Nghiên cứu đa dạng di truyền của một số dòng cá chép (cyprinus cargio) phổ biến ở việt nam

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC  KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỀ TÀI: “NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ DÒNG CÁ CHÉP (CYPRINUS CARPIO) PHỔ BIẾN Ở VIỆT NAM” HÀ NỘI, 2021 HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC  KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỀ TÀI: “NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ DÒNG CÁ CHÉP (CYPRINUS CARPIO) PHỔ BIẾN Ở VIỆT NAM” Sinh viên : Bùi Thị Ánh Nguyệt Ngành : Công nghệ sinh học Giảng viên hướng dẫn : TS Nguyễn Hữu Đức Học Viện Nông nghiệp Việt Nam Hà Nội, tháng 03 /năm 2021 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan khóa luận hồn tồn hồn thiện tìm hiểu nghiên cứu khoa học thân hướng dẫn TS Nguyễn Hữu Đức trưởng môn Công nghệ sinh học động vật – Khoa công nghệ sinh học – Học Viện Nông nghiệp Việt Nam Tất số liệu, hình ảnh, kết trình bày khóa luận hồn tồn trung thực, khơng chép tài liệu, cơng trình nghiên cứu người khác mà không ghi rõ nguồn tham khảo Những nội dung khóa luận có tham khảo sử dụng tài liệu, thông tin đăng tải tác phẩm, tạp chí wedsite liệt kê danh mục tài liệu tham khảo khóa luận Tôi xin chịu trách nhiệm lời cam đoan trước hội đồng Học viện Hà Nội, ngày tháng năm 2020 Sinh viên Bùi Thị Ánh Nguyệt i LỜI CẢM ƠN Lời đầu tiên, xin bày tỏ lịng kính trọng biết ơn sâu sắc tới Thầy giáo TS Nguyễn Hữu Đức – Trưởng môn Công nghệ sinh học Động vật – Khoa công nghệ sinh học – Học viện Nông Nghiệp Việt Nam hướng dẫn, tận tình bảo tạo điều kiện tốt cho tơi suốt q trình học tập hồn thành khóa luận Tơi muốn gửi lời cảm ơn sâu sắc đến ThS Vũ Thị Trang, tồn thể cán Trung tâm Cơng nghệ sinh học Thủy sản thuộc Viện nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản ln tận tình hướng dẫn, bảo, động viên tạo điều kiện tốt cho suốt thời gian thực khóa luận Tơi muốn gửi lời cảm ơn chân thành, sâu sắc đến Ban lãnh đạo tập thể Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản 1, đơn vị hỗ trợ kinh phí cho tơi thực khóa luận Tiếp theo, muốn gửi lời cảm ơn đến Thầy, Cô Khoa Công nghệ sinh học – Học viện Nông Nghiệp Việt Nam tạo điều kiện, tận tình giúp đỡ tơi suốt bốn năm đại học Cuối cùng, tơi xin bày tỏ lịng cảm ơn sâu sắc tới bố mẹ, người thân gia đình tồn thể bạn bè tơi ln giúp đỡ, động viên đồng hành năm tháng giảng đường đại học Tôi xin chân thành cảm ơn! Hà Nội, ngày tháng năm 2020 Sinh viên Bùi Thị Ánh Nguyệt ii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC iii DANH MỤC BẢNG vi DANH MỤC HÌNH .vii MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT viii TÓM TẮT ix PHẦN I MỞ ĐẦU 1.1 Đặt vấn đề .1 1.2 Mục đích, nội dung nghiên cứu 1.2.1 Mục đích 1.2.2 Nội dung nghiên cứu .2 PHẦN II TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 Tổng quan đặc điểm sinh lý tình hình nghiên cứu cá chép 2.1.1 Phân loại học 2.1.2 Đặc điểm hình thái 2.1.3 Phân bố 2.1.4 Tập tính sống 2.1.5 Đặc điểm dinh dưỡng sinh trưởng 2.1.6 Đặc điểm sinh sản 2.1.7 Giá trị dinh dưỡng giá trị kinh tế 2.1.8 Tình hình nghiên cứu 2.2 Tổng quan thị nghiên cứu đa dạng di truyền 12 2.2.1 Chỉ thị di truyền 12 2.2.2 Chỉ thị DNA 12 iii 2.2.3 Một số thị DNA .13 2.3 Đa dạng di truyền .15 2.4 Ứng dụng DNA ty thể 16 2.4.1 Ứng dụng thị DNA ty thể nghiên cứu bảo tồn đa dạng sinh học .17 2.4.2 Ứng dụng thị DNA ty thể mã vạch DNA, phân loại định danh loài 17 2.4.3 Ứng dụng thị DNA ty thể truy xuất nguồn gốc loài thủy sản 18 2.4.4 Ứng dụng thị phân tử DNA ty thể đánh giá đa dạng di truyền 18 2.5 Phản ứng PCR 19 PHẦN III VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 22 3.1 Đối tượng, thời gian địa điểm nghiên cứu .22 Đối tượng nghiên cứu 22 Thời gian 22 Địa điểm nghiên cứu 22 3.2 Các bước tiến hành .22 3.3 Vật liệu nghiên cứu .22 Vật liệu 22 Dụng cụ, hóa chất 23 3.4 Phương pháp nghiên cứu 24 Thu mẫu .24 Phương pháp tách chiết DNA 25 Kiểm tra chất lượng nồng độ DNA 26 Phản ứng PCR1 26 Tinh sản phẩm PCR1 27 Phản ứng PCR2 (PCR giải trình tự) 27 iv Phương pháp xử lý số liệu 29 PHẦN IV KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 30 4.1 Tách chiết DNA 30 4.2 Khếch đại đoạn gen COI phản ứng PCR1 31 4.3 Kết giải trình tự vùng gen COI 32 4.4 Kết phân tích đa dạng di truyền dòng chép 33 4.4.1 Đa dạng haplotype đa dạng nucleotide 33 4.4.2 Sai khác di truyền khoảng cách di truyền .36 4.4.3 Kết phân tích AMOVA (Analysis of Molecular Variance) 40 4.4.4 Cây phát sinh loài 41 PHẦN V KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 43 5.1 Kết luận .43 5.2 Kiến nghị 43 TÀI LIỆU THAM KHẢO 44 PHỤ LỤC HÌNH 48 PHỤ LỤC BẢNG 52 v DANH MỤC BẢNG Bảng 3.1 Số lượng mẫu giống cá chép sử dụng nghiên cứu 23 Bảng 3.2 Trang thiết bị dụng cụ thí nghiệm 23 Bảng 3.3 Các dung dịch cần pha 24 Bảng 3.4 Các hóa chất vai trò tách chiết DNA 25 Bảng 3.5 Thông tin mồi sử dụng nghiên cứu 26 Bảng 3.6 Thành phần phản ứng PCR2 28 Bảng 3.7 Thành phần tinh sản phẩm PCR2 cho giải trình tự 28 Bảng 4.1 Bảng thể nồng độ độ tinh 31 Bảng 4.2 Tổng hợp đa dạng haplotype đa dạng nucleotide 34 Bảng 4.3 Bảng thể sai khác di truyền (FST) dòng cá chép 39 Bảng 4.4 Bảng thể mức ý nghĩa (P) dòng cá chép 39 Bảng 4.5 Bảng thể khoảng cách di truyền (phía đường