(Luận văn) phân tích các biến đổi ở 3 protein vỏ fiber, penton và hexon của hadv 3 gây bệnh đau mắt đỏ phân lập ở việt nam

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN  lu an n va Lê Tuấn Anh p ie gh tn to PHÂN TÍCH CÁC BIẾN ĐỔI Ở PROTEIN VỎ FIBER, PENTON VÀ HEXON CỦA HADV-3 GÂY BỆNH ĐAU MẮT ĐỎ PHÂN LẬP Ở VIỆT NAM d oa nl w an lu ll u nf va LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC oi m z at nh z m co l gm @ an Lu Hà Nội - 2019 n va ac th si ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN  lu an n va Lê Tuấn Anh p ie gh tn to PHÂN TÍCH CÁC BIẾN ĐỔI Ở PROTEIN VỎ FIBER, PENTON VÀ HEXON CỦA HADV-3 GÂY BỆNH ĐAU MẮT ĐỎ PHÂN LẬP Ở VIỆT NAM d oa nl w an lu Chuyên ngành: Di truyền học u nf va Mã số: 8420101.21 ll LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC oi m z at nh NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: TS Nguyễn Văn Sáng z m co l gm @ an Lu Hà Nội - 2019 n va ac th si LỜI CẢM ƠN Lời đầu tiên, tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới TS Nguyễn Văn Sáng – giảng viên Bộ môn Di truyền học, Khoa Sinh học, Trường đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQGHN - người thầy ln tận tình hướng dẫn, giúp tơi tiếp thu nhiều kiến thức kỹ thuật chuyên môn tạo điều kiện thuận lợi giúp đỡ tơi suốt q trình thực luận văn Những dẫn thầy định hướng quan trọng giúp tơi hồn thành tốt luận văn cao học bước tự tin đường khoa học Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành tới thầy cô Bộ môn Di truyền lu an học: PGS TS Nguyễn Thị Hồng Vân, TS Đỗ Thị Phúc, TS Trần Đức Long, ThS n va Trần Thùy Anh, thầy cô công tác Khoa Sinh học, Trường Đại học Khoa tn to học Tự nhiên Cảm ơn thầy hết lịng giảng dạy kiến thức quý báu Chúng xin chân thành cảm ơn Phịng thí nghiệm Nghiên cứu Sinh học Phân p ie gh giúp đỡ suốt hai năm học vừa qua nl w tử Tế bào, Trung tâm Nghiên cứu Khoa học Sự sống, Khoa Sinh học tạo điều d oa kiện cho suốt trình thực đề tài Nghiên cứu tài an lu trợ Đại học Quốc gia Hà Nội đề tài mã số QG.17.19 u nf va Cuối cùng, xin gửi lời cảm ơn gia đình, bạn bè người thân – người bên cạnh, tạo điều kiện động viên, cho động lực để phấn đấu ll oi m trình học tập trình thực luận văn z at nh Hà Nội, ngày 24 tháng 11 năm 2019 z Học viên gm @ Lê Tuấn Anh m co l an Lu n va ac th si BẢNG KÝ HIỆU CHỮ VIẾT TẮT lu an n va Microliter µM Micromol ADN Acid Deoxyribonucleic bp Base pairs CAR Coxsackie and Adenovirus Receptor DF Dodecahedron-fiber GON Group of nine GOS Group of six HAdV Human Adenovirus HVR Hypervariable region gh tn to µL Immunoglobulin A p ie IgA Immunoglobulin G d Polymerase Chain Reaction an lu PCR Next Generation Sequencing oa NGS nl w IgG Short Consensus Repeats SNP Single nucleotide polymorphism UV Ultra violet ll u nf va SCR oi m z at nh z m co l gm @ an Lu n va ac th si DANH MỤC BẢNG Bảng 1: Các chủng HAdV bệnh gây [22] Bảng 2: Giá trị pI số pH axit amin 14 Bảng 3: Thành phẩn phản ứng PCR 20 Bảng 4: Chu trình nhiệt phản ứng PCR 20 Bảng 5: Mồi khuếch đại gen fiber HAdV-3 Việt Nam 23 Bảng 6: Các biến đổi gen fiber HAdV-3 Việt Nam so với trình tự tham chiếu 25 lu an Bảng 7: Các biến đổi axit amin đầu tương tác fiber 29 va n Bảng 8: Mồi khuếch đại gen penton HAdV-3 Việt Nam 30 tn to Bảng 9: Các biến đổi gen penton HAdV-3 Việt Nam so với trình tự tham gh p ie chiếu 33 nl w Bảng 10: Các biến đổi axit amin protein penton .36 d oa Bảng 11: Mồi khuếch đại gen hexon HAdV-3 Việt Nam .37 an lu Bảng 12: Các biến đổi gen hexon HAdV-3 Việt Nam so với trình tự tham chiếu 40 u nf va Bảng 13: Các biến đổi axit amin protein hexon .44 ll oi m z at nh z m co l gm @ an Lu n va ac th si DANH MỤC HÌNH Hình 1: Mô tả cấu trúc HAdV [63] Hình 2: Cấu trúc fiber liên kết với penton Hình 3: Sự liên kết fiber domain SCR1-2 thụ thể CD46 [40] .10 Hình 4: Sự liên kết GON GOS tạo nên vỏ capsid HAdV [8] 11 Hình 5: Cấu trúc axit amin [59] 13 Hình 6: Cấu trúc chuỗi xoắn α nếp gấp β [3] .15 Hình 7: Liên kết kỵ nước cầu disulfua cấu trúc bậc protein [59] 16 lu an Hình 8: Hình ảnh điện di sản phẩm khuếch đại gen