Nghiên cứu mối liên hệ giữa đặc điểm hình thái di truyền và hàm lượng saponin ở cây đinh lăng polyscias fruticosa

SỞ NƠNG NGHIỆP VÀ PTNT CỘNG HỊA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH Độc lập – Tự – Hạnh phúc TRUNG TÂM CÔNG NGHỆ SINH HỌC BÁO CÁO TỔNG HỢP KẾT QUẢ NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ NGHIÊN CỨU MỐI LIÊN HỆ GIỮA ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI, DI TRUYỀN VÀ HÀM LƯỢNG SAPONIN Ở CÂY ĐINH LĂNG (Polyscias fruticosa) Cơ quan chủ trì nhiệm vụ: Trung tâm Cơng nghệ Sinh học TP HCM Chủ nhiệm nhiệm vụ: TS Nguyễn Xuân Dũng Thành phố Hồ Chí Minh - 2020 SỞ NƠNG NGHIỆP VÀ PTNT CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH Độc lập – Tự – Hạnh phúc TRUNG TÂM CÔNG NGHỆ SINH HỌC BÁO CÁO TỔNG HỢP KẾT QUẢ NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ NGHIÊN CỨU MỐI LIÊN HỆ GIỮA ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI, DI TRUYỀN VÀ HÀM LƯỢNG SAPONIN Ở CÂY ĐINH LĂNG (Polyscias fruticosa ) (Đã chỉnh sửa theo kết luận Hội đồng nghiệm thu ngày 26/6/2020) Chủ nhiệm nhiệm vụ: TS Nguyễn Xuân Dũng Cơ quan chủ trì nhiệm vụ PGS TS Dương Hoa Xơ Thành phố Hồ Chí Minh - 2020 SỞ NƠNG NGHIỆP VÀ PTNT THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH TRUNG TÂM CƠNG NGHỆ SINH HỌC CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc Thành phố Hồ Chí Minh, ngày tháng năm 2020 BÁO CÁO THỐNG KÊ KẾT QUẢ THỰC HIỆN NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KH&CN I THÔNG TIN CHUNG Tên nhiệm vụ: Nghiên cứu mối liên hệ đặc điểm hình thái, di truyền hàm lượng saponin Đinh lăng (Polyscias fruticosa) Thuộc: Chương trình mục tiêu phát triển giống cây, giống chất lượng cao địa bàn Thành phố Hồ Chí Minh giai đoạn 2016-2020 (Quyết định số 4652/QĐ-UBND ngày 06/09/2016) Chủ nhiệm nhiệm vụ: Họ tên: Nguyễn Xuân Dũng Ngày, tháng, năm sinh: 29/04/1979 Nam/ Nữ: Nam Học hàm, học vị: Tiến sĩ Chức danh khoa học: Nghiên cứu viên Điện thoại: Tổ chức: 08 -3715739 Fax: 08-38222568 Chức vụ: Trưởng phòng CNSH Thực vật Nhà riêng: 0650-3818746 Mobile: 093800438 E-mail: nxdung.snn@tphcm.gov.vn Tên tổ chức công tác: Trung tâm Công nghệ Sinh học TP Hồ Chí Minh Địa tổ chức: 2374 Quốc lộ 1, Phường Trung Mỹ Tây, Quận 12, TP HCM Địa nhà riêng: Khu 2, Phường Phú Hòa, Thị xã Thủ Dầu Một, Tỉnh Bình Dương Tổ chức chủ trì nhiệm vụ: Tên tổ chức chủ trì nhiệm vụ: Trung tâm Cơng nghệ Sinh học TP Hồ Chí Minh Điện thoại: (84 -37) 37153792 Fax: (84-28) 38 91 69 97 E-mail: ttcnsh.snn@tphcm.gov.vn Website: hcmbiotech.com.vn Địa chỉ: 2374 Quốc lộ 1, phường Trung Mỹ Tây, quận 12, TP Hồ Chí Minh Họ tên thủ trưởng tổ chức: PGS.TS Dương Hoa Xô Số tài khoản: 37131007645 Kho bạc: Kho bạc nhà nước TP Hồ Chí Minh Tên quan chủ quản đề tài: Sở Nông Nghiệp Phát triển Nông thôn TP Hồ Chí Minh II TÌNH HÌNH THỰC HIỆN Thời gian thực nhiệm vụ - Theo Hợp đồng ký kết: Từ 01/2017 đến 12/2019 - Thực tế thực hiện: Từ 01/2017 đến 12/2019 - Được gia hạn (nếu có): - Lần 1: Từ 01/2020 đến 06/2020 Kinh phí sử dụng kinh phí a) Tổng số kinh phí thực hiện: 700 tr.