Khảo sát tính chất biểu hiện bất thường của mirna 141 bằng phương pháp stem loop real time pcr

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH ∞0∞ ĐẶNG THANH GIANG KHẢO SÁT TÍNH CHẤT BIỂU HIỆN BẤT THƯỜNG CỦA miRNA-141 BẰNG PHƯƠNG PHÁP STEM-LOOP REAL-TIME PCR LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC TP HỒ CHÍ MINH, NĂM 2023 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH ∞0∞ ĐẶNG THANH GIANG KHẢO SÁT TÍNH CHẤT BIỂU HIỆN BẤT THƯỜNG CỦA miRNA-141 BẰNG PHƯƠNG PHÁP STEM-LOOP REAL-TIME PCR Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã số chuyên ngành: 42 02 01 LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC Giảng viên hướng dẫn: TS LAO ĐỨC THUẬN TP HỒ CHÍ MINH, NĂM 2023 TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH Độc lập – Tự – Hạnh phúc KHOA ĐÀO TẠO SAU ĐẠI HỌC GIẤY XÁC NHẬN Tôi tên là: Đặng Thanh Giang Ngày sinh: 03/11/1983 Nơi sinh: TP Hồ Chí Minh Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã học viên: 2084202011002 Tơi đồng ý cung cấp tồn văn thơng tin luận văn tốt nghiệp hợp lệ quyền cho Thư viện trường đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh Thư viện trường đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh kết nối tồn văn thơng tin luận văn tốt nghiệp vào hệ thống thông tin khoa học Sở Khoa học Cơng nghệ Thành phố Hồ Chí Minh Ký tên Đặng Thanh Giang CƠNG HỊA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc Ý KIẾN CHO PHÉP BẢO VỆ LUẬN VĂN THẠC sĩ CỦA GIẢNG VIÊN HƯỚNG DẪN Giảng viên hướng dẫn: TS Lao Đức Thuận Học viên thực hiện: Đặng Thanh Giang Lớp: MBI0020A Ngày sinh: 03/11/1983 Nơi sinh: TP.HỒ Chí Minh Tên đề tài: Khảo sát tính chất biểu bất thường miRNA-141 phương pháp Stem-Loop real-time PCR Ý kiến giáo viên hướng dẫn việc cho phép học viên bảo vệ luận văn trước Hội đồng: idhiXUJ y c/ítíũ L / bãLLi X/ML LỜI CAM ĐOAN Tôi cam đoan luận văn “ Khảo sát tính chất biểu bất thường miRNA-141 phương pháp Stem-loop realtime PCR” nghiên cứu tơi Ngoại trừ tài liệu tham khảo trích dẫn luận văn này, tơi cam đoan tồn phần hay phần nhỏ luận văn chưa công bố sử dụng để nhận cấp nơi khác Khơng có sản phẩm/nghiên cứu người khác sử dụng luận văn mà khơng trích dẫn theo quy định Luận văn chưa nộp để nhận cấp trường đại học sở đào tạo khác Thành phố Hồ Chí Minh, ngày …… tháng …… năm 2023 Đặng Thanh Giang LỜI CÁM ƠN Lời đầu tiên, xin bày tỏ lòng cảm ơn chân thành đến tất người giúp đỡ kiến thức lẫn tinh thần suốt khoảng thời gian học tập làm khóa luận tốt nghiệp Trước tiên tơi xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành đến giảng viên hướng dẫn TS Lao Đức Thuận trực tiếp hướng dẫn, tận tình giúp đỡ truyền đạt kiến thức, kinh nghiệm quý báu trình làm luận văn Tôi xin chân thành cảm ơn GS.TS Lê Huyền Ái Thúy tận tình hướng dẫn, hỗ trợ, tạo điều kiện giúp đỡ cho để hồn thành luận văn tốt Tôi xin gửi lời cảm ơn đến bạn Thiều Hồng Huệ, Phịng Thí nghiệm Sinh học Phân tử Trường đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh hỗ trợ giúp đỡ tơi nhiệt tình q trình làm luận văn Bên cạnh đó, tơi xin chân thành cảm ơn Ths.Nguyễn Hồng Anh, quản lý phịng xét nghiệm An Tồn Sinh Học cấp III, Khoa Vi Sinh Miễn Dịch, Viện Pasteur thành phố Hồ Chí Minh ln ủng hộ tạo điều kiện cho tơi suốt q trình làm luận văn Cuối xin gửi lời cảm ơn đến gia đình ln bên cạnh, giúp đỡ động viên tơi q trình học tập Xin chân thành cám ơn Đặng Thanh Giang ii TÓM TẮT Tại nước ta, ung thư vịm họng loại u ác tính có số ca mắc nhiều loại ung thư vùng hầu họng Có nhiều nguyên nhân gây ung thư vòm họng, yếu tố liên quan đến di truyền số Một số yếu tố di truyền bên thể