fiber 24 va n Hình 9: Hình ảnh tín hiệu giải trình tự gen fiber HAdV-3 Việt Nam 24 gh tn to Hình 10: Hình ảnh kết so sánh trình tự ADN axit amin gen fiber 26 p ie Hình 11: Hình ảnh xếp chồng đầu tương tác protein fiber HAdV .27 w Hình 12: Đầu tương tác fiber HAdV-3 Việt Nam domain SCR1-2 thụ oa nl thể CD46 28 d Hình 13: Hình ảnh điện di sản phẩm khuếch đại gen penton 31 an lu Hình 14: Hình ảnh tín hiệu giải trình tự gen penton HAdV-3 Việt Nam 31 u nf va Hình 15: Hình ảnh kết so sánh trình tự ADN axit amin gen penton .32 ll oi m Hình 16: Protein penton HAdV-3 Việt Nam axit amin biến đổi 35 z at nh Hình 17: Hình ảnh điện di sản phẩm khuếch đại gen hexon 38 Hình 18: Hình ảnh tín hiệu giải trình tự gen hexon HAdV-3 Việt Nam 38 z @ gm Hình 19: Hình ảnh kết so sánh trình tự ADN axit amin gen hexon 39 m co l Hình 20: Protein hexon HAdV-3 Việt Nam dạng monomer axit amin biến đổi 43 an Lu Hình 21: Biến đổi G42A M884L cấu trúc trimer hexon .43 n va ac th si MỤC LỤC ĐẶT VẤN ĐỀ Chương TỔNG QUAN 1.1 Tổng quan bệnh đau mắt đỏ .3 1.2 Tổng quan Human adenovirus 1.3 Phản ứng hệ miễn dịch với HAdV 1.4 Cơ chế xâm nhiễm HAdV lu 1.5 Các protein vỏ HAdV an n va 1.6 Ưu điểm hạn chế phương pháp giải trình tự Sanger 12 1.8 Cấu trúc protein .15 ie gh tn to 1.7 Tổng quan axit amin 12 p 1.9 Phương pháp phân tích mơ cấu trúc protein .17 oa nl w Chương ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 19 d 2.1 Đối tượng nghiên cứu 19 lu va an 2.2 Phương pháp nghiên cứu .19 ll u nf Chương KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 23 oi m 3.1 Kết giải trình tự phân tích cấu trúc protein fiber HAdV-3 Việt z at nh Nam .23 3.2 Kết giải trình tự phân tích cấu trúc protein penton HAdV-3 Việt z Nam .30 gm @ 3.3 Kết giải trình tự phân tích cấu trúc protein hexon HAdV-3 Việt l Nam .37 m co Chương KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 46 an Lu n va ac th si 4.1 Kết luận 46 4.2 Kiến nghị 46 TÀI LIỆU THAM KHẢO 47 lu an n va p ie gh tn to d oa nl w ll u nf va an lu oi m z at nh z m co l gm @ an Lu n va ac th si ĐẶT VẤN ĐỀ Đau mắt đỏ (tên tiếng Anh: pink-eye conjunctivitis) bệnh mắt phổ biến giới Bệnh thường khơng nguy hiểm đến tính mạng có mức độ lây truyền nhanh người dân, gây hệ lụy sức khỏe cho cộng đồng [16, 32, 36, 49] Nguyên nhân chủ yếu gây đau mắt đỏ vi-rút Human Adenovirus (HAdV) Các thành phố lớn Việt Nam có mật độ dân cư dày đặc môi trường lý tưởng cho chủng vi-rút lan truyền Cho đến nay, nghiên cứu HAdV Việt Nam dừng lại việc xác định phân loại [24, 27] Các nghiên cứu trước HAdV-3 lu chủng phổ biến gây bệnh đau mắt đỏ Việt Nam Nếu khơng có an va nghiên cứu sâu vào phân tích protein cấu trúc vỏ HAdV-3 n khó để Việt Nam ứng phó kịp thời xuất chủng biến đổi có Vì vậy, chúng tơi thực đề tài nghiên cứu “Phân tích biến đổi p ie gh tn to độc lực cao w protein vỏ Fiber, Penton Hexon HAdV-3 gây bệnh đau mắt đỏ phân lập oa nl Việt Nam” với mục tiêu cụ thể: d Giải mã trình tự đoạn ADN mã hóa protein Fiber, Penton lu an Hexon chủng HAdV-3 - chủng gây bệnh đau mắt đỏ Việt u nf va Nam ll Phát biến đổi trình tự dẫn đến thay đổi cấu trúc oi m protein nêu z at nh Phân tích hậu biến đổi cấu trúc tới khả xâm nhiễm gây bệnh HAdV-3 Việt Nam z @ gm Nghiên cứu cung cấp nhiều thông tin ADN cấu trúc protein l vỏ HAdV-3 Việt Nam giới Kết từ nghiên cứu m co so sánh với công bố giới để đánh giá mức độ biến đổi làm mốc an Lu nghiên cứu tốc độ biến đổi trình tự ADN HAdV-3 Việt Nam tương lai n va ac th si Đây tiền đề cho nghiên cứu chuyên sâu hệ protein chủng virút này, góp phần định hướng nghiên cứu cách phòng tránh lây lan HAdV-3 Việt Nam giới Các kết nghiên cứu chấp nhận đăng tạp chí khoa học Bộ Khoa học Công nghệ lu an n va p ie gh tn to d oa nl w ll u nf va an lu oi m z at nh z m co l gm @ an Lu n va ac th si Bảng 13: Các biến đổi axit amin protein hexon Vị trí biến đổi Axit amin ban đầu Giá trị pI Chỉ số H Axit amin thay Giá trị pI Chỉ số H an n va 6,06 -0,4 A (Alanine) 6,11 1,8 G141R G (Glycine) 6,06 -0,4 R (Arginine) 10,76 -4,5 E299G E (Glutamate) 3,08 -3,5 G (Glycine) 