Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 - 2019)

Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem ở các chủng Enterobacteriaceae phân lập được bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (2015 2019).

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ QUỐC PHÕNG HỌC VIỆN QUÂN Y ************ HÀ THỊ THU VÂN NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM KIỂU GEN LIÊN QUAN KHÁNG CARBAPENEM Ở CÁC CHỦNG ENTEROBACTERIACEAE PHÂN LẬP ĐƢỢC BẰNG KỸ THUẬT GIẢI TRÌNH TỰ TOÀN BỘ HỆ GEN (2015 - 2019) LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC HÀ NỘI - 2023 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ QUỐC PHÕNG HỌC VIỆN QUÂN Y ************ HÀ THỊ THU VÂN NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM KIỂU GEN LIÊN QUAN KHÁNG CARBAPENEM Ở CÁC CHỦNG ENTEROBACTERIACEAE PHÂN LẬP ĐƢỢC BẰNG KỸ THUẬT GIẢI TRÌNH TỰ TỒN BỘ HỆ GEN (2015 - 2019) Ngành: KHOA HỌC Y SINH Mã số: 9720101 LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC Cán hƣớng dẫn: GS.TS Keigo Shibayama PGS.TS Nguyễn Thái Sơn HÀ NỘI - 2023 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan số liệu kết nghiên cứu luận án kết làm việc tập thể nhóm nghiên cứu, cán bộ, nhân viên Bộ môn - Khoa Vi sinh, Bệnh viện Quân y 103, tơi thành viên đƣợc Bộ môn - Khoa cho phép sử dụng số liệu bảo vệ luận án tiến sỹ Các kết trình bày luận án trung thực chƣa đƣợc cơng bố cơng trình khác Nếu có điều sai, tơi xin hồn tồn chịu trách nhiệm Nghiên cứu sinh Hà Thị Thu Vân LỜI CẢM ƠN Lời tơi muốn bày tỏ lịng kính trọng biết ơn sâu sắc đến PGS TS Nguyễn Thái Sơn, Chủ nhiệm Bộ môn - Khoa Vi sinh, Học viện Quân Y, thầy tận tình hƣớng dẫn, bảo tạo điều kiện giúp đỡ tơi q trình học tập, nghiên cứu hồn thành luận án Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới GS Keigo Shibayama, Viện Truyền nhiễm quốc gia Nhật Bản tận tình hƣớng dẫn tơi tiếp cận kiến thức khoa học cho phép sử dụng liệu giải trình tự gen, giúp tơi hồn thành luận án Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới PGS TS Lê Thu Hồng, Phó chủ nhiệm Bộ mơn - Khoa Vi sinh, Bệnh viện Qn y 103, tận tụy, hết lịng dạy bảo, truyền đạt kiến thức quý báu cho tơi Tơi xin cảm ơn cố PGS TS Kiều Chí Thành , thầy có nhiều ý kiến q báu giúp tơi q trình thực đề tài luận án Tôi xin chân thành cảm ơn TS Masato Suzuki đồng nghiệp Trung tâm Nghiên cứu kháng thuốc, Viện Truyền nhiễm Quốc gia Nhật Bản hợp tác giải trình tự tồn hệ gen vi khuẩn hỗ trợ phân tích kết giúp tơi hồn thành luận án Tôi xin chân thành cảm ơn TS Trần Huy Hoàng, TS Trần Diệu Linh, Viện Vệ sinh dịch tễ Trung Ƣơng cho tơi đóng góp q báu q trình hồn thiện luận án Tôi xin chân thành cảm ơn GS.TS Nghiêm Ngọc Minh, PGS.TS Võ Thị Bích Thủy, tập thể cán nhân viên Phòng Hệ gen học vi sinh, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam hỗ trợ tơi thực kỹ thuật đóng góp cho tơi hồn thành số liệu cho luận án giúp chỉnh sửa luận án Tôi xin chân thành cảm ơn Ban Giám đốc Học viện Quân y, Phòng sau đại học, Hệ sau đại học - Học viện Quân y, Ban giám đốc Bệnh viện Quân y 103, tập thể Bộ môn khoa Vi sinh - Bệnh viện quân y 103 tạo điều kiện, giúp đỡ để tơi đƣợc học tập nghiên cứu, hồn thành nhiệm vụ đƣợc giao Tôi xin chân thành cảm ơn thầy, cô Hội đồng chấm luận án cho tơi đóng góp q báu để hồn chỉnh luận án Cuối khắc ghi công ơn sinh thành, dƣỡng dục tình yêu thƣơng cha mẹ hai bên gia đình dành cho tơi, ủng hộ, động viên, thƣơng yêu, khích lệ ngƣời thân bên tôi, chỗ dựa vững để yên tâm học tập, nghiên cứu hoàn thành luận án Tác giả luận án Hà Thị Thu Vân MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN LỜI CẢM ƠN MỤC LỤC DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT DANH MỤC BẢNG DANH MỤC HÌNH ĐẶT VẤN ĐỀ NHỮNG ĐÓNG GÓP MỚI CỦA LUẬN ÁN Chƣơng I: TỔNG QUAN 1.1 Đặc điểm họ Enterobacteriaceae 1.1.1 Phân loại vi khuẩn đƣờng ruột 1.1.2 Đặc điểm sinh học Enterobacteriaceae 1.1.3 Khả gây bệnh Enterobacteriaceae 1.1.4 Di truyền kháng kháng sinh Enterobacteriaceae 1.1.5 Một số Enterobacteriaceae gây nhiễm khuẩn bệnh