Nghiên cứu đặc tính cấu trúc và phân tích biểu hiện gen của yếu tố phiên mã gata ở cây sắn (manihot esculenta)

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC - - KHOÁ LUẬN TỐT NGHIỆP Đề tài: “NGHIÊN CỨU ĐẶC TÍNH CẤU TRÚC VÀ PHÂN TÍCH BIỂU HIỆN GEN CỦA YẾU TỐ PHIÊN MÃ GATA Ở CÂY SẮN (Manihot esculenta)” HÀ NỘI - 2022 HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC - - KHOÁ LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỀ TÀI: “Nghiên cứu đặc tính cấu trúc phân tích biểu gen yếu tố phiên mã GATA sắn (Manihot esculenta)” HÀ Sinh viên thực hiện: Lưu Thế Long Lớp: K63CNSHD Ngành: Công nghệ sinh học MSV: 637377 Giảng viên hướng dẫn: TS Chu Đức Hà ThS Trịnh Thị Thu Thuỷ NỘI - 2022 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan trực tiếp thực nghiên cứu khóa luận Mọi kết thu nguyên bản, không chỉnh sửa chép từ nghiên cứu khác Các số liệu, kết khóa luận chưa cơng bố Tơi xin hồn tồn chịu trách nhiệm với lời cam đoan trên! Hà Nội, ngày tháng năm 2022 Sinh viên thực Lưu Thế Long i LỜI CẢM ƠN Trong q trình thực khóa luận tốt nghiệp, cố gắng thân em nhận nhiều giúp đỡ, em xin tỏ lịng biết ơn vơ cùng sâu sắc tới Cô ThS Trịnh Thu Thuỷ - Bộ môn Sinh học - Khoa Công nghệ sinh học - Học viện Nông Nghiệp Việt Nam Thầy TS Chu Đức Hà - Khoa Công nghệ Nông nghiệp, Đại học Công nghệ, Đại học Quốc gia Hà Nội hướng dẫn tận tình, chu đáo bên cạnh kiến thức xã hội bở ích khác Bên cạnh đó, em xin chân thành cảm ơn giúp đỡ quý báu, nhiệt tình tập thể cán thuộc Khoa Công nghệ Nông nghiệp, Đại học Công nghệ, Đại học Quốc gia Hà Nội, nơi em tiến hành khóa luận tốt nghiệp Cuối cùng, em xin cảm ơn giúp đỡ thầy cô Khoa Công nghệ sinh học - Học viện Nông Nghiệp Việt Nam Em xin trân trọng cảm ơn! Hà nội, ngày tháng năm Sinh viên thực Lưu Thế Long ii MỤC LỤC Lời cam đoan i Lời cảm ơn ii Mục lục iii Danh mục viết tắt vi Danh mục bảng viii Danh mục hình ảnh ix Tóm tắt x PHẦN I: ĐẶT VẤN ĐỀ 1.1 Tính cấp thiết đề tài 1.2 Mục đích yêu cầu đề tài 1.2.1 Mục đích đề tài 1.2.2 Yêu cầu đề tài 1.3 Ý nghĩa khoa học ý nghĩa thực tiễn đề tài 1.3.1 Ý nghĩa khoa học 1.3.2 Ý nghĩa thực tiễn PHẦN II: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 Giới thiệu chung sắn 2.2 Tên khoa học, phân loại thực vật nguồn gốc đậu sắn 2.3 Một số đặc điểm chung hình thái sắn 2.4 Đặc điểm di truyền sắn 2.5 Vai trò sắn 10 2.5.1 Cây sắn vai trò thực phẩm chăn nuôi 12 2.5.2 Cây sắn vai trò lượng sinh học 14 2.5.3 Cây sắn vai trò vật liệu sinh học 15 2.6 Tổng quan yếu tố phiên mã GATA 15 2.6.1 Vai trò yếu tố phiên mã GATA tế bào thực vật 15 iii 2.6.2 Cấu trúc yếu tố phiên mã GATA 16 2.7 Tình hình nghiên cứu 16 2.7.1 Tình hình nghiên cứu giới 16 2.7.2 Tình hình nghiên cứu nước 19 PHẦN III PHẠM VI, NỘI DUNG, ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 21 3.1 Phạm vi nghiên cứu 21 3.1.1 Thời gian nghiên cứu 21 3.1.2 Địa điểm