6,06 -0,4 N302D N (Asparagine) 5,41 -3,5 D (Aspartate) 2,87 -3,5 N411D N (Asparagine) 5,41 -3,5 D (Aspartate) 2,87 -3,5 T418R T (Threonine) 5,60 -0,7 R (Arginine) 10,76 -4,5 T429A T (Threonine) 5,60 -0,7 A (Alanine) 6,11 1,8 A439D A (Alanine) 6,11 1,8 D (Aspartate) 2,87 -3,5 P440T P (Proline) 6,30 -1,6 T (Threonine) 5,60 -0,7 T445A T (Threonine) 5,60 -0,7 A (Alanine) 6,11 1,8 M (Methionine) 5,74 1,9 L (Leucine) 6,04 3,8 tn to G (Glycine) gh lu G42A M884L p ie Trong hai biến đổi nằm mặt phía hexon, biến đổi M884L nằm vị nl w trí tiếp xúc trimer hexon (Hình 21B) Tại vị trí này, axit amin L có số H d oa 3,8 (rất kị nước) thay cho M có số H 1,9 (ít kị nước), cho thấy vị trí an lu biến đổi làm tăng độ liên kết trimer hexon, giúp lớp vỏ bảo vệ va vi-rút có cấu trúc bền vững ổn định Biến đổi cuối - G42A nằm u nf phần lõi, mặt hexon (Hình 21A), vị trí bám protein VI [30, 64], ll có chức quan trọng việc phân tách protein tiền thân cần thiết cho hoàn m oi thiện cấu trúc xâm nhiễm vi-rút Axit amin G trung tính (chỉ số H -0,4) bị z at nh biến đổi thành A kị nước (chỉ số H 1,8), giúp protein VI bám vào hexon ổn định hơn, từ tăng cường độc lực vi-rút Ngoài ra, kết chúng tơi z gm @ vùng trình tự axit amin tạo cuộn xoắn α nếp gấp β hình thành nên cấu trúc khung hexon HAdV-3 Việt Nam bảo thủ, điều thống l m co với kết khác cấu trúc hexon HAdV-26, HAdV-5 HAdV2 gần trùng khớp với nhau, ngoại trừ số vùng HVRs [48, 71] an Lu n va ac th 44 si Nhìn chung, đa số biến đổi axit amin protein hexon nằm rải rác vùng siêu biến (mặt ngồi vỏ capsid) Điều có khả cao giúp HAdV-3 tiến hóa để trốn tránh hệ miễn dịch bệnh nhân Chỉ có hai biến đổi G42A M884L dự đốn có khả tăng cường sức sống độc lực HAdV-3 Việt Nam lu an n va p ie gh tn to d oa nl w ll u nf va an lu oi m z at nh z m co l gm @ an Lu n va ac th 45 si Chương KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 4.1 Kết luận Từ kết nêu trên, rút kết luận sau: 1- Chúng tơi giải mã thành cơng trình tự ADN gen fiber, penton hexon chủng HAdV-3 gây bệnh đau mắt đỏ Việt Nam Tổng chiều dài gen nêu 960 bp, 1635 bp, 2835 bp 2- Chúng phát biển đổi trình tự ADN gen nêu so với trình tự tham chiếu giới Các biển đổi dự đoán lu dẫn tới biến đổi axit amin protein tương ứng Cụ thể, gen fiber, penton, an hexon có 15, 24, 42 biển đổi trình tự ADN Ba protein tương ứng va n có 10, 5, 11 biến đổi axit amin Những tính tốn tỉ lệ cho thấy, gen tn to protein fiber dường có tỉ lệ biển đổi ADN cao tỉ lệ biến đổi axit amin ie gh cao Trong đó, penton ln gen/protein có tỉ lệ thấp tiêu p chí nl w 3- Cả protein fiber, penton, hexon dự đốn có biến đổi tiềm oa ẩn nguy cao gây hại cho người Cụ thể, biến đổi axit amin protein fiber d có nguy làm thay đổi tương tác protein với thụ thể CD46 bệnh nhân lu va an Ở protein penton, biến đổi có khả cao làm tăng khả xâm nhiễm độc u nf lực vi-rút Còn hexon, biến đổi lại mang đến nguy giúp vi-rút lẩn ll trốn khỏi hệ miễn dịch tăng cường sức sống oi m 4.2 Kiến nghị z at nh Chúng xin kiến nghị hàng năm thực phân tích biến đổi gen z fiber, penton, hexon HAdV-3 nói riêng chủng HAdV gây bệnh đau mắt @ gm đỏ Việt Nam nói chung Việc làm cần thiết để theo dõi trình tiến hóa l loại vi-rút này, từ giúp tìm cách phịng tránh điều trị bệnh hiệu m co an Lu n va ac th 46 si TÀI LIỆU THAM KHẢO Al-Haggar, M., et al (2012), "A novel homozygous p.Arg527Leu LMNA mutation in two unrelated Egyptian families causes overlapping mandibuloacral dysplasia and progeria syndrome", Eur J Hum Genet, 20(11): pp 1134-40 Allawi, H.T and J SantaLucia, Jr (1997), "Thermodynamics and NMR of internal G.T mismatches in DNA", Biochemistry, 36(34): pp 10581-94 Avissar, Y., et al.(2018), "Biology: OpenStax".pp 91 Azari, A.A and N.P Barney (2013), "Conjunctivitis: a systematic review of diagnosis and treatment", JAMA, 310(16): pp 1721-9 lu an Bergelson, J.M., et al (1997), "Isolation of a common receptor for Coxsackie va B viruses and adenoviruses and 5", Science, 275(5304): pp 1320-3 n Berk, A.J.