Khảo sát tính chất methyl hóa vượt mức của một số gene định vị trên nhiễm sắc thể số 3 ở ung thư vòm họng trên người bệnh việt nam

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ CẤP CƠ SỞ KHẢO SÁT TÍNH CHẤT METHYL HĨA VƯỢT MỨC CỦA MỘT SỐ GENE ĐỊNH VỊ TRÊN NHIỄM SẮC THỂ SỐ Ở UNG THƯ VÒM HỌNG TRÊN NGƯỜI BỆNH VIỆT NAM Mã số đề tài: E2019-07-3 Chủ nhiệm đề tài: TS Lao Đức Thuận TpHCM, tháng năm 2022 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ CẤP CƠ SỞ KHẢO SÁT TÍNH CHẤT METHYL HÓA VƯỢT MỨC CỦA MỘT SỐ GENE ĐỊNH VỊ TRÊN NHIỄM SẮC THỂ SỐ Ở UNG THƯ VÒM HỌNG TRÊN NGƯỜI BỆNH VIỆT NAM Mã số đề tài: E2019-07-3 Xác nhận tổ chức chủ trì Chủ nhiệm đề tài (ký, họ tên, đóng dấu) (ký, họ tên) TpHCM, tháng năm 2022 MỤC LỤC Danh mục bảng vi Danh mục sơ đồ viii Danh mục chữ viết tắt ix Thông tin kết nghiên cứu (tiếng việt) x Thông tin kết nghiên cứu (tiếng anh) xiv Danh sách thành viên đề tài .xvii MỞ ĐẦU xviii TỔNG QUAN 1.1 Tổng quan ung thư 1.2 Tổng quan ung thư vòm họng 1.2.1 Giải phẫu vòm họng 1.2.2 Các giai đoạn bệnh UTVH 1.2.3 Tình hình UTVH giới Việt Nam 1.3 Nguyên nhân gây bệnh phân loại UTVH 1.4 Epigenetics UTVH 1.5 Sự methyl hóa bất thường gene ức chế khối u 1.5.1 ADAMTS9 (ADAM metallopeptidase with thrombospondin type motif 9) 1.5.2 DLEC1 (Deleted in lung and esophageal cancer 1) 1.5.3 RASSF1A (Ras association domain family member 1) 1.5.4 ZMYND10 (Zinc finger, MYND-type containing 10) 10 1.6 Tổng quan tình hình nghiên cứu 13 i 1.7 Tổng quan phương pháp nghiên cứu 13 VẬT LIỆU PHƯƠNG PHÁP 15 2.1 Vật liệu 15 2.1.1 Đối tượng nghiên cứu 15 2.1.2 Các phần mềm trang web sử dụng 15 2.2 Phương pháp nghiên cứu 16 2.2.1 Khai thác sở liệu 16 2.2.1.2 Khảo sát in silico 18 2.2.2 Quy trình thực nghiệm 18 2.2.2.1 Tách chiết DNA theo quy trình: 18 2.2.2.2 Quy trình biến đổi Bisulfite 20 2.2.2.3 Khảo sát tính chất methyl hóa gene NST số 22 2.2.3 Thống kê phân tích kết 24 KẾT QUẢ 25 3.1 Kết meta-analysis 25 3.1.1 Kết phân tích tổng hợp gene DLEC1 31 3.1.2 Kết phân tích tổng hợp gene RASSF1A 37 3.1.3 Kết phân tích tổng hợp gene ZMYND10 43 3.2 Kết in silico 48 3.2.1 Khảo sát tính chất vật lí mồi chương trình IDT 48 3.2.2 Kiểm tra độ đặc hiệu mồi thơng qua chương trình Annhyb 53 3.3 Kết thực nghiệm 56 ii 3.3.1 Đặc điểm mẫu 56 3.3.2 Phân tích methyl hóa gene ADAMTS9, DLEC1, RASSF1A ZMYND10 58 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 70 4.1 Kết luận 70 4.2 Đề nghị 70 Tài liệu tham khảo 71 Sản phẩm công bố khoa học 79 Sản phẩm đào tạo 79 iii Danh mục hình Hình 1.1 Vị trí ung thư vịm họng Hình 1.2 Biểu đồ tỷ lệ mắc loại ung thư phổ biến (Globocan) Hình 1.3 Cơ chế methyl hóa A Sự methyl hóa cytosine nhờ DNMT; B Cấu trúc SAM SAH Hình 1.4 Sự methyl hóa đảo CpG liên quan đến biểu gene (Le cs., 2018) Hình 1.5 Tần số methyl hóa vượt mức, giảm methyl hóa loại ung thư khác Hình 1.6 Sơ đồ hoạt hóa đường tín hiệu STAT3 DLEC1 (Li cs., 2018) Hình 1.7 A Các locus gene RASSF1; B Các đồng dạng gene RASSF1 Hình 1.8 Mơ hình cho chế methyl hóa vùng promoter gene ZMYND10 tương tác nhân tố E2F Hình 1.9 Nguyên tắc phương pháp MSP Hình 1.10 Cơ chế biến đổi bisulfite Hình 3.1 Biểu đồ tần số methyl hóa DLEC1 mẫu UTVH Hình 3.2 Biểu đồ tần số