1. Trang chủ
  2. » Luận Văn - Báo Cáo

nhóm 10 báo cáo sinh tin học bài nhóm

29 0 0
Tài liệu đã được kiểm tra trùng lặp

Đang tải... (xem toàn văn)

Tài liệu hạn chế xem trước, để xem đầy đủ mời bạn chọn Tải xuống

THÔNG TIN TÀI LIỆU

Thông tin cơ bản

Định dạng
Số trang 29
Dung lượng 6,27 MB

Nội dung

BÀI TẬP NHÓM SỐ 1Bài 1: Cho biết các accession number của một phần trình tựgen 16S rRNA partial sequence of 16S rRNA của các loàisau: Vibrio parahaemolyticus; V.. Accession number của mộ

Trang 1

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

Ngành học: CÔNG NGHỆ SINH HỌC Nhóm sinh viên thực hiện: Nhóm 10

Giảng viên hướng dẫn: PGS.TS Nguyễn Bảo Quốc Niên khóa: 2021-2025

MÔN HỌC SINH TIN HỌCBÁO CÁO BÀI TẬP

Trang 2

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

Hướng dẫn khoa họcNhóm sinh viên thực hiện

PGS.TS Nguyễn Bảo Quốc21126546 – Châu Nguyên Huyền Trân

21126548 – Nguyễn Thị Bảo Trân

21126550 – Lê Thị Thùy Trang

MÔN HỌC SINH TIN HỌCBÁO CÁO THỰC HÀNH

Trang 3

MỤC LỤC

TrangMỤC LỤC i

DANH SÁCH HÌNH i

PHẦN 1 BÀI TẬP NHÓM SỐ 1 1

1.1 Các bước tìm accession number của một phần trình tự gen 16SrRNA 11.2 Kết quả của accession number của một phần trình tự gen 16SrRNA của các vi khuẩn 41.2.1 Accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA của

Trang 4

PHẦN 2 BÀI TẬP NHÓM SỐ 2 17

PHẦN 3 BÀI TẬP NHÓM SỐ 3 22

Trang 5

DANH SÁCH HÌNH

Hình 1.1 Trang NCBI 1

Hình 1.2 Nhập tên vi khuẩn cần tìm 2

Hình 1.3 FASTA 3

Hình 1.4 Accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA 4

Hình 2.1 Chromas của mẫu F3 17

Hình 2.2 Chromas của mẫu F3 ở những nu cuối 17

Hình 2.3 Bước 2 18

Hình 2.4 Lưu mẫu F3 dưới dạng văn bản 18

Hình 2.5 Tìm cắt các đoạn nhiễu trên Chromas 19

Hình 2.6 Trang Blast 20

Hình 2.7 Blast xác định loài cho mẫu 20

Hình 2.8 Kết quả sau khi Blast 21

Hình 3.1 Bước 1 22

Hình 3.2 Bước 2 22

Hình 3.3 Trình tự của các accession number và mẫu F3 23

Hình 3.4 Bước 3 23

Hình 3.5 DNA sau Align 23

Hình 3.6 Bước 4 24

Hình 3.7 Bước 5 24 Hình 3.8 Cây di truyền từ các accession number trên với mẫu F3.25

Trang 6

Hình 1.1 Trang NCBI.

PHẦN 1 BÀI TẬP NHÓM SỐ 1Bài 1: Cho biết các accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA (partial sequence of 16S rRNA) của các loài

sau: Vibrio parahaemolyticus; V Azureus; V natriegens; V.

alginolyticus; V rotiferianus; V harveyi; V Campbelli; V neocaledonicus; Photobacterium phosphoreum; V xuii; V gallicus

1.1 Các bước tìm accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA

Bước 1: Vào trang ncbi (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)

Trang 8

Hình 1.3 FASTA.

Hình 1.4 Accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA.

Bước 4: Copy phần gene đang hiển thị, ta được accession number

của một phần trình tự gen 16S rRNA của loài vi khuẩn cần

1.2 Kết quả của accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA của các vi khuẩn

1.2.1 Accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA

của Vibrio parahaemolyticus.

>NR_041838.1 Vibrio parahaemolyticus strain ATCC 17802 16S ribosomal RNA, partial sequence

AGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTATCTGAACCTTCGGGGAACGATAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATGATGCCTACGGGCCAAA

Trang 9

1.2.2 Accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA

của Vibrio azureus.

>NR_041683.1 Vibrio azureus strain LC2-005 16S ribosomal RNA, partial sequence

Trang 10

1.2.3 Accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA

của Vibrio natriegens.

