Xây dựng quy trình phát hiện ctdna bằng công nghệ giải trình tự thế hệ mới trong ung thư đại trực tràng giai đoạn sớm

ỦY BAN NHÂN DÂN THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH SỞ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƢỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH CHƢƠNG TRÌNH KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ CẤP THÀNH PHỐ BÁO CÁO TỔNG HỢP KẾT QUẢ NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ XÂY DỰNG QUI TRÌNH PHÁT HIỆN CtDNA BẰNG CƠNG NGHỆ GIẢI TRÌNH TỰ THẾ HỆ MỚI TRONG UNG THƢ ĐẠI TRỰC TRÀNG GIAI ĐOẠN SỚM Cơ quan chủ trì nhiệm vụ: ĐẠI HỌC Y DƢỢC TP.HCM Chủ nhiệm nhiệm vụ: GS.TS.BS Trần Diệp Tuấn Thành phố Hồ Chí Minh – 2021 ĐẠI HỌC Y DƯỢC CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH Độc lập – Tự – Hạnh phúc Tp Hồ Chí Minh, ngày tháng năm 2021 BÁO CÁO THỐNG KÊ KẾT QUẢ THỰC HIỆN NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KH&CN I THÔNG TIN CHUNG Tên nhiệm vụ: Xây dựng qui trình phát ctDNA cơng nghệ giải trình tự hệ ung thư đại trực tràng giai đoạn sớm Thuộc: Chương trình/lĩnh vực: Cơng nghệ sinh học/Y Dược Chủ nhiệm nhiệm vụ: 2.1 Đồng chủ nhiệm nhiệm vụ - Họ tên: Trần Diệp Tuấn - Ngày tháng năm sinh: 1967 Giới tính: Nam - Học hàm, Học vị: Giáo sư, Tiến sĩ, Bác sĩ Chuyên ngành: Nhi - Năm đạt học vị: 2003 - Chức danh khoa học: Giáo sư Năm phong chức danh: 2021 - Tên quan công tác: Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh - Chức vụ: hiệu trưởng - Địa quan: 217 Hồng Bàng, phường 11, quận 5, Tp HCM - Điện thoại quan: 028.38558441 Fax: 028.38552304 - Địa nhà riêng: - Điện thoại nhà riêng: - Điện thoại di động: +84 985598528 - E-mail: dieptuan@ump.edu.vn Tổ chức chủ trì nhiệm vụ: - Tên tổ chức chủ trì nhiệm vụ: Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh - Điện thoại: 028.38558441 Fax: 028.38552304 - E-mail: Website: http://www.yds.edu.vn - Địa chỉ: 217 Hồng Bàng, phường 11, quận 5, Tp HCM - Họ tên thủ trưởng tổ chức: NGUYỄN HOÀNG BẮC - Số tài khoản: 3713.0.1057277.00000 - Tại ngân hàng: kho bạc Nhà nước: quận 5, Tp HCM - Tên quan chủ quản đề tài: Sở Khoa học Cơng nghệ TP Hồ Chí Minh II TÌNH HÌNH THỰC HIỆN Thời gian thực nhiệm vụ: - Theo Hợp đồng số 52/2019/HĐ-QPTKHCN ký kết: từ 12 tháng 08 năm 2019 đến 12 tháng 08 năm 2021 - Thực tế thực hiện: từ 31 tháng năm 2019 đến 31 tháng năm 2021 - Được gia hạn (nếu có): Khơng gia hạn Kinh phí sử dụng kinh phí: a) Tổng số kinh phí thực hiện: 3.155.000.000 đ, đó: + Kính phí hỗ trợ từ ngân sách khoa học: 3.155.000.000 đ + Kinh phí từ nguồn khác: đ b) Tình hình cấp