methyl hóa DLEC1 mẫu lành Hình 3.3 Biểu đồ tần số methyl hóa DLEC1 UTVH dựa mơ hình bất biến Hình 3.4 Biểu đồ hình phễu tần số methyl hóa DLEC1 nguy mắc UTVH Hình 3.5 Biểu đồ tần số methyl hóa DLEC1 UTVH dựa mơ hình bất biến sau loại bỏ nghiên cứu Hình 3.6 Biểu đồ hình phễu tần số methyl hóa DLEC1 nguy mắc UTVH sau loại bỏ nghiên cứu Hình 3.7 Biểu đồ tần số methyl hóa RASSF1A mẫu UTVH Hình 3.8 Biểu đồ tần số methyl hóa RASSF1A mẫu lành iv Hình 3.9 Biểu đồ mối tương quan methyl hóa RASSF1A mẫu bệnh mẫu lành thơng qua số OR Hình 3.10 Biểu đồ hình phễu tần số methyl hóa RASSF1A nguy mắc UTVH Hình 3.11 Biểu đồ tần số methyl hóa ZMYND10 mẫu UTVH Hình 3.12 Biểu đồ tần số methyl hóa ZMYND10 mẫu lành Hình 3.13 Biểu đồ tần số methyl hóa ZMYND10 UTVH dựa mơ hình bất biến Hình 3.14 Biểu đồ hình phễu tần số methyl hóa ZMYND10 nguy mắc UTVH Hình 3.15 Kết khảo sát mồi Hình 3.16 Kết MSP gene ADAMTS9 Hình 3.17 Kết MSP gene DLEC1 Hình 3.18 Kết MSP gene RASSF1A Hình 3.19 Kết MSP gene BLU Hình 3.20 Phân tích kết giải trình tự v Danh mục bảng Bảng 1.1 Các gene ức chế khối u bị methyl hóa vượt mức định vị vùng nhiễm sắc thể 3p Bảng 2.1 Tần số methyl hóa gene ADAMTS9, DLEC1, RASSF1A ZMYND10 Bảng 2.2 Thành phần phản ứng Nested-MSP Bảng 2.3 Nhiệt độ bắt cặp thời gian kéo dài gene chu trình MSP Bảng 3.1 Tần số methyl hóa gene ADAMTS9, DLEC1, RASSF1A, ZMYND10 Bảng 3.2 Phân tích tổng hợp nhóm methyl hóa DLEC1 nguy mắc UTVH Bảng 3.3 Phân tích độ nhạy methyl hóa DLEC1 nguy mắc UTVH mơ hình bất biến Bảng 3.4 Phân tích tổng hợp nhóm methyl hóa RASSF1A nguy mắc UTVH Bảng 3.5 Phân tích độ nhạy methyl hóa RASSF1A nguy mắc UTVH mơ hình bất biến Bảng 3.6 Phân tích tổng hợp nhóm methyl hóa ZMYND10 nguy mắc UTVH Bảng 3.7 Phân tích độ nhạy methyl hóa ZMYND10 nguy mắc UTVH mơ hình bất biến Bảng 3.8 Thơng số vật lí cặp mồi Bảng 3.9 Kết vị trí bắt cặp kích thước sản phẩm cặp mồi Bảng 3.10 Đặc điểm mẫu nghiên cứu Bảng 3.11 Kết phân tích thống kê methyl hóa ADAMTS9, DLEC1, RASSF1A ZMYND10 vi Bảng 3.12 Kết phân tích thống kê methyl hóa gene ADAMTS9, DLEC1, RASSF1A ZMYND10 Bảng 3.13 Kết phân tích mối tương quan methyl hóa gene ADAMTS9, DLEC1, RASSF1A ZMYND10 đặc điểm lâm sàng Bảng 3.14 Kết phân tích mối tương quan methyl hóa gene ADAMTS9, DLEC1, RASSF1A ZMYND10 lâm sàng vii Danh mục sơ đồ Sơ đồ 2.1 Chu trình nhiệt phản ứng Nested-MSP Sơ đồ 3.1 Quy trình thực nghiên cứu viii Nam Nữ 32 22 41 13 33 21 40 14 (45,71) (31,43) (58,57) (18,57) (47,14) (30,00) (57,14) (20,00) 12 (5,71) 15 (1,43) 14 (2,86) 14 (2,86) (17,14) p (21,43) 0,40 (20,00) 0,23 (20,00) 0,09 0,43 Tuổi ≤20 (1,43) (0,00) 20 đến ≤ (12,86) (7,14) 40 40 (0,00) (1,43) (0,00) (1,43) (0,00) 12 (2,86) 11 (4,29) 12 (2,86) (17,14) đến 19 ≤60 60 (1,43) (27,14) đến 15 ≤80 (21,43) >80 (1,43) p 14 (15,71) (17,14) 26 22 11 26 (20,00) (37,14) (10,00) (31,43) (15,71) (37,14) (10,00) (8,57) 16 (7,14) 13 15 (8,57) (18,57) (11,43) (21,43) (0,00) (1,43) (0,00) (22,86) (0,00) (1,43) 0,63 (0,00) 0,91 0,46 (1,43) 0,32 Giải phẫu bệnh Type (2,86) (0,00) Type 12 (17,14) (12,86) (2,86) (0,00) (0,00) (2,86) (1,43) (1,43) 18 (4,29) 17 (5,71) 17 (5,71) (25,71) (24,29) 66 (24,29) Type 31 16 (44,29) (22,86) p 36 11 30 17 36 11 (51,43) (15,71) (42,86) (24,29) (51,43) (15,71) 0,97 0,53 0,60 0,04 Giai đoạn bệnh I (0,00) (0,00) II 11 14 (15,71) (20,00) III (10,00) (2,86) (0,00) (0,00) (0,00) (0,00) (0,00) (0,00) 22 (4,29) 21 (5,71) 20 (7,14) (31,43) (30,00) (2,86) (10,00) IV 27 (38,57) (12,86) p 0,02 (28,57) (2,86) (10,00) (1,43) (11,43) 27 19 17 26 10 (38,57) (12,86) (27,14) (24,29) (37,14) (14,29) 0,45 0,03 0,52 Qua kết phân tích mối tương cho thấy methyl hóa gene DLEC1 ZMYND10 khơng có tính tương quan với đặc điểm lâm sàng (giới tính, tuổi, giải phẫu bệnh giai đoạn bệnh) (p > 0,05) Kết tương quan với nghiên cứu giới khơng ghi nhận tính tương quan methyl hóa gene mục tiêu với lâm sàn Lung cộng (2008), Ayadi cộng (2008), Tian cộng (2013) Loyo cộng (2011) Challouf cộng (2012), Wang cộng (2009) Fendri cộng (2009) Tìm thấy mối tương quan tích chất methyl hóa gene ADAMTS9 với đặc điểm lâm sàng giai đoạn bệnh (p= 0,02) tính chất methyl hóa gene RASSF1A với hai đặc điểm lâm sàn giải phẫu bệnh giai đoạn bệnh với giá trị p 0,04 0,03 67 Với mục đích nhằm tìm kiếm tính tương quan methyl hóa gene mục tiêu với đặc điểm lâm sàng UTVH, methyl hóa gene với đặc điểm lâm sàng thực Tuy nhiên, khơng ghi nhận tính tương quan methyl hóa gene với đặc điểm lâm sàn (p> 0,05) Kết ghi nhận bảng 3.14 Bảng 3.14 Kết phân tích mối tương quan methyl hóa gene ADAMTS9, DLEC1, RASSF1A ZMYND10 lâm sàng ADAMTS9, DLEC1, RASSF1A, ZMYND10 (MPI ≥ 0,25) P(%) N(%) Giới tính Nam 50 (71,43) (5,71) Nữ 16 (22,86) (0,00) p 0,61 Tuổi ≤20 (1,43) (0,00) 20 đến ≤ 40 14 (20,00) (0,00) 40 đến ≤60 31 (44,29) (2,86) 60 đến ≤80 20 (28,57) (1,43) >80 (1,43) (0,00) p 0,60 68 Giải phẫu bệnh Type (2,86) (0,00) Type 21 (30,00) (0,00) Type 44 (62,86) (4,29) p 0,24 Giai đoạn bệnh I (0,00) (0,00) II 25 (35,71) (0,00) III (12,86) (0,00) IV 33 (47,14) (4,29) 0,10 p 69 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 4.1 Kết luận Kết phân tích tổng hợp ghi nhận tần số methyl hóa trung bình có trọng số gene DLEC1, RASSF1A ZMYND10 mẫu ung thư mẫu lành 63,99% (95% CI = 43,50-82,12), 59,22% (95% CI = 64,23-94,15), 57,04% (95% CI= 32,49-79,88) dựa mơ hình tác động ngẫu nhiên 6,85% (95% CI = 2,39-14,84), 1,72% (95% CI= 0,6016,53), 15,61% (95% CI= 3,10-40,18) dựa mô hình tác động bất biến Tính chất methyl hóa gene DLEC1, RASSF1A ZMYND10 có tính tương quan với ung thư vịm họng thơng qua giá trị tỷ suất chênh (OR) trung bình có trọng số 35,16 (95% CI= 7,71 - 160,32), 37,74 (95% CI = 20,07 – 52,19), 8,23 (95% CI= 1.98 34,28) dựa mơ hình tác động bất biến Kết khảo sát gene ADAMTS9, DLEC1, RASSF1A ZMYND10 ghi nhận tần số methyl hóa 64,29%, 80,00%, 67,14% 77,14% mẫu mơ sinh thiết ung thư vịm họng cao so với mẫu dịch phết lành 17,14%, 41,43%, 12,86% 48,57% Kết ghi nhận mối tương quan có ý nghĩa tích chất methyl hóa gene ADAMTS9, DLEC1, RASSF1A ZMYND10 với UTVH (p< 0,05) Kết ghi nhận tỷ suất chênh OR gene ADAMTS9, DLEC1, RASSF1A ZMYND10 8,70, 5,66, 13,85 3,57 4.2 Đề nghị Tiếp tục nghiên cứu loại mẫu không xâm lần khác máu, huyết thanh, dịch phết tế bào ung thư vòm họng… Tiến hành nghiên cứu nghiên cứu đồng thời gene nhiễm sắc thể khác nhiễm sắc thể số 9, số 16 nhằm củng cố sở liệu phân tử 70 Tài liệu tham khảo Hồ Huỳnh