Đánh giá đa dạng di truyền của chó H’Mong cọc đuôi bằng vùng trình tự HV1 của gen ty thể.pdf

NTTU-NCKH-04 CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc Đơn vị chủ trì: Trường Đại học Nguyễn Tất Thành BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐÈ TÀI NCKH DÀNH CHO CÁN Bộ - GIẢNG VIÊN 2018 - 2019 Tên đề tài: Đánh giá đa dạng di truyền chó H’Mong cọc vùng trình tự HV1 gen ty thê Số hợp đồng: 2019.01.51/HĐ.KHCN Chủ nhiệm đề tài: Nguyễn Thành Công Đơn vị công tác: Viện Kỳ thuật Công nghệ Cao Thời gian thực hiện: 04/2019 - 10/2019 TP Hồ Chỉ Minh, ngày 20 thảng 09 năm 2019 CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc Đơn vị chủ trì: Trường Đại học Nguyễn Tất Thành BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI NCKH DÀNH CHO CÁN Bộ - GIẢNG VIÊN 2018 -2019 Tên đề tài: Đánh giá đa dạng di truyền chó H’Mong cọc vùng trình tự HV1 gen ty thê Chủ nhiệm đề tài: Nguyễn Thành Công Đơn vị công tác: Viện CNC Thời gian thực hiện: : 04/2019 - 10/2019 Các thành viên phối họp cộng tác: STT Họ tên Chuyên ngành Co’ quan công tác Ký tên MỤC LỤC DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỪ VIẾT TẤT DANH MỤC CÁC BẢNG BIÊU, sơ ĐĨ, HÌNH ẢNH MỞ ĐẦU Chương 1: TỐNG QUAN 1.1 Tong quan chó H’Mơng cộc 1.1.1 Phân loại chó H’Mơng cộc 1.1.2 Đặc điếm hình thái chó H’Mơng cộc 1.1.3 Đặc tỉnh di truyền hệ gen ti động vật có xương sống 1.2 Các nghiên cứu đa dạng di truyền truy tìm nguồn gốc chó dựa vào trình tự HV1 mtDNA 11 1.2.1 Các nghiên cứu the giới đa dạng di truyền chó 11 1.2.2 Các nghiên cứu đa dạng di truyền nước 15 Chương NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN cứu 18 2.1 Thời gian địa diem nghiên cứu 18 2.2 Vật liệu 18 2.2.1 Nguyên liệu 18 2.2.2 Dụng cụ, thiết bị hóa chất sử dụng nghiên cứu 18 2.3 Phương pháp nghiên cứu 18 2.3.1 Phương pháp thu thập xử lý mẫu 18 2.3.2 Phương pháp tách chiết DNA tông so 20 2.3.3 Phương pháp kiểm tra độ tinh DNA quang phô kế 21 2.3.4 Kỹ thuật điện di DNA gel agarose 22 2.3.5 Khuếch đại trình tự vùng HV1 kỹ thuật PCR 22 2.3.6 Phương pháp giải hiệu chỉnh trình tự 24 2.3.7 Phương pháp xử lý phân tích kết 26 Chương KẾT QUẢ VÀ BIỆN LUẬN 31 3.1 Thu thập xử lý mầu 31 3.2 Ket tách chiết DNA tong số từ lơng chó 31 3.3 Ket khuếch đại vùng trình tự HV1 33 3.4 Ket giải trình tự hiệu chỉnh trình tự vùng HV1 34 3.4.1 Ket giải trình tự 34 3.4.2 Hiệu chỉnh lắp ráp trình tự vùng HV1 35 3.4.3 Kết so sảnh trình tự truy vấn mẫu nghiên cứu với sở liệu GenBank 35 3.5 Ket xác định haplotype từ ba mươi cá chó H’Mơng cộc 36 3.6 Sự đa dạng di truyền vùng HV1 quần the chó H’Mơng cộc 37 3.6.1 Sự đa dạng cấp độ nucleotide 37 3.6.2 Sự đa dạng cấp độ haplotype 41 CHƯƠNG KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 50 PHỤ LỤC 55 ii DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT Từ viết tắt Viết đầy đủ BLAST Basic Local Alignment Search Tool Bp Base pair CHD Canis mtDNA HV1 dalatbase CR Control Region D-loop Displacement-loop dATP Deoxyadenosine triphosphate dCTP Deoxycytidine triphosphate dGTP Deoxycyguanosine triphosphate DNA Deoxyribxom DNAse Deoxyribonuclease dNTP Deoxyribonucleotide