đ, đó: + Kính phí hỗ trợ từ ngân sách khoa học: 700 tr.đ + Kinh phí từ nguồn khác: tr.đ b) Tình hình cấp sử dụng kinh phí từ nguồn ngân sách khoa học: Số TT Theo kế hoạch Thời gian Kinh phí (Tháng, năm) (Tr.đ) 1/2017 -12/2017 150 1/2018 -12/2018 300 1/2019 -12/2019 250 Thực tế đạt Thời gian Kinh phí (Tháng, năm) (Tr.đ) 1/2017 -12/2017 149,444 1/2018 -12/2018 299,409 1/2019 -12/2019 242,109 Ghi (Số đề nghị toán) 149,444 299,409 242,109 c) Kết sử dụng kinh phí theo khoản chi: Đối với đề tài: Đơn vị tính: Triệu đồng Số TT Nội dung khoản chi Trả công lao động (khoa học, phổ thông) Nguyên, vật liệu, lượng Thiết bị, máy móc Xây dựng, sửa chữa nhỏ Chi khác Tổng cộng Theo kế hoạch Thực tế đạt Tổng NSKH Nguồn khác Tổng NSKH 229,989 229,989 229,989 229,989 311,004 311,004 285,813 285,813 0 0 0 0 0 159,007 700 159,007 700 175,160 690,962 175,160 690,962 Nguồn khác 0 0 - Lý thay đổi (nếu có): Các văn hành q trình thực đề tài/dự án: (Liệt kê định, văn quan quản lý từ công đoạn xét duyệt, phê duyệt kinh phí, hợp đồng, điều chỉnh (thời gian, nội dung, kinh phí thực có); văn tổ chức chủ trì nhiệm vụ (đơn, kiến nghị điều chỉnh có) Số TT Số, thời gian ban hành văn 333/QĐ-CNSH, 20/12/2016 325/QĐ-CNSH 20/12/2016 99/HĐGV-CNSH Tên văn Quyết định v/v phê duyệt đề tài nghiên cứu cấp sở Quyết định v/v thành lập Hội đồng khoa học xét duyện đề cương chi tiết đề tài khoa học cấp Trung tâm 2017 Hợp đồng giao việc thực đề Ghi 11/05/2017 111/QĐ-CNSH 18/05/2018 86/QĐ-CNSH 25/06/2019 tài cấp sở 2017 Quyết định v/v thành lập Hội đồng Khoa học đánh giá tiến độ đề tài nghiên cứu cấp Trung tâm Quyết định v/v thành lập Hội đồng Khoa học đánh giá tiến độ nghiệm thu nhiệm vụ khoa học công nghệ năm 2018 Tổ chức phối hợp thực nhiệm vụ: Số TT Tên tổ chức đăng ký theo Thuyết minh Tên tổ chức tham gia thực Nội dung tham gia chủ yếu Sản phẩm chủ yếu đạt Ghi chú* Nội dung tham gia Sản phẩm chủ yếu đạt Ghi chú* - Lý thay đổi (nếu có): Cá nhân tham gia thực nhiệm vụ: Số TT Tên cá nhân đăng ký theo Thuyết minh Tên cá nhân tham gia thực TS Nguyễn TS Nguyễn Xuân Dũng Xuân Dũng - Xây dựng đề cương, - Phân tích mối liên hệ đặc điểm hình thái, di truyền hàm lượng saponin - Báo cáo tổng kết nhiệm vụ ThS Nguyễn ThS Nguyễn Thanh Tài Thanh Tài Thu thập mẫu Đinh lăng - Phân tích đặc điểm hình thái, di truyền hàm lượng saponin KS Huỳnh ThS Bùi Thị Nguyễn Minh Tuyết Nghĩa - Thu thập mẫu Đinh lăng - Phân tích đặc điểm di truyền mẫu Đinh lăng thu thập CN Nguyễn CN Nguyễn Văn Long Văn Long - Thu thập mẫu Đinh lăng - Phân tích hàm lượng saponin mẫu Đinh lăng thu thập Cơ sở liệu đặc điểm hình thái, di truyền hàm lượng saponin - Bộ sưu tập giống Đinh lăng - Cơ sở liệu đặc điểm hình thái, di truyền - Bộ sưu tập giống Đinh lăng - Cơ sở liệu đặc điểm di truyền - Bộ sưu tập giống Đinh lăng - Cơ sở liệu đặc điểm saponin - Lý thay đổi: ThS Bùi Thị Tuyết nghỉ việc, bổ sung thành viên KS Huỳnh Nguyễn Minh Nghĩa Tình hình hợp tác quốc tế: Số TT Theo kế hoạch (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa điểm, tên tổ chức hợp tác, số đoàn, số lượng người tham gia ) Thực tế đạt (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa điểm, tên tổ chức hợp tác, số đoàn, số lượng người tham gia ) Ghi chú* - Lý thay đổi (nếu có): Tình hình tổ chức hội thảo, hội nghị: Theo kế hoạch Số (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa TT điểm ) Thực tế đạt (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa điểm ) Ghi chú* - Lý thay đổi (nếu có): Tóm tắt nội dung, cơng việc chủ yếu: (Nêu mục 15 thuyết minh, không bao gồm: Hội thảo khoa học, điều tra khảo sát nước nước ngoài) Số TT Các nội dung, công việc chủ yếu (Các mốc đánh giá chủ yếu) Thời gian (Bắt đầu, kết thúc tháng năm 2017 - tháng 12 năm 2019) Theo kế hoạch Thực tế đạt Bộ sưu tập 30 Thu thập nguồn mẫu Đinh lăng, 35 Đinh phân tích đặc điểm hình thái lăng Quy trình kỹ thuật sử dụng thị ISSR nhận diện dòng Đinh lăng nhỏ Cơ sở liệu Xác định hàm lượng saponin đặc điểm tổng số mẫu Đinh lăng thu hàm lượng thập saponin Thực thí nghiệm nghiên cứu đặc điểm di truyền loài Đinh lăng thị phân tử ISSR Người, quan thực ThS Nguyễn Thanh Tài KS Huỳnh Bộ sưu tập 30 Nguyễn Minh Đinh lăng Nghĩa CN Nguyễn Văn Long Quy trình kỹ ThS Nguyễn thuật sử dụng Thanh Tài thị ISSR KS Huỳnh nhận diện Nguyễn Minh dòng Đinh Nghĩa lăng nhỏ Cơ sở liệu CN Nguyễn đặc điểm Văn Long hàm lượng ThS Nguyễn saponin Thanh Tài Phân tích mối liên hệ đặc điểm hình thái, di truyền hàm lượng saponin Cơ sở liệu đặc điểm hình thái, di truyền hàm lượng saponin Cơ sở liệu đặc điểm hình thái, di truyền hàm lượng saponin TS Nguyễn Xuân Dũng ThS Nguyễn Thanh Tài - Lý thay đổi (nếu có): III SẢN PHẨM KH&CN CỦA NHIỆM VỤ Sản phẩm KH&CN tạo ra: a) Sản phẩm Dạng I: Số TT Tên sản phẩm tiêu chất lượng chủ yếu Đơn vị đo Số lượng Theo kế hoạch Thực tế đạt Bộ sưu tập mẫu giống Đinh lăng nhỏ khu vực An Giang, Tây Ninh, Đồng Tháp, Đà Lạt Thành phố Hồ Chí Minh Cây 30 30 -35 30 - Lý thay đổi (nếu có): b) Sản phẩm Dạng II: Số TT Tên sản phẩm Cơ sở liệu đặc điểm hình thái, hàm lượng saponin dòng Đinh lăng nhỏ thu thập Quy trình kỹ thuật sử dụng thị di truyền ISSR nhận diện dòng Đinh lăng nhỏ địa phương khác Yêu cầu khoa học cần đạt Theo kế hoạch Thực tế đạt Đảm tính xác, có giá trị tin cậy cao, sử dụng cho công tác nghiên cứu giảng dạy Đơn giản, dễ hiểu, dễ thực hiện, trao đổi lặp lại Ghi Có tính xác, có giá trị tin cậy cao, sử dụng cho cơng tác nghiên cứu giảng dạy Đơn giản, dễ hiểu, dễ thực hiện, trao đổi lặp lại - Lý thay đổi (nếu có): c) Sản phẩm Dạng III: Số TT Tên sản phẩm Bài báo khoa học Yêu cầu khoa học cần đạt Theo Thực tế kế hoạch đạt Số lượng, nơi công bố (Tạp chí, nhà xuất bản) Bài báo Bài báo Báo cáo khoa đăng đăng trên: kỷ yếu hội Tuyển tập báo học nghiên nghị khoa học cáo khoa học cứu giảng Hội nghị dạy sinh học khoa học quốc Việt Nam Nhà gia lần thứ Xuất Khoa nghiên cứu học Tự nhiện Công nghệ giảng dạy sinh Nhà xuất học Việt Đại học Quốc Nam Hội gia TP HCM nghị Công nghệ Sinh học Toàn quốc năm 2019 - Lý thay đổi (nếu có): d) Kết đào tạo: Số TT Cấp đào tạo, Chuyên ngành đào tạo Cử nhân/Kỹ sư Thạc sĩ Số lượng Theo kế hoạch Thực tế đạt 1 1 Ghi (Thời gian kết thúc) 