Thùy Dương (2008), Sinh học phân tử -Khái niệm - Phương pháp - Ứng dụng, NXB Giáo Dục, Tp Hồ Chí Minh Quyền Đình Thi, Nông Văn Hải (2008), Công Nghệ Sinh Học - Tập 2: Những Kỹ Thuật PCR Và Ứng Dụng Trong Phân Tích DNA, NXB Khoa Học Tự Nhiên Và Cơng Nghệ, Hà Nội Agathanggelou, A., Cooper, W.N and Latif, F (2005), Role of the Ras-Association Domain Family Tumor Suppressor Gene in Human Cancers, Cancer Res, 65, pp 3497508 Alvarez-Fernaldez, R (2013), Explanatory chapter: PCR primer design, Methods Enzymol, 529, pp 1-21 Ayadi, W., Karray-Hakim, H., Khabir, A., Feki, L., Charfi, S., Boudawara, T., Ghorbel, A., JDaoud, J., Frikha, M., Busson, P., And Hammami, A (2008), Aberrant Methylation Of P16, DLEC1, BLU And E-Cadherin Gene Promoters In Nasopharyngeal Carcinoma Biopsies From Tunisian Patients, Anticancer Research, 28, pp 2161-8 Baylin, S.B (2005), DNA methylation and gene silencing in cancer, Nature Clinical Practice Oncology, 2, pp 4-11 Brennan, B (2006) Nasopharyngeal carcinoma Orphanet journal of rare Diseases, 1(1), 1-5 Challouf, S., Ziadi, S., Zaghdoudi, R., Ksiaa, F., Gacem, R.B., Trimeche, M (2012), Patterns of aberrant DNA hypermethylation in nasopharyngeal carcinoma in Tunisian patients, Clinica Chimica Acta, 413, pp 795–802 Chan, K.C (2010), Identification of candidate tumor suppressive BLU/ZMYND10modulated genes in nasopharyngeal carcinoma, The University of Hong Kong, Hong Kong 71 Chang, E.T., Adami, H.O (2006), The enigmatic epidemiology of nasopharyngeal carcinoma Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention, 15(10), 1765-77 Chang, H.W., Chan, A., Kwong, D.L.W., Wei, W.I., Suam, J.S.T., Yuen, A.P.W (2003), Evaluation of hypermethylated tumor suppressor genes as tumor markers in mouth and throat rinsing fluid, nasopharyngeal swab and peripheral blood of nasopharygeal carcinoma patient, Int J Cancer, 105(6), pp 851–5 Chen, Y P., Chan, A T., Le, Q T., Blanchard, P., Sun, Y., & Ma, J (2019) Nasopharyngeal carcinoma The Lancet, 394(10192), 64-80 Cheng, Y., Ho, R.L.K.Y., Chan, K.C., Kan, R., Tung, E., Lung, H.L., Yau, W.L., Cheung, A.K.L., Ko, J.M.Y., Zhang, Z.F., Luo, D.Z., Feng, Z.B., Chen, S., Guan, X.Y., Kwong, D., Stanbridge, E.J and Lung, M.L (2014), Anti-angiogenic pathway associations of the 3p21.3 mapped BLU gene in nasopharyngeal carcinoma, Oncogene, 10 Cho, W.C (2007), Nasopharyngeal carcinoma: molecular biomarker discovery and progress, Mol Cancer, 6(1) Chow, L.S.N., Lo, K.W., Kwong, J., To, K.F., Tsang, K.S., Lam, C.W., Dammann, R., And Huang, D.P., (2004), RASSF1A IS A TARGET TUMOR SUPPRESSOR FROM 3p21.3 IN NASOPHARYNGEAL CARCINOMA, Int J Cancer, 109, pp 839–47 Dai, W., Zheng, H., Cheung, A.K., Lung, M.L (2016), Genetic and epigenetic landscape of nasopharyngeal carcinoma, Chin Clin Oncol, 5(2), pp 16 Dallol, A, Cooper, W.N., Al-Mulla, F., Agathanggelou, A., Maher, E.R and Latif, F (2007), Depletion of the Ras association domain family 1, isoform A-associated novel microtubule-associated protein, C19ORF5/MAP1S, causes mitotic abnormalities, Cancer Res, 67, pp 492-500 Donninger, H., Vos, M.D and Clark, G.J (2007), The RASSF1A tumor suppressor, Journal of Cell Science, 120 (18), p 3163-72 