Đánh giá đa dạng di truyền của chó Bắc Hà bằng vùng trình tự HV1 của gen ty thể.pdf

NTTU-NCKH-04 CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc Đơn vị chủ trì: Trường Đại học Nguyễn Tất Thành BÁO CÁO TƠNG KÉT ĐÈ TÀI NCKH DÀNH CHO CÁN Bộ - GIẢNG VIÊN 2018 - 2019 Tên đề tài: ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA CHĨ BẮC HÀ BẰNG VÙNG TRÌNH Tự HV1 CỦA GEN TY THẺ số hợp đồng: 2019.01.49/HĐ-KHCN Chủ nhiệm đề tài: ThS Trần Thị Bích Huy Đơn vị công tác: Viện Kỹ thuật công nghệ cao NTT Thời gian thực hiện: 04/2019 - 10/2019 CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc Đơn vị chủ trì: Trường Đại học Nguyễn Tất Thành BÁO CÁO TỎNG KÉT ĐÈ TÀI NCKH DÀNH CHO CÁN Bộ - GIẢNG VIÊN 2018 -2019 Tên đề tài: ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA CHÓ BẮC HÀ BẰNG VÙNG TRÌNH Tự HV1 CỦA GEN TY THẺ số hợp đồng: 2019.01.49/HĐ-KHCN Chủ nhiệm đề tài: ThS Trần Thị Bích Huy Đơn vị cơng tác: Viện Kỳ thuật công nghệ cao NTT Thời gian thực hiện: 04/2019 - 11/2019 Các thành viên phối họp cộng tác: TT Họ tên Nguyễn Thành Công SLĐV Lê Tuấn Lộc Chuyên ngành Sinh thái Cơ quan công tác Viện Công nghệ cao NTT Viện Công nghệ cao NTT Ký tên MỤC LỤC DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHŨ VIẾT TẮT DANH MỤC BẢNG DANH MỤC HÌNH ẢNH TÓM TẮT KẾT QUẢ NGHIÊN cứu MỞ ĐÀU CHƯƠNG TÓNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Sơ lược chó Bắc Hà 1.2 Đặc điểm di truyền gen ty thể động vật có vú 1.3 Các nghiên cứu đánh gía đa dạng di truyền cùa chó dựa vào trình tự HV1 cùa vùng CR mtDNA CHƯƠNG : NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN cứu 12 2.1 Vật liệu .12 2.1.1 Nguyên liệu 12 2.1.2 Dụng cụ thiết bị hóa chất sử dụng nghiên cửu 12 2.2 Phương pháp nghiên cứu 12 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 21 3.1 Ket tách chiết DNA tống số 21 3.2 Khuếch đại vùng HV1 .22 3.3 Ket giải trình tự hiệu chỉnh trình tự vùng HV1 23 3.4 Phân tích SNP đoạn trình tự 582 bp vùng HV1 chó Bắc Hà 26 3.5 Định loại haplotype 15 cá the chó Bắc Hà nghiên cứu 29 3.6 Đánh giá đa dạng di truyền dựa vào vùng HV1 DNA ty thể cùa quần the chó Bắc Hà 30 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 33 TÀI LIỆU THAM KHẢO 34 DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT pg Microgram ụL Microlit pM Micromole BLAST Basic Local Alignment Search Tool Bp Base pair CHD Canis mtDNA HV1 database CR Control Region D - loop Displacement - loop dATP Deoxyadenosine triphosphate dCTP Deoxycytidine triphosphate dGTP Deoxyguanosine triphosphate DNA Deoxyribonucleic acid DNAse Deoxyribonuclease dNTP Deoxyribonucleotide triphosphate dTTP Deoxythymidine triphosphate EtBr Ethidium bromide F Forward HV1 Hypervariable region HV2 Hypervariable region Kb Kilo base mg Miligram IĨ1L Mililit mM Milimole mtDNA Mitochondrial DNA NCBI National Center for Biotechnology Information nm Nanomet nM Nanomole OD Optical Density PCR Polymerase Chain Reaction R Reveerse RNA Ribonucleic acid rRNA Ribosomal RNA SNP Single Nucleotide Polymorphism TAE Tris/ Acetate /EDTA TE Tris - EDTA Tin Melting Temperature tRNA Transfer RNA u uv Unit VKA Vietnam Kennel Association VNTR Variable number tandem repeat Ultraviolet DANH MỤC • BẢNG Bảng 2.1: Cặp moi đặc hiệu sử dụng phản ứng khuếch đại vùng HV1 15 Bảng 2: Các thành phần có phản ứng khuếch đại vùng HV1 16 Bảng 3: Chương trình nhiệt khuếch đại vùng HV1 16 Bảng 4: Cặp mồi sử dụng phản ứng giải trình tự vùng HV1 17 Bảng 3.1: Ket đo tỷ số OD nồng độ DNA thu từ 15 mẫu 21 Bảng 2: Các vị trí đa hình tìm thấy đoạn trình tự 582 bp vùng HV1 15 cá thể chó Bắc Hà Các số cột dọc mơ tả vị trí nucleotide Dấu chấm (.) đại diện cho nucleotide trùng khớp