Nghiên cứu căn nguyên, kết quả điều trị và xác định đường lây truyền của các chủng vi khuẩn đa kháng thuốc gây viêm phổi liên quan đến thở máy bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế

BỘ GIÁO DỤCVÀĐÀOTẠO TẾTRƯỜNGĐẠIHỌCYHÀNỘI BỘ Y TRẦNTHỊHẢININH NGHIÊNCỨUCĂNNGUYÊN,KẾTQUẢĐI ỀUTRỊVÀXÁCĐỊNHĐƯỜNG LÂYTRUYỀNCỦACÁCVIKHUẨNĐA KHÁNGTHUỐCGÂYVIÊMPHỔI LIÊNQUANĐẾNTHỞMÁYBẰNGKỸTHUẬTGI ẢITRÌNHTỰGENTHẾHỆ MỚI Chunngành: TruyềnnhiễmvàcácBệnhNhiệt đớiMãsố:62720153 TĨMTẮTLUẬNÁN TIẾNSĨYHỌC HÀNỘI –2022 CƠNGTRÌNHĐƯỢCHỒNTHÀNHTẠITR ƯỜNGĐẠI HỌCYHÀNỘI Ngườihướngdẫnkhoahọc: GS.TS.NguyễnVănKính PGS.TS.NguyễnVũTrungPh ảnbiện1: Phảnbiện2: Phảnbiện3: LuậnánsẽđượctrìnhbàytạiHộiđồngbảov ệ cấptrườngtại trư ờngĐạihọcYHà Nội vàohồi .giờ .ngày .tháng .năm2022 Cóthểtìmthấyluậnántại: Thưviệnquốcgia ThưviệntrườngĐạihọcY HàNội DANH MỤC CÁC CƠNG TRÌNH NGHIÊN CỨU ĐÃ CƠNG BỐLIÊNQUAN ĐẾNLUẬNÁN Tran Thi Hai Ninh, Nguyen Van Kinh, Nguyen Vu Trung(2018).Etiologyandtreatmentoutcomesofventilatorassociated pneumonia patients in ICU of National hospitalforTropicaldiseases,JournalofVietnamSocietyforInf ectiousDiseases,No.03(23),61-65 Trần Thị Hải Ninh, Lê Thị Hội, Nguyễn Thị Hoa, Đặng ThịHương,NguyễnVũTrung,NguyễnVănKính(2021).Thựctrạng mangvikhuẩnđa kháng bệnh nhân thở máy điều trịtại khoa Hồi sức tích cực Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trungương.Tạp chíTruyền nhiễmViệt Nam,Số2(34),53-57 A GIỚITHIỆULUẬNÁN Đặtvấnđề Viêm phổi liên quan đến thở máy (VPLQTM) nhiễmtrùngnặng,làmtăngtỷlệtửvong,thờigiannằmviệnvàchiphíđiều trị.CácvikhuẩnđakhánghoặcsiêukhángthuốcgâyVPLQTM mối đe dọa sức khỏe người Giảitrìnhtựgenthếhệmới(NGS)làcơngnghệtiên tiến,cungcấpnhiều thơng tin định danh xác vi khuẩn, xác định đặcđiểm kháng kháng sinh, kiểu gen, độclực nguồnlây truyềncủa vi khuẩn Công nghệ NGS giúp tăng cường điều tra dịchtễ học ổ dịch vi khuẩn đa kháng thuốc gây ra, từ canthiệp kịp thời, ngăn chặn lây lan vi khuẩn, mang lạikết điều trị tốt cho bệnh nhân (BN) Vì vậy, chúng tơitiếnhànhnghiêncứunày3mụctiêu: Xácđịnhcănnguyênvàđặctínhkhángkhángsinhcủacácvikhuẩngây viêmphổiliênquanthở máytạikhoaHồisứctíchcực,bệnhviệnBệnhNhiệtđớitrungương(7/2 017–1/2018) Đánh giá kết điều trị bệnh nhân viêm phổi liên quan thởmáy khoa Hồi sức tích cực, bệnh viện Bệnh Nhiệt đớitrungương(7/2017–1/2018) Xác định nguồn lây truyền vi khuẩn đa kháng thuốcgâyviêmphổiliênquanthởmáybằngkỹthuậtgiảitrìnhtựgenthếhệmới Tínhcấpthiếtcủađềtài VPLQTMlànhiễm trùngliên quan đến chăm sóc y tếthườnggặp nhấttạicáckhoaHồisứctíchcực(HSTC),chiếmtỷlệ 4075% Tỷ lệ tử vong VPLQTM báo cáo cao,daođộngtừ1478%.