Đánh giá đa dạng di truyền nguồn gen cây gừng núi đá bằng chỉ thị phân tử

Nội dung bài viết đánh giá đa dạng di truyền nguồn gen cây Gừng núi đá (Zingiber purpureum Roscoe) thực sự cần thiết cho công tác bảo tồn, quản lý cũng như làm vật liệu khởi đầu cho chọn tạo giống. Marker trnL-e/trnL-f đã được sử dụng để khuếch đại nucleotide vùng lục lạp của 15 mẫu Gừng núi đá thu thập từ 15 xã thuộc 5 huyện thuộc tỉnh Hà Giang. Mời các bạn tham khảo!

KHOA HỌC CÔNG NGHỆ ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN NGUỒN GEN CÂY GỪNG NÚI ĐÁ BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ Dương Văn Thảo1 TÓM TẮT Đánh giá đa dạng di truyền nguồn gen Gừng núi đá (Zingiber purpureum Roscoe) thực cần thiết cho công tác bảo tồn, quản lý làm vật liệu khởi đầu cho chọn tạo giống Marker trnL-e/trnL-f sử dụng để khuếch đại nucleotide vùng lục lạp 15 mẫu Gừng núi đá thu thập từ 15 xã thuộc huyện thuộc tỉnh Hà Giang Kết cho thấy 15 đoạn trình tự 15 mẫu Gừng núi đá có tương đồng từ 94,65% đến 97,83% với mẫu tham chiếu công bố NCBI (EU552529.1 Alpinia officinarum) Mức tương đồng di truyền 15 mẫu Gừng núi đá nghiên cứu cao, dao động từ 93,20% (GND1 GND10) đến 99,87% (GND15 GND13) Cây quan hệ phát sinh 15 mẫu Gừng núi đá nghiên cứu mẫu tham chiếu chia làm nhóm Trình tự nucleotide vùng lục lạp với marker trnL-e/trnL-f nhận dạng mẫu giống Gừng núi đá GND1, GND4, GND8, GND10 GND14 Từ khóa: Đa dạng di truyền, Gừng núi đá, Hà Giang, nguồn gen, mức tương đồng di truyền ĐẶT VẤN ĐỀ Gừng núi đá (Zingiber purpureum Roscoe) loại thân thảo lâu năm, phát triển tự nhiên vùng ẩm ướt, chịu bóng sườn đồi vùng núi đá Gừng núi đá cho có nguồn gốc Ấn Độ bán đảo Malaysia, trồng nhiều nơi khu vực Đông Nam Á, Thái Bình Dương châu Đại Dương (Kasarkar et al., 2017) Gừng núi đá loài gừng dại với thân cao khoảng m Các cụm hoa hình thành từ thân rễ mặt đất Các mỏng, dài khoảng 25-35 cm với gân rõ lên mặt Chùm hoa có chiều dài 6-12 cm có màu xanh non trở thành màu đỏ già (Nalawade et al., 2003) Bordoloi et al (1999) xác định củ Gừng núi đá có thành phần hóa học gồm hợp chất 4-terpinenol, sabinene, 1,4-bis(methoxy)triquinacene, (E)-1-(3,4-Dimethoxyphenyl) buta-1,3diene Tinh dầu sử dụng rộng rãi với hiệu ứng đáng ý điều trị viêm, tiêu chảy, chuột rút, chống viêm, chống oxy hóa, chống ung thư, giảm đau, đầy hơi, dị ứng ngộ độc Các sử dụng điều trị đau khớp (Christine, 2007) Nghiên cứu tác dụng dược lý cho thấy tinh dầu Gừng núi đá có tác dụng gây độc tính với tế bào ung thư vú (MCF-7), ung thư vú đa kháng thuốc (MCF7/ADR), ung thư biểu mô tuyến (MDA-MB231) ung thư cổ tử cung (hela), hoạt tính kháng oxy hóa, kháng khuẩn, kháng nấm (Trần Cơng Luận cộng sự, 2009) Gừng núi đá loài dược liệu quý, có giá trị kinh tế cao, chúng phân bố Hà Giang tỉnh