nhóm 4 báo cáo môn học sinh tin học thứ 3 ca 3

Trang 5 Bước 4: Xác định tên loài và lấy trình tự Sequence của gen đích bằng định dạngFASTA trong đó trình tự được viết sau dấu “>”.Kết quả: Accession number KP699121.1 là loài Bacillus

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINHKHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÁO CÁO BÀI TẬP MÔN HỌCSINH TIN HỌC

TP Hồ Chí Minh, tháng 06 năm 2024Ngành: Công nghệ Sinh học

Mã học phần: 211117Niên khóa: 2021 – 2025Danh sách nhóm 04:

2 Phạm Nhật Trường21126562DH21SHB

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINHKHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÁO CÁO BÀI TẬP MÔN HỌCSINH TIN HỌC

TP Hồ Chí Minh, tháng 06 năm 2024GVHD: PGS TS Nguyễn Bảo QuốcMã học phần: 211117

Câu 2 Blast và xác định tên loài của mẫu 11 12

Câu 3: Xây dựng cây di truyền các Accession number trên để khẳng định kết luận loài từ trình tự của mẫu 11 18

Câu 1: Lấy sequence từ các Accession numbers và cho biết tên loài của cácAccession numbers.

1.1 KP699121.1

Bước 1: Mở giao diện NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)

Tại mục All database: Chọn Gene và nhập tên Accession number là KP699121.1 và chọn vào Search để hiển thị kết quả.

Bước 2: Hiển thị kết quả và chọn vào kết quả tìm được ở phần màu xanh.

Bước 3: Chọn vào FASTA để lấy trình tự gen.

Bước 4: Xác định tên loài và lấy trình tự Sequence của gen đích bằng định dạng

FASTA trong đó trình tự được viết sau dấu “>”.

Kết quả: Accession number KP699121.1 là loài Bacillus subtilis và có trình tự:

KP699121.1 Bacillus subtilis strain GnzIII 16S ribosomal RNA gene, partialsequence

CTATACATGCAGTCGAGCGGACAGATGGGAGCTTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTTTGAACCGCATGGTTCAAACATAAAAGGTGGCTTTGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACCGTTCGAATAGGGCGGTACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGG

1.2 HF562894.1

Kết quả: Accession number HF562894.1 là loài Bacillus tequilensis và có trình tự:

HF562894.1 Bacillus tequilensis partial 16S rRNA gene, isolate S42TGCAAGTCGAGCGGACAGATGGGAGCTTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTTTGAACCGCATGGTTCAAACATAAAAGGTGGCTTTGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACCGTTCGAATAGGGCGGTACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGCCCGCACAGCGTGGAGCATGTGTTTATTCGAGCACGCGAGACTTACAGGTCT

1.3 KT273321.1

Kết quả: Accession number KT273321.1 là loài Bacillus pumilus và có trình tự:

KT273321.1 Bacillus pumilus strain AZ-1 16S ribosomal RNA gene, partial sequence

GGGAGCTTGCTCCCGGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAGTTCCTTGAACCGCATGGTTCAAGGATGAAAGACGGTTTCGGCTGTCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGGGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCGAGAGTAACTGCTCGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAACCCTAGAAATAGGGCTTTCCCTTCGGGGACAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCCTCAGCTCGGGCCGGGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAACGCAACCTTTGATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCCGGAGGAAGGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAGAACAAAGGGCT

1.4 KT216619.1

Kết quả: Accession number KT216619.1 là loài Bacillus vallismortis và có trình tự:

KT216619.1 Bacillus vallismortis strain DD007 16S ribosomal RNA gene, partial sequence

1.5 KR709243.1

Kết quả: Accession number KR709243.1 là loài Bacillus cereus và có trình tự:

