Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019)

Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ QUỐC PHÕNG HỌC VIỆN QUÂN Y ************ HÀ THỊ THU VÂN NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM KIỂU GEN LIÊN QUAN KHÁNG CARBAPENEM Ở CÁC CHỦNG ENTEROBACTERIACEAE PHÂN LẬP ĐƢỢC BẰNG KỸ THUẬT GIẢI TRÌNH TỰ TOÀN BỘ HỆ GEN (2015 - 2019) LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC HÀ NỘI - 2023 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ QUỐC PHÕNG HỌC VIỆN QUÂN Y ************ HÀ THỊ THU VÂN NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM KIỂU GEN LIÊN QUAN KHÁNG CARBAPENEM Ở CÁC CHỦNG ENTEROBACTERIACEAE PHÂN LẬP ĐƢỢC BẰNG KỸ THUẬT GIẢI TRÌNH TỰ TỒN BỘ HỆ GEN (2015 - 2019) Ngành: KHOA HỌC Y SINH Mã số: 9720101 LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC Cán hƣớng dẫn: GS.TS Keigo Shibayama PGS.TS Nguyễn Thái Sơn HÀ NỘI - 2023 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan số liệu kết nghiên cứu luận án kết làm việc tập thể nhóm nghiên cứu, cán bộ, nhân viên Bộ môn - Khoa Vi sinh, Bệnh viện Quân y 103, tơi thành viên đƣợc Bộ môn - Khoa cho phép sử dụng số liệu bảo vệ luận án tiến sỹ Các kết trình bày luận án trung thực chƣa đƣợc cơng bố cơng trình khác Nếu có điều sai, tơi xin hồn tồn chịu trách nhiệm Nghiên cứu sinh Hà Thị Thu Vân LỜI CẢM ƠN Lời tơi muốn bày tỏ lịng kính trọng biết ơn sâu sắc đến PGS TS Nguyễn Thái Sơn, Chủ nhiệm Bộ môn - Khoa Vi sinh, Học viện Quân Y, thầy tận tình hƣớng dẫn, bảo tạo điều kiện giúp đỡ tơi q trình học tập, nghiên cứu hồn thành luận án Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới GS Keigo Shibayama, Viện Truyền nhiễm quốc gia Nhật Bản tận tình hƣớng dẫn tơi tiếp cận kiến thức khoa học cho phép sử dụng liệu giải trình tự gen, giúp tơi hồn thành luận án Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới PGS TS Lê Thu Hồng, Phó chủ nhiệm Bộ mơn - Khoa Vi sinh, Bệnh viện Qn y 103, tận tụy, hết lịng dạy bảo, truyền đạt kiến thức quý báu cho tơi Tơi xin cảm ơn cố PGS TS Kiều Chí Thành , thầy có nhiều ý kiến q báu giúp tơi q trình thực đề tài luận án Tôi xin chân thành cảm ơn TS Masato Suzuki đồng nghiệp Trung tâm Nghiên cứu kháng thuốc, Viện Truyền nhiễm Quốc gia Nhật Bản hợp tác giải trình tự tồn hệ gen vi khuẩn hỗ trợ phân tích kết giúp tơi hồn thành luận án Tôi xin chân thành cảm ơn TS Trần Huy Hoàng, TS Trần Diệu Linh, Viện Vệ sinh dịch tễ Trung Ƣơng cho tơi đóng góp q báu q trình hồn thiện luận án Tôi xin chân thành cảm ơn GS.TS Nghiêm Ngọc Minh, PGS.TS Võ Thị Bích Thủy, tập thể cán nhân viên Phòng Hệ gen học vi sinh, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam hỗ trợ tơi thực kỹ thuật đóng góp cho tơi hồn thành số liệu cho luận án giúp chỉnh sửa luận án Tôi xin chân thành cảm ơn Ban Giám đốc Học viện Quân y, Phòng sau đại học, Hệ sau đại học - Học viện Quân y, Ban giám