Nghiên cứu thực hiện đánh giá khả năng phân loại của 3 vùng marker DNA thường được dùng phổ biến hiện nay cho công tác phân loại là rbcL, trnH-psbA và ITS2 trên 12 mẫu họ Berberidaceae, trong đó có 7 mẫu thuộc chi Mahonia, 4 mẫu thuộc chi Berberis và 1 mẫu thuộc chi Epimedium được sử dụng làm mẫu đối chứng.
ĐA DẠNG SINH HỌC VÀ CÁC CHẤT CĨ HOẠT TÍNH SINH HỌC DOI: 10.15625/vap.2020.00137 ĐÁNH GIÁ KHẢ NĂNG PHÂN LOẠI CỦA CHỈ THỊ PHÂN TỬ RBCL, ITS2 VÀ TRNH-PSBA TRÊN CÁC LOÀI THUỘC CHI MAHONIA VÀ BERBERIS (BERBERIDACEAE) Nguyễn Thị Phương Trang1, 2*, Nguyễn Thị Hồng Mai1, Bùi Văn Thanh1, Viện Sinh thái Tài nguyên sinh vật, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam Học viện Khoa học Công nghệ, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam *Email: nptrang@gmail.com Tóm tắt Họ Hồng liên gai (Berberidaceae) xác định có 17 chi gần 650 lồi, chi Berberis chi Mahonia chi có quan hệ gần gũi với với nhiều đặc điểm hình thái giống Chính trước đây, chi nhập chung chi Berberis Hiện tất loài họ Hoàng liên gai loài quý hiếm, ưu tiên bảo tồn, đặc biệt loài thuộc chi Mahonia Berberis bị khai thác buôn bán nhiều Việc định loại hình thái phận bn bán (thân, rễ, đơi có lá) khơng khả thi khơng có quan sinh sản (hoa quả) Trong năm gần đây, kỹ thuật sinh học phân tử áp dụng rộng rãi, có hiệu nghiên cứu tiến hoá, phân loại đa dạng di truyền quần thể sinh vật Nghiên cứu dựa thị DNA có độ xác cao đặc biệt hữu dụng với loài gần gũi mà quan sát hình thái chưa đủ sở để phân biệt Phân tích DNA cho phép xác định xác lồi, quần thể tận cá thể từ mẫu vật khơng cịn ngun vẹn đặc biệt khơng bị ảnh hưởng yếu tố khách quan môi trường hay người Trong nghiên cứu này, thực đánh giá khả phân loại vùng marker DNA thường dùng phổ biển cho công tác phân loại rbcL, trnH-psbA ITS2 12 mẫu họ Berberidaceae, có mẫu thuộc chi Mahonia, mẫu thuộc chi Berberis mẫu thuộc chi Epimedium sử dụng làm mẫu đối chứng Kết nghiên cứu giúp lựa chọn marker DNA phù hợp cho công tác phân loại giám định mẫu họ Hoàng liên gai sau Kết vùng gen rbcLcho thấy khả phân biệt 12 lồi Berberidaceae rõ ràng Trình tự gen ITS2 loài Berberis julianeae Việt Nam đăng ký lên GB với mã số truy cập MT073031 Từ khố: Berberidaceae, Hồng liên gai, ITS2, rbcL, trnH-psbA, lựa chọn thị phân tử ĐẶT VẤN ĐỀ Người đề cập đến taxon họ Hoàng liên gai (Berberidaceae) Linnaeus năm 1753 Đến nay, giới xác định họ Berberidaceae có 17 chi với khoảng 650 loài, phân bố chủ yếu vùng ơn đới phía Bắc vùng núi cao cận nhiệt đới Theo Nguyễn Tiến Bân (2003) Việt Nam họ Hồng liên gai có chi 167 KỶ YẾU HỘI NGHỊ KHOA HỌC 45 NĂM VIỆN HÀN LÂM KHCNVN loài, phân bố chủ yếu vùng cao thuộc tỉnh miền núi phía Bắc Lâm Đồng Tất loài nằm Sách Đỏ Việt Nam năm 2007 mức nguy cấp (EN) Mã vạch DNA (DNA barcoding) kỹ thuật đại, sử dụng đoạn DNA ngắn để chuẩn hóa phân biệt lồi (Lahaye, 2008; Kress, 2005) Chúng trở thành cơng cụ phục vụ có hiệu cho công tác giám định, phân loại, đánh giá quan hệ di truyền, quản lý chất lượng, nguồn gốc, xuất xứ… sản phẩm từ sinh vật (Chen, 2010) Ở thực vật bậc cao, số vùng gen lục lạp (như matK, rbcL, psbA-trnH, atpF-atpH…) vùng gen nhân (như ITS-rDNA, 