bài tập thực hành sinh tin học nhóm 17

Thiết kế primer đặc hiệu lồi Cupriavidus basilensisHình 2.1 Thơng tin primer 01 trên Primer3plus.Hình 2.2 Kết quả kiểm tra độ đặc hiệu của Primer 01 trên Primer-Blast.Hình 2.3 Thông tin

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÀI TẬP THỰC HÀNH

THỰC HÀNH SINH TIN HỌC

TP.Thủ Đức, 06/2024

Ngành học : CÔNG NGHỆ SINH HỌC

Học phần : SINH TIN HỌC

Ca học : CA 1 THỨ 3

Năm khóa : 2024 - 2025

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÀI TẬP THỰC HÀNH THỰC HÀNH SINH TIN HỌC

Giảng viên hướng dẫn Sinh viên thực hiện

PGS.TS NGUYỄN BẢO QUỐC 19126283 HỒ THẠCH HẠCH TUYẾT

21126563 PHAN THỊ CẨM TÚ

21126900 TRẦN CHÂU ANH

MỤC LỤC

DANH SÁCH CÁC BẢNG

DANH SÁCH CÁC HÌNH

Chương 1 PHƯƠNG PHÁP THỰC HIỆN

1.1 Trang web sử dụng

1.2 Các bước thực hiện

Chương 2 KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN

2.1 Trình tự primer

2.2 Primer chuyên biệt 01

2.3 Primer chuyên biệt 02, 03

Chương 3 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ

3.1 Kết luận

3.2 Đề nghị

DANH SÁCH CÁC BẢNG Bảng 2.1 Trình tự của 3 primer chuyên biệt

DANH SÁCH CÁC HÌNH

Hình 1.1 Đoạn hypothetical protein cho loài Cupriavidus basilensis.

Hình 1.2 Blast xác định trình tự loài mong muốn.

Hình 1.3 Thiết kế primer đặc hiệu loài Cupriavidus basilensis

Hình 2.1 Thông tin primer 01 trên Primer3plus.

Hình 2.2 Kết quả kiểm tra độ đặc hiệu của Primer 01 trên Primer-Blast Hình 2.3 Thông tin primer 02.

Hình 2.4 Thông tin primer 03.

Hình 2.5 Kết quả điện di các cặp primer đã thiết kế.

Hình 2.6 Kết quả cặp primer 02 chỉ đặc hiệu cho loài Cupriavidus basilensis Hình 2.7 Kết quả cặp primer 03 chỉ đặc hiệu cho loài Cupriavidus basilensis.

Chương 1 PHƯƠNG PHÁP THỰC HIỆN

1.1 Trang web sử dụng

-National Center for Biotechnology Information (NCBI): để lấy dự liệu về loài cần tìm -Primer3plus và Primer 3: để thiết kế primer

-in silico PCR amplification: chạy PCR giả lập

-Primer-Blast:kiểm tra độ đặc hiệu của primer

1.2 Các bước thực hiện

Bước 1: Vào NCBI tìm Cupriavidus basilensis ở mục Protein Xác định và

chọn các đoạn hypothetical protein nằm trong khoảng từ 90-150 amino acid (có thể cho phép từ 150-350 amino acid nếu không tìm được primer đặc hiệu ở 90-150)

Hình 1.1 Đoạn hypothetical protein cho loài Cupriavidus basilensis có chứa 134

amino acid

Bước 2: BLAST để xác định các trình tự có thuộc loài cần tìm hay không, xem

xét tính tương đồng giữa các loài, nếu ra các vạch màu đỏ thì các con thuộc loài đó có

sự sai khác rất ít

Hình 1.2 Blast xác định trình tự loài mong muốn và xét tính tương đồng giữa các loài.

Bước 3: Thiết kế primer đặc hiệu cho loài Cupriavidus basilensis dựa trên trình

tự tham chiếu NCBI: WP_150993629.1 Chọn Identical Protein ưu tiên chọn loài có điện tích âm, lấy FASTA loài có độ tương đồng về trình tự nucleotide

Hình 1.3 Thiết kế primer đặc hiệu loài Cupriavidus basilensis theo trình tự

WP_150993629.1.

Bước 4: Thiết kế primer bằng phần mềm Primer 3 hoặc Primer3plus

Đưa trình tự gene trên vào phần mềm để thiết kế tìm ra cặp primer đặc hiệu Yêu cầu: không dính cấu trúc kẹp tóc hoặc kết thúc

Bước 5: Chạy PCR giả lập các cặp primer đã thiết kế trên phần mềm in silico

PCR amplification để kiểm tra khả năng bắt cặp và tính đặc hiệu loài của primer -Đưa vào phần mềm trình tự của primer xuôi, primer ngược

-Chọn tên loài đang cần tìm và chọn Amplify để nhận kết quả

Bước 6: Kiểm tra độ đặc hiệu của primer trên trang Primer-Blast

-Đưa vào phần mềm trình tự của primer xuôi, primer ngược

-Chọn “nr” ở mục Database

-Chọn “Get Primers” để nhận kết quả

Chương 2 KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 2.1 Trình tự primer