2018 2019 - Lý thay đổi (nếu có): đ) Tình hình đăng ký bảo hộ quyền sở hữu công nghiệp: Số TT Tên sản phẩm đăng ký Kết Theo kế hoạch Thực tế đạt Ghi (Thời gian kết thúc) - Lý thay đổi (nếu có): e) Thống kê danh mục sản phẩm KHCN ứng dụng vào thực tế Số TT Tên kết ứng dụng Thời gian Địa điểm (Ghi rõ tên, địa nơi ứng dụng) Kết sơ 2 Đánh giá hiệu nhiệm vụ mang lại: a) Hiệu khoa học cơng nghệ: - Góp phần làm rõ mối liên hệ hình thái, đặc điểm di truyền hàm lượng saponin Đinh lăng nhỏ trồng khu vực khác phía Nam Việt Nam - Cung cấp sở liệu đa dạng di truyền Đinh lăng nhỏ phục vụ cho công tác nghiên cứu giảng dạy b) Hiệu kinh tế xã hội: - Góp phần giải vấn đề khó khăn việc xác định chọn giống Đinh lăng nhỏ có hàm lượng Saponin cao; từ chọn giống Đinh có hàm lượng Saponin cao phục vụ cho sản xuất Tình hình thực chế độ báo cáo, kiểm tra nhiệm vụ: Số TT I II Nội dung Ghi (Tóm tắt kết quả, kết luận chính, người chủ trì…) Thời gian thực Báo cáo giám định Lần 18/05/2018 Lần 25/06/2019 Đề tài thực tiến độ nội dung thời gian so với đề cương nghiên cứu, tiếp tục thực Đề tài thực tiến độ nội dung thời gian so với đề cương nghiên cứu, tiếp tục thực Nghiệm thu sở Nghiệm thu Chủ nhiệm đề tài TS Nguyễn Xuân Dũng 26/6/2020 Đề tài thực đầy đủ nội dung nghiên cứu theo đề cương; đồng ý nghiệm thu đề tài chỉnh sửa theo góp ý thành viên hội đồng Thủ trưởng tổ chức chủ trì PGS.TS Dương Hoa Xơ MỤC LỤC DANH SÁCH CHỮ VIẾT TẮT iii DANH MỤC BẢNG iv DANH MỤC HÌNH v MỞ ĐẦU CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Giới thiệu chung Đinh lăng nhỏ 1.1.2 Thành phần saponin Đinh lăng nhỏ 1.1.3 Tình hình canh tác Đinh lăng nhỏ 1.2 Tổng quan nghiên cứu đa dạng di truyền thực vật 1.2.1 Khái niệm đa dạng di truyền thực vật 1.2.2 Các thị sử dụng nghiên cứu đa dạng di truyền thực vật 1.2.3 Đánh giá đa dạng di truyền 10 1.2.4 Vai trò nghiên cứu đa dạng di truyền thực vật 12 1.3 Tổng quan thị phân tử ISSR (Inter – Simple Sequence Repeat) 13 1.3.1 Khái niệm kỹ thuật ISSR 13 1.3.2 Nguyên lý thị ISSR 14 1.3.3 Đặc điểm kỹ thuật ISSR 15 1.3.4 Ưu nhược điểm thị ISSR 16 1.3.5 Ứng dụng thị ISSR 17 1.4 Tình hình nghiên cứu đa dạng di truyền Đinh lăng 18 1.4.1 Các nghiên cứu nước 18 1.4.2 Các nghiên cứu nước 19 CHƯƠNG NỘI DUNG – PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 21 2.1 Nội dung 21 2.2 Vật liệu 20 2.3 Phương pháp 23 i 480 350 270 W9 KT (bp) 1750 1350 1000 750 W10 KT (bp) 1500 1300 950 850 700 600 W11 KT (bp) 2200 1750 1350 1050 900 800 1 1 1 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 1 0 1 0 1 1 0 0 0 2 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 2 0 1 1 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 0 1 1 0 1 2 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 0 1 1 0 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 94 650 600 500 450 W1 W13 KT (bp) 1700 1350 1100 980 660 650 460 410 390 340 250 KT (bp) 1350 1000 900 800 700 650 550 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 0 1 0 1 1 1 1 0 1 1 0 0 1 0 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 0 1 1 0 1 