nghiên cứu 21 3.2 Nội dung nghiên cứu 21 3.3 Dữ liệu nghiên cứu 21 3.4 Phương pháp nghiên cứu 21 3.4.1 Phương pháp xác định giải họ gene mã hóa GATA sắn hệ tham chiếu sắn 21 3.4.2 Phương pháp phân tích đặc tính protein GATA sắn 23 3.4.3 Phương pháp phân nhóm GATA sắn 24 3.4.4 Phương pháp đánh giá mức độ biểu gene mã hoá GATA sắn điều kiện thường 26 2.3.5 Phương pháp đánh giá mức độ biểu gene mã hoá GATA sắn điều kiện lây nhiễm bệnh CSBD nhân tạo 27 PHẦN VI: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 28 4.1 Kết xác định giải họ gene mã hoá GATA sắn 28 4.2 Kết phân tích đặc tính protein GATA sắn 32 4.3 Kết phân nhóm GATA sắn 36 4.5 Kết mức độ biểu gene mã hoá GATA sắn điều kiện thường 37 iv 4.6 Kết mức độ biểu gene mã hoá GATA sắn điều kiện lây nhiễm bệnh CBSD nhân tạo 39 PHẦN V: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 42 5.1 Kết luận 42 5.2 Kiến nghị 42 DANH MỤC CÔNG TRÌNH ĐÃ CÔNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN KHÓA LUẬN 43 DANH MỤC CÁC TÀI LIỆU THAM KHẢO 44 PHỤ LỤC BẢNG 49 v DANH MỤC VIẾT TẮT STT Chữ viết tắt Giải thích Tiếng Anh Giải thích Tiếng Việt AI aliphatic index ABA Abscisic acid cDNA Complementary DNA DNA bổ sung CRE cis- regulatory element Yếu tố điều hòa cis- FC FPKM GEO NCBI Chỉ số béo Tỉ số thay đổi hai đại Fold - change lượng Fragments Per Kilobase Phân đoạn triệu Million Kilobase Gene Expression Omnibus Trung tâm Thông tin National Center for Công nghệ Sinh học Quốc Biotechnology Information gia biểu gene Grand average of Độ ưa nước trung bình GRAVY II Instability index 10 JA Jasmonic acid 11 L Length 12 mW Molecular weight 13 mRNA Messenger RNA RNA thông tin 14 NCBI National Center for Trung tâm thông tin Công Biotechnology Information nghệ Sinh học Quốc gia 15 NST Chromosome Nhiễm sắc thể 16 PCD Pulse Crop Database hydropathicity Độ bất ổn định Chiều dài (aa) vi Trọng lượng phân tử (kDa) Cơ sở liệu trồng Pulse 17 pI 18 RNA-Seq 19 TF Điểm đẳng điện Theoretical pI Ribonucleic Acid Sequencing Transcription factor vii - Trình tự RNA Nhân tố phiên mã DANH MỤC BẢNG Bảng 2.1 Biểu đồ diện tích sắn Việt Nam từ năm 2000-2020 12 Bảng 2.2 Biểu đồ sản lượng sắn Việt Nam từ năm 2000-2020 12 Bảng 4.1 Thông tin họ gene GATA sắn 28 viii 4.3 Kết phân nhóm GATA sắn Để kiểm tra cấu trúc mối quan hệ phát sinh phân tử GATA sắn, nghiên cứu xây dựng phân loại dựa liên kết trình tự protein Cây phân loại xây dựng dựa theo thuật toán NJ cơng cụ MEGA (Kumar et al., 2016) (Hình 4.6) Hình 4.6 Phân nhóm TF GATA sắn Kết cho thấy, nhóm MeGATA chia thành nhóm cách riêng 36 rẽ (Hình 4.6) Cụ thể, nhóm có protein, tương ứng 8% bao gồm MeGATA03, MeGATA04 MeGATA19; nhóm có protein chiếm 20% bao gồm MeGATA14, 15, 17, 18, 26, 35 36 (Hình 4.6) Nhóm chứa nhiều protein nhóm MeGATA nhất, tương ứng 26 protein chiếm 72% bao gồm MeGATA01, 02, 06, 07, 08, 09, 10, 11, 12, 13, 16, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33 34 (Hình 4.6) Dựa theo kết điều hồn tồn tương đồng với nghiên cứu trước đây, tác giả ghi nhận phân nhóm tương tự họ GATA lồi thực vật khác Ví dụ cà chua (Yuan et al., 2018), đậu gà (Niu et al., 2020), cải dầu (Zhu et al., 2020), B distachyon (Guo et al., 2021), dưa chuột (Zhang et al., 2021), lê Trung Quốc (Manzoor et al., 2021) Cụ thể cà chua chia làm nhóm, nhóm I II chứa nhiều gene 90%, cịn lại 10% thuộc nhóm III IV (Yuan et al., 2018) Tiếp theo dưa chuột, protein GATA chia thành nhóm A, B, C, D Trong đó, nhóm A có số lượng protein GATA nhiều (11 protein GATA), chiếm 42,3% Nhóm D có số lượng protein GATA với thành viên chiếm 8%, tiếp đến nhóm C có protein GATA, nhóm B có protein GATA (Zhang et al., 2021) Ở B napus 96 GATA phân loại tương ứng thành bốn nhóm, số protein GATA này, có 36 thành viên thuộc nhóm I, 43 thành viên thuộc nhóm II, 10 thành viên thuộc nhóm III thành viên thuộc nhóm IV (Zhu et al., 2020) Trong đó, protein MeGATA xếp nhánh có tương đồng cao cấu trúc gen mã hóa (Hình 4.6) 4.5 Kết mức độ biểu gene mã hoá GATA sắn điều kiện thường Nhóm nghiên cứu dự đốn mức độ biểu gene mã hoá GATA thể chi tiết tại Hình 4.7 37 Hình 4.7 Mức độ biểu gene mã hoá GATA sắn điều kiện thường Kết cho thấy có 12 gene MeGATA03, 04, 07, 14, 15, 17, 18, 26, 29, 31, 35 36 biểu 11 mẫu mơ sắn có gene MeGATA14, 31, 35, 36 biểu vượt trội 11 mẫu mơ sắn so với gene cịn lại Có gene khơng biểu 11 mơ sắn MeGATA19 MeGATA30 Đặc biệt mô sắn cây, thân cây, chồi bên, gốc lưu trữ mơ phân sinh đỉnh chồi có gene đáp ứng biểu mạnh, mơ sắn có nhiều gene đáp ứng biểu mạnh với gene MeGATA010, 11, 32 34 MeGATA34 gene có biểu mạnh với 149,16 FPKM Gene biểu mạnh nhiều mô MeGATA24 với mẫu chồi bên, gốc lưu trữ mô phân sinh đỉnh chồi 38 Dựa theo nghiên cứu giống sắn TME 204 năm 2017 Wilson cộng lấy mẫu 11 loại mô/ quan để lập bảng phiên mã (Wilson et al., 2017) 11 mẫu chia thành ba nhóm chính: mô phân sinh đỉnh chồi (SAM), mô phân sinh đỉnh rễ (RAM), tạo phôi (OES FEC) Kết phân tích cho thấy có 31 gene biểu 11 mẫu mơ sắn, có gene biểu mạnh (Manes.04G111000/ 04G124600/ 05G000100/ 05G12400/ 09G138100/ 17G101400) 27 gene cịn lại biểu Ngồi mơ sắn gốc lưu trữ, rễ sơ có gene đáp ứng biểu mạnh, số gốc lưu trữ có nhiều gene biểu mạnh có gene (Manes.01G174200/ 04G111000/ 04G124600/ 15G149500/ 17G101400) (Wilson et al., 2017) 4.6 Kết mức độ biểu gene mã hoá GATA sắn điều kiện lây nhiễm bệnh CBSD nhân tạo Kết xác định gene, MeGATA10, MeGATA20, MeGATA 25, MeGATA 27 MeGATA 33 bị kìm hãm biểu mơ lây nhiễm bệnh CBSD Trong đó, gene MeGATA10 có mức độ biểu bị giảm mạnh nhất, tương ứng -9,8-fold Đặc biệt, gene, bao gồm MeGATA25, MeGATA 27 MeGATA 33 có mức độ biểu đáp ứng mô lây nhiễm bệnh CBSD, vùng promoter gene chứa CRE đáp ứng tín hiệu JA, chứng tỏ gene tham gia vào chế đáp ứng bệnh thông qua đường tín