chéo) 40 Bảng 4.6 Phân tích phương sai phân tử (AMOVA) dịng cá chép qua phân tích trình tự gen COI 41 vi DANH MỤC HÌNH Hình 1.1 Sản lượng ni cá chép nước chủ yếu giới Hình 2.1 Hình ảnh cá chép (Cyprinus carpio) Hình 2.2 Các khu vực sản xuất cá chép (Cyprinus carpio ) Hình 2.3 Nguồn cung cấp thức ăn cho cá chép qua thời kì sinh trưởng Hình 2.4 Trình tự genome ty thể cá chép (Ciprinus Carpio) 16 Hình 3.1 Sơ đồ tiến hành thí nghiệm 22 Hình 4.1 Kết điện di DNA tổng số mẫu vây cá chép Hugary dòng Tata 30 Hình 4.2 Hình ảnh điện di sản phẩm PCR1 mẫu cá chép Séc 32 Hình 4.3 Kết giải trình tự đoạn gen COI dạng tín hiệu đỉnh mẫu cá chép trắng Việt Nam (VN8) 33 Hình 4.4 Kết so sánh trình tự gen COI số mẫu cá chép thuộc dòng Se dòng VN 33 Hình 4.5 Mạng lưới Haplotype dòng cá chép 36 Hình 4.6 Cây phát sinh lồi phân tử dòng cá chép 41 vii MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT Tên đầy đủ Từ viết tắt µl Microlitre kb Kilobase bp Base pair (Cặp base) DNA PCR Deoxyribonucleic acid Polymerase Chain Reaction (Phản ứng tổng hợp chuỗi) F Forward primer (Mồi xuôi) R Reverse primer (Mồi ngược) UV EDTA Ultra Violet Ethylendiamin tetracetic acid TBE Tris-Borate-EDTA FAO Food and Agriculture Organization of the United Nations (Tổ chức lương thực nông nghiệp liên hiệp quốc) Tris Aminomethane mtDNA COI D-loop Mitochondrial DNA (DNA ty thể) Cytochrome oxidase I (Vùng gen điều khiển gen ty thể) Displacement loop (Vùng gen khơng mã hóa gen ty thể) A Adenin C Cytosine G Guanine T Thymine Viện NC NNTT NCBI Viện nghiên cứu nuôi trồng Thủy sản National Center for Biotechnology Information (Trung tâm thông tin Công nghệ sinh học quốc gia) v/p Vòng/phút SDS Sodium laureth sulfate viii 22 Kumar, S., Stecher, G., & Tamura, K (2015) MEGA7: Molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets Mol Biol Evol 33: 1870-1874 23 Maaike A de Jong, Niklas Wahlberg, Marleen van Eijk, Paul M Brakefield, Bas J Zwaan (1987) Molecular evolutionary genetics Columbia university press 24 Nei, M (1978) Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of indivisuals Genetics 23: 341-369 25 Parkos III, J J., Santucci, J., Victor J, & Wahl, D H (2003) Effects of adult common carp (Cyprinus carpio) on multiple trophic levels in shallow mesocosms Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 60(2): 182-192 26 Powell, W., Morgante, M., Andre, C., Hanafey, M., Vogel, J., Tingey, S., & Rafalski, A (1996) The comparison of RFLP, RAPD, AFLP and SSR (microsatellite) markers for germplasm analysis Molecular breeding 2(3): 225-238 27 Rahman, M M (2015) Role of common carp (Cyprinus carpio) in