Đặcbiệt,trong10nămtrởlạiđây,sựxuấthiệncủacácvikhuẩnđakhánghoặc siêu kháng thuốc gâyVPLQTM mối đe dọa lớn sức khỏe người.Thực tế đặt nhu cầu cấp thiết tiến hành nghiên cứuchuyênsâuvềVPLQTMvàcănnguyêngâybệnhnhằmhạnchếtốiđa sựxuất hiệnbệnh,tăngcườnghiệuquảđiềutrịđểgiảmtỷlệtử v on g v n g ă n c hặnsựl â y truyềncácv i khuẩnđakháng thuốcgâyVPLQTM.Cơngnghệgiảitrìnhtựgenthếhệ mớivớinhữngưuđiểmvượt trộisẽgiúptăngcườngđiềutradịchtễhọccủa ổdịchnhiễmkhuẩnbệnhviện,từđócanthiệpkịpthờicácbiện pháp kiểm sốt nhiễm khuẩn, nhằm ngăn chặn lây lancủacácvikhuẩnđakhángthuốc.Thôngtintừcáckếtquảnghiêncứu giúp cho bác sỹ lâm sàng quản lý, chăm sóc tốt hơnchoBNnhiễmvikhuẩnđakhángthuốc,giúpcácnhàhoạchđịnhchí nhsáchxâydựngvàpháttriểncácchiếnlượcvềgiámsáttínhtrạngkháng thuốctạiBVvàcộngđồng Nhữngđónggóp mớicủaluận án KếtquảnghiêncứuchothấycănnguyêngâyVPLQTMgặpphổ biến vi khuẩn Gram âm, hàng đầu làA.baumanii,K pneumoniavàP aeruginosa Trong vi khuẩnGramdương,cănnguyêngặpnhiềunhấtlàS.aureus.Tỷlệbệnh nhân tử vong xin để tử vong 36,18% Thời gian nằmviệntươngđốidài,trungbìnhlà 28,0 ±18,0ngày ĐâylànghiêncứuđầutiêntạiViệtNamthựchiệngiảitrìnhtự tồn bộ genbằngcơngnghệgiảitrìnhtựgenthếhệmớicho 2000 chủng vi khuẩn đa kháng thuốc loàiA.baumannii,K pneumoniaevàE colinhằm giám sát dịch tễlây truyền chúng bệnh viện Nghiên cứu sựưu số dòng (linage) vi khuẩn đa kháng thuốc 3loài vi khuẩnA baumannii,K pneumoniaevàE colitại khoaHSTC, gen kháng kháng sinh phổ biến củanhững chủng vi khuẩn Đồng thời, chúng tơi xác địnhđược có mặt cụm lây truyền lồi vi khuẩn đakhángthuốctrêntạikhoaHSTC,chủyếuliênquanđếnmẫumơitrường Đâylàcơsởđểđềxuấtcanthiệpcácbiệnphápkiểmsốtnhiễmkhuẩnphùhợp Bố cụccủaluậnán Phần luận án bao gồm 127 trang, khơng kể bìa,lời cảm ơn, mục lục, danh mục phụ lục Cụ thể phầnđượcphânbốnhưsau:Đặtvấnđề2trang;Chương1– Tổngquan31trang;Chương2– Đốitượngvàphươngphápnghiêncứu30 trang; Chương 3–Kếtquả 31 trang; Chương 4–Bàn luận 30trang; Kết luận–2 trang; Khuyến nghị–1 trang Luận án có 14bảng,26biểuđồvà4hìnhvẽ Phầnphụlụcgồm139tàiliệuthamkhảo(tiếngViệtvàtiếngAnh); công cụ nghiên cứu (thông tin nghiên cứu dành choBN, biểu mẫu chấp thuận tham gia nghiên cứu, biểu mẫu thuthậpthơngtinvàquytrìnhthựchiện) B NỘI DUNG LUẬN ÁNCHƯƠNG1:TỔNGQUA N 1.1 Đạicươngvề viêmphổiliênquanthởmáy 1.1.1 Kháiniệm VPLQTM viêm phổi xuất sau 48 kể từ BNđược đặt ống nội khí quản mở khí quản thơng khí nhântạomàkhơngcóbằngchứngviêmphổitrướcđó 1.1.2 Tìnhhìnhviêmphổiliênquanthởmáy trênthế giới