KR709243.1 Bacillus cereus strain UBT4 16S ribosomal RNA gene, partial sequence

CGGCCAGTAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGACAGAAGGGAGCTTGCTCCCGGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAGTTCCTTGAACCGCATGGTTCAAGGATGAAAGACGGTTTCGGCTGTCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGGGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCGAGAGTAACTGCTCGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAAC

1.6 KP940383.1

Kết quả: Accession number KP940383.1 là loài Bacillus safensis và có trình tự:

KP940383.1 Bacillus safensis strain CCH3X 16S ribosomal RNA gene, partial sequence

1.7 KT719573.1

Kết quả: Accession number KT719573.1 là loài Bacillus infantis và có trình tự:

KT719573.1 Bacillus infantis strain MER_TA_169 16S ribosomal RNA gene, partial sequence

GTCGAGCGGACGGATGGGAGCTTGCTCCCTGAAGTCAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGCAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATGCACAGCCTCTCATGAGGCTATGCTGAAAGATGGTTTCGGCTATCACTTACAGATGGGCCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAC

1.8 HQ397586.1

Kết quả: Accession number HQ397586.1 là loài Bacillus firmus và có trình tự:

HQ397586.1 Bacillus firmus strain BSCS3 16S ribosomal RNA gene, partial sequence

ACATGCAGTCGAGCGGACGGATGGGAGCTTGCTCCCTGAAGTCAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGCAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATGCACAGCCTCTCATGAGGCTATGCTGAAAGATGGTTTCGGCTATCACTTACAGATGGGCCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGTCAGGGAAGAACAAGTGCCGGAGTAACTGCCGGCACCTTGACGGTACCTGACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCGGTCTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGCAGCAAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCTCCTGACAACCCTAGAGATAGGGCGTTCCCCTTCGGGGGACAGGATGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGATGGTACAAAGGGCTGCAAGACCGCGAGGTTAAGCGAATCCCATAAAACCATTCTCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGTGGGGT

1.9 KJ000207.1

Kết quả: Accession number KJ000207.1 là loài Bacillus thuringiensis và có trình tự:

KJ000207.1 Bacillus thuringiensis strain VKK-GA1 16S ribosomal RNA gene, partial sequence

1.10 KM041133.1

Kết quả: Accession number KM041133.1 là loài Bacillus drentensis và có trình tự:

KM041133.1 Bacillus drentensis strain G5C_0m_04 16S ribosomal RNA gene, partial sequence

TGCAGTCGAGCGGACGGATGGGAGCTTGCTCCCTGAAGTCAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGCAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATGCATAACCTCTCATGAGGTTATGCTGAAAGATGGTTTCGGCTATCACTTACAGATGGGCCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGTCAGGGAAGAACAAGTGCCGGAGTAACTGCCGGCACCTTGACGGTACCTGACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCGGTCTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGCAGCAAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAA

1.12 KP296232.1

Kết quả: Accession number KP296232.1 là loài Bacillus sonorensis và có trình tự:

KP296232.1 Bacillus sonorensis strain Na5RB-2 16S ribosomal RNA gene, partial sequence

ATGGGAGCTTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGCTTGATTGAACCGCATGGTTCAATTATAAAAGGTGGCTTTTAGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAG

1.13 EU833948.1

Kết quả: Accession number EU833948.1 là loài Pseudomonas putida và có trình tự:

EU833948.1 Pseudomonas putida strain FWC30 16S ribosomal RNA gene, partial sequence

GAGCTTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTTTGAACCGCATGGTTCAAACATAAAAGGTGGCTTYGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACCGTTCGAATAGGGCGGTACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCAT

GAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCCGTTCAAATAGGGCGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAATCCTAGAGATAGGACGTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAGAACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTTAAGCCAATCCCACAAATCTGTTCTCAGTTCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCACATGCCGGGGGGGAAAAAAACTTTCCCCGGGCCTTTGTACACACCGGCCCGTCACACCACGAAGAGTTTGTAACACCCCGAAGTCCGGTGAGGTAACCTTTTATGGAGCCAGCCGCCCGAAGGTGGGACAGATGATTGGGGTGATAG