(2007), "Fields virology", 5th ed Vol 2, Philadelphia: Wolters tn to Buckwalter, S.P., et al (2012), "Real-time qualitative PCR for 57 human p ie gh Kluwer Health/Lippincott Williams & Wilkins.pp w adenovirus types from multiple specimen sources", J Clin Microbiol, 50(3): Burnett, R.M (1985), "The structure of the adenovirus capsid II The packing d oa nl pp 766-71 lu an symmetry of hexon and its implications for viral architecture", J Mol Biol, u nf va 185(1): pp 125-43 Burnett, R.M., M.G Grutter, and J.L White (1985), "The structure of the ll 10 z at nh Biol, 185(1): pp 105-23 oi m adenovirus capsid I An envelope model of hexon at A resolution", J Mol Chothia, C and A.M Lesk (1986), "The relation between the divergence of z sequence and structure in proteins", EMBO J, 5(4): pp 823-6 @ Clancy, S (2008), "Genetic Mutation", Nature Education, 1(1): pp 187 12 Collins, F.S., M.S Guyer, and A Charkravarti (1997), "Variations on a theme: l gm 11 m co cataloging human DNA sequence variation", Science, 278(5343): pp 1580-1 an Lu n va ac th 47 si 13 Cupelli, K., et al (2010), "Structure of adenovirus type 21 knob in complex with CD46 reveals key differences in receptor contacts among species B adenoviruses", J Virol, 84(7): pp 3189-200 14 DeLano, W.L (2002), "The PyMOL Molecular Graphics System, Educationnal Version Schrödinger, LLC", 15 Durmort, C., et al (2001), "Structure of the fiber head of Ad3, a non-CARbinding serotype of adenovirus", Virology, 285(2): pp 302-12 16 Erdman, D.D., et al (2002), "Molecular epidemiology of adenovirus type in the United States, 1966-2000", Emerg Infect Dis, 8(3): pp 269-77 17 Fender, P., et al (2012), "Impact of human adenovirus type dodecahedron lu an on host cells and its potential role in viral infection", J Virol, 86(9): pp 5380- va n Fender, P., et al (1997), "Adenovirus dodecahedron, a new vector for human tn to 18 gh gene transfer", Nat Biotechnol, 15(1): pp 52-6 Filleul, L., et al (2018), "Costs of Conjunctivitis Outbreak, Reunion Island, p ie 19 Flomenberg, P., et al (1995), "Characterization of human proliferative T cell oa nl 20 w France", Emerg Infect Dis, 24(1): pp 168-170 d responses to adenovirus", J Infect Dis, 171(5): pp 1090-6 lu Gaggar, A., D.M Shayakhmetov, and A Lieber (2003), "CD46 is a cellular an 21 22 u nf va receptor for group B adenoviruses", Nat Med, 9(11): pp 1408-12 Ghebremedhin, B (2014), "Human adenovirus: Viral pathogen with ll Gooding, L.R and W.S Wold (1990), "Molecular mechanisms by which z at nh 23 oi m increasing importance", Eur J Microbiol Immunol (Bp), 4(1): pp 26-33 adenoviruses counteract antiviral immune defenses", Crit Rev Immunol, @ Ha, N.V., et al (2016), "Method Development for Detection and Classification gm 24 z 10(1): pp 53-71 m co Natural Sciences and Technology, 32(1S) l of Conjunctivitis-Causing Adenoviruses in Human", VNU Journal of Science: an Lu n va ac th 48 si 25 Hall, T.A (1999), "BioEdit: A User-Friendly Biological Sequence Alignment Editor and Analysis Program for Windows 95/98/NT", Nucleic Acids Symposium Series, 41(pp 95-98 26 Huang, G.H and W.B Xu (2013), "[Recent advance in new types of human adenovirus]", Bing Du Xue Bao, 29(3): pp 342-8 27 Jin, X.H., et al (2006), "Molecular epidemiology of adenoviral conjunctivitis in Hanoi, Vietnam", Am J Ophthalmol, 142(6): pp 1064-6 28 Kyte, J and R.F Doolittle (1982), "A simple method for displaying the hydropathic character of a protein", J Mol Biol, 157(1): pp 105-32 29 Lewis, P.F., et al (2009), "A community-based outbreak of severe respiratory lu an illness caused by human adenovirus serotype 14", J Infect Dis, 199(10): pp va 1427-34 n Liu, H., et al (2010), "Atomic structure of human adenovirus by cryo-EM tn to 30 43 p ie gh reveals interactions among protein networks", Science, 329(5995): pp 1038- Lu, Z.Z., et al (2013), "Penton-dodecahedral particles trigger opening of w 31 oa nl intercellular junctions and facilitate viral spread during adenovirus serotype d infection of epithelial cells", PLoS Pathog, 9(10): pp e1003718 lu Lynch, J.P., 3rd and A.E Kajon (2016), "Adenovirus: Epidemiology, Global an 32 u nf va Spread of Novel Serotypes, and Advances in Treatment and Prevention", Semin Respir Crit Care Med, 37(4): pp 586-602 ll Madisch, I., et al (2007), "Phylogenetic analysis and structural predictions of oi m 33 z at nh human adenovirus penton proteins as a basis for tissue-specific adenovirus vector design", J Virol, 81(15): pp 8270-81 Mahr, J.A and L.R Gooding (1999), "Immune evasion by adenoviruses", z 34 @ Matsui, K., et al (2008), "Monitoring of adenovirus from conjunctival l 35 gm Immunol Rev, 168(pp 121-30 m co scrapings in Japan during 2005 2006", J Med Virol, 80(6): pp 997-1003 an Lu n va ac th 49 si 36 Meyer-Rusenberg, B., et al (2011), "Epidemic keratoconjunctivitis: the current situation and recommendations for prevention and treatment", Dtsch Arztebl Int, 108(27): pp 475-80 37 Nemerow, G.R., P.L Stewart, and V.S Reddy (2012), "Structure of human adenovirus", Curr Opin Virol, 2(2): pp 115-21 38 O'Brien, T.P., et al (2009), "Acute conjunctivitis: truth and misconceptions", Curr Med Res Opin, 25(8): pp 1953-61 39 Onion, D., et al (2007), "The CD4+ T-cell response to adenovirus is focused against conserved residues within the hexon protein", J Gen Virol, 88(Pt 9): pp 2417-25 lu an 40 Persson, B.D., et al (2010), "Structure of the extracellular portion of CD46 va provides insights into its interactions with complement proteins and n tn to pathogens", PLoS Pathog, 6(9): pp e1001122 Pichla-Gollon, S.L., et al (2007), "Structure-based identification of a major neutralizing site in an adenovirus hexon", J Virol, 81(4): pp 1680-9 p ie gh 41 Pommie, C., et al (2004), "IMGT standardized criteria for statistical analysis w 42 oa nl of immunoglobulin V-REGION amino acid properties", J Mol Recognit, d 17(1): pp 17-32 lu Richards, A and J.A Guzman-Cottrill (2010), "Conjunctivitis", Pediatr Rev, an 43 44 u nf va 31(5): pp 196-208 Risch, N and K Merikangas (1996), "The future of genetic studies of complex ll Roelvink, P.W., et al (1998), "The coxsackievirus-adenovirus receptor protein z at nh 45 oi m human diseases", Science, 273(5281): pp 1516-7 can function as a cellular attachment protein for adenovirus serotypes from z subgroups A, C, D, E, and F", J Virol, 72(10): pp 7909-15 @ Rose, P.W., et al (2005), "Chloramphenicol treatment for acute infective gm 46 m co controlled trial", Lancet, 366(9479): pp 37-43 l conjunctivitis in children in primary care: a randomised double-blind placebo- an Lu n va ac th 50 si 47 Roy, S., et al (1998), "Circumvention of immunity to the adenovirus major coat protein hexon", J Virol, 72(8): pp 6875-9 48 Rux, J.J., P.R Kuser, and R.M Burnett (2003), "Structural and phylogenetic analysis of adenovirus hexons by use of high-resolution x-ray crystallographic, molecular modeling, and sequence-based methods", J Virol, 77(17): pp 9553-66 49 Sambursky, R., et al (2006), "The RPS adeno detector for diagnosing adenoviral conjunctivitis", Ophthalmology, 113(10): pp 1758-64 50 Sarantis, H., et al (2004), "Comprehensive detection and serotyping of human adenoviruses by PCR and sequencing", J Clin Microbiol, 42(9): pp 3963-9 lu an 51 Segerman, A., et al (2003), "Adenovirus type 11 uses CD46 as a cellular va receptor", J Virol, 77(17): pp 9183-91 n Sheikh, A and B Hurwitz (2005), "Topical antibiotics for acute bacterial tn to 52 Gen Pract, 55(521): pp 962-4 p ie gh conjunctivitis: Cochrane systematic review and meta-analysis update", Br J Singh-Naz, N and W Rodriguez (1996), "Adenoviral infections in children", w 53 Sirena, D., et al (2004), "The human membrane cofactor CD46 is a receptor d 54 oa nl Adv Pediatr Infect Dis, 11(pp 365-88 lu Smith, A.F and C Waycaster (2009), "Estimate of the direct and indirect u nf va 55 an for species B adenovirus serotype 3", J Virol, 78(9): pp 4454-62 annual cost of bacterial conjunctivitis in the United States", BMC Ophthalmol, ll oi Szolajska, E., et al (2012), "The structural basis for the integrity of adenovirus z at nh 56 m 9(pp 13 Ad3 dodecahedron", PLoS One, 7(9): pp e46075 Tischer, S., et al (2016), "Discovery of immunodominant T-cell epitopes z 57 @ gm reveals penton protein as a second immunodominant target in human m co l adenovirus infection", J Transl Med, 14(1): pp 286 an Lu n va ac th 51 si 58 Tomko, R.P., R Xu, and L Philipson (1997), "HCAR and MCAR: the human and mouse cellular receptors for subgroup C adenoviruses and group B coxsackieviruses", Proc Natl Acad Sci U S A, 94(7): pp 3352-6 59 Urry, L.A., et al.