aquaculture production systems Frontiers in Life Science 8(4), 399-410 doi:10.1080/21553769.2015.1045629 28 Raupach, M J., Barco, A., Steinke, D., Beermann, J., Laakmann, S., Mohrbeck, I., & Knebelsberger, T (2015) The application of DNA barcodes for the identification of marine crustaceans from the North Sea and adjacent regions PloS one 10(9), e0139421 29 Rozas, J., Ferrer-Mata, A., Sánchez-DelBarrio, J C., Guirao-Rico, S., Librado, P., Ramos-Onsins, S E., & Sánchez-Gracia, A (2017) DnaSP 6: DNA sequence polymorphism analysis of large data sets Molecular biology and evolution 34(12): 3299-3302 30 Sambrook J and Russell D Molecular Cloning: A Laboratory Manual Cold Spring Harbor, N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press 2001 31 Saeed, S., & Barozai, M Y K (2012) A review on genetic diversity of wild plants by using different genetic markers Pure and Applied Biology 1(3): 68 32 Sanches, A., & Galetti Jr, P M (2007) Genetic evidence of population structuring in the neotropical freshwater fish Brycon hilarii (Valenciennes, 1850) Brazilian Journal of Biology 67(4): 889-895 33 Shen, Y., Guan, L., Wang, D., & Gan, X (2016) DNA barcoding and evaluation of genetic diversity in Cyprinidae fish in the midstream of the Yangtze River Ecol Evol 6(9): 2702-2713 doi:10.1002/ece3.2060 34 Srivathsan, A., & Meier, R (2011) On the inappropriate use of Kimura-2-Parameter (K2P) divergences in the DNA – barcoding literature Cladistics, 28, 190-194 doi:10.1111/j.1096-0031.2011.00370.x 35 Sukumaran, S., & Gopalakrishnan, A (2019) Applications of Molecular Markers in Fisheries and Aquaculture 36 Tamura K., Nei M and Kumar, S (2004) Prospects for inferring very large phylogenies by using the neighbor-joining method Proceedings of the National Academy of Sciences (USA) 101:11030 -11035 37 Tamura K and Nei M (1993) Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control region of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees Molecular Biology and Evolution 10:512-526 46 38 Thai Thanh Binh, Burridge, C P., & Austin, C M (2007) Genetic diversity of common carp (Cyprinus carpio L.) in Vietnam using four microsatellite loci Aquaculture 269(1-4): 174-186 39 Thai, B T., Burridge, C P., Pham, T A., & Austin, C M (2005) Using mitochondrial nucleotide sequences to investigate diversity and genealogical relationships within common carp (Cyprinus carpio L.) Animal genetics, 36(1), 23-28 40 Thai Thanh Binh, Pham, T A., & Austin, C M (2006) Genetic diversity of common carp in Vietnam using direct sequencing and SSCP analysis of the mitochondrial DNA control region Aquaculture 