viện hay gặp 11 1.2 Sự kháng thuốc kháng sinh vi khuẩn 19 1.2.1 Diễn biến kháng thuốc 19 1.2.2 Phân loại kháng thuốc 19 1.2.3 Cơ chế kháng carbapenems Enterobacteriaceae 20 1.3 Các kỹ thuật thử nghiệm tính nhạy cảm kháng sinh phát vi khuẩn sinh carbapenemase 27 1.3.1 Các kỹ thuật thử nghiệm tính nhạy cảm kháng sinh vi khuẩn 27 1.3.2 Kỹ thuật phát Enterobacteriaceae sinh carbapenemase 28 1.4 Tình hình kháng kháng sinh nhóm carbapenems khả sinh carbapenemase chủng vi khuẩn thuộc họ Enterobacteriaceae giới Việt Nam 35 1.4.1.Tình hình kháng kháng sinh nhóm carbapenem khả sinh carbapenemase chủng vi khuẩn thuộc họ Enterobacteriaceae giới 36 1.4.2 Tình hình kháng carbapenem khả sinh carbapenemase Enterobacteriaceae Việt Nam 39 Chƣơng 2: ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 41 2.1 Đối tƣợng nghiên cứu 41 2.2 Địa điểm thời gian nghiên cứu 41 2.3 Vật liệu thiết bị nghiên cứu 41 2.3.1 Thiết bị dụng cụ 41 2.3.2 Vật liệu nghiên cứu 42 2.4 Phƣơng pháp nghiên cứu 43 2.4.1 Thiết kế nghiên cứu 43 2.4.2 Các kỹ thuật nghiên cứu 43 2.4.3 Xử lý thống kê 65 2.4.4 Nhóm phƣơng pháp tin sinh học sử dụng cho giải trình tự gen tồn 65 Chƣơng 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 70 3.1 Mức độ kháng kháng sinh Enterobateriaceae đặc điểm phân bố Enterobateriaceae sinh carbapenemase 70 3.1.1 Đặc điểm phân bố Enterobacteriaceae 70 3.1.2 Mức độ kháng kháng sinh E coli 71 3.1.3 Mức độ kháng kháng sinh K pneumoniae 74 3.1.4 Sự phân bố Enterobacteriaceae sinh carbapenemase 77 3.2 Đặc điểm kiểu gen liên quan kháng carbapenem chủng Enterobacteriaceae MDR đƣợc giải trình tự 79 3.2.1 Tỷ lệ, phân bố gen mã hóa carbapenemase phân lập đƣợc 79 3.2.2 Đặc điểm kết hợp gen kháng kháng sinh có chủng đa kháng 82 3.2.3 Mức độ kháng carbapenem Enterobacteriaceae mang gen mã hóa carbapenemase 88 3.2.4 Đặc điểm liên hệ kiểu gen kháng kiểu trình tự vi khuẩn 89 3.2.5 Kết phân tích plasmid chủng Enterobacteriaceae mang gen kháng mã hóa kháng carbapenem 93 Chƣơng 4: BÀN LUẬN 106 4.1 Đặc điểm kháng kháng sinh Enterobacteriaceae phân bố Enterobacteriaceae sinh carbapenemase 106 4.1.1 Mức độ kháng kháng sinh Enterobacteriaceae 106 4.1.2 Tỷ lệ, phân bố Enterobacteriaceae sinh carbapenemase 113 4.2 Đặc điểm gen liên quan kháng carbapenem chủng đa kháng đƣợc giải trình tự 117 4.2.1 Đặc điểm kiểu gen mã hóa carbapenemase 117 4.2.2 Đặc điểm kết hợp với gen kháng kháng sinh khác mức độ kháng kháng sinh Enterobateriacae mang gen mã hóa carbapenemase 126 4.2.3 Đặc điểm liên hệ kiểu gen kháng carbapenem loại trình tự vi khuẩn 129 4.2.4 Đặc điểm số loại plasmid mang gen kháng kháng sinh 131 KẾT LUẬN 136 KIẾN NGHỊ 138 DANH MỤC CƠNG TRÌNH KHOA HỌC CỦA TÁC GIẢ CÓ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN 139 TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT STT Phần viết tắt BHI Phần viết đầy đủ Brain Heart Infusion CAMB Cation Adjusted Muller Hinton Broth CDC CPE Centers for Disease Control and Prevention (Trung tâm kiểm sốt phịng ngừa dịch bệnh) Carbapenemase Producing Enterobacteriaceae (Các Enterobacteriaceae sản sinh carbapenemase) CPS Capsular polysaccharide synthesis CFU Colony Forming Units (đơn vị hình thành khuẩn lạc) CRE Carbapenem Resistant Enterobacteriaceae (Vi khuẩn đƣờng ruột kháng carbapenem) CS Cộng DNA Deoxyribonucleic acid 10 ESBL Extended-spectrum beta lactamase 11 ICU Intensive Care Unit ( Đơn vị hồi sức cấp cứu) 12 IDSA Infectious Diseases Society of America (Hiệp hội bệnh truyền nhiễm Hoa Kỳ) 13 IMP Imipenemase 14 IR Inverted repeat 15 IS Insertion sequence (Trình tự xen đoạn) 16 KPC Klebsiella Pneumoniae Carbapenemase 17 KPN Klebsiella pneumoniae 18 MBL Metallo-β-lactamase 19 mCIM Modified Carbapenem Inactivation Methods STT Phần viết tắt Phần viết đầy đủ Minimum Inhibitory Concentration (Nồng độ ức chế 20 MIC 21 MDR Multidrug-resistant (kháng đa thuốc) 22 MLST Multilocus sequence typing 23 NCBI 24 NDM 25 NGS 26 ONT 27 PCR 28 PDR tối thiểu) National Center for Biotechnology Information Trung tâm thông tin Công nghệ Sinh học quốc