(2017), "Campbell biology", Eleventh edition ed New York, NY: Pearson Education, Inc.pp 60 Walls, T., A.G Shankar, and D Shingadia (2003), "Adenovirus: an increasingly important pathogen in paediatric bone marrow transplant patients", Lancet Infect Dis, 3(2): pp 79-86 61 Walsh, M.P., et al (2009), "Evidence of molecular evolution driven by recombination events influencing tropism in a novel human adenovirus that lu an causes epidemic keratoconjunctivitis", PLoS One, 4(6): pp e5635 va 62 Waterhouse, A., et al (2018), "SWISS-MODEL: homology modelling of n tn to protein structures and complexes", Nucleic Acids Res, 46(W1): pp W296- gh W303 Waye, M.M.Y and C.W Sing (2010), "Anti-viral drugs for human p ie 63 Wiethoff, C.M., et al (2005), "Adenovirus protein VI mediates membrane oa nl 64 w adenoviruses", Pharmaceuticals, 3(10): pp 3343-3354 d disruption following capsid disassembly", J Virol, 79(4): pp 1992-2000 lu Wohlfart, C (1988), "Neutralization of adenoviruses: kinetics, stoichiometry, an 65 66 u nf va and mechanisms", J Virol, 62(7): pp 2321-8 Wold, W.S., T.W Hermiston, and A.E Tollefson (1994), "Adenovirus ll Wood, S.R., et al (1997), "Rapid detection and serotyping of adenovirus by z at nh 67 oi m proteins that subvert host defenses", Trends Microbiol, 2(11): pp 437-43 direct immunofluorescence", J Med Virol, 51(3): pp 198-201 Woodland, R.M., et al (1992), "Causes z 68 of conjunctivitis and @ gm keratoconjunctivitis in Karachi, Pakistan", Trans R Soc Trop Med Hyg, 86(3): Yabe, Y., et al (1964), "Oncogenic Effect of Human Adenovirus Type 12, in an Lu Mice", Science, 143(3601): pp 46-7 m co 69 l pp 317-20 n va ac th 52 si 70 Yabe, Y., J.J Trentin, and G Taylor (1962), "Cancer induction in hamsters by human type 12 adenovirus Effect of age and of virus dose", Proc Soc Exp Biol Med, 111(pp 343-4 71 Yu, X., et al (2017), "Cryo-EM structure of human adenovirus D26 reveals the conservation of structural organization among human adenoviruses", Sci Adv, 3(5): pp e1602670 72 Zubieta, C., et al (2005), "The structure of the human adenovirus penton", Mol Cell, 17(1): pp 121-35 Ryder, E.C and S Benson, Conjunctivitis, in StatPearls 2019: Treasure 73 Island (FL) lu American-Optometric-Association Conjunctivitis, www.aoa.org/patients- an 74 va and-public/eye-and-vision-problems/glossary-of-eye-and-vision- n tn to conditions/conjunctivitis, [cited 12 November, 2019] Gompf, S.G Adenovirus, https://emedicine.medscape.com/article/211738overview, [cited 12 November, 2019] p ie gh 75 Heiting, Pink G eye: Symptoms and treatments, w 76 lu Human Human-Adenovirus-Working-Group an 77 d 2019] oa nl www.allaboutvision.com/conditions/conjunctivitis.htm, [cited 12 November, Adenovirus Genotype 78 u nf va Classification, hadvwg.gmu.edu/, [cited 12 November, 2019] Kozarsky, A Conjunctivitis (Pinkeye), www.webmd.com/eye-health/eye- ll SIB-Bioinformatics-Resource-Portal Mastadenovirus, z at nh 79 oi m health-conjunctivitis#2, [cited 12 November, 2019] viralzone.expasy.org/183?outline=all_by_species, [cited 12 November, @ Soult, A Amino acids, gm 80 z 2019] l https://chem.libretexts.org/Courses/University_of_Kentucky/UK%3A_CHE_ m co 103_- an Lu n va ac th 53 si _Chemistry_for_Allied_Health_(Soult)/Chapters/Chapter_13%3A_Amino_ Acids_and_Proteins/13.1%3A_Amino_Acids, [cited 19 November, 2019] 81 ThermoFisher When Do I Use Sanger Sequencing vs NGS, https://www.thermofisher.com/blog/behindthebench/when-do-i-use-sangersequencing-vs-ngs-seq-it-out-7/, [cited January, 2019] lu an n va p ie gh tn to d oa nl w ll u nf va an lu oi m z at nh