Nghiên cứu sự đề kháng kháng sinh và các gen đề kháng kháng sinh carbapenem của vi khuẩn acinetobacter baumannii phân lập từ bệnh phẩm đường hô hấp tại bệnh viện đa khoa thành phố cần thơ nă

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y DƯỢC CẦN THƠ TRẦN LĨNH SƠN NGHIÊN CỨU SỰ ĐỀ KHÁNG KHÁNG SINH VÀ CÁC GEN ĐỀ KHÁNG KHÁNG SINH CARBAPENEM CỦA VI KHUẨN ACINETOBACTER BAUMANNII PHÂN LẬP TỪ BỆNH PHẨM ĐƯỜNG HÔ HẤP TẠI BỆNH VIỆN ĐA KHOA THÀNH PHỐ CẦN THƠ NĂM 2021-2022 LUẬN VĂN THẠC SĨ Cần Thơ, 2022 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y DƯỢC CẦN THƠ TRẦN LĨNH SƠN NGHIÊN CỨU SỰ ĐỀ KHÁNG KHÁNG SINH VÀ CÁC GEN ĐỀ KHÁNG KHÁNG SINH CARBAPENEM CỦA VI KHUẨN ACINETOBACTER BAUMANNII PHÂN LẬP TỪ BỆNH PHẨM ĐƯỜNG HÔ HẤP TẠI BỆNH VIỆN ĐA KHOA THÀNH PHỐ CẦN THƠ NĂM 2021-2022 Chuyên ngành: KỸ THUẬT XÉT NGHIỆM Y HỌC Mã số: 8.72.06.01 LUẬN VĂN THẠC SĨ KỸ THUẬT XÉT NGHIỆM Y HỌC Người hướng dẫn khoa học: PGS.TS TRẦN ĐỖ HÙNG Cần Thơ – Năm 2022 LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng tôi, kết nghiên cứu trình bày luận văn trung thực, khách quan chưa công bố nơi Tác giả TRẦN LĨNH SƠN LỜI CẢM ƠN Trong q trình thực hồn thành luận văn này, nhận nhiều quan tâm, động viên giúp đỡ tận tình từ q thầy cơ, gia đình bạn bè Nhân đây, tơi xin chân thành cảm ơn bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến: Thầy PGS.TS Trần Đỗ Hùng - Khoa Điều Dưỡng - Kỹ Thuật Y Học, Trường Đại học Y Dược Cần Thơ người thầy trực tiếp hướng dẫn, bảo tận tình, tạo điều kiện thuận lợi để tơi hồn thành luận văn Tôi xin gửi lời cảm ơn đến Ban Giám Hiệu toàn thể cán Trường Đại học Y Dược Cần Thơ tận tình bảo tạo điều kiện thuận lợi cho bạn học viên khác suốt trình học tập trường Tôi xin gửi lời cám ơn đến Khoa Vi sinh - Bệnh viện Đa khoa Thành phố Cần Thơ hỗ trợ tạo điều kiện thuận lợi để thu thập mẫu, thơng tin bệnh nhân thực để tài Cuối cùng, xin gửi lời cảm ơn đến bệnh nhân tham gia nghiên cứu Xin chân thành cám ơn! Tác giả TRẦN LĨNH SƠN MỤC LỤC Trang Lời cam đoan Danh mục kí hiệu, chữ viết tắt Danh mục bảng Danh mục hình, biểu đồ MỞ ĐẦU Chương TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Đại cương vi khuẩn Acinetobacter baumannii 1.2 Kháng sinh 1.3 Sự đề kháng kháng sinh Acinetobacter baumannii 13 1.4 Các phương pháp nghiên cứu đề kháng kháng sinh vi khuẩn Acinetobacter baumannii 16 1.5 Tình hình nghiên cứu đề kháng kháng sinh Acinetobacter baumannii 20 Chương ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 22 2.1 Đối tượng 22 2.2 Phương pháp nghiên cứu 23 2.3 Đạo đức nghiên cứu 38 Chương KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 39 3.1 Một số đặc điểm chung mẫu nghiên cứu bệnh nhân 39 3.2 Tỷ lệ đề kháng kháng sinh vi khuẩn Acinetobacter baumannii 41 3.3 Tỷ lệ xuất gen đề kháng kháng sinh carbapenem vi khuẩn Acinetobacter baumannii 46 3.4 Mối liên quan gen mã hoá carbapenemase với kết kháng sinh đồ 51 Chương BÀN LUẬN 56 4.1 Một số đặc điểm chung mẫu nghiên cứu bệnh nhân 56 4.2 Tỷ lệ đề kháng kháng sinh vi khuẩn Acinetobacter baumannii 59 4.3 Tỷ lệ xuất gen kháng kháng sinh với carbapenem vi khuẩn Acinetobacter baumannii 65 4.4 Mối liên quan gen mã hoá carbapenemase với kết kháng sinh đồ 69 KẾT LUẬN 72 KIẾN NGHỊ 74 TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT TÊN VIẾT TẮT ARN Acid Ribonucleic AST Antibiotic Susceptibility Testing ADN BA BHI BSA CFU EDR EF-G Fw Acid Deoxyribonucleic Blood Agar Brain Heart Infusion Agar Bovine Scrum Albumin Colony Form Units Clinical and Laboratory Standard Instite Deoxyribonucleotide Triphosphate Extensire drug Resistance Elongation factor G Forward primer ICU Intensive Care Unit CLSI dNTP KIA LPS LS mARN MC MIC MDR MR-VP PBP PCR PDR Rv TAE WHO TÊN TIẾNG ANH Kligler Iron Agar Lipopolysaccharides Clinic Messenger ARN Mac-Conkey Agar Minimal Inhibitory Concentration Multidurg Resistance Methyl Red and Voges Proskauer Penicillin Binding Protein Polymerase Chain Reaction Pandrug Resistance Reverse primer Tris Acetate EDTA World Health Organization TÊN TIẾNG VIỆT Vật chất di truyền ARN Thử nghiệm nhạy cảm kháng sinh Vật chất di truyền ADN Thạch máu Thạch BHI Đơn vị hình thành khuẩn lạc Viên tiêu chuẩn Lâm sàng Xét nghiệm Siêu kháng thuốc Yếu tố kéo dài G Mồi xi Khoa hồi sức tích cực–chống độc Môi trường KIA Lâm sàng ARN thông tin Môi trường MC Nồng độ ức chế tối thiểu Đa kháng thuốc Môi trường MR-VP Liên kết protein-penicillin Chuỗi phản ứng trùng hợp Toàn kháng thuốc Mồi ngược Đệm TAE Tổ chức Y tế Thế Giới DANH MỤC CÁC BẢNG Trang Bảng 1.1 Các đặc điểm sinh vật hoá học Acinetobacter baumannii Bảng 2.1 Cách đọc kết định lượng loại vi khuẩn mẫu đàm 28 Bảng 2.2 Danh sách kháng sinh khảo sát kháng sinh đồ Acinetobacter baumannii 32 Bảng 2.3 Trình tự cặp mồi cho gen đích 35 Bảng 2.4 Các thành phần tham gia phản ứng multiplex PCR 36 Bảng 3.1 Đặc điểm giới tính, nhóm tuổi nghề nghiệp bệnh nhân ghi bệnh phẩm 39 Bảng 3.2 Đặc điểm khoa, phòng lâm sàng 40 Bảng 3.3 Tỷ lệ đề kháng carbapenem vi khuẩn Acinetobacter Baumannii 42 Bảng 3.4 Tỷ lệ đề kháng theo loại kháng sinh vi khuẩn Acinetobacter baumannii theo khoa phòng lâm sàng 43 Bảng 3.5 Tỷ lệ đa đề kháng kháng sinh vi khuẩn