sử dụng kinh phí từ nguồn ngân sách khoa học: Số Theo kế hoạch Thực tế đạt TT Thời gian Kinh phí Thời gian (Tháng, năm) (Tr đ) (Tháng, năm) (Tr đ) 9/2019 1.577 9/2019 1.577 1.577 9/2020 1.262 9/2020 1.262 1.262 8/2021 316 - - - c) Kết sử dụng kinh phí theo khoản chi: Kinh phí Ghi (Số đề nghị quiết tốn) Đối với đề tài: Đơn vị tính: triệu đồng Số T T Theo kế hoạch Nội dung khoản chi Trả công lao động (khoa học, phổ vật liệu, Tổng NSKH 684,8890 684,8890 5 thông) Thực tế đạt Nguyên, lượng 2.299,517 2.299,517 Nguồn khác Nguồn Tổng NSKH 684,88 684,88 684,889 905 905 05 khác 2.296,7 2.296,7 2.299,51 43 43 9,850 9,850 10,850 150 150 150 9,7439 9,7439 5 Thiết bị, máy móc Xây dựng, sửa chữa nhỏ Chi cho hội đồng tự đánh giá kết 10,850 10,850 150 150 9,74395 9,74395 3.155 3.155 thực Chi quản lý nhiệm vụ KHCN Chi khác liên quan 10 hoạt động nghiên cứu Tổng cộng - Lý thay đổi (nếu có): 3.151,2 3.151,2 26 26 9,74395 3.155 Các văn hành q trình thực đề tài/dự án: (Liệt kê quiết định, văn quan quản lý từ công đoạn xét duyệt, phê duyệt kinh phí, hợp đồng, điều chỉnh (thời gian, nội dung, kinh phí thực có); văn tổ chức chủ trì nhiệm vụ (đơn, kiến nghị điều chỉnh có) Số Số, thời gian ban Tên văn TT hành văn Số 589/QĐ- Quyết định việc phê duyệt nhiệm ngày vụ nghiên cứu khoa học công nghệ SKHCN 03/7/2019 Số 383/ĐHYD- Công văn chấp thuận hội đồng đạo HĐĐĐ ngày đức nghiên cứu y sinh học 30/7/2019 Số 52/2019/HĐ- Hợp đồng thực nhiệm vụ nghiên QPTKHCN ngày cứu khoa học công nghệ 12/8/2019 Số 415/HĐ- Hợp đồng nghiên cứu khoa học ĐHYD ngày 23/8/2019 Số 416/HĐ- Hợp đồng giao khốn chun mơn ĐHYD ngày 23/8/2019 Số 1163/TTr- Tờ trình phê duyệt kế hoạch lựa chọn ĐHYD 11/9/2019 ngày nhà thầu nhiệm vụ nghiên cứu khoa học công nghệ Ghi Số 905/QĐ- Quiết định việc phê duyệt kế hoạch ngày lựa chọn nhà thầu nhiệm vụ nghiên SKHCN cứu khoa học công nghệ 30/9/2019 Số 5010A/QĐ- Quiết định việc phê duyệt kết ĐHYD ngày lựa chọn nhà thầu 06/11/2019 Tổ chức phối hợp thực nhiệm vụ: Số Tên tổ chức Tên tổ Nội dung Sản TT đăng tham gia chủ yếu chủ yếu đạt ký chức theo Thuyết tham gia minh phẩm Ghi * thực Viện Di Viện Di Nội dung 5: xác định ngưỡng Xác định truyền Y truyền Y phát qui trình (tần ngưỡng học học suất đột biến (MAF) thấp phát đột TP.HCM TP.HCM phát được) độ biến với tần lặp qui trình: suất thấp - Ngưỡng phát đột 0,1% biến qui trình phát cách trộn DNA mang đột biến chuẩn (TruQ1) với DNA không mang đột biến nồng độ pha loãng: 1%, 0,1%, 0,05% 0,01% Độ lặp qui trình xác định cách chuẩn bị mẫu giải trình tự lần cho nồng độ pha loãng Nội dung Xác định độ nhạy