Tỷ lệ VPLQTM báo cáo dao động từ 5-40% số BNđượcthởmáyxâmnhậptừ2ngàytrởlênvàcósựkhácbiệtlớn,tùy thuộc vàokhuvựcđịalý,tínhchấtkhoaHSTCvàcáctiêuchísửdụngđểchẩnđốn 1.1.3 TìnhhìnhviêmphổiliênquanthởmáytạiViệtNam Tronggiaiđoạn2011–2015,tỉlệVPLQTMtạikhoaHSTCcủa số BVlớnnhưBVBạchMai,BVChợRẫyvàBVThống Nhất báo cáo khoảng 25% – 55% Giai đoạntừ 2016 đến nay, ghi nhận tỷ lệ mắc VPLQTM giảm so vớigiaiđoạntrước,tuymứcđộgiảmchưanhiều 1.2 Cănnguyênvikhuẩngâyviêmphổiliênquanthởmáy CănngunvikhuẩngâyVPLQTMthayđổitùythuộckhuvựcđịal ý,thờigian,đốitượngnghiêncứu,cáchlấybệnhphẩmcóxâmnhậphaykhơng xâm nhập Ngồi ra, tình trạng bênh lýnền,thờigiannằmviện,thờigianđặtốngNKQ,tiềnsử sửdụngkháng sinh yếu tố quan trọng ảnh hưởng tới cănnguyêngâybệnh.Cáccănnguyênthườnggặpbaogồmcáctrựckhuẩn Gramâm(vídụ:E.coli,K.pneumonia,Enterobacterspp, P.aeruginosavàAcinetobacter spp) cầu khuẩn Gramdương (ví dụ:S aureus,bao gồm cảS aureuskháng Methicillin(MRSA),Streptococcusspp) 1.2.1 Cănnguyên viêmphổi liênquanthởmáytạiViệt Nam CănnguyênvikhuẩngâyVPLQTMởViệtNamcũngtươngtựởcácnước phát triển, có mức thu nhập thấp trungbình,đólàcácvikhuẩnGramâmchiếmưuthế.Đángchúý,trên50% BN có ngun phân lập vikhuẩnđượcWHOcoilà“3cănngunhàngđầuquantrọng”: A.baumannii,P.aeruginosa,K.pneumonia,trongđó xácđịnhxuhướng trội lên củaA baumaniinhư nguyên hàng đầugâyVPLQTMtạicáccơ sởytế 1.2.2 Đặcđiểmkhángkhángsinhcủamộtsốvikhuẩnthườnggặpgâ yviêmphổiliênquanthởmáy A.baumanii:Tạihầuhếtcácquốcgiatrênthếgiới,trên50%cácchủ ngvikhuẩnnàyđãkhángvớihầu hết cáckhángsinhthếhệmới P aeruginosa: tỷ lệ kháng ceftazidime, fluoroquinolones,piperacillin/tazobactam carbapenems báo cáo mứccao, kháng carbapenems 50% có 14% có đềkhángvớiítnhất3nhómkhángsinh E.colivàK.pneumonia:trên50%cácchủngE.coliphânlậpđượct ại5trongsố6khuvực lãnhthổtheophânchiacủaWHOđãđềkhángvớifluoroquinolonesvàc ephalosporinsthếhệ3.Khoảng30%cácchủngK.pneumoniaphânlậpđ ượctạihầuhếtcácquốcgiathànhviêncủaWHOđãđềkhángvớicephalo sporinsthếhệ3.Tỷlệnàythậmchícịnlêntới60%tạimộtsốkhuvựcnhấtđịnh 1.3 KếtquảđiềutrịBNviêmphổiliênquanthởmáy 1.3.1 ThờigiannằmviệncủaBNviêmphổiliênquanthởmáy Các nghiên cứu cho thấy BN mắc VPLQTM có thời gianthở máy, thời gian nằm khoa HSTC thời gian nằm việnđềudàihơnsovớinhữngBNkhơngmắc VPLQTM 1.3.2 TìnhhìnhtửvongởBNviêmphổiliênquanthởmáy Tỷ lệ tử vong báo cáo nghiên cứu quan sátthuần tập khác biệt nhau, dao động từ 14-78%, thường đượclýgiảidoquầnthểnghiêncứukhơngđồngnhấtvàhạnchếcủathiết kế nghiên cứu Ngồi ra, nguy mắc VPLQTM làkhơng giống tồn q trình thở máy (thường