gia) New Dehli Metallo-β-lactamase Next-generation Sequencing (Giải trình tự hệ mới) Oxford Nanopore Technologies Polymerase Chain Reaction (Phản ứng chuỗi polymerase) Pandrug-resistant (Kháng toàn thuốc) Study for Monitoring Antimicrobial Resistance 29 SMART Trends (Nghiên cứu theo dõi xu hƣớng kháng kháng sinh) 30 ST Sequence Type (Loại trình tự) 31 TBE Tris-Boric acid-EDTA 32 TEs Transposable elements 33 Tn Transposon 34 VIM Verona Integron-encoded Metallo-β-lactamase 35 VKĐR Vi khuẩn đƣờng ruột Whole Genome Sequencing (Giải trình tự tồn hệ 36 WGS 37 WHO World Health Organization (Tổ chức Y tế Thế giới) 38 XDR Extensively Drug - Resistant (Kháng mở rộng) gen) 95 Sonnevend A., Ghazawi A.A., Hashmey R., et al (2015) Characterization of Carbapenem-Resistant Enterobacteriaceae with High Rate of Autochthonous Transmission in the Arabian Peninsula PLoS One, 10(6): e0131372 96 Seman A., Sebre S., Awoke T., et al (2022) The Magnitude of Carbapenemase and ESBL Producing Enterobacteriaceae Isolates from Patients with Urinary Tract Infections at Tikur Anbessa Specialized Teaching Hospital, Addis Ababa, Ethiopia Adv Exp Med Biol, 1369: 117-128 97 Seman A., Mihret A., Sebre S., et al (2022) Prevalence and Molecular Characterization of Extended Carbapenemase-Producing Spectrum Enterobacteriaceae β-Lactamase and Isolates from Bloodstream Infection Suspected Patients in Addis Ababa, Ethiopia Infect Drug Resist, 15: 1367-1382 98 Bratu S., Mooty M., Nichani S., et al (2005) Emergence of KPCpossessing Klebsiella pneumoniae in Brooklyn, New York: epidemiology and recommendations for detection Antimicrob Agents Chemother, 49(7): 3018-20 99 Hirsch E.B and Tam V.H (2010) Detection and treatment options for Klebsiella pneumoniae carbapenemases (KPCs): an emerging cause of multidrug-resistant infection J Antimicrob Chemother, 65(6): 1119-25 100 Munoz-Price L.S., Poirel L., Bonomo R.A., et al (2013) Clinical epidemiology of the global expansion of Klebsiella pneumoniae carbapenemases Lancet Infect Dis, 13(9): 785-96 101 Nordmann P and Poirel L (2014) The difficult-to-control spread of carbapenemase producers among Enterobacteriaceae worldwide Clin Microbiol Infect, 20(9): 821-30 102 Leavitt A., Navon-Venezia S., Chmelnitsky I., et al (2007) Emergence of KPC-2 and KPC-3 in carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae strains in an Israeli hospital Antimicrob Agents Chemother, 51(8): 3026-9 103 Woodford N., Tierno P.M., Jr., Young K., et al (2004) Outbreak of Klebsiella pneumoniae producing a new carbapenem-hydrolyzing class A beta-lactamase, KPC-3, in a New York Medical Center Antimicrob Agents Chemother, 48(12): 4793-9 104 Kumarasamy K.K., Toleman M.A., Walsh T.R., et al (2010) Emergence of a new antibiotic resistance mechanism in India, Pakistan, and the UK: a molecular, biological, and epidemiological study Lancet Infect Dis, 10(9): 597-602 105 Struelens M.J., Monnet D.L., Magiorakos A.P., et al (2010) New Delhi metallo-beta-lactamase 1-producing Enterobacteriaceae: emergence and response in Europe Euro Surveill, 15(46) 106 Poirel L., Hombrouck-Alet C., Freneaux C., et al (2010) Global spread of New Delhi metallo-β-lactamase Lancet Infect Dis, 10(12): 832 107 Nordmann P., Naas T., and Poirel L (2011) Global spread of Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae Emerg Infect Dis, 17(10): 1791-8 108 (CDC) C.f.D.C.a.P (2010) Detection of Enterobacteriaceae isolates carrying metallo-beta-lactamase - United States, 2010 MMWR Morb Mortal Wkly Rep, 59(24): 750 109 Albiger B., Glasner C., Struelens M.J., et al (2015) Carbapenemaseproducing Enterobacteriaceae in Europe: assessment by national experts from 38 countries, May 2015 Euro Surveill, 20(45) 110 Xu Y., Gu B., Huang M., et al (2015) Epidemiology of carbapenem resistant Enterobacteriaceae (CRE) during 2000-2012 in Asia J Thorac Dis, 7(3): 376-85 111 Hoang T.H., Wertheim H., Minh N.B., et al (2013) Carbapenemresistant Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae strains containing New