Xác định độ độ đặc hiệu qui trình - nhạy qui So sánh kết giải trình 84% trình tự mẫu máu mô u độ tương ứng từ 50 bệnh nhân hiệu UTĐTT để khẳng định 91,7% xác qui trình phát đột biến sinh dưỡng Kết giải trình tự ngoại kiểm phương pháp giải trình tự Sanger 10 mẫu mô u ngẫu nhiên - So sánh khả phát ctDNA 50 bệnh nhân UTĐTT nhóm đối chứng để xác định độ nhạy độ đặc hiệu qui trình: - Độ nhạy tỉ lệ phát ctDNA 50 mẫu UTĐTT Độ đặc hiệu tỉ lệ âm tính với ctDNA 100 người khoẻ mạnh đặc Cá nhân tham gia thực nhiệm vụ: (Người tham gia thực đề tài thuộc tổ chức chủ trì quan phối hợp, khơng 10 người kể chủ nhiệm) Số Tên cá Tên TT nhân cá Nội dung Sản phẩm chủ yếu đạt nhân tham gia chú* đăng ký tham gia theo thực Thuyết minh GS.TS GS.TS Điều hành Qui trình sinh thiết lỏng phát BS Trần BS Trần chung đột biến gen từ mẫu Diệp Diệp Thực UTĐTT Tuấn Tuấn nội Xác định độ nhạy độ đặc hiệu dung 1,5,6 qui trình PGS.TS PGS.TS Thực Qui trình cho bước tách chiết Đỗ BS Đỗ BS nội cfDNA từ huyết tương Thị Thị dung 2,3,4 Qui trình chuẩn bị thư viện giải Thanh Thanh Thuỷ Thuỷ trình tự Qui trình làm giàu thư viện chứa 20 gen mục tiêu Ghi TS TS Thực Qui trình cho bước tách chiết Nguyễn Nguyễn nội Hoài Hoài 2,3 Nghĩa Nghĩa dung cfDNA từ huyết tương Qui trình chuẩn bị thư viện giải trình tự Qui trình làm giàu thư viện chứa 20 gen mục tiêu TS TS Thực Xác định ngưỡng phát đột Giang Giang nội dung biến tối thiểu qui trình Hoa Hoa Xác định độ nhạy độ đặc hiệu qui trình sinh thiết lỏng TS TS Trần Hỗ trợ thực Qui trình cho bước tách chiết Trần Lê Lê Sơn nội cfDNA từ huyết tương Sơn dung 2,3 Qui trình chuẩn bị thư viện giải trình tự Qui trình làm giàu thư viện chứa 20 gen mục tiêu PGS.TS PGS.TS Thực Bộ mẫu UTĐTT mẫu BS BS nội dung Nguyễn Nguyễn Hoàng Hoàng Bắc Bắc TS ThS Phối hợp Xác định ngưỡng phát đột TS Phan Lương thực biến tối thiểu qui trình Minh Bắc An nội dung Xác định độ nhạy độ đặc hiệu Minh Duy nhóm người khoẻ mạnh theo yêu cầu đề cương nghiên cứu qui trình sinh thiết lỏng Phan Duy công tác dài hạn PGS.TS PGS.TS Thực Bộ mẫu UTĐTT mẫu Pha loãng thư viện đạt nồng độ 4nM định lượng thư viện - Pha loãng thƣ viện tổng nồng độ 4nM cách hút 8µl thƣ viện 10nM 12µl EBT - Đo nồng độ thƣ viện sau pha loãng theo hƣớng dẫn - Ghi nhận nồng độ thƣ viện Biến tính thư viện với NaOH 0,2N - Chuẩn bị ống 1,5mL Low-bind - Bổ sung 5µl NaOH 0,2N vào ống - Đặt đồng hồ đếm thời gian phút - Bổ sung 5µl thƣ viện 4nM, bắt đầu đếm thời gian - Trộn hỗn hợp pipet 20 lần, li tâm nhanh Pha loãng thư viện biến tính nồng độ 20pM - Sau phút, bổ sung 990µl HT1 vào ống trộn pipet - Thƣ viện sau biến tính có nồng độ 20pM Pha lỗng thư viện nồng độ 1,5pM nạp thư viện vào cartrige - Chuẩn bị 1300µl thƣ viện 1,5pM cách pha lỗng thƣ viện 20pM với dung dịch HT1 Trộn thƣ viện vortex, li tâm nhanh - Hỗn hợp thƣ viện 1,5pM sẵn sàng để nạp vào Cartrige - Cartrige đƣợc đảo lần, sử dụng khăn giấy lau hết nƣớc bề mặt cartrige - Gõ nhẹ nhàng cartrige lên mặt bàn đảm bảo dung dịch bên không bám thành hay nắp Kiểm tra bọt khí dung dịch - Dùng đầu típ 1000 tạo lỗ thủng lớp giấy bạc giếng 10 158 - Sử dụng pipet chuyển tồn 1300µl thƣ viện vào giếng 10 cartrige (hình 4) - Cartrige sẵn sàng cho bƣớc giải trình trình tự Hình 4: Vị trí nạp mẫu thƣ viện cartrige Chuẩn bị máy giải trình tự - Trên hình NextSeq 550, chọn Experiment - Tại cửa sổ chọn Sequence Cài đặt chương trình giải trình tự - Đặt tên đợt giải trình tự - Lựa chọn kiểu giải trình tự Paired-End - Nhập số chu kì cho read 76 chu kì - Nhập số chu kì cho read 76 chu kì - Nhập số chu kì index (i7) chu kì - Nhập số chu kì index (i5) chu kì - Lựa chọn thƣ mục lƣu liệu giải trình tự cách chọn Browse điều hƣớng tới thƣ mục lƣu trữ 159 - Chọn Purge consumables for this run để tiến hành rửa máy sau kết thúc chƣơng trình giải trình tự - Chọn Next - Nếu khơng điều chỉnh thêm chọn Next Lắp đặt Flowcell vào máy NextSeq 550 - Lấy Flowcell lần chạy trƣớc khỏi máy - Lấy Flowcell khỏi vỏ nhựa, làm bề mặt kính với giấy không bụi Chú ý, bề mặt Flowcell phải đảm bảo khơng cịn bụi bẩn gây ảnh hƣởng quét hình ảnh giải trình tự - Lắp Flowcell vào máy giải trình tự, Flowcell phải khớp vị trí (khoanh trịn) (hình 5) Hình 5: Vị trí đặt Flowcell máy giải trình tự - Nhấn Load, cửa flowcell tự động đóng, máy giải trình tự tiến hành quét kiểm tra mã định danh Flowcell - Chọn Next Làm bình chứa dung dịch thu hồi - Mở cửa vị trí E (vị trí gắn bình chứa dung dịch máy)(hình 6) 160 - Tháo khay dung dịch chứa dịch thu hồi (vị trí D) (hình 6), đổ bỏ dung dịch khay vào bình thu hồi, vệ sinh khay - Lắp bình chứa vào vị trí cũ, bình móc vào lẫy khố đƣợc Lắp hộp dung dịch giải trình tự vào máy giải trình tự - Tháo khay dung dịch sử dụng khỏi máy (vị trí C)(hình 6) - Lắp khay dung dịch vào, khay móc vào lấy khố đƣợc - Đóng cửa vị trí E Hình 6: Vị trí gắn vật dụng hệ thống giải trình tự NextSeq 550 Lắp Cartrige vào máy giải trình tự - Mở cửa vị trí A (vị trí gắn cartrige)(hình 6) - Tháo cartrige cũ khỏi máy, đặt cartrige vào (vị trí B)(hình 6) - Đóng cửa vị trí A - Chọn Load Hệ thống tự động di chuyển cartrige vào vị trí - Chọn Next - Phần mềm tự động kiểm tra tồn hệ thống Khi q trình kiểm