>NR_026124.1 Vibrio natriegens NBRC 15636 = ATCC 14048

= DSM 759 16S ribosomal RNA, partial sequence

Trang 11

GAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTAACTGAACCTTCGGGGGACGTTAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATGATGCCTACGGGCCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAGGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTCGTGAGGAAGGTAGTGTAGTTAATAGCTGCATTATTTGACGTTAGCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAATAGCATTTGAAACTGGCAGACTAGAGTACTGTAGAGGGGGGTAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGATACTGACACTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTGGAGGTTGTGGCCTTGAGCCGTGGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGNCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTGTTTGCCAGCGAGTAATGTCGGGAACTCCAGGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACAGAGGGCGGCCAACTTGCGAAAGTGAGCGAATCCCAAAAAGTGCGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGCTGCAAAAGAAGTAGGTAGTTTAACTTCGGGGGGACGCTT

Trang 12

1.2.4 Accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA

Vibrio alginolyticus.

>NR_044825.2 Vibrio alginolyticus strain ATCC 17749 16S ribosomal RNA, partial sequence

AAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTAACTGGAACTTGGGAACGATAACGGCGTTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATAAGCTACGGGCCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAGGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTCGTGAGGAAGGTAGTGTAGTTAATAGCTGCATTATTTGACGTTAGCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAATAGCATTTGAAACTGGCAGACTAGAGTACTGTAGAGGGGGGTAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGATACTGACACTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTGGAGGTTGTGGCCTTGAGCCGTGGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAGGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTGTTTGCCAGCGAGTAATGTCGGGAACTCCAGGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACAGAGGGCAGCCAACTTGCGAGAGTGAGCGAATCCCAAAAAGTGCGTCGTAGTCCATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAAT

Trang 13

1.2.5 Accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA

của Photobacterium phosphoreum.

>NR_036823.1 Photobacterium phosphoreum strain Kluyver 16S ribosomal RNA, partial sequence

ATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGATGANAGCTTGCTNTCATGCTGACGAACGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTGGGAATATACCCTGATGTGGGGGATAACTATTGGAAACGATAGCTAATACCGCATAATCTCTTCGGAGCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATTAGCCCAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTTTCAGTTGTGAGGAAGGCGTTGGAGTTAATAGCTTCAGCGCTTGACGTTAGCAACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGTTCCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGCGGTCTGTTAAGCAAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAACAGCATTTTGAACTGGCAGACTAGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAAAGACTGACGCTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTGAAGGTTGTGGCCTTGAGCCGTGGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGAGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAATTCGCTAGAGATAGCTTAGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTGTTTGCCAGCACGTAATGGTGGGAACTCCAGGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAG

Trang 14

1.2.6 Accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA

của Vibrio xuii.

>NR_025478.1 Vibrio xuii strain R-15052 16S ribosomal RNA, partial sequence

ATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTCWCTGAACCTTCGGGGAACGTGAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTGGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATAATAGCTTCGGCTCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCCAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAGGGCTCACCAAGGCAACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTTTCAGCAGTGAGGAAGGTTCATACGTTAATAGCGTATGGATTTGACGTTAGCTGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAATTGCATTTGAAACTGGCAGACTAGAGTACTGTAGAGGGGGGTAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGATACTGACACTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTGGAGGTTGTGGCCTTGAGCCGTGGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGC

Trang 15

1.2.7 Accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA

của Vibrio gallicus.

>NR_025740.1 Vibrio gallicus strain HT 2-1 16S ribosomal RNA, partial sequence

GGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGACAACATTGACCCTTCGGGTGATTTGTTGGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTGGGTATATGCCTTGATGTGGGGGATAACTATTGGAAACGATAGCTAATACCGCATAATGCCTACGGGCCAAAGAGGGGGATCTTCGGACCTCTCGCGTCAAGATTAGCCCAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTTTCAGTCGTGAGGAAGGCGTTGTAGTTAATAGCTGCATCGTTTGACGTTAGCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAACCGCATTTGAAACTGGCAGGCTAGAGTACTGTAGAGGGGGGTAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCAGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGATACTGACACTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTG

Trang 16

1.2.8 Accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA

Vibrio rotiferianus.

>NR_042081.1 Vibrio rotiferianus CAIM 577 = LMG 21460 16S ribosomal RNA, partial sequence

ATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTATCTGAACCTTCGGGGAACGATAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATAATGCCTACGGGCCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTCGTGAGGAAGGTAGTGTAGTTAATAGCTGCATTATTTGACGTTAGCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGC

Trang 17

1.2.9 Accession number của một phần trình tự gen 16S rRNA

của Vibrio harvey.