72 Fendri, A., Masmoudi, A., Khabir, A., Sellami-Boudawara, T., Daoud, J., Frikha, M., Ghorbel, A., Gargouri, A & Mokdad-Gargouri, R (2015), Inactivation of RASSF1A, RARβ2 and DAP-kinase by promoter methylation correlates with lymph node metastasis in nasopharyngeal carcinoma, Cancer Biology & Therapy, 8(5), pp 1-8 Frappier, L (2012), Role of EBNA1 in NPC tumorigenesis, Seminars in Cancer Biology, 22(2), pp 154-61 Garden A S (2010), The Nasopharynx, Radiation Oncology (NINTH EDITION), 207223 Halpain, S and Dehmelt, L (2006), The MAP1 family of microtubule-associated proteins, Genome Biol, 7, pp 224 Harbour, J.W and Dean, D.C (2000), The Rb/E2F pathway: expanding roles and emerging paradigms, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 14, pp 2393-409 Hesson, L.B., Cooper, W.N and Latif, F (2007), Evaluation of the 3p21.3 tumoursuppressor gene cluster, Oncogene, 26, pp.7283–301 Hutajulu, S.H., Indrasari, S.R., Indrawati, L.P.L., Harijadi, A., Duin, S., Haryana, S.M., Steenbergen, R.D.M., Greijer, A.E and Middeldorp, J.M (2011), Epigenetic markers for early detection of nasopharyngeal carcinoma in a high risk population, Molecular Cancer, 10(48), pp 1-9 Jabbari, K., Bernardi, G.(2004), Cytosine methylation and CpG, TpG (CpA) and TpA frequencies, Gene, 26(333), pp.143-9 Ji, X., Zhang, W., Xie, C., Wang, B., Zhang, G., Zhou, R (2011), Nasopharyngeal carcinoma risk by histologic type in centralChina: impact of smoking, alcohol and family history, Int J Cancer, 129, pp 724–32 Khokhlatchev, A., Rabizadeh, S., Xavier, R., Nedwidek, M., Chen, T., Zhang, X.F., Seed, B and Avruch, J (2002), Identification of a novel Ras-regulated proapoptotic pathway, Curr Biol, 12, pp 253-65 73 Kwong, J., Chow, L.S.N., Wong, A.Y.H., Hung, W.K., Chung, G.T.Y., To, K.F., Lo, K.W (2007), Epigenetic inactivation of the deleted in lung and esophageal cancer gene in nasopharyngeal carcinoma, Genes, Chromosomes and Cancer, 46(2), pp 171–180 Kwong, J., Lo, K.W., To, K.F., Teo, P.M.L., Johnson, P.J and Dolly Poon Huang, D.P (2002), Promoter Hypermethylation of Multiple Genes in Nasopharyngeal Carcinoma, Clinical Cancer Research, 8, pp 131-7 Le, H.A.T., Lao, D.T., and Truong, K.P (2018), DNA Hypermethylation in Breast Cancer, Breast Cancer - From Biology to Medicine, pp 147-61 Li, D.D., Wang, L.L., Deng, R., Tang, J., Shen, Y., Guo, J.F., Wang, Y., Xia, L.P., Feng, G.K., Liu, Q., Huang, W.L., Zeng, Y.X and Zhu, X.F (2009), The pivotal role of c-Jun NH2-terminal kinase-mediated Beclin expression during anticancer agents-induced autophagy in cancer cells, Oncogene, 28, pp 886–98 Li, L., Xu, J., Qiu, G., Ying, J., Du, Z., Xiang, T., Wong, K.Y., Srivastava, G., Zhu, X.F., Mok, T.S., Chan, A.T.C., Chan, F.K.L., Ambinder, R.F., and Tao, Q (2018), Epigenomic characterization of a p53-regulated 3p22.2 tumor suppressor that inhibits STAT3 phosphorylation via protein docking and is frequently methylated in esophageal and other carcinomas, Theranostics, 8(1), pp 61–77 Liu, L., Amy, V., Liu, G and McKeehan, W.L (2002), Specificity of the methylationsuppressed A isoform of candidate tumor suppressor RASSF1 for microtubule hyperstabilization is determined by cell death inducer C19ORF5, Cancer Res, 65, pp 1830-8 Liu, X.Q., Chen, H.K., Zhang, X.S., Pan, Z.G., Li, A., Feng, Q.S., Long, Q.X., Wang, X.Z and Zeng, Y.X (2003), Alterations of BLU, a candidate tumor suppressor gene on chromosome 3p32.3, in human nasopharyngeal carcinoma, Int J Cancer, 106(1), pp 60– 74 Lo, K.W., Kwong, J., Hui, A.B.Y., Chan, S.Y.Y., To, K.F., Chan, A.S.C., et al (2001), High frequency of promoter hypermethylation of RASSF1A in nasopharyngeal carcinoma, Clin Cancer Res, 61(5):3877–81 Lo, K.W., To, K.F., Huang, D.P (2004), Focus on nasopharyngeal carcinoma, Cancer Cell, 5(5), pp 423-8 Lo, P., H., Y., Leung, A., C., C., Kwok, C., Y., C., et al (2007), Identification of a tumor suppressive critical region mapping to 3p14.2 in esophageal squamous cell carcinoma and studies of a candidate tumor suppressor gene, ADAMTS9, Oncogene, 26, pp 148– 57 Lo, P., H., Y., Lung, H., L., Cheung, K., L., et al (2010), Extracellular Protease ADAMTS9 Suppresses Esophageal and Nasopharyngeal Carcinoma Tumor Formation by Inhibiting Angiogenesis, Cancer Res, 70(13), pp 5567-76 Loyo, M., Brait, M., Kim, M.S., Ostrow, K.L., Jie, C.C., Chuang, A.Y., Califano, J.A., Liégeois, N.J., Begum, S., Westra, W.H., Hoque, M.O., Tao, Q., and David Sidransky, D (2011), A Survey of Methylated Candidate Tumor Suppressor Genes in Nasopharyngeal Carcinoma, Int J Cancer, 128(6), pp 1393–403 Pan, Z.X., Kashuba, V.I., Liu, X.Q., Shao, J.Y., Zhang, R.H., Jiang, J.H., Guo, C., Zabarovsky, E.R., Ernberg, I & Zeng, Y.X (2005), High frequency somatic mutations in RASSF1A in nasopharyngeal carcinoma, Cancer Biology & Therapy, (10), pp 1116-22 Qiu, G.H, Xie, X., Deng, L., and Hooi, S.C (2015), Tumor Suppressor DLEC1 can Stimulate the Proliferation of Cancer Cells When AP-2ɑ2 is Down-Regulated in HCT116, Hepat Mon, 15(11), e29829 Qiu, G.H., Tan, L.K.S., Loh, K.S., Lim, C.Y., Srivastava, G., Tsai, S.T., Tsao, S.W and Tao, Q (2004), The candidate tumor suppressor gene BLU, located at the commonly deleted region 3p21.3, is an E2F-regulated, stress-responsive gene and inactivated by both epigenetic and genetic mechanisms in nasopharyngeal carcinoma, Oncogene, 23, pp 4793–806 75 Salehiniya, H., Mohammadian, M., Mohammadian-Hafshejani, A and Mahdavifar, N (2018), Nasopharyngeal cancer in the world: epidemiology, incidence, mortality and risk factors World cancer research journal 5, Seng, T.J., Currey, N., Cooper, W.A., Lee, C.S., Chan, C., Horvath, L., Sutherland, R.L., Kennedy, C., McCaughan, B., Kohonen-Corish, M.R (2008), DLEC1 and MLH1 promoter methylation are associated with poor prognosis in non-small cell lung carcinoma, British Journal of Cancer, 99, pp 375-82 Shao, B., Feng, Y., Zhang, H., et al (2017), The 3p14.2 tumour suppressor ADAMTS9 is inactivated by promoter CpG methylation and inhibits tumour cell growth in breast cancer, J Cell Mol Med, 22(2), pp 1257-71 Shivakumar, L., Minna, J., Sakamaki, T., Pestell, R., White, M.A (2002), The RASSF1A tumor suppressor blocks cell cycle progression and inhibits cyclin D1 accumulation, Mol Cell Biol 22(12), pp 4309-18 Tao, Q., Chan, A.T (2007), Nasopharyngeal carcinoma: molecular pathogenesis and