Delhi metallo-beta-lactamase isolated from two patients in Vietnam J Clin Microbiol, 51(1): 373-4 112 Tran H.H., Ehsani S., Shibayama K., et al (2015) Common isolation of New Delhi metallo-beta-lactamase 1-producing Enterobacteriaceae in a large surgical hospital in Vietnam Eur J Clin Microbiol Infect Dis, 34(6): 1247-54 113 Nguyễn Hoài Thu, Trần Diệu Linh, and Nguyễn Thị Tuyết Mai CS 2016) "Tỷ lệ vi khuẩn mang gen mã hóa ính kháng Extended- beta lactamase ESBLs) chủng vi khuẩn đƣờng ruột kháng carbapenem mang gen blaKPC-2 phân lập bệnh viện Tạp chí y học dự phịng.: tập XXVI Số 180): 22-33 114 Nguyen Thi T., Le Nu Xuan T., and Ngo Viet Quynh T (2021) Prevalence of Antimicrobial Resistance and Molecular Characterization of Carbapenemase Encoding Gene in Escherichia Coli Isolates in Hospital of Hue University of Medicine and Pharmacy Journal of Medicine and Pharmacy: 40-46 115 Lê Kiến Ngãi 2018) Vi khuẩn đường ruột kháng carbapenem (Carbapenem Resistant Enterobacteriaceae - CRE) có tỷ lệ mang cao người bệnh nội trú lan truyền nhanh chóng bệnh viện 2018; Available from: https://www.hics.org.vn/sites/default/files/attachment/b03le_kien_ngai.pdf 116 Technologies O.N (2019) Rapid sequencing gDNA - barcoding (SQKRBK004) 117 SampleNet P.,(2012) Extracting DNA Using Phenol-Chloroform 118 Qiagen (2018) QIAquick® PCR Purification Kit Quick-Start Protocol 119 Qiagen (2020) For isolation of high-molecular-weight DNA from blood, tissue, and bacteria for next-generation sequencing (NGS) applications: MagAttract® Handbook 120 Illumina (2013) Introduction to the MiSeq System_Customer 121 Illumina (2018) Nextera XT DNA Library Prep KitReference Guide 122 Mardis E.R (2013) Next-generation sequencing platforms Annu Rev Anal Chem (Palo Alto Calif), 6: 287-303 123 Nguyen L.T., Schmidt H.A., von Haeseler A., et al (2015) IQ-TREE: a fast and effective stochastic algorithm for estimating maximumlikelihood phylogenies Mol Biol Evol, 32(1): 268-74 124 Koren S., Walenz B.P., Berlin K., et al (2017) Canu: scalable and accurate long-read assembly via adaptive k-mer weighting and repeat separation Genome Res, 27(5): 722-736 125 Li H (2016) Minimap and miniasm: fast mapping and de novo assembly for noisy long sequences Bioinformatics, 32(14): 2103- 2110 126 Francisco A.P., Vaz C., Monteiro P.T., et al (2012) PHYLOViZ: phylogenetic inference and data visualization for sequence based typing methods BMC Bioinformatics, 13: 87 127 Bi D., Liu L., Tai C., et al (2013) SecReT4: a web-based bacterial type IV secretion system resource Nucleic Acids Res, 41(Database issue): D660-5 128 Group B (2019) Assess Read Quality with FastQC 2019; Available from: https://kbase.us/applist/apps/kb_fastqc/runFastQC/release?gclid=Cj0K CQiAmaibBhCAARIsAKUlaKRKAMYWmbTYR3A70UYzlQSlPnp3cKHmKGnbT4oZAVVsdaKfM3B4Vs aAqprEALw_wcB 129 Illumina (2012) Quality Scores for Next-Generation Sequencing 130 Vu T.V.D., Choisy M., Do T.T.N., et al (2021) Antimicrobial susceptibility testing results from 13 hospitals in Viet Nam: VINARES 2016-2017 Antimicrob Resist Infect Control, 10(1): 78 131 Haque M., Sartelli M., McKimm J., et al (2018) Health careassociated infections - an overview Infect Drug Resist, 11: 2321-2333 132 Folliero V., Caputo P., Della Rocca M.T., et al (2020) Prevalence and Antimicrobial Susceptibility Patterns of Bacterial Pathogens in Urinary Tract Infections in University Hospital of Campania "Luigi Vanvitelli" between 2017 and 2018 Antibiotics (Basel), 9(5) 133 Salmanov A.G., Vitiuk A.D., Zhelezov D., et al (2020) Prevalence of postpartum endometritis and antimicrobial resistance of responsible pathogens in ukraine: results a multicenter study (2015-2017) Wiad Lek, 73(6): 1177-1183 134 Ouchar Mahamat O., Lounnas M., Hide M., et al (2019) High prevalence and characterization of extended-spectrum ß-lactamase producing Enterobacteriaceae in Chadian hospitals BMC Infect Dis, 19(1): 205 135 Yang L.R., Peng M.J., Li H., et al (2013) Pathogen distribution and risk factors of nosocomial infections