tra kết thúc, khơng phát sinh lỗi bắt đầu giải trình tự - Nhấn Start để tiến hành chạy máy 161 Kiểm tra trình giải trình tự Hình 7: Màn hình thị thơng tin q trình giải trình tự Thơng tin tình trạng mẫu giải trình tự đƣợc thị qua thông số: - Quality Scores: Xác suất nucleotide giải trình tự có lỗi sai Chất lƣợng Q30 tƣơng ứng xác suất xảy lỗi 1/1000 - Cluster Density: Mật độ cụm đƣợc tạo mm2 (tối ƣu với kít Mid Output 150 cycles: 170-220K/mm2) - Clusters Passing Filter (%): Thể phần trăm số cụm vƣợt qua đƣợc yêu cầu chất lƣợng base giải trình tự (Q30) tín hiệu cụm không bị chồng lên Thông thƣờng, chất lƣợng giải trình tự tối ƣu cluster passing filter đạt > 90% - Estimated Yield: Khối lƣợng liệu dự kiến thu đƣợc D Một số lƣu ý quan trọng - Dung dịch NaOH 0,2N cần đƣợc chuẩn bị kiểm tra pH đạt yêu cầu trƣớc sử dụng 162 - Thời gian biến tính thƣ viện với NaOH quan trọng, ảnh hƣởng tới chất lƣợng gắn thƣ viện với adaptor flowcell - Bề mặt kính flowcell cần đƣợc vệ sinh cẩn thận, đảm bảo không bám bụi tác nhân cản quang - Cần đồng hệ thống định lƣợng thƣ viện với hệ thống giải trình tự, đảm bảo tỉ lệ pha lỗng thƣ viện đạt u cầu kít giải trình tự Tránh tƣợng tạo nhiều cụm giải trình tự (over-clustering) q cụm giải trình tự (lower cluster density) 163 PHỤ LỤC BẢN THÔNG TIN DÀNH CHO ĐỐI TƢỢNG NGHIÊN CỨU VÀ XÁC NHẬN CHẤP THUẬN THAM GIA NGHIÊN CỨU (Dành cho đối tượng nhóm bệnh) Tên nghiên cứu: Xây dựng qui trình phát ctDNA (circulating tumor DNA) ung thƣ đại trực tràng giai đoạn sớm cơng nghệ giải trình tự hệ Nghiên cứu viên chính: GS.TS.BS Trần Diệp Tuấn Đơn vị chủ trì: Đại học Y Dƣợc TP.HCM Cơ quan phối hợp nghiên cứu: Bệnh viện Đại học y dƣợc TpHCM I THÔNG TIN VỀ NGHIÊN CỨU Mục đích tiến hành nghiên cứu Ung thƣ đại trực tràng (UTĐTT) ung thƣ có tỉ lệ mắc cao Việt Nam Nếu UTĐTT đƣợc phát giai đoạn sớm, điều trị phƣơng pháp, tỷ lệ khỏi bệnh đạt từ 50 đến 100% Chính việc phát sớm UTĐTT quan trọng, giúp cải thiện tỉ lệ khỏi bệnh, thời gian sống nhƣ chất lƣợng sống bệnh nhân Các dấu ấn ung thƣ (tumor markers) có độ nhạy độ đặc hiệu tồn ngƣời khỏe mạnh, thƣờng đƣợc dùng để theo dõi đáp ứng điều trị tầm soát sớm ung thƣ Hiện nay, kỹ thuật sinh thiết lỏng phƣơng pháp đơn giản, khơng xâm lấn có độ tin cậy cao việc phát sớm ung thƣ Vì vậy, nghiên cứu nhằm phát triển kỹ thuật sinh thiết lỏng phát UTĐTT từ giai đoạn sớm, từ giúp can thiệp điều trị hiệu Tồn chi phí lấy máu phân tích mẫu đƣợc chi trả từ nguồn kinh phí đề tài nghiên cứu Nếu bệnh nhân không đồng ý tham gia nghiên cứu khơng ảnh hƣởng đến qui trình thăm khám điều trị