18S…) ứng dụng rộng rãi nghiên cứu mối quan hệ phát sinh chủng loại (phylogeny), phân loại (taxonomy) nhận dạng (identity) loài (Liu, 2012; CBOL, 2009) Tuy nhiên, nhóm đối tượng khác khả phân loại vùng gen khác Nghiên cứu Song Xue cs (2019) đăng Tạp chí Horticulture cho thấy vùng gen trnC-psbD, ndhD atpA-atpH vùng gen hữu hiệu để phân biệt loài chi Mận-mơ (Prunus) Muellner cs (2011) chứng minh vùng gen ITS hữu hiệu để giám định loài họ Meliaceae Trang cs (2015) chứng minh kết hợp ba vùng gen rbcL, matK trnH-psbA hữu hiệu việc phân biệt loài chi Hopea Stoeckle cs (2011) sử dụng kết hợp hai vùng gen rbcL matK để xác định xác loài thuốc quý bị buôn bán nhiều Bắc Phi, nhiên trở ngại họ thiếu liệu so sánh Như rõ ràng nhiều nghiên cứu trước chứng minh vùng gen lục lạp hữu hiệu việc phân loại loài thực vật bậc cao, điển nghiên cứu hiệp hội nghiên cứu mã vạch sống (The Consortium for the Barcode of LifeCBOL) đăng Tạp chí PNAS năm 2009 rõ vùng gen lục lạp gồm matK, rbcL, rpoB, rpoC1, atpF-atpH, trnH-psbA, psbK-psbI thị phân tử hữu hiệu cho nghiên cứu phân loại thực vật cạn, việc ứng dụng vùng gen vào nhóm lồi khác có hiệu khác Trong nghiên cứu này, thử nghiệm khả phân loại thị barcoding rbcL, trnH-psbA ITS2 cho 12 loài họ Hoàng liên gai để kiểm tra khả phân loại chúng Nghiên cứu đồng thời bổ sung sở liệu DNA cho ngân hàng gen quốc tế, góp phần làm đầy đủ sở liệu cho ngân hàng gen lồi Hồng liên gai có phân bố Việt Nam I VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU Vật liệu: 12 mẫu gồm mẫu loài chi Mahonia, mẫu loài chi Berberis mẫu Epimedium nhóm nghiên cứu Phịng Dân tộc học thực vật, Viện Sinh thái Tài nguyên sinh vật thu lần thực địa Thông tin cụ thể mẫu nghiên cứu thể bảng 168 ĐA DẠNG SINH HỌC VÀ CÁC CHẤT CĨ HOẠT TÍNH SINH HỌC Bảng Thơng tin mẫu thu ký hiệu mẫu nghiên cứu STT 10 11 12 Ký hiệu mẫu BHG 07 BHG 04 DL 01 DL 02 BHG 09 BCB 05 BBK 03 SB 01 SB 02 SB 03 SB 04 DDH Tên khoa học Mahonia sp.4 Mahonia sp.5 Mahonia klossii Mahonia klossii Mahonia sp.3 Mahonia sp.1 Mahonia sp.2 Berberis julianea Berberis julianea Berberis julianea Berberis julianea Epimedium sp Địa điểm thu mẫu Hà Giang Hà Giang Đà Lạt Đà Lạt Hà Giang Cao Bằng Bắc Kạn Sa Pa - Lào Cai Sa Pa - Lào Cai Sa Pa - Lào Cai Sa Pa - Lào Cai Mẫu thu mua từ Trung Quốc Phương pháp nghiên cứu: Phương pháp tách chiết tinh DNA tổng số: DNA tổng số tách chiết theo phương pháp Doyle & Doyle (1991) có hiệu chỉnh theo điều kiện phịng thí nghiệm Việt Nam Nhân gen đích kỹ thuật PCR: Vùng gen ITS2 dài 300 bp, vùng gen trnHpsbA dài 400 bp vùng tren rbcL dài 600 bp 12 mẫu nghiên cứu nhân PCR với cặp mồi ITS1/ITS2 (Tao Cheng, 2015), rbcLF/R trnH-psbA (Kress, 2005) Mỗi phản ứng PCR tích 30 µl với thành phần: 12 µl H2O deion; 15 µl PCR Master mix (2X); µl mồi xi (10 pmol/µl); µl mồi ngược (10 pmol/µl); µl DNA template (10-20 ng) Phản ứng thực máy PCR model 9700 (GeneAmp PCR System 9700, Mỹ) Chu trình nhiệt phản ứng PCR gồm: 94 oC phút; tiếp sau 35 chu kỳ nối tiếp với bước: 94 oC 45 giây, 55 oC 30 giây (đối với gen ITS), 52 oC 30 giây (đối với gen rbcL) 54 oC 30 giây (đối với gen trnH-psbA), 72 oC 30 giây; kết thúc phản ứng