đặc điểm lâm sàng và kiểu gen park của bệnh nhân parkinson khởi phát sớm

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH LÊ NGUYỄN THỤC NHI ĐẶC ĐIỂM LÂM SÀNG VÀ KIỂU GEN PARK CỦA BỆNH NHÂN PARKINSON KHỞI PHÁT SỚM LUẬN VĂN THẠC SĨ TP HỒ CHÍ MINH – 2022 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH LÊ NGUYỄN THỤC NHI ĐẶC ĐIỂM LÂM SÀNG VÀ KIỂU GEN PARK CỦA BỆNH NHÂN PARKINSON KHỞI PHÁT SỚM NGÀNH : NỘI KHOA (THẦN KINH) MÃ SỐ: 8720107 NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: 1.PGS.TS.MAI PHƯƠNG THẢO 2.TS.BS.TRẦN NGỌC TÀI THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH, NĂM 2022 LỜI CAM ĐOAN Đề tài đề tài nhánh đề tài Sở KHCN TPHCM, chủ nhiệm đề tài nhóm nghiên cứu đồng ý cho sử dụng số liệu nghiên cứu Các số liệu, kết luận văn trung thực chưa công bố cơng trình khác Tác giả Lê Nguyễn Thục Nhi MỤC LỤC DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT VÀ THUẬT NGỮ ANH - VIỆT i DANH MỤC BẢNG iii DANH MỤC HÌNH .iv DANH MỤC BIỂU ĐỒ v ĐẶT VẤN ĐỀ CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU .3 1.1 Tổng quan bệnh lý Parkinson .3 1.2 Vai trò yếu tố di truyền bệnh Parkinson thể khởi phát sớm 17 1.3 Tình hình nghiên cứu nước, giới .29 CHƯƠNG ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 33 2.1 Thiết kế nghiên cứu 33 2.2 Đối tượng nghiên cứu .33 2.3 Địa điểm thời gian nghiên cứu 33 2.4 Cỡ mẫu nghiên cứu 34 2.5 Định nghĩa biến số 34 2.6 Phương pháp công cụ đo lường, thu thập số liệu .35 2.7 Quy trình nghiên cứu 42 2.8 Phân tích, xử lý số liệu 43 2.9 Đạo đức nghiên cứu 44 CHƯƠNG KẾT QUẢ 45 3.1 Đặc điểm bệnh Parkinson mẫu nghiên cứu 45 3.2.Tương quan kiểu gen đặc điểm lâm sàng bệnh nhân Parkinson khởi phát sớm 50 CHƯƠNG BÀN LUẬN 62 4.1 Đặc điểm bệnh Parkinson mẫu nghiên cứu 62 4.2 Tương quan kiểu gen đặc điểm lâm sàng bệnh nhân Parkinson khởi phát sớm 66 KẾT LUẬN 83 KIẾN NGHỊ 84 TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC i DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT VÀ THUẬT NGỮ ANH - VIỆT Viết tắt Tiếng Anh Tiếng Việt ADN Acid Deoxyribonucleic ARN Acid ribonucleic ACMG The American College of Hiệp hội di truyền hệ gen Medical Genetics and Hoa Kì Genomics BN Bệnh nhân BV Bệnh viện ĐHYD Đại học Y Dược EOPD Early onset Parkinson’s Bệnh Parkinson khởi phát disease sớm HY Hoehn-Yahr LOPD Late onset Parkinson’s disease Bệnh Parkinson khởi phát muộn LP Likely pathogenic LS Có khả gây bệnh Lâm sàng MDS- Movement Disorder Society - Thang điểm đánh giá bệnh UPDRS Unified Parkinson’s Disease Parkinson thống theo Rating Scale Hiệp hội rối loạn vận động Multiplex Ligation-dependent Kỹ thuật khuếch đại đa đoạn Probe Amplification dò dựa vào phản ứng nối MLPA ii NGS Next-generation sequencing NST Giải trình tự gen hệ Nhiễm sắc thể P Pathogenic Chắc chắn gây bệnh PD Parkinson’s disease Bệnh Parkinson TPHCM Thành phố Hồ Chí Minh R Risk Nguy U Unidentified Không ghi nhận VUS