báo cáo bài tập môn học nhóm 13

XÁC ĐỊNH ACCESSION NUMBER CỦA MỘT PHẦN TRÌNH TỰ GEN 16SRNA CỦA CÁC LOÀI...1 1.1... XÁC ĐỊNH ACCESSION NUMBER CỦA MỘT PHẦN TRÌNH TỰ GEN 16SRNA CỦA CÁC LOÀI1.1.. Phương pháp thực hiện Các

Trang 1

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÀI TẬP MÔN HỌC

Ngành học : CÔNG NGHỆ SINH HỌC Chuyên ngành : CÔNG NGHỆ SINH HỌC

Môn học : SINH TIN HỌC

Nhóm thực hiện : NHÓM 13- THỨ 3- CA 3 Niên khóa : 2021-2025

TP Thủ Đức, 05/2024

Trang 2

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÀI TẬP MÔN HỌC

SINH TIN HỌC

Giảng viên hướng dẫn: PGS TS NGUYỄN BẢO QUỐC

Sinh viên thực hiện:

STT Mã số sinh viên Họ và tên Chữ ký

1 21126037 Huỳnh Ngọc Thùy Dương

2 21126413 Dương Võ Phương Ngân

3 21126482 Đặng Thị Bảo Quyên

Trang 3

TP Thủ Đức, 05/2024

Trang 4

MỤC LỤC

Trang

MỤC LỤC i

PHẦN 1 XÁC ĐỊNH ACCESSION NUMBER CỦA MỘT PHẦN TRÌNH TỰ GEN 16SRNA CỦA CÁC LOÀI 1

1.1 Vật liệu 1

1.2 Phương pháp thực hiện 1

1.3 Kết quả 3

PHẦN 2 BLAST VÀ XÁC ĐỊNH TÊN LOÀI MẪU F6 11

2.1 Vật liệu 11

2.3 Kết quả 15

PHẦN 3 XÂY DỰNG CÂY DI TRUYỀN TỪ CÁC ACCESSION NUMBER VỚI MẪU F6 17

3.1 Vật liệu 17

3.3 Kết quả 21

Trang 5

PHẦN 1 XÁC ĐỊNH ACCESSION NUMBER CỦA MỘT PHẦN TRÌNH TỰ GEN 16SRNA CỦA CÁC LOÀI

1.1 Vật liệu

1.2 Phương pháp thực hiện

Các loài Vibrio parahaemolyticus; V Azureus; V natriegens; V alginolyticus; V.

rotiferianus; V harveyi; V Campbelli; V neocaledonicus; Photobacterium phosphoreum; V xuii; V gallicus.

Kết hợp sử dụng các cơ sở dữ liệu sinh học lớn trên thế giới và các công cụ tìm kiếm, bao gồm:

-Cơ sở dữ liệu NCBI – National Center for Biotechnology Information http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Các bước tiến hành

Bước 1: Vào trang NCBI, ở mục dữ liệu chọn Nucleotide sau đó nhập tên loài vi khuẩn

cần tìm: Vibrio parahaemolyticus 16S rRNA sau đó nhấn Search.

Trang 6

Bước 2: Sau khi tìm kiếm, xuất hiện thông tin về vi khuẩn.

Bước 3: Nhấn FASTA để lấy trình tự

Thông tin về trình tự của vi khuẩn xuất hiện.

Bước 4: Sao chép trình tự và dán vào word.

Trang 7

Bước 5: Làm tương tự với 10 loài vi khuẩn còn lại.

1.3 Kết quả

>NR_041838.1 Vibrio parahaemolyticus strain ATCC 17802

AGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTATCTGAACCTTCGGGGAACGATAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATGATGCCTACGGGCCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAGGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTCGTGAGGAAGGCGGGTACGTTAATAGCGTATTCGTTTGACGTTAACGACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAATTGCATTTGAAACTGGCAGACTAGAGTGCTGTAGAGGGGGGTAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGATACTGACACTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTGGGGTTGTGGCCTTGAGCCGTGGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTGTTTGCCAGCGAGTAATGTCGGGAACTCCAGGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACAGAGGGCAGCCAACTTGCGAAAGTGAGCGAATCCCAAAAAGTGCGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGCTGCAAAAGAAGTAGGTAGTTTAACCTTCGGGGGGACGCTTACCACTTTGTGGTTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACC

>NR_041683.1 Vibrio azureus strain LC2-005

GCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATAACGCCTACGGGCCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAGGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGC

Trang 8

>NR_026124.1 Vibrio natriegens NBRC 15636 = ATCC 14048 = DSM 759

GAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTAACTGAACCTTCGGGGGACGTTAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATGATGCCTACGGGCCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAGGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTCGTGAGGAAGGTAGTGTAGTTAATAGCTGCATTATTTGACGTTAGCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAATAGCATTTGAAACTGGCAGACTAGAGTACTGTAGAGGGGGGTAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGATACTGACACTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTGGAGGTTGTGGCCTTGAGCCGTGGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGNCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTCTGAGAC

Trang 9

>NR_044825.2 Vibrio alginolyticus strain ATCC 17749

AAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTAACTGGAACTTGGGAACGATAACGGCGTTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATAAGCTACGGGCCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAGGGCTCACCAA

GGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTCGTGAGGAAGGTAGTGTAGTTAATAGCTGCATTATTTGACGTTAGCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAATAGCATTTGAAACTGGCAGACTAGAGTACTGTAGAGGGGGGTAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGATACTGACACTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTGGAGGTTGTGGCCTTGAGCCGTGGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAGGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTGTTTGCCAGCGAGTAATGTCGGGAACTCCAGGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACAGAGGGCAGCCAACTTGCGAGAGTGAGCGAATCCCAAAAAGTGCGTCGTAGTCCATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGCTGCAAAAGAAGTAGGTAGTTTCAACTACGGGAGGACAGCCTACCACTTTGTGGT

>NR_042081.1 Vibrio rotiferianus CAIM 577 = LMG 21460

Trang 10

>NR_043165.1 Vibrio harveyi strain NCIMB1280

GCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTATCTGAACCTTCGGGGAACGATAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATAATACCTWCGGGTCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTCGTGAGGAAGGTAGTGTAGTTAATAGCTGCATTATTTGACGTTAGCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGTGGTT

Trang 11

>MH315872.1 Vibrio campbellii strain DSM 19270

CGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTGTTTGCCAGCGAGTAATGTCGGGAACTCCAGGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACAGAGGGCAGCCAACTTGCGAGAGTGAGCGAATCCCAAAAAGTGCGTCGTAGTCCGGATCGGAGTCTGCAACTCGACTCCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGCTGCAAAAGAAGTAGGTAGTTTAACCTTCGGGAGGACGCTTA

>NR_118432.1 Vibrio neocaledonicus strain NC470

ATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTATCTGAACCTTCGGGGAACGATAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATGATGCCTACGGGCCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAGGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTCGTGAGGAAGGTGGTGTAGTTAATAGCTGCATTATTTGACGTTAGCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACCTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAAT

Trang 12

>NR_036823.1 Photobacterium phosphoreum strain Kluyver

ATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGATGANAGCTTGCTNTCATGCTGACGAACGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTGGGAATATACCCTGATGTGGGGGATAACTATTGGAAACGATAGCTAATACCGCATAATCTCTTCGGAGCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATTAGCCCAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTTTCAGTTGTGAGGAAGGCGTTGGAGTTAATAGCTTCAGCGCTTGACGTTAGCAACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGTTCCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGCGGTCTGTTAAGCAAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAACAGCATTTTGAACTGGCAGACTAGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAAAGACTGACGCTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTGAAGGTTGTGGCCTTGAGCCGTGGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGAGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAATTCGCTAGAGATAGCTTAGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTGTTTGCCAGCACGTAATGGTGGGAACTCCAGGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTC

Trang 13

>NR_025478.1 Vibrio xuii strain R-15052

ATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGAGTTCWCTGAACCTTCGGGGAACGTGAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTGGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATAATAGCTTCGGCTCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCCAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAGGGCTCACCAAGGCAACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTTTCAGCAGTGAGGAAGGTTCATACGTTAATAGCGTATGGATTTGACGTTAGCTGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAATTGCATTTGAAACTGGCAGACTAGAGTACTGTAGAGGGGGGTAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGATACTGACACTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTGGAGGTTGTGGCCTTGAGCCGTGGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTGTTTGCCAGCGAGTAATGTCGGGAACTCCAGGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACAGAGGGCGGCCAACTTGCGAGAGTGAGCGAATCCCAAAAAGTGCGTCGTAGTCCGGATCGGAGTCTGCAACTCGACTCCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGCTGCAAAAGAAGTAGGTAGTTTAACCTT

>NR_025740.1 Vibrio gallicus strain HT 2-1

GGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGACAACATTGACCCTTCGGGTGATTTGTTGGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTGGGTATATGCCTTGATGTGGGGGATAACTATTGGAAACGATAGCTAATACCGCATAATGCCTACGGGCCAAAGAGGGGGATCTTCGGACCTCTCGCGTCAAGATTAGCCCAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAG

Trang 14

PHẦN 2 BLAST VÀ XÁC ĐỊNH TÊN LOÀI MẪU F6

Trang 15

-Phần mềm Chromas

Bước 1: Mở phần mềm Chromas Nhấn Open và chọn file Mẫu F6 Nhấn OK.

Bước 2: Chọn File ->Export -> Ở mục Save as type chọn Formatted Text.

Trang 16

Bước 3: Đối chiếu trình tự peak trên chromas, loại bỏ các trình tự nhiễu Từ đầu 5’ cắt 45

Trang 17

Bước 5: Dán trình tự đã cắt vào Enter accession number Nhấn BLAST.