nhân gen 72 oC phút, giữ sản phẩm °C Giải trình tự hiệu chỉnh trình tự: Sản phẩm PCR điện di kiểm tra gel agarose % Quá trình xác định trình tự nucleotide thực Công ty Firstbase (Malaysia) Trình tự DNA sau giải trình tự hiệu chỉnh loại bỏ vùng tín hiệu nhiễu với trợ giúp phần mềm Chromas-Pro2.1.6 (Technelysium Pty Ltd., Helensvale, Queensland, Australia) Các trình tự sau so sánh với trình tự có Genbank (GB), (sử dụng công cụ BLAST NCBIhttp:www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST) Các vùng nucleotide bị nhiễu khơng có khả xếp bị loại bỏ trước phân tích Xây dựng phát sinh chủng loại: Cây phát sinh chủng loại xây dựng dựa phương pháp xác suất tối đa ML (Maximum Likelihood) phần mềm Mega 7.0 (Kumar S., 2016) 169 KỶ YẾU HỘI NGHỊ KHOA HỌC 45 NĂM VIỆN HÀN LÂM KHCNVN II KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN Tách chiết DNA tổng số: DNA tổng số 12 mẫu nghiên cứu tách chiết thành cơng, có chất lượng DNA cao với kết đo OD cho số OD260/OD280 mẫu từ 1,81-1,83 chứng tỏ hàm lượng DNA thu có độ tinh khiết cao, đứt gãy Nhân gen PCR: Kết điện di sản phẩm PCR cho thấy mẫu lên vạch có kích thước 300 bp, 400 bp 600 bp tương ứng với gen ITS2, trnH-psbA rbcL dự kiến (hình 1) Hình Hình ảnh sản phẩm PCR mẫu đại diện cho vùng gen khuếch đại kiểm tra điện di gel agarose % Lane 1-2: Sản phẩm PCR gen ITS2, lane M: DNA ladder 100 bp, lane 3-4: Sản phẩm PCR gen trnH-psbA, lane 5-6: sản phẩm PCR gen rbcL Kết phân tích trình tự nucleotide: Sản phẩm PCR sau tinh thực giải trình tự Cơng ty Firstbase Kết giải trình tự vùng gen sau kiểm tra tính tương đồng (similarity) với trình tự sẵn có ngân hàng gen (GB) công cụ BLAST Thông thường, kết BLAST khơng cho kết luận xác lồi, với trường hợp BLAST có độ bao phủ tương đồng cao (trên 98 %) đưa gợi ý lồi gần gũi với mẫu nghiên cứu Trong nghiên cứu chúng tơi, trình tự vùng gen ITS2, rbcL, trnH-psbA 12 mẫu nghiên cứu cho số tương đồng cao (trên 95 %) tương ứng với vùng gen ITS2, rbcL, trnH-psbA loài Mahonia Berberis GB, chứng tỏ việc bước đầu phân loại hình thái mẫu xác chứng tỏ vùng gen nhân thành công Kiểm tra khả phân loại thị ITS2, rbcL, trnH-psbA 12 mẫu nghiên cứu: Kết trình tự vùng gen ITS2, rbcL, trnH-psbA 12 mẫu nghiên cứu đưa vào phần mềm Mega 7.0, chỉnh (align) so sánh đánh giá khả phân loại việc xây dựng phả hệ 12 mẫu (hình (A), (B), (C)) 170 ĐA DẠNG SINH HỌC VÀ CÁC CHẤT CĨ HOẠT TÍNH SINH HỌC Mahonia sp1 BCB05 Mahonia sp4 BHG07 Berberis julianae SB01 Mahonia sp5 BHG04 Berberis julianae SB04 Mahonia klossii DL02 Mahonia sp5 BHG04 Mahonia klossii DL01 Mahonia sp3 BHG09 Mahonia sp3 BHG09 Mahonia sp4 BHG07 Mahonia sp1 BCB05 Mahonia klossii DL02 Mahonia sp2 BBK03 Mahonia klossii DL01 Epimedium sp DDH Mahonia sp2 BBK03 Berberis julianae SB01 Berberis julianae SB03 Berberis julianae SB03 Berberis julianae SB02 Berberis julianae SB02 Epimedium sp DDH Berberis julianae SB04 0.020 0.0050 (A) rbcL (B) trnH-psbA (C) ITS2 Hình Sơ đồ mối quan hệ di truyền 12 mẫu nghiên cứu dựa phân tích trình tự gen: rbcL (A), trnH-psbA (B), ITS (C) Kết xây dựng mối quan hệ di truyền theo sơ đồ hình (dựa phương pháp xác suất tối đa ML (Maximum Likelihood)) 