Variant of uncertain Biến thể chưa xác định khả significance gây bệnh hay lành tính Whole exome sequencing Giải trình tự tồn exon WES iii DANH MỤC BẢNG Bảng 1.1 Hai mức độ tin cậy chẩn đoán lâm sàng bệnh Parkinson 10 Bảng 1.2.Tóm tắt gen đặc điểm gây bệnh thể Parkinson khởi phát sớm 19 Bảng 1.3 So sánh ưu nhược điểm phương pháp NGS giải trình tự Sanger 26 Bảng 1.4 Các kỹ thuật khảo sát thay đổi di truyền 27 Bảng 2.1 20 gen phân tích nghiên cứu .42 Bảng 3.1 Đặc điểm yếu tố liên quan đến bệnh Parkinson .46 Bảng 3.2 Triệu chứng khám bệnh lần đầu 47 Bảng 3.3 Phân bố giai đoạn Hoehn Yahr 47 Bảng 3.4 Giá trị trung bình thang điểm MDS-UPDRS 48 Bảng 3.5 Tỉ lệ BN phát biến thể dân số nghiên cứu .50 Bảng 3.6 Các đột biến P/LP/R 52 Bảng 3.7 Đặc điểm lâm sàng nhóm bệnh nhân mang đột biến P/LP/R, nhóm VUS nhóm bệnh nhân khơng mang đột biến 53 Bảng 3.8 So sánh đặc điểm BN mang đột biến PRKN không mang đột biến 55 Bảng 3.9 Thang điểm MoCA điểm MDS-UPDRS 1.4/ phần I BN mang biến thể P/LP gen PRKN .55 Bảng 3.10 Các đột biến nhóm BN mang nhiều đột biến 57 Bảng 3.11 So sánh đặc điểm LS BN mang biến thể nguy GBA1 BN không mang đột biến .59 Bảng 3.12 Các đột biến chưa xác định 60 Bảng 4.1 Tỉ lệ đột biến gen bệnh nhân EOPD .67 Bảng 4.2 So sánh đặc điểm BN PD18 với nghiên cứu khác 71 Bảng 4.3 So sánh đặc điểm BN mang đột biến LRRK2 PRKN với BN nghiên cứu tác giả Dächsel 75 iv DANH MỤC HÌNH Hình 1.1 Tương quan tuổi khởi phát số BN có tiền gia đình có PD Hình 2.1 Nguyên lý phản ứng MLPA 42 Hình 2.2 Lưu đồ chuẩn bị thư viện .44 Hình 2.3 Mơ hình lai-bắt giữ làm giàu thư viện gen mục tiêu .45 Hình 4.1 Mối quan hệ giai đoạn Hoehn-Yahr thời gian mắc bệnh BN 77 Hình 4.2 Sơ đồ cấu tạo gen LRRK2 vị trí đột biến .92 v DANH MỤC BIỂU ĐỒ Biểu đồ 2-1 Quy trình nghiên cứu 49 Biểu đồ 3-1 Phân bố đối tượng nghiên cứu theo giới 52 Biểu đồ 3-2 Tuổi khởi phát bệnh Parkinson 53 Biểu đồ 3-3 Thời gian mắc bệnh 53 Biểu đồ 3-4 Tương quan thời gian mắc bệnh giai đoạn Hoehn-Yahr .56 Biểu đồ 3-5 Phân bố điểm MDS-UPDRS phần 57 Biểu đồ 3-6 Tương quan thời gian mắc bệnh MDS-UPDRS III .57 Biểu đồ 3-7 Tỉ lệ phát biến đổi di truyền 58 ĐẶT VẤN ĐỀ Bệnh Parkinson bệnh lý thối hóa thần kinh phổ biến thứ hai sau Alzheimer Bệnh tiến triển chậm, nặng dần tế bào thần kinh chất đen, dẫn tới thiếu hụt chất dẫn truyền dopamine, gây rối loạn vận động dẫn tới tàn phế Ước tính năm 2020 có 9,4 triệu bệnh nhân Parkison tồn giới Có nhiều giả thuyết đặt nguyên gây bệnh Parkinson, yếu tố di truyền cho có mối liên quan đến bệnh sinh bệnh Trong năm gần đây, nhờ tiến kỹ thuật khảo sát di truyền giải trình tự gen hệ mới, phương pháp phân tích tồn exome, nhà nghiên cứu khám phá nhiều biến thể gen đóng vai trị sinh bệnh học Parkinson, đặc biệt bệnh nhân Parkinson khởi phát sớm Bệnh Parkinson khởi phát sớm định nghĩa hầu hết nghiên cứu trường hợp có tuổi khởi phát bệnh Parkinson trước 50 tuổi Những bệnh nhân có