nhóm 19 báo cáo thực hành

Mồi cần được thiết kế sao cho chúng chỉ liên kết với DNA của loài mục tiêu.. Điều này giúpđảm bảo rằng kết quả thu được là chính xác và không bị ảnh hưởng bởi DNA từ các loài khác.. Tran

TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÁO CÁO THỰC HÀNH

MÔN TIN SINH HỌC

Ngành học : CÔNG NGHỆ SINH HỌC

Nhóm thực hiện : Nhóm 19

Niên khóa : 2021 - 2025

TP Thủ Đức, 06/2024

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÁO CÁO THỰC HÀNH

MÔN TIN SINH HỌC

3

THẠCH VINH

VÕ HOÀNG PHONG

MỤC LỤC

MỤC LỤC i

DANH SÁCH HÌNH ii

CHƯƠNG 1 MỞ ĐẦU 1

1.1 Đặt vấn đề 1

1.2 Nội dung thực hiện: 1

CHƯƠNG 2 THIẾT KẾ CẶP PRIMER ĐẶC HIỆU CHO LOÀI Cupriavidus taiwanensis 2

2.1 Phương pháp thực hiện 2

2.2 Kết quả 9

2.3 Thảo luận 11

DANH SÁCH HÌNH

Hình 2.1 Giao diện chính của trang NCBI 2

Hình 2.2 Chỉnh sửa độ dài từ 80 đến 200 amino acid 2

Hình 2.3 Chọn 1 hypothetical protein 3

Hình 2.4 Tiến hành Run BLAST 3

Hình 2.5 Chọn 1 Accession trong mục 4

Hình 2.6 Chọn Identical Proteins trên giao diện 4

Hình 2.7 Chọn NZ_LT976860.1 trong mục CDC Region 5

Hình 2.8 Trình tự gen sau khi FASTA 5

Hình 2.9 Giao diện của Primer 3 6

Hình 2.10 Tìm kiếm công cụ In silico PCR amplification 6

Hình 2.11 Giao diện in silico PCR amplification 7

Hình 2.12 Kiểm tra cặp mồi trên In silico 7

Hình 2.13 Kết quả kiểm tra trên in sicilo PCR 8

Hình 2.14 Truy cập vào Primer BLAST 8

Hình 2.15 Kiểm tra chéo trên Primer BLAST 9

CHƯƠNG 1 MỞ ĐẦU

1.1 Đặt vấn đề

Việc thiết kế mồi là một bước quan trọng trong nhiều kỹ thuật sinh học phân tử Mồi cần được thiết kế sao cho chúng chỉ liên kết với DNA của loài mục tiêu Điều này giúp đảm bảo rằng kết quả thu được là chính xác và không bị ảnh hưởng bởi DNA từ các loài khác Mồi cần có độ dài phù hợp để đảm bảo hiệu quả liên kết và khuếch đại Tin sinh học là một công cụ mạnh mẽ có thể được sử dụng để cải thiện thiết kế mồi cho nhiều kỹ thuật sinh học phân tử Việc sử dụng tin sinh học trong thiết kế mồi có thể giúp tăng độ chính xác, hiệu quả

1.2 Nội dung thực hiện:

Thiết kế cặp primer đặc hiệu cho loài Cupriavidus taiwanensis

CHƯƠNG 2 THIẾT KẾ CẶP PRIMER ĐẶC HIỆU CHO LOÀI

Cupriavidus taiwanensis

2.1 Phương pháp thực hiện

Bước 1: Sử dụng NCBI để tìm kím thông tin loài Cupriavidus taiwanesis.

Hình 2.1 Giao diện chính của trang NCBI.

Bước 2: Chỉnh định dạng lọc những Hypothetical protein có độ dài 80 – 200 amino acid

Hình 2.2 Chỉnh sửa độ dài từ 80 đến 200 amino acid.

Bước 3: Chọn một trong các hypothetical protein để tiến hành các bước tiếp theo.

Hình 2.3 Chọn 1 hypothetical protein.

Bước 4: Tại giao diện, chọn “Run BLAST”

Hình 2.4 Tiến hành Run BLAST.

3

Bước 5 Tại mục “MSA Viewer chọn một Accession, ưu tiên chọn mã có “Per Ident” cao

Hình 2.5 Chọn 1 Accession trong mục.

Bước 6: Tại trang mới, chọn “Identical Proteins”

Hình 2.6 Chọn Identical Proteins trên giao diện.

Bước 7: Sau khi chọn Identical, tiếp theo chọn 1 mục tại “CDS Region in Nucleotide”

để kiểm tra

Hình 2.7 Chọn NZ_LT976860.1 trong mục CDC Region.

Bước 8: Chọn FASTA để lấy trình tự gen

Hình 2.8 Trình tự gen sau khi FASTA.

5

Bước 9:Copy đoạn trình tự vừa có, truy cập vào trang web Primer3 để dán đoạn trình

tự vào Tại mục “Product Size Ranges”, ta thiết lập từ 200 đến 400 Sau đó chọn “Pick Primers”

Hình 2.9 Giao diện của Primer 3.

Bước 10: Sau khi thiết kế được các đoạn mồi, tìm kiếm cụm từ “In silico PCR

amplification” trên web và truy cập vào

Hình 2.10 Tìm kiếm công cụ In silico PCR amplification.

Bước 11: Tại giao diện màn hình chính chọn tên chi của loài cần kiểm tra, sau đó bấm vào “Next step” để tiếp tục

Hình 2.11 Giao diện in silico PCR amplification.