>NR_043165.1 Vibrio harveyi strain NCIMB1280 16S ribosomal RNA, partial sequence

GCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTATCTGAACCTTCGGGGAACGATAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATAATACCTWCGGGTCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGC

Trang 18

1.2.10 Accession number của một phần trình tự gen 16S

rRNA Vibrio campbellii.

>NR_029222.1 Vibrio campbellii strain 40 16S ribosomal RNA, partial sequence

AAATTGAAGAGTTTGATCATGGCGCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTAACTGGAACTTGGGAACGATAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCACTTGGAAACGATGGCTAATACCGCATAATGCTACGG

Trang 19

1.2.11 Accession number của một phần trình tự gen 16S

rRNA của Vibrio neocaledonicus.

>NR_118432.1 Vibrio neocaledonicus strain NC470 16S ribosomal RNA, partial sequence

Trang 20

ATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTATCTGAACCTTCGGGGAACGATAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATGATGCCTACGGGCCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAGGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTCGTGAGGAAGGTGGTGTAGTTAATAGCTGCATTATTTGACGTTAGCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACCTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAATAGCATTTGAAACTGGCAGACTAGAGTACTGTAGAGGGGGGTAGAATTTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGATACTGACACTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTGGAGGTTGTGGCTTGAGCCGTGGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTNTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTGTTTGCCAGCGAGTAATGTCGGGAACTCCAGGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACAGAGGGCGGCCAACTTGCGAAAGTGAGCGAATCCCAAAAAGTGCGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGCTGCAAAAGAAGTAGGTAGTTAACTTCGGGGGACG

Trang 21

PHẦN 2 BÀI TẬP NHÓM SỐ 2

Bài 2: Blast và xác dịnh tên loài của mẫu F3

Bước 1: Chromas mẫu F3.

Hình 2.1 Chromas của mẫu F3.

Hình 2.2 Chromas của mẫu F3 ở những nu cuối.

Trang 22

Hình 2.3 Bước 2.

Bước 2: File  Export… để chuyển đoạn gene của mẫu F3 thành các

chữ cái A, T, G, C

Bước 3: Chỉnh type của tệp cần lưu là Fomatted Text, chỉnh Bases pẻ

Block là 100 và lưu mẫu F3

17

Trang 23

Hình 2.5 Tìm cắt các đoạn nhiễu trên Chromas

Bước 4: Cắt các đoạn gene có N, cắt từ N 5 nu trở lên.

Chú ý: Cắt càng ít nu tỷ lệ xác định loài và chi của mẫu sẽ càng dễ

và rõ ràng hơn.

>Mẫu F3 sau khi đã cắt các đoạn nhiễu

GGGACGATAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATGATGCCTACGGGCCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAGGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTCGTGAGGAAGGTAGTGTAGTTAATAGCTGCATTATTTGACGTTAGCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAG

Trang 24

Bước 5: Vào trang Blast, tiến hành tìm kiếm, xác định loài cho mẫu.

Nhập đoạn DNA đã cắt đoạn nhiễu vào Enter accession number(s),

gi(s), or FASTA sequence(s), đến cuối trang chọn Blast để tìm loài.

Hình 2.6 Trang Blast.

Trang 25

Hình 2.8 Kết quả sau khi Blast.

Trang 26

Bước 1: Vào Mega11, Chọn ALIGN  Edit/ Build Alignment  Create anew aliment  OK  DNA,

Bước 2: Chọn Edit  Insert Sequence From File  Chọn file text chứa

cả các DNA của vi khuẩn ở bài 1 và DNA của mẫu F3 ở bài 2

Hình 3.1 Bước 1.

Trang 27

Hình 3.3 Trình tự của các accession number và mẫu F3.

Bước 3: Chọn W  Align DNA Tại Matrix chọn ClustaIW(1.6)  OK

Bước 4: Data  Export Alignment  MEGA Format và lưu lại file dướidạng meg

Hình 3.4 Bước 3.

Hình 3.5 DNA sau Align.

Trang 28

Hình 3.6 Bước 4.

Bước 5: Chọn PHYLOGENI  Construct/ Test neighbor-Joining Tree…Chọn File đã lưu ở bước 4 Sau khi xuất hiện một hộp thoại PhyligenyReconstruction Tại Test of Phylogeny chọn Bootstrap method, ngaytại mục ở dưới chỉnh 1000  OK

Hình 3.7 Bước 5.

Trang 29

Hình 3.8 Cây di truyền từ các accession number trên với mẫu F3.

Qua cây di truyền có thể thấy mẫu F3 nằm trong chi Vibrio, thuộc loài Vibrio sp như đã kết luận ở bài 2 Gần với Vibrio aliginolyticus và

Vibrio campbelli.

Ngày đăng: 14/07/2024, 21:25

w