bệnh nhân bệnh viện Chúng muốn nêu số lợi ích bất lợi trƣớc anh/chị đƣa quiết định đồng ý tham gia vào nghiên cứu Bất lợi:  Anh/chị cần thời gian để hỏi hiểu rõ nghiên cứu, nghe trả lời chi tiết liên quan đến nghiên cứu Nếu đồng ý tham gia, anh/chị cho lấy mẫu, phân tích mẫu máu 164  Anh/chị đƣợc rút 10 ml máu ngoại biên để lƣu giữ Anh/ chị có cảm giác đau lấy máu, nhƣng hết nhanh sau Lợi ích:  Anh/chị khơng cần chi trả khoản phí có liên quan tới nội dung nghiên cứu (bao gồm chi phí lấy máu giải trình tự gen từ mẫu máu)  Kết giải trình tự gen đƣợc thông báo trực tiếp cho bác sĩ điều trị cho anh/chị  Tồn thơng tin di truyền tình trạng bệnh sử anh/chị đƣợc bảo mật tuyệt đối  Những đóng góp anh/chị vào nghiên cứu đặc biệt giúp ích nhiều cho bệnh nhân UTĐTT sau này, bệnh nhân giai đoạn sớm Ngoài ra: Nghiên cứu đơn hoạt động chuyên môn, khơng hỗ trợ tài cho bệnh nhân tham gia nghiên cứu Nếu có thắc mắc liên quan đến nghiên cứu, anh/chị liên hệ với thành viên phụ trách: TS Nguyễn Hoài Nghĩa, điện thoại: 0932390734, nhnghia81@gmail.com II SỰ TỰ NGUYỆN THAM GIA VÀ TÍNH BẢO MẬT  Nếu anh/chị bị chẩn đốn mắc UTĐTT, muốn mời anh/chị tham gia vào nghiên cứu Quiết định tham gia hoàn toàn tự nguyện khơng ép buộc dụ dỗ anh/chị  Anh/chị từ chối, thay đổi quiết định hay rút khỏi nghiên cứu mà không lo ngại ảnh hƣởng đến qui trình thăm khám chữa bệnh thƣờng qui bệnh viện  Sau đƣợc cung cấp thơng tin nghiên cứu, lợi ích bất lợi đây, anh/chị cân nhắc thật kỹ, hỏi thành viên nhóm nghiên cứu câu hỏi thắc mắc Nếu đồng ý tham gia nghiên cứu anh/chị ký tên vào đồng thuận  Nghiên cứu thu thập thông tin sức khỏe của anh/chị Những thơng tin đƣợc giữ an tồn bảo mật 165 Hồ sơ bệnh án anh/chị đƣợc dán mã số nghiên cứu đƣợc kiểm tra thƣờng xun nhóm nghiên cứu Tên anh/chị khơng đƣợc sử dụng báo cáo nhƣ công bố khoa học liên quan Các thông tin khoa học khác từ mẫu máu đƣợc lƣu trữ an toàn đƣợc sử dụng đƣợc phép hội đồng y đức ngƣời tham gia nghiên cứu III PHẦN CHẤP THUẬN THAM GIA NGHIÊN CỨU Tôi đọc hiểu thơng tin đây, có hội xem xét đặt câu hỏi thông tin liên quan đến nội dung nghiên cứu Tôi nói chuyện trực tiếp với nghiên cứu viên đƣợc trả lời thỏa đáng tất câu hỏi Tôi nhận Bản Thông tin cho đối tƣợng nghiên cứu chấp thuận tham gia nghiên cứu Tôi tự nguyện đồng ý tham gia nghiên cứu Chữ ký ngƣ i tham gia: Họ tên _ ký _ Chữ Ngày tháng năm: _ Chữ ký Nghiên cứu viên/ngƣ i lấy chấp thuận: Tôi, ngƣời ký tên dƣới đây, xác nhận bệnh nhân/ngƣời tình nguyện tham gia nghiên cứu ký chấp thuận đọc toàn thông tin đây, thông tin đƣợc giải thích cặn kẽ cho