z m co l gm @ an Lu n va ac th 54 si PHỤ LỤC - Trình tự gen fiber HAdV-3 Việt Nam lu an n va p ie gh tn to ATGGCCAAGCGAGCTCGGCTAAGCACTTCCTTCAACCCGGTGTACCCTTATGA AGATGAAAGCAACTTACAACACCCATTTATAAATCCTGGTTTCATTTCCCCTGA CGGGTTCACACAAAGTCCAAACGGGGTTTTAAGTCTTAAATGTGTTAATCCACT TACCACTGCAAGCGGCTCCCTCCAACTTAAAGTGGGAAGTGGTCTTACAGTAG ACACTACTGATGGATCCTTAGAAGAAAACATCAAAGTTAACACCCCCCTAACA AAGTCAAACCATTCTATAAATTTACCAATAGGAAACGGTTTGCAAATAGAACA AAACAAACTTTGCAGTAAGCTCGGAAATGGTCTTACATTTGACTCTTCCAATTC TATTGCACTCAAAAATAACACTTTATGGACAGGTCCAAAACCAGAAGCCAACT GCATAATTGAATACGGGAAAGAAAACCCAGATAGCAAACTAACTTTAATCCTT GTAAAAAATGGAGGAATTGTTAATGGATATGTAACGCTAATGGGAGCCTCAGA CTATGTTAACACCTTATTTAAAAACAAAAATGTCTCCATTAATGTAGAATTATA CTTTGATGCCACTGGTCATATATTACCAGACTTATCTTCTCTTAAAACAGATCT ACAACTAAAATACAAGCAAACCACTCACTTTAGTGCAAGAGGTTTTATGCCAA GTACTACAGCGTATCCATTTGTCCTTCCTAATGCGGGAACAGATAATGAAAATT ATATTTTTGGTCAATGCTACTACAAAGCAAGCGATGGCGCCCTTTTTCCGTTGG AAGTTACTGTTACGCTTAATAAACGCCTGCCAGATAGTCGCACATCCTATGTTA TGACTTTTTTATGGTCCTTGAATGCTGGTCTAGCTCCAGAAACTACTCAGGCAA CCCTCATAACCTCCCCATTTACCTTTTCCTATATTACAGAAGATGACTGA nl w oa - Trình tự protein fiber HAdV-3 Việt Nam d MAKRARLSTSFNPVYPYEDESNLQHPFINPGFISPDGFTQSPNGVLSLKCVNPLTTA SGSLQLKVGSGLTVDTTDGSLEENIKVNTPLTKSNHSINLPIGNGLQIEQNKLCSKL GNGLTFDSSNSIALKNNTLWTGPKPEANCIIEYGKENPDSKLTLILVKNGGIVNGYV TLMGASDYVNTLFKNKNVSINVELYFDATGHILPDLSSLKTDLQLKYKQTTHFSAR GFMPSTTAYPFVLPNAGTDNENYIFGQCYYKASDGALFPLEVTVTLNKRLPDSRTS YVMTFLWSLNAGLAPETTQATLITSPFTFSYITEDD ll u nf va an lu oi m z at nh - Trình tự gen penton HAdV-3 Việt Nam z ATGAGGAGACGAGCCGTGCTAGGCGGAGCGGTGGTGTATCCGGAGGGTCCTCC TCCTTCTTACGAGAGCGTGATGCAGCAACAGGCGGCGATGCTACAGCCCCCAC TGGAGGCTCCCTTCGTACCCCCGCGGTACCTGGCGCCTACGGAAGGGAGAAAC AGCATTCGTTACTCGGAGCTGTCGCCCCTGTACGATACCACCAAGTTGTATCTG GTGGACAACAAGTCGGCGGACATTGCCTCCCTGAACTATCAGAACGACCACAG CAACTTCCTGACCACGGTGGTGCAGAACAATGACTTTACCCCCACGGAGGCTA GCACCCAGACCATCAACTTTGACGAGCGGTCGCGATGGGGCGGTCAGCTGAAG m co l gm @ an Lu n va ac th si lu an n va p ie gh tn to ACCATCATGCACACCAACATGCCCAACGTGAACGAGTACATGTTCAGCAACAA GTTCAAGGCGAGGGTGATGGTGTCCAGAAAGGCTCCTGAAGGTGTTATAGTAA ATGACACCTATGATCATAAAGAGGATATCTTAAAGTATGAGTGGTTTGAGTTC ACTTTACCAGAAGGCAACTTCTCAGCCACCATGACCATTGACCTGATGAACAA TGCCATCATTGACAACTACCTGGAAATTGGCAGACAAAATGGAGTGCTGGAAA GTGACATTGGTGTTAAGTTTGACACTAGAAACTTTAGGCTCGGGTGGGACCCC GAAACTAAGTTGATTATGCCAGGAGTCTACACTTATGAGGCATTCCATCCTGA CATTGTTTTGCTGCCTGGTTGCGGGGTAGACTTTACTGAAAGCCGACTTAGCAA CTTGCTTGGCATCAGGAAAAGACATCCATTCCAGGAGGGTTTCAAAATTATGT ATGAAGATCTTGAAGGGGGTAATATTCCTGCCCTTTTGGATGTCACTGCCTATG AGGAAAGCAAAAAGGATACCACTACTGAAACAACCACACTGGCTGTTGCAGA GGAAACTAGTGAAGATGATAATATAACTAGAGGAGATACTTATATAACTGAAA AACAAAAACGTGAAGCTGCAGCTGCTGAAGTTAAAAAAGAGTTAAAGATCCA ACCTCTAGAAAAAGACAGCAAGAGTAGAAGCTACAATGTCTTGGAAGACAAA ATCAACACGGCCTACCGCAGCTGGTACCTGTCCTACAATTACGGTAACCCCGA GAAAGGAATAAGGTCTTGGACACTGCTTACCACTTCAGATGTCACCTGTGGGG CAGAGCAGGTCTACTGGTCGCTCCCTGACATGATGCAAGACCCAGTCACCTTC CGCTCCACAAGACAAGTCAACAACTACCCAGTGGTGGGTGCAGAGCTTATGCC CGTCTTCTCAAAGAGTTTCTACAATGAGCAAGCCGTGTACTCTCAGCAGCTCCG ACAGACCACTTCGCTCACGCACGTCTTCAACCGCTTCCCTGAGAACCAGATCCT CATCCGCCCGCCGGCGCCCACAATTACCACCGTCAGTGAAAACGTTCCTGCTC TCACAGATCACGGGACCCTGCCGTTACGCAGCAGTATCCGGGGAGTCCAGCGC GTGACCGTTACTGACGCCAGACGCCGCACCTGTCCCTACGTTTACAAGGCCCT GGGCATAGTCGCGCCGCGCGTTCTTTCAAGCCGCACTTTCTAA d oa nl w an lu u nf va - Trình tự protein penton HAdV-3 Việt Nam ll MRRRAVLGGAVVYPEGPPPSYESVMQQQAAMLQPPLEAPFVPPRYLAPTEGRNSI RYSELSPLYDTTKLYLVDNKSADIASLNYQNDHSNFLTTVVQNNDFTPTEASTQTI NFDERSRWGGQLKTIMHTNMPNVNEYMFSNKFKARVMVSRKAPEGVIVNDTYD HKEDILKYEWFEFTLPEGNFSATMTIDLMNNAIIDNYLEIGRQNGVLESDIGVKFDT RNFRLGWDPETKLIMPGVYTYEAFHPDIVLLPGCGVDFTESRLSNLLGIRKRHPFQ EGFKIMYEDLEGGNIPALLDVTAYEESKKDTTTETTTLAVAEETSEDDNITRGDTYI TEKQKREAAAAEVKKELKIQPLEKDSKSRSYNVLEDKINTAYRSWYLSYNYGNPE KGIRSWTLLTTSDVTCGAEQVYWSLPDMMQDPVTFRSTRQVNNYPVVGAELMPV FSKSFYNEQAVYSQQLRQTTSLTHVFNRFPENQILIRPPAPTITTVSENVPALTDHGT LPLRSSIRGVQRVTVTDARRRTCPYVYKALGIVAPRVLSSRTF oi m z at nh z m co l gm @ an Lu n va ac th si - Trình tự gen hexon HAdV-3 Việt Nam lu an n va p ie gh tn to ATGGCCACCCCATCGATGATGCCCCAATGGGCATACATGCACATCGCCGGACA