12 mẫu nghiên cứu cho thấy: - Khi dựa phân tích trình tự vùng gen rbcL-600 bp, 12 mẫu Hồng liên gai tách thành nhánh rõ ràng, mẫu Mahonia tách riêng nhánh, mẫu Berberis nhánh cịn lại, lồi Dâm dương hoắc (Epimedium sp.) nhánh thứ gần gũi với loài chi Berberis so với Mahonia - Khi phân tích dựa trình tự vùng gen trnH-psbA cho kết mẫu Berberis tập hợp thành nhánh, mẫu Mahonia nhánh nhỏ khác lồi đối chứng Epimedium sp ln nhánh độc lập so với nhóm Berberis Mahonia Tuy mẫu Mahonia lại chia thành nhóm, theo mẫu Mahonia thu Hà Giang (BHG 04, BHG 07, BHG 09) lại tập trung vào nhánh nhỏ, mẫu Mahonia lại phân ly thành nhánh nhỏ khác, cụ thể: mẫu BBK, BCB mẫu thu Cao Bằng Bắc Kạn nằm nhánh khác nhau, mẫu DL 01 DL 02 mẫu thu Đà Lạt (Lâm Đồng) nằm chung với nhánh Đây xem kết hấp dẫn đứng mặt phân loại cấp độ lồi trnH-psbA cho kết phân chia xác mẫu Mahonia mẫu Berberis thành nhánh Thêm vào vùng gen trnH-psbA cịn phân chia lồi địa lý tập hợp mẫu thu địa điểm thu địa điểm gần vào nhóm Tuy vậy, để chứng minh điều cần có số lượng mẫu nhiều cần có thêm mẫu lồi thu địa điểm khác để đối chứng Trong nghiên cứu này, mục tiêu đưa đánh giá khả phân loại cấp độ lồi việc vùng gen trnH-psbA thực có khả phân biệt phân loài (sub species) loài địa lý) xem khơng phù hợp dễ dẫn đến kết luận sai mẫu vật cần định danh, Do đứng góc độ sử dụng thị phân tử để phân loại cấp độ lồi vùng gen trnH-psbA khơng phù hợp Tuy nhiên, để sử dụng nghiên cứu vùng gen ẩn chứa nhiều hấp dẫn có khả vùng gen giúp đánh giá khả phân ly loài địa lý đơn vị phân loại loài loài họ Berberidaceae 171 KỶ YẾU HỘI NGHỊ KHOA HỌC 45 NĂM VIỆN HÀN LÂM KHCNVN MG837425.1 Epimedium sagittatum MG837434.1 Epimedium platypetalum MG837421.1 Epimedium dewuense MG837415.1 Epimedium koreanum MG837411.1 Epimedium baojingense MG837409.1 Epimedium davidii 66 Epimedium sp DDH MG837464.1 Epimedium brevicornu MG837468.1 Epimedium dolichostemon MG837467.1 Epimedium coactum MG837470.1 Epimedium mikinorii 100 MG837469.1 Epimedium ilicifolium MG837473.1 Epimedium zhushanense MG837475.1 Epimedium epsteinii 98 MG837416.1 Epimedium acuminatum 66 MG837429.1 Epimedium jinchengshanense Podophyllum versipelle HG193 KP643722.1 Podophyllum peltatum 93 Podophyllum versipelle CC214 53 Podophyllum versipelle HG194 36 32 Podophyllum versipelle HG192 Podophyllum versipelle HG195 20 94 Podophyllum sp B10 Podophyllum difformis BV01 55 81 Podophyllum difformis B14 Berberis hypoxantha B09 95 Berberis hypoxantha B01 40 Berberis subacuminata B11 25 88 15 KC788488.1 Berberis subacuminata KX162975.1 Berberis japonica KC788464.1 Berberis aristatoserrulata Berberis wallichiana B04 86 47 KC788494.1 Berberis wallichiana 20 55 KC788485.1 Berberis sargentiana 16 MH116082.1 Berberis papillifera KR075659.1 Berberis napaulensis 57 MF349431.1 Berberis bealei 24 MG833461.1 Berberis laurina KC788470.1 Berberis chingii 17 KC788480.1 Berberis kawakamii 24 Berberis julianae SB01 65 Berberis julianae SB03 40 Berberis julianae SB02 Berberis julianae SB04 65 KC788479.1 Berberis julianae Berberis julianae B08 Berberis julianae B02 Mahonia sp1 BCB05 96 96 Mahonia sp Nov MCD Mahonia sp2 BBK03 