Đánh giá đa dạng di truyền của chó Lài bằng vùng trình tự HV1 của gen ty thể

NTTU-NCKH-04 CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc Đơn vị chủ trì: Trường Đại học Nguyễn Tất Thành BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐÈ TÀI NCKH DÀNH CHO CÁN Bộ - GIẢNG VIÊN 2020 - 2021 Tên đề tài: Đánh giá đa dạng di truyền chó Lài vùng trình tự HV1 gen ty thể Số hợp đồng: Chủ nhiệm đề tài: Nguyễn Thành Công Đơn vị công tác: Khoa Công nghệ Sinh học Thời gian thục hiện: TP Hồ Chỉ Minh, ngày 22 tháng 06 năm 2021 MỤC LỤC DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT .i DANH MỤC CÁC BẢNG BIỂU, sơ ĐỒ, HÌNH ẢNH ii MỞ ĐẦU Chương 1: TỔNG QUAN 1.1 Tổng quan chó Lài 1.1.1 Phân loại chó Lài 1.1.2 Đặc điểm hình thái chó Lài 1.1.3 Đặc tính di truyền hệ gen ti thể động vật có xương sống 1.2 Các nghiên cứu đa dạng di truyền truy tìm nguồn gốc chó dựa vào trình tự HV1 mtDNA 1.2.1 Các nghiên cứu giới đa dạng di truyền chó 1.2.2 Các nghiên cứu đa dạng di truyền nước 11 Chương NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN cứu 14 2.1 Thời gian địa điểm nghiên cứu 14 2.2 Vật liệu 14 2.2.1 Nguyên liệu 14 2.2.2 Dụng cụ, thiết bị hóa chất sử dụng nghiên cứu 14 2.3 Phương pháp nghiên cứu 14 2.3.1 Phương pháp thu thập xử lý mẫu 14 2.3.2 Phương pháp tách chiết DNA tổng số 16 2.3.3 Phương pháp kiểm tra độ tinh DNA quang phổ kế 16 2.3.4 Kỹ thuật điện di DNA gel agarose 17 2.3.5 Khuếch đại trình tự vùng HV1 kỹ thuật PCR 18 2.3.6 Phương pháp giải hiệu chỉnh trình tự 19 2.3.7 Phương pháp xử lý phân tích kết 21 Chương KẾT QUẢ VÀ BIỆN LUẬN 26 3.1 Thu thập xử lý mẫu 26 3.2 Kết tách chiết DNA tổng số từ lơng chó 26 3.3 Ket khuếch đại vùng trình tự HV1 28 3.4 Ket giải trình tự hiệu chỉnh trình tự vùng HV1 28 3.4.1 Ket giải trình tự 28 3.4.2 Hiệu chỉnh lắp ráp trình tự vùng HV1 30 3.4.3 Ket so sánh trình tự truy vấn mẫu nghiên cứu với sở liệu GenBank 31 3.5 Kết xác định haplotype từ mười lăm cá thể chó Lài 31 3.6 Sự đa dạng di truyền vùng HV1 quần thể chó Lài 32 3.6.1 Sự đa dạng cấp độ nucleotide 32 3.6.2 Sự đa dạng cấp độ haplotype 35 CHƯƠNG KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 43 PHỤ LỤC 48 DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT Từ viết tắt Viết đầy đủ BLAST Basic Local Alignment Search Tool Bp Base pair CHD Canis mtDNA HV1 dalatbase CR Control Region D-loop Displacement-loop dATP Deoxyadenosine triphosphate dCTP Deoxycytidine triphosphate dGTP Deoxycyguanosine triphosphate DNA Deoxyribxom DNAse Deoxyribonuclease dNTP Deoxyribonucleotide triphosphate dTTP Deoxythymidine triphosphate DANH MỤC CÁC BẢNG BIẺU, sơ ĐỒ, HÌNH ẢNH Danh mục hình ảnh Hình 1.1 Chó Lài Hình 1.2 Hệ gen ti thể Canỉs lupus familiaris (Amorim A, 2004) Hình 1.3 Hypervariable region (Vùng trình tự HV-1) Hình 2.1 Sơ đồ tóm tắt mơ tả bước nghiên cứu đề tài 14 Hình 2.2 Vị trí bắt cặp mồi 15412F 16625R 18 Hình 3.1 Đại diện kết điện di DNA tổng số 10/15 mẫu đề tài 26 Hình 3.2 Ket điện di sản phẩm PCR vùng HV1 8/15 mẫu chó Lài 28 Hình 3.3 Biểu đồ huỳnh quang (Electropherogram) đoạn trình tự vùng HV1 mẫu CHI 29 Hình 3.4 Đoạn trình tự đồng (consensus sequence) vùng HV1 30 Hình 3.5 Đại diện đoạn trình tự đồng (Consensus sequence) vùng HV1 mười lăm mẫu chó Lài 30 Hình 3.6 Đại diện kết so sánh trình tự truy vấn mẫu LAI với sở liệu GenBank 31 Hình 3.7 Ket xác định haplotype với trình tự truy vấn mẫu LAI 32 Hình 3.8 Mạng lưới haplotype (median - joining network) 36 ii Danh mục bảng Bảng 2.1 Cặp mồi đặc hiệu sử dụng phản ứng khuếch đại trình tự vùng HV1 18 Bảng 2.2 Các thành phần có phản ứng khuếch đại vùng HV1 19 Bảng 2.3 Chu trình nhiệt khuếch đại vùng HV1 19 Bảng 2.4 Cặp mồi sử dụng phản ứng giải trình tự vùng HV1 20 Bảng 2.5 Motif thay the nucleotide haplogroup 23 Bảng 3.1 Kết đo tỷ số OD nồng độ DNA 15 mẫu lơng nghiên cứu 27 Bảng 3.2 Bảng tóm tắt số luợng loại vị trí đa hình đoạn trình tự 582 bp vùng HV1 quần thể chó Lài 33 Bảng 3.3 Các vị trí đa hình đoạn trình tự 582 bp vùng HV1 muời lăm cá thể chó Lài 34 Bảng Các haplotype đuợc xác định mười lăm cá chó Lài 35 Bảng 3.5 Tỷ lệ phân bo haplotype haplgroup số đa dạng di truyền co 37 Bảng 3.6 Tỷ lệ phân bố haplotype haplogroup số đa dạng di truyền quần thể chó Lài với quần thể chó nhà khác Việt Nam 39 Bảng 3.7 Tỷ lệ phân bố haplotype haplogroup số đa dạng di truyền quần thể chó Lài với nịi chó khắc giới 42 iii TÓM TẮT KÉT QUẢ NGHIÊN cứu STT Kết quà đạt Công việc thực Nội dung - Thu mẫu Thu 15 mẫu chó Lài