với trình tự tham khảo, (-) đại diện cho vị trí mat nucleotide Ref đại diện cho trình tự tham khảo Kim cộng (1998) [21], HAP:Haplotype 28 Bảng 3: Sự phân bổ haplogroup, haplotype chó Bắc Hà 29 Bảng 4: Mức độ đa dạng nucleotide số giống chó giới 30 Bảng 5: Tỷ lệ phân bố haplotype haplogroup 31 Bảng 6: Mức độ đa dạng haplotype số giống chó giới 32 DANH MỤC • HÌNH ẢNH Hình 1.1: Hình chó Bắc Hà Hình 2: Bộ gen ty the cùa Canis lupus familiaris [27] Hình 3: Vị trí thành phần vùng CR gen ty thể [46] Hình 1: Vị trí bắt cặp cặp mồi 15412F 16625R [12] .15 Hình 2: Vị trí bắt cặp cặp mồi 15412F 16114R [12] 17 Hình 3.1: Ket điện di DNA tong số 8/15 mẫu đề tài 21 Hình 3.2: Ket điện di sản pham PCR đoạn trình tự khoảng 1200 bp 8/15 mầu chó Bắc Hà 23 Hình 3.3: Biếu đồ huỳnh quang đoạn trình tự vùng HV1 mẫu BH1 có tín hiệu tốt hai mồi 15412F 16114R .24 Hình 4: Đại diện đoạn trình tự đồng (consensus sequence) vùng HV1 mẫu BH1 25 Hình 5: Đại diện đoạn trình tự đồng (consensus sequence) vùng HV1 15 mầu 25 Hình 6: Ket so sánh trình tự mầu BH1 với sở dừ liệụ GenBank thông qua công cụ BLAST 26 TÓM TÁT KÉT QUẢ NGHIÊN cứu Kết quà đạt Công việc thực STT Thu mẫu Thu 15 mâu máu chó Băc Hà Tách chiết thu nhận DNA tong so Có DNA tong số Khuếch đại vùng trình tự HV1 Thu vùng trình tự HV1 Giải trình tự gen vùng khuếch đại Có vùng trình tự vùng H V1 Đánh giả đa dạng di truyền chó Định loại haplotype nhóm Bắc Hà chó Viết báo cáo Bài báo cáo tong kết STT Sản phẩm đạt Mầu lơng (máu) 15 cá chó Sản phẩm đăng ký 15 mầu lơng (máu) chó Bắc Hà Bắc Hà Trình tự DNA vùng HV1 cùa chó 15 trình tự DNA vùng HV1 chó Bắc Hà với độ tin cậy cao Bắc Hà với độ tin cậy cao Báo cáo tống kết Báo cáo tổng kết Bài báo khoa học Bài báo khoa học Thòi gian đăng ký: từ 04/2019 đến 11/2019 Thòi gian nộp báo cáo: ngày 25/11/2019 MỞ ĐẦU Mục tiêu nghiên cứu Bước đầu đánh giá sư đa dang di truyền quần thể chó Bắc Hà dựa vào đoạn trình tự 582 bp vùng HV1 Nội dung nghiên cứu Nội dung - Thu mẫu Nội dung - Tách chiết thu nhận DNA tong số Nội dung - Khuếch đại vùng trình tự HV1 Nội dung - Giải trình tự gen vùng khuếch đại Nội dung - Đánh giá đa dạng di truyền chó Bắc Hà Kết nghiên cứu Đã thu 15 mầu lơng chó Bắc Hà Tách chiết thành cơng 15 trình tự DNA vùng HV1 chó Bắc Hà Định loại 11 haplotype thuộc hai nhóm khác A, B 15 cá thể chó Bắc Hà bao gồm A8, A29, A44, A73, A85, A86, A121, A140, Anl, An2, Bl Trong có haplotype Anl, An2 Chó Bắc Hà có đa dạng di truyền vùng HV1 ty the tương đối cao so với giống chó giới cới độ đa dạng haplotype 0,952 ± 0,040 đô đa dạng nucleotide 0,00849 ±0,00217 CHƯƠNG TÓNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Sơ lược chó Bắc Hà 1.1.1 Phân loại chó nhà Giới: Động vật (Animalia) Phân giới: Động vật đa bào (Metazoa) Ngành: Có dây song (Chordata) Phân ngành: Động vật có xương sống (Vertebrata) Lóp: Thú (Mammalia) Bộ: Àn thịt (Carnivora) Họ: Chó (Canidea) Phân họ: Chó (Caniae) Giống: Chó (Canis Linnaeus, 1758) Lồi: Chó (Canis lupus Linnaeus, 1758) Phân lồi: Chó nhà (Canis lupus familiaris Linnaeus, 1758) Hình 1: Hình chó Bắc Hà ... số Khuếch đại vùng trình tự HV1 Thu vùng trình tự HV1 Giải trình tự gen vùng khuếch đại Có vùng trình tự vùng H V1 Đánh giả đa dạng di truyền chó Định loại haplotype nhóm Bắc Hà chó Viết báo cáo... đại vùng trình tự HV1 Nội dung - Giải trình tự gen vùng khuếch đại Nội dung - Đánh giá đa dạng di truyền chó Bắc Hà Kết nghiên cứu Đã thu 15 mầu lơng chó Bắc Hà Tách chiết thành cơng 15 trình tự. .. đạt Mầu lông (máu) 15 cá chó Sản phẩm đăng ký 15 mầu lơng (máu) chó Bắc Hà Bắc Hà Trình tự DNA vùng HV1 cùa chó 15 trình tự DNA vùng HV1 chó Bắc Hà với độ tin cậy cao Bắc Hà với độ tin cậy cao Báo