vùng miền núi phía Bắc nước ta số tỉnh miền Trung, Tây Nguyên Loài dược liệu đối tượng có thị trường tiêu thụ lớn song nguồn cung chưa đáp ứng đủ nhu cầu thị trường Nguồn nguyên liệu chủ yếu khai thác từ tự nhiên Hầu hết loài cần bảo tồn, ni trồng, song gặp nhiều khó khăn nguồn giống, cơng nghệ ni trồng Do đó, cơng tác phát triển nguồn gen gặp nhiều khó khăn Việc nghiên cứu đánh giá đa dạng di truyền loài Gừng núi đá mức phân tử cần thiết cấp bách để định hướng cho công tác thu thập, bảo tồn, khai thác sử dụng nguồn gen dược liệu quý cách có hiệu Việt Nam VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP 2.1 Vật liệu Vật liệu 15 mẫu Gừng núi đá thu thập 15 xã huyện thuộc tỉnh Hà Giang (Bảng 1) Các mẫu Gừng núi đá thu thập tháng 11 năm 2018 Trường Đại học Nông lâm, Đại học Thỏi Nguyờn Email: duongvanthao@tuaf.edu.vn 10 Nông nghiệp phát triển nông thôn - K - THáNG 12/2020 KHOA HC CÔNG NGHỆ TT Bảng Danh sách xuất xứ 15 mẫu Gừng núi đá Xuất xứ Xuất xứ Kí hiệu TT Huyện Xã Huyện Cao Bồ GND1 10 Thượng Sơn GND2 11 Đạo Đức GND3 Nấm Dẩn Xã Kí hiệu Phù Nam GND10 Minh Sơn GND11 12 Lạc Nông GND12 GND4 13 Tùng Vài GND13 Nà Trì GND5 14 Thái An GND14 TT Cốc Pài GND6 15 Quản Bạ GND15 Lủng Chinh GND7 Tả Lủng GND8 Cán Chu Phìn GND9 Vị Xun Xín Mần Mèo Vạc 2.2 Hóa chất Một số hóa chất thơng dụng dùng sinh học phân tử Hãng Sigma, Merck, CTAB, Tris base, Boric acid, NaCl, dNTPs, EDTA, 6X orange loading dye solution, Taq Polymeraza, Ethanol, 2-propanol, Acetic acid glacial, Phenol, Chloroform, isoamyalcohol, Agarose, mồi lục lạp Bảng Thông tin cặp mồi sử dụng nghiên cứu TT Mồi Trình tự nucleotide trnL-e GGTTCAAGTCCCTCTATCCC trnL-f F(GAA) ATTTGAACTGGTGACACGAG 2.3 Phương pháp 2.3.1 Tách chiết ADN tổng số Trong nghiên cứu này, phương pháp sử dụng CTAB Doyle Doyle (1987) có số cải tiến nhỏ để tiến áp dụng để tách chiết ADN từ mẫu nghiên cứu Quy trình: Chuẩn bị sẵn dung dịch đệm chiết CTAB 60C Nghiền 0,3 gam mẫu chày cối sứ vô trùng nitơ lỏng đến thành dạng bột mịn (mẫu lá, chày, cối giữ trước - 80C) Hoà tan mẫu nghiền nhỏ 800 l CTAB buffer 60 l SDS 10% Thành phần dung dịch đệm chiết: Tris-bazơ 100 mM, EDTA 20 mM, NaCl 1,4 M, CTAB 2% PVP 1% Ủ mẫu 65C bể ổn nhiệt, thời gian 30 phút Làm lạnh nhiệt độ phòng bổ sung 200 l potassium acetate 5M, trộn ủ đá 45 phút Bổ sung thể tích tương đương chloroformisoamylalcohol (24:1), lắc nhẹ thành dạng nhũ sữa Ly tâm 11000 vòng/phút 30 phút nhiệt độ 4C Hút dung dịch phía chuyển sang ống Tiếp tục chiết lần chloroform- Bắc Mê Quản Bạ isoamylalcohol (24:1), thu dịch chiết chứa ADN Tủa ADN isopropanol làm lạnh Để 20C Ly tâm thu tủa 11000 vòng/phút 15 phút 4C Rửa tủa ethanol 70%, ly tâm thu tủa Làm khơ hịa tan ADN, loại ARN, hồ tan ADN đệm TE 2.3.2 Thành phần phản ứng PCR - Mỗi phản ứng PCR bao gồm