Mahonia sp3 BHG09 Mahonia sp SM01 EF173672.1 Mahonia japonica 55 Mahonia bealei SM02 57 50 57 L75871.2 Mahonia bealei Mahonia bealei BLC03 97 Mahonia subimbricata BCB01 Mahonia subimbricata BCB02 48 93 99 31 98 Mahonia jingxiensis P2 Mahonia sp4 BHG07 Mahonia sp5 BHG04 Mahonia jingxiensis C307 Mahonia klossii DL03 73 Mahonia klossii DL02 82 65 Mahonia klossii DL01 Mahonia sp P01 Mahonia sp.SM01 0.0050 Hình Sơ đồ mối quan hệ di truyền 12 loài nghiên cứu, so sánh với loài khác GB 172 ĐA DẠNG SINH HỌC VÀ CÁC CHẤT CĨ HOẠT TÍNH SINH HỌC - Đối với vùng gen ITS2: Không giống vùng gen rbcL-600 trnH-psbA, 12 mẫu nghiên cứu thuộc chi phân tích dựa trình tự gen ITS2 lại chia thành nhánh chính, mẫu Epimedium sp thuộc nhánh lớn 11 mẫu lại nằm nhánh lớn thứ Các mẫu Mahonia Berberis nằm xem kẽ nhánh nhỏ không phân chia rõ thành nhánh kết nhân phân tích dựa trình tự gen rbcL-600 trnH-psbA ITS2 thuộc hệ gen nhân vùng gen có độ bảo thủ cao so với gen hệ gen lục lạp Thông thường mẫu nghiên cứu có khoảng cách di truyền khơng đủ lớn khó phân chia sử dụng vùng gen nhân để kiểm tra Trong nghiên cứu chúng tơi, việc 11 lồi Mahonia Berberis không phân chia rõ ràng thành nhóm riêng biệt sử dụng vùng gen ITS2-rDNA phân tích chứng tỏ mối quan hệ di truyền loài thuộc chi cao Như thấy, vùng gen sử dụng vùng gen rbcL-600 cho kết tốt việc phân chia loài Hoàng liên gai Kết định danh phân tích mối quan hệ di truyền 12 loài Berberis nghiên cứu - so sánh với lồi Berberis khác GB dựa phân tích trình tự vùng gen rbcL-600 bp: Vùng gen rbcL-600 bp sau sử dụng để xây dựng phát sinh chủng loại cho 12 mẫu nghiên cứu, so sánh với liệu có GB để kiểm tra việc định danh cho mẫu (hình 3) Kết cho thấy mẫu SB 01, SB 02, SB 03, SB 04 ban đầu định danh loài Berberis julianae cho kết trùng khớp 100 % với loài Berberis julianae mã số KC788479.1 GB, điều chứng tỏ nhận diện hình thái ban đầu cho lồi hồn tồn xác Hai mẫu BHG 07 BHG 04 chưa định danh xác hình thái, sau so sánh nhánh với loài Mahonia jingxiensis, tỷ lệ trương đồng đạt 98 % Tiếp theo loài BHG 09, BCB 05 BBK 03 lồi Mahonia sp chưa định danh lồi xác thiếu liệu GB nên không đủ sở để kết luận tên khoa học xác cho loài này, nhiên dựa vào phân tích trình tự gen cho thấy lồi có mối quan hệ di truyền gần gũi, chúng xếp nhóm nhánh chi Mahonia (hình 3) III KẾT LUẬN Tất lồi Hồng liên gai Việt Nam có giá trị làm thuốc giá trị kinh tế cao nên bị khai thác cạn kiệt tự nhiên Hiện loài bị đưa vào Sách Đỏ nhóm IA (nhóm nghiêm cấm khai thác sử dụng mục đích thương mại) Nghị định số 06/2019/NĐ-CP quản lý thực vật rừng, động vật rừng nguy cấp) Đối với loài họ Hoàng liên gai, việc định loại hình thái (đặc biệt giai đoạn chưa trưởng thành) khó khăn, nên việc ứng dụng kỹ thuật sinh học phân tử để định loại cần thiết Việc lựa chọn thị DNA phù hợp phục vụ cho công tác phân loại/định danh mẫu Hồng liên gai Việt Nam chúng tơi thực kết cho thấy thị rbcL phù hợp cho nghiên cứu phân loại giám định họ Hoàng liên gai cấp độ lồi Các phân tích cho thấy cịn thiếu nhiều liệu trình tự gen loài họ Hoàng liên gai GB, việc cập nhật, bổ sung liệu phân tử lồi để có đủ sở so sánh, định danh mẫu vật vấn đề