đặc điểm lâm sàng, đáp ứng điều trị đặc điểm di truyền khác biệt so với nhóm bệnh nhân Parkinson khởi phát muộn Khảo sát di truyền nhóm bệnh nhân khởi phát sớm đặc biệt quan tâm, giúp nhà khoa học, thần kinh học hiểu rõ xác định ngun nhân bệnh, giúp ích việc tiên lượng diễn tiến bệnh, đáp ứng điều trị thuốc, phần trả lời cho người bệnh thân nhân vấn đề tư vấn di truyền Bên cạnh đó, khảo sát gen kì vọng làm cho việc tiếp cận điều trị dễ dàng hơn, phát triển phương pháp điều trị trúng đích gen SNCA, GBA1 LRRK2 tương lai Hiện theo hướng dẫn European Federation of the Neurological Sciences (Liên đoàn khoa học thần kinh Châu Âu) khuyến cáo phân tích gen PRKN, PINK1, DJ-1 bệnh nhân Parkinson tuổi 35 có đặc điểm di truyền lặn Mỗi quần thể dân cư khác có khác tỉ lệ lưu hành đột biến gen, biểu đặc điểm lâm sàng vùng địa lý khác Hầu hết tác giả giới đề nghị thực khảo sát dân số khác để hoàn thiện tranh toàn cảnh dịch tễ, đặc điểm kiểu gen–kiểu hình bệnh Parkinson Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Mã Giới Gen Thay đổi Công bố/ Tiền BN PD Nữ c.4883G>C gen Khả Yếu (R1628P) gây nguy LRRK2 61 tố Có Khơng Nước Khơng máy Tuổi Thời Triệu Giai Thang điểm M khởi 36 gian chứng Run, đoạn phát mắc khám Hoehn bệnh bệnh cứng -Yahr bệnh PD Nữ LRRK2 72 c.4883G>C Yếu (R1628P) nguy PD Na LRRK2 c.4883G>C Yếu 99 m PRKN (R1628P) nguy PD Na LRRK2 c.4883G>C Yếu 80 m PINK1 (R1628P) nguy PD Na LRRK2 c.4883G>C Yếu 109 m (R1628P) nguy Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn tố Khơng Khơng Nước Không 48 lần Run Không 33 0.08 Run 2 Không 38 Run 1 Không 41 Run máy tố Khơng Có Nước máy tố Có Khơng Nước máy tố Không Không Nước giếng Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Mã Giới Gen Thay đổi Công bố/ Tiền BN PD Na c.4883G>C gen Khả Yếu 142 m (R1628P) gây nguy LRRK2 tố Khơng Có Nước Có máy Tuổi Thời Triệu Giai Thang điểm M khởi 39 gian 11 chứng Chậm đoạn phát mắc khám vận Hoehn bệnh bệnh động -Yahr 0.8 lần Run 11 bệnh PD 123 Nữ LRRK2 c.4883G>C Yếu (R1628P) nguy Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn tố Khơng Đã Nước máy Không 49 Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh GBA1 Bảng mô tả tương quan kiểu gen GBA1 đặc điểm lâm sàng BN PD khởi phát sớm Mã Giới Gen BN Thay đổi Công bố/ Tiền gen Khả Thuốc gây trừ bệnh Tuổi Thời Triệu Giai Thang điểm M Phần Hút Nguồn Tiền khởi gian chứng đoạn thuốc nước phát mắc khám Hoehn I bệnh bệnh -Yahr gia sâu Phần II lần đình đầu PD Na GBA1 g.9069G>A Yếu 41 m ATP13A (splice site nguy mutation) PD Na GBA1, c.1448T>C 68 m PRKN (L483P) Khả gây bệnh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn tố Khơng Khơng Nước Khơng 59 Run 10 16 Không 30 12 Run 16 20 máy Có Đã Nước máy Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh PD Na GBA1 91 m ATP13A c.1448T>C (L483P) Yếu tố Có nguy Đã Nước máy Khơng 48 Na GBA1 158 m EIF4G1 15 3 22 vận động PD Chậm c.1505G>A (R502H) Yếu