thành phần: Thành phần Thể tích TT (µl) Nước cất hai lần khử ion + Buffer Mg 25 Mm 1,5 dNTPs 10 Mm 0,3 Taq ADN polymerase U/µl 0,2 Mồi trnL-e 10 µM 1,5 Mồi trnL-f 10 µM 1,5 DNA Tổng thể tích phản ứng 15,0 2.3.3 Chương trình chạy PCR Phản ứng PCR tiến hành ống eppendorf 0,2 ml thực máy Mastercycler epgradient S theo chu trình sau: Nhiệt độ (C) Thời gian Các bước 94 phút 94 phút 56 45 giây 72 50 giây Lặp lại từ bước 35 lần 72 phút ∞ Phản ứng thực 40 chu kỳ gia nhiệt Sau hoàn thành chng trỡnh chy Nông nghiệp phát triển nông thôn - KỲ - TH¸NG 12/2020 11 KHOA HỌC CƠNG NGHỆ PCR, sản phẩm PCR bổ sung µl loading dye tiến hành điện di 2.3.4 Phương pháp điện di gel agarose Cân 0,6 g agarose cho vào 40 ml TAE 1X, đun đến sôi để agarose tan hoàn toàn Để nguội 45-50C bổ sung 2,5 l Ethidium Bromide, đổ vào khuôn gel chuẩn bị sẵn Sau 30-60 phút, gel nguội đông cứng chuyển khay chứa gel vào máy điện di cho đệm chạy TAE 1X vào buồng điện di cho đệm ngập gel khoảng 0,5-1 cm giải trình tự so sánh với trình tự tương đồng NCBI Sau đó, trình tự tập hợp lại phân tích chương trình MEGA v6.06 để tạo phát sinh loài KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 3.1 Kết PCR 15 mẫu Gừng núi đá nghiên cứu Tra mẫu: Sản phẩm PCR trộn với l loading dye tra vào giếng gel ADN 15 mẫu Gừng núi đá thu thập từ 15 xã huyện thuộc tỉnh Hà Giang sau tách chiết có nồng độ độ tinh cao, băng gọn sắc nét, đảm bảo cho bước thí nghiệm Chạy điện di: Sau tra mẫu điện di xong, máy điện di kết nối với nguồn Đặt 130 V Thực phản ứng PCR với cặp mồi trnLe/trnL-f Kết thu cho thấy mẫu thuộc Quan sát: gel soi đèn tử ngoại, ADN phát sáng nhờ liên kết với EtBr 15 mẫu Gừng núi đá cho băng đơn hình với kích thước khoảng 730 bp (Hình 1) 2.3.5 Phương pháp thơi gel theo kit Qiagen - Cắt lấy đoạn ADN mong muốn từ gel agarose, cho đoạn gel vừa cắt vào ống eppendorf ml - Bổ sung buffer QG theo tỷ lệ thể tích QG : thể tích gel (100 mg ~100 μl) - Ủ nhiệt độ 50°C khoảng 10 phút gel tan hoàn toàn - Sau gel tan hoàn toàn, kiểm tra màu dung dịch phải màu vàng, màu cam màu tím xanh phải bổ sung 10 μl sodium acetate 3M, pH - Cho dung dịch mẫu hoà tan vào cột QIAquick ly tâm tốc độ 13.000 rpm phút - Bổ sung 500 μl buffer QG vào cột QIAquick ly tâm tốc độ 13.000 vòng/phút phút để loại hết agarose dư thừa - Bổ sung 750 μl buffer PE vào cột QIAquick, để cột thẳng đứng phút sau ly tâm tốc độ 13.000 vịng/phút phút Chuyển cột QIAquick microcentrifuge 1,5 ml sang ống - Để hoà tan ADN, bổ sung 30 μl nước (pH – 8,5) vào màng cột QIAquick ly tâm tốc độ 13.000 vòng/phút phút, thu lượng ADN tinh 2.3.6 Giải trình tự Sản phẩm PCR sau tinh sạch, giải trình tự Cơng ty Macrogen (Hàn Quốc) Kết 12 Hình Kết PCR 15 mẫu Gừng núi đá nghiên cứu với cặp mồi trnL-e/trnL-f; M: Marker generuler 1kb plus