Ơng/Bà Ơng/Bà hiểu rõ chất, nguy lợi ích việc Ông/Bà tham gia vào nghiên cứu Họ tên _ ký _ Ngày tháng năm: _ 166 Chữ BẢN THÔNG TIN DÀNH CHO ĐỐI TƢỢNG NGHIÊN CỨU VÀ XÁC NHẬN CHẤP THUẬN THAM GIA NGHIÊN CỨU (Dành cho đối tượng nhóm chứng) Tên nghiên cứu: Xây dựng qui trình phát ctDNA (circulating tumor DNA) ung thƣ đại trực tràng giai đoạn sớm cơng nghệ giải trình tự hệ Nghiên cứu viên chính: GS.TS.BS Trần Diệp Tuấn Đơn vị chủ trì: Đại học Y Dƣợc TP.HCM Cơ quan phối hợp nghiên cứu: Bệnh viện Đại học y dƣợc TpHCM IV THÔNG TIN VỀ NGHIÊN CỨU Mục đích tiến hành nghiên cứu Ung thƣ đại trực tràng (UTĐTT) ung thƣ có tỉ lệ mắc cao Việt Nam Nếu UTĐTT đƣợc phát giai đoạn sớm, điều trị phƣơng pháp, tỷ lệ khỏi bệnh đạt từ 50 đến 100% Chính việc phát sớm UTĐTT quan trọng, giúp cải thiện tỉ lệ khỏi bệnh, thời gian sống nhƣ chất lƣợng sống bệnh nhân Các dấu ấn ung thƣ (tumor markers) có độ nhạy độ đặc hiệu tồn ngƣời khỏe mạnh, thƣờng đƣợc dùng để theo dõi đáp ứng điều trị tầm soát sớm ung thƣ Hiện nay, kỹ thuật sinh thiết lỏng phƣơng pháp đơn giản, khơng xâm lấn có độ tin cậy cao việc phát sớm ung thƣ Vì vậy, nghiên cứu nhằm phát triển kỹ thuật sinh thiết lỏng phát UTĐTT từ giai đoạn sớm, từ giúp can thiệp điều trị hiệu Tồn chi phí lấy máu phân tích mẫu đƣợc chi trả từ nguồn kinh phí đề tài nghiên cứu Nếu ngƣời tham gia không đồng ý tham gia nghiên cứu khơng ảnh hƣởng đến qui trình thăm khám điều trị bệnh nhân bệnh viện Chúng muốn nêu số lợi ích bất lợi trƣớc anh/chị đƣa quiết định đồng ý tham gia vào nghiên cứu Bất lợi:  Anh/chị cần thời gian để hỏi hiểu rõ nghiên cứu, nghe trả lời chi tiết liên quan đến nghiên cứu Nếu đồng ý tham gia, anh/chị cho lấy mẫu, phân tích mẫu máu 167  Anh/chị đƣợc rút 10 ml máu ngoại biên để lƣu giữ Anh/ chị có cảm giác đau lấy máu, nhƣng hết nhanh sau Lợi ích:  Anh/chị khơng cần chi trả khoản phí có liên quan tới nội dung nghiên cứu (bao gồm chi phí lấy máu giải trình tự gen từ mẫu máu)  Kết giải trình tự gen đƣợc thơng báo trực tiếp cho cho anh/chị cho bác sĩ đƣợc anh/chị định  Anh/chị đƣợc giải thích kết giải trình tự gen (nếu có nhu cầu)  Những đóng góp anh/chị vào nghiên cứu đặc biệt giúp ích nhiều cho bệnh nhân UTĐTT sau này, bệnh nhân giai đoạn sớm Ngoài ra: Nghiên cứu đơn hoạt động chun mơn, khơng hỗ trợ tài cho ngƣời tham gia nghiên cứu Nếu có thắc mắc liên quan đến nghiên cứu, anh/chị liên hệ với thành viên phụ trách: TS Nguyễn Hoài Nghĩa, điện thoại: 0932390734, nhnghia81@gmail.com V SỰ TỰ NGUYỆN THAM GIA VÀ TÍNH BẢO MẬT  Anh/chị khơng mang khối u nội soi đại trực tràng kiểm tra, muốn mời