in neonates in the neonatal intensive care unit Zhongguo Dang Dai Er Ke Za Zhi, 15(2): 112-6 136 Zhang C., Gong Y.L., Luo X.Q., et al (2018) Analysis of distribution and drug resistance of pathogens from the wounds of 310 thermal burn patients Zhonghua Shao Shang Za Zhi, 34(11): 802-808 137 Almogbel M., Altheban A., Alenezi M., et al (2021) CTX-M-15 Positive Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae Outbreak in the Neonatal Intensive Care Unit of a Maternity Hospital in Ha'il, Saudi Arabia Infect Drug Resist, 14: 2843-2849 138 Zeng Q., Xiao S., Gu F., et al (2021) Antimicrobial Resistance and Molecular Epidemiology of Uropathogenic Escherichia coli Isolated From Female Patients in Shanghai, China Front Cell Infect Microbiol, 11: 653983 139 Liu C., Yoon E.J., Kim D., et al (2019) Antimicrobial resistance in South Korea: A report from the Korean global antimicrobial resistance surveillance system (Kor-GLASS) for 2017 J Infect Chemother, 25(11): 845-859 140 Japan Nosocomial Infections Surveillance (2018) Annual Feedback Report 141 Infectious Diseases Research Centre institute for Medical Research (2017) Nation antibiotic resistance surveillance report Kuala Lumpur Malaysia 142 Garza-González E and Morfín-Otero R (2019) A snapshot of antimicrobial resistance in Mexico Results from 47 centers from 20 states during a six-month period 14(3): e0209865 143 Serretiello E and Folliero V (2021) Trend of Bacterial Uropathogens and Their Susceptibility Pattern: Study of Single Academic HighVolume Center in Italy (2015-2019) 2021: 5541706 144 El-Kholy A and El-Mahallawy H.A (2021) Landscape of MultidrugResistant Gram-Negative Infections in Egypt: Survey and Literature Review 14: 1905-1920 145 Nguyễn Vĩnh Nghị T.V.H., Nguyễn Văn Hồng, CS 2018) Khảo sát tình hình kháng kháng sinh dịng vi khuẩn thƣờng gặp bện viện Ninh Thuận từ 03/2017 đến 10/2017 Thời Y học, Chuyên đề kiểm soát nhiểm khuẩn, 12: 42 -26 146 Nguyễn Ngọc Lân C.M.N., Nguyễn Thị Thiên Kiều 2018) Sự kháng thuốc vi khuẩn gây bệnh thƣờng gặp bệnh phẩm đƣờng hô hấp dƣới Bệnh viện Đại học Y dƣợc thành phố Hồ Chí Minh năm 01/5/2016-30/4/2017) Y học TP Hồ Chí Minh, 22 147 Mai Nguyệt Thu Huyền N.Đ.D., Nguyễn Hữu Lân (2018) Các vi khuẩn thƣờng gặp tính đề kháng kháng sinh chúng Bệnh viện Phạm Ngọc Thạch từ 11/2016-11/2017 Y học TP Hồ Chí Minh, 22 148 Lien T.Q., Lan P.T., Chuc N.T.K., et al (2017) Antibiotic Resistance and Antibiotic Resistance Genes in Escherichia coli Isolates from Hospital Wastewater in Vietnam Int J Environ Res Public Health, 14(7) 149 Trần Thị Mai Hƣng 2022) Thực trạng kháng kháng sinh số vi khuẩn thƣờng gặp cộng đồng số yếu tố liên quan Việt Nam năm 2018 -2019 83-84 150 Hoàng Quỳnh Hƣơng N.T.H 2021) Nghiên cứu tình trạng kháng kháng sinh số chủng vi khuẩn Enterobacteriaceae gây nhiễm khuẩn huyết phân lập đƣợc bệnh viện đa khoa tỉnh Thái Bình Tạp chí y học Việt Nam, 498 151 Tunyong W., Arsheewa W., Santajit S., et al (2021) Antibiotic Resistance Genes Among Carbapenem-resistant Enterobacterales (CRE) Isolates of Prapokklao Hospital, Chanthaburi Province, Thailand 14: 3485-3494 152 Basak S., Singh P., and Rajurkar M (2016) Multidrug Resistant and Extensively Drug Resistant Bacteria: A Study J Pathog, 2016: 4065603 153 Iskandar K., Molinier L., Hallit S., et al (2021) Surveillance of antimicrobial resistance in low- and middle-income countries: a scattered picture Antimicrob Resist Infect Control, 10(1): 63 154 Tsai Y.M., Wang S., Chiu H.C., et al (2020) Combination of modified carbapenem inactivation method (mCIM) and EDTA-CIM (eCIM) for phenotypic detection of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae 20(1): 315 155 Laolerd W., Akeda Y., Preeyanon L., et al (2018) CarbapenemaseProducing Carbapenem-Resistant Enterobacteriaceae from Bangkok, Thailand, and Their Detection by the Carba NP and Modified Carbapenem Inactivation Method Tests Microb Drug Resist, 24(7): 1006-1011 156 Jeong S.H., Kim H.-S., Kim J.