triphosphate dTTP Deoxythymidine triphosphate DANH MỤC CÁC BẢNG BIỂU, sơ ĐỒ, HÌNH ÃNH Danh mục hình ảnh Hình 1.1 Chó H’Mơng cộc Hình 1.2 Hệ gen ti the Cams lupus familiaris (Amorim A, 2004) 10 Hình 1.3 Hypervariable region (Vùng trình tự HV-1) 11 Hình 2.1 Sơ đồ tóm tắt mơ tả bước nghiên cứu đề tài 18 Hình 2.2 Vị trí bắt cặp cùa mồi 15412F 16625R 22 Hình 3.1 Đại diện kết điện di DNA tong so cùa 10/30 mầu đề tài 31 Hình 3.2 Ket điện di sản phẩm PCR vùng HV1 8/30 mẫu chó H’Mơng 33 Hình 3.3 Biểu đồ huỳnh quang (Electropherogram) đoạn trình tự vùng HV1 mầu CHI 34 Hình 3.4 Đoạn trình tự đồng (consensus sequence) vùng HV1 35 Hình 3.5 Đại diện đoạn trình tự đồng (Consensus sequence) vùng HV1 ba mươi mầu chó H’Mơng cộc 35 Hình 3.6 Đại diện kết so sánh trình tự truy vấn mầu CHI với sở dừ liệu GenBank 36 Hình 3.7 Ket xác định haplotype với trình tự truy vấn mầu CH 37 Hình 3.8 Mạng lưới haplotype (median - joining network) 42 Danh mục bảng TÓM TẮT KẾT QUẢ NGHIÊN STT củu Kết quà đạt Công việc thực Nội dung - Thu mẫu Nội dung - Tách chiết thu nhận Có 30 mầu DNA tổng số Thu 30 mầu chó H’mong DNA tổng số Nội dung - Khuếch đại vùng trình Thu vùng trình tự HV-1 cùa 30 mẫu tựHV-1 Nội dung - Giải trình tự gen vùng Có trình tự vùng HV-1 cũa 30 mẫu khuếch đại STT Nội dung - Đánh giá đa dạng di truyền chó H’Mơng cọc Định loại haplotype nhóm chó Sản phẩm đạt Sản phẩm đăng ký Báo cáo tơng kết 68 trang Bảo cáo khống 30 trang Bài báo khoa học đăng tạp chí Bài báo khoa học JAHST Số 249 năm 2019 Thời gian thực hiện: từ 04/2019 đến ngày 10/2019 Thời gian nộp báo cáo: ngày 10/10/2019 MỞ ĐẦU Đặt vấn đề Chó H’Mơng cộc với chó Phú Quốc, chó Bắc Hà, chó Lài bốn giống chó đặc hừu Việt Nam Cả bốn giống chó chưa FCI (Federation cynologique international) công nhận Chó H’Mơng cộc có hình thái đặc biệt có cộc (khơng có từ đến ba đốt xương phần đuôi) nhiều đặc tính tốt thơng minh, gan dạ, săn giỏi, trông giữ nhà tốt đong bào dân tộc H’Mông xem thú cưng, nuôi nhốt gần gũi nhà Với nhúng đặc tính nên chó H’Mông cộc ưa chuộng Việt Nam Tuy nhiên, lai tạo mục đích thương mại nhằm tạo cá chó H’Mơng cộc theo tiêu chuẩn hình thái khơng có sở khoa học người ni đặt ra, nhiều làm đa dạng di truyền chó H’Mơng cộc Các nghiên cứu đánh giá đa dạng di truyền trước Việt Nam tập trung chủ yếu vào chó lưng xốy Phú Quốc (Thái Ke Qn cộng, (2016) Khi đó, nhóm nghiên cứu sử dụng trình tự vùng HV1 {Hypervariable region 7) nằm hệ gen ti thể để đánh giá đa dạng di truyền truy tìm nguồn gốc chó lưng xốy Phú Quốc Ngồi ra, chó H’Mơng cộc vần chưa có tố chức hay nhóm nghiên cứu đánh giá đa dạng di truyền truy tìm nguồn gốc quần the chó H’Mông cộc Việt Nam dựa vào vùng HV1 gen ti thể Các nghiên cứu bước đầu quần the chó tập trung vào Vì vậy, đề tài tiến hành “Đảnh giả đa dạng di truyền cùa quần thể chó H ’Mơng cộc đoạn trình tự HV1 gen ti thê ”, nhằm đối chiếu, so sánh, đánh giá đa dạng di truyền quần thể chó H’Mơng cộc với quần thể chó nhà khác Việt Nam số giống chó khác thuộc khu vực địa lý khác giới Ket thu cho nhìn khách quan đa dạng di truyền quần chó H’Mong, bo sung thêm sở liệu hữu ích nhằm