Acinetobacter baumannii 44 Bảng 3.6 Tỷ lệ đa đề kháng vi khuẩn Acinetobacter baumannii theo giới tính nhóm tuổi 44 Bảng 3.7 Tỷ lệ đa đề kháng vi khuẩn Acinetobacter baumannii theo loại bệnh phẩm khoa, phòng lâm sàng 45 Bảng 3.8 Tổng hợp tổ hợp gen 46 Bảng 3.9 Tỷ lệ xuất gen đề kháng kháng sinh với carbapenem theo loại bệnh phẩm 47 Bảng 3.10 Phân bố tổ hợp gen đề kháng kháng sinh với carbapenem theo loại bệnh phẩm 48 Bảng 3.11 Tỷ lệ xuất gen đề kháng kháng sinh với carbapenem theo khoa, phòng lâm sàng 49 Bảng 3.12 Phân bố tổ hợp gen đề kháng kháng sinh với carbapenem theo khoa, phòng lâm sàng 50 Bảng 3.13 Liên quan tỷ lệ gen mã hoá carbapenemase hai nhóm nhạy cảm đề kháng với kháng sinh carbapenem 51 Bảng 3.14 Liên quan phân bố tổ hợp gen mã hoá carbapenemase hai nhóm nhạy cảm đề kháng với kháng sinh carbapenem 52 Bảng 3.15 Liên quan tỷ lệ gen với tỷ lệ đa đề kháng kháng sinh vi khuẩn Acinetobacter baumannii 53 Bảng 3.16 Liên quan phân bố tổ hợp gen với tỷ lệ đa đề kháng kháng sinh vi khuẩn Acinetobacter baumannii 54 Bảng 3.17 Kết multiplex PCR kháng sinh đồ mẫu 55 DANH MỤC CÁC HÌNH VẼ, ĐỒ THỊ Trang Hình 1.1 Vi khuẩn Acinetobacter baumannii Hình 1.2 Khuẩn lạc Acinetobacter baumannii môi trường Blood Agar Hình 1.3 Khuẩn lạc Acinetobacter baumannii mơi trường Mac-Conkey Agar Hình 1.4 Các vị trí tác dụng kháng sinh Hình 1.5 Các chế đề kháng kháng sinh Acinetobacter baumannii 14 Hình 1.6 Máy xét nghiệm tự động Vitek compact 17 Hình 2.1 Acinetobacter baumannii phết nhuộm Gram 29 Hình 2.2 Diễn giải kết thử nghiệm oxidase 30 Hình 2.3 Diễn giải kết thử nghiệm catalase 31 Hình 3.1 Tổ hợp gen theo kết điện di phản ứng multiplex PCR 47 Biểu đồ 2.1 Sơ đồ nghiên cứu 37 Biểu đồ 3.1 Đặc điểm loại bệnh phẩm 40 Biểu đồ 3.2 Tỷ lệ đề kháng kháng sinh chung 41 Biểu đồ 3.3 Tỷ lệ đề kháng loại kháng sinh vi khuẩn Acinetobacter baumannii theo loại bệnh phẩm 42 Biểu đồ 3.4 Tần suất xuất gen đề kháng kháng sinh với carbapenem 46 ... đường hô hấp khoa xét nghiệm Bệnh vi? ??n Đa khoa Thành phố Cần Thơ năm 2021-2022” với ba mục tiêu sau: Xác định tỷ lệ đề kháng kháng sinh Acinetobacter baumannii phân lập từ bệnh phẩm đường hô hấp Bệnh. .. DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y DƯỢC CẦN THƠ TRẦN LĨNH SƠN NGHIÊN CỨU SỰ ĐỀ KHÁNG KHÁNG SINH VÀ CÁC GEN ĐỀ KHÁNG KHÁNG SINH CARBAPENEM CỦA VI KHUẨN ACINETOBACTER BAUMANNII PHÂN LẬP TỪ BỆNH... Bệnh vi? ??n Đa khoa Thành phố Cần Thơ năm 2021-2022 Xác định tỷ lệ xuất gen đề kháng kháng sinh carbapenem Acinetobacter baumannii kỹ thuật multiplex PCR Bệnh vi? ??n Đa khoa Thành phố Cần Thơ năm