Nội dung - Tách chiết thu nhận Có 15 mẫu DNA tống số DNA tổng số Nội dung - Khuếch đại vùng trình Thu vùng trình tự HV-1 15 tựHV-1 mầu Nội dung - Giải trình tụ gen vùng Có trình tự vùng HV-1 15 mẫu khuếch đại Nội dung - Đánh giá đa dạng di Định loại haplotype nhóm chó truyền chó Lài STT Sản phẩm đạt Sản phẩm đăng ký Báo cáo tổng kết trang 63 Báo cáo khoảng trang Bài báo khoa học đăng tạp chí Bài bảo khoa học Thời gian thực hiện: từ đến ngày Thời gian nộp báo cáo: ngày IV MỞ ĐẦU Đặt vấn đề Chó Lài với chó Phú Quốc, chó Bắc Hà, chó H’Mơng cộc bốn giống chó đặc hữu Việt Nam Cả bốn giống chó chua đuợc FCI (Federation cynologique international) cơng nhận Chó Lài có kích thước trung bình, có kliă săn giỏi, dũng mãnh, di chuyển nhanh nhẹn, linh hoạt nhạy bén với tiếng động nên cịn lựa chọn để làm chó săn hay chó nghiệp vụ Các giống chó đặc hữu có đặc điểm ngoại hình khác biệt độc đáo, mang nhiều nét tương đồng hình dáng tập tính gần với lồi Sói xám, chúng xem quốc khuyển Việt Nam Mặc dù Chó Lài giống chó đặc hữu quý Việt Nam chưa nghiên cứu đánh giá hình thái, tập tính nghiên cứu đa dạng di truyền nguồn gốc giống chó Trong nghiên cứu trước cho thấy DNA ti thể thị phân tử quan trọng giúp cho việc đánh giá đa dạng di truyền, truy tìm nguồn gốc nịi chó khác giới Các nghiên cứu đánh giá đa dạng di truyền trước Việt Nam tập trung chủ yếu vào chó nhóm chó lưng xốy Phú Quốc, chó H’Mong cộc, chó Bắc Hà trình tự vùng HV1 {Hypervariable region 7) nằm hệ gen ti thể để đánh giá đa dạng di truyền truy tìm nguồn gốc giống chó đặc hữu Việt Nam Tuy giống chó đăc hữu chưa nhận ý từ nhà nghiên cứu nước hướng tới nghiên cứu định hướng bảo tồn Vì vậy, đề tài tiến hành “Đánh giá đa dạng di truyền quần thể chó Lài đoạn trình tự HV1 gen tỉ thể”, nhằm đối chiếu, so sánh, đánh giá đa dạng di truyền với quần thể chó nhà khác Việt Nam số giống chó khác thuộc khu vực địa lý khác giới Ket thu cho nhìn khách quan đa dạng di truyền quần thể chó Lài, bổ sung thêm sở liệu hữu ích nhằm hồ trợ nghiên cứu di truyền đánh giá, so sánh mối quan hệ di truyền nhóm chó nhà Việt Nam từ làm tảng cho các định hướng bảo tồn, góp phần làm sáng tỏ đường di cư, phân bố chó nhà khắp giới Chương 1: TƠNG QUAN 1.1 Tổng quan chó Lài 1.1.1 Phân loại chó Lài Giới: Động vật (Animalia) Phân giới: Động vật đa bào (Metazoa) Ngành: Có dây song (Chordata) Lóp: Thú (Mammalia) Bộ: Ăn thịt (Carnivora) Họ: Chó (Canidea) Phân họ: Chó (Caniae) Giống: Chó (Canis Linnaeus, 1758) Lồi: Chó (Cams lupus Linnaeus, 1758) Phân lồi: Chó nhà (Canis lupus familiaris Linnaeus, 1758) 1.1.2 Đặc điểm hình thái chó Lài Chó Lài thuộc bốn giống chó xếp vào thuộc hàng quốc khuyển Việt Nam với chó lưng xốy Phú Quốc, chó Bắc Hà chó H’mơng cộc Phạm vi phân bố giống chó phân bố tương đối rộng từ vùng núi phía Tây Bắc đặc biệt tỉnh Lào Cai số hộ gia đình Thanh Hóa sống dọc theo biên giới Việt Lào, với số lượng tương đối Chó Lài có tầm vóc trung bình, hình thể có mặt cắt ngang dài, tỷ lệ đầu, chi cân đối vẻ bề ngồi chúng nhẹ nhàng, khơng thơ kệch Đặc điểm chó Lài chủng có vệt lơng trắng bàn chân, chỏm đuôi chân không xuất huyền đề Con đực có kích thước lớn mạnh mẽ Hình thể bên ngồi giống chó tương đồng với hình thể lồi sói hoang dã, từ cách thức chạy.Tuy mang đậm đặc tính hoang dã chúng biết nghe lời trung thành chơi chủ nhân nên chúng thu hút với cộng đồng người yêu chó Ngày xưa, chó Lài sử dụng để săn bắt chúng có khả nhớ đường tốt, tốt độ phản ứng nhanh không bị tập trung Hiện nay, chúng mi với mục đích nhà chủ yếu Hình 1.1 Chó Lài (Ảnh nhóm thực đề tài thực Thanh Hóa-Lê Tuấn Anh) 1.1.2.1 Đặc diểm phần đầu chó Lài Đầu: to lớn, rộng có hình thang nhìn từ xuống Vùng sọ: hộp sọ lớn, vùng trán phẳng rộng Khi chó tỏ cảnh giác hai tai phía truớc trán xuất vết nhăn nhỏ Điểm chuyển tiếp trán mõm, không đột ngột, rõ nét Vùng mặt: Mõm: ngắn rộng từ phần mắt, hẹp phía chóp mũi Chóp mõm có hình tù Lưỡi to, thường có vệt màu đen tím, đơi tồn lưỡi có màu đen tím Trong điều kiện thời tiết chó khơng tiết q nhiều nước bọt Mũi: chỏm mũi có kích thước trung bình có màu đen Những cá thể có sắc tố vàng chỏm mũi có màu nâu Mơi: dày không trễ xuống Hàm/ Răng: hàm chắc, khoẻ mạnh mẽ, cằm lộ rõ Răng phát triển khỏe có kích thước trung bình Các mọc sát Chó có đầy đủ có miếng cắn dạng cắt kéo khít 51 SẢN PHẦM DẠNG 2: KÝ HIỆU ĐỘ TUỔI GIỚI TÍNH ĐỊA ĐIỂM Các giống chó (và thơng tin haolotype) giói sử dụng đề tài STT Giống chó Haplotype SỐ lượng Tài liệu tham khảo 28 