1 2 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 0 1 1 95 450 350 350 250 UBC80 KT (bp) 1750 1350 1100 650 500 450 UBC8 11 KT (bp) 1500 1350 1200 1100 1000 900 750 700 600 500 350 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 0 0 1 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 0 1 0 1 1 96 UBC8 16 KT (bp) 1350 1100 1000 950 850 750 650 600 550 450 UBC8 25 KT (bp) 2250 1750 1500 1100 1000 950 850 450 350 250 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 0 1 2 0 1 0 1 0 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 0 1 1 0 1 97 UBC8 34 UBC8 35 KT (bp) 2250 2000 1750 800 400 350 250 KT (bp) 2750 2500 1750 1200 1100 1000 800 750 700 650 600 550 450 300 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 2 0 0 0 1 1 1 1 2 0 1 1 0 1 1 2 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 98 UBC8 41 KT (bp) 2400 2200 1200 1000 600 500 400 300 250 UBC88 KT (bp) 1500 1350 1200 1100 950 750 650 500 450 250 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 99 UBC88 KT (bp) 1200 1100 950 750 650 500 450 350 250 UBC8 90 KT (bp) 2200 2000 1600 1500 1100 900 800 700 600 500 450 400 300 280 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 0 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 0 0 1 1 1 0 0 0 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 0 0 0 1 1 1 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 100 1 1 1 0 0 1 1 1 0 0 1 1 1 0 0 1 1 1 0 0 1 1 1 0 0 1 1 1 0 0 1 1 1 0 0 1 1 1 0 0 0 1 1 1 0 0 0 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 0 2 1 1 1 1 2 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 UBC891 CT2 KT (bp) 1400 1350 1100 850 750 580 500 420 340 KT (bp) 2000 1800 1600 1400 1150 1100 980 780 650 490 450 350 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 101 0 1 1 1 1 0 0 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 0 2 0 1 1 0 0 1 0 0 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 CT3 KT (bp) 1000 760 740 680 510 450 350 340 CT4 KT (bp) 900 800 780 680 650 480 410 370 320 CT5 KT (bp) 2200 1700 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 0 1 1 0 0 2 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 102 1400 1300 1100 1000 950 900 700 680 580 520 450 CT6 KT (bp) 2200 1200 1100 900 800 750 620 550 480 CT8 KT (bp) 1100 900 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 103 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 0 0 0 0 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 850 700 600 RAM1 KT (bp) 2000 1500 1350 1100 1000 900 800 700 600 550 200 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 104 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 11 Quy trình kỹ thuật sử dụng thị ISSR đánh giá đặc điểm di truyền dòng Đinh lăng nhỏ (Polyscias frutocosa L Harms) địa phương khác I Hóa chất - PCR master mix - CTAB - Agarose tinh khiết – Top Vision - RNA/Proteinase K - Cồn tuyệt đối - Trình tự mồi ISSR sử dụng phản ứng PCR (Bảng 2.1) II Thiết bị - Máy đo quang phổ Nanodrop - Máy PCR - Bồn điện di - Máy phân tích hình ảnh điện di (geldoc) - Máy