-S., et al (2016) Prevalence and Molecular Characteristics of Carbapenemase-Producing Enterobacteriaceae From Five Hospitals in Korea Annals of laboratory medicine, 36(6): 529-535 157 Jeong S., Lee N., Park M.J., et al (2022) Genotypic Distribution and Antimicrobial Susceptibilities of Carbapenemase-Producing Enterobacteriaceae Isolated From Rectal and Clinical Samples in Korean University Hospitals Between 2016 and 2019 Ann Lab Med, 42(1): 36-46 158 Mitiku A., Aklilu A., Tsalla T., et al (2022) Magnitude and antimicrobial susceptibility profiles of Gram-Negative bacterial isolates among patients suspected of urinary tract infections in Arba Minch General Hospital, southern Ethiopia PLoS One, 17(12): e0279887 159 Thuy D.B., Campbell J., Nhat L.T.H., et al (2018) Hospital-acquired colonization and infections in a Vietnamese intensive care unit PLoS One, 13(9): e0203600 160 Gorrie C.L., Mirceta M., Wick R.R., et al (2017) Gastrointestinal Carriage Is a Major Reservoir of Klebsiella pneumoniae Infection in Intensive Care Patients Clin Infect Dis, 65(2): 208-215 161 Badmasti F., Azizi O., Mohaghegh M.A., et al (2021) Data on the prevalence and distribution of carbapenemase genes in Enterobacterales species isolated from clinical specimens in the center of Irans Data Brief, 38: 107368 162 Nasrollahian S., Halaji M., Hosseini A., et al (2022) Genetic Diversity, Carbapenem Resistance Genes, and Biofilm Formation in UPEC Isolated from Patients with Catheter-Associated Urinary Tract Infection in North of Iran Int J Clin Pract, 2022: 9520362 163 Jean S.S., Lee Y.L., Liu P.Y., et al (2022) Multicenter surveillance of antimicrobial susceptibilities and resistance mechanisms among Enterobacterales species and non-fermenting Gram-negative bacteria from different infection sources in Taiwan from 2016 to 2018 J Microbiol Immunol Infect, 55(3): 463-473 164 Sonnevend Á., Ghazawi A.A., Hashmey R., et al (2015) Characterization of carbapenem-resistant Enterobacteriaceae with high rate of autochthonous transmission in the Arabian Peninsula PloS one, 10(6): e0131372 165 Olalekan A., Onwugamba F., Iwalokun B., et al (2020) High proportion of carbapenemase-producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae among extended-spectrum β-lactamase-producers in Nigerian hospitals J Glob Antimicrob Resist, 21: 8-12 166 Haji S.H., Aka S.T.H., and Ali F.A (2021) Prevalence and characterisation of carbapenemase encoding genes in multidrugresistant Gram-negative bacilli PLoS One, 16(11): e0259005 167 Shahid M., Ahmad N., Saeed N.K., et al (2022) Clinical carbapenemresistant Klebsiella pneumoniae isolates simultaneously harboring bla (NDM-1), bla (OXA) types and qnrS genes from the Kingdom of Bahrain: Resistance profile and genetic environment Front Cell Infect Microbiol, 12: 1033305 168 Mansour W., Haenni M., Saras E., et al (2017) Outbreak of colistinresistant carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae in Tunisia J Glob Antimicrob Resist, 10: 88-94 169 Zhang F., Li Z., Liu X., et al (2023) Molecular Characteristics of an NDM-4 and OXA-181 Co-Producing K51-ST16 Carbapenem-Resistant Klebsiella pneumoniae: Study of Its Potential Dissemination Mediated by Conjugative Plasmids and Insertion Sequences Antimicrob Agents Chemother: e0135422 170 Ben Sallem R., Laribi B., Arfaoui A., et al (2022) Co-occurrence of genes encoding carbapenemase, ESBL, pAmpC and non-β-Lactam resistance among Klebsiella pneumonia and E coli clinical isolates in Tunisia Lett Appl Microbiol, 74(5): 729-740 171 Bai J., Liu Y., Kang J., et al (2023) Antibiotic resistance and virulence characteristics of four carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae strains coharbouring bla(KPC) and bla(NDM) based on whole genome sequences from a tertiary general teaching hospital in central China between 2019 and 2021 Microb Pathog, 175: 105969 172 Freire S., Grilo T., Teixeira M.L., et al (2022) Screening and Characterization of Multidrug-Resistant Enterobacterales among Hospitalized Patients in the African Archipelago of Cape Verde