cần quan tâm thực 173 KỶ YẾU HỘI NGHỊ KHOA HỌC 45 NĂM VIỆN HÀN LÂM KHCNVN Trình tự vùng gen ITS2 loài Berberis julianeae Việt Nam đăng ký lên GB với mã số truy cập MT073031 Lời cảm ơn: Nghiên cứu hỗ trợ thu mẫu nguồn kinh phí từ đề tài Nafosted mã số: 106- NN.03-2016.49 hỗ trợ nghiên cứu từ nguồn kinh phí Viện Sinh thái Tài nguyên sinh vật (Đề tài mã số: IEBR ĐT.13-20) TÀI LIT.13-20 KHI Bộ Khoa học Công nghệ - Viện Khoa học Công nghệ Việt Nam, 2007 Sách Đỏ Việt Nam, phần II, Nxb Khoa học tự nhiên Công nghệ Carl Linnaeus, 1753 Species plantarum, Laurentius Salvius express CBOL Plant Working Group, 2009 A DNA barcoding for land plants PNAS 106, No.31, 12794-12797 Chromas Pro2.1.6 (Technelysium Pty Ltd, Helensvale, Queensland, Australia) Doyle J J, Doyle J L., 1990 Isolation of plant DNA from fresh tissue Focus, 12, p 13-15 Kress W John, Kenneth J Wurdack, Elizabeth A Zimmer, Lee A Weigt, and Daniel H Janzen, 2005 Use of DNA barcodes to identify flowering plants Proceedings of the National Academy of Sciences 102(23): 8369-74 Kumar S., Stecher G., Tamura K., 2016 MEGA7: Molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets, Molecular Biology and Evolution, 33(7): 1870-1874 Lahaye R., van der Bank M., Bogarin D., Warner J., Pupulin F., Gigot G., Maurin O., Duthoit S Barraclough T G., Savolainen V., 2008 DNA barcoding the floras of biodiversity hotspots, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 105: 2923-2928 Liu J., Provan J., Gao L M., Li D Z., 2012 Sampling strategy and potential utility of indels for DNA barcoding of closely related plant species: A case study in taxus, International Journal of Molecular Sciences, 13: 8740-8751 10 Muellner A N., Schaefer H., Lahaye R., 2011 Evaluation of candidate DNA barcoding loci for economically important timber species of the mahogany family (Meliaceae) Molecular Ecology Resources, vol 11 (3) 11 Nghị định số 06/2019/NĐ-CP quản lý thực vật rừng, động vật rừng nguy cấp, quý, thực thi Công ước buôn bán quốc tế loài động vật, thực vật hoang dã nguy cấp 12 Song Xue, Ting Shi, Wenjie Luo, Xiaopeng Ni, Shahid Iqbal, Zhaojun Ni, Xiao Huang, Dan Yao, Zhijun Shen & Zhihong Gao, 2019 Comparative analysis of the complete chloroplast genome among Prunus mume, P armeniaca, and P salicina Horticulture research (89) 174 ĐA DẠNG SINH HỌC VÀ CÁC CHẤT CÓ HOẠT TÍNH SINH HỌC 13 Stoeckle M Y., Catherine C., Gamble R., Kirpekar G Y., Selena A., Damon P L., 2011 Commercial teas highlight plant DNA barcode identification successes and obstacles Nature Research Journal, vol (42) 14 Nguyen Thi Phuong Trang, N M Duc, N V Sinh and Ludwid Triest, 2015 Applictaion of DNA barcoding markers for identification of Hopea species Genetic Molocular Research (GMR) 14 (3): 9181-9190 15 Nguyễn Tiến Bân (Chủ biên), 2003 Danh lục loài thực vật Việt Nam, tập 2, Nxb Nông nghiệp, Hà Nội 16 Tao cheng, Chao xu, Li lei, Changchao Li, Yu zhang and Shilian Zhou, 2016 Barcoding the kingdom plantae: new PCR primer for ITS region of plants with improved universality and specificity Molecular Ecology Resources 16: 138-149 17 Young Dong Kim, Robert K Jansen, 1996 