BÀI TẬP NHÓM SỐ 1Bài 1: Cho biết các accession number của một phần trình tựgen 16S rRNA partial sequence of 16S rRNA của các loàisau: Vibrio parahaemolyticus; V.. Accession number của mộ
Trang 1BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH
KHOA KHOA HỌC SINH HỌC
Ngành học: CÔNG NGHỆ SINH HỌC Nhóm sinh viên thực hiện: Nhóm 10
Giảng viên hướng dẫn: PGS.TS Nguyễn Bảo Quốc Niên khóa: 2021-2025
MÔN HỌC SINH TIN HỌCBÁO CÁO BÀI TẬP
Trang 2BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH
KHOA KHOA HỌC SINH HỌC
Hướng dẫn khoa họcNhóm sinh viên thực hiện
PGS.TS Nguyễn Bảo Quốc21126546 – Châu Nguyên Huyền Trân
21126548 – Nguyễn Thị Bảo Trân
21126550 – Lê Thị Thùy Trang
MÔN HỌC SINH TIN HỌCBÁO CÁO THỰC HÀNH
Trang 3MỤC LỤC
TrangMỤC LỤC i
DANH SÁCH HÌNH i
PHẦN 1 BÀI TẬP NHÓM SỐ 1 1
1.1 Các bước tìm accession number của một phần trình tự gen 16SrRNA 11.2 Kết quả của accession number của một phần trình tự gen 16SrRNA của các vi khuẩn 41.2.1 Accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA của
Trang 4PHẦN 2 BÀI TẬP NHÓM SỐ 2 17
PHẦN 3 BÀI TẬP NHÓM SỐ 3 22
Trang 5DANH SÁCH HÌNH
Hình 1.1 Trang NCBI 1
Hình 1.2 Nhập tên vi khuẩn cần tìm 2
Hình 1.3 FASTA 3
Hình 1.4 Accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA 4
Hình 2.1 Chromas của mẫu F3 17
Hình 2.2 Chromas của mẫu F3 ở những nu cuối 17
Hình 2.3 Bước 2 18
Hình 2.4 Lưu mẫu F3 dưới dạng văn bản 18
Hình 2.5 Tìm cắt các đoạn nhiễu trên Chromas 19
Hình 2.6 Trang Blast 20
Hình 2.7 Blast xác định loài cho mẫu 20
Hình 2.8 Kết quả sau khi Blast 21
Hình 3.1 Bước 1 22
Hình 3.2 Bước 2 22
Hình 3.3 Trình tự của các accession number và mẫu F3 23
Hình 3.4 Bước 3 23
Hình 3.5 DNA sau Align 23
Hình 3.6 Bước 4 24
Hình 3.7 Bước 5 24 Hình 3.8 Cây di truyền từ các accession number trên với mẫu F3.25
Trang 6Hình 1.1 Trang NCBI.
PHẦN 1 BÀI TẬP NHÓM SỐ 1Bài 1: Cho biết các accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA (partial sequence of 16S rRNA) của các loài
sau: Vibrio parahaemolyticus; V Azureus; V natriegens; V.
alginolyticus; V rotiferianus; V harveyi; V Campbelli; V neocaledonicus; Photobacterium phosphoreum; V xuii; V gallicus
1.1 Các bước tìm accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA
Bước 1: Vào trang ncbi (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)
Trang 8Hình 1.3 FASTA.
Hình 1.4 Accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA.
Bước 4: Copy phần gene đang hiển thị, ta được accession number
của một phần trình tự gen 16S rRNA của loài vi khuẩn cần
1.2 Kết quả của accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA của các vi khuẩn
1.2.1 Accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA
của Vibrio parahaemolyticus.
>NR_041838.1 Vibrio parahaemolyticus strain ATCC 17802 16S ribosomal RNA, partial sequence
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTATCTGAACCTTCGGGGAACGATAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATGATGCCTACGGGCCAAA
Trang 91.2.2 Accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA
của Vibrio azureus.
>NR_041683.1 Vibrio azureus strain LC2-005 16S ribosomal RNA, partial sequence
Trang 101.2.3 Accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA
của Vibrio natriegens.