ly tâm III Vật liệu - Các mẫu Đinh lăng nhỏ thu thập khu vực địa lý khác IV Các bước tiến hành IV.1 Tách chiết DNA (xem phụ lục 3) IV.2 Tối ưu nhiệt độ bắt cặp mồi Dựa vào nhiệt độ nóng chảy (Tm - melting) mồi nhà xuất cung cấp, tiến hành tối ưu nhiệt độ bắt cặp mồi (Ta–anealing) cách thực phản ứng PCR với nhiệt độ bắt cặp mồi dao động khoảng ± 0C so với Tm Nhiệt độ bắt cặp mồi mà số băng DNA quan sát gel đạt nhiều rõ chọn nhiệt độ tối ưu (Phụ luc 1) Sau đó, sản phẩm PCR điện di gel agarose từ – 1,5% hiệu điện 107 U = 60V, sau nhuộm ethidium bromide để quan sát đoạn DNA khuếch đại ánh sáng tia tử ngoại bước sóng λ= 302 nm Bảng Thành phần phản ứng ISSR – PCR Thành phần Thể tích phản ứng (µl) Nước cất lần khử 10,5 trùng PCR master mix 12,5 Primer (10ρmol/µl) DNA khn (50 ng/µl) Tổng thể tích 25 Bảng Chu kỳ nhiệt phản ứng ISSR – PCR Bước Nhiệt độ (0C) Thời gian Chu kỳ Biến tính 95 10 phút Biến tính 95 30 giây Gắn mồi Tm* 45 giây Tổng hợp 72 45 giây Tổng hợp 72 10 phút Bảo quản ∞ ∞ 35 * Tm phụ thuộc vào mồi xác định cách chạy gradient nhiệt độ cho mồi 108 IV.3 Thực phản ứng PCR-ISSR với mẫu Đinh lăng thu thập Tiến hành phản ứng PCR với mồi ISSR mẫu DNA tách chiết từ Đinh lăng thu thập sau chọn nhiệt độ bắp cặp tối ưu Thanh phần phản ứng chu trình nhiệt (bảng 2) Sau đó, sản phẩm PCR điện di gel agarose từ – 1,5% hiệu điện U = 60V, sau nhuộm ethidium bromide để quan sát đoạn DNA khuếch đại ánh sáng tia tử ngoại bước sóng λ= 302 nm IV Đánh giá kết - Các băng thu từ sản phẩm PCR ghi nhận dạng nhị phân Sự diện không diện băng gel ghi nhận Sau ghi nhận tất dãy băng, số liệu lưu trữ phần mềm Excel - Dựa vào số liệu mã hóa nhị phân, phân tích đa hình thị ISSR tỷ lệ phần trăm băng đa hình tính cơng thức: P = npj/ nt *100, với nt tổng số băng; npj số băng đa hình - Phân nhóm dựa hệ số tương quan DICE, kiểu phân nhóm UPGMA (Unweighted Pair-Group Method with Arithmetical Averages) phần mềm NTSYSpc 2.10 109 12 Kết đào tạo STT Họ tên Bậc đào Trường tạo Nguyễn Thanh Tài Thạc sĩ Nguyễn Thị Kim Thoa Kỹ sư Tên khóa luận/luận văn Nghiên cứu đa dạng di Đại học truyền mẫu Đinh lăng Nông nhỏ (Polyscias fruticosa L Lâm TP Harms) miền Nam Việt HCM Nam thị phân tử ISSR Bước đầu nghiên cứu chọn Đại học lọc thị phân tử ISSR Tôn phù hợp cho việc đánh giá Đức đa dạng di truyền Thắng mẫu Đinh lăng Năm tốt nghiệp 2019 2018 13 Bài báo (1) Nguyễn Thanh Tài, Nguyễn Thị Kim Thoa, Bùi Thị Tuyết, Huỳnh Nguyễn Minh Nghĩa, Dương Hoa Xô, Nguyễn Xuân Dũng, 2018 Đánh giá đa dạng di truyền Đinh lăng nhỏ (Polyscias fruticosa L Harms) phía Nam Việt Nam thị phân tử ISSR Báo cáo khoa học Hội nghị khoa học quốc gia nghiên cứu giảng dạy sinh học Việt Nam lần thứ 3, tr 226-233 (2) Nguyễn Thanh Tài, Huỳnh Nguyễn Minh Nghĩa, Nguyễn Thị Kim Thoa, Dương Hoa Xô,Nguyễn Xuân Dũng Nghiên cứu đặc điểm di truyền phân tử số dòng đinh lăng nhỏ Polycias fruticosa (L) Harm miền Nam Việt Nam phân tích mối liên hệ với hàm lượng saponin, 2019 Tuyển tập Báo cáo toàn văn Hội nghị Cơng nghệ Sinh học Tồn Quốc năm 2019 Nhà xuất Đại học Quốc gia TP HCM, tr 528-533 110