Microorganisms, 10(7) 173 Khan E.R., Aung M.S., Paul S.K., et al (2018) Prevalence and Molecular Epidemiology of Clinical Isolates of Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae Harboring Extended-Spectrum Beta-Lactamase and Carbapenemase Genes in Bangladesh Microb Drug Resist, 24(10): 1568-1579 174 Yu B., Zhang Y., Yang L., et al (2021) Analysis of antibiotic resistance phenotypes and genes of Escherichia coli from healthy swine in Guizhou, China Onderstepoort J Vet Res, 88(1): e1-e8 175 Ojdana D., Sieńko A., Sacha P., et al (2018) Genetic basis of enzymatic resistance of E coli to aminoglycosides Adv Med Sci, 63(1): 9-13 176 Cojutti P., Sartor A., Bassetti M., et al (2018) Is meropenem MIC increase against KPC-producing Klebsiella pneumoniae correlated with increased resistance rates against other antimicrobials with Gramnegative activity? J Glob Antimicrob Resist, 14: 238-241 177 Zhou Y., Ai W., Guo Y., et al (2022) Co-Occurrence of Rare ArmA-, RmtB-, and KPC-2-Encoding Multidrug-Resistant Plasmids and Hypervirulence iuc Operon in ST11-KL47 Klebsiella pneumoniae Microbiol Spectr, 10(2): e0237121 178 Diancourt L., Passet V., Verhoef J., et al (2005) Multilocus sequence typing of Klebsiella pneumoniae nosocomial isolates J Clin Microbiol, 43(8): 4178-82 179 Breurec S., Guessennd N., Timinouni M., et al (2013) Klebsiella pneumoniae resistant to third-generation cephalosporins in five African and two Vietnamese major towns: multiclonal population structure with two major international clonal groups, CG15 and CG258 Clin Microbiol Infect, 19(4): 349-55 180 Pitout J.D., Nordmann P., and Poirel L (2015) CarbapenemaseProducing Klebsiella pneumoniae, a Key Pathogen Set for Global Nosocomial Dominance Antimicrob Agents Chemother, 59(10): 587384 181 Tada T., Tsuchiya M., Shimada K., et al (2017) Dissemination of Carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae clinical isolates with various combinations of Carbapenemases (KPC-2, NDM-1, NDM-4, and OXA-48) and 16S rRNA Methylases (RmtB and RmtC) in Vietnam BMC Infect Dis, 17(1): 467 182 Hosbul T., Guney-Kaya K., Guney M., et al (2021) Carbapenem and Colistin Resistant Klebsiella Pneumoniae ST14 and ST2096 Dominated in Two Hospitals in Turkey Clin Lab, 67(9) 183 Moubareck C.A., Mouftah S.F., Pál T., et al (2018) Clonal emergence of Klebsiella pneumoniae ST14 co-producing OXA-48-type and NDM carbapenemases with high rate of colistin resistance in Dubai, United Arab Emirates Int J Antimicrob Agents, 52(1): 90-95 184 Trần Diệu Linh (2018) Nghiên cứu mức độ phân tử khả kháng carbapenem số vi khuẩn Gram âm phân lập từ bệnh nhân Bệnh viện Việt Đức Bệnh viện Trung ương Quân đội 108 Luận án tiến sĩ sinh học, 185 Wertheim H.F., Chandna A., Vu P.D., et al (2013) Providing impetus, tools, and guidance to strengthen national capacity for antimicrobial stewardship in Viet Nam PLoS Med, 10(5): e1001429 186 Dolejska M., Villa L., Hasman H., et al (2013) Characterization of IncN plasmids carrying bla CTX-M-1 and qnr genes in Escherichia coli and Salmonella from animals, the environment and humans J Antimicrob Chemother, 68(2): 333-9 187 He S., Chandler M., Varani A.M., et al (2016) Mechanisms of Evolution in High-Consequence Drug Resistance Plasmids mBio, 7(6) 188 Compain F., Frangeul L., Drieux L., et al (2014) Complete nucleotide sequence of two multidrug-resistant IncR plasmids from Klebsiella pneumoniae Antimicrob Agents Chemother, 58(7): 4207-10 189 Garza-Ramos U., Barrios H., Hernandez-Vargas M.J., et al (2012) Transfer of quinolone resistance gene qnrA1 to Escherichia coli through a 50 kb conjugative plasmid resulting from the splitting of a 300 kb plasmid J Antimicrob Chemother, 67(7): 1627-34 190 Weber R.E., Pietsch M., Frühauf A., et al (2019) IS26-Mediated Transfer of bla (NDM-1) as the Main Route of Resistance Transmission During a Polyclonal, Multispecies Outbreak in a German Hospital Front Microbiol, 10: 2817 191 Samuelsen Ø., Toleman M.A., Hasseltvedt V., et al (2011) Molecular