bài tập môn học

Trang 1 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠOTRƯỜNG ĐẠI HỌC NƠNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINHKHOA KHOA HỌC SINH HỌCBÁO CÁO THỰC HÀNH THỰC HÀNH SINH TIN HỌCNgành học: Công nghệ sinh họcMôn học: TH sinh tin

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÁO CÁO THỰC HÀNH

THỰC HÀNH SINH TIN HỌC

Ngành học : Công nghệ sinh học Môn học : TH sinh tin học Năm học : 2024-2025

TP Thủ Đức, 5/2024

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÁO CÁO THỰC HÀNH

THỰC HÀNH SINH TIN HỌC

Hướng Dẫn Khoa Học Sinh Viên Thực Hiện

MỤC LỤC

MỤC LỤC i

MỤC LỤC HÌNH ẢNH ii

BÀI 1: CHO BIẾT CÁC ACCESSION NUMBER CỦA MỘT PHẦN TRÌNH TỰ GEN 16S rRNA (PARTIAL SEQUENCE OF 16S rRNA) CỦA CÁC LOÀI SAU: VIBRIO PARAHAEMOLYTICUS; V AZUREUS; V NATRIEGENS; V ALGINOLYTICUS; V ROTIFERIANUS; V HARVEYI; V CAMPBELLII; V NEOCALEDONICUS; PHOTOBACTERIUM PHOSPHOREUM; V XUII; V GALLICUS 3

1.1 Quy trình thực hiện 3

1.2 Kết quả 5

BÀI 2: BLAST VÀ XÁC ĐỊNH TÊN LOÀI CỦA MẪU F7 6

2.1 Quy trình thực hiện 6

2.2 Kết quả 11

2.3 Kết luận 15

BÀI 3: XÂY DỰNG CÂY DI TRUYỀN TỪ CÁC ACCESSION NUMBER TRÊN VỚI MẪU F7 ĐỂ KHẲNG ĐỊNH KẾT LUẬN LOÀI TỪ TRÌNH TỰ MẪU F7 16 3.1 Quy trình thực hiện 16

3.2 Kết quả 24

MỤC LỤC HÌNH ẢNH

Hình 3.1 Hình cây di truyền dạng Maximum Parsimony Tree 24

BÀI 1: CHO BIẾT CÁC ACCESSION NUMBER CỦA MỘT PHẦN TRÌNH TỰ GEN 16S rRNA (PARTIAL SEQUENCE OF

16S rRNA) CỦA CÁC LOÀI SAU:

VIBRIO PARAHAEMOLYTICUS; V AZUREUS; V.

NATRIEGENS; V ALGINOLYTICUS; V ROTIFERIANUS; V HARVEYI; V CAMPBELLII; V NEOCALEDONICUS; PHOTOBACTERIUM PHOSPHOREUM; V XUII; V.

GALLICUS

1.1 Quy trình thực hiện

Bước 1: Truy cập NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)

Bước 2: Sao chép từng tên loài vào thanh tìm kiếm sau đó thêm 16S rRNA và nhấn Search

Bước 3: Sao chép accession number và dán vào word.

1.2 Kết quả

NR_041838.1 (Vibrio parahaemolyticus)NR_041683.1 (Vibro azureus)

NR_025740.1 (Vibrio gallicus)

BÀI 2: BLAST VÀ XÁC ĐỊNH TÊN LOÀI CỦA MẪU F7

2.1 Quy trình thực hiện

Bước 1: Tải phần mềm Chromas và trình tự gene của mẫu F7

Bước 2: Mở phần mềm Chromas  chọn Open Mở trình tự mẫu F7 vừa tải

Bước 2: Chọn Edit  Copy sequence  Plain Text để copy trình tự gene của mẫu F7 dán trình tự mẫu F7 vào 1 file.text mới để loại bỏ các đoạn gene bị nhiễu

Trình tự mẫu F7:

Bước 3: Copy lại trình tự vừa loại bỏ 3 nuleotic đầu và 176 nuleotic cuối

Trình tự mẫu F7 sau khi loại bỏ đoạn gene nhiễu:

CGGCAATCTGACTTCGGGGACGATAACGGCGTCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATGATGCCTACGGGCCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAGGGCTCACCAAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTCGTGAGGAAGGTAGTGTAGTTAATAGCTGCATTATTTGACGTTAGCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAATTGCATTTGAAACTGGCAGACTAGAGTACTGTAGAGGGGGGTAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAAT

Bước 4: Truy cập BLAST NCBI (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) Dán trình

tự mẫu F7 sau khi xóa đoạn gene nhiễu Bấm BLAST để kiểm tra

2.2 Kết quả

2.3 Kết luận

Kết quả hiện thị dưới dạng Descriptions cho thấy trình tự mẫu F7 tương đồng

Kết quả hiện thị dưới dạng Graphic Summary kết quả thang màu thể hiện làmàu đỏ, chứng tỏ vùng trình tự này có mức độ bắt cặp rất tốt.

Kết quả hiển thị dưới dạng Alignment có chỉ số tương đồng (Identities):1173/1182(99%), cho thấy đa số các cặp trình tự có độ tương đồng cao

Vì vậy, từ kết quả BLAST ta chỉ có thể kết luận Mẫu F7 thuộc chi Vibrio sp.

chứ không thể kết luận cụ thể 1 loài

BÀI 3: XÂY DỰNG CÂY DI TRUYỀN TỪ CÁC ACCESSION NUMBER TRÊN VỚI MẪU F7 ĐỂ KHẲNG ĐỊNH KẾT LUẬN LOÀI TỪ TRÌNH TỰ MẪU F7

Bước 3: Edit Insert Sequence From File Chọn file đã lưu ở bước 1 Xóa trình tự thừa do phần mềm mặc định bằng nút Delete

Bước 4: Phân tích kết quả bằng Clusta W Chọn Align DNA Chọn Matrix DNAWeight Matrix ClustalW 1.6 Nhấn OK để phân tích

Bước 5: Data Export Alignment MEGA format Đặt tên rồi lưu lại

Bước 6: Mở Mega X Chọn Phylogen Chạy cây để ra kết quả

3.2 Kết quả

Hình 3.1 Hình cây di truyền dạng Maximum Parsimony Tree

Dựa trên sơ đồ phân loại, có thể thấy rằng mẫu F7 thuộc cùng chi Vibrio sp Cho thấy

phù hợp với kết quả BLAST

Với kết quả BLAST và dựng cây chủng loại phát sinh ở trên, có thể tạm xác định và

kết luận phù hợp với mẫu 12.1 thuộc chi Vibrio sp.