caonhấttrongvịng10ngàyđầutiênthởmáy)nêndễdẫnđếnsaisốkhiđán hgiátỷlệtửvongvìnhữngBNnặngnhấtsẽcóthờigiannằmviệnngắndohọ đãsớmtửvong 1.4 Ứng dụng kỹ thuật giải trình tự gen hệ trongnghiên cứunguồnlây truyền vi khuẩntrongbệnhviện 1.4.1 Đạicươngvềkỹthuậtgiảitrìnhtựgenthếhệmới Giải trình tự gen (giải trình tự DNA) trình xác địnhtrình tự bazơ nucleotide (As, Ts, Cs Gs) đoạnphân tử DNA Việc giải trình tự tồn hệ gen sinh vậtcósốlượngDNAlớnlàcựckỳphứctạp.Trongsuốthơnmộtthập kỷ qua, kỹ thuật NGS phát triển, tăng lưu lượng xửlýlên100đến1000lần,đónggópvào nhữngđổimớimangtínhcách mạngđểđẩylùitínhphứctạpcủahệgen.KỹthuậtNGSgiúp xác định sơ trình tự gen vi khuẩn vòng 1đến ngày kể từ vi khuẩn phân lập với giá thành hợplý, phù hợp với thực hành lâm sàng Những ưu điểm vượt trộicủa NGS so với kỹ thuật giải trình tự trước làm cho trởthànhphươngphápcótiềmnăngmạnhmẽtrongnghiêncứudịchtễhọ ccácbệnhtruyềnnhiễm Phương pháp giải trình tự Illumina: Công nghệ xếpIllumina,sắpxếptheo tổnghợp(Sequencingby Synthesis,SBS), cơng nghệ xếp theo trình tự hệ sửdụng rộng rãi toàn giới, tạo 90% liệu trình tựcủa thếgiới 1.4.2 Ứngdụngkỹthuậtgiảitrìnhtựgenthếhệmớitrongxácđịnhsựlâ ytruyềncủavikhuẩntrongbệnhviện Nhiễmkhuẩnbệnhviệnlànguyên nhânquantrọngtạor a gánh nặng bệnh tật tử vong cho BN điều trị nội trú, làgánhn ặ n g k i n h t ế l n c h o h ệ t h ố n g c h ă m sóc s ứ c k h o ẻ C ác nghiên cứu cho thấy khoảng 20% trường hợp nhiễm khuẩnBVcóthểphịngngừađược.Việcsànglọc,giámsátkếthợpvớixá cđịnhkiểugenởmứcđộphântửcủacácvisinhvậtgâybệnhcóthểgiúppháthiện đợt bùng phát dịch bệnh BV.Dịchtễhọcditruyềnlàcôngcụhữuhiệugiúpgiảiquyếtcácvụdịch Sự đời kỹ thuật NGS với ưu điểm vượttrộisẽhỗtrợviệcphântíchdịchtễhọcditruyềntrongthờigianthựcg iúppháthiệnnguồnlâytruyềncủacácvisinhvậtgâybệnhvàxácđịnhchínhxác mụctiêucầntiếnhànhcanthiệpvềkiểmsốtnhiễmkhuẩn.Đócóthểlàgiườngbệnh,buồngbệnh, khuphịngmổ,…Việcxácđịnhđượcđườnglâytruyềnnàylàyếutốquan trọng nhất, từ giúp xác định xác hành độngcần tiến hành nhằm ngăn chặn dịch bệnh lây lan Điều chothấy tác động tức thời quan trọng thông tin di truyềnđốivớiviệcdậptắtổdịch CHƯƠNG2:ĐỐITƯỢNGVÀPHƯƠNGPHÁPNG HIÊNCỨU 2.1 Đối tượngnghiêncứu - Mụctiêu1và2:BNchẩnđoánxácđịnhmắcVPLQ TM tạikh oaHSTC,BV BệnhNhiệtđớiTrungương,1/2017-1/2018  Tiêuchuẩnchọn: + 18tuổi,khơng phânbiệtgiớitính + Đồngývàkýbảnthoảthuậnthamgianghiêncứu + ChẩnđốnxácđịnhmắcVPLQTM:  Thởmáytrên48giờ  X-quang phổi: tổn thương tiến triển kéo dàitrên48giờ  Kèm theo dấu hiệu sau: (1) Nhiệt độ >38,3OC < 35OC (2) Bạch cầu > 10000/mm3hoặc