characterization of VIM-producing Klebsiella pneumoniae from Scandinavia reveals genetic relatedness with international clonal complexes encoding transferable multidrug resistance Clin Microbiol Infect, 17(12): 1811-6 192 Ageevets V., Sopova J., Lazareva I., et al (2017) Genetic Environment of the blaKPC-2 Gene in a Klebsiella pneumoniae Isolate That May Have Been Imported to Russia from Southeast Asia Antimicrobial agents and chemotherapy, 61(2): e01856-16 193 Liu L., Feng Y., Long H., et al (2018) Sequence Type 273 Carbapenem-Resistant Klebsiella pneumoniae Carrying bla(NDM-1) and bla(IMP-4) Antimicrob Agents Chemother, 62(6) 194 Macesic N., Blakeway L.V., Stewart J.D., et al (2021) Silent spread of mobile colistin resistance gene mcr-9.1 on IncHI2 'superplasmids' in clinical carbapenem-resistant Enterobacterales Clin Microbiol Infect, 27(12): 1856.e7-1856.e13 PHỤ LỤC 1: Danh mục nhóm kháng sinh, kháng sinh đƣợc sử dụng để xác định MDR, XDR, PDR nhóm Enterobacteriaceae Enterobacteriaceae nhóm kháng sinh để xác định MDR, XDR, PDR Nhóm kháng sinh Tên kháng sinh Gentamicin Aminoglycosides Tobramycin Kết xét nghiệm độ nhạy cảm với kháng sinh S NS) Các lồi có tính kháng nội kháng sinh Providencia rettgeri (P rettgeri), Providencia stuartii (P stuartii) P rettgeri, P stuartii Amikacin Anti-MRSA cephalosporins Antipseudomonal penicillins + βlactamase inhibitors Netilmicin Ceftaroline (approved only for Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca) Ticarcillin-clavulanic acid P rettgeri, P stuartii Piperacillin-tazobactam E hermanii Escherichia hermannii (E hermanii) Ertapenem Carbapenems Imipenem Meropenem Doripenem Non-extended spectrum cephalosporins; 1st and 2nd generation cephalosporins Cefazolin Cefuroxime Extended-spectrum cephalosporins; 3rd and 4th generation cephalosporins Cefotaxime or ceftriaxone Ceftazidime Cefepime Cefoxitin Cephamycins Cefotetan Fluoroquinolones Ciprofloxacin Folate pathway inhibitors Trimethoprim-sulphamethoxazole Glycylcyclines Tigecycline Monobactams Aztreonam Penicillins Citrobacter freundii (C freundii), Enterobacter aerogenes (E aerogenes), Enterobacter cloacae (E cloacae), Hafnia alvei (H alvei), Morganella morganii (M morganii), Proteus penneri (P penneri), Proteus vulgaris (P vulgaris), P rettgeri, P stuartii, Serratia marcescens (S marcescens) M morganii, P penneri, P vulgaris, S marcescens Ampicillin C freundii, E aerogenes, E cloacae, H alvei C freundii, E aerogenes, E cloacae, H alvei M morganii, Proteus mirabilis (P mirabilis), P penneri, P vulgaris, P rettgeri, P stuartii Citrobacter koseri (C koseri), C freundii, E aerogenes, E cloacae, E hermanii, H alvei, Klebsiellae spp., M morganii, P penneri, P vulgaris, P rettgeri, P stuartii, S marcescens Amoxicillin-clavulanic acid Penicillins + β-lactamase inhibitors Ampicillin-sulbactam Phenicols Chloramphenicol Phosphonic acids Fosfomycin Polymyxins Colistin Tetracycline Tetracyclines Doxycycline Minocycline C freundii, E aerogenes, E cloacae, H alvei, M morganii, P rettgeri, P stuartii, S marcescens C freundii, C koseri, E aerogenes, E cloacae, H alvei, P rettgeri, S marcescens M morganii, P mirabilis, P penneri, P vulgaris, P rettgeri, P stuartii, S marcescens M morganii, P mirabilis, P penneri, P vulgaris, P rettgeri, P stuartii M morganii, P penneri, P vulgaris, P rettgeri, P stuartii M morganii, P penneri, P vulgaris, P rettgeri, P stuartii Tiêu chí xác định MDR, XDR PDR Enterobacteriaceae MDR: không nhạy cảm với ≥1 kháng sinh > nhóm kháng sinh XDR: không nhạy cảm với ≥1 kháng sinh hầu hết nhóm trừ ≤2 nhóm PDR: khơng nhạy cảm với tất kháng sinh đƣợc liệt kê Khi lồi có tính kháng nội với kháng sinh với nhóm phải loại bỏ kháng sinh nhóm khỏi danh sách bảng trƣớc áp dụng tiêu chí cho định nghĩa khơng đƣợc tính tính số lƣợng kháng sinh nhóm mà vi khuẩn phân lập khơng nhạy cảm http://www.ecdc.europa.eu/en/activities/diseaseprogrammes/ARHAI/Pages/public_consultation_clinical_microbiology_infection_arti cle.aspx *Nguồn: Magiorakos, A.P (2012 ) [30]