>NR_026124.1 Vibrio natriegens NBRC 15636 = ATCC 14048
= DSM 759 16S ribosomal RNA, partial sequence
Trang 11GAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTAACTGAACCTTCGGGGGACGTTAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATGATGCCTACGGGCCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAGGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTCGTGAGGAAGGTAGTGTAGTTAATAGCTGCATTATTTGACGTTAGCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAATAGCATTTGAAACTGGCAGACTAGAGTACTGTAGAGGGGGGTAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGATACTGACACTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTGGAGGTTGTGGCCTTGAGCCGTGGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGNCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTGTTTGCCAGCGAGTAATGTCGGGAACTCCAGGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACAGAGGGCGGCCAACTTGCGAAAGTGAGCGAATCCCAAAAAGTGCGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGCTGCAAAAGAAGTAGGTAGTTTAACTTCGGGGGGACGCTT
Trang 121.2.4 Accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA
Vibrio alginolyticus.
>NR_044825.2 Vibrio alginolyticus strain ATCC 17749 16S ribosomal RNA, partial sequence
AAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTAACTGGAACTTGGGAACGATAACGGCGTTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATAAGCTACGGGCCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAGGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTCGTGAGGAAGGTAGTGTAGTTAATAGCTGCATTATTTGACGTTAGCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAATAGCATTTGAAACTGGCAGACTAGAGTACTGTAGAGGGGGGTAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGATACTGACACTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTGGAGGTTGTGGCCTTGAGCCGTGGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAGGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTGTTTGCCAGCGAGTAATGTCGGGAACTCCAGGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACAGAGGGCAGCCAACTTGCGAGAGTGAGCGAATCCCAAAAAGTGCGTCGTAGTCCATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAAT
Trang 131.2.5 Accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA
của Photobacterium phosphoreum.
>NR_036823.1 Photobacterium phosphoreum strain Kluyver 16S ribosomal RNA, partial sequence
ATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGATGANAGCTTGCTNTCATGCTGACGAACGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTGGGAATATACCCTGATGTGGGGGATAACTATTGGAAACGATAGCTAATACCGCATAATCTCTTCGGAGCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATTAGCCCAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTTTCAGTTGTGAGGAAGGCGTTGGAGTTAATAGCTTCAGCGCTTGACGTTAGCAACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGTTCCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGCGGTCTGTTAAGCAAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAACAGCATTTTGAACTGGCAGACTAGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAAAGACTGACGCTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTGAAGGTTGTGGCCTTGAGCCGTGGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGAGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAATTCGCTAGAGATAGCTTAGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTGTTTGCCAGCACGTAATGGTGGGAACTCCAGGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAG
Trang 141.2.6 Accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA
của Vibrio xuii.
>NR_025478.1 Vibrio xuii strain R-15052 16S ribosomal RNA, partial sequence
ATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTCWCTGAACCTTCGGGGAACGTGAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTGGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATAATAGCTTCGGCTCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCCAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAGGGCTCACCAAGGCAACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTTTCAGCAGTGAGGAAGGTTCATACGTTAATAGCGTATGGATTTGACGTTAGCTGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAATTGCATTTGAAACTGGCAGACTAGAGTACTGTAGAGGGGGGTAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGATACTGACACTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTGGAGGTTGTGGCCTTGAGCCGTGGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGC
Trang 151.2.7 Accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA
của Vibrio gallicus.
>NR_025740.1 Vibrio gallicus strain HT 2-1 16S ribosomal RNA, partial sequence
GGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGACAACATTGACCCTTCGGGTGATTTGTTGGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTGGGTATATGCCTTGATGTGGGGGATAACTATTGGAAACGATAGCTAATACCGCATAATGCCTACGGGCCAAAGAGGGGGATCTTCGGACCTCTCGCGTCAAGATTAGCCCAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTTTCAGTCGTGAGGAAGGCGTTGTAGTTAATAGCTGCATCGTTTGACGTTAGCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAACCGCATTTGAAACTGGCAGGCTAGAGTACTGTAGAGGGGGGTAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCAGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGATACTGACACTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTG
Trang 161.2.8 Accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA
Vibrio rotiferianus.
>NR_042081.1 Vibrio rotiferianus CAIM 577 = LMG 21460 16S ribosomal RNA, partial sequence
ATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTATCTGAACCTTCGGGGAACGATAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATAATGCCTACGGGCCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTCGTGAGGAAGGTAGTGTAGTTAATAGCTGCATTATTTGACGTTAGCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGC
Trang 171.2.9 Accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA
của Vibrio harvey.
>NR_043165.1 Vibrio harveyi strain NCIMB1280 16S ribosomal RNA, partial sequence
GCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTATCTGAACCTTCGGGGAACGATAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATAATACCTWCGGGTCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGC
Trang 181.2.10 Accession number của một phần trình tự gen 16S
rRNA Vibrio campbellii.