tố Có nguy Đã Nước máy Khơng 40 15 Chậm vận động Bảng mô tả đặc điểm lâm sàng BN mang nhiều đột biến Mã BN Giới Gen Thay đổi Công bố/ Tiền gen Khả Thuốc gây bệnh trừ sâu Tuổi Thời Triệu Giai Thang điểm M Phần Hút Nguồn Tiền khởi gian chứng đoạn thuốc nước gia phát mắc khám đình bệnh bệnh Hoehn- I Yarh lần đầu Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Phần II Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh PD6 Nam GBA1, c.1448T>C PRKN (L483P) Có khả Có gây Đã Nước máy Không Nước Không 30 12 Run 16 20 Có 41 Chậm 20 2 bệnh PD1 Nữ 49 Gây bệnh LRRK2, LRRK2 PRKN, exon 49 đồng MAPT hợp tử Không giếng vận động Mất exon gen PRKN MAPT c.1788T>G(N59 6K) PD9 Nam LRRK2 LRRK2 PRKN c.4883G>C (R1628P) PRKN exon 2, lặp exon Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Gây bệnh Khơng Có Nước máy Khơng 33 0.08 Run Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh PHỤ LỤC BỆNH ÁN MINH HỌA TT Thông tin câu hỏi Trả lời Mã trả lời Ghi PHẦN A: THÔNG TIN CHUNG A1 Họ tên người tham gia Phạm nghiên cứu A2 Thị Mộng Đ Tên viết tắt _ Giới tính Nam Nữ _/ _/ 1985 A3 Ngày, tháng, năm sinh ngày/tháng/năm A4 Số hồ sơ A5 Lý khám _Tái khám Ghi rõ A6 Ngày khám 20 _/_1 / ngày/tháng/năm Nếu có _2021 _ PHẦN B: TIỀN SỬ CHUNG B1 B2 B3 Tiếp xúc thuốc trừ Có sâu, diệt cỏ Khơng Thường xuyên Đã Không Nước giếng Nước máy Nguồn khác Hút thuốc Nguồn nước PHẦN C: TIỀN SỬ BỆNH PARKINSON 47 C1 Theo lời khai Tuổi khởi phát C2 Thời gian mắc 16 năm bệnh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Theo lời khai Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh C3 C4 Có Khơng Run Đơ cứng Chậm vận động Giai đoạn Hoehn – Yahr Tiền gia đình Triệu chứng khám bệnh lần đầu Theo lời khai Theo lời khai PHẦN D: THÔNG TIN LÂM SÀNG D1 Khám lâm sàng D2 Thang điểm Phần I: 20 điểm MDS-UPDRS Phần II: 13 điểm Khám lâm sàng Phần III: điểm Phần IV: điểm Trạng thái lâm sàng D3 Liều levodopa Madopar 01v x cử Sifrol 0,75mg x cử Theo toa thuốc PHẦN E: KẾT QUẢ XÉT NGHIỆM SINH HĨA E1 E2 E3 E4 E5 TT Thơng tin câu Trả lời hỏi Ngày thực Ghi lời PHẦN F: GIẢI TRÌNH TỰ GIEN F1 Mẫu _ F2 Mã trả _/ _/ Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Viết tắt ngày/tháng/năm Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh F3 Số hồ sơ F4 Kết SCNA MLPA + NGS PRKN GBA11 PINK1 DJ-1 LRRK2 ATP13A2 VPS35 UCHL1 10 PLA2G6 10 11 FBXO7 11 12 DNAJC6 12 13 SYNJ1 13 14 HTRA2 14 15 EIF4G1 15 16 DNAJC13 16 17 CHCHD2 17 18 VPS13C 18 19 GCH1 19 20 MAPT 20 D6 Nếu có Kết người thân Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Ghi rõ Ghi rõ Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh PHỤ LỤC MINH HỌA KẾT QUẢ MLPA Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh PHỤ LỤC 10 DANH SÁCH BỆNH NHÂN THAM GIA NGHIÊN CỨU Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh PHỤ LỤC 11 CHẤP THUẬN CỦA HỘI ĐỒNG ĐẠO ĐỨC ĐHYD TP.HCM Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn