Đặc điểm phân tử của virus dengue 1 và mối liên quan với một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh sốt xuất huyết tại bệnh viện bệnh nhiệt đới giai đoạn 2017 2019

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO - BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y TẾ CÔNG CỘNG NGÔ THỊ THU HẰNG H P ĐẶC ĐIỂM PHÂN TỬ VIRUS DENGUE VÀ MỐI LIÊN QUAN VỚI MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM LÂM SÀNG, CẬN LÂM SÀNG Ở NGƯỜI BỆNH SỐT XUẤT HUYẾT TẠI BỆNH U VIỆN BỆNH NHIỆT ĐỚI GIAI ĐOẠN 2017-2019 H LUẬN VĂN THẠC SỸ KỸ THUẬT XÉT NGHIỆM Y HỌC MÃ SỐ CHUYÊN NGÀNH: 8720601 HÀ NỘI, 2022 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO - BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y TẾ CÔNG CỘNG NGÔ THỊ THU HẰNG H P ĐẶC ĐIỂM PHÂN TỬ VIRUS DENGUE VÀ MỐI LIÊN QUAN VỚI MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM LÂM SÀNG, CẬN LÂM SÀNG Ở NGƯỜI BỆNH SỐT XUẤT HUYẾT TẠI BỆNH VIỆN BỆNH NHIỆT ĐỚI GIAI ĐOẠN 2017-2019 U LUẬN VĂN THẠC SỸ KỸ THUẬT XÉT NGHIỆM Y HỌC MÃ SỐ CHUYÊN NGÀNH: 8720601 H NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: TS LÊ VĂN DUYỆT HÀ NỘI, 2022 i LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành luận văn Thạc sỹ, nỗ lực, cố gắng thân, tơi cịn nhận quan tâm, hướng dẫn tận tình giảng viên hướng dẫn, thầy giảng dạy quan tâm, giúp đỡ từ gia đình, bạn bè Bởi vậy, trang đầu tiên, tơi xin gửi lời cảm ơn tới quý thầy cơ, gia đình, bạn bè đồng nghiệp giúp đỡ tơi q trình hồn thành Luận văn Lời xin gửi lời cảm ơn sâu sắc tới: - TS Lê Văn Duyệt, Phó trưởng Khoa Vi sinh - sinh học phân tử, Trưởng labo sinh học phân tử - Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ương - ThS Nguyễn Duy Tiến, giảng viên trường đại học Y tế Công Cộng, H P đồng hành hỗ trợ cho tơi suốt q trình thực luận văn - PGS.TS Bùi Vũ Huy, bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương chủ nhiệm đề tài cấp nhà nước Sốt xuất huyết Dengue (mã số KC.10/16-20) - TS Phạm Ngọc Thạch, giám đốc bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương tạo điều kiện cho q trình học tập U Cảm ơn thầy trường Y tế Cơng Cộng q trình làm luận văn, thầy ln tận tình giúp đỡ, hướng dẫn, giúp tơi đến chặng đường cuối ngày hôm H Tôi xin gửi lời cảm ơn trân trọng tới Ban lãnh đạo Bệnh viện, cán bộ, nhân viên Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương giúp đỡ tạo điều kiện cho tiến hành nghiên cứu Cuối cùng, xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới gia đình, bạn bè đồng nghiệp bên động viên, ủng hộ suốt thời gian Học viên Ngô Thị Thu Hằng ii MỤC LỤC DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT i DANH MỤC BẢNG .ii DANH MỤC HÌNH iii ĐẶT VẤN ĐỀ MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Khái niệm sốt xuất huyết 1.1.1 Đại cương H P 1.1.2 Tác nhân gây bệnh 1.1.3 Cơ chế bệnh sinh 1.1.4 Dịch tễ học bệnh sốt xuất huyết 1.2 Tiêu chuẩn chẩn đoán phân độ lâm sàng sốt xuất huyết 1.2.1 Chẩn đoán lâm sàng U 1.2.2 Chẩn đoán cận lâm sàng 1.2.3 Phân độ lâm sàng 1.3 Cấu trúc virus Dengue 11 H 1.3.1 Các protein cấu trúc 11 1.3.2 Các protein không cấu trúc virus 12 1.4 Đặc điểm hệ gen virus Dengue 14 1.5 Sự biến đổi trình tự hệ gen đa dạng di truyền virus Dengue 16 1.6 Các phương pháp chẩn đoán 17 1.6.1 Phân lập virus 18 1.6.2 Phương pháp sinh học phân tử 18 1.6.3 Phát kháng nguyên 19 1.6.4 Xét nghiệm huyết học 20 1.7 Nghiên cứu biến đổi trình tự hệ gen giới Việt Nam 20 1.7.1 Trên giới 20 1.7.2 Tại Việt Nam 22 iii CHƯƠNG 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 23 2.1 Đối tượng nghiên cứu 23 2.1.1 Tiêu chuẩn lựa chọn vào nghiên cứu 24 2.1.2 Tiêu chuẩn loại trừ 24 2.2 Thời gian thu thập số liệu địa điểm nghiên cứu 24 2.3 Phương pháp nghiên cứu 24 2.3.1 Thiết kế nghiên cứu 24 2.3.2 Sơ đồ nghiên cứu 25 2.4 Cỡ mẫu 25 2.5 Phương pháp chọn mẫu 26 H P 2.6 Phương pháp thu thập số liệu 27 2.7 Các biến số nghiên cứu 27 2.8 Phương pháp phân tích số liệu 28 2.9 Vấn đề đạo đức nghiên cứu 28 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 29 U 3.1 Đặc điểm người bệnh nghiên cứu 29 3.2 Một số đặc điểm nhiệt độ, nhịp thở độ bão hòa oxy máu bệnh nhân sốt xuất huyết dengue 31 H 3.3 Một số đặc điểm sinh hóa cơng thức máu bệnh nhân mắc sốt xuất huyết dengue 31 3.4 Đặc điểm hệ gen DENV-1 33 3.4.1 Kết giải trình tự genome DENV-1 33 3.4.2 Kết phân tích đặc điểm gen DENV-1 34 3.5 Mối liên quan đột biến gen đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng 47 CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN 50 4.1 Tuổi, giới, nghề nghiệp bệnh nhân nghiên cứu 50 4.2 Một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng bệnh nhân sốt xuất huyết Dengue 51 4.2.1 Đặc điểm lâm sàng bệnh nhân sốt xuất huyết Dengue 51 4.2.2 Đặc điểm cận lâm sàng bệnh nhân sốt xuất huyết Dengue 53 iv 4.2.3 Đặc điểm hệ gen DENV-1 55 4.3 Kết giải trình tự hệ gen DENV-1 59 4.4 Mối liên quan đột biến acid amin DENV-1 với số đặc điểm lâm sàng cận lâm sàng 60 4.5 Hạn chế nghiên cứu, sai số biện pháp khắc phục sai số 62 4.5.1 Hạn chế nghiên cứu biện pháp khắc phục 62 4.5.2 Sai số nghiên cứu biện pháp khắc phục 62 KẾT LUẬN 63 KIẾN NGHỊ 64 TÀI LIỆU THAM KHẢO H P PHỤ LỤC H U i DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Tiếng Anh Tiếng Việt DSS Dengue shock syndrome Hội chứng sốc sốt xuất huyết DF Dengue fever Hội chứng sốt xuất huyết SGOT/AST Enzyme glutamic-oxaloacetic transaminase/aspARVate aminotransferase SGPT/ALT H P Enzyme glutamate-pyruvate transaminase/Alanin transaminase WHO World Health Organization HSBA Hồ sơ bệnh án U SXHD SXH DENV DENV-1 Tổ chức Y tế Thế giới H Sốt xuất huyết Dengue Sốt xuất huyết Virus Dengue Virus Dengue tuýp ii DANH MỤC BẢNG Bảng 2.1 Sơ đồ nghiên cứu 25 Bảng 3.1: Phân bố độ tuổi bệnh nhân nghiên cứu 29 Bảng 3.2: Đặc điểm số công thức máu bệnh nhân mắc SXHD 31 Bảng 3.3: Một số đặc điểm sinh hóa máu bệnh nhân mắc SXHD 32 Bảng 3.4: Đặc điểm số đông máu bệnh nhân bệnh nhân mắc SXHD 32 Bảng 3.5: Biến đổi acid amin protein Capsid DENV-1 34 Bảng 3.6: Biến đổi acid amin protein Pre-M DENV-1 35 Bảng 3.7: Đột biến acid amin protein E 36 H P Bảng 3.8: Đột biến acid amin protein NS1 38 Bảng 3.9: Đột biến acid amin protein NS2A 40 Bảng 3.10: Đột biến acid amin protein NS2B 42 Bảng 3.11: Đột biến acid amin protein NS3 43 Bảng 3.12: Đột biến acid amin protein NS4A 44 U Bảng 3.13: Đột biến acid amin protein NS4B 45 Bảng 3.14: Đột biến acid amin protein NS5 46 Bảng 3.15: Mối liên quan genotype tải lượng DENV-1 với phân H độ lâm sàng 47 Bảng 3.16: Mối liên quan genotype tải lượng DENV-1 với đối tượng bệnh nhân người lớn trẻ em 47 Bảng 3.17: Mối liên quan mức độ biến đổi acid amin với mức độ lâm sàng bệnh SXHD 48 Bảng 3.18: Mối liên quan mức độ biến đổi axít amin chủng DENV-1 gây bệnh đối tượng bệnh nhân người lớn trẻ em 49 iii DANH MỤC HÌNH Hình 1.1 Ảnh cấu trúc DENV Hình 1.2 Các khu vực bị nhiễm Dengue giới Hình 1.3 Bộ genome DENV 14 Hình 1.4 Cấu trúc đầu 5’UTR 15 Hình 1.5 Cấu trúc đầu 3’UTR 16 Hình 3.1 Kết giải trình tự hệ gen chủng DENV-1 nghiên cứu 33 H P H U iv TÓM TẮT NGHIÊN CỨU SXHD bệnh dịch truyền nhiễm địa phương xảy hàng năm Việt Nam có diễn biến phức tạp, có nhiều nghiên cứu dịch tễ, lâm sàng, vai trò gây bệnh nghiên cứu đặc điểm di truyền chưa nhiều Đề tài “Đặc điểm phân tử virus Dengue mối liên quan với số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng người bệnh sốt xuất huyết bệnh viện Bệnh Nhiệt đới giai đoạn 2017-2019” thực với mục tiêu: (1) Xác định đặc điểm gen virus Dengue tuýp gây bệnh sốt xuất huyết Dengue người bệnh điều trị Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương giai đoạn 2017-2019 (2) Phân tích mối liên quan H P biến đổi di truyền virus Dengue tuýp với số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng người bệnh mắc sốt xuất huyết Dengue Nghiên cứu tiến hành bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương từ tháng 2/2022 đến tháng 10/2022 Phương pháp nghiên cứu nghiên cứu mô tả cắt ngang sử dụng số liệu thứ cấp Đối tượng nghiên cứu 300 mẫu huyết tương U 300 bệnh nhân (100 bệnh nhân trẻ em có độ tuổi lớn 6, 200 bệnh nhân người lớn) xác định sốt Dengue giai đoạn 2017-2019, đủ ba cấp độ lâm sàng theo tiêu chuẩn Bộ Y tế năm 2011 300 mẫu huyết tương tiến hành xác H định geno-tuýp định lượng virus, sau lựa chọn 60 mẫu huyết tương có tải lượng DENV > 103 copies/mL thỏa mãn điều kiện có 30 mẫu DENV tuýp phân độ SXHD nặng SXHD cảnh báo để giải trình tự toàn hệ gen Tiến hành đánh giá đột biến trình tự nucleotide virus Dengue cách so sánh với 10 mẫu virus Dengue tuýp người bệnh mắc SXHD từ năm 2015 – 2016 chủng virus Dengue tuýp gây bệnh khu vực giới Tiếp theo tìm mối liên quan đột biến gen đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng người bệnh mắc SXHD Kết bàn luận: Về bệnh nhân, tỷ lệ mắc bệnh giới nam nữ khơng có khác biệt, độ tuổi cao 11-20, thấp > 60 Ở bệnh nhân mắc SXHD yếu tố giảm số lượng tiểu cầu, thời gian APTT kéo dài, giảm PT, tăng enzyme gan có mối liên quan với tình trạng bệnh Về kết giải 54 Khalil MAM, Tan J, Khalil MAU, Awan S, Rangasami MJBrn Predictors of hospital stay and mortality in dengue virus infection-experience from Aga Khan University Hospital Pakistan 2014;7(1):1-7 55 Hsieh C-C, Cia C-T, Lee J-C, Sung J-M, Lee N-Y, Chen P-L, et al A cohort study of adult patients with severe dengue in Taiwanese intensive care units: the elderly and APTT prolongation matter for prognosis 2017;11(1):e0005270 56 Lin S-W, Chuang Y-C, Lin Y-S, Lei H-Y, Liu H-S, Yeh T-MJJoI Dengue virus nonstructural protein NS1 binds to prothrombin/thrombin and inhibits prothrombin activation 2012;64(3):325-34 H P 57 Vijayakumar Balakrishnan S, Kailas LJIJoCP The coagulation profile of children admitted with dengue fever and correlation with clinical severity 2017;4(6):5 58 Hassan J, Borhany M, Abid M, Zaidi U, Fatima N, Shamsi TJTM Coagulation abnormalities in dengue and dengue haemorrhagic fever patients U 2020;30(1):46-50 59 Trung DT, Hien TT, Hung NT, Vinh NN, Hien PTD, Chinh NT, et al Liver involvement associated with dengue infection in adults in Vietnam H 2010;83(4):774 60 Kuo C-H, Tai D-i, Chang-Chien C-S, Lan C-K, Chiou S-S, Liaw YFJTAjotm, et al Liver biochemical tests and dengue fever 1992;47(3):265-70 61 Souza LJd, Alves JG, Nogueira RMR, Gicovate Neto C, Bastos DA, Siqueira EWdS, et al Aminotransferase changes and acute hepatitis in patients with dengue fever: analysis of 1,585 cases 2004;8:156-63 62 Cruz CD, Torre A, Troncos G, Lambrechts L, Leguia M Targeted fullgenome amplification and sequencing of dengue virus types 1-4 from South America J Virol Methods 2016;235:158-67 63 Pang X ZR, Cheng G., et al Progress towards understanding the pathogenesis of dengue hemorrhagic fever Virologica Sinica 2017;32(1):16-22 64 Molly OhAinle, Eva Harris Dengue Pathogenesis: Viral Factors In: Duane J Gubler EEO, Subhash Vasudevan, Jeremy Farrar, editor Dengue and Dengue Hemorrhagic Fever 2nd ed Printed and bound in the UK: CPI Group Ltd, Croydon, CR0 4YY; 2014 p 229-48 65 Descloux E, Cao-Lormeau V.M, Roche C, De Lamballerie X Dengue diversity and microevolution, French Polynesia 2001-2006: connection with epidemiology and clinics PLoS neglected tropical diseases 2009;3(8):e493 66 Tang Y, Rodpradit P, Chinnawirotpisan P, al e Comparative analysis of fulllength genomic sequences of 10 dengue serotype viruses associated with different genotypes, epidemics, and disease severity isolated in Thailand over H P 22 years Am J Trop Med Hyg 2010;83(5):1156-65 67 Jiang L, Ma D, Ye C, al E Molecular Characterization of Dengue Virus Serotype Cosmospolitan Genotype From 2015 Dengue Outbreak in Yunnan, China Frontiers in cellular and infection microbiology 2018;8:219 68 Rodriguez-Roche R, Blanc H, Bordería A.V, al e Increasing Clinical Severity U during a Dengue Virus Type Cuban Epidemic: Deep Sequencing of Evolving Viral Populations J Virol 2016;90(9):4320-33 H PHỤ LỤC 1: MẪU PHIẾU THU THẬP THÔNG TIN BỆNH NHÂN BỆNH VIỆN NHIỆT ĐỚI TRUNG ƯƠNG Mã số bệnh nhân: …………… BỆNH ÁN BỆNH NHÂN SỐT XUẤT HUYẾT I HÀNH CHÍNH Họ tên bệnh nhân: ……………………… Năm sinh: Giới: Nam /Nữ Dân tộc: …………Nghề nghiệp: ………… Mã số bệnh án: … Địa chỉ: …… …xã/phường: …….….Quận/huyện: ………Tỉnh/TP: ……… Địa liên hệ: (điện thoại NR): ….……… Điện thoại di động: …………… II LÂM SÀNG Nhiệt độ H P Nhịp thở Nồng độ SpO2 Ngày Ngày Ngày Ngày Ngày Ngày Ngày Ngày Ngày Ngày Ngày Ngày III CHỈ SỐ CẬN LÂM SÀNG Đơn vị Hemoglobin g/dl Hematocrid % U Chỉ số công thức máu Chỉ số Ngày Ngày 3 Ngày 6 Ngày H Hồng cầu Tế bào/L Bạch cầu Tế bào/L Tiểu cầu Tế bào/L Chỉ số đông máu Chỉ số PTs PT% (Prothrombin) Đơn vị Giây % Ngày Ngày Ngày Ngày Chỉ số Đơn vị APTT (Thromboplastin) Giây Ngày Ngày Ngày Ngày Ngày Ngày INR Fibrinogen g/l Chỉ số sinh hóa máu Chỉ số Đơn vị AST U/L ALT U/L Albumin g/l Bilirubin TP µmol/l Bilirubin TT µmol/l Ure Mg/dl Creatinin µmol/l Glucose Mmol/l CRP Mg/l H P U H Ngày Ngày PHỤ LỤC CÁC BIẾN SỐ NGHIÊN CỨU Nhóm biến số Nhóm đặc điểm nhân khẩu, dịch tễ đối tượng nghiên cứu Nhóm số lâm sàng Các biến số/Chỉ số - Tuổi - Nhóm tuổi - Giới - Nghề nghiệp - Cấp độ cảnh báo - Nhiệt độ - Nhịp thở - Nồng độ SpO2 Nhóm - Nhóm số huyết học: số cận lâm + Số lượng bạch cầu sàng + Số lượng tiểu cầu + Hematocrid + PT + APTT + Fibirinogen - Nhóm số sinh hóa: + Bộ men gan + Albumin + Bộ mật + Glucose + CRP - Chất lượng giải trình tự mẫu DENV + Độ dài genome mẫu thu + Mức độ đọc lặp lại đoạn DNA + Khả bao phủ đoạn gap Định nghĩa đơn vị - Tính theo năm - Phân theo nhóm tuổi - Nam/Nữ - Nghề - Theo phân độ Bộ Y tế - Độ - Lần/phút - Tỷ lệ % - Biến rời rạc - Biến nhị phân - Biến nhị phân - Biến rời rạc - Khơng có - Biến rời rạc - Biến rời rạc - Biến rời rạc H P - Tế bào/L - Biến rời rạc - Tế bào/L - Biến rời rạc U H Phân loại biến -% -% - Giây - g/L - U/L - g/l - µmol/l - mmol/l - mg/l - Lần - Tỷ lệ % - Lần - Biến rời rạc - Biến rời rạc - Biến rời rạc - Biến rời rạc - Biến rời rạc - Biến rời rạc - Biến rời rạc - Biến rời rạc - Biến rời rạc - Biến rời rạc - Biến rời rạc - Biến rời rạc Phương pháp Công cụ thu thập Hồi cứu Bệnh án trích xuất nghiên cứu liệu Hồi cứu Bệnh án trích xuất nghiên cứu liệu Hồi cứu Bệnh án trích xuất nghiên liệu cứu H P H U H P H U H P H U H P H U H P H U H P H U H P H U H P H U H P H U H P H U