Một số đặc điểm dịch tễ học phân tử của những chủng virus dịch tả lợn phân lập được .... Đặc điểm dịch tễ học phân tử của virus gây bệnh dịch tả lợn tại Việt Nam theo không gian và thời
HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM KT ¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯ sĩ ng àn h NGUYỄN PHỤC HƯNG tiế n NGHIÊN CỨU DỊCH TỄ HỌC BỆNH DỊCH TẢ LỢN CỔ ĐIỂN (CLASSICAL SWINE FEVER) Ở LỢN Lu ận án TẠI MIỀN BẮC VIỆT NAM GIAI ĐOẠN 2014 - 2017 LUẬN ÁN TIẾN SĨ NHÀ XUẤT BẢN HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP - 2019 HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM ¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯ h KT NGUYỄN PHỤC HƢNG àn NGHIÊN CỨU DỊCH TỄ HỌC BỆNH DỊCH ng TẢ LỢN CỔ ĐIỂN (CLASSICAL SWINE FEVER) Ở LỢN án tiế n sĩ TẠI MIỀN BẮC VIỆT NAM GIAI ĐOẠN 2014 - 2017 ận Chuyên ngành: Dịch tễ học thú y Lu Mã số: 64 01 08 Người hướng dẫn khoa học: GS.TS Nguyễn Thị Lan PGS.TS Lê Văn Phan HÀ NỘI, 2019 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng tơi, kết nghiên cứu trình bày luận án trung thực, khách quan chưa dùng để bảo vệ lấy học vị Tôi xin cam đoan giúp đỡ cho việc thực luận án cám ơn, thơng tin trích dẫn luận án rõ nguồn gốc Hà Nội, ngày tháng năm 2019 àn h KT Tác giả luận án Lu ận án tiế n sĩ ng Nguyễn Phục Hƣng i LỜI CẢM ƠN Trong suốt trình học tập, nghiên cứu hồn thành luận án, tơi nhận hướng dẫn, bảo tận tình thầy giáo, giúp đỡ, động viên bạn bè, đồng nghiệp gia đình Cho phép tơi bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới GS.TS Nguyễn Thị Lan PGS.TS Lê Văn Phan tận tình hướng dẫn, dành nhiều công sức, thời gian tạo điều kiện cho tơi suốt q trình học tập thực đề tài Xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành tới Ban Giám đốc, Ban Quản lý đào tạo, Bộ môn Bệnh lý thú y, Bệnh viện thú y, Khoa Thú y - Học viện Nông nghiệp Việt Nam KT tận tình giúp đỡ, tạo điều kiện cho tơi q trình học tập, thực đề tài hồn h thành luận án àn Tơi xin chân thành cảm ơn tập thể lãnh đạo, cán Phòng thí nghiệm trọng điểm ng cơng nghệ sinh học thú y Phịng thí nghiệm mơn bệnh lý, khoa Thú y, Học viện sĩ Nông nghiệp Việt Nam giúp đỡ tạo điều kiện cho suốt trình thực n đề tài tiế Xin chân thành cảm ơn gia đình, người thân, bạn bè, đồng nghiệp tạo Hà Nội, ngày ận án điều kiện thuận lợi giúp đỡ mặt, động viên tơi hồn thành luận án./ tháng năm 2019 Lu Tác giả luận án Nguyễn Phục Hƣng ii MỤC LỤC Lời cam đoan i Lời cảm ơn ii Mục lục iii Danh mục từ viết tắt vi Danh mục bảng viii Danh mục hình ix Trích yếu luận án x Thesis abstract xii KT Phần Mở đầu Tính cấp thiết đề tài 1.2 Mục tiêu nghiên cứu 1.3 Phạm vi nghiên cứu ng àn h 1.1 sĩ 1.3.1 Địa điểm nghiên cứu n 1.3.2 Thời gian nghiên cứu Những đóng góp đề tài 1.5 Ý nghĩa khoa học thực tiễn đề tài án tiế 1.4 1.5.1 Ý nghĩa khoa học ận 1.5.2 Ý nghĩa thực tiễn 2.1 Lu Phần Tổng quan tài liệu Những nghiên cứu nước bệnh dịch tả lợn 2.1.1 Trên giới 2.1.2 Ở Việt Nam 2.2 Bệnh dịch tả lợn 2.2.1 Virus dịch tả lợn 2.2.2 Một số đặc điểm dịch tễ học bệnh dịch tả lợn 19 2.2.3 Triệu chứng bệnh tích bệnh dịch tả lợn 22 2.2.4 Các phương pháp chẩn đoán bệnh dịch tả lợn 25 2.2.5 Phòng chống bệnh dịch tả lợn 26 2.2.6 Xu hướng sản xuất vaccine phòng bệnh Dịch tả lợn 28 2.2.7 Đáp ứng miễn dịch bệnh Dịch tả lợn tượng dung nạp miễn dịch 32 iii Phần Vật liệu phƣơng pháp nghiên cứu 36 3.1 Nội dung nghiên cứu 36 3.1.1 Nghiên cứu số đặc điểm