therapeutic developments, Expert Reviews in Molecular Medicine, 9(12), pp 1-24 Tian, F., Yip, S.P., Kwong, D.L.W., Lin, Z., Yang, Z., Wu, V.W.C (2013), Promoter hypermethylation of tumor suppressor genes in serum as potential biomarker for the diagnosis of nasopharyngeal carcinoma, Cancer Epidemiology, 37, pp 708–13 Tong, J.H.M., Tsang, R.K.Y., Lo, K.W., Woo, J.K.S., Kwong, J., Chan, M.W.Y., Chang, A.R., Hasselt C.A.V., Huang, D.P., and To, K.F (2002), Quantitative Epstein-Barr Virus DNA Analysis and Detection of Gene Promoter Hypermethylation in Nasopharyngeal Carcinoma (NP) Brushing Samples from Patients with NP Carcinoma, Clinical Cancer Research, 8, pp 2612-9 Trygve, O., Tollefsbol (2011), Epigenetics protocols Methods in Molecular Biology, USA 76 Ura, S., Nishina, H., Gotoh, Y and Katada, T (2007), Activation of the JNK pathway by MST1 is essential and sufficient for the induction of chromatin condensation during apoptosis, Mol Cell Biol, 27, pp 5514-22 Vaughan, T.L., Shapiro, J.A., Bur,t R.D., et al (1996), Nasopharyngeal cancer in a lowrisk population: defining risk factors by histological type, Cancer Epidemiol Biomarkers Prev, 5, pp 587 – 680 Waddington, C.H (2012), The epigenotype 1942, Int J Epidemiol, 41(1), pp 10-3 Wang, T., Liu, H., Chen, Y., Liu, W., Yu, J and Wu, G (2009), Methylation associated inactivation of RASSF1A and its synergistic effect with activated K-Ras in nasopharyngeal carcinoma, Journal of Experimental & Clinical Cancer Research, 28(160), pp 1-11 Wong, T.S., Kwong, D.L.W., Sham, J.S.T., Wei, W.I., Kwong, Y.L., and Yuen, A.P.W (2004), Quantitative Plasma Hypermethylated DNA Markers of Undifferentiated Nasopharyngeal Carcinoma, Clinical Cancer Research, 10, pp 1401-6 Wong, T.S., Tang, K.C., Kwong, D.L.W., Sham, J.S.T., Wei, W.I., Kwong, Y.L., Yuen, A.P.W (2003), Differential gene methylation in undifferentiated nasopharyngeal carcinoma, International Journal of Oncology, 22, pp 869-74 Xu, F.H., Xiong, D., Xu, Y.F., Cao, S.M., Xue, W.Q., Qin, H.D., Liu, W.S., Cao, J.Y., Zhang, Y., et al (2012), An Epidemiological and Molecular Study of the Relationship Between Smoking, Risk of Nasopharyngeal Carcinoma, and Epstein–Barr Virus Activation, Journal of the National Cancer Institute, 104(18), pp 1396-410 Yang, X., Dai, W., Kwong, D.L., Szeto, C.Y.Y., Wong, E.H., Ng, W.T., Lee, A.W.M., Ngan, R.K.C., Yau, C.C., Tung, S.Y., Lung, M.L (2015), Epigenetic Markers for Noninvasive Early Detection of Nasopharyngeal Carcinoma by Methylation-Sensitive High Resolution Melting, International Journal of Cancer, pp 1-29 Yap, Y.Y., et al (2007), Epstein-Barr virus DNA detection in the diagnosis of nasopharyngeal carcinoma, Otolaryngol Head Neck Surg, 136(6), pp 986–91 77 Yau, W.L., Lung, H.L., Zabarovsky, E.R., Lerman, M.I., Sham, J.S., Chua, D.T., Tsao, S.W., Stanbridge, E.J and Lung, M.L (2006), Functional studies of the chromosome 3p21.3 candidate tumor suppressor gene BLU/ZMYND10 in nasopharyngeal carcinoma, Int J Cancer, 119, pp 2821–6 Young, L.S., Rickinson A.B (2004), EPSTEIN–BARR VIRUS: 40 YEARS ON, Nature Reviews, 4, pp 757-68 Zhang, X., Liu, H., Li, B., Huang, P., Shao, J and He, Z (2012), Tumor