>NR_029222.1 Vibrio campbellii strain 40 16S ribosomal RNA, partial sequence
AAATTGAAGAGTTTGATCATGGCGCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTAACTGGAACTTGGGAACGATAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCACTTGGAAACGATGGCTAATACCGCATAATGCTACGG
Trang 191.2.11 Accession number của một phần trình tự gen 16S
rRNA của Vibrio neocaledonicus.
>NR_118432.1 Vibrio neocaledonicus strain NC470 16S ribosomal RNA, partial sequence
Trang 20ATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTATCTGAACCTTCGGGGAACGATAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATGATGCCTACGGGCCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAGGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTCGTGAGGAAGGTGGTGTAGTTAATAGCTGCATTATTTGACGTTAGCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACCTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAATAGCATTTGAAACTGGCAGACTAGAGTACTGTAGAGGGGGGTAGAATTTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGATACTGACACTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTGGAGGTTGTGGCTTGAGCCGTGGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTNTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTGTTTGCCAGCGAGTAATGTCGGGAACTCCAGGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACAGAGGGCGGCCAACTTGCGAAAGTGAGCGAATCCCAAAAAGTGCGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGCTGCAAAAGAAGTAGGTAGTTAACTTCGGGGGACG
Trang 21PHẦN 2 BÀI TẬP NHÓM SỐ 2
Bài 2: Blast và xác dịnh tên loài của mẫu F3
Bước 1: Chromas mẫu F3.
Hình 2.1 Chromas của mẫu F3.
Hình 2.2 Chromas của mẫu F3 ở những nu cuối.
Trang 22Hình 2.3 Bước 2.
Bước 2: File Export… để chuyển đoạn gene của mẫu F3 thành các
chữ cái A, T, G, C
Bước 3: Chỉnh type của tệp cần lưu là Fomatted Text, chỉnh Bases pẻ
Block là 100 và lưu mẫu F3
17
Trang 23Hình 2.5 Tìm cắt các đoạn nhiễu trên Chromas
Bước 4: Cắt các đoạn gene có N, cắt từ N 5 nu trở lên.
Chú ý: Cắt càng ít nu tỷ lệ xác định loài và chi của mẫu sẽ càng dễ
và rõ ràng hơn.
>Mẫu F3 sau khi đã cắt các đoạn nhiễu
GGGACGATAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATGATGCCTACGGGCCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAGGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTCGTGAGGAAGGTAGTGTAGTTAATAGCTGCATTATTTGACGTTAGCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAG
Trang 24Bước 5: Vào trang Blast, tiến hành tìm kiếm, xác định loài cho mẫu.
Nhập đoạn DNA đã cắt đoạn nhiễu vào Enter accession number(s),
gi(s), or FASTA sequence(s), đến cuối trang chọn Blast để tìm loài.
Hình 2.6 Trang Blast.
Trang 25Hình 2.8 Kết quả sau khi Blast.
Trang 26Bước 1: Vào Mega11, Chọn ALIGN Edit/ Build Alignment Create anew aliment OK DNA,
Bước 2: Chọn Edit Insert Sequence From File Chọn file text chứa
cả các DNA của vi khuẩn ở bài 1 và DNA của mẫu F3 ở bài 2
Hình 3.1 Bước 1.
Trang 27Hình 3.3 Trình tự của các accession number và mẫu F3.
Bước 3: Chọn W Align DNA Tại Matrix chọn ClustaIW(1.6) OK
Bước 4: Data Export Alignment MEGA Format và lưu lại file dướidạng meg
Hình 3.4 Bước 3.
Hình 3.5 DNA sau Align.
Trang 28Hình 3.6 Bước 4.
Bước 5: Chọn PHYLOGENI Construct/ Test neighbor-Joining Tree…Chọn File đã lưu ở bước 4 Sau khi xuất hiện một hộp thoại PhyligenyReconstruction Tại Test of Phylogeny chọn Bootstrap method, ngaytại mục ở dưới chỉnh 1000 OK
Hình 3.7 Bước 5.
Trang 29Hình 3.8 Cây di truyền từ các accession number trên với mẫu F3.
Qua cây di truyền có thể thấy mẫu F3 nằm trong chi Vibrio, thuộc loài Vibrio sp như đã kết luận ở bài 2 Gần với Vibrio aliginolyticus và
Vibrio campbelli.