Chó chăn A18 20 Bồ A24 Bl B36 C3 cứu Đào Nha van Asch cộng (2005) 19 All German A17 Savolaimen cộng (2002) Shepherd A19 10 Pang cộng (2009) Cl C15 30 All A17 A18 A64 Okumura cộng (1996) A68 Savolainen cộng (2002) A69 Bl C3 El Shiba Thơng tin kí hiệu mẫu, giói tính, màu lơng địa điểm thu thập mẫu Chó Lài 52 LAI Cái Vĩnh Lộc, Thanh Hóa LA2 Cái 2.5 Vĩnh Lộc, Thanh Hóa LA3 Cái Vĩnh Lộc, Thanh Hóa LA4 Đực Vĩnh Lộc, Thanh Hóa LA5 Cái Vĩnh Lộc, Thanh Hóa LA6 Cái Vĩnh Lộc, Thanh Hóa LA7 Đực 2.5 Vĩnh Lộc, Thanh Hóa LA8 Cái Vĩnh Lộc, Thanh Hóa LA9 Cái Vĩnh Lộc, Thanh Hóa LA10 Cái 1.5 Vĩnh Lộc, Thanh Hóa LA11 Đực Vĩnh Lộc, Thanh Hóa LA12 Đực Vĩnh Lộc, Thanh Hóa LAI Đực 2.5 Vĩnh Lộc, Thanh Hóa LA14 Đực Vĩnh Lộc, Thanh Hóa LAI Đực Vĩnh Lộc, Thanh Hóa SẢN PHẦM DẠNG 3: Trình tự DNA >A19 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCTCCAGGTAAACCCTTCTCCCCTCCC CTATGTACGTCGTG CATTAATG GTTTG CCCCATG CATATAAG CATGTACATAATATTATATCCTTACATAG G ACA TATTAACTCAATCTCATAATTCACTGATCTTTCAACAGTAATCGAATGCATATCACTTAGTCCAATAAGGGCTTA ATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAACCCTTGCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTGG G G GTTACTATCATG AAACTATACCTG G CATCTG GTTCTTACTTCAGGG CCATAACCTTATTTACTCCAATCCTAC TAATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAATGACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCAT GCATCTGGTATCTTTTAATTTTTAGGGGGGGAATCTGCTATCACTCACCTACGACCGCAACGGCACTAACTCTA ACTTATCTTCTG CTCTCAG GG AATATG CCCGTCG CG GCCCTAATG CAGTCAAATAACT >A73 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCTCCAGGTAAACCCTTCTCCCCTCCC CTATGTACGTCGTG CATTAATG GTTTG CCCCATG CATATAAG CATGTACATAATATTATATCCTTACATAG G ACA TATTAACTCAATCTCATAGTTCACTG ATCTATCAACAGTAATCAAATG CATATCACCTAGTCCAATAAG G G CTTA ATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAACCCTTGCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTGG G G GTTACTATCATGAAACTATACCTG G CATCTG GTTCTTACTTCAG G G CCATAACTTTATTTACTCCAATCCTACT AATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAATGACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATG CATCTGGTATCTTTTAATTTTTAGGGGGGGAATCTGCTATCACTCACCTACGACCGCAACGGCACTAACTCTAAC 53 TTATCTTCTG CTCTCAGG G AATATG CCCGTCG CGG CCCTAATG CAGTCAAATAACT >AN1 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCTCCAGGTAAACCCTTCTCCCCTCCCCTAT GTACGTCGTG CATTAATGGTTTG CCCCATG CATATAAG CATGTACATAATATTATATCCTTACATAG G ACATATC AACTCAATCTCATAGTTCACTG ATCTATCAACAGTAATCAAATG CATATCACTTAGTCCAATAAG G G CTTAATCA CCATG CCTCG AG AAACCATCAACCCTTG CTCGTAATGTCCCTCTTCTCG CTCCG G G CCCATACTAACGTG G G G G TTACTATCATG AAACTATACCTG G CATCTG GTTCTTACTTCAG G G CCATAACTTTATTTACTCCAATCCTACTAAT TCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAATGACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATGCAT CTG GTATCTTTTAATTTTTAGG G G G G G AATCTG CTATCACTCACCTACGACCG CAACG GCACTAACTCTAACTTA TCTTCTG CTCTCAG G G AATATG CCCGTCG CG G CCCTAATGCAGTCAAATAACT >AN2 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCTCCAGGTAAACCCTTCTCCCCTCCCCTAT GTACGTCGTG CATTAATGG CTTG CCCCATG CATATAAGCATGTACATAATATTATATCCTTACATAG G ACATATT AACTCAATCTCACAGTTCACTGATCTATCAACAGTAATCAAATGCATATCACTTAGTCCAATAAGGGCTTAATCA CCATG CCTCG AG AAACCATCAACCCTTG CTCGTAATGTCCCTCTTCTCG CTCCG G G CCCATACTAACGTG G G G G TTACTATCATG AAACTATACCTG G CATCTG GTTCTTACTTCAG G G cc ATAACTTTATTTACTCCAATCCTACTAAT TCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAATGACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATGCAT CTG GTATCTTTTAATTTTTAGG G G G G G AATCTG CTATCACTCACCTACG ACCG CAACG GCACTAACTCTAACTTA TCTTCTG CTCTCAG G G AATATG CCCGTCG CG G CCCTAATGCAGTCAAATAACT >AN3 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCTCCAGGTAAACCCTTCTCCCCTCCC CTATGTACGTCGTG CATTAATG G CTTG CCCCATG c ATATAAG CATGTACATAATATTATATCCTTACATAG G ACA TATTAACTCAATCTCATAATTCACTGATCTATCAACAGTAATCAAATGCATATCACTTAGTCCAATAAGGGCTTA ATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAACCCTTGCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTGG G G GTTACTATCATG AAACTATACCTG G CATCTG GTTCTTACTTCAG G G CCATAACTTTATTTACTCCAATCCTACT AATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAATGACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATG CATCTGGTATCTTTTAATTTTTAGGGGGGGAATCTGCTATCACTCACCTACGACCGCAACGGCACTAACTCTAAC TTATCTTCTG CTCTCAGG G AATATG CCCGTCG CG G CCCTAATGCAGTCAAATAACT >A6 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCTCCAGGTAAACCCTTCTCCCCTCCC CTATGTACGTCGTG CATTAATG GTTTG CCCCATG