tin sinh báo cáo môn học nhóm 15

XÁC ĐỊNH ACCESSION NUMBER CỦA MỘT PHẦN TRÌNH TỰ

Các bước tiến hành

Bước 1: Vào trình duyệt web, tìm kiếm trang web NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/).

Bước 2: Chỉnh bộ lọc là Gene, tìm kiếm tên loài theo yêu cầu và chọn vào thông tin tìm được.

Hình 1.1 Hình ảnh tiến hành bước 1.

Hình 1.2 Hình ảnh tiến hành bước 2.

Bước 3: Chọn FASTA để lấy Accession number và trình tự gene của loài.

Bước 4: Ta đã có được Accession number và trình tự gene như hình bên dưới.

Hình 1.3 Hình ảnh tiến hành bước 3.

Kết quả

Accession number: NR_041838.1 Trình tự gene:

AGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCA GTCGAGCGGAAACGAGTTATCTGAACCTTCGGGGAACGATAACGGCGTCGAC GCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCAT TGGAAACGATGGCTAATACCGCATGATGCCTACGGGCCAAAGAGGGGGACCT TCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGT AAGGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCA CACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAAT

Hình 1.5 Accession number và một phần trình tự gene 16S rRNA của Vibrio parahaemolyticus tìm được trên NCBI.

ATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTCGTGAGGAAGGCGGGTACGTTAATAGCGTATTCGTTTGACGTTAACGACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAATTGCATTTGAAACTGGCAGACTAGAGTGCTGTAGAGGGGGGTAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGATACTGACACTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTGGAGGTTGTGGCCTTGAGCCGTGGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTGTTTGCCAGCGAGTAATGTCGGGAACTCCAGGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACAGAGGGCAGCCAACTTGCGAAAGTGAGCGAATCCCAAAAAGTGCGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGCTGCAAAAGAAGTAGGTAGTTTAACCTTCGGGGGGACGCTTACCACTTTGTGGTTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACC

1.2.2 Accession number và một phần trình tự gene 16S rRNA của Vibrio azureus

Accession number: NR_041683.1 Trình tự gene:

GCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGG GGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATAACGCCTACGGGCCAAAG AGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTA GTTGGTGAGGTAAGGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGG ATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAG CAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTG TGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTCGTGAGGAAGGCAGT GTAGTTAATAGCGGCATTGTTTGACGTTAGCGACAGAAGAAGCACCGGCTAA

Hình 1.6 Accession number và một phần trình tự gene 16S rRNA của Vibrio azureus tìm được trên NCBI.

CTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATT ACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCG GGGCTCAACCTCGGAATAGCATTTGAAACTGGCAGACTAGAGTACTGTAGAG GGGGGTAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATA CCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGATACTGACACTCAGATGCGAAAGC GTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGT CTACTTGGAGGTTGTGGCCTTGAGCCGTGGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGT AGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGG GGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAAC CTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAACTTTTCAGAGATGGATTGGTGCCTTCG GGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGT TGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTGTTTGCCAGCGAGTAA TGTCGGGAACTCCAGGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGA CGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAAT GGCGCATACAGAGGGCAGCCAACTTGCGAAAGTGAGCGAATCCCAAAAAGT GCGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCG CTAGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTT

1.2.3 Accession number và một phần trình tự gene 16S rRNA của Vibrio natriegens

Accession number: NR_026124.1 Trình tự gene:

GAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAA GTCGAGCGGAAACGAGTTAACTGAACCTTCGGGGGACGTTAACGGCGTCGAG CGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACC ATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATGATGCCTACGGGCCAAAGAGGGGGAC CTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAG GTAAGGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGC CACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGA ATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAA GGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTCGTGAGGAAGGTAGTGTAGTTAATA GCTGCATTATTTGACGTTAGCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCA GCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTA AAGCGCATGCAGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACC TCGGAATAGCATTTGAAACTGGCAGACTAGAGTACTGTAGAGGGGGGTAGAA TTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCGGTGGCGA AGGCGGCCCCCTGGACAGATACTGACACTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAGCA AACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTGGAG GTTGTGGCCTTGAGCCGTGGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGTAGACCGCCTG GGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGNCCGCACA AGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACT CTTGACATCCAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTCTGA GACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGT CCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTGTTTGCCAGCGAGTAATGTCGGGAAC TCCAGGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAG TCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACA GAGGGCGGCCAACTTGCGAAAGTGAGCGAATCCCAAAAAGTGCGTCGTAGTC CGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGT GGATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGT

Hình 1.7 Accession number và một phần trình tự gene 16S rRNA của Vibrio natriegens tìm được trên NCBI.