dịch tễ học bệnh dịch tả lợn giai đoạn 2014 – 2017 miền Bắc Việt Nam 36 3.1.2 Hiện tượng mang trùng dung nạp miễn dịch 36 3.1.3 Một số đặc điểm dịch tễ học phân tử chủng virus phân lập 36 3.2 Vật liệu nghiên cứu 36 3.2.1 Số liệu nghiên cứu 36 3.2.2 Động vật thí nghiệm 36 3.2.3 Thuốc thử vật liệu thử 37 3.3 KT 3.2.4 Thiết bị, dụng cụ 37 Phương pháp nghiên cứu 38 àn h 3.3.1 Phương pháp nghiên cứu dịch tễ học 38 ng 3.3.2 Phương pháp tính tốn 38 3.3.3 Phương pháp xét nghiệm 39 sĩ 3.3.4 Phương pháp giải trình tự gen 45 n 3.3.5 Phương pháp xây dựng phả hệ 45 tiế 3.3.6 Phương pháp phân tích đặc điểm dịch tễ học phân tử 46 án 3.3.7 Phương pháp xử lý số liệu 46 Phần Kết thảo luận 47 Nghiên cứu số đặc điểm dịch tễ học bệnh dịch tả lợn giai đoạn ận 4.1 Lu 2014-2017 miền Bắc Việt Nam 47 4.1.1 Xác định vùng nghiên cứu 47 4.1.2 Xác định ca mắc bệnh dịch tả lợn 48 4.1.3 Tình hình bệnh dịch tả lợn theo vùng địa lý 54 4.1.4 Tình hình bệnh dịch tả lợn theo lứa tuổi, theo phương thức chăn nuôi theo giống lợn nuôi 57 4.1.5 Hệ số năm dịch hệ số tháng dịch bệnh dịch tả lợn 60 4.1.6 Tỷ lệ mắc tốc độ mắc bệnh bệnh dịch tả lợn đàn lợn nuôi từ 2014-2017 63 4.2 Hiện tượng mang trùng dung nạp miễn dịch 64 iv 4.2.1 Kết đánh giá tượng mang trùng lợn nái khả dung nạp miễn dịch lợn 65 4.2.2 Kết đánh giá khả dung nạp miễn dịch lợn sinh từ lợn nái tiêm vaccine dịch tả lợn đầu thai kỳ 68 4.3 Một số đặc điểm dịch tễ học phân tử chủng virus dịch tả lợn phân lập 74 4.3.1 Kết giám định virus dịch tả lợn kỹ thuật RT-PCR 74 4.3.2 Kết phân tích tính đa dạng di truyền CSFV 75 4.3.3 Đặc điểm biến đổi gen E2 chủng CSFV 80 4.3.4 Kết nghiên cứu phân tích phả hệ CSFV Việt Nam 87 KT 4.3.5 Đặc điểm dịch tễ học phân tử virus gây bệnh dịch tả lợn Việt Nam theo không gian thời gian 91 Kết luận 95 ng 5.1 àn h Phần Kết luận đề nghị 95 5.1.1 Một số đặc điểm dịch tễ học bệnh dịch tả lợn giai đoạn 2014-2017 sĩ miền Bắc Việt Nam 95 n 5.1.2 Hiện tượng mang trùng dung nạp miễn dịch 95 Đề nghị 96 án 5.2 tiế 5.1.3 Dịch tễ học phân tử virus dịch tả lợn 96 Danh mục cơng trình cơng bố có liên quan đến luận án 97 ận Tài liệu tham khảo 98 Lu Phụ lục 116 v DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT Chữ viết đầy đủ 3’ NTR 3' nontranslated region 5’NTR 5' nontranslated region aa Amino acid BD Boder disease BDV Border Disease Virus BNNPTNT Bộ Nông nghiệp Phát triển Nông thôn Bp Base pair BVDV Bovine Viral Diarrhea Virus cDNA Complementary deoxyribonucleic acid CI Confidence Interval CPE Cytophathogenic Effect cs Cộng CSF Classical Swine fever CSFV Classical Swine Fever Virus CSMBTBT Chỉ số mắc bệnh trung bình tháng Ctv Cộng tác viên DNA Deoxyribonucleic Acide EC h àn ng sĩ n tiế án ận Deoxyribonucleoside triphosphate Lu dNTP KT Chữ viết tắt European Community ELISA Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay FAO Food and Agriculture Organization HSTD Hệ số tháng dịch HSND Hệ số năm dịch HT Huyết IHC Immunohistochemistry MB Mắc bệnh M-MLV Moloney murine leukemia virus mRNA Messenger Ribonucleic acid vi Chữ viết đầy đủ NPLA Neutralization Peroxidase Linked Assay NS Nonstructural nt Nucleotide NXB Nhà xuất OIE Office International des Epizooties PCR Polymerase Chain Reaction RNA Ribonucleic Acide RT- PCR Reverse transcription-Polymerase Chain Reaction RT-nPCR Reverse Transcription – nested Polymerase Chain Reaction SNNC Số năm nghiên cứu TC Tổ chức TCID Tissue Culture