Phylogenetic implications of rbcL and ITS sequence variation in the Berberidaceae Systematic Botany vol 21 (1): 381-396 18 Young Dong Kim, Sung Hee Kim, Chul Hwan Kim, Robert K Jansen, 2004 Phylogeny of Berberdaceae based on sequences of the chloroplast gene ndhF Biochemistry Systematics and Ecology 32: 291-301 ASSESSMENT OF THE CLASSIFICATION ABILITY OF THREE DNA BARCODING MARKERS rbcL, ITS2 AND trnH-psbA ON SPECIES OF Mahonia AND Berberis (Berberidaceae) Nguyen Thi Phuong Trang1, 2, Nguyen Thi Hong Mai1, Bui Van Thanh1, 2 Institute of Ecology and Biological Resources, VAST Graduate University of Science and Technology, VAST Summary Berberidaceae contains 17 genera and nearly 650 species, inwhich genus Berberis and genus Mahonia are sister with very closed relationship and share many similar characteristics In the past, two genera were merged as genus Berberis At present, Berberidaceae is at risk and prioritized for conservation, especially the species of Mahonia and Berberis In the fact, identification for Berberidaceae based on the morphology of parts for sale (such as roots, stems, leaves) without reproductive organs (flowers and fruits) is impossible In recent years, molecular biology techniques are being applied widely and effectively in research on evolution, classification and genetic diversity of population Research based on DNA have highly accurate and particularly useful for closely related species which morphological observations are not sufficient to distinguish Results from DNA analysis allows to authentic species, populations or individuals from un-intact specimens accurately and especially, it is not affected by objective factors such as the environment or human In this study, we assessed the taxonomy ability of three commonly DNA barcoding regions used for classification including rbcL, trnH-psbA and ITS2 on 12 samples of the 175 KỶ YẾU HỘI NGHỊ KHOA HỌC 45 NĂM VIỆN HÀN LÂM KHCNVN Berberidaceae family, inwhich samples are genus Mahonia, samples are genus Berberis and sample of Epimedium was used as control samples The results of the study will contribute to the selection of suitable DNA markers for the classification of Mahonia and Berberis samples The gotten results demonstraded that the rbcL region showed the most obvious ability to distinguish 12 Berberidaceae species The ITS2 sequences of Berberis julianeae of Vietnam was submitted into GB with accession number as MT073031 Keywords: Berberidaceae, ITS2, rbcL, trnH-psbA, selection of candidate DNA markers 176 ... vùng gen ITS2, rbcL, trnH-psbA loài Mahonia Berberis GB, chứng tỏ việc bước đầu phân loại hình thái mẫu xác chứng tỏ vùng gen nhân thành công Kiểm tra khả phân loại thị ITS2, rbcL, trnH-psbA. .. KC788479.1 Berberis julianae Berberis julianae B08 Berberis julianae B02 Mahonia sp1 BCB05 96 96 Mahonia sp Nov MCD Mahonia sp2 BBK 03 Mahonia sp3 BHG09 Mahonia sp SM01 EF1 736 72.1 Mahonia japonica 55 Mahonia. .. gen ITS2, rbcL, trnH-psbA 12 mẫu nghiên cứu đưa vào phần mềm Mega 7.0, chỉnh (align) so sánh đánh giá khả phân loại việc xây dựng phả hệ 12 mẫu (hình (A), (B), (C)) 170 ĐA DẠNG SINH HỌC VÀ CÁC