bài tập lý thuyết sinh tin học nhóm 17

Trang 1 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠOTRƯỜNG ĐẠI HỌC NƠNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINHKHOA KHOA HỌC SINH HỌCBÀI TẬP LÝ THUYẾTTP.Thủ Đức, 06/2024Ngành học: CÔNG NGHỆ SINH HỌCHọc phần: SINH TIN HỌCCa

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÀI TẬP LÝ THUYẾT

SINH TIN HỌC

Giảng viên hướng dẫn Sinh viên thực hiện

PGS.TS NGUYỄN BẢO QUỐC 19126283 HỒ THẠCH HẠCH TUYẾT

21126563 PHAN THỊ CẨM TÚ

21126900 TRẦN CHÂU ANH

TP.Thủ Đức, 06/2024

MỤC LỤC

DANH SÁCH CÁC HÌNH

Phần 1 ACCESSION NUMBER TRÌNH TỰ GEN 16S RNA CÁC LOÀI CẦN TÌM

1.1 Các bước thao tác

1.2 Kết quả

1.2.1 Vibrio parahaemolyticus

1.2.2 Vibrio azureus

1.2.3 Vibrio natriegens

1.2.4 Vibrio alginolyticus

1.2.5 Vibrio rotiferianus

1.2.6.Vibrio harveyi

1.2.7 Vibrio campbellii

1.2.8 Vibrio neocaledonicus

1.2.9 Photobacterium phosphoreum

1.2.10 Vibrio xuii

1.2.11 Vibrio gallicus

Phần 2 BLAST VÀ XÁC DỊNH TÊN LOÀI CỦA MẪU 11.5

2.1 Các bước thao tác

2.2 Kết quả và thảo luận

Phần 3 XÂY DỰNG CÂY DI TRUYỀN TỪ ACCESSION NUMBER VỚI MẪU 11.5

3.1 Các bước thao tác

3.2 Kết quả

DANH SÁCH CÁC HÌNH

Hình 2.1 Kết quả BLAST của mẫu 11.5

Hình 3.1 Cây di truyền dạng Maximum Likelihood

Hình 3.2 Cây di truyền dạng Neighbor-joining

Hình 3.3 Cây di truyền dạng Minimum Evolution method

Hình 3.4 Cây di truyền dạng UPGMA

Hình 3.5 Cây di truyền Maximum Parsimony

Phần 1 ACCESSION NUMBER TRÌNH TỰ GEN 16S

RNA CÁC LOÀI CẦN TÌM1.1 Các bước thao tác

NCBI → Database → Từ khóa: tên loài Vibrio parahaemolyticus partical sequence

of 16s RNA → Search → FASTA → Lấ+y trình tự

1.2.2 Vibrio azureus

>NR_041683.1 Vibrio azureus strain LC2-005 16S ribosomal RNA, partial sequenceGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATAACGCCTACGGGCCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAGGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTCG

1.2.3 Vibrio natriegens

>NR_026124.1 Vibrio natriegens

GAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTAACTGAACCTTCGGGGGACGTTAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATGATGCCTACGGGCCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAGGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTCGTGAGGAAGGTAGTGTAGTTAATAGCTGCATTATTTGACGTTAGCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCG

1.2.4 Vibrio alginolyticus

>NR_044825.2 Vibrio alginolyticus strain ATCC 17749 16S ribosomal RNA, partial sequence

AAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTAACTGGAACTTGGGAACGATAACGGCGTTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATAAGCTACGGGCCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAGGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTCGTGAGGAAGGTAGTGTAGTTAATAGCTGCATTATTTGACGTTAGCGACAGAA

1.2.5 Vibrio rotiferianus

>NR_042081.1 Vibrio rotiferianus CAIM 577 = LMG 21460 16S ribosomal RNA, partial sequence

ATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTATCTGAACCTTCGGGGAACGATAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATAATGCCTACGGGCCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTCGTGAGGAAGGTAGTGTAGTTAATAG

1.2.6.Vibrio harveyi

>NR_043165.1 Vibrio harveyi strain NCIMB1280 16S ribosomal RNA, partial

sequence

GCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTATCTGAACCTTCGGGGAACGATAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATAATACCTWCGGGTCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCA

1.2.7 Vibrio campbellii

>NR_029222.1 Vibrio campbellii strain 40 16S ribosomal RNA, partial sequenceAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCGCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTAACTGGAACTTGGGAACGATAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCACTTGGAAACGATGGCTAATACCGCATAATGCTACGGGCCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAGGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTAGAGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGT

1.2.8 Vibrio neocaledonicus

>NR_118432.1 Vibrio neocaledonicus strain NC470 16S ribosomal RNA, partial sequence

ATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTATCTGAACCTTCGGGGAACGATAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATGATGCCTACGGGCCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAGGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTCG

1.2.9 Photobacterium phosphoreum

>NR_036823.1 Photobacterium phosphoreum strain Kluyver 16S ribosomal RNA, partial sequence

ATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGATGANAGCTTGCTNTCATGCTGACGAACGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTGGGAATATACCCTGATGTGGGGGATAACTATTGGAAACGATAGCTAATACCGCATAATCTCTTCGGAGCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATTAGCCCAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTT

1.2.10 Vibrio xuii

>NR_025478.1 Vibrio xuii strain R-15052 16S ribosomal RNA, partial sequenceATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTCWCTGAACCTTCGGGGAACGTGAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTGGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATAATAGCTTCGGCTCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCCAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAGGGCTCACCAAGGCAACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAG

1.2.11 Vibrio gallicus

>NR_025740.1 Vibrio gallicus strain HT 2-1 16S ribosomal RNA, partial sequenceGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGACAACATTGACCCTTCGGGTGATTTGTTGGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTGGGTATATGCCTTGATGTGGGGGATAACTATTGGAAACGATAGCTAATACCGCATAATGCCTACGGGCCAAAGAGGGGGATCTTCGGACCTCTCGCGTCAAGATTAGCCCAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTTTCAGTCGTGAGGAAGGCGTTGTAGTTAATAGCTGCATCGTT

TGACGTTAGCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAACCGCATTTGAAACTGGCAGGCTAGAGTACTGTAGAGGGGGGTAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCAGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGATACTGACACTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTGGAGGTTGTGGCCTTGAGCCGTGGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAATTCGCTAGAGATAGCTTAGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCCTTGTTTGCCAGCACGTAATGGTGGGAACTCCAGGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACAGAGGGCGGCGAGCCAGCGATGGTGAGCGAATCCCAAAAAGTGCGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGAATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGCTGCAAAAGAAGTAGGTAGTTTAACCTTCGGGAGAACGCTTACCACTTTGTGGTTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCCTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTA

Phần 2 BLAST VÀ XÁC DỊNH TÊN LOÀI

CỦA MẪU 11.52.1 Các bước thao tác

Tải về phần mềm MEGA X (64 bit) for Windows

Bước 1: Đưa dữ liệu vào: lần lượt thao tác như sau

a) Tạo Alignment: Mở phần mềm -> chọn Align -> Edit/Built Alignment -> Create a new alignment → OK → DNA

b) Đưa dữ liệu và bỏ trình tự nhiễu: View/Edit trace data from DNA sequencers → Chọn file dự liệu trong máy (tên file: mẫu 11.5) → Open → Edit → Copy → FASTA

→ bỏ trình tự nhiễu ở 2 đầu và cuối, lấy phần còn lại → Lưu lại phần trình tự còn lại

để đi kiểm tra

Bước 2: Kiểm tra trình tự:

Search google : DNA blast → Nucleotide blast → Dán trình tự đã lưu ở bước 1.b vào

ô Enter accession number(s), gi(s), or FASTA sequence(s) → Program Selection → Optimize for → Highly similar sequences (megablast) → BLAST → Xem kết quả

2.2 Kết quả và thảo luận

- Trình tự Mẫu 11.5 sau khi bỏ phần nhiễu

GCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTGGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATAATAGCTTCGGCTCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCCAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAGGGCTCACCAAGGCAACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTTTCAGCAGTGAGGAAGGTTCATGCGTTAATAGCGTATGGATTTGACGTTAGCTGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAATTGCATTTGAAACTGGCAGACTAGAGTACTGTAGAGGGGGGTAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGATACTGACACTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTGGAGGTTGTGGCCTTGAGCCGTGGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTGTTTGCCAGCAATTCAGGTGGGAACTCCAGGGAAACTGCCGGTGAAAAACCGGAAGAAAGGTGGGGAACAACTTC

- Kết quả BLAST

Hình 2.1 Kết quả BLAST của mẫu 11.5

Kết quả BLAST cho thấy xuất hiện nhiều loài đều thuộc chi Vibrio sp Từ kết

quả BLAST có thể kết luận mẫu 11.5 thuộc chi Vibrio (Vibrio sp.).

Phần 3 XÂY DỰNG CÂY DI TRUYỀN TỪ ACCESSION

NUMBER VỚI MẪU 11.53.1 Các bước thao tác

Bước 1: Đưa dữ liệu vào: lần lượt thao tác như sau

a) Tạo Alignment: Mở phần mềm -> chọn Align -> Edit/Built Alignment ->Create a new alignment → OK → DNA

b) Đưa dữ liệu: Edit -> Insert sequence from file -> Chọn file dự liệu trong máy ->Open -> Ignore Sau đó xóa sepqence (vì trong này không có dữ liệu và nếu không xóa

sẽ không vẽ cây di truyền được): chọn sequence 1 -> chuột phải -> Delete

Bước 2: Cài đặt cho Alignment: lần lượt thao tác như sau

a) Cài đặt Alignment: biểu tượng “W” → Align DNA → Alignment → Align byClustalW → OK → Bảng ClustalW options → Matrix (chọn ClustalW 1.6) → OK

b) Xuất Alignment: Data → Export Alignment → MEGA Format → Đặt tên file →Input title of the data: đặt tên → OK → Protein-coding nucleotide sequence data →Yes → Thoát phần mềm

Bước 3: Xây dựng 5 cây di truyền: lần lượt thao tác như sau:

a) Xây cây di truyền: Phylogeny → chọn 1 trong 5 cây di duyền → Chọn file

dữ1 liệu (tạo ở bữở5c 2) → Open → Test of Phylogeny : Bootstrap method → No.

of Bootstrap Replications : 1000 → OK

b) Lữu cây di truyền: Image → Dạng file lữu

3.2 Kết quả

Hình 3.1 Cây di truyền dạng Maximum Likelihood.

Hình 3.2 Cây di truyền dạng Neighbor-joining.

Hình 3.3 Cây di truyền dạng Minimum Evolution method.

Hình 3.4 Cây di truyền dạng UPGMA.

Hình 3.5 Cây di truyền Maximum Parsimony.