2.3 Kết quả

Kết quả ở Descriptions

Trang 18

Kết quả ở Graphic Summary

Trang 19

Kết quả ở Alignments

Từ các kết quả đã Blast ở trên cho thấy trình tự mẫu F6 tương đồng với nhiều loài

thuộc Vibrio sp., với kết quả E-value = 0 Vì vậy chỉ có thể kết luận mẫu F6 là thuộc chi

Vibrio (Vibrio sp.) không thể xác định cụ thể tên loài Để xác định một cách cụ thể cần

tiến hành vẽ cây phân nhánh di truyền.

PHẦN 3 XÂY DỰNG CÂY DI TRUYỀN TỪ CÁC

ACCESSION NUMBER VỚI MẪU F6

Trang 20

Bước 1: Dán trình tự đã cắt ở Phần 2 vào mục đã lưu 11 loài vi khuẩn.

Bước 2: Mở giao diện Mega Nhấn Align->Edit/Build Alignment Bước 3: Chọn Create a new alignment và nhấn OK.

Trang 21

Bước 4: Chọn DNA.

Bước 5: Chọn Edit->Insert Sequence From File.

Bước 6: Chọn mục đã lưu 12 loài.

Bước 7: Chọn Sequence 1 Nhấn Delete.

Bước 8: Chọn Align selected by codons using the ClustalW algorithm và nhấn Align DNA Nhấn OK.

Trang 22

Bước 9: Ở mục DNA Weight Matrix chọn ClustalW (1.6) Nhấn OK.

Bước 10: Chọn Data -> Export Alignment -> MEGA Format Đặt tên file để lưu dữ liệu.

Trang 23

Bước 11: Chọn Phylogeny -> Construct/Test Neighbor-Joining Tree.

Bước 12: Ở mục Test of Phylogeny chọn Bootstrap method Ở mục No of Bootstrap Replications chọn 1000 Nhấn OK.

3.3 Kết quả

Test Maximum Likelihood Tree: Ở phương pháp này không vẽ được cây phân nhánh di truyền.

Trang 24

Test Neighbor-Joining Tree

NR 118432.1 Vibrio neocaledonicus strain NC470 MAU F6

NR 026124.1 Vibrio natriegens NBRC 15636 = ATCC 14048 = DSM 759

NR 044825.2 Vibrio alginolyticus strain ATCC 17749

NR 041683.1 Vibrio azureus strain LC2-005

NR 041838.1 Vibrio parahaemolyticus strain ATCC 17802

NR 025478.1 Vibrio xuii strain R-15052

NR 036823.1 Photobacterium phosphoreum strain Kluyver

NR 025740.1 Vibrio gallicus strain HT 2-1 MH315872.1 Vibrio campbellii strain DSM 19270

NR 042081.1 Vibrio rotiferianus CAIM 577 = LMG 21460

NR 043165.1 Vibrio harveyi strain NCIMB1280

100 100 98

58 87

45

35

17

42

Test Minimum-Evolution Tree

NR 044825.2 Vibrio alginolyticus strain ATCC 17749 MAU F6

NR 118432.1 Vibrio neocaledonicus strain NC470

NR 026124.1 Vibrio natriegens NBRC 15636 = ATCC 14048 = DSM 759

NR 025740.1 Vibrio gallicus strain HT 2-1 MH315872.1 Vibrio campbellii strain DSM 19270

NR 042081.1 Vibrio rotiferianus CAIM 577 = LMG 21460

100 100 95 63

44 68

86 53

62

Trang 25

Test UPGMA Tree

NR 026124.1 Vibrio natriegens NBRC 15636 = ATCC 14048 = DSM 759 MAU F6

NR 025740.1 Vibrio gallicus strain HT 2-1

NR 042081.1 Vibrio rotiferianus CAIM 577 = LMG 21460 MH315872.1 Vibrio campbellii strain DSM 19270

Test Maximum Parsimony Tree

NR 026124.1 Vibrio natriegens NBRC 15636 = ATCC 14048 = DSM 759 MAU F6

NR 042081.1 Vibrio rotiferianus CAIM 577 = LMG 21460 MH315872.1 Vibrio campbellii strain DSM 19270

NR 025740.1 Vibrio gallicus strain HT 2-1

52

96 97

14

12 23 47

Tiêu đề	Xác định Accession number của một phần trình tự gen 16SrRNA của các loài
Tác giả	Huỳnh Ngọc Thùy Dương, Dương Võ Phương Ngân, Đặng Thị Bảo Quyên
Người hướng dẫn	PGS. TS. NGUYỄN BẢO QUỐC
Trường học	Trường Đại học Nông Lâm Thành phố Hồ Chí Minh
Chuyên ngành	Sinh Tin Học
Thể loại	Bài tập môn học
Năm xuất bản	2024
Thành phố	TP. Thủ Đức

Định dạng
Số trang	29
Dung lượng	4,26 MB