1.2.4 Accession number và một phần trình tự gene 16S rRNA của Vibrio alginolyticus

Accession number: NR_044825.2 Trình tự gene:

AAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAAC ACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTAACTGGAACTTGGGAACGATAACGGC GTTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGG ATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATAAGCTACGGGCCAAAGAGGG GGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGG TGAGGTAAGGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGAT CAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTG GGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGA AGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTCGTGAGGAAGGTAGTGTAGT TAATAGCTGCATTATTTGACGTTAGCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCG

Hình 1.8 Accession number và một phần trình tự gene 16S rRNA của Vibrio alginolyticus tìm được trên NCBI.

TGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAATAGCATTTGAAACTGGCAGACTAGAGTACTGTAGAGGGGGGTAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGATACTGACACTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTGGAGGTTGTGGCCTTGAGCCGTGGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAGGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTGTTTGCCAGCGAGTAATGTCGGGAACTCCAGGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACAGAGGGCAGCCAACTTGCGAGAGTGAGCGAATCCCAAAAAGTGCGTCGTAGTCCATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGCTGCAAAAGAAGTAGGTAGTTTCAACTACGGGAGGACAGCCTACCACTTTGTGGT

1.2.5 Accession number và một phần trình tự gene 16S rRNA của Vibrio rotiferianus

Accession number: NR_042081.1 Trình tự gene:

ATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTA TCTGAACCTTCGGGGAACGATAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAAT GCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAAT ACCGCATAATGCCTACGGGCCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCA GGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGC GACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACA CGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGC AAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAG CACTTTCAGTCGTGAGGAAGGTAGTGTAGTTAATAGCTGCATTATTTGACGTT AGCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGG

Hình 1.9 Accession number và một phần trình tự gene 16S rRNA của Vibrio rotiferianus tìm được trên NCBI.

AGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAATTGCATTTGAAACTGGCAGACTAGAGTACTGTAGAGGGGGGTAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGATACTGACACTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTGGAGGTTGTGGCCTTGAGCCGTGGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTGTTTGCCAGCGAGTAATGTCGGGAACTCCAGGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACAGAGGGCAGCCAACTTGCGAGAGTGAGCGAATCCCAAAAAGTGCGTCGTAGTCCGGATCGGAGTCTGCAACTCGACTCCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGCTGCAAAAGAAGTAGGTAGTTTAACCTTCGGGAGGACGCTTACCACTTTGTGGTTCATGAC

1.2.6 Accession number và một phần trình tự gene 16S rRNA của Vibrio harveyi

Accession number: NR_043165.1 Trình tự gene:

GCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTATCTGAACCTTCGGGGAAC GATAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTG ATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATAATACCTWCGG GTCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGA TT

Hình 1.10 Accession number và một phần trình tự gene 16S rRNA của Vibrio harveyi tìm được trên NCBI.

AGTGTAGTTAATAGCTGCATTATTTGACGTTAGCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAATAGCATTTGAAACTGGCAGACTAGAGTACTGTAGAGGGGGGTAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGATACTGACACTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTGGAGGTTGTGGCCTTGAGCCGTGGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTGTTTGCCAGCACTTCGGGTGGGAACTCCAGGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACAGAGGGCGGCCAACTTGCGAGAGTGAGCGAATCCCAAAAAGTGCGTCGTAGTCCGGATCGGAGTCTGCAACTCGACTCCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGCTGCAAAAGAAGTAGGTAGTTTAACCTTCGGGAGGACGCTTACCACTT