258(1-4), 228-240 41 Weber, M J., & Brown, M L (2011) Relationships among invasive common carp, native fishes and physicochemical characteristics in upper Midwest (USA) lakes Ecology of Freshwater Fish 20(2): 270-278 doi:10.1111/j.1600-0633.2011.00493.x 42 Woynarovich, A., Moth-Poulsen, T., & Péteri, A (2010) Carp polyculture in Central and Eastern Europe, the Caucasus and Central Asia: a manual (Vol 554): Food and Agriculture Organization of the United Nations 43 Yamagishi, M., Nishioka, M., & Kondo, T (2010) Phenetic diversity in the Fritillaria camschatcensis population grown on the Sapporo campus of Hokkaido University Landscape and ecological engineering 6(1): 75 44 Zhao, Y., Zheng, X., Zhu, X., Kuang, Y., & Sun, X (2020) Genetic variation of common carp Cyprinus carpio L in China based on mitochondrial COII gene Aquaculture Reports 18, 100462 45 Zhou, J I A N F E N G., Wu, Q I N G J I A N G., Wang, Z H O N G W E I., & Ye, Y U Z H E N (2004) Genetic variation analysis within and among six varieties of common carp (Cyprinus carpio L.) in China using microsatellite markers Russian Journal of Genetics 40(10): 1144-1148 C TRANG WED THAM KHẢO https://ec.europa.eu (truy cập ngày: 10/10/2020) https://tepbac.com/species/full/29/ca-chep.htm (truy cập ngày 10/10/2020) https://www.bachhoaxanh.com/kinh-nghiem-hay/cac-loai-ca-chep-pho-bien-o-viet-nam1307353 (truy cập ngày: 15/10/2020) http://www.fao.org/fishery/culturedspecies/Cyprinus_carpio/en (truy cập ngày: 21/10/2020) https://thefishsite.com/articles/production-methods-for-the-common-carp (truy cập ngày 22/10/2020) https://www.suckhoegiadinh.com.vn/dinh-duong/nhung-loi-ich-tuyet-voi-cua-ca-chepdoi-voi-suc-khoe-27323/ (truy cập ngày 30/10/2020) 47 PHỤ LỤC HÌNH Kết giải trình tự đoạn gen COI dạng tín hiệu đỉnh số mẫu dòng cá chép nghiên cứu Phụ lục Mẫu cá chép IN4 Phụ lục Mẫu cá chép HV1 Phụ lục Mẫu cá chép Se2 Phụ lục Mẫu cá chép Tat6 48 Phụ lục Mẫu cá chép Sza9 Phụ lục Mẫu cá chép V1-5 Phụ lục Mẫu vây cá chép VN8 49 Phụ lục Kết điện di DNA tổng số mẫu vây cá chép Indonesia Phụ lục Kết điện di DNA tổng số mẫu vây cá chép vảy Hungary Phụ lục 10 Kết điện di DNA tổng số mẫu vây cá chép Hungary dòng Tata 49 Phụ lục 11 Kết điện di DNA tổng số mẫu vây cá chép Hungary dòng Szarvas Phụ lục 12 Kết điện di DNA tổng số mẫu vây cá chép chọn giống V1 Phụ lục 13 Kết điện di DNA tổng số mẫu vây cá chép Séc 50 Phụ lục 14 Kết điện di DNA tổng số mẫu vây cá chép trắng Việt Nam Chú thích: M: Ladder 1000bp – Thermo Giếng từ – 20 thứ tự DNA tổng số mẫu vây cá chép tương ứng với dòng 51 PHỤ LỤC BẢNG Phụ lục Bảng thể nồng độ độ tinh DNA