vận hành chuyển biến phân tử miRNAs MiRNAs nói chung miRNA-141 có liên quan đến nhiều loại ung thư có ung thư vịm họng mà nhà khoa học nghiên cứu trước Trong giới hạn nghiên cứu này, khảo sát biểu bất thường miRNA-141 phương pháp Stem-loop realtime PCR ung thư vịm họng, để có thêm sở khoa học việc khẳng định miRNA-141 dấu chứng sinh học việc chẩn đoán ung thư vịm họng Chúng tơi tiến hành khảo sát, phân tích 50 mẫu bệnh nhân mắc ung thư vòm họng 50 mẫu đối chứng (mẫu lành) Tất mẫu thực kỹ thuật Stem-loop realtime PCR, sau thu nhận kết quả, phân tích, đánh giá Kết quả: tỷ lệ biểu miRNA-141 70% nhóm mẫu bệnh 34% nhóm mẫu lành Tất giá trị có độ tin cậy cao Kết luận: miRNA-141 có tiềm coi dấu chứng sinh học việc xét nghiệm để chẩn đốn sớm ung thư vịm họng iii SUMMARY In our country, nasopharyngeal carcinoma (NPC) is the type of malignant tumor with the highest number of cases among all types of oropharyngeal cancer There are many causes of nasopharyngeal carcinoma, genetic factors are one of them One of the genetic factors within the body is the operation and transformation of miRNAs molecules MiRNAs in general and miRNA-141 are related to many types of cancer, including nasopharyngeal carcinoma, which scientists have previously studied Within the limits of this study, we investigated the abnormal expression of miRNA-141 using the Stem-loop real-time PCR method on nasopharyngeal carcinoma, to have more scientific basis for confirming that miRNA-141 is a Biomarkers in the diagnosis of nasopharyngeal carcinoma We conducted a survey and analyzed 50 samples from patients with nasopharyngeal carcinoma and 50 control samples (healthy samples) All samples were subjected to Stem- loop real-time PCR technique, then results were obtained, analyzed and evaluated Results: the expression rate of miRNA-141 was 70% in the disease sample group and 34% in the healthy sample group All values are highly reliable Conclusion: miRNA-141 has the potential to be considered as a biomarker in testing for early diagnosis of nasopharyngeal carcinoma MỤC LỤC Trang LỜI CAM ĐOAN I LỜI CÁM ƠN .II TÓM TẮT III MỤC LỤC IV DANH MỤC HÌNH ẢNH VÀ ĐỒ THỊ VI DANH MỤC BẢNG VII DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT VIII CHƯƠNG I GIỚI THIỆU Tính cấp thiết đề tài .2 Mục tiêu nghiên cứu .5 2.1 Mục tiêu tổng quan 2.2 Mục tiêu cụ thể Giả thuyết nghiên cứu Đối tượng phạm vi nghiên cứu Phương pháp nghiên cứu .6 Cỡ mẫu nghiên cứu: .6 Ý nghĩa khoa học thực tiễn Kết cấu luận văn CHƯƠNG II TỔNG QUAN TÀI LIỆU Ung thư vòm họng Tổng quan microRNAs (miRNAs) 12 2.1 MicroRNAs (miRNAs) 12 2.2 Quá trình sinh tổng hợp microRNAs 12 iv 2.3 Vai trò phân tử miRNA-141 .16 Giới thiệu chứng nội U6 18 Các kỹ thuật sinh học phân tử nghiên cứu phát miRNAs 18 4.1 Tách chiết RNA 18 4.2 Thực phản ứng RT-PCR (Reverse Transcription PCR): .19 4.3 Kỹ thuật Stem-loop RT-qPCR 19 CHƯƠNG III VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 22 Vật liệu .23 1.1 Bộ mẫu 23 1.2 Các cơng cụ, trang thiết bị hố chất .23 1.3 Quy trình thực khảo sát biểu miRNA-141 24 Phương pháp nghiên cứu .25 2.1 Khai thác liệu 25 2.2 Phương pháp khảo sát trình tự mồi 25 2.3 Phương pháp phần thực nghiệm .26 CHƯƠNG IV KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ BIỆN LUẬN 32 Khai thác số liệu từ báo công bố .33 Kết khảo sát mồi 35 Kết tách chiết miRNAs 40 Khảo sát biểu miRNA-141 mẫu mô NPC dịch phết người lành 42 Khảo sát biểu miRNA-141 với đặc điểm lâm sàng 46 CHƯƠNG V KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 48 TÀI LIỆU THAM KHẢO 51 PHỤ LỤC .54 Phụ lục Thơng tin nhóm mẫu UTVH 54 v