suppressor BLU inhibits proliferation of nasopharyngeal carcinoma cells by regulation of cell cycle, c-Jun N-terminal kinase and the cyclin D1 promoter, BMC Cancer, 12, pp 267 Zhang, Z., Sun, D., Hutajulu, S.H., Nawaz, I., Van, D.N., Huang, G., Haryana, S.M., Middeldorp, J.M., Ernberg, I., Hu, L.F (2012), Development of a Non-Invasive Method, Multiplex Methylation Specific PCR (MMSP), for Early Diagnosis of Nasopharyngeal Carcinoma, Plos One, 7(11), pp 1-6, e45908 Zhou, L., Jiang, W., Ren, C., Yin, Z., Feng, X., Liu, W., Tao, Q and Yao, K (2005), Frequent Hypermethylation of RASSF1A and TSLC1, and High Viral Load of EpsteinBarr Virus DNA in Nasopharyngeal Carcinoma and Matched Tumor-Adjacent Tissues, Neoplasia, 7(9), pp 809 – 15 Zong, Y.S., Zhang, R.F., He, S.Y., Qiu, H (1983), Histopathologic types and incidence of malignant nasopharyngeal tumors in Zhongshan County, Chin Med J (Engl), 96(7), pp 511-7 http://www.globocan.iarc.fr/ 78 Sản phẩm công bố khoa học Lao, T D., Thieu, H H., Nguyen, D H., & Le, T (2021) Hypermethylation of the RASSF1A gene promoter as the tumor DNA marker for nasopharyngeal carcinoma The International journal of biological markers, 17246008211065472 https://doi.org/10.1177/17246008211065472 [SCIe, IF = 2.659, Scopus, Q2] Lao, T D., Nguyen, T N., & Le, T (2021) Promoter Hypermethylation of Tumor Suppressor Genes Located on Short Arm of the Chromosome as Potential Biomarker for the Diagnosis of Nasopharyngeal Carcinoma Diagnostics (Basel, Switzerland), 11(8), 1404 https://doi.org/10.3390/diagnostics11081404 [SCIe, IF = 3.706, Scopus, Q3] Báo cáo hội thảo: “HỘI THẢO CÔNG NGHỆ SINH HỌC VÀ ỨNG DỤNG” tổ chức vào ngày 18 tháng năm 2021 Nguyễn Ngọc Toàn Khảo sát tính chất methyl hóa Y01 9h00-9h15 Nguyễn Thành Đạt số gene định vị Nguyễn Thị Thu Thảo nhiễm sắc thể số ung thư Trần Thị Quế Trân vòm họng ThS Thiều Hồng Huệ TS Lao Đức Thuận 79 Sản phẩm đào tạo - Luận văn Thạc Sĩ: Học viên Thiều Hồng Huệ (MSHV: 17C67004): Bước đầu nghiên cứu mối tương quan biểu họ gene LMPs tính chất methyl hóa bất thường số gene định vị nhiễm sắc thể số bệnh nhân ung thư vòm họng Việt Nam Ngày bảo vệ: 05/01/2021 - Sinh viên nghiên cứu khoa học: Nghiên cứu im lặng số gene định vị nhiễm sắc thể số tượng methyl hóa vượt mức bệnh nhân ung thư vòm họng người Việt Nam Chủ nhiệm đề tài: SV Nguyễn Ngọc Toàn – Giải SVNCKH Cấp Trường 2020-2021 - Khóa luận Cử nhân: SV: Nguyễn Ngọc Tồn (MSSV: 1853010195) Đánh giá mối tương quan tính chất methyl hóa vượt mức số gene định vị nhiễm sắc thể số nguy ung thư vịm họng: phân tích tổng hợp đến thực nghiệm ca – chứng 80 ... methyl hóa vượt mức gene ức chế khối u nhiễm sắc thể 3p nguyên nhân gây nên ung thư vịm họng Vì vậy, đề tài ? ?Khảo sát tính chất methyl hóa vượt mức số gene định vị nhiễm sắc thể số ung thư vòm họng. .. MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ CẤP CƠ SỞ KHẢO SÁT TÍNH CHẤT METHYL HĨA VƯỢT MỨC CỦA MỘT SỐ GENE ĐỊNH VỊ TRÊN NHIỄM SẮC THỂ SỐ Ở UNG THƯ VÒM HỌNG TRÊN NGƯỜI... LMPs tính chất methyl hóa bất thư? ??ng số gene định vị nhiễm sắc thể số bệnh nhân ung thư vòm họng Việt Nam Day of defense: 05/01/2021 - Student research context: Nghiên cứu im lặng số gene định vị