anh/chị tham gia vào nghiên cứu với vai trị nhóm chứng nghiên cứu Quiết định tham gia hồn tồn tự nguyện khơng ép buộc dụ dỗ anh/chị  Anh/chị từ chối, thay đổi quiết định hay rút khỏi nghiên cứu mà không lo ngại ảnh hƣởng đến qui trình thăm khám chữa bệnh thƣờng qui bệnh viện sau  Sau đƣợc cung cấp thông tin nghiên cứu, lợi ích bất lợi đây, anh/chị cân nhắc thật kỹ, hỏi thành viên nhóm nghiên cứu câu hỏi thắc mắc Nếu đồng ý tham gia nghiên cứu anh/chị ký tên vào đồng thuận  Nghiên cứu thu thập thông tin sức khỏe của anh/chị Những thông tin đƣợc giữ an toàn bảo mật Hồ sơ anh/chị đƣợc dán mã số nghiên cứu đƣợc kiểm tra thƣờng xuyên nhóm nghiên cứu Tên anh/chị không đƣợc sử dụng 168 báo cáo nhƣ công bố khoa học liên quan Các thông tin khoa học khác từ mẫu máu đƣợc lƣu trữ an toàn đƣợc sử dụng đƣợc phép hội đồng y đức ngƣời tham gia nghiên cứu VI PHẦN CHẤP THUẬN THAM GIA NGHIÊN CỨU Tôi đọc hiểu thông tin đây, có hội xem xét đặt câu hỏi thông tin liên quan đến nội dung nghiên cứu Tơi nói chuyện trực tiếp với nghiên cứu viên đƣợc trả lời thỏa đáng tất câu hỏi Tôi nhận Bản Thông tin cho đối tƣợng nghiên cứu chấp thuận tham gia nghiên cứu Tôi tự nguyện đồng ý tham gia nghiên cứu Chữ ký ngƣ i tham gia: Họ tên _ ký _ Chữ Ngày tháng năm: _ Chữ ký Nghiên cứu viên/ngƣ i lấy chấp thuận: Tôi, ngƣời ký tên dƣới đây, xác nhận bệnh nhân/ngƣời tình nguyện tham gia nghiên cứu ký chấp thuận đọc tồn thơng tin đây, thơng tin đƣợc giải thích cặn kẽ cho Ông/Bà Ông/Bà hiểu rõ chất, nguy lợi ích việc Ơng/Bà tham gia vào nghiên cứu Họ tên _ ký _ Ngày tháng năm: _ 169 Chữ PHIẾU THU THẬP SỐ LIỆU MÃ SỐ MẪU (ID): THÔNG TIN BỆNH NHÂN : Họ tên BN (viết tắt tên BN): …………………………….………… Ngày sinh: …………………………………………Giới tính : Nam / Nữ Khoa/ Bệnh viện: …………………………………………………… Bác sĩ định:………………………… Điện thoại: ………………… Email :…………… ĐỐI TƢỢNG NGHIÊN CỨU: Đối tƣợng tham gia nghiên cứu bao gồm nhóm: - Nhóm bệnh nhân bị chẩn đoán mắc UTĐTT giai đoạn I, II, III chƣa di (theo tiêu chuẩn AJCC VII) chƣa qua phẫu thuật - Nhóm thứ ngƣời khỏe mạnh, khơng có tiền sử mắc ung thƣ, dị sản tế bào, bệnh tự miễn bệnh thận mạn tính Đối với ngƣời đến khoa thực xét nghiệm sàng lọc chẩn đoán ung thƣ, kết xét nghiệm phải âm tính THƠNG TIN BỆNH HỌC (nếu có) Kết sàng: chẩn đốn lâm …………………………………………………… Giai đoạn bệnh : ………………………………………………… Kết giải bệnh :….……………………………………………………… 170 phẫu Vị trí, kích thƣớc mức độ biệt hóa khối u: Nếu kết sàng lọc chẩn đốn ung thƣ âm tính, xin bổ sung thơng tin sau: Có tiền sử dị sản tế bào, bệnh tự miễn bệnh thận mạn tính: • Có • Không 171 PHỤ LỤC 172