tổng số dịng cá chép Indonesia chưa pha lỗng STT Tên mẫu Nồng độ DNA Đơn vị 260/280 260/230 IN1 2701.2 ng/µl 1.99 2.12 IN2 1538.8 ng/µl 2.00 2.10 IN3 1909.3 ng/µl 2.01 1.99 IN4 827.6 ng/µl 1.96 1.89 IN5 2377.8 ng/µl 1.91 1.88 IN6 3183.2 ng/µl 1.90 1.94 IN7 1403.9 ng/µl 1.99 2.08 IN8 1430.4 ng/µl 1.96 2.04 IN9 956.5 ng/µl 1.96 2.19 10 IN10 1845.4 ng/µl 1.89 1.90 11 IN11 2961.2 ng/µl 1.91 1.90 12 IN12 1243.2 ng/µl 1.96 2.03 13 IN13 1682.2 ng/µl 1.97 2.08 14 IN14 1200.6 ng/µl 1.96 1.80 15 IN15 2550.5 ng/µl 1.95 2.00 16 IN16 1401.5 ng/µl 1.98 2.10 17 IN17 1090.5 ng/µl 1.95 2.09 18 IN18 2404.6 ng/µl 1.89 2.02 19 IN19 3018.1 ng/µl 1.91 1.99 20 IN20 2021.1 ng/µl 1.99 1.87 52 Phụ lục Bảng thể nồng độ độ tinh DNA tổng số dòng cá chép vảy Hungary chưa pha loãng STT Tên mẫu Nồng độ DNA Đơn vị 260/280 260/230 HV1 2721.3 ng/µl 1.96 2.09 HV2 1697.7 ng/µl 2.00 2.03 HV3 5526.6 ng/µl 2.00 1.96 HV4 2045.6 ng/µl 1.98 1.84 HV5 2222.2 ng/µl 1.84 1.89 HV6 1818.6 ng/µl 2.02 1.91 HV7 828.5 ng/µl 1.93 1.85 HV8 5243.7 ng/µl 2.00 2.10 HV9 1472.4 ng/µl 1.98 2.10 10 HV10 1031.3 ng/µl 2.00 2.10 11 HV11 895.1 ng/µl 1.98 1.96 12 HV12 1098 ng/µl 1.98 1.92 13 HV13 2306.6 ng/µl 1.96 2.03 14 HV14 1401.2 ng/µl 1.99 1.90 15 HV15 2733.5 ng/µl 1.95 1.93 16 HV16 2518.5 ng/µl 2.00 1.93 17 HV17 5568.3 ng/µl 1.98 2.05 18 HV18 5400.3 ng/µl 2.00 2.02 19 HV19 5740.7 ng/µl 1.99 1.98 20 HV20 1305.1 ng/µl 1.98 1.90 53 Phụ lục Bảng thể nồng độ độ tinh DNA tổng số dòng cá chép trắng Việt Nam chưa pha loãng STT Tên mẫu Nồng độ DNA Đơn vị 260/280 260/230 VN1 1988.4 ng/µl 1.98 2.08 VN2 365.3 ng/µl 1.98 1.84 VN3 188.6 ng/µl 1.99 1.87 VN4 269.7 ng/µl 1.99 1.87 VN5 304.2 ng/µl 2.00 1.92 VN6 458.3 ng/µl 1.80 1.89 VN7 326.4 ng/µl 2.00 2.13 VN8 1099.9 ng/µl 1.95 2.07 VN29 340.8 ng/µl 2.00 2.11 10 VN30 782.5 ng/µl 1.98 2.05 11 VN100 774.7 ng/µl 1.96 2.01 12 VN101 801.6 ng/µl 1.97 2.00 13 VN103 844.2 ng/µl 1.95 1.95 14 VN104 800 ng/µl 1.95 1.98 15 VN105 453.5 ng/µl 1.82 1.81 16 VN117 344.4 ng/µl 1.97 1.91 17 VN118 255.3 ng/µl 1.99 1.88 54 Phụ lục Bảng thể nồng độ độ tinh DNA tổng số mẫu cá chép Hungary dòng Tata chưa pha loãng STT Tên mẫu Nồng độ DNA Đơn vị 260/280 260/230 Tat1 1081.5 ng/µl 1.97 1.92 Tat2 1613.6 ng/µl 1.97 2.01 Tat3 1345.1 ng/µl 1.92 1.87 Tat4 1549.7 ng/µl 1.98 2.03 Tat5 2173.7 ng/µl 1.97 2.14 Tat6 1019.5 ng/µl 1.96 2.03 Tat7 1302.9 ng/µl 1.98 1.88 Tat8 1775.1 ng/µl 2.00 2.10 Tat9 1394.8 ng/µl 1.97 1.93 10 Tat10 1137.6 ng/µl 1.99 2.20 11 Tat11 1117.1 ng/µl 1.94 2.20 12 Tat12 2183 ng/µl 1.97 1.95 13 Tat13 1771 ng/µl 1.99 1.89 14 Tat14 1698.5 ng/µl 1.96 1.87 15 Tat15 1894.2 ng/µl 1.96 1.81 16 Tat16 1835.1 ng/µl 