Nghiên cứu khả năng bắt gốc tự do và hoạt tính kháng oxy hóa của 2 mercaptoimidazole bằng phương pháp tính toán hoá học

ĐẠI HỌC ĐÀ NẴNG TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM KỸ THUẬT KHOA CÔNG NGHỆ HỐ HỌC – MƠI TRƯỜNG ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC NGÀNH: CÔNG NGHỆ VẬT LIỆU CHUYÊN NGÀNH: CÔNG NGHỆ VẬT LIỆU ĐỀ TÀI: NGHIÊN CỨU KHẢ NĂNG BẮT GỐC TỰ DO VÀ HOẠT TÍNH KHÁNG OXY HỐ CỦA 2- MERCAPTOIMIDAZOLE BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TỐN HỐ HỌC Người hướng dẫn : TS Võ Văn Quân Sinh viên thực : Trần Việt Anh Mã sinh viên : 1911507110101 Lớp : 19VL1 Đà Nẵng, 06/2023 ĐẠI HỌC ĐÀ NẴNG TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM KỸ THUẬT KHOA CƠNG NGHỆ HỐ HỌC – MƠI TRƯỜNG ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC NGÀNH: CÔNG NGHỆ VẬT LIỆU CHUYÊN NGÀNH: CÔNG NGHỆ VẬT LIỆU ĐỀ TÀI: NGHIÊN CỨU KHẢ NĂNG BẮT GỐC TỰ DO VÀ HOẠT TÍNH KHÁNG OXY HỐ CỦA 2- MERCAPTOIMIDAZOLE BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TỐN HỐ HỌC Người hướng dẫn : TS Võ Văn Quân Sinh viên thực : Trần Việt Anh Mã sinh viên : 1911507110101 Lớp : 19VL1 Đà Nẵng, 06/2023 NHẬN XÉT CỦA NGƯỜI HƯỚNG DẪN NHẬN XÉT CỦA NGƯỜI PHẢN BIỆN TÓM TẮT Tên đề tài: Nghiên cứu khả bắt gốc tự hoạt tính kháng oxy hóa 2- Mercaptoimidazole phương pháp tính tốn hố học Sinh viên thực hiện: Trần Việt Anh Mã sinh viên: 1911507110101 Lớp: 19VL1 Các nghiên cứu trước cho thấy hợp chất 2-Mercaptoimidazole (2MC) có khả bắt gốc tự mạnh mẽ, nhiên chưa có nhiều nghiên cứu chế, động học hoạt tính kháng oxy hóa 2MC dẫn xuất Vì vậy, nghiên cứu tập trung vào khả bắt gốc tự 2MC phương pháp hóa tính tốn Ở nghiên cứu này, 2MC dẫn xuất lần (42 dẫn xuất mono) thiết kế đánh giá khả bắt gốc tự qua tính tốn động học Các dẫn xuất nghiên cứu docking với protein tiêu biểu (myeloperoxidae (MPO), enzym (1DNU,1HYV) Từ lựa chọn dẫn xuất có lượng tương tác tốt – C6H5 – 2MC, – C2H5 – 2MC, – NO2 – 2MC Khảo sát tính chất dược lý phương pháp ADMET cho thấy – COOH – 2MC, – C2H5 – 2MC, – COOH – 2MC, – COOH – 2MC hợp chất có ADMET tốt Kết so sánh khả bắt gốc tự cho dẫn xuất – NMe – 2MC cho hoạt tính kháng oxy hóa tốt NHIỆM VỤ ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP Giảng viên hướng dẫn: TS Võ Văn Quân Sinh viên thực hiện: Trần Việt Anh Mã SV: 1911507110101 Tên đề tài: Nghiên cứu khả bắt gốc tự hoạt tính kháng oxy hóa 2- Mercaptoimidazole phương pháp tính tốn hố học Các số liệu, tài liệu ban đầu: - 2-Mercaptoimidazole có nguồn gốc từ chất chống oxy hóa tự nhiên ovothiol Nội dung đồ án: - Tối ưu hóa cấu trúc 2-Mercaptoimidazole (2MC) - Nghiên cứu khả bắt gốc tự hoạt tính kháng oxy hóa 2MC thơng qua tính tốn nhiệt động - Tiến hành