CATATAAG CATGTACATAATATTATATCCTTACATAG G ACA TATTAACTCAATCTCATAGTTCACTG ATCTATCAACAGTAATCG AATG CATATCACTTAGTCCAATAAG G G CTTA ATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAACCCTTGCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACCAACGTGG G G GTTACTATCATGAAACTATACCTG G CATCTG GTTCTTACTTCAG G G CCATAACTTTATTTACTCCAATCCTACT AATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAATGACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATG CATCTGGTATCTTTTAATTTTTAG G G G G G G AATCTG CTATCACTCACCTACGACCGCAACG G CACTAACTCTAAC TTATCTTCTG CTCTCAGG G AATATG CCCGTCG CG G CCCTAACG CAGTCAAATAACT 54 >A27 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCTCCAGGTAAACCCTTCTCCCCTCCC CTATGTACGTCGTGCATTAATGGTTTGCCCCATGCATATAAGCATGTACATAATATTATATCCTTACATAGGACA TATTAACTCAATCTCACAATTCACTGATCTTTCAACAGTAATCGAATGCATATCACTTAGTCCAATAAGGGCTTA ATCACCATG CCTCG AG AAACCATCAACCCTTG CTCGTAATGTCCCTCTTCTCG CTCCG G GCCCATACTAACGTG G G G GTTACTATCATGAAACTATACCTG G CATCTG GTTCTTACTTCAG G G CCATAACTTTATTTACTCCAATCCTACT AATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAATGACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATG CATCTGGTATCTTTTAATTTTTAGGGGGGGAATCTGCTATCACTCACCTACGACCGCAACGGCACTAACTCTAAC TTATCTTCTG CTCTCAGG G AATATG CCCGTCG CGG CCCTAATG CAGTCAAATAACT >A75 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCTCCAGGTAAACCCTTCTCCCCTCCC CTATGTACGTCGTG CATTAATG GTTTG CCCCATG CATATAAG CATGTACATAATATTATATCCTTACATAG G ACA TATTAACTCAATCTCATAGTTCACTGATCTATCAACGGTAATCAAATGCATATCACTTAGTCCAATAAGGGCTTA ATCACCATG CCTCG AG AAACCATCAACCCTTG CTCGTAATGTCCCTCTTCTCG CTCCG G GCCCATACTAACGTG G G G GTTACTATCATGAAACTATACCTG G CATCTGGTTCTTACTTCAG GGCCATAACTTTATTTACTCCAATCCTACT AATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAATGACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATG CATCTGGTATCTTTTAATTTTTAGGGGGGGAATCTGCTATCACTCACCTACGACCGCAACGGCACTAACTCTAAC TTATCTTCTG CTCTCAGG G AATATG CCCGTCG CGG CCCTAATG CAGTCAAATAACT >BN1 ACACCCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCTCCAGGTAAACCCTTCTTCCCTCC CCTATGTACGTCGTG CATTAATG GTTTG CCCCATG CATATAAG CATGTACATAATATTATATCCTTACATAGGAC ATATCAACTCAATCTCATAATTCATTGATCTGTCAGCGGTAATCAAATGCATATCACTTAGTCCAATAAGGGCTT AATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAACCCTTGCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTG G G G GTTACTATCATG AAACTATACCTG G CATCTG GTTCTTACCTCAG GGCCATAATTCTATTTACTCCAATCCTA CTAATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAATGACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCA TGCATTTGGTATCTTTTAATTTTTAGGGGGGGAATCTGCTATCACTCATCTACGACCGCAACGGCACTAACTCTA ACTTATCTTCTG CTCTCAG GG G ATATG CCCGTCG CG G CCCTAATG CAGTCAAATAACT 55 SẢN PHẦM DẠNG 3: Toàn văn báo ĐÁNH GIÁ Sự ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA CHÓ LÀI BẰNG VÙNG TRÌNH Tự HV1 TRÊN BỘ GEN TI THÊ TĨM TẤT Chó Lài với chó lưng xốy Phú Quốc, chó H’Mơng cộc, chó Bắc Hà, nịi chó đặc hữu, quý Việt Nam Chó Lài sở hữu đặc tính q trang thành, thơng minh, săn bắt tốt Hiện nay, nịi chó có giá trị kinh tế cao số lượng chúng tương đối ích nhu cầu thị hiếu người ni muốn sở hữu nịi chó có đặc điếm hình thái gần với lồi sói hoang dã Do dó, dẫn tới tượng gần nịi chó thu mua, nuôi nhốt tập trang số trang trại nhỏ có xu hướng lai tạo theo tiêu chuẩn hình thái định Quá trình lai tạo có the dẫn đen giao phối cận huyết làm suy giảm tính đa dạng di truyền nịi chó Trong nghiên cứu trước cho thấy DNA ti thể thị phân tử quan trọng giúp cho việc đánh giá đa dạng di truyền, truy tìm nguồn gốc nịi chó khác giới Trong nghiên cứu tiến hành đánh giá đa dạng di truyền quần thể chó Lài dựa vào trình tự vùng HV1 gen ti the Ket khảo sát cho thấy tống số 15 cá xác định chín haplotype khác thuộc haplogroup A, B Đáng ý có xuất haplotype (chiếm tỉ lệ 33,33%) chưa công bố nghiên cứu trước Hầu hết haplotype chiếm tỉ lệ tương tự nhau, trừ haplotype A73 chiếm tỉ lệ cao quần thể (20%) Ngoài ra, kết phân tích số đa dạng di truyền đa dạng haplotype (Hd: 0,97); đa dạng nucleotide (Pi: 0,01) bước đầu cho thấy quần thể chó Lài có đa dạng di truyền cao Ket đạt nghiên cứu góp phần bố sung thêm sở liệu hữu ích, định hướng cho nghiên cứu di truyền hệ gen ti the quần the chó Lài số nịi chó địa khu vực địa lý khác Việt Nam Keywords: chó Lài, HV1, haplotype, haplogroup GIỚI THIỆU Chó nhà (Cams familiaris) động vật người hóa, chúng có nguồn gốc từ Sói hóa người săn bắn, chúng theo chân người khắp lục địa suốt q trình lịch sử [1] Ngồi