1.90 1.94 17 Tat17 2843 ng/µl 1.88 1.83 18 Tat18 1481.7 ng/µl 1.94 1.95 19 Tat19 941 ng/µl 1.93 1.80 20 Tat20 1952.3 ng/µl 1.99 1.81 55 Phụ lục Bảng thể nồng độ độ tinh DNA tổng số mẫu cá chép Hungary dịng Szarvas chưa pha lỗng STT Tên mẫu Nồng độ DNA Đơn vị 260/280 260/230 Sza1 1450.7 ng/µl 1.99 1.89 Sza2 1017.8 ng/µl 2.00 2.20 Sza3 941.1 ng/µl 2.00 1.92 Sza4 906.7 ng/µl 1.98 2.08 Sza5 1433.9 ng/µl 1.96 1.84 Sza6 1047.5 ng/µl 2.00 2.03 Sza7 2145.3 ng/µl 1.98 2.01 Sza8 67.5 ng/µl 1.98 1.91 Sza9 1787.6 ng/µl 1.99 2.01 10 Sza10 2121.9 ng/µl 1.90 2.00 11 Sza11 1450.9 ng/µl 1.99 1.96 12 Sza12 1189.8 ng/µl 1.95 1.86 13 Sza13 1334.4 ng/µl 1.96 1.90 14 Sza14 1502.1 ng/µl 1.96 1.93 15 Sza15 2040.6 ng/µl 1.93 2.07 16 Sza16 1550.3 ng/µl 2.00 2.15 17 Sza17 1183.7 ng/µl 1.94 1.88 18 Sza18 1649.5 ng/µl 1.99 2.91 19 Sza19 1048.9 ng/µl 1.98 2.14 20 Sza20 2066.6 ng/µl 1.95 1.92 56 Phụ lục Bảng thể nồng độ độ tinh DNA tổng số dòng cá chép Séc chưa pha loãng STT Tên mẫu Nồng độ DNA Đơn vị 260/280 260/230 Se1 690.5 ng/µl 1.94 2.06 Se2 811.9 ng/µl 1.93 2.00 Se3 802.6 ng/µl 1.93 1.99 Se4 1466.7 ng/µl 1.97 1.89 Se5 2432.4 ng/µl 1.99 2.04 Se6 1295.7 ng/µl 1.98 1.98 Se7 1295.6 ng/µl 1.97 1.93 Se8 1269 ng/µl 1.97 2.08 Se9 2124.3 ng/µl 1.98 2.06 10 Se10 2957.4 ng/µl 1.93 1.99 11 Se11 4413.1 ng/µl 2.00 2.16 12 Se12 2386.9 ng/µl 1.97 1.98 13 Se13 1430.9 ng/µl 1.99 2.10 14 Se14 4153.4 ng/µl 2.00 2.15 15 Se15 859.8 ng/µl 1.96 2.08 16 Se16 1778.4 ng/µl 1.99 2.12 17 Se17 1211.8 ng/µl 1.97 1.90 18 Se18 1111.4 ng/µl 1.98 2.08 19 Se19 1195.1 ng/µl 1.97 1.91 20 Se20 3030.1 ng/µl 1.91 1.91 57 Phụ lục Bảng thể nồng độ độ tinh DNA tổng số dòng cá chép chọn giống V1 chưa pha loãng STT Tên mẫu Nồng độ DNA Đơn vị 260/280 260/230 V1-1 1417 ng/µl 1.96 2.10 V1-2 2856.6 ng/µl 1.88 1.99 V1-3 3951.5 ng/µl 1.94 2.19 V1-4 1569.8 ng/µl 1.93 1.94 V1-5 4681.9 ng/µl 1.94 2.15 V1-6 2179.7 ng/µl 1.93 2.00 V1-7 3747.7 ng/µl 1.95 2.20 V1-8 2137.1 ng/µl 1.93 1.95 V1-9 3010.5 ng/µl 1.86 2.02 10 V1-10 2319.9 ng/µl 1.97 2.06 11 V1-11 2009.9 ng/µl 1.93 2.16 12 V1-12 2207.2 ng/µl 1.86 1.89 13 V1-13 2340.2 ng/µl 1.91 1.86 14 V1-14 2638.5 ng/µl 1.89 1.96 15 V1-15 5425.8 ng/µl 1.91 1.99 16 V1-16 1882.5 ng/µl 1.93 1.97 17 V1-17 2017.9 ng/µl 1.96 2.08 18 V1-18 2544.7 ng/µl 1.93 2.00 19 V1-19 3220 ng/µl 1.83 1.87 20 V1-20 2570.8 ng/µl 1.89 1.92 58 Phụ lục Bảng thống kê số lượng Haplotype xuất dòng cá chép Tên mẫu Số lượng IN 14 V1 IN VN V1 IN Se 20 V1 HV 20 V1 Tat 18 Sza 20 Hap (6) VN Hap (6) VN Hap (1) VN VN V1 Hap (1) VN Hap 10 (4) V1 Hap 11 (1) V1 Hap 12 (1) V1 Hap 13 (2) Tat Haplotype Hap (16) Hap (7) Hap (25) Hap (64) Hap (3) 59