Accession number: NR_029222.1 Trình tự gene:

AAATTGAAGAGTTTGATCATGGCGCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAAC ACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTAACTGGAACTTGGGAACGATAACGGC GTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGG ATAACCACTTGGAAACGATGGCTAATACCGCATAATGCTACGGGCCAAAGAG GG

GGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGG TGAGGTAAGGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGAT CAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTAGAGGAGGCAGCAGTG GGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGA AGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTCGTGAGGAAGGTAGTGTAGT TAATAGCTGCATTATTTGACGTTAGCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCG TGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGG GCGTAAAGCGCATGCAGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCT CAACCTCGGAATTGCATTTGAAACTGGCAGACTAGAGTACTGTAGAGGGGGG TAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCGGT GGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGATACTGACACTCAGATGCGAAAGCGTGGG GAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACT TGGAGGTTGTGGCCTTGAGCCGTGGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGTAGACC GCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCC GCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAGGCAACGCGAAGAACCTTAC CTACTCTTGACATCCAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCTTCGGGAACT CTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTT AAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTGTTTGCCAGCGAGTAATGTCGG GAACTCCAGGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGACGACGT CAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCA TACAGAGGGCAGCCAACTTGCGAGAGTGAGCGAATCCCAAAAAGTGCGTCGT AGTCCATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCG

Hình 1.11 Accession number và một phần trình tự gene 16S rRNA của Vibrio campbellii tìm được trên NCBI.

1.2.8 Accession number và một phần trình tự gene 16S rRNA của Vibrio neocaledonicus

Accession number: NR_118432.1 Trình tự gene:

ATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTATCTGAACCTTCGGGGAACGATAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATGATGCCTACGGGCCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAGGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTCGTGAGGAAGGTGGTGTAGTTAATAGCTGCATTATTTGACGTTAGCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACCTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAATAGCATTTGAAACTGGCAGACTAGAGTACTGTAGAGGGGGGTAGAATTTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGATACTGACACTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTGGAGGTTGTGGCTTGAGCCGTGGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTNTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTGTTTGCCAGCGAGTAATGTCGGGAACTCCAGGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACAGAGGGCGGCCAACTTGCGAAAGTGAGCGAATCCCAAAAAGTGCGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACA

1.2.9 Accession number và một phần trình tự gene 16S rRNA của Photobacterium phosphoreum

Accession number: NR_036823.1 Trình tự gene:

ATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGATGANAGCTTGCTNTCATGCTGACGAACGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTGGGAATATACCCTGATGTGGGGGATAACTATTGGAAACGATAGCTAATACCGCATAATCTCTTCGGAGCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATTAGCCCAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTTTCAGTTGTGAGGAAGGCGTTGGAGTTAATAGCTTCAGCGCTTGACGTTAGCAACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGTTCCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGCGGTCTGTTAAGCAAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAACAGCATTTTGAACTGGCAGACTAGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAAAGACTGACGCTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTGAAGGTTGTGGCCTTGAGCCGTGGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGAGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAATTCGCTAGAGATAGCTTAGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTGTTTGCCAGCACGTAATGGTGGGAACTCCAGGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTAGAATGGCGTATAGAGAGGGCTGCAAGCTAGCGATAGTGAGCGAATCCGAGAAAGTACGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGAATCAGAATGTCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGCTGCACCAGAA

1.2.10 Accession number và một phần trình tự gene 16S rRNA của Vibrio xuii

Accession number: NR_025478.1 Trình tự gene:

ATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTC WCTGAACCTTCGGGGAACGTGAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAA TGCCTGGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAA TACCGCATAATAGCTTCGGCTCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTC AGG

ATATGCCCAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAGGGCTCACCAAGGCAA CGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACG GTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAA GCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTA CT

TTCAGCAGTGAGGAAGGTTCATACGTTAATAGCGTATGGATTTGACGTTAGCT GCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGG GTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGTGGTTTGT TAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAATTGCATTTGAAACTG GC

AGACTAGAGTACTGTAGAGGGGGGTAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGATACTGACACTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTGGAGGTTGTGGCCTTGAGCCGTGGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTGTTTGCCAGCGAGTAATGTCGGGAACTCCAGGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACAGAGGGCGGCCAACTTGCGAGAGTG

1.2.11 Accession number và một phần trình tự gene 16S rRNA của Vibrio gallicus

Accession number: NR_025740.1 Trình tự gene:

GGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGACAACATTGACCCTTCGGGTGATTTGTTGGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTGGGTATATGCCTTGATGTGGGGGATAACTATTGGAAACGATAGCTAATACCGCATAATGCCTACGGGCCAAAGAGGGGGATCTTCGGACCTCTCGCGTCAAGATTAGCCCAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTTTCAGTCGTGAGGAAGGCGTTGTAGTTAATAGCTGCATCGTTTGACGTTAGCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAACCGCATTTGAAACTGGCAGGCTAGAGTACTGTAGAGGGGGGTAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCAGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGATACTGACACTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTGGAGGTTGTGGCCTTGAGCCGTGGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAATTCGCTAGAGATAGCTTAGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCCTTGTTTGCCAGCACGTAATGGTGGGAACTCCAGGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACAGAGGGCGGCGAGCCAGCGATGGTGAGCGAATCCCAAAAAGTGCGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGAATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGCTGCAAAAGA

Kết luận

STT Tên loài Accession Number

BLAST VÀ XÁC ĐỊNH TÊN LOÀI CỦA MẪU F8 ĐƯỢC CUNG CẤP

Các bước tiến hành

Bước 1: Tải mẫu dữ liệu F8 được giảng viên cung cấp.

Bước 2: Tải phần mềm Chromas và mở tệp F8 vừa tải.

Hình 2.1 Hình ảnh tiến hành bước 1.

Bước 3: Chọn Export, cửa sổ Export xuất hiện, tại Save as type chọn Formatted Text và ấn Save để lưu dữ liệu F8 dưới dạng text.

Hình 2.4 Trình tự gene của mẫu F8 sau khi chuyển đổi dữ liệu.

Hình 2.3 Chuyển dữ liệu F8 sang dạng text.

Bước 4: Loại bỏ những đoạn nhiễu ở 2 đầu trình tự của mẫu F8

Hình 2.6 Trình tự sau khi loại bỏ đoạn nhiễu.

Bước 5: Vào trình duyệt web, truy cập trang BLAST và tiến hành chạy đoạn trình tự.

Kết luận

Từ kết quả Blast, cho thấy có rất nhiều loài Vibrio khác nhau nên chỉ có thể kết luận mẫu F8 thuộc chi Vibrio sp.

Hình 2.8 Kết quả sau khi BLAST.

XÂY DỰNG CÂY DI TRUYỀN VÀ KHẲNG ĐỊNH KẾT LUẬN LOÀI CỦA MẪU F8

Các bước tiến hành

Bước 1: Vào megaX -> chọn Align -> chọn Edit/build alignment -> chọn Create a new alignment -> chọn OK -> chọn DNA.

Bước 2: Chọn edit -> chọn insert sequence from file -> chọn file trình tự gen có chứa gen của các loại vi khuẩn trước cùng với mẫu -> xóa dòng cuối.

Bước 3: Vào W -> chọn Align DNA -> hộp thoại clustalW options xuất hiện -> chọn matrix, tại DNA Weight Matrix -> chọn clustalW (1.6) -> chọn OK.

Hình 3.2 Hình ảnh tiến hành bước 2.

Hình 3.3 Hình ảnh tiến hành bước 3.

Bước 4: Vào Data -> Export Alignment -> Mega Format -> nhập Input title of the data -> chọn OK -> chọn Yes.

Hình 3.4 Kết quả sau buốc 3.

Hình 3.6 Hình ảnh tiến hành bước 5.

Kết quả

Hình 3.7 Construct/ test maximum parsimony tree.

Hình 3.8 Construct/ test minimum - evolution tree.

Hình 3.9 Construct/ test neighbor - joining tree -> traditional -> curved.

Hình 3.10 Construct/ test neighbor-joining tree -> traditional -> straight.