việc sử dụng chó hoạt động hồ trợ người, chó nhà cịn xem mơ hình động vật cho nghiên cứu bệnh di truyền người, hồ trợ việc điều trị chẩn đoán y học Trong năm gần đây, đặc biệt với việc giải trình tự thành cơng tồn hệ gen chó nhà [2] thúc cho nghiên cứu di truyền, phân tử quần chó nhà khắp lục địa khác Ngồi ra, với hỗ trợ mạnh mẽ kỳ thuật sinh học phân tử, nhiều thị phân tử khác SNP (Single Nucleotide Polymorphism), SSR (Short Tandem 56 Repeat), nhiễm sắc thể giới tính Y, DNA ti thể, sử dụng để phân tích đánh giá đa dạng di truyền, tái lập phát sinh chủng lồi, truy tìm nguồn gốc, làm sáng tỏ hình thành, phát trien di cư chó nhà số lồi động vật khắp lục địa khác [3], [4], [5] Bộ gen ti chó nhà lần giải trình tự hồn chỉnh mở hướng nghiên cứu đầy triển vọng, làm sáng tỏ đặc điểm di truyền hệ gen ti thể chó nhà [6] Trong đó, vùng siêu biến Hypervariable region (HV1) thuộc vùng điều (Control Region) hệ gen ti chó nhà, xem vùng đa hình, chứa nhiều đột biến hệ gen ti the chó nhà, sử dụng phân tích di truyền tiến hóa, xác định haplotype, phân tích pháp y trường họp DNA bị thoái biến nghiêm trọng [7], Một nghiên cứu di truyền tiến hóa nguồn gốc hầu hết nịi chó nhà giới dựa vào vùng HV1 DNA ti thể chia quần thể chó nhà giới thành haplogroup riêng lẻ (A, B, c, D, E, F) Kết nghiên cứu cho thấy 97,4% chó nhà có haplotype thuộc haplogroup A, B, c Ngược lại, haplogroup D, E, F xác định nhóm chiếm chưa tới 3% số cá tồn giới, nhóm E, F chiếm từ - 2% Ngoài ra, nghiên cứu cho thấy khác biệt hình thái nịi chó khác giới khơng phải kết hóa chó sói khu vực địa lý khác mà trình di cư q trình giao phối nịi chó với [8], [9], Nghiên cứu đặt móng cho nghiên cứu đa dạng di truyền nguồn gốc nịi chó khác giới [10], [11], [12], [13] Hiện nay, Việt Nam nghiên cứu đa dạng di truyền dựa vào vùng HV1 hệ gen ti thể chủ yếu tập trung quần thể chó lưng xốy Phú Quốc, chó H’Mơng cộc, chó Bắc Hà số quần chó nhà khu vực địa lý khác Việt Nam, kết bước đầu nghiên cứu cho thấy chó nhà Việt Nam có tính đa dạng di truyền cao [14-16], Trong đó, chó Lài nịi chó đặc hữu Việt Nam, cịn mang nhiều đặc tính hồng dã chưa có nghiên cứu đánh giá đa dạng di truyền nịi chó Trong nghiên cứu này, bước đầu tiến hành khảo sát, đánh giá đa dạng di truyền 15 cá thể chó Lài, kết đạt góp phần làm sáng tỏ cấu trúc di truyền quần thể này, bổ sung thêm sở liệu vùng HV1, nhằm đối chiếu, so sánh mối quan hệ di truyền với nòi chó khác Việt Nam, góp phần vào việc định hướng bảo tồn nịi chó đặc hữu 2.1 VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP Thu thập mẫu tách chiết DNA tổng số Tống số 15 mẫu lơng chó Lài thu thập ngầu nhiên hộ dân ni ni có ni dưỡng khu vực phân bố chó Lài tỉnh Thanh Hóa Các mẫu lơng từ các thể chó Lài ký hiệu từ LAI đến LA 15 DNA từ mẫu lơng tách chiết theo 57 quy trình kit thương mại The Genomic DNA Kit-BIOLINE Độ tinh nồng độ DNA kiểm tra phương pháp đo quang phổ 2.2 Khuếch đại giải trình tự Tiến hành khuếch đại vùng HV1 cặp mồi (15412F: CCACTATCAGCACCCAAAG, 16625R: AGACTACGAGACCAAATGC) [17], Thành phần phản ứng bao gồm: MyTaq™ Mix (IX); mồi xuôi (15412F) mồi ngược (16225R) nồng độ cuối 0,2 pM; DNA khuôn (nồng độ cuối 10-20 ng/pL), nước cat (nuclease-free water) vừa đủ thể tích 25 pL Chu kỳ luân nhiệt: giai đoạn chuẩn bị biến tính 95 °C phút (1 chu kỳ); giai đoạn chính: biến tính 95 °C phút, mồi bắt cặp 52 °C 30 giây, kéo dài 72 °C phút (30 chu kỳ); giai đoạn kéo dài cuối 72 °C 10 phút (1 chu kỳ) Sản pham PCR chạy điện di gel agarose 1% nhuộm với GelRedR để xác định phản ứng khuếch đại thành công Sản phẩm khuếch đại thành công tinh giải trình tự phương pháp Sanger với mồi xuôi 15412F (CCACTATCAGCACCCAAAG) mồi ngược 16114R (CCTGAAACCATTGACTGAATAG) [17] 2.3 Phân tích liệu Trình tự DNA sau hiệu chỉnh phần mem SeaView so sánh với trình tự DNA tham khảo (GenBank accession entry: U96639.2) [6], Các vị trí đa hình đánh số theo quy chuẩn [18] Trình tự vùng HV1 dài 582 bp định loại haplotype công cụ định loại hpaloytype chuẩn hóa [19] Mối quan hệ haplotype xây dựng mạng lưới medium-joining network xây dựng phần mem Network 10.2.0.0 [20], Các số đa dạng di truyền đa dạng haplotype (Hd), đa dạng nucleotide (Pi) tính tốn phần mềm Arlequin [21], 3.1 KẾT QUẢ Định loại haplotype Trình tự DNA vùng HV1 15 cá chó Lài có độ tin cao đủ điều kiện đe đăng ký GenBank Sau đó, trình tự truy vấn 15 cá chó Lài định loại haplotype dựa công cụ định loại chuấn hóa [19], Ket xác định halotype thuộc haplogroup