Bảng 2.1 Trình tự của 3 primer chuyên biệt

Primer Trình tự xuôi (Forward primer) Trình tự ngược (Reserve primer)

01 GAAGGCTGAATCCGAACGAC ACTCGCCCAACAAGTCTCTC

02 TTTGCGAGCTACTGACCGAG TACCTGACCCCCGTGTTACA

03 AAGACGGCAACTGTAGAGGC CAAATGGCTTGCGACCCG

2.2 Primer chuyên biệt 01

Primer được thiết dựa trên protein WP_150993629.1 có FASTA như bên dưới

>NZ_CP062807.1:4064-4579 Cupriavidus basilensis strain DSM 11853 plasmid pRK1-3, complete sequence

ATGAACGAGCGGGAGTTCGACAACCTGGTCAGCATGACACGCCTGACGCC GAAAAGCGCGAAGCGGCTCGTTTGGTGTATGTGGATGGGAAGTCGCCGAG CGAGGCGGGAGTGACAGTGGGTCTTTCGCCGCAGCGGATTTCGCAGATCC TTGCCACTGTCAAGAAGGCTGAATCCGAACGACCGTTGTCCGCTGCTCCCA ACACGCCCGTTACCCCGGTTGACGCCGTAAGGGCAAGCTACGCCTTTGCTG TCAAAGCTGCGCGTGATCTGTTCGGAGACGAGGCGACAATCAGGGCGCCT GGGCCCGACGAGAGACTTGTTGGGCGAGTGGAAGCTCGCACCGATTTCCA TCTGGTGCAGCATCTTGGGCGAAGTGCAGTAGCAATTCACGAGCTCGCTAG CCTGGACAGAGTGCCTCCTCTGGCCAGGTCCGTTACCATCCAGTATCGCGC AGGGGCGGCTCAGGTCCTCGACCGCGACCAGGTGCAGACGCGAGAATCTA ACGTTCGTTGA

Hình 2.1 Thông tin primer 01 trên Primer3plus.

Hình 2.2 Kết quả kiểm tra độ đặc hiệu của Primer 01 trên Primer-Blast

2.3 Primer chuyên biệt 02, 03

Primer được thiết dựa trên protein WP_150993629.1 có FASTA như bên dưới

>NZ_CP062810.1:946-1350 Cupriavidus basilensis strain DSM 11853 plasmid

pRK1-6, complete sequence:

ATGTCTTCCATCGTTTGCGAGCTACTGACCGAGATTCAGCCCATTCTTGAG CGGATGACGCTGGTTATCGAGAGCGCGAAGACGGCAACTGTAGAGGCCAA AAGTCAGGTTCGTGCTGGCATGGAAGCTGCCCAGCTCGATCTCGAAAAAC

ACATGCATATGACCATGGATATTTTCGACCAGGTCATGACGGATGCAGTCT CGACAGTGGAGCAAAGTCATGTTGCCAAGCCGACGACGGGACCGCGCGGG ACAGGCCGCAGGACGGCGCGCGCGGGCTCGGCGGCGGCGTTGCCAACCCC CCCTGTAACACGGGGGTCAGGTACCCCGGTAGCAGACCCCGTAAAAACCC GGAAACGTATAGCTGTCGCGGGTCGCAAGCCATTTGGGGGGGCAAATGGT TGA

Hình 2.3 Thông tin primer 02

Hình 2.4 Thông tin primer 03.

Hình 2.5 Kết quả điện di các cặp primer đã thiết kế trên phần mềm in silico PCR

amplification

Hình 2.6 Kết quả cặp primer 02 chỉ đặc hiệu cho loài Cupriavidus basilensis.

Kết quả điện di từ primer khi Primer-Blast cho biết cặp primer có chiều dài 312

bp, nhiệt độ nóng chảy là 60,11 - 60,18°C, tỷ lệ %GC là 55% để phản ứng PCR và đặc

trưng cho loài Cupriavidus basilensis

Hình 2.7 Kết quả cặp primer 03 chỉ đặc hiệu cho loài Cupriavidus basilensis.

Kết quả điện di từ primer khi Primer-Blast cho biết cặp primer có chiều dài 310

bp, nhiệt độ nóng chảy là 59,82 - 60,04°C, tỷ lệ %GC là 55 – 61,11% để phản ứng

PCR và đặc trưng cho loài Cupriavidus basilensis

Chương 3 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 3.1 Kết luận

Qua 2 bước chạy PCR giả lập và kiểm tra độ đặc hiệu, kết quả cho thấy ba cặp primer

được thiết kế đều đặc hiệu với loài Cupriavidus basilensis.

3.2 Đề nghị

Ba cặp primer được thiết kế này cần được kiểm tra độ đặc hiệu bằng các phần mềm chuyên nghiệp hơn trước khi sử dụng