Bước 12: Nhập trình tự primer vào In silico, chọn “APPLY TO ALLCupriavidus”, bấm vào “Amplity” để kiểm tra

Hình 2.12 Kiểm tra cặp mồi trên In silico.

7

Bước 13: Kết quả về nếu có vạch trên loài cần tìm thì tiếp tục kiểm tra tiếp Nếu không

có vạch thì trở về các bước trước

Hình 2.13 Kết quả kiểm tra trên in sicilo PCR.

Bước 14: Truy cập vào “Primer BLAST” hoặc địạ chỉ

Bước 15: Tại giao diện Primer BLAST, ta dán trình tự 2 cặp primer vào Tại mục

“Database” ta chọn “nr” Tại mục “Organism” ta điền các loài khác mà ta muốn kiểm tra đặc hiệu

Hình 2.15 Kiểm tra chéo trên Primer BLAST.

2.2 Kết quả

Sau khi kiểm tra trên In silico, các cặp primer thu được:

Cặp primer số 1: có Tm và %GC thoả điều kiện

Left primer: 5’- CAGATCTCCAGCTCACCGTC -3’

Right primer: 5’- CACAAGCTTAGACACGCACC -3’

Có Tm và %GC thoả điều kiện yêu cầu

>NZ_LT976860.1:2468909-2469262 Cupriavidus taiwanensis isolate Cupriavidus taiwanensis LMG 19426 chromosome CBM2585_b, whole genome shotgun sequence ATGACAGGCACCCCGATCGCAGATCTCCAGCTCACCGTCCCCGGCATCGCC ATGGTCGGTTACACCGTCATCGTGCTCATCGTGCTGGCGCCCAGGTATTGG TTTATCCCGGCGCTTCACCGGCGCCTGTATGGCTGGGCGGCCGCTGCGCTG GCAGGGGTGCTGGCGCTCAACCTGTGCGTCTATTCCATGCTGATGCCGGCC AGGCCGCGCTTACCGCTCGATGAAGCGTTCGCGGGTGCGTGTCTAAGCTTG TGCCTGTCGCTGCTGCTATGCCATCGGGCCAGGGCTCGCCGCTCCGCTGCC GCGGCCACAACCCGGCCGCCGGAAGAGCAGCGCCGGCAGCAATCGTAG

9

Cặp primer số 2:

Left primer: 5’- AAAATGTGCTCTCCAGACGG -3’

Right primer: 5’- CCAATTGCCTCCGTCAACTC -3’

Có Tm và %GC thoả điều kiện yêu cầu

>LT976861.1:390660-391022 Cupriavidus taiwanensis isolate Cupriavidus

taiwanensis LMG 19426 genome assembly, plasmid: CBM2585_p, whole genome shotgun sequence

TTGCCGCCAACGAGTGTTGGGTCGGCGCGACTGGCAAGGAAGCAGGCGTT GCCGTGGAACTGGGACGCCAGCGGCTTCACAGTGTGGCGCCCGGAGCAGC GCGCTCACAAAATGTGCTCTCCAGACGGATATTTGCGTATGCTACCTTCGC GGACAACCATGTTAGTCATGGAGGGACGCGCCAGTCTGCGTGGGGCCGTC GCTTGGGCCGCGAGGGTGATCGCGGCCGCAGACGAGCAGCTCAGGGATGA GATTTTGGGGGGCAGTAGCACTGTCGGCGGGCGGCGAGATCGGCTGAATC ACCGGCTTGGGTCTGCTTGCAGAGTTGACGGAGGCAATTGGCTACATCCAA CGAGACGATGA

Cặp số 3:

Left primer: 5’- CTACGAAAGACTTCAGGCGC -3’

Right primer: 5’- TTGGTGAAGTAGCCGGGATT -3’

Có Tm và %GC thoả điều kiện yêu cầu

>LT976860.1:2468595-2468912 Cupriavidus taiwanensis isolate Cupriavidus

taiwanensis LMG 19426 genome assembly, chromosome: CBM2585_b, whole

genome shotgun sequence

ATGGACATGGACTTAGGCATGACTGACTACGAAAGACTTCAGGCGCTCTG CAACGGCCTGGTCTTCTTCTATCTTGTGCCCAGGTACCTGCTGTTCCCGTCC CTGTATGCCGAGCGCTATCTGCGCACGGCGATGATATTGGGCGCGGCGCTG GCAGCAAACTGTCTGTTGCTGTGGCAGACCCTCGGCGGCGAAGTCGCGCC AACACTCTACCGCGCATGCTTCGGCCCGGTGATGAGCCTGCTGATGGCGCT GCTCCACTGCAAGATCGAGAAAGACAATCCCGGCTACTTCACCAATGCGG

2.3 Thảo luận

Ở cả 3 primer đều có các điều kiện cơ bản thoả mãn yêu cầu của primer như Tm,

%GC, không có kẹp tóc Cả 3 primer đều thoả điều kiện xuất hiện vạch ở trên In silicon PCR Tuy nhiên, để xác định chính xác độ đặc hiệu của mồi, cần thực hiện thêm bước kiểm tra chéo trên "Primer Blast"

Kết quả kiếm tra chéo trên các loài cùng chi bước đầu ổn định và chưa có bị nhiễm các loài khác Kết quả này không chắc chắn và cần được kiểm tra chéo trên nhiều loài khác

11