đốc Bệnh viện Quân y 103, tập thể Bộ môn khoa Vi sinh - Bệnh viện quân y 103 tạo điều kiện, giúp đỡ để tơi đƣợc học tập nghiên cứu, hồn thành nhiệm vụ đƣợc giao Tôi xin chân thành cảm ơn thầy, cô Hội đồng chấm luận án cho tơi đóng góp q báu để hồn chỉnh luận án Cuối khắc ghi công ơn sinh thành, dƣỡng dục tình yêu thƣơng cha mẹ hai bên gia đình dành cho tơi, ủng hộ, động viên, thƣơng yêu, khích lệ ngƣời thân bên tôi, chỗ dựa vững để yên tâm học tập, nghiên cứu hoàn thành luận án Tác giả luận án Hà Thị Thu Vân MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN LỜI CẢM ƠN MỤC LỤC DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT DANH MỤC BẢNG DANH MỤC HÌNH ĐẶT VẤN ĐỀ NHỮNG ĐÓNG GÓP MỚI CỦA LUẬN ÁN Chƣơng I: TỔNG QUAN 1.1 Đặc điểm họ Enterobacteriaceae 1.1.1 Phân loại vi khuẩn đƣờng ruột 1.1.2 Đặc điểm sinh học Enterobacteriaceae 1.1.3 Khả gây bệnh Enterobacteriaceae 1.1.4 Di truyền kháng kháng sinh Enterobacteriaceae 1.1.5 Một số Enterobacteriaceae gây nhiễm khuẩn bệnh viện hay gặp 11 1.2 Sự kháng thuốc kháng sinh vi khuẩn 19 1.2.1 Diễn biến kháng thuốc 19 1.2.2 Phân loại kháng thuốc 19 1.2.3 Cơ chế kháng carbapenems Enterobacteriaceae 20 1.3 Các kỹ thuật thử nghiệm tính nhạy cảm kháng sinh phát vi khuẩn sinh carbapenemase 27 1.3.1 Các kỹ thuật thử nghiệm tính nhạy cảm kháng sinh vi khuẩn .27 1.3.2 Kỹ thuật phát Enterobacteriaceae sinh carbapenemase .28 1.4 Tình hình kháng kháng sinh nhóm carbapenems khả sinh carbapenemase chủng vi khuẩn thuộc họ Enterobacteriaceae giới Việt Nam 35 1.4.1 Tình hình kháng kháng sinh nhóm carbapenem khả sinh carbapenemase chủng vi khuẩn thuộc họ Enterobacteriaceae giới……… .36 1.4.2 Tình hình kháng carbapenem khả sinh carbapenemase Enterobacteriaceae Việt Nam .39 Chƣơng 2: ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 41 2.1 Đối tƣợng nghiên cứu 41 2.2 Địa điểm thời gian nghiên cứu 41 2.3 Vật liệu thiết bị nghiên cứu 41 2.3.1 Thiết bị dụng cụ 41 2.3.2 Vật liệu nghiên cứu 42 2.4 Phƣơng pháp nghiên cứu .43 2.4.1 Thiết kế nghiên cứu .43 2.4.2 Các kỹ thuật nghiên cứu 43 2.4.3 Xử lý thống kê 65 2.4.4 Nhóm phƣơng pháp tin sinh học sử dụng cho giải trình tự gen tồn 65 Chƣơng 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 70 3.1 Mức độ kháng kháng sinh Enterobateriaceae đặc điểm phân bố Enterobateriaceae sinh carbapenemase 70 3.1.1 Đặc điểm phân bố Enterobacteriaceae 70 3.1.2 Mức độ kháng kháng sinh E coli .71 3.1.3 Mức độ kháng kháng sinh K pneumoniae 74 3.1.4 Sự phân bố Enterobacteriaceae sinh carbapenemase 77 3.2 Đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem chủng Enterobacteriaceae MDR đƣợc giải trình tự .79 3.2.1 Tỷ lệ, phân bố gen mã hóa carbapenemase phân lập đƣợc 79 3.2.2 Đặc điểm kết hợp gen kháng kháng sinh có chủng đa kháng 82 3.2.3 Mức độ kháng carbapenem Enterobacteriaceae mang gen mã hóa carbapenemase 88 3.2.4 Đặc điểm liên hệ kiểu gen kháng kiểu trình tự vi khuẩn 89 3.2.5 Kết phân tích plasmid chủng Enterobacteriaceae mang gen kháng mã hóa kháng carbapenem .93 Chƣơng 4: BÀN LUẬN .106 4.1 Đặc điểm kháng kháng sinh Enterobacteriaceae phân bố Enterobacteriaceae sinh carbapenemase 106 4.1.1 Mức độ kháng kháng sinh Enterobacteriaceae 106 4.1.2 Tỷ lệ, phân bố Enterobacteriaceae sinh carbapenemase 113 4.2 Đặc điểm gen liên quan kháng carbapenem chủng đa kháng đƣợc giải trình tự 117 4.2.1 Đặc điểm kiểu gen mã hóa carbapenemase 117 4.2.2 Đặc điểm kết hợp với gen kháng kháng sinh khác mức độ kháng kháng sinh Enterobateriacae mang gen mã hóa carbapenemase 126 4.2.3 Đặc điểm liên hệ kiểu gen kháng carbapenem loại trình tự vi khuẩn……… 129 4.2.4 Đặc điểm số loại plasmid mang gen kháng kháng sinh 131 KẾT LUẬN 136 KIẾN NGHỊ 138 DANH MỤC CƠNG TRÌNH KHOA HỌC CỦA TÁC GIẢ CĨ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN 139 TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT STT Phần viết tắt BHI Phần viết đầy đủ Brain Heart Infusion CAMB Cation Adjusted Muller Hinton Broth CDC CPE Centers for Disease Control and Prevention (Trung tâm kiểm sốt phịng ngừa dịch bệnh) Carbapenemase Producing Enterobacteriaceae (Các Enterobacteriaceae sản sinh carbapenemase) CPS Capsular polysaccharide synthesis CFU Colony Forming Units (đơn vị hình thành khuẩn lạc) CRE Carbapenem Resistant Enterobacteriaceae (Vi khuẩn đƣờng ruột kháng carbapenem) CS Cộng DNA Deoxyribonucleic acid 10 ESBL Extended-spectrum beta lactamase 11 ICU Intensive Care Unit ( Đơn vị hồi sức cấp cứu) 12 IDSA Infectious Diseases Society of America (Hiệp hội bệnh truyền nhiễm Hoa Kỳ) 13 IMP Imipenemase 14 IR Inverted repeat 15 IS Insertion sequence (Trình tự xen đoạn) 16 KPC Klebsiella Pneumoniae Carbapenemase 17 KPN Klebsiella pneumoniae 18 MBL Metallo-β-lactamase 19 mCIM Modified Carbapenem Inactivation Methods STT Phần viết tắt Phần viết đầy đủ Minimum Inhibitory Concentration (Nồng độ ức chế 20 MIC 21 MDR Multidrug-resistant (kháng đa thuốc) 22 MLST Multilocus sequence typing 23 NCBI 24 NDM 25 NGS 26 ONT 27 PCR 28 PDR tối thiểu) National Center for Biotechnology Information Trung tâm thông tin Công nghệ Sinh học quốc gia) New Dehli Metallo-β-lactamase Next-generation Sequencing (Giải trình tự hệ mới) Oxford Nanopore Technologies Polymerase Chain Reaction (Phản ứng chuỗi polymerase) Pandrug-resistant (Kháng toàn thuốc) Study for Monitoring Antimicrobial Resistance 29 SMART Trends (Nghiên cứu theo dõi xu hƣớng kháng kháng sinh) 30 ST Sequence Type (Loại trình tự) 31 TBE Tris-Boric acid-EDTA 32 TEs Transposable elements 33 Tn Transposon 34 VIM Verona Integron-encoded Metallo-β-lactamase 35 VKĐR Vi khuẩn đƣờng ruột 36 WGS 37 WHO World Health Organization (Tổ chức Y tế Thế giới) 38 XDR Extensively Drug - Resistant (Kháng mở rộng) Whole Genome Sequencing (Giải trình tự toàn hệ gen)