docking dẫn xuất với protein ung thư tiêu biểu (myeloperoxidase (MPO) enzyme (PDB id: 1DNU, 1HVY) để đánh giá khả tương tác với protein việc so sánh với chất gốc Các sản phẩm dự kiến: - Thông tin hoạt tính kháng oxy hóa hợp chất 2– Mercaptoimidazole số dẫn xuất - Báo cáo đồ án tốt nghiệp Ngày giao đồ án:… Ngày nộp đồ án:… Đà nẵng, ngày… tháng….năm 2023 Trưởng môn Người hướng dẫn LỜI NÓI ĐẦU Lời xin gửi lời cảm ơn chân thành sâu sắc đến giảng viên hướng dẫn TS Võ Văn Qn, người tận tình hướng dẫn tơi suốt trình thực đồ án tốt nghiệp, thầy người theo sát đường học tập nghiên cứu tôi, từ đầu đến cuối thầy người hướng dẫn động viên giúp vượt qua tơi gặp khó khăn q trình thực đề tài Tôi xin gửi lời cảm ơn đến tất thầy cô giáo Khoa Cơng nghệ Hố học – Mơi trường tận tình truyền đạt kiến thức trình học tập Những kiến thức tảng cho q trình nghiên cứu đề tài tơi mà cịn giúp ích cho tơi sống công việc Cuối xin cảm ơn gia đình, bạn bè, người ln bên cạnh chia sẻ động viên suốt thời gian học tập i CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đồ án tốt nghiệp tôi, số liệu kết trung thực chưa sử dụng để bảo vệ luận án Những giúp đỡ hướng dẫn đồ án cảm ơn trích dẫn đề tài đính kèm tài liệu tham khảo Sinh viên thực ii MỤC LỤC Nhận xét người hướng dẫn Nhận xét người phản biện Tóm tắ t Nhiệm vụ đồ án LỜI NÓI ĐẦU i CAM ĐOAN .ii MỤC LỤC .iii DANH MỤC CÁC BẢNG i DANH MỤC CÁC HÌNH VẼ ii DANH MỤC KÝ HIỆU, CHỮ VIẾT TẮT iii MỞ ĐẦU Chương 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU .3 1.1 Một số khái niệm 1.1.1 Năng lượng phân ly liên kết (BDE: Bond disociation enthalpy) 1.1.2 Ái lực proton (PA: Proton Affinity) 1.1.3 Ái lực electron (IE: Ionization Energy) 1.1.4 Drug – likeness 1.1.5 Drug – score 1.2 Chất kháng oxy hóa vai trị chúng thể .4 1.2.1 Gốc tự gì? 1.2.2 Ảnh hưởng gốc tự 1.2.3 Chất kháng oxy hóa vai trò chúng thể 1.3 Tổng quan hợp chất 2-Mercaptoimidazole iii Chương 2: PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1 Nội dung nghiên cứu .9 2.2 Phương pháp nghiên cứu 2.2.1 Phương pháp bán thực nghiệm 2.2.2 Tối ưu hoá cấu trúc 10 2.2.3 Phương pháp docking 12 2.2.4 Phương pháp ADMET .14 Chương 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 17 3.1 Cấu trúc chất 17 3.2 BDE, PA IE hoạt tính kháng oxy hóa 2MC .30 3.3 Khả chống oxy hoá dẫn xuất lần 2MC .30 3.3.1 Năng lượng phân ly liên kết (BDE) dẫn xuất 2MC 30 3.3.2 Ái lực electron (IE) 33 3.4 Khả tương tác dẫn xuất 2MC với protein 35 3.4.1 Đánh giá chọn lọc protein 35 3.4.2 Kết docking 36 3.5 Nghiên cứu ADMET 41 3.5.1 Giới thiệu cách nghiên cứu ADMET 41 3.5.2 Tính chất dược lý chất 41 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ .45 TÀI LIỆU THAM KHẢO .47 PHỤ LỤC iv