hiệu JA 39 Hình 4.8 Mức độ biểu gene mã hóa GATA mẫu nhiễm CBSD sắn Theo nghiên cứu Maruthi cộng năm 2014, hai giống sắn Albert Kaleso chọn để phân tích hệ phiên mã chúng cho thấy kiểu hình tương phản với tính nhạy cảm CBSV (Maruthi et al., 2014) Các mẫu thu thập từ ba cấy CBSV đối chứng (chưa cấy) Albert Kaleso (Maruthi et al., 2014) Phân tích gene biểu khác biệt chứng minh hai giống sắn có phản ứng độc lây nhiễm, sắn kháng bệnh cho thấy số lượng gene bị biểu mức cao Ngoài ra, phân tích trình tự RNA cho thấy số nhóm gene mã hóa TF nhóm protein tham gia vào sinh tởng hợp chất chuyển hóa thứ cấp terpenoids, steroid, flavonoid phenylpropanoids điều hòa tín hiệu JA có mức độ phiên mã đáp ứng sắn kháng CBSD (Maruthi et al., 40 2014) Trong loài thực vật khác, đường tín hiệu JA cho liên quan đến việc kiểm soát biểu gene tham gia vào chế đáp ứng stress sinh học 41 Phần V: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 5.1 Kết luận Khai thác thông tin họ gene GATA xác định 36 thành viên thuộc họ gene mã hoá TF GATA phân bố rải rác 13 NST sắn Đánh giá đặc tính cho thấy protein có kích thước từ 142 đến 544 gốc amino acid, trọng lượng phân tử từ 12,17 đến 60,49 kDa, 18 protein có tính base 18 protein có tính axit, số béo từ 39.7 – 74,5 protein có tính ổn định 33 protein bất ổn định, 36 protein có tính ưa nước Phân tích tiến hố chia 36 MeGATA thành nhóm Đánh giá mức độ biểu gene mã hoá GATA điều kiện thường xác định gene MeGATA14, 31, 35, 36 biểu 11 mẫu mô sắn, gene MeGATA34 có biểu mạnh với 149,16 FPKM gene MeGATA24 có biểu mạnh nhiều mẫu mô với mẫu: chồi bên, gốc lưu trữ mơ phân sinh đỉnh chồi Dự đốn gene có khả cảm ứng với JA, MeGATA25, 27 33 có mức độ biểu đáp ứng mơ lây nhiễm CBSD 5.2 Kiến nghị Tiếp tục mở rộng nghiên cứu họ gene mã hóa GATA đối tượng thực vật khác 42 DANH MỤC CÔNG TRÌNH ĐÃ CÔNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN KHÓA LUẬN Trần Văn Tiến, Lê Hoàng Phương, La Việt Hồng, Lưu Thế Long, Trịnh Thị Thu Thủy, Nguyễn Quốc Trung, Chu Đức Hà, Lê Huy Hàm (2022), “Xác định khai thác biểu nhóm gene mã hố nhân tố phiên mã GATA liên quan đến bệnh sọc nâu virus sắn (Manihot esculenta) công cụ tin sinh học” Kỷ yếu Hội nghị quốc gia Bệnh hại thực vật Việt Nam năm 2022 (Chấp nhận đăng) 43 DANH MỤC CÁC TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng việt Chu Đức Hà, Nguyễn Thu Hường, Bùi Thị Thu Hương, La Việt Hồng, Lê Thị Ngọc Quỳnh, Phạm Phương Thu, Nguyễn Văn Lộc (2020), “Phân tích cấu trúc khai thác liệu biểu họ gene mã hóa nhân tố phiên mã TCP bưởi (Citrus grandis)”, Tạp chí Khoa học Nơng nghiệp Việt Nam Chu Đức Hà, Lê Thị Ngọc Quỳnh, Nguyễn Trọng Hiển, Phạm Thị Lý Thu, Lê Huy Hàm, Lê Tiến Dũng (2017) “Mô tả nhận dạng số giống sắn (Manihot esculenta crantz) phổ biến việt nam” Chu Đức Hà, Lê Thị Ngọc Quỳnh, Nguyễn Trọng Hiển, Lê Duy Hàm, Lê Tiến Dũng (2016) “Đặc điểm hình