khác (A, B), có haplotype (AN1, AN2, AN3, BN1) chưa công bố nghiên cứu trước (Bảng 1) Ngồi ra, khơng phát haplotype thuộc haplogroup D, E Kết phù hợp với nghiên cứu trước cho rang haplogroup D xuất khu vực Châu Âu, haplogroup E xuất số nịi chó Pungsan, Jindo, Shiba [9] 58 Bảng Các haplotype xác định cá thể chó Lài Haplogroup A B Tên mẫu Số lượng/tỉ lệ (%) AN1 LA2 (6,67%) AN2 LA7, LA 11 2(13,33%) AN3 LAI (6,67%) A6 LA12, LA15 2(13,33%) A19 LAI, LA4 2(13,33%) A27 LA14 (6,67%) A73 LA3, LA5, LA9 (20%) A75 LA6, LA 10 2(13,33%) BN1 LA13 (6,67%) Haplotype Trong tổng số 15 haplotype tìm thấy quần thể chó Lài, tần suất haplotype thuộc haplogroup A dao động từ 6,67% (AN1, AN3, A27) đến cao 20% (A73) Các haplotype lại haplotype (AN2, A6, A19, A75) chiếm tỉ lệ 13,3%, tổng số cá thể Đối với haplogroup B quần thể chó Lài có haplotype (BN1) với tỉ lệ 6,67% thể cụ thể Bảng Như vậy, thấy hầu hết haplotype xác định chó Lài có tỉ lệ gần Tuy nhiên, haplotype A73 haplotype không phố quát (haplotype chiếm tỉ lệ thấp hầu hết quần the chó nhà giới) lại xuất với tỉ lệ 20% so với haplotype lại Ket ngụ ý cá thể mang haplotype A73 chiếm ưu chọn lọc quần thể này, chọn lọc lai tạo gần theo tiêu chuẩn hình thái định 3.2 Sự đa dạng DNA ti thể vùng HV1 chó Lài Khi tiến hành khảo sát đa dạng DNA vùng HV1 hệ gene ti quần chó Lài Kết cho thấy có tổng số 20 vị trí đa hình đoạn trình tự khảo sát, 19 vị trí đột biến đồng hốn (Transition), vị trí đột biến dị hốn (Tranversion) vị trí đột biến xóa chèn (indel) tóm tắt Bảng Trình tự mười lăm cá chó Lài chia thành nhóm, mồi nhóm đại diện cho cá có hồ sơ đột biến (mutation profile) giống hình thành nên haplotype, mồi haplotype khác có sai khác trình tự DNA vị trí đa hình Cụ khảo sát khác biệt vị trí đa hình đoạn trình tự 582 bp haplotype với trình tự tham khảo cho thấy có khác biệt số lượng vị trí đa hình so với trình tự tham khảo dao động từ ba đến mười lăm vị trí đa hình (Bảng 2) Trong đó, haplotype BN1 có sai khác nhiều 15 vị trí đa hình so với trình tự tham khảo Hầu hết nhóm xuất số đột biến đồng hốn vị trí 15814 (C15814T) đột biến dị hốn vị trí 15639 (T15939 A, G) Chỉ haplotye BN1 có xuất đột biến xóa chèn-indel (-15464C) 59 Bảng Các vị trí đa hình đoạn trình tự 582 bp vùng HV1 15 cá thể chó Lài Các so cột dọc mô tả vị tri nucleotide Dấu: (.) đại diện cho nucleotide trùng khớp với trình tự tham khảo; (-) đại diện cho vị trí mat nucleotide RE: đại diện cho trình Khi khảo sát phân bố haplotype haplogroup haplotype haplogroup mối quan hệ haplotype với mô tả chi tiết qua mạng lưới kết nối haplotype (median - joining network) Hình Hình Mạng lưới haplotype (median - joining network) 60 Mạng lưới haplotype (median - joining network) xây dựng dựa vị tri đa hình vùng trình tự HV1, mơ tả mối quan hệ haplotype thuộc haplogroup (A, B) tìm thấy quần chó Lài Kích thước vòng tròn (haplotype node) tỉ lệ với có haplotype tương ứng Các node đen (median vector) thê haplotype trung gian chưa tìm thấy Các chữ số nằm đoạn thăng nối haplotype lại với thê vị trí đột biến hai haplotype tương ứng với vị trí trình tự 582 bp vùng HV1 Mạng lưới haplotype khơng có hình (star-like) dạng cấu trúc với founder haplotype (haplotype hình thành nên quần the) nằm trung tâm, với haplotype nằm xung quanh khác founder haplotype vị trí đột biến Trong quần thể chó Lài khơng có phân bo haplotype theo kiểu hình (star-like) hai haplogroup (A, B) điều cho thấy quần thể chó Lài phân kỳ đặc biệt haplogroup A, haplotype haplogroup A phân kỳ nhau, trừ cặp haplotype (ANl AN2); (A19 A27) sai khác hai đột biến thay Tất haplotype cịn lại có sai khác theo cặp haplotype từ ba đến 15 vị trí đột biến thay the (A19, BN1) Ở haplogroup B có haplotype (BN1) Có thể thấy nguồn gốc quần thể chó Lài có the hình thành từ nhiều dịng chó khác nhau, có the có chín dịng chó di truyền theo dịng mẹ hình thành nên quần the chó Lài Mạng lưới haplotype (median-joining network) Hình cho thấy đa dạng cao halotype thuộc haplogroup A Các haplotype thuộc haplogroup A chiếm 88,89% tong so haplotype (8/9 haplotype) Ngồi ra, điều đáng ý có xuất haplotype chưa công bố trước với tỉ lệ cao 44,44% (4/9) haplotype Haplogroup B có haplotype BN1 chiếm tỷ lệ thấp 11,11% (1/9 haplotype) Ngoài ra, phân tích số lượng cá thể có haplotype thuộc haplogroup khác nhau, thấy quần thể chó Lài có tỷ lệ phân bố haplotype thuộc hai haplogroup phổ quát (A, B) chiếm tỉ lệ tuyệt đối 100% Số lượng cá thể có haplotype thuộc haplogroup A, B