1.17 KF419123.1

Kết quả: Accession number KF419123.1 là loài Bacillus megaterium và có trình tự:

KF419123.1 Bacillus megaterium strain QAP17 16S ribosomal RNA gene, partialsequence

CGTGCGCGCTATAATGCAAGTCGAGCGAACTGATTAGAAGCTTGCTTCTATGACGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGCAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGAAGCTAATACCGGATAGGATCTTCTCCTTCATGGGAGATGATTGAAAGATGGTTTCGGCTATCACTTACAGATGGGCCCGCGGTGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACGAGAGTAACTGCTCGTACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCGGTTTCT

1.18 KP706808.1

Kết quả: Accession number KP706808.1 là loài Bacillus aryabhattai và có trình tự:

KP706808.1 Bacillus aryabhattai strain SO4H51 16S ribosomal RNA gene, partial sequence

Câu 2 Blast và xác định tên loài của mẫu 11

Tải về bản MEGA X (64-bit) từ trang chính thức của MEGA 1 Để thực hiệnphân tích di truyền, phân tích chuỗi DNA, và thực hiện các phép tính liên quan đếntiến hóa Ngoài ra để đánh dấu gen hoặc vùng gen trên cây di truyền.

Bước 1: Mở phần mềm Mega, chọn Align, chọn Edit/Build Alignment Xuất hiệnhộp thoại Alignment Editor, chọn Create a new alignment (ở Select an Option), chọnbuilding DNA.

Bước 2: Ở Alignment Explorer chọn View/Edit trace data from DNA, chọn mẫuDNA, sau đó chọn Edit, copy/fasta format.

Bước 3: Ta thu được trình tự DNA và tiến hành cắt bớt đoạn nhiễu sóng ở haiđầu Copy trình tự DNA thu được.

NNNNGGNAGGGGACTGCTCCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTTTGAACCGCATGGTTCAAACATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACCGTTCGAATA

Bước 4: Tiến hành BLAST mẫu DNA trên NCBI BLAST, tìm kiếm NCBI

BLAST trên website (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) Chọn nucleotide

Bước 5: Dán trình tự vừa copy mẫu DNA vào Enter Query Sequence.

Bước 6: Kế tiếp ở mục Program Selection, chọn Highly similar sequences(Mega

blast) tùy vào đoạn trình tự DNA.

Bước 7: Xem kết quả Quan sát cột Scientific Name, kết quả cho ra phần lớn là

Bacillus subtilis, có xuất hiện một vài loài Bacillus khác Nếu chỉ xuất hiện một loài

thì xác định luôn tên loài, còn xuất hiện nhiều loài thì phải tiến hành vẽ cây di truyền.

Kết luận: Từ kết quả BLAST trên cho thấy trình tự gen của mẫu 11 tìm được

trong cơ sở dữ liệu có nhiều hơn 2 loài trong một chi Bacillus nên không thể xác địnhchính xác là một loài cụ thể nào Vì vậy, kết luận rằng mẫu 11 thuộc chi Bacillus(Bacillus sp.).

Câu 3: Xây dựng cây di truyền các Accession number trên để khẳng định kếtluận loài từ trình tự của mẫu 11

Bước 1: Truy cập NCBI, nhập các Accession number của những loài cần tìm.

Bước 2: Nhấp vào tên loài để lấy trình tự nucleotide.

Bước 3: Nhấp vào mục FASTA.

Bước 4: Copy toàn bộ trình tự của loài.

Bước 5: Tạo một file note hoặc word để dán hết tất cả các trình tự của các loài

mình muốn xây dựng cây di truyền.

Bước 6: Mở phần mềm Mega 11🡪 Chọn mục ALIGN

Bước 7: Chọn mục Edit/Build Alignment.

Bước 8: Chọn mục Create a new alignment 🡪 OK, chọn tiếp vào DNA.