences (blastn).

Bước 7 : Tiến hành BLAST và đọc kết quả

1.3 Xây dựng cây di truyền

Bước 1: Tổng hợp của các trình tự của 11 loài ở phần 1.1 và trình tự của mẫu 9.1 vào một file text

Hình 1.8 Trình tự các Accession number và trình tự mẫu 9.1.

Bước 2 : Thêm tệp tin vào MEGA, thực hiện Alignment by ClustalW để sắp xếp

các trình tự tương đồng của các Accession number và mẫu 9.1

Hình 1.9 Các trình tự sau khi Alignment.

Bước 3: Phân tích phát sinh loài

Bước 4 : Xây dựng cây di truyền

Hình 1.10 Hiệu chỉnh thông số và phương pháp vẽ cây di truyền.

2 KẾT QUẢ

2.1 Accession number từ một trình tự 16S rRNA

Bảng 2.1 Tên từng loài tương ứng với từng accession number

1 NR_041838.1 Vibrio parahaemolyticus

2 NR_041683.1 Vibrio Azureus

3 NR_026124.1 Vibrio Natriegens

4 NR_044825.2 Vibrio Alginolyticus

5 NR_042081.1 Vibrio Rotiferianus

6 NR_043165.1 Vibrio Harveyi

7 NR_029222.1 Vibrio Campbelli

8 NR_118432.1 Vibrio Neocaledonicus

9 NR_036823.1 Photobacterium Phosphoreum

10 NR_025478.1 Vibrio Xuii

11 NR_025740.1 Vibrio Gallicus

2.2 Blast và xác định tên loài của mẫu 9.1.

2.2.1 Trình tự FASTA của mẫu 9.1

5’TTGCGGCGGCTTCTGACTTCGGGGGCGATACGGCGTCGAGCGGCGG ACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTG GAAACGATGGCTAATACCGCATGATGCCTACGGGCCAAAGAGGGGGACCT TCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAG GTAAGGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCA GCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTG GGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGT GAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTCGTGAGGAAGGTAGCG TAGTTAATAGCTGCATTATTTGACGTTAGCGACAGAAGAAGCACCGGCTA ACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGA ATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAA GCCCGGGGCTCAACCTCGGAATAGCATTTGAAACTGGCAGACTAGAGTAC TGTAGAGGGGGGTAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCT GAAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGATACTGACACTCA GATGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACG CCGTAAACGATGTCTACTTGGAGGTTGTGGCCTTGAGCCGTGGCTTTCGGA GCTAACGCGTTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAAC

TCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAAT TCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAACTTTCC AGAGATGGATTGGTTGCCTTCGGGAACTCTGAAACAGGTGCTGCATGGCT GTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGGTTAAGTCCCCGCAACGAGCGC AACCCTTAATCCTTGGTTTGCCAGCCAGTTAATGTCCGGAAACTCCAGGGA AAACTGGCCGGTGAATAAACCGGAAGGAAGGTGGGGGAACACGTTCAAG TCATCATGGGCCCTTAACGAGTAGGGGCTACCCACCTTGCTTACAATGGGC CCAAAACAAAGGGGCCGCCCAACTTTGCGAAAAGTGAGCCAAATCCCCAA AAAAGTGCCGTCCTTAATCCCGGGATTGGGAATCTCGCAACCTCCCACCCC CTGGAAAGTCCGGAAATCGCCTTGGTAATCCTGGGGATTACAAATTCA3’

2.2.2 Kết quả sau khi Blast trên NCBI.

Hình 2.1 Kết quả nhận được sau khi BLAST.

Đánh giá ở phần Descriptions, đánh giá kết quả tương đồng dựa vào giá trị percentage identification (Per Ident), E-value

Hình 2.2 Kết quả nhận ở mục Descriptions.

Kết quả ở mục Graphic Summary để hiển thị kết quả tóm tắt dưới dạng đồ họa hình ảnh có màu của các trình tự có độ tương đồng được sắp xếp từ cao đến thấp

Màu đỏ, hồng: vùng mức độ bắt cặp tốt

Xanh lục và xanh dương: vùng mức độ bắt cặp trung bình

Màu đen: vùng mức độ bắt cặp kém

Hình 2.3 Kết quả nhận ở mục Graphic Summary.

Cuối cùng là đánh giá kết quả ở mục Alignment – hiển thị kết quả so sánh chi tiết

từng cặp trình tự (giữa query – trình tự nhập vào để phân tích tính tương đồng và mỗi trình tự được BLAST tìm được trong cơ sở dữ liệu) Trong phần này sẽ có chỉ số tương

đồng (identities) và các khoảng trống (gap) giữa hai trình tự so sánh được hiển thị

Hình 2.4 Kết quả nhận ở mục Alignments.

2.3 Xây dựng cây di truyền

Hình 2.5 Cây di truyền số 1.

Hình 2.6 Cây di truyền số 2.

Hình 2.7 Cây di truyền số 3.

Hình 2.8 Cây di truyền số 4.

Hình 2.9 Cây di truyền số 5.

3 KẾT LUẬN

3.1 Blast và xác định tên loài của mẫu 9.1.

Mẫu không xác định được loài nào, vì từ kết quả BLAST cho thấy trình tự gen

mẫu 9.1 tương đồng với nhiều loài trong chi Vibrio như: Vibrio neocaledonicus,

Vibrio parahaemolyticus, Vibrio azureus, Vibrio alginolyticus,…

3.2 Xây dựng cây di truyền

Trong hình 2.8, mẫu 9.1 có trình tự gen gần với các loài như: Vibrio natriegens,

Vibrio neocaledonicus,… Cho thấy mẫu 9.1 thuộc chi Vibrio Sp.