GGATGCTTCGGAGTACCTGAGTCCGGGTCTGGTGCAGTTCGCCCGTGCAACAG ACACCTACTTCAGTATGGCGAACAAATTTAGAAACCCCACAGTGGCGCCCACC CACGATGTGACCACCGATCGTAGCCAGCGCCTGATGCTGCGCTTCGTGCCCGT TGACCGGGAAGACAATACCTACTCTTACAAAGTTCGCTACACGCTGGCTGTAG GCGACAACAGAGTGCTTGACATGGCCAGCACATTCTTTGACATTCGGGGGGTG CTTGATAGAGGTCCTAGCTTCAAGCCATATTCCGGCACAGCTTACAATTCACTC GCTCCTAAGGGCGCGCCCAATACATCTCAGTGGATAGTTACAACGAATCGAGA CAATGCAGTAACTACCACCACAAACACATTTGGCATTGCTTCCATGAAGGGAG ACAATATTACTAAAGAAGGTTTGCAAATTGGGAAAGACATTACCACTACTGAA GGAGAAGAAAAGCCCATTTATGCCGATAAAACATATCAGCCAGAGCCTCAAGT TGGAGAAGAATCATGGACTGATACTGATGGAACAAATGAAAAGTTTGGTGGA AGAGCCCTTAAACCAGCTACCAACATGAAGCCATGCTACGGGTCTTTTGCAAG ACCTACAAACATAAAAGGGGGCCAAGCTAAAAACAGAAAAGTAAAACCAACA ACCGAAGGAGGGGTTGAAACTGAGGAACCAGATATTGATATGGAATTTTTCGA TGGTAGAGATGCTGTTGCAGGAGCTTTAGCGCCTGAAATTGTGCTTTATACGG AAAATGTAAATTTGGAAACTCCAGACAGTCATGTGGTATATAAACCAGGAACG TCTGATAACTCTCATGCAAATTTGGGTCAACAAGCCATGCCTAACAGACCCAA TTACATTGGATTCAGGGATAACTTTGTAGGCCTAATGTACTACAACAGTACTGG AAATATGGGAGTTTTGGCTGGCCAAGCATCACAACTGAATGCAGTGGTTGACT TGCAGGACAGAAATACTGAACTGTCATATCAGCTTTTGCTTGATTCTCTGGGAG ACAGAACCAGATACTTCAGCATGTGGAATCAGGCTGTGGACAGTTACGATCCC GATGTTCGCATTATTGAAAATCATGGCATCGAGGATGAACTGCCTAATTACTGT TTTCCTCTGGATGGCATAGGACCAGGGCACAGGTATCAAGGCATTAAAGTTAA AACCGATGACGCTAATGGATGGGAAAAAGATGCTAATGTTGATACAGCTAATG AAATAGCCATAGGAAACAACCTGGCTATGGAAATTAATATCCAAGCTAACCTT TGGAGAAGTTTTCTGTACTCCAATGTGGCTTTGTACCTTCCAGATGTTTACAAG TACACGCCACCTAACATTACTTTGCCCACTAACACCAACACCTATGAGTACAT GAACGGGCGAGTGGTATCCCCATCTCTGGTTGATTCATACATCAACATCGGCG CCAGGTGGTCTCTTGACCCAATGGACAATGTGAATCCATTCAACCACCACCGC AATGCTGGTCTGCGCTACAGGTCCATGCTTCTGGGAAATGGTCGTTATGTGCCT TTCCACATACAAGTGCCTCAAAAATTCTTTGCTGTCAAAAACCTACTTCTTCTA CCTGGCTCCTACACCTACGAGTGGAACTTCAGAAAGGATGTGAACATGGTCCT GCAAAGTTCCCTTGGAAATGACCTCAGAACAGATGGTGCTACCATAAGTTTCA CCAGCATCAATCTCTATGCCACCTTCTTCCCCATGGCTCACAACACAGCTTCCA CCCTTGAAGCCATGCTGCGCAACGATACCAATGATCAGTCATTTAACGACTAC d oa nl w ll u nf va an lu oi m z at nh z m co l gm @ an Lu n va ac th si lu an n va ie gh tn to CTCTCTGCAGCTAACATGCTTTACCCCATTCCTGCCAATGCAACCAACATTCCA ATTTCCATCCCATCTCGCAACTGGGCAGCCTTCAGGGGCTGGTCCTTCACCAGG CTCAAAACCAAGGAGACTCCATCTCTTGGATCAGGGTTCGATCCCTACTTCGTA TATTCTGGATCTATTCCCTACCTGGATGGCACCTTCTACCTTAACCACACTTTCA AGAAGGTCTCCATCATGTTTGACTCCTCAGTCAGCTGGCCTGGCAATGACAGG CTGTTGAGCCCAAATGAGTTTGAAATCAAGCGCACTGTGGACGGGGAAGGATA CAACGTGGCACAATGCAACATGACCAAAGACTGGTTCCTAGTTCAGATGCTTG CCAACTACAACATTGGCTACCAGGGCTTTTACATCCCTGAGGGATACAAGGAT CGCATGTACTCCTTTTTCAGAAACTTCCAGCCTATGAGCAGGCAGGTGGTTGAT GAGGTTAATTACACTGACTACAAAGCCGTCACCTTACCATATCAACACAACAA CTCTGGCTTTGTAGGATACCTTGCGCCTACTATGAGACAAGGGGAACCTTACCC AGCCAATTATCCATACCCGCTCATCGGAACTACTGCCGTTAAAAGTGTTACCCA AAAAAAGTTCCTGTGCGACAGGACCATGTGGCGCATACCGTTCTCCAGCAACT TCATGTCCATGGGAGCCCTTACGGACCTGGGACAGAACCTGCTCTATGCCAAC TCGGCCCATGCGCTGGACATGACTTTTGAGGTGGATCCCATGGATGAGCCCAC CCTGCTTTATCTTCTTTTCGAAGTCTTCGACGTGGTCAGAGTGCACCAGCCACA CCGCGGCGTCATCGAGGCCGTCTACCTGCGCACACCGTTCTCGGCCGGCAACG CCACCACATAA p - Trình tự protein hexon HAdV-3 Việt Nam d oa nl w MATPSMMPQWAYMHIAGQDASEYLSPGLVQFARATDTYFSMANKFRNPTVAPT HDVTTDRSQRLMLRFVPVDREDNTYSYKVRYTLAVGDNRVLDMASTFFDIRGVL DRGPSFKPYSGTAYNSLAPKGAPNTSQWIVTTNRDNAVTTTTNTFGIASMKGDNIT KEGLQIGKDITTTEGEEKPIYADKTYQPEPQVGEESWTDTDGTNEKFGGRALKPAT NMKPCYGSFARPTNIKGGQAKNRKVKPTTEGGVETEEPDIDMEFFDGRDAVAGA LAPEIVLYTENVNLETPDSHVVYKPGTSDNSHANLGQQAMPNRPNYIGFRDNFVG LMYYNSTGNMGVLAGQASQLNAVVDLQDRNTELSYQLLLDSLGDRTRYFSMWN QAVDSYDPDVRIIENHGIEDELPNYCFPLDGIGPGHRYQGIKVKTDDANGWEKDA NVDTANEIAIGNNLAMEINIQANLWRSFLYSNVALYLPDVYKYTPPNITLPTNTNT YEYMNGRVVSPSLVDSYINIGARWSLDPMDNVNPFNHHRNAGLRYRSMLLGNGR YVPFHIQVPQKFFAVKNLLLLPGSYTYEWNFRKDVNMVLQSSLGNDLRTDGATIS FTSINLYATFFPMAHNTASTLEAMLRNDTNDQSFNDYLSAANMLYPIPANATNIPIS IPSRNWAAFRGWSFTRLKTKETPSLGSGFDPYFVYSGSIPYLDGTFYLNHTFKKVSI MFDSSVSWPGNDRLLSPNEFEIKRTVDGEGYNVAQCNMTKDWFLVQMLANYNIG YQGFYIPEGYKDRMYSFFRNFQPMSRQVVDEVNYTDYKAVTLPYQHNNSGFVGY LAPTMRQGEPYPANYPYPLIGTTAVKSVTQKKFLCDRTMWRIPFSSNFMSMGALT DLGQNLLYANSAHALDMTFEVDPMDEPTLLYLLFEVFDVVRVHQPHRGVIEAVY LRTPFSAGNATT ll u nf va an lu oi m z at nh z m co l gm @ an Lu n va ac th si