Infective Dose TCVN Tiêu chuẩn Việt Nam TĐMM Tốc độ mắc TLHM Tỷ lệ mắc TLTV Tỷ lệ tử vong TT Thông tư USA United States of America USD United States dollar WTO h àn ng sĩ n tiế án ận Vietnam National University of Agriculture Lu VNUA KT Chữ viết tắt World Trade Organization vii DANH MỤC BẢNG STT Tên bảng Trang Kiểm tra độc lực virus CSF 15 4.1 Xác định ca bệnh mắc dịch tả lợn phản ứng ELISA 49 4.2 Tần suất xuất triệu chứng lợn mắc dịch tả lợn 50 4.3 Tần suất xuất bệnh tích lợn mắc dịch tả lợn 51 4.4 Tình hình bệnh dịch tả lợn theo vùng địa lý - cấp độ xã 54 4.5 Tình hình bệnh dịch tả lợn theo vùng địa lý - cấp độ đàn 55 4.6 Tình hình bệnh dịch tả lợn theo vùng địa lý - cấp độ cá thể 55 4.7 Tình hình bệnh dịch tả lợn theo vùng địa lý - tỷ lệ tử vong 56 4.8 Tình hình bệnh dịch tả lợn theo lứa tuổi 58 4.9 Tình hình bệnh dịch tả lợn theo phương thức chăn nuôi 58 4.10 Tình hình bệnh dịch tả lợn theo giống lợn nuôi 59 4.11 Hệ số năm dịch dịch tả lợn từ năm 2014 - 2017 60 sĩ ng àn h KT 2.1 n 4.12a Hệ số tháng dịch dịch tả lợn từ 2014 - 2017 61 tiế 4.12b Hệ số tháng dịch dịch tả lợn từ 2014 - 2017 62 Tỷ lệ mắc bệnh dịch tả lợn đàn lợn nuôi từ 2014 - 2017 63 4.14 Tốc độ mắc bệnh dịch tả lợn đàn lợn nuôi từ 2014 - 2017 64 4.15 Kết xét nghiệm lưu hành virus lợn nái trước phối giống 66 4.16 Kết xét nghiệm kháng thể lợn 35 ngày tuổi 67 4.17 Kết xét nghiệm kháng thể lợn 56 ngày tuổi 68 4.18 Kết lấy mẫu để kiểm tra tượng dung nạp miễn dịch 69 Lu ận án 4.13 4.19a Kết phịng thí nghiệm xét nghiệm kháng thể lợn 35 ngày tuổi 70 4.19b Kết phịng thí nghiệm xét nghiệm kháng thể lợn 35 ngày tuổi 71 4.20a Kết phịng thí nghiệm xét nghiệm kháng thể lợn 56 ngày tuổi 72 4.20b Kết phịng thí nghiệm xét nghiệm kháng thể lợn 56 ngày tuổi 73 4.21 Tỷ lệ tương đồng nucleotide chủng Dịch tả lợn Việt Nam chủng tham chiếu 81 4.22 Tỷ lệ tính tương đồng Amino acid chủng Dịch tả lợn Việt nam chủng tham chiếu 82 viii Kết phân tích bảng 4.5: Tình hình bệnh dịch tả lợn theo vùng địa lý – cấp độ đàn > Dataset AnovaModel.2 summary(AnovaModel.2) Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) Vung_dia_ly_cap_do_dan 1882.1 941.0 107.6 0.00000052 *** Residuals 78.7 8.7 Signif codes: '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' h KT > with(Dataset, numSummary(Ty_le, groups=Vung_dia_ly_cap_do_dan, + statistics=c("mean", "sd"))) mean sd data: n Dong_Bac_Bo 34.44444 2.3570226 Dong_Bang_Song_Hong 58.33333 0.7856742 Tay_Bac_Bo 29.72222 4.4790321 Lu ận án tiế n sĩ ng àn > local({ + Pairs AnovaModel.4 summary(AnovaModel.4) Df Sum Sq Mean Sq F value Vung_dia_ly 28.75 14.37 2.074 Residuals 37 256.43 6.93 Pr(>F) 0.14 > with(Dataset, numSummary(Ty_le_tu_vong, groups=Vung_dia_ly, statistics=c("mean", "sd"))) mean sd data: n Dong_Bac_Bo 94.00792 2.861991 12 Dong_Bang_Song_Hong 92.13452 2.554527 16 Tay_Bac_Bo 93.68380 2.494388 12 sĩ ng àn h KT > local({ + Pairs Dataset AnovaModel.5 summary(AnovaModel.5) Df Sum Sq Mean Sq F value Lua_tuoi 79.97 19.991 61.77 Residuals 15 4.85 0.324 Signif codes: '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' Pr(>F) 0.00000000388 *** àn h KT > with(Dataset, numSummary(Ty_le, groups=Lua_tuoi, statistics=c("mean", "sd"))) mean sd data: n Lon_1-3 thang 5.9559938 1.05024285 Lon_3-6 thang 1.6098336 0.52051612 Lon_con_theo_me 1.6217507 0.44580009 Lon_duc_giong 0.5845925 0.19832482 Lon_nai 0.5628678 0.07872913 tiế n sĩ ng > local({ + Pairs