quần thể chó Lài A (93,33 %), B (6,67 %), thể cụ thể Bảng Có thể thấy tỉ lệ phần bố haplotype phù hợp với nghiên cứu trước đây, cho hầu hết quần the chó nhà khắp lục địa thuộc haplogroup thường thấy haplogroup (A, B, C), haplogroup lại D, E, F haplogroup vốn chiếm tỉ lệ thấp chưa đến 3% toàn giới [9] Bảng Tỷ lệ phân bố haplotype haplgroup số đa dạng di truyền n nH n(ABC) (%) 15 30 (100) nA nB (%) (%) 27 (87,1) (6,67) Hd (SD) Pi (SD) 0,97 ± 0,043 0,01 ±0,003 n: Số lượng; nH: số lượng haplotype; Hd: Đa dạng haplotype (haplotype diversity); Pi: Đa dạng nucleotide (nucleotide diversity); SD: Độ lệch chuân (Standard deviation) Bên cạnh việc phân tích số tiêu trên, đánh giá thêm số số đa dạng di truyền quan trọng số đa dạng nucleotide (Pi/nucleotide diversity), đa dạng haplotype (Hd/haplotype diversity), phần mềm DnaSP thể Bảng Khi đó, số đa dạng nucleotide quần the chó Lài (Pi: 0,01), có nghĩa xác suất chọn ngẫu nhiên hai nucleotide khác vị trí trên hai trình tự HV1 quần the chó Lài 1%, tỉ lệ cao trình tự vùng HV1 khảo sát đề tài dài 582 bp Ngoài ra, số đa dạng haplotype quần thể chó Lài (Hd: 0,97), nghĩa xác suất để chọn ngẫu nhiên hai cá thể chó Lài có haplotype khác 97% Như vậy, thấy gần cá thể chó Lài ni dưỡng tập trung số trang trại giống, khả giao phối cận huyết xảy chọn lọc theo tiêu chuẩn hình thể định Tuy nhiên, quần thể chó Lài lưu giữ đa dạng di truyền cao quần thể KÉT LUẬN Qua kết định loại haplotype xác định haplotype 15 cá thể chó Lài Chín haplotype xác định AN1, AN2 AN3.BN1.A6, A19, A27, A73, A75, có haplotype (AN1.AN2 AN3, BN1) haplotype chưa công bố nghiên cứu trước Khi phân tích số đa dạng di truyền cho thấy quần thể chó Lài có đa dạng di truyền cao (Hd: 0,97; Pi: 0,01) TÀI LIỆU THAM KHẢO Morey, D.F., Burying key evidence: the social bond between dogs and people Journal of Archaeological Science, 2006 33(2): p 158-175 Lindblad-Toh, K., et al., Genome sequence, comparative analysis and haplotype structure of the domestic dog Nature, 2005 438(7069): p 803 Fan, H and J.-Y Chu, A brief review of short tandem repeat mutation Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 2007 5(1): p 7-14 Forster, p., et al., A short tandem repeat-based phylogeny for the human Y chromosome The American Journal of Human Genetics, 2000 67(1): p 182-196 Wang, G.D., et al., Out ofsouthern East Asia: the natural history of domestic dogs across the world Cell Res, 2016 26(1): p 21-33 62 10 11 12 13 Kim, K.S., et al., The complete nucleotide sequence of the domestic dog (Canis familiaris) mitochondrial genome Molecular phylogenetics and evolution, 1998 10(2): p 210-220 Savolainen, p., et al., Sequence analysis of domestic dog mitochondrial DNA for forensic use Journal of Forensic Science, 1997 42(4): p 593-600 Savolainen, p., et al., Genetic evidence for an East Asian origin of domestic dogs Science, 2002 298(5598): p 1610-1613 Pang, J.-F., et al., mtDNA data indicate a single origin for dogs south of Yangtze River, less than 16,300 years ago, from numerous wolves Molecular biology and evolution, 2009 26(12): p 2849-2864 J Savolainen, p., et al., A detailed picture of the origin of the Australian dingo, obtained from the study of mitochondrial DNA Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2004 101(33): p 12387-12390 Oskarsson, M.C., et al Mitochondrial DNA data indicate an introduction through Mainland Southeast Asia for Australian dingoes and Polynesian domestic dogs, in Proc R Soc B 2012 The Royal Society van Asch, B., et al Pre-Columbian origins of Native American dog breeds, with only limited replacement by European dogs, confirmed by mtDNA analysis, in Proc R Soc B 2013 The Royal Society Klủtsch, c., et al., Regional occurrence, high frequency but low diversity of mitochondrial DNA haplogroup dl suggests a recent dog-wolf hybridization in Scandinavia Animal genetics, 2011 42(1): p 100-103 14 Thai, Q.K., et al., Evaluation ofgenetic diversity of'phu quoc ridgeback dogs based on mitochondrial DNA hypervariable-1 region Journal of Biotechnology, 2016 14(1 A): p 24515 16 17 18 19 20 21 253 Thai, Q.K., et al., Evaluation of genetic diversity of Vietnamese dogs based on mitochondrial DNA hvpervarlable-l region Research Result, 2016 2(3): p 45-50 00 Tran Hoàng Dũng, et al., Xác định nguồn gốc chó Phủ Quốc trình tự vùng Dloop genome ty thể Tạp chí Sinh học, 2016 38(2): p 269-278 Gundry, R.L., et al., Mitochondrial DNA analysis of the domestic dog: control region variation within and among breeds J Forensic Sci, 2007 52 Pereira, L., B Van Asch, and A Amorim, Standardisation of nomenclature for dog mtDNA D-loop: a prerequisite for launching a Canis famlliaris database Forensic science international, 2004 141(2): p 99-108 Thai, Q.K., D.A Chung, and H.-D Tran, Canis mtDNA HV1 database: a web-based tool for collecting and surveying Canis mtDNA HV1 haplotype in public database BMC Genetics, 2017 18(1): p 60 Bandelt, H.-J., p Forster, and A Rohl, Median-joining networks for inferring Intraspecific phylogenies Molecular biology and evolution, 1999 16(1): p 37-48 Excoffier, L and H.E Lischer, Arlequln suite ver 3.5: a new series of programs to perform population genetics analyses under Linux and Windows Molecular ecology resources, 2010 10(3): p 564-567 63 10 11 12 13 Kim, K.S., et al., The complete nucleotide sequence of the domestic dog (Canis familiaris) mitochondrial genome Molecular phylogenetics and evolution, 1998 10(2): p 210-220 Savolainen, p., et al., Sequence analysis of domestic dog mitochondrial DNA for forensic use Journal of Forensic Science, 1997 42(4): p 593-600 Savolainen, p., et al., Genetic evidence for an East Asian origin of domestic dogs Science, 2002 298(5598): p 1610-1613 Pang, J.-F., et al., mtDNA data indicate a single origin for dogs south of Yangtze River, less than 16,300 years ago, from numerous wolves Molecular biology and evolution, 2009 26(12): p 2849-2864 J Savolainen, p., et al., A detailed picture of the origin of the Australian dingo, obtained from the study of mitochondrial DNA Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2004 101(33): p 12387-12390 Oskarsson, M.C., et al Mitochondrial DNA data indicate an introduction through Mainland Southeast Asia for Australian dingoes and Polynesian domestic dogs, in Proc R Soc B 2012 The Royal Society van Asch, B., et al Pre-Columbian origins of Native American dog breeds, with only limited replacement by European dogs, confirmed by mtDNA analysis, in Proc R Soc B 2013 The Royal Society Klủtsch, c., et al., Regional occurrence, high frequency but low diversity of mitochondrial DNA haplogroup dl suggests a recent dog-wolf hybridization in Scandinavia Animal genetics, 2011 42(1): p 100-103 14 Thai, Q.K., et al., Evaluation ofgenetic diversity of'phu quoc ridgeback dogs based on mitochondrial DNA hypervariable-1 region Journal of Biotechnology, 2016 14(1 A): p 24515 16 17 18 19 20 21 253 Thai, Q.K., et al., Evaluation of genetic diversity of Vietnamese dogs based on mitochondrial DNA hvpervarlable-l region Research Result, 2016 2(3): p 45-50 00 Tran Hồng Dũng, et al., Xác định nguồn gốc chó Phủ Quốc trình tự vùng Dloop genome ty thể Tạp chí Sinh học, 2016 38(2): p 269-278 Gundry, R.L., et al., Mitochondrial DNA analysis of the domestic dog: control region variation within and among breeds J Forensic Sci, 2007 52 Pereira, L., B Van Asch, and A Amorim, Standardisation of nomenclature for dog mtDNA D-loop: a prerequisite for launching a Canis famlliaris database Forensic science international, 2004 141(2): p 99-108 Thai, Q.K., D.A Chung, and H.-D Tran, Canis mtDNA HV1 database: a web-based tool for collecting and surveying Canis mtDNA HV1 haplotype in public database BMC Genetics, 2017 18(1): p 60 Bandelt, H.-J., p Forster, and A Rohl, Median-joining networks for inferring Intraspecific phylogenies Molecular biology and evolution, 1999 16(1): p 37-48 Excoffier, L and H.E Lischer, Arlequln suite ver 3.5: a new series of programs to perform population genetics analyses under Linux and Windows Molecular ecology resources, 2010 10(3): p 564-567 63 SẢN PHẨM ĐÀO TẠO 4: Khơng có đăng ký Phụ lục 3: (họp đồng, thuyết minh đề cương) 1- Thuyết minh đề tài (photo ký với Trường) 2- Hợp đồng thực đề tài NCKH (photo ký với Trường) 64 ... tiến hành ? ?Đánh giá đa dạng di truyền quần thể chó Lài đoạn trình tự HV1 gen tỉ thể? ??, nhằm đối chiếu, so sánh, đánh giá đa dạng di truyền với quần thể chó nhà khác Việt Nam số giống chó khác thuộc... dạng di truyền Hd, Pi, cho thấy quần thể chó Lài có đa dạng di truyền cao 3.7 So sánh đa dạng di truyền quần thể chó Lài vói số quần thể chó nhà khác Việt Nam số giống chó khác giới Để đánh giá. .. haplotype với trình tự truy vấn mẫu LA 12 3.6 Sự đa dạng di truyền vùng HVÍ quần thể chó Lài 3.6.1 Sự đa dạng cấp độ nucleotide Tiến hành so sánh đoạn trình tự 582 bp vùng HV1 muời lăm cá thể chó