thái sắn” Chu Đức Hà, Lê Thị Ngọc Quỳnh, Nguyễn Trọng Hiển, Lê Huy Hàm, Lê Tiến Dũng (2015), “Thiết lập tiêu hình thái đặc trưng cho phân loại giống sắn (Manihot esculenta Crantz) Việt Nam dựa mơ tả hình thái giống sắn KM 94”, Tạp chí Sinh học, 37(1): 31-38 Đại học Thái Nguyên trường đại học Nông Lâm PGS TS Trần Ngọc Ngoạn (2007) Giáo trình sắn nhà xuất nơng nghiệp Hà Nội Hoàng Kim, Phạm Văn Biên 1995 Cây sắn Nhà xuất Nơng nghiệp (chi nhánh phía Nam), thành phố Hồ Chí Minh Viện Dược liệu (2016), Danh lục thuốc Việt Nam, Nxb KH&KT, Hà Nội Tài liệu tiếng anh Aderemi F.A., Nworgu F.C (2007) Nutritional Status of Cassava Peels and Root Sieviate Biodegraded with Aspergillus niger American-Eurasian Journal of Agricultural & Environmental Sciences, 2, 308-311 Bagherikia S., Pahlevani M., Yamchi A., Zaynalinezhad K., Mostafaie A (2019) Transcript profiling of genes encoding fructan and sucrose metabolism in wheat under terminal drought stress J Plant Growth Regul 38:148–163 10.Bredeson J.V., Lyons J.B., Prochnik S.E., Wu G (2016) Sequencing wild 44 and cultivated cassava and related species reveals extensive interspecific hybridization and genetic diversity Nature Biotechnology 34 11.Chen H., Shao H., Li K., Zhang D., Fan S., Li Y., Han M (2017) Genomewide identification, evolution, and expression analysis of GATA transcription factors in apple (Malusx domestica Borkh.) Gene 627:460–472 12.Chen M., Zhao Y., Zhuo C., Lu S., Guo Z (2015) Overexpression of a NF YC transcription factor from bermudagrass confers toler- ance to drought and salinity in transgenic rice Plant Biotechnol J 13(4):482–491 13.G., Ginni, S., Adish Kumar, T.M., Mohamed, Usman, PeterPakonyi, J., Rajesh Banu (2020) Food Waste to Valuable Resources Applications and Management Chapter 13 Integrated biorefineries of food waste Pages 275298 14.Gong X., Liu W., Wu L., Ma Z., Wang Y., Yu S., Zhang J., Xie H., Wei G., Ma F., Lu L., Chen L (2018) Transcriptional repressor GATA binding 1mediated repression of SRY-box expression suppresses cancer stem cell functions and tumor initiation J Biol Chem, 293(48):18646-18654 15.Guira F., Some K., Kabore D., Sawadogo‐Lingani H., Traore Y., Savadogo A (2017) Origins, production, and utilization of cassava Burkina Faso, a contribution of a neglected crop to household food security 16.Guo J., Bai X., Dai K., Yuan X., Guo P., Zhou M., Shi W., Hao C (2021) Identification of GATA Transcription Factors in Brachypodium distachyon and Functional Characterization of BdGATA13 in Drought Tolerance and Response to Gibberellins 17.Gupta P., Nutan K.K., Singla-Pareek S.L., Pareek A (2017) Abiotic Stresses Cause Differential Regulation of Alternative Splice Forms of GATA Transcription Factor in Rice 18.Guttikonda S.K et al (2014) Overexpression of AtDREB1D transcrip- tion factor improves drought tolerance in soybean