DNA 3.2 Kết giải trình tự 15 mẫu Gừng núi đá nghiên cứu Sản phẩm PCR với cặp mồi trnL-e/trnL-f sau tinh phân tích trực tiếp máy giải trình tự ABI PRISM 3700 DNA Analyzer (Applied Biotech) Công ty Macrogen (Hàn Quốc) Trình tự 15 mẫu Gừng núi đá nghiên cứu so sánh với trình tự gen tham chiếu công bố NCBI EU552529.1 Alpinia officinarum (chi Riềng) MF066711.1 Zingiber zerumbet (chi Gừng gió hay Gừng dại) thơng qua phần mềm MEGA v6.06 Nông nghiệp phát triển nông thôn - K - TH¸NG 12/2020 KHOA HỌC CƠNG NGHỆ Bảng Độ dài trình tự 15 mẫu Gừng núi đá nghiên cứu Tổng số Tổng số STT Kí hiệu STT Kí hiệu nucleoti nucleotide de GND1 733 GND9 734 GND2 734 10 GND10 732 GND3 734 11 GND11 734 GND4 733 12 GND12 734 GND5 734 13 GND13 734 GND6 734 14 GND14 733 GND7 GND8 734 732 15 GND15 734 Số liệu thu bảng mẫu Gừng núi đá có độ dài nucleotide phù hợp với kết kiểm tra kích thước băng PCR hình Kết bảng cho thấy, có đoạn hay thêm đoạn (InDel) số vị trí đoạn gen nên số lượng nucleotide tổng số đoạn trình tự có dao động mẫu nghiên cứu Hầu hết mẫu có chiều dài 734 nucleotide Ba mẫu GND1, GND4 GND14 có chiều dài 733 nucleotide Hai mẫu GND8 GND10 có chiều dài 732 nucleotide Kết so sánh trình tự nucleotide 15 mẫu Gừng núi đá với trình tự mẫu tham chiếu tương ứng ngân hàng gen công bố (EU552529.1 Alpinia officinarum MF066711.1 Zingiber zerumbet) cho thấy 15 mẫu Gừng núi đá có độ tương đồng trình tự nucleotide với mẫu tham chiếu EU552529.1 Alpinia officinarum (chi Riềng) mẫu tham chiếu MF066711.1 Zingiber zerumbet (chi Gừng gió) Ở vị trí 83-91 498-505, 15 mẫu Gừng núi đá tương đồng với mẫu tham chiếu EU552529.1 Alpinia officinarum, mẫu tham chiếu MF066711.1 Zingiber zerumbet nucleotide nucleotide, tương ứng Tương tự vị trí 569-587, 15 mẫu Gừng núi đá mẫu tham chiếu EU552529.1 Alpinia officinarum bị 19 nucleotide so với mẫu tham chiếu MF066711.1 Zingiber zerumbet Khi phân tích cột thẳng hàng trình tự 15 mẫu Gừng núi đá với nhận thấy, mẫu GND1, GND4, GND8, GND10 GND14 có nhiều vị trí chuỗi trình tự có thay đổi nucleotide so với mẫu lại so với mẫu tham chiếu Số liệu thu bảng cho thấy có tương đồng cao 15 trình tự 15 mẫu Gừng núi đá nghiên cứu Hệ số tương đồng di truyền cao 99,87% (giữa mẫu GND15 GND13) thấp 93,20% (giữa mẫu GND1 GND10) Kết so sánh tương đồng di truyền mẫu tham chiếu EU552529.1 Alpinia officinarum MF066711.1 Zingiber zerumbet với 15 mẫu nghiên cứu cho thấy: 15 mẫu Gừng núi đá có hệ số tương đồng di truyền so với mẫu tham chiếu EU552529.1 dao động từ 94,65% (mẫu GND14 EU552529.1) đến 97,83% (mẫu GND7 EU552529.1) 15 mẫu Gừng núi đá có hệ số tương đồng di truyền với mẫu tham chiếu MF066711.1 Zingiber zerumbet dao động từ 81,66% (mẫu GND14 MF066711.1) đến 84,53% (mẫu GND5; GND7 MF066711.1) Nghiên cứu sử dụng marker trnL-e/trnL-f