hồ trợ nghiên cứu di truyền đánh giá, so sánh mối quan hệ di truyền nhóm chó nhà Việt Nam, góp phần lám sáng tỏ đường di cư, phân bố chó nhà khap giới Chương 1: TĨNG QUAN 1.1 Tổng quan chó H’Mong cộc 1.1.1 Phân loại chó H’Mong cộc Giới: Động vật (Animalia) Phân giới: Động vật đa bào (Metazoa) Ngành: Có dây song (Chordata) Lớp: Thú (Mammalia) Bộ: Ăn thịt (Carnivora) Họ: Chó (Canidea) Phân họ: Chó (Caniae) Giống: Chó (Canis Linnaeus, 1758) Lồi: Chó (Canis lupus Linnaeus, 1758) Phân lồi: Chó nhà (Cams lupus familiaris Linnaeus, 1758) 1.1.2 Đặc điểm hình thái chó H’Mơng cộc Chó H’Mơng cộc thuộc bốn giống chó xếp vào thuộc hàng quốc khuyển Việt Nam với chó lưng xốy Phú Quốc, chó Bắc Hà chó Dingo Đơng Dương Chúng ta dễ bắt gặp chó H’Mơng cộc vùng núi phía Bắc nơi địa người dân tộc H’Mơng hộ gia đình thành phố Hà Nội, Thái Bình Chó H’Mơng cộc có tầm vóc trung bình, tồn thân bắp đậm chắc, dài, có khung xương rộng, đầu to ánh mắt biểu cảm Tổng thể chó H’Mơng cộc hình góc cạnh, thiếu nét tú mềm mại bộc lộ đặc điểm thể lực tốt, khả chịu đựng điều kiện thời tiết khắc nghiệt Sự khác biệt hình thể hai giới khơng lớn Chó hình khơng thua nhiều so với chó đực, ngoại trừ kích thước nhở đường nét đầu mềm mại Điểm nối bật tính cách mức độ hoạt động thần kinh, tính nhiệt tình khả làm việc cao Chúng có hệ thần kinh cân linh động, với phản xạ kìm hàm kích động xảy mạnh Giống chó ln chủ động mạnh dạn hành vi ứng xử, thận trọng với người lạ Chó có bẩm sinh việc bảo vệ lành thổ, xuất sớm, từ chó khoảng đen tháng tuối Tính cách chó H’Mơng cộc hình thành sớm có trí nhớ tot có khả tiếp thu huấn luyện đề dàng, nhanh từ cịn nhỏ Chó hoạt bát thích tìm hiểu, bắt chước chó lớn, chúng trở nên từ tốn trưởng thành (Viet Nam Kennel Association (VKA), 2009) Hình 1.1 Chó H’Mơng cộc (Ảnh nhóm thực đề tài thực Tây Hồ - Hà Nội) 1.1.2.1 Đặc diểm phần đầu chó H’Mơng cộc Đầu: to lớn, rộng có hình thang nhìn từ xuống Vùng sọ: hộp sọ lớn, vùng trán phang rộng Khi chó tỏ cảnh giác hai tai phía trước trán xuất vết nhăn nhỏ Điểm chuyến tiếp trán mõm, không đột ngột, rõ nét Vùng mặt: Mõm: ngắn rộng từ phần mắt, hẹp phía chóp mũi Chóp mõm có hình tù Lười to, thường có vệt màu đen tím, đơi tồn lười có màu đen tím Trong điều kiện thời tiết chó khơng tiết q nhiều nước bọt Mũi: chỏm mũi có kích thước trung bình có màu đen Những cá the có sắc tố vàng chỏm mũi có màu nâu Mơi: dày khơng trễ xuống Hàm/ Răng: hàm chắc, khoẻ mạnh mẽ, cằm lộ rõ Răng phát trien khỏe có kích thước trung bình Các mọc sát Chó có đầy đủ có miếng cắn dạng cắt kéo khít ... nghiên cứu đa dạng di truyền truy tìm nguồn gốc chó dựa vào trình tự HV1 mtDNA 11 1.2.1 Các nghiên cứu the giới đa dạng di truyền chó 11 1.2.2 Các nghiên cứu đa dạng di truyền nước... lơng chó 31 3.3 Ket khuếch đại vùng trình tự HV1 33 3.4 Ket giải trình tự hiệu chỉnh trình tự vùng HV1 34 3.4.1 Ket giải trình tự 34 3.4.2 Hiệu chỉnh lắp ráp trình tự vùng. .. chó H’mong DNA tổng số Nội dung - Khuếch đại vùng trình Thu vùng trình tự HV-1 cùa 30 mẫu tựHV-1 Nội dung - Giải trình tự gen vùng Có trình tự vùng HV-1 cũa 30 mẫu khuếch đại STT Nội dung - Đánh