Mol Biol Rep 41(12):7995– 8008 45 19.Hoang X.L.T., Nhi D.N.H., Thu N.B.A., Thao N.P., Tran L.P (2017) Transcription factors and their roles in signal transduction in plants under abiotic stresses Curr Genomics 18(6):483–497 20.Jamal P., Tijani R., Alam Md.Z., Mirg Md.E.S (2012) Effect of Operational Parameters on Solid State Fermentation of Cassava Peel to an Enriched Animal Feed Journal of Applied Sciences, 12: 1166-1170 21.Jin C., et al (2016) Overexpression of a bHLH1 transcription factor of Pyrus ussu- riensis confers enhanced cold tolerance and increases expression of stress-responsive genes Front Plant Sci 7:441 22.Jin J., et al (2019) The transcription factor GATA10 regulates fertil- ity conversion of a two-line hybrid tms5 mutant rice via the modulation of UbL40 expression J Integr Plant Biol 23.Kim H., et al (2010) Recent progress in cassava breeding and the selection of improved cultivars 24.Luo X.M., et al (2010) Integration of light- and brassinosteroid-signaling pathways by a GATA transcription factor in Arabidopsis Dev Cell 19(6):872–883 25.Maruthi M.N., Bouvaine S., Hale A Tufan, Ibrahim U Mohammed, Rory J Hillocks (2014) Transcriptional Response of Virus-Infected Cassava and Identification of Putative Sources of Resistance for Cassava Brown Streak Disease 26.Manzoor M.A., Sabir I.A., Shah I.H., Wang H., Yu Z., Rasool F., Mazhar M.Z., Younas S., Abdullah M., Cai Y (2021) Comprehensive Comparative Analysis of the GATA Transcription Factors in Four Rosaceae Species and Phytohormonal Response in Chinese Pear (Pyrus bretschneideri) Fruit 27.Niu L., Chu H.D., Tran C.D., Nguyen K.H., Pham H.X., Le D.T., Li W., Wang W., Le T.D., Tran L.S.P (2020) The GATA gene family in chickpea: Structure analysis and transcriptional responses to abscisic acid and dehydration treatments revealed potential genes involved in drought 46 adaptation J Plant Growth Reg 39(4): 1647-1660 28.Niu L., et al (2020) The GATA Gene Family in Chickpea: Structure Analysis and Transcriptional Responses to Abscisic Acid and Dehydration Treatments Revealed Potential Genes Involved in Drought Adaptation Journal of Plant Growth Regulation.Okezie B.O., Kosikowski F.V., Markakis P (2009) Cassava as a food C R C Critical Reviews in Food Science and Nutrition Volume 17, Issue 3Pages 259-275 29.Reyes J.C., Muro-Pastor M.I., Florencio F.J (2004) The GATA family of transcription factors in Arabidopsis and rice Plant Physiol 134(4): 1718-32 30.Richter R., Bastakis E., Schwechheimer C (2013) Cross-repressive interactions between SOC1 and the GATAs GNC and GNL/CGA1 in the control of greening, cold tolerance, and flowering time in Arabidopsis Plant Physiol 162(4):1992–2004 31.Sanette Marx (2019) In Bioethanol Production from Food Crops.Teakle G.R., Manfield I.W., Graham J.F., Gilmartin P.M (2002) Arabidopsis thaliana GATA factors: organisation, expression and DNA-binding characteristics Plant Mol Biol 50(1): 43-57 32.Wilson M.C., Mutka A.M., Hummel A.W., Berry J., Chauhan R.D., Vijayaraghavan A., Taylor N.J., Voytas D.F., Chitwood D.H., Rebecca S.B (2017) Gene expression atlas for the food security crop cassava 33.Wilson M.C., Mutka A.M., Hummel A.W., Berry J., Chauhan R.D., Vijayaraghavan A., Taylor N.J., Voytas D.F., Chitwood D.H., Rebecca S.B (2017) Gene expression atlas for the food security crop cassava 34.Zhang C., Hou Y., Hao Q., Chen H., Chen L., Yuan S., Shan Z., Zhang X., Yang Z., Qiu D., Zhou X., Huang W (2015) Genome-Wide Survey of the Soybean GATA Transcription Factor Gene Family and Expression Analysis under Low Nitrogen Stress 35.Zhang K., Jia L., Yang D., Hu Y., Njogu M.K., Wang P., Xiaomin Lu X., Yan C (2021) Genome-Wide Identification, Phylogenetic and Expression Pattern 47 Analysis of GATA Family Genes in Cucumber (Cucumis sativus L.) Plants (Basel) 2021 Aug; 10(8): 1626 36.Zhao T., Wu T., Pei T., Wang Z., Yang H., Jiang J., Zhang H., Chen X., Li J., Xu X (2021) Overexpression of SlGATA17 Promotes Drought Tolerance in Transgenic Tomato Plants by Enhancing Activation of the Phenylpropanoid Biosynthetic Pathway 37.Zhu W., Guo Y., Chen Y., Wu D., Jiang L (2020) Genome-wide identification, phylogenetic and expression pattern analysis of GATA family genes in Brassica napus BMC Plant Biology volume 20, Article number: 543 Tài liệu Internet 38 STARCH IN FOOD VN (2020) https://tinhbotbientinh.net/ 39 FAOSTAT (2019) https://www.fao.org/faostat/en/#home 40.BLAST: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 41.Expasy Protparam: https://web.expasy.org/protparam/ 42.PlantTFDB: http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/ 43.MEGA: https://www.megasoftware.net/ 48 PHỤ LỤC BẢNG Phụ lục bảng S1: Những tham số ClustalW TT Thông tin mặc định Thông số mặc định Hình phạt khoảng trống 10 Hình phạt khoảng trống kéo dài 0,1 Bắt cặp nhiều trình tự Hình phạt khoảng trống 10 Hình phạt khoảng trống kéo dài 0,2 Bắt cặp hai trình tự Ma trận trọng lượng protein Nhóm hình phạt dư lượng - cụ thể ON Nhóm hình phạt có tính ưa nước ON Khoảng cách chia khoảng trống Tách khoảng trống cuối OFF Sử dụng ma trận phủ định OFF Sự cản trở cắt phân tán (%) 30 Gonnet 49 Phụ lục bảng S2: Những phân tích ưu tiên Thơng tin mặc định TT Thơng số mặc định Phân tích Sự tái tạo phát sinh loài Phạm vi Tất taxa chọn Phương pháp thống kê Neighbor-joining Sự kiểm tra phát sinh chủng loại Kiểm tra phát sinh Phương pháp Bootstrap Số lượng Bootstrap 1000 Mơ hình thay Loại thay Amino acid Mơ hình/Phương pháp Khoảng cách so sánh đơi Những mơ hình tỷ lệ Tỷ lệ vùng Những tỷ lệ đồng Tham số Gamma Không áp dụng Mơ hình dịng Sam (đồng dạng) Tập hợp liệu để sử dụng Sự nghiên cứu khoảng trống/ liệu bị Sự bỏ hoàn toàn thiếu Phạm vi vùng cắt (%) Không áp dụng 50