Đây vùng trình tự ADN lục lạp ngắn có tốc độ tiến hố nhanh (Quandt et al., 2004) Do vậy, so sánh vùng trình tự ADN lục lạp xuất xứ khác Gừng núi đá cho kết đa dạng di truyền cao Ngoài ra, 15 mẫu (xuất xứ) Gừng núi đá thu thập từ 15 xã thuộc huyện tỉnh Hà Giang, tỉnh miền núi, địa hình chia cắt có khoảng cách địa lý lớn huyện Khoảng cách trung bình huyện thu thập mẫu Gừng núi đá khoảng 100 km Đặc biệt khoảng cách từ huyện Xín Mần đến huyện Mèo Vạc 200 km Sự tiến hố xuất xứ có khoảng cách địa lý xa địa hình chia cắt sở hình thành đa dạng di truyền cao mẫu Gừng núi đá Bảng Hệ số tương đồng di truyền 15 mẫu Gừng núi đá nghiên cứu mẫu tham chiếu 3.3 Kết phân tích đa dạng di truyền, xác định mối quan hệ di truyền 15 mẫu Gừng núi đá nghiên cu Nông nghiệp phát triển nông thôn - K - TH¸NG 12/2020 13 KHOA HỌC CƠNG NGHỆ Hình Cây phát sinh chủng loại 15 mẫu Gừng núi đá nghiên cứu với mẫu tham chiếu EU552529.1 Alpinia officinarum MF066711.1 Zingiber zerumbet Cây phát sinh loài xây dựng dựa vào phần mềm Mega 6.06 theo phương pháp Nei (1978), kết từ 15 mẫu Gừng núi đá nghiên cứu phân làm nhóm (Hình 2): Nhóm thứ I: bao gồm 12 mẫu Gừng núi đá (GND6, GND3, GND9, GND7, GND4, GND5, GND12, GND15, GND13, GND11, GND2 GND1) Hệ số tương đồng di truyền 12 giống cao, dao động từ 95,95% (GND11 GND1) đến 99,87% (GND13 GND15) Hệ số tương đồng mẫu nghiên cứu nhóm với mẫu tham chiếu EU552529.1 Alpinia officinarum dao động từ 94,85% (GND11 EU552529.1) đến 97,83% (giữa mẫu GND7 EU552529.1) Nhóm thứ II: gồm mẫu Gừng núi đá GND10, mẫu có hệ số tương đồng với mẫu lại dao động từ 93,20% (GND10 GND1) đến 96,84% (GND10 GND11) Mẫu GND10 có hệ số tương đồng 95,39% với gen tham chiếu EU552529.1 Alpinia officinarum Nhóm thứ III: gồm mẫu Gừng núi đá GND8, mẫu có hệ số tương đồng với mẫu lại dao động từ 94,90% (GND8 GND14) đến 97,65% (GND8 GND2) Mẫu GND8 có hệ số tương đồng 97,29% với gen tham chiếu EU552529.1 Alpinia officinarum Nhóm thứ IV: gồm mẫu Gừng núi đá GND14, mẫu có hệ số tương đồng với mẫu lại dao động từ 93,86% (GND14 GND1) đến 96,99% (GND14 GND11) Mẫu GND14 có hệ số tương đồng 94,65% với gen tham chiếu EU552529.1 Alpinia officinarum 14 Kết thu hình phù hợp với kết so sánh trình tự nucleotide vùng gen lục lạp 15 mẫu Gừng núi đá phân tích cột thẳng hàng so sánh với trình tự gen tham chiếu công bố ngân hàng gen giới Như sử dụng marker trnL-e/trnL-f khuếch đại vùng lục lạp dựa vào trình tự nucleotide vùng lục lạp khuếch đại thấy 15 mẫu Gừng núi đá tương đồng với loài Alpinia officinarum (thuộc chi Riềng, họ Gừng cao, dao động từ 94,65% (giữa mẫu GND14 EU552529.1) đến 97,83% (giữa mẫu GND7 EU552529.1) 3.4 Kết nhận dạng số mẫu giống Gừng núi đá nghiên cứu Sự sai khác nucleotide mẫu Gừng núi đá với giống tham chiếu thể hình cho thấy có nhiều vị trí biến đổi nucleotide mẫu giống Gừng núi đá với giống tham chiếu Alpinia officinarum Tuy nhiên, dựa vào vị trí biến đổi nucleotide cá biệt nhận dạng mẫu giống Gừng núi đá GND1, GND4, GND8, GND10 GND14 Mẫu giống GND1 có biến đổi nucleotide vị trí 667 (T biến đổi thành A); vị trí 696 (A biến đổi thành C); 700 (A biến đổi thành T) so với giống tham chiếu Alpinia officinarum Mẫu giống GND4 nucleotide A vị trí 128 so với giống tham chiếu Mẫu giống GND8 có biến đổi nucleotide vị trí 55 (T biến đổi thành G); vị trí 174 (A biến đổi thành C); 677 (T biến đổi thành C) Tương tự, mẫu giống GND10 có biến đổi nucleotide vị trí 65, 157 (T biến đổi thành A), vị trí 128, 151 (A biến đổi thành G), vị trí 196, 270 (G biến đổi thành A), vị trí 253 (A biến đổi thành T) vị trí 269 (G biến đổi thành C) Mẫu giống GND14 có biến đổi nucleotide vị trí 74 (C biến đổi thành G); vị trí 152 (T biến đổi thành A); vị trí 162164 (CTA biến đổi thành GGG); vị trí 197 (C biến đổi thành G), vị trí 211 (G biến đổi thành C), vị trí 212 (C biến đổi thành T) vị trí 207, 213, 217, 258, 259 (A biến đổi thành T) Như dựa vào trình tự nucleotide vùng lục lạp với marker trnL-e)/trnL-f nhận dạng mẫu giống Gừng núi đá GND1, GND4, GND8, GND10 GND14 so với giống tham chiếu Alpinia officinarum (EU552529.1) Nông nghiệp phát triển nông thôn - K - TH¸NG 12/2020 KHOA HỌC CƠNG NGHỆ Hình Các nucleotide sai khác mẫu nghiên cứu mẫu tham chiu EU552529.1 Alpinia officinarum Nông nghiệp phát triển nông thôn - K - THáNG 12/2020 15 KHOA HỌC CƠNG NGHỆ KẾT LUẬN Đã giải trình tự xác định 15 đoạn trình tự 15 mẫu Gừng núi đá thu thập từ 15 xã huyện thuộc tỉnh Hà Giang có tương đồng từ 94,65% đến 97,83% với mẫu tham chiếu công bố NCBI (EU552529.1 Alpinia officinarum) Đã xác định mức tương đồng di truyền 15 mẫu Gừng núi đá nghiên cứu cao, dao động từ 93,20% (GND1 GND10) đến 99,87% (GND15 GND13) Dựa vào quan hệ phát sinh 15 mẫu Gừng núi đá nghiên cứu mẫu tham chiếu chia làm nhóm Trình tự nucleotide vùng lục lạp với marker trnL-e/trnL-f nhận dạng mẫu giống Gừng núi đá GND1, GND4, GND8, GND10 GND14 so với giống tham chiếu Alpinia officinarum (EU552529.1) Kết nghiên cứu sở quan trọng định hướng bảo tồn phát triển nguồn gen Gừng núi đá có tính đa dạng di truyền cao huyện tỉnh Hà Giang TÀI LIỆU THAM KHẢO Trần Công Luận, Đỗ Văn Mãi, Vũ Thị Bình (2016) Dược liệu học Giáo trình đào tạo Dược sỹ, Trường Đại học Tây Đô Bordoloi AK, Sperkova J and Leclercq PA (1999) Essential Oils of Zingiber cassumunar Roxb From Northeast India J Essent Oil Res., 11, pp 441445 Christine S (2007) Clonal propagation of Curcuma zedoaria rocs and Zingiber zerumbet, PhD thesis, University Sains Malaysia Doyle J J and Doyle JL (1987) A rapid DNA isolation procedure from small quantities of fresh leaf tissues Phytochem Bull, 19, pp 11–15 Kasarkar A, Kulkarnil D, Dhudade P and Sabu M (2017) New Report on Zingiber montanum (K.D Koenig) Link From Kudal, Dist Sindhudurg, (MS) India, Bioscience Discovery, 8(2), pp 270-273 Nalawade SM, Sagare AP, Lee C, Kao C and Tsay H (2003) Studies on tissue-culture of Chinese Medicinal plant resources in Taiwan and their sustainable utilization, Bot Bull Acad Sin, 44, pp 79–98 Nei M (1978) Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals Genetics, 89, pp 583–590 Quandt D, Müller K, Stech M, Hilu K, Frey W, Frahm J & Borsch T (2004) Molecular evolution of the chloroplast TRNL-F region in land plants In Monogr Syst Bot Missouri Bot Gard , 98, pp 13–37 GENETIC DIVERSITY ANALYSIS OF Zingiber purpureum Roscoe BY MOLECULAR MARKERS Duong Van Thao1 Thai Nguyen University of Agriculture and Forestry Summary Genetic diversity analysis of Zingiber purpureum Roscoe is essential for conservation, management and breeding Marker trnL-e/trnL-f was used to amplify chloroplast sequences of 15 accessions of Zingiber purpureum Roscoe collected from 15 communes of districts of Ha Giang province The results showed that 15 sequential segments of 15 accessions of Zingiber purpureum Roscoe had similarities from 94.65% to 97.83% compared to the reference segment of Alpinia officinarum published on NCBI (EU552529.1) The genetic similarity level of 15 accessions of Zingiber purpureum Roscoe is very high, ranging from 93.20% (GND1 and GND10) to 99.87% (GND15 and GND13) The phylogenetic tree which constructed from 15 sequential segments of 15 accessions of Zingiber purpureum Roscoe and reference segments of Alpinia officinarum and Zingiber zerumbet is divided into four main groups The chloroplast nucleotide sequence amplified by marker trnL-e/trnL-f can identify varieties of Zingiber purpureum Roscoe (GND1, GND4, GND8, GND10 and GND14) Keywords: Genetic diversity, genetic resources, genetic similarity, Ha Giang, Zingiber purpureum Roscoe Người phản biện: PGS.TS Lã Tuấn Nghĩa Ngày nhận bài: 25/9/2020 Ngày thông qua phản biện: 26/10/2020 Ngày duyt ng: 02/11/2020 16 Nông nghiệp phát triển nông thôn - K - THáNG 12/2020 ... truyền cao mẫu Gừng núi đá Bảng Hệ số tương đồng di truyền 15 mẫu Gừng núi đá nghiên cứu mẫu tham chiếu 3.3 Kết phân tích đa dạng di truyền, xác định mối quan hệ di truyền 15 mẫu Gừng núi ỏ nghiờn... tự ADN lục lạp xuất xứ khác Gừng núi đá cho kết đa dạng di truyền cao Ngoài ra, 15 mẫu (xuất xứ) Gừng núi đá thu thập từ 15 xã thuộc huyện tỉnh Hà Giang, tỉnh miền núi, địa hình chia cắt có khoảng... mẫu Gừng núi đá có hệ số tương đồng di truyền so với mẫu tham chiếu EU552529.1 dao động từ